单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail 2019-05-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav9996 PMID:31097661	研究论文	本文识别了一种在蟾蜍尾部再生中起关键作用的细胞类型。	首次发现再生组织细胞（ROC），其在再生能够的蝌蚪中从表皮移动到截肢面并形成伤口表皮。	研究的对象仅限于蝌蚪，可能无法直接应用于其他物种或更复杂的生物系统。	探索蝌蚪的再生机制和功能细胞的特征。	研究了再生能力不同的蝌蚪，并探讨了ROC的作用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	多个再生能力不同的蝌蚪样本
2	2024-08-05	Single-Cell Profiling of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Underlying Heterogeneity Associated with Disease Progression 2019-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3309 PMID:30718356	研究论文	皮肤T细胞淋巴瘤的单细胞分析揭示了与疾病进展相关的潜在异质性	首次使用单细胞RNA测序和机器学习方法定义了Sézary综合症中不同的转录组状态，并建立了能够预测早期与晚期CTCL疾病的基因签名	对疾病病理机制的理解仍不完整，这可能限制了治疗方案的开发	揭示Sézary综合症的异质性，并提供更好的转录组多样性理解	Sézary综合症中的恶性T细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	增强树分类模型	基因表达数据	NA
3	2024-08-05	HSV-1 single-cell analysis reveals the activation of anti-viral and developmental programs in distinct sub-populations 2019-05-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46339 PMID:31090537	研究论文	本文结合活细胞成像和单细胞 RNA 测序，揭示了 HSV-1 感染中不同亚群的抗病毒和发育程序的激活。	揭示了在 HSV-1 感染中，感染细胞的转录异质性并识别出转录上独特的亚群体。	研究主要集中在初级人类细胞的感染，可能无法完全适用于其他类型细胞或感染方式。	研究 HSV-1 感染过程中的单细胞水平的病毒和宿主转录异质性。	主要研究初级人类细胞在 HSV-1 感染下的反应。	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序和活细胞成像	NA	RNA 数据	NA
4	2024-08-05	A single-cell transcriptomic atlas of the developing chicken limb 2019-May-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5802-2 PMID:31117954	研究论文	本文利用单细胞RNA测序构建了小鸡肢体发育的转录组图谱	首次在细胞分辨率下 catalog 了小鸡环肢的发育组织类型和转录组动态	目前的研究主要集中在小鸡肢体的发育阶段，可能不适用于其他物种	揭示转录细胞类型特异性程序与形态形成之间动态相互作用	研究小鸡发育过程中不同的组织类型及其转录组动态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	共测序了来自小鸡三个人肢发育阶段的17,628个细胞
5	2024-08-05	Multiplexed, Sequential Secretion Analysis of the Same Single Cells Reveals Distinct Effector Response Dynamics Dependent on the Initial Basal State 2019-May-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.201801361 PMID:31065513	研究论文	该文章展示了一种基于微芯片的多重、序列化的分泌分析方法，用于研究单个免疫细胞的效应器响应动态.	文章创新性地提出了一种在同一单细胞上进行10重分泌测定的方法，揭示了基于初始基础状态的不同效应器响应动态	样本数量和时间点可能限制了对更广泛免疫反应的全面理解	研究不同激活模式下单个人类巨噬细胞对特定刺激物的响应动态	单个免疫细胞，尤其是人类巨噬细胞	数字病理学	NA	微芯片基础的分泌分析	NA	蛋白质分泌数据和单细胞RNA测序数据	大约5000个单细胞，在4个时间点同时测量
6	2024-08-07	How to Find a Resident Kidney Macrophage: the Single-Cell Sequencing Solution 2019-May, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2019030245 PMID:30948628	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7	2024-08-07	HBEGF+ macrophages in rheumatoid arthritis induce fibroblast invasiveness 2019-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aau8587 PMID:31068444	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术，在类风湿性关节炎（RA）患者的关节中定义了不同的巨噬细胞亚群，并探讨了它们在疾病中的作用	首次详细描述了HBEGF+巨噬细胞在RA中的特定亚群及其对纤维母细胞侵袭性的影响	研究主要集中在体外和组织层面的实验，可能需要进一步的体内研究来验证结果	深入理解类风湿性关节炎中巨噬细胞的表型及其在疾病进展中的作用	类风湿性关节炎患者的关节巨噬细胞及其与纤维母细胞的相互作用	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及约1%的人口，具体样本数量未详细说明
