单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Endothelial-to-haematopoietic transition: an update on the process of making blood 2019-04-30, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20180320 PMID:30902922	评论	本综述总结了血液生成中内皮细胞向造血细胞转变的最新发现	更新了内皮向造血细胞转变（EHT）过程的诸多细节与研究进展	未提及具体的实验数据或模型验证	总结内皮细胞转变为造血细胞的过程和最新发现	胚胎中内皮细胞及其转变过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠、鸡和斑马鱼胚胎	NA	多种模型系统，包括小鼠、鸡和斑马鱼胚胎
2	2024-08-05	Learning mutational graphs of individual tumour evolution from single-cell and multi-region sequencing data 2019-Apr-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2795-4 PMID:31023236	研究论文	本文介绍了一种新的计算框架TRaIT，用于推断肿瘤进化的突变图	TRaIT是首个支持单细胞和多区域测序数据的同一统计框架，能够捕获复杂的进化现象	文中未提及具体的局限性	研究旨在重建个体肿瘤的进化模型	研究对象为通过单细胞和多区域测序获取的癌症数据集	数字病理学	肿瘤	测序	突变图模型	基因组数据	涉及多区域和单细胞测序的数据集，具体样本量未说明
3	2024-08-05	Ex vivo Dynamics of Human Glioblastoma Cells in a Microvasculature-on-a-Chip System Correlates with Tumor Heterogeneity and Subtypes 2019-Apr-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.201801531 PMID:31016107	研究论文	这篇文章评估了来自十名胶质母细胞瘤患者的BTSCs在微血管芯片系统中的动态	建立了微血管芯片系统作为PVN模型，揭示了泰BTSCs的运动特征与肿瘤异质性和亚型之间的关系	样本数量较小，仅涵盖十名患者，可能限制了研究结果的普适性	研究人类胶质母细胞瘤细胞在微血管环境中的动态与肿瘤异质性之间的关系	十名胶质母细胞瘤患者的脑肿瘤干细胞(BTSCs)	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组测序	NA	细胞	10名患者，合计21,750个单细胞
4	2024-08-05	SAFE-clustering: Single-cell Aggregated (from Ensemble) clustering for single-cell RNA-seq data 2019-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty793 PMID:30202935	研究论文	本文介绍了一种名为SAFE-clustering的单细胞RNA-seq数据聚类方法	SAFE-clustering是一种灵活、准确且稳健的聚类方法，通过集成多种聚类方法的结果构建共识解	NA	提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型聚类的准确性	多个单细胞RNA-seq数据集	数字病理学	NA	scRNA-Seq	聚类算法	数据集	12个数据集，单细胞数量从49到32,695不等
5	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling of the Ciona larval brain 2019-04-15, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2018.09.023 PMID:30392840	研究论文	该文章描述了使用单细胞RNA测序对Ciona幼虫大脑的转录组进行了分析	首次利用单细胞RNA测序技术对Ciona幼虫大脑的转录组进行全面剖析	仅关注特定类型的大脑细胞，可能无法全面代表整个大脑的基因表达特征	探索脊椎动物中枢神经系统的发育与连接	Ciona robusta幼虫的单个脑细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从整个Ciona幼虫大脑中分离的单个细胞
6	2024-08-05	Phenotypic Landscape of Schizophrenia-Associated Genes Defines Candidates and Their Shared Functions 2019-04-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.048 PMID:30929901	research paper	这篇文章定义了与精神分裂症相关的候选基因及其功能	通过突变斑马鱼的同源基因，创建了一幅表型图谱，揭示了与精神分裂症相关基因的相互作用和共享功能	研究可能局限于斑马鱼模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索与精神分裂症相关的基因及其共同功能	132个与精神分裂症相关的人类基因的斑马鱼同源基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	脑活动图谱、脑结构差异、行为异常特征	NA
7	2024-08-05	TSEE: an elastic embedding method to visualize the dynamic gene expression patterns of time series single-cell RNA sequencing data 2019-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5477-8 PMID:30967106	研究论文	提出了一种利用弹性嵌入方法可视化时间序列单细胞RNA测序数据的算法	开发了时间序列弹性嵌入(TSEE)算法，通过整合实验时间信息来增强对时间序列scRNA-seq数据的可视化	NA	旨在开发一种算法以可视化时间序列单细胞RNA测序数据	时间序列单细胞RNA测序数据，主要用于人类和斑马鱼的发育过程	数字病理学	NA	RNA-seq	弹性嵌入(EE)	时间序列数据	NA
