单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	ChimeraMiner: An Improved Chimeric Read Detection Pipeline and Its Application in Single Cell Sequencing 2019-Apr-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20081953 PMID:31010074	研究论文	本文构建了ChimeraMiner，一个改进的嵌合读取检测管道，用于分析MDA的测序数据并分类嵌合序列	ChimeraMiner能够发现先前管道遗漏的6,736,168个新型嵌合体，并在相同的硬件条件下显著减少了处理时间	NA	提高嵌合读取检测的效率，减少单细胞研究中的错误阳性结构变异	MDA方法产生的嵌合读取	测序技术	NA	MDA	NA	测序数据	两个数据集（MDA1和MDA2），分别包含773百万和528百万读取对
22	2024-08-09	Single cell transcriptomics based-MacSpectrum reveals novel macrophage activation signatures in diseases 2019-04-16, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.126453 PMID:30990466	研究论文	本文开发了一种名为MacSpectrum的高分辨率算法平台，用于分析单细胞转录组数据，揭示了脂肪组织巨噬细胞在疾病中的新型激活特征。	首次开发了MacSpectrum平台，能够高分辨率地映射巨噬细胞的激活状态，并捕捉其在体外和体内的动态变化。	NA	旨在填补现有模型无法精确描述巨噬细胞在体内动态调节特征的知识空白。	主要研究脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖和糖尿病中的作用。	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了来自骨髓衍生的巨噬细胞的单细胞转录组数据
23	2024-08-09	Leveraging Single-Cell RNA Sequencing Experiments to Model Intratumor Heterogeneity 2019-04, JCO clinical cancer informatics IF:3.3Q2 DOI:10.1200/CCI.18.00074 PMID:30995123	研究论文	本文利用单细胞RNA测序实验来模拟肿瘤内异质性，并提出使用广义多样性指数（GDI）来量化多尺度上的异质性，将其与疾病演变联系起来。	本文创新性地使用广义多样性指数（GDI）来量化肿瘤内异质性，这一方法在揭示样本间差异和条件变化时比传统的香农多样性指数更为有效。	NA	研究目的是通过单细胞RNA测序数据来量化肿瘤内异质性，并探讨其与疾病演变的关系。	研究对象包括健康骨髓捐赠者、急性髓系白血病患者以及肺癌患者的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA）	NA	基因表达数据	研究涉及的数据来自两位健康骨髓捐赠者、两位急性髓系白血病患者（移植前后）、四种预分类的谱系样本以及六位多区域采样的肺癌患者。
24	2024-08-09	Discovery and characterization of variance QTLs in human induced pluripotent stem cells 2019-04, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1008045 PMID:31002671	研究论文	本文通过全基因组方法识别表达变异数量性状位点（vQTLs），使用来自53名约鲁巴个体的诱导多能干细胞（iPSCs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行研究	首次在人类诱导多能干细胞中识别出表达变异数量性状位点（vQTLs），并探讨了分散数量性状位点（dQTLs）对表达变异的影响	识别出的vQTLs中，部分可以被解释为对平均表达的影响，且需要大量样本才能检测到最强的dQTLs	理解基因表达变异的遗传控制	人类诱导多能干细胞中的基因表达变异	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	53名约鲁巴个体的5,447个单细胞
25	2024-08-09	Hypoxia tolerance in the Norrin-deficient retina and the chronically hypoxic brain studied at single-cell resolution 2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1821122116 PMID:30988181	研究论文	研究在Norrin缺乏的视网膜和慢性缺氧的大脑中，单细胞分辨率下的缺氧耐受性	首次系统地描述了哺乳动物中枢神经系统在慢性缺氧下的细胞类型特异性反应，并揭示了视网膜和大脑在慢性缺氧下基因表达的共享和细胞类型特异性变化	NA	探讨Norrin缺乏的视网膜和慢性缺氧大脑在单细胞分辨率下的缺氧耐受性	Norrin KO小鼠的视网膜和慢性缺氧的大脑	数字病理学	家族性渗出性视网膜病变	单细胞RNA测序，非靶向代谢组学，C-葡萄糖代谢物标记	NA	基因表达数据	Norrin KO小鼠和野生型小鼠的视网膜，以及在低氧环境下饲养一周的小鼠的大脑皮层
26	2024-08-09	A Bayesian mixture model for clustering droplet-based single-cell transcriptomic data from population studies 2019-04-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-09639-3 PMID:30967541	研究论文	本文开发了一种贝叶斯混合模型（BAMM-SC）用于聚类来自多个个体的液滴单细胞转录组数据	BAMM-SC模型能够处理数据异质性和批次效应，提高了聚类准确性，特别是在个体间存在异质性的情况下	NA	开发一种适用于大规模人群单细胞转录组研究的聚类方法	液滴单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	贝叶斯混合模型	转录组数据	数万个来自多个个体的单细胞