8	2024-08-07	Adaptive Immune Resistance Emerges from Tumor-Initiating Stem Cells 2019-05-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.03.025 PMID:31031009	研究论文	本文通过设计一种皮肤癌模型，研究了肿瘤起始干细胞（tSCs）如何通过适应性免疫抵抗机制克服免疫监视	发现tSCs通过表达CD80并结合CTLA4直接抑制细胞毒性T细胞活性，从而抵抗免疫疗法	NA	探讨肿瘤起始干细胞如何克服免疫监视并形成肿瘤复发的机制	肿瘤起始干细胞（tSCs）及其在皮肤鳞状细胞癌（SCC）中的免疫抵抗机制	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	NA
9	2024-08-07	Model-based understanding of single-cell CRISPR screening 2019-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10216-x PMID:31110232	研究论文	本文介绍了MUSIC，一个集成管道，用于基于模型的单细胞CRISPR筛选数据理解	MUSIC能够准确量化和优先处理单细胞CRISPR筛选数据中的个体基因扰动效应，并能容忍数据分析中存在的显著噪声	NA	开发一个集成管道，以基于模型的方法分析单细胞CRISPR筛选数据，从而阐明扰动功能和生物电路	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	CRISPR筛选, 单细胞RNA测序	集成管道	单细胞数据	使用所有公开可用的数据进行综合测试
10	2024-08-07	Evaluation of Weng et al.: Leveraging Cell Type Correlations and Single-Cell Bioinformatics to Identify Progenitor Diversity and Lineage 2019-05-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.04.011 PMID:31051125	评论	本文是对Weng等人2019年发表的关于单细胞转录组学研究中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素的同行评审过程的展示	NA	NA	展示对Weng等人研究的同行评审过程	单细胞转录组学研究的中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素	单细胞生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
11	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals the impact of chromosomal instability on glioblastoma cancer stem cells 2019-05-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-019-0532-5 PMID:31151460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了染色体不稳定（CIN）对胶质母细胞瘤癌症干细胞（CSC）基因表达的影响	首次揭示了CIN直接导致基因表达变化，并增加了胶质母细胞瘤CSC的遗传和转录异质性	NA	研究CIN如何影响个体细胞中的基因表达	染色体不稳定的胶质母细胞瘤癌症干细胞和正常二倍体神经干细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	一个染色体不稳定的胶质母细胞瘤癌症干细胞系和一个正常二倍体神经干细胞系
12	2024-08-09	Molecular Logic of Spinocerebellar Tract Neuron Diversity and Connectivity 2019-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.113 PMID:31141687	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传操作技术，探讨了脊髓小脑束神经元（SCTNs）多样性和连接性的分子逻辑。	首次揭示了Hox基因在SCTN亚型特异性转录程序中的作用，以及这些基因在神经回路组装中的关键角色。	NA	阐明脊髓小脑束神经元多样性和连接性的分子机制。	脊髓小脑束神经元（SCTNs）及其在感觉信息传递中的作用。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
13	2024-08-09	Single-Cell Transcriptional Profiling of Aortic Endothelium Identifies a Hierarchy from Endovascular Progenitors to Differentiated Cells 2019-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.102 PMID:31141696	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了主动脉内皮细胞的异质性及其从内皮祖细胞到分化细胞的层次结构	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了主动脉内皮细胞的亚群及其层次结构，并验证了这些细胞群的异质性	NA	阐明循环系统内皮细胞的细胞和分子特征	主动脉内皮细胞的异质性及其层次结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
