单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	A general computational approach to predicting synergistic transcriptional cores that determine cell subpopulation identities 2019-04-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz147 PMID:30820550	研究论文	本文开发了一种新的计算方法，用于确定细胞群体中亚群的协同转录核心，这些核心决定了亚群的身份	该方法使用信息论度量来量化转录协同作用，并实现了一种新的算法来搜索最优协同核心，不依赖于任何候选基因或基因调控网络的先验知识	NA	开发一种计算方法来识别定义细胞亚群身份的转录因子协同组合	细胞亚群的转录因子协同组合	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	八组已发表的单细胞RNA测序数据
42	2024-08-09	Rate of Progression through a Continuum of Transit-Amplifying Progenitor Cell States Regulates Blood Cell Production 2019-04-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.01.026 PMID:30827895	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，揭示了在红细胞生成过程中，过渡放大前体细胞状态的连续性及其与细胞增殖潜能的相关性	首次展示了过渡放大前体细胞在红细胞生成过程中的转录组状态连续性，并揭示了糖皮质激素通过减缓这一连续性的进展来增强红细胞生成的机制	NA	探究红细胞生成过程中过渡放大前体细胞状态的连续性及其调控机制	红细胞生成过程中的过渡放大前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
43	2024-08-09	The role of astroglia in Alzheimer's disease: pathophysiology and clinical implications 2019-04, The Lancet. Neurology DOI:10.1016/S1474-4422(18)30490-3 PMID:30795987	研究论文	本文探讨了星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的病理生理作用及其临床意义	研究焦点从神经元转向胶质细胞和神经炎症，利用干细胞衍生的星形胶质细胞进行体内研究，探索人类疾病，并尝试开发星形胶质细胞生物标志物和靶向疗法	使用啮齿动物模型可能不足以完全模拟人类疾病，因为啮齿动物的星形胶质细胞在形态、功能和基因表达上与人类有显著差异	理解星形胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用，并开发新的生物标志物和药物靶点	星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的功能和病理作用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及人类和啮齿动物的星形胶质细胞
44	2024-08-09	Multimodal Single-Cell Analysis Reveals Physiological Maturation in the Developing Human Neocortex 2019-04-03, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.01.027 PMID:30770253	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和神经递质受体激动剂引起的细胞内Ca2+升高测量，揭示了发育中的人类新皮层中细胞类型的生理异质性	首次将生理反应特性与分子细胞身份相结合，揭示了单细胞转录组学未能捕捉到的多样性	NA	研究发育中的人类新皮层中细胞类型的生理成熟过程	人类新皮层中的前体细胞和新生神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单细胞样本
45	2024-08-09	Emerging approaches and technologies in transplantation: the potential game changers 2019-04, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-019-0207-3 PMID:30760918	综述	本文综述了三种新兴技术在器官移植领域的应用，旨在解决终身免疫抑制和扩大供体池的关键挑战	介绍了单细胞RNA测序技术、纳米技术和CRISPR/Cas9基因编辑技术在移植医学中的创新应用	NA	探讨新兴技术如何改变传统器官移植方法，以解决移植医学中的关键挑战	器官移植中的免疫抑制和供体池扩展问题	NA	NA	单细胞RNA测序技术、纳米技术、CRISPR/Cas9基因编辑技术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
46	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells 2019-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1104/pp.18.01482 PMID:30718350	研究论文	本研究利用商业化的基于液滴的微流控平台进行高通量单细胞RNA测序，从超过10,000个拟南芥根细胞的原生质体中获得了单细胞转录组	首次广泛应用单细胞RNA测序技术于植物细胞，揭示了拟南芥根细胞的主要组织和发育阶段，并识别了不同的亚群和稀有细胞类型	NA	展示单细胞RNA测序在植物中的可行性和实用性，并提供拟南芥根细胞的单细胞分辨率基因表达图谱	拟南芥根细胞的单细胞转录组	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过10,000个拟南芥根细胞的原生质体
47	2024-08-09	Sensitive high-throughput single-cell RNA-seq reveals within-clonal transcript correlations in yeast populations 2019-04, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0346-9 PMID:30718850	研究论文	本文开发了一种敏感、可扩展且成本低廉的酵母单细胞RNA测序（yscRNA-seq）方法，用于检测酵母克隆群体中的转录相关性	yscRNA-seq方法能够以链特异性和异构体特异性的方式数字化计数转录起始位点，检测低丰度的非编码RNA和至少一半的蛋白质编码基因	尽管检测到每个基因平均约3.5个分子，但单细胞水平上表达的异构体数量受到限制	揭示酵母克隆群体中的转录相关性	酵母单细胞RNA表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	酵母克隆细胞群体