8	2024-08-05	Cerebral organoids at the air-liquid interface generate diverse nerve tracts with functional output 2019-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-019-0350-2 PMID:30886407	研究论文	本文探讨了大脑类器官在气液界面培养条件下的神经轨迹形成及其功能输出	通过气液界面培养，显著提高了神经元存活率和轴突生长，显示出不同的神经轨迹形态及功能	研究未提及样本数量的限制或长期功能观察	旨在改善对人脑发育和神经疾病的理解	研究对象为大脑类器官及其形成的神经网络	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	类器官模型	组织样本	NA
9	2024-08-07	Characterization of cell fate probabilities in single-cell data with Palantir 2019-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0068-4 PMID:30899105	研究论文	本文介绍了一种名为Palantir的算法，该算法通过将细胞命运视为概率过程并利用熵来测量细胞可塑性，模拟分化细胞的轨迹	Palantir算法能够生成高分辨率的细胞伪时间排序，并为每个细胞状态分配分化为每个终末状态的概率，优于现有算法	NA	研究细胞分化的离散与连续性质，并开发新的算法来模拟这一过程	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类骨髓单细胞RNA测序数据
10	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Human Embryonic Stem Cell Differentiation Delineates Adverse Effects of Nicotine on Embryonic Development 2019-04-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.01.022 PMID:30827876	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了尼古丁对人类胚胎干细胞（hESC）衍生的胚胎体（EB）的影响	首次在单细胞水平上揭示了尼古丁对hESC分化的直接影响，并提供了一种新的方法来评估药物和环境毒素对人类胚胎发育的影响	NA	探讨尼古丁对人类胚胎发育的不良影响及其相关机制	人类胚胎干细胞（hESC）及其衍生的胚胎体（EB）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
11	2024-08-07	Comparative analysis of sequencing technologies for single-cell transcriptomics 2019-04-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1676-5 PMID:30961669	研究论文	本文首次比较了BGISEQ-500平台与Illumina HiSeq平台在单细胞RNA测序技术中的应用	提供了468个单细胞和1297个匹配的单cDNA样本的资源，用于基准测试新的单细胞RNA测序库准备协议和测序平台	NA	比较不同测序技术在单细胞转录组学中的性能	单细胞RNA测序技术	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	468个单细胞和1297个匹配的单cDNA样本
12	2024-08-07	Single-Cell RNA-Sequencing-Based CRISPRi Screening Resolves Molecular Drivers of Early Human Endoderm Development 2019-Apr-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.076 PMID:30995470	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和CRISPRi筛选技术，解析了人类内胚层早期发育的分子驱动因素	首次将单细胞RNA测序与CRISPRi筛选相结合，全面定义了内胚层发育中基因功能丧失的表型	NA	研究人类内胚层发育的分子基础	人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, CRISPRi	NA	RNA	NA
13	2024-08-09	SSCC: A Novel Computational Framework for Rapid and Accurate Clustering Large-scale Single Cell RNA-seq Data 2019-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2018.10.003 PMID:31202000	研究论文	本文提出了一种新的计算框架SSCC，用于大规模单细胞RNA测序数据的快速和准确聚类	SSCC框架基于随机投影和特征构建，显著提高了聚类准确性、鲁棒性和计算效率	NA	开发一种新的聚类方法，以应对大规模单细胞RNA测序数据分析中的计算挑战	大规模单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	SSCC	RNA测序数据	68,578个人类血液细胞
14	2024-08-09	Extensive exploration of T cell heterogeneity in cancers by single cell sequencing 2019-Apr, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2019.02.15 PMID:31156311	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在肿瘤微环境中对T细胞异质性的研究进展	利用单细胞RNA测序技术全面分析T细胞，探讨其在健康和疾病中的免疫系统异质性	NA	研究病理条件下T细胞群内的克隆扩增	肿瘤微环境中的T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