14	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Estrogen Signaling Coordinately Augments One-Carbon, Polyamine, and Purine Synthesis in Breast Cancer 2019-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.05.047 PMID:31141700	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15	2024-08-09	Dissecting lung development and fibrosis at single-cell resolution 2019-05-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-019-0645-7 PMID:31126351	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术，对肺部发育和纤维化过程中的细胞群体进行了高分辨率分析	本文创新性地使用单细胞RNA测序技术，研究了肺部发育和纤维化疾病中免疫细胞与组织成分的相互作用机制	NA	研究肺部发育和纤维化过程中的细胞机制	肺部发育和纤维化过程中的细胞群体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
16	2024-08-09	Systematic expression analysis of ligand-receptor pairs reveals important cell-to-cell interactions inside glioma 2019-05-22, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-019-0363-1 PMID:31118022	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了胶质瘤内部细胞间的相互作用	首次利用单细胞RNA测序数据和TCGA数据，系统地揭示了胶质瘤内部细胞间的相互作用，并构建了预测胶质瘤患者预后的机器学习模型	NA	揭示胶质瘤内部细胞间的相互作用，并发现潜在的预后标志物	胶质瘤细胞及其相互作用	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	6341个胶质瘤细胞
17	2024-08-09	Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species 2019-05-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004 PMID:31121116	研究论文	本文介绍了scCoGAPS和projectR工具，用于从源单细胞RNA测序数据集定义潜在空间，并通过迁移学习在独立目标数据集中评估这些潜在空间	提出了scCoGAPS和projectR工具，通过迁移学习在不同生物学背景下识别共享的生物学特征，超越了依赖标记基因或整体分子身份的传统方法	NA	探索单细胞RNA测序数据通过潜在空间表示的分析方法	单细胞RNA测序数据集及其在不同组织和物种中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括发育中的小鼠视网膜、成年小鼠视网膜、人类视网膜发育时间序列、发育中的大脑单细胞RNA测序数据集、染色质可及性数据和鼠细胞类型图谱
18	2024-08-09	Wnt Signaling Separates the Progenitor and Endocrine Compartments during Pancreas Development 2019-05-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.083 PMID:31116975	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析人胚胎干细胞在球状聚集体中分化时，Wnt信号通路在胰腺发育中分离祖细胞和内分泌细胞区室的作用	揭示了Wnt信号通路抑制在体外分化过程中对内分泌细胞比例增加的作用，为1型糖尿病治疗提供了新的见解	NA	探索体外分化过程中人胚胎干细胞自主反应，提高分化效率并控制细胞群体的最终组成	人胚胎干细胞在球状聚集体中的分化过程及Wnt信号通路的作用	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
19	2024-08-09	An Atlas of Vagal Sensory Neurons and Their Molecular Specialization 2019-05-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.096 PMID:31116992	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术对神经嵴（颈静脉）和基板（结节）来源的迷走神经节中的神经元类型进行了全面的识别、分类和验证	本文揭示了来自不同胚胎起源的神经元之间的重要差异，并发现了多种先前未预料到的神经元类型	NA	研究迷走神经的感觉功能及其在心血管和胃肠道系统中的作用	迷走神经节中的神经元类型及其分子特化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
20	2024-08-09	Differential microglia and macrophage profiles in human IDH-mutant and -wild type glioblastoma 2019-May-03, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.26863 PMID:31139325	研究论文	本研究通过流式细胞术、免疫荧光技术和单细胞RNA测序，比较了IDH突变型和野生型胶质母细胞瘤中与肿瘤相关的微胶质细胞和巨噬细胞的差异	首次直接比较了未经治疗的IDH突变型与野生型胶质母细胞瘤中与肿瘤相关的微胶质细胞和巨噬细胞的差异	研究样本仅限于四个未经治疗的IDH突变型胶质母细胞瘤	探讨IDH突变型和野生型胶质母细胞瘤中微胶质细胞和巨噬细胞的差异及其对预后的影响	IDH突变型和野生型胶质母细胞瘤中的微胶质细胞和巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	四个未经治疗的IDH突变型胶质母细胞瘤