27	2024-08-09	DoubletFinder: Doublet Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data Using Artificial Nearest Neighbors 2019-04-24, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.03.003 PMID:30954475	研究论文	本文介绍了一种名为DoubletFinder的计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中检测由技术伪影引起的“双峰”现象	DoubletFinder通过使用基因表达数据，预测每个真实细胞在基因表达空间中与人工双峰的接近程度来识别双峰	NA	开发一种新的计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中准确检测双峰	单细胞RNA测序数据中的双峰现象	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	随机选择的细胞对
28	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies inflammatory tissue T cells in eosinophilic esophagitis 2019-04-08, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI125917 PMID:30958799	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析了过敏性炎症中人体组织CD3+ T细胞的异质性，特别是针对嗜酸性食管炎（EoE）这一特定组织过敏疾病	首次识别出八种不同的组织T细胞亚型（T1-T8），并发现T7和T8在病变组织中富集，揭示了FFAR3在放大EoE局部Th2反应中的潜在作用	NA	解析过敏性炎症中人体组织CD3+ T细胞的异质性，特别是针对嗜酸性食管炎（EoE）	从疾病活动度不同的患者中提取的1088个单个T细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	1088个单个T细胞
29	2024-08-09	Singling out Th2 cells in eosinophilic esophagitis 2019-04-08, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI128479 PMID:30958801	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性食管炎患者组织中T细胞的异质性	首次使用单细胞RNA测序技术识别嗜酸性食管炎中的相关细胞群和机制	NA	探讨嗜酸性食管炎中T细胞的异质性及其在疾病中的作用	嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞和T细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
30	2024-08-09	Defining the developmental program leading to meiosis in maize 2019-04-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav6428 PMID:30948545	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，重建了玉米雄性减数分裂的发展程序	发现了减数分裂前转录组的两步重组过程，并排除了干细胞模型	NA	研究玉米减数分裂的发展程序	玉米雄性减数分裂	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及26.7%的转录本在减数分裂前发生两倍或更多的表达变化
31	2024-08-09	Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis 2019-04-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav9776 PMID:30948552	研究论文	研究使用空间转录组学方法，分析了小鼠和ALS患者死后脊髓组织中的基因表达，以揭示ALS中分子病理学的时空动态	首次利用空间转录组学技术，系统地研究了ALS中驱动运动神经元丢失的分子事件的时空顺序	NA	揭示ALS中分子病理学的时空动态	小鼠脊髓组织和ALS患者死后脊髓组织	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠脊髓组织和ALS患者死后脊髓组织样本
32	2024-08-09	A fast and efficient count-based matrix factorization method for detecting cell types from single-cell RNAseq data 2019-04-05, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-019-0699-6 PMID:30953530	研究论文	本文开发了一种快速高效的基于计数的矩阵分解方法scNBMF，用于从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型	scNBMF方法能够直接处理单细胞RNA测序数据的原始计数，并且在处理大量细胞时速度更快	NA	开发一种新的矩阵分解方法，以更有效地从单细胞RNA测序数据中提取细胞类型信息	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达数据	三个公共单细胞RNA测序数据集，包括脑、胚胎干细胞和胰岛细胞
33	2024-08-09	A Subset of TREM2+ Dermal Macrophages Secretes Oncostatin M to Maintain Hair Follicle Stem Cell Quiescence and Inhibit Hair Growth 2019-04-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.01.011 PMID:30930146	研究论文	本文研究了Oncostatin M（OSM）通过JAK-STAT5信号通路维持毛囊干细胞静止状态并抑制毛发生长的机制	首次揭示了TREM2+皮肤巨噬细胞分泌的OSM在维持毛囊干细胞静止和抑制毛发生长中的作用	NA	阐明JAK-STAT信号通路如何主动抑制毛发生长	毛囊干细胞的静止状态和毛发生长	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