48	2024-08-09	The Myeloid Cell Compartment-Cell by Cell 2019-04-26, Annual review of immunology IF:26.9Q1 DOI:10.1146/annurev-immunol-042718-041728 PMID:30649988	研究论文	本文重新审视了髓系细胞的细胞谱系、激活、分化和组织特异性功能模型，并探讨了单细胞基因组学在理解这些细胞复杂性和异质性中的应用。	利用单细胞RNA测序技术揭示了髓系细胞在炎症条件下比预期更大的异质性，并提出了对髓系细胞全面理解的新步骤。	髓系细胞在稳态和疾病中的巨大可塑性和异质性尚未完全理解。	旨在全面理解健康和疾病状态下髓系细胞的特性。	髓系细胞，包括单核细胞、树突状细胞、组织巨噬细胞和粒细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	NA
49	2024-08-09	Understanding antimicrobial discovery and resistance from a metagenomic and metatranscriptomic perspective: advances and applications 2019-04, Environmental microbiology reports IF:3.6Q2 DOI:10.1111/1758-2229.12735 PMID:30637962	研究论文	本文探讨了从宏基因组学和宏转录组学角度理解抗菌药物发现和耐药性的进展与应用	文章介绍了宏基因组学和宏转录组学在发现抗生素和检测抗生素耐药基因方面的新应用	存在准确分箱、偏斜的抗生素耐药基因数据库、检测低丰度和等位变异抗生素耐药基因以及有效表征可移动元件的挑战	旨在通过宏基因组学和宏转录组学技术，深入理解抗生素耐药基因的来源、分布及其在环境中的影响	研究对象包括抗生素耐药基因、抗生素生产者以及人类活动对抗生素耐药基因选择和传播的影响	宏基因组学	NA	宏基因组学、宏转录组学、长读长测序、单细胞测序、染色体构象捕获、DNA甲基化分箱	深度学习	基因组数据	未具体说明样本数量
50	2024-08-09	No Cell Left Unturned: Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm Heterogeneity 2019-04-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3877 PMID:30642914	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，描述了导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）进展为侵袭性癌症过程中上皮细胞、免疫细胞和间质细胞的动态景观	首次全面描述IPMN进展过程中细胞生态系统的动态变化	NA	研究IPMN进展为侵袭性癌症的细胞生态系统特征	导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）中的上皮细胞、免疫细胞和间质细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
51	2024-08-09	Conditional deletion of Des1 in the mouse retina does not impair the visual cycle in cones 2019-04, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201802493R PMID:30645148	研究论文	研究评估了候选视黄醇异构酶Des1在视网膜中的作用，特别是其在视锥细胞视觉色素再生中的功能	通过条件性敲除方法，研究了Des1在视网膜Müller细胞中的表达对视锥细胞功能的影响	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类或其他物种	评估Des1在视锥细胞视觉循环中的生理贡献	视锥细胞和Müller细胞中的Des1表达	NA	NA	条件性基因敲除，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了Floxed Des1小鼠与Pdgfrα-Cre小鼠交配后代进行研究
52	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in facioscapulohumeral muscular dystrophy disease etiology and development 2019-04-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy400 PMID:30445587	研究论文	本文利用单细胞RNA测序结合伪时间轨迹建模，研究了面肩肱型肌营养不良症（FSHD）的病因和细胞进展	本文首次在单细胞水平上揭示了FSHD特异性细胞群，并发现了与DUX4去抑制相关的新基因，同时构建了FSHD细胞进展模型	本文主要集中在单细胞RNA测序数据的分析，未涉及临床治疗效果的验证	旨在揭示FSHD疾病的病因和细胞进展，为治疗提供新的生物标志物和靶点	面肩肱型肌营养不良症（FSHD）的病因和细胞进展	数字病理学	面肩肱型肌营养不良症	单细胞RNA测序	伪时间轨迹建模	RNA	所有测试的患者来源的培养物中均鉴定出少量FSHD特异性细胞群
53	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression 2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955 PMID:30385653	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术分析了胰腺癌前病变在从非侵袭性病变到侵袭性癌症进展过程中的上皮和微环境异质性变化	通过单细胞转录组学技术，首次详细揭示了胰腺癌前病变在早期癌变过程中的上皮和微环境异质性变化	NA	旨在早期检测胰腺导管腺癌（PDAC）并阐明其前病变分子相关性	胰腺导管腺癌的前病变，特别是导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	5,403个细胞，来自2个低级别IPMNs、2个高级别IPMNs和2个PDACs
54	2024-08-09	Placing RNA in context and space - methods for spatially resolved transcriptomics 2019-04, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.14435 PMID:29542254	综述	本文综述了空间分辨转录组学的方法，特别是原位RNA分析技术及其最新进展	介绍了更全面和高度多重化的空间分辨转录组学方法的最新发展	讨论了这些方法的局限性和挑战	旨在更好地理解多细胞生物的细胞和组织功能，需要在其生理、形态和解剖背景和空间中绘制细胞图谱	多细胞生物的细胞和组织功能	NA	NA	原位RNA分析	NA	转录组数据	NA