15	2024-08-09	Single cell RNA sequencing and its promise in reconstructing plant vascular cell lineages 2019-04, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2019.04.002 PMID:31071514	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在重建植物维管细胞谱系中的应用及其潜力	介绍了单细胞RNA测序技术如何提高我们对细胞类型分化的分子理解	目前植物细胞类型表达谱混杂了多个发育阶段，阻碍了细胞谱系的准确监测	探讨单细胞RNA测序技术在植物细胞类型分化研究中的应用	以根维管细胞为模型，研究细胞类型分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
16	2024-08-09	A 3D Atlas of Hematopoietic Stem and Progenitor Cell Expansion by Multi-dimensional RNA-Seq Analysis 2019-04-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.030 PMID:31042481	研究论文	本文通过多种RNA测序方法，构建了斑马鱼尾部造血组织中造血干细胞和祖细胞扩展的多维转录组图谱	首次建立了任何特定造血器官的多维转录组图谱	NA	揭示造血干细胞和祖细胞在斑马鱼尾部造血组织中的扩展机制	造血干细胞和祖细胞及其邻近支持细胞的转录组	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
17	2024-08-09	Performance Assessment and Selection of Normalization Procedures for Single-Cell RNA-Seq 2019-04-24, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.03.010 PMID:31022373	研究论文	本文开发了一个名为“scone”的灵活框架，用于评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）中归一化方法的性能	提出了一个基于全面数据驱动指标的灵活框架“scone”，用于评估和选择归一化方法	NA	评估和选择单细胞RNA测序分析中的归一化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集
18	2024-08-09	Select sequencing of clonally expanded CD8+ T cells reveals limits to clonal expansion 2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1902649116 PMID:30992377	研究论文	本文开发了一种名为SELECT-seq的方法，用于选择基于RNA表达的稀有细胞，并对其进行深度单细胞RNA测序，以研究抗原特异性T细胞的克隆性	SELECT-seq方法允许在深度单细胞RNA测序之前选择基于RNA表达的稀有细胞，从而研究抗原特异性T细胞的克隆性	文章指出，高度扩增的传统CD8 T细胞下调白细胞介素2受体α（IL2RA，或CD25）蛋白并显示衰老迹象，表明克隆扩增存在固有限制	研究抗原特异性T细胞的克隆性及其扩增的限制	外周血淋巴细胞中的CD8 T细胞、不变自然杀伤T细胞（iNKT）和黏膜相关不变T细胞（MAIT）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA表达数据	单个外周血淋巴细胞
19	2024-08-09	Early alterations in stem-like/resident T cells, innate and myeloid cells in the bone marrow in preneoplastic gammopathy 2019-04-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.127807 PMID:31013254	研究论文	研究分析了健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者骨髓中的免疫细胞，通过质谱流式细胞术和单细胞转录组分析，揭示了在癌前病变中免疫微环境的早期变化	首次详细描述了在癌前病变中先天性和适应性免疫的变化，并提出骨髓驻留T细胞库的耗竭可能与骨髓瘤中免疫监视的丧失有关	样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现	理解宿主对癌前病变的反应如何在恶性转化期间维持和改变，以预防癌症	健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者的骨髓免疫细胞	数字病理学	骨髓瘤	质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	12名健康捐赠者和26名MGUS/骨髓瘤患者
20	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Analyses of Neural Stem Cell Heterogeneity and Contextual Plasticity in a Zebrafish Brain Model of Amyloid Toxicity 2019-04-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.090 PMID:31018142	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了斑马鱼脑部模型中神经干细胞的异质性和环境可塑性，特别是在Aβ42诱导的阿尔茨海默病模型中的表现。	首次揭示了在阿尔茨海默病条件下，斑马鱼脑部神经干细胞的异质性和空间组织，以及细胞间通讯通过配体-受体对的改变。	研究主要集中在斑马鱼模型上，可能与人类神经干细胞的行为存在差异。	探索神经干细胞在阿尔茨海默病模型中的分子基础和可塑性，以及其在再生疗法中的潜在应用。	斑马鱼脑部的神经干细胞和神经元，特别是在Aβ42诱导的阿尔茨海默病模型中的表现。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及成年斑马鱼脑部的多个细胞样本