34	2024-08-09	Simplified Drop-seq workflow with minimized bead loss using a bead capture and processing microfluidic chip 2019-04-23, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c9lc00014c PMID:30920557	研究论文	本文介绍了一种简化的Drop-seq工作流程，通过使用微流控芯片捕获和处理珠子，减少了珠子损失	重新设计了原始的dropleting设备，使其兼容空气压力系统和注射泵，并设计了一个用于封装后珠子处理的芯片，从而简化了Drop-seq的细胞处理效率	NA	优化和重新设计Drop-seq技术，提高其灵活性和效率	单细胞RNA测序技术中的Drop-seq平台	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	微流控芯片	细胞	数千个细胞
35	2024-08-09	A knowledge-guided kidney cell census-reconciling bulk omics with cellular heterogeneity? 2019-04, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2018.12.016 PMID:30904059	research paper	Clark等人基于对肾脏总质量和分子标记物表达的计算贡献，提出了一份基于知识的43种已知典型肾脏细胞类型的名录	研究展示了如何结合单细胞转录组学与批量测序数据集，以促进肾脏研究中整合组学分析的利用	研究指出了批量转录组学的局限性	旨在调和批量组学与细胞异质性之间的关系	43种已知的典型肾脏细胞类型	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	43种细胞类型
36	2024-08-09	Cell composition analysis of bulk genomics using single-cell data 2019-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0355-5 PMID:30886410	研究论文	本文介绍了一种名为Cell Population Mapping (CPM)的解卷积算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来推断复杂组织中细胞类型和状态的组成	CPM算法能够重建异质组织中细胞状态的连续谱，并揭示了细胞丰度与临床症状之间的关系是细胞状态特异性的	NA	研究细胞类型和状态的组成及其与临床症状的关系	流感病毒感染的小鼠肺部组织	数字病理学	流感	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	解卷积算法	转录组数据	流感病毒感染的小鼠肺部组织样本
37	2024-08-09	Scalable analysis of cell-type composition from single-cell transcriptomics using deep recurrent learning 2019-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0353-7 PMID:30886411	研究论文	本文介绍了scScope方法，该方法利用深度学习技术从大量噪声单细胞基因表达数据中准确快速地识别细胞类型组成	提出了scScope方法，利用深度学习技术处理大规模单细胞RNA测序数据，实现了细胞类型组成的快速准确识别	NA	开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中快速准确识别细胞类型组成的方法	单细胞转录组数据中的细胞类型组成	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	数百万个单细胞
38	2024-08-09	Single-Cell RNA Profiling of Glomerular Cells Shows Dynamic Changes in Experimental Diabetic Kidney Disease 2019-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018090896 PMID:30846559	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了糖尿病肾病中肾小球细胞的基因表达变化	首次详细揭示了糖尿病肾病中肾小球细胞特异性基因表达的动态变化	研究仅限于特定的eNOS-/-小鼠模型，可能不适用于所有糖尿病肾病情况	阐明糖尿病肾病中肾小球细胞特异性基因表达的变化	糖尿病肾病中的肾小球细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自糖尿病eNOS-/-小鼠和对照eNOS-/-小鼠的肾小球细胞
39	2024-08-09	Altered neuronal migratory trajectories in human cerebral organoids derived from individuals with neuronal heterotopia 2019-04, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-019-0371-0 PMID:30858616	研究论文	研究通过分析来自DCHS1和FAT4基因突变患者的诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的脑类器官，探讨了脑皮质异位症（PH）的分子和细胞机制	首次使用人脑类器官模型来再现与PH相关的皮质异位症，并揭示了DCHS1和FAT4基因突变对神经元迁移动力学的影响	研究仅限于DCHS1和FAT4基因突变的患者，可能无法完全代表所有PH病例	理解导致人类皮质畸形，特别是脑皮质异位症的分子和细胞机制	来自DCHS1和FAT4基因突变患者的iPSCs衍生的脑类器官	数字病理学	神经疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	来自DCHS1和FAT4基因突变患者的iPSCs及同基因敲除（KO）细胞系
40	2024-08-09	Complementary Roles for Single-Nucleus and Single-Cell RNA Sequencing in Kidney Disease Research 2019-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2019020112 PMID:30867246	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA