单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 54 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression
2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955
PMID:30385653
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析胰腺癌前病变的异质性特征 | 首次在单细胞水平揭示胰腺癌前病变中上皮细胞和肿瘤微环境的异质性变化 | 样本量较小（仅6个样本），仅包含手术切除标本 | 阐明胰腺导管腺癌前病变向浸润性癌进展过程中的分子变化 | 胰腺导管腺癌前病变（IPMNs）和胰腺导管腺癌组织 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5,403个细胞，来自2个低级别IPMN、2个高级别IPMN和2个PDAC样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞测序技术 |
| 2 | 2025-10-06 |
Endothelial-to-haematopoietic transition: an update on the process of making blood
2019-04-30, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20180320
PMID:30902922
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综述 | 本文总结了内皮-造血转化过程的最新研究进展及其在造血干细胞生成中的应用前景 | 整合多种模型系统的最新研究成果，重点介绍活体成像技术和单细胞RNA测序等先进技术对EHT研究的重要推动 | 作为综述文章，不包含原始实验数据，主要依赖已有文献的总结和分析 | 阐明内皮-造血转化过程的分子机制及其在临床造血干细胞生成中的应用 | 小鼠、鸡和斑马鱼胚胎以及多能干细胞分化系统 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA-Seq, 活体成像技术, 转录谱分析 | NA | 转录组数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Comparative analysis of sequencing technologies for single-cell transcriptomics
2019-04-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1676-5
PMID:30961669
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研究论文 | 比较BGISEQ-500和Illumina HiSeq平台在单细胞转录组测序中的性能表现 | 首次系统比较低成本BGISEQ-500平台与主流Illumina HiSeq平台在scRNA-seq中的应用效果 | 仅使用两种细胞系和有限样本量进行验证 | 评估不同测序平台在单细胞转录组测序中的技术性能 | 人类细胞系（含RNA spike-ins） | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 468个单细胞和1297个匹配单cDNA样本 | 华大基因,Illumina | 单细胞RNA-seq | BGISEQ-500,HiSeq | 采用单端和双端测序模式，使用SMARTer和Smart-seq2建库协议 |
| 4 | 2025-10-06 |
Multimodal Single-Cell Analysis Reveals Physiological Maturation in the Developing Human Neocortex
2019-04-03, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.01.027
PMID:30770253
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研究论文 | 通过多模态单细胞分析揭示发育中人类新皮质的生理成熟过程 | 首次将细胞内钙响应测量与单细胞RNA测序相结合，揭示了生理异质性与细胞类型的关联，并发现人类特异性HTR2A受体在放射状胶质细胞中的功能 | 研究主要关注神经递质受体介导的钙响应，可能未覆盖其他类型的生理响应机制 | 探索发育中人类新皮质细胞的生理异质性与分子特征的关系 | 发育中人类新皮质的祖细胞和新生神经元 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 钙成像 | NA | 单细胞转录组数据, 生理响应数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多模态单细胞分析 | NA | NA |
| 5 | 2024-08-05 |
Cerebral organoids at the air-liquid interface generate diverse nerve tracts with functional output
2019-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-019-0350-2
PMID:30886407
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研究论文 | 本文探讨了大脑类器官在气液界面培养条件下的神经轨迹形成及其功能输出 | 通过气液界面培养，显著提高了神经元存活率和轴突生长，显示出不同的神经轨迹形态及功能 | 研究未提及样本数量的限制或长期功能观察 | 旨在改善对人脑发育和神经疾病的理解 | 研究对象为大脑类器官及其形成的神经网络 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2024-08-05 |
Learning mutational graphs of individual tumour evolution from single-cell and multi-region sequencing data
2019-Apr-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2795-4
PMID:31023236
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研究论文 | 本文介绍了一种新的计算框架TRaIT，用于推断肿瘤进化的突变图 | TRaIT是首个支持单细胞和多区域测序数据的同一统计框架，能够捕获复杂的进化现象 | 文中未提及具体的局限性 | 研究旨在重建个体肿瘤的进化模型 | 研究对象为通过单细胞和多区域测序获取的癌症数据集 | 数字病理学 | 肿瘤 | 测序 | 突变图模型 | 基因组数据 | 涉及多区域和单细胞测序的数据集，具体样本量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2024-08-05 |
Ex vivo Dynamics of Human Glioblastoma Cells in a Microvasculature-on-a-Chip System Correlates with Tumor Heterogeneity and Subtypes
2019-Apr-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201801531
PMID:31016107
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研究论文 | 这篇文章评估了来自十名胶质母细胞瘤患者的BTSCs在微血管芯片系统中的动态 | 建立了微血管芯片系统作为PVN模型，揭示了泰BTSCs的运动特征与肿瘤异质性和亚型之间的关系 | 样本数量较小，仅涵盖十名患者，可能限制了研究结果的普适性 | 研究人类胶质母细胞瘤细胞在微血管环境中的动态与肿瘤异质性之间的关系 | 十名胶质母细胞瘤患者的脑肿瘤干细胞(BTSCs) | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | 10名患者，合计21,750个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-08-05 |
SAFE-clustering: Single-cell Aggregated (from Ensemble) clustering for single-cell RNA-seq data
2019-04-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty793
PMID:30202935
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SAFE-clustering的单细胞RNA-seq数据聚类方法 | SAFE-clustering是一种灵活、准确且稳健的聚类方法，通过集成多种聚类方法的结果构建共识解 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型聚类的准确性 | 多个单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | 聚类算法 | 数据集 | 12个数据集，单细胞数量从49到32,695不等 | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome profiling of the Ciona larval brain
2019-04-15, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2018.09.023
PMID:30392840
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研究论文 | 该文章描述了使用单细胞RNA测序对Ciona幼虫大脑的转录组进行了分析 | 首次利用单细胞RNA测序技术对Ciona幼虫大脑的转录组进行全面剖析 | 仅关注特定类型的大脑细胞，可能无法全面代表整个大脑的基因表达特征 | 探索脊椎动物中枢神经系统的发育与连接 | Ciona robusta幼虫的单个脑细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从整个Ciona幼虫大脑中分离的单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-05 |
Phenotypic Landscape of Schizophrenia-Associated Genes Defines Candidates and Their Shared Functions
2019-04-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.048
PMID:30929901
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research paper | 这篇文章定义了与精神分裂症相关的候选基因及其功能 | 通过突变斑马鱼的同源基因，创建了一幅表型图谱，揭示了与精神分裂症相关基因的相互作用和共享功能 | 研究可能局限于斑马鱼模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证 | 探索与精神分裂症相关的基因及其共同功能 | 132个与精神分裂症相关的人类基因的斑马鱼同源基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 脑活动图谱、脑结构差异、行为异常特征 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-05 |
TSEE: an elastic embedding method to visualize the dynamic gene expression patterns of time series single-cell RNA sequencing data
2019-Apr-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-5477-8
PMID:30967106
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研究论文 | 提出了一种利用弹性嵌入方法可视化时间序列单细胞RNA测序数据的算法 | 开发了时间序列弹性嵌入(TSEE)算法，通过整合实验时间信息来增强对时间序列scRNA-seq数据的可视化 | NA | 旨在开发一种算法以可视化时间序列单细胞RNA测序数据 | 时间序列单细胞RNA测序数据，主要用于人类和斑马鱼的发育过程 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 弹性嵌入(EE) | 时间序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
Characterization of cell fate probabilities in single-cell data with Palantir
2019-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0068-4
PMID:30899105
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Palantir的算法，该算法通过将细胞命运视为概率过程并利用熵来测量细胞可塑性，模拟分化细胞的轨迹 | Palantir算法能够生成高分辨率的细胞伪时间排序，并为每个细胞状态分配分化为每个终末状态的概率，优于现有算法 | NA | 研究细胞分化的离散与连续性质，并开发新的算法来模拟这一过程 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类骨髓单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing of Human Embryonic Stem Cell Differentiation Delineates Adverse Effects of Nicotine on Embryonic Development
2019-04-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2019.01.022
PMID:30827876
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了尼古丁对人类胚胎干细胞（hESC）衍生的胚胎体（EB）的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了尼古丁对hESC分化的直接影响，并提供了一种新的方法来评估药物和环境毒素对人类胚胎发育的影响 | NA | 探讨尼古丁对人类胚胎发育的不良影响及其相关机制 | 人类胚胎干细胞（hESC）及其衍生的胚胎体（EB） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing-Based CRISPRi Screening Resolves Molecular Drivers of Early Human Endoderm Development
2019-Apr-16, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.076
PMID:30995470
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和CRISPRi筛选技术，解析了人类内胚层早期发育的分子驱动因素 | 首次将单细胞RNA测序与CRISPRi筛选相结合，全面定义了内胚层发育中基因功能丧失的表型 | NA | 研究人类内胚层发育的分子基础 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPRi | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
SSCC: A Novel Computational Framework for Rapid and Accurate Clustering Large-scale Single Cell RNA-seq Data
2019-04, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2018.10.003
PMID:31202000
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研究论文 | 本文提出了一种新的计算框架SSCC，用于大规模单细胞RNA测序数据的快速和准确聚类 | SSCC框架基于随机投影和特征构建，显著提高了聚类准确性、鲁棒性和计算效率 | NA | 开发一种新的聚类方法，以应对大规模单细胞RNA测序数据分析中的计算挑战 | 大规模单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | SSCC | RNA测序数据 | 68,578个人类血液细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
Extensive exploration of T cell heterogeneity in cancers by single cell sequencing
2019-Apr, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在肿瘤微环境中对T细胞异质性的研究进展 | 利用单细胞RNA测序技术全面分析T细胞，探讨其在健康和疾病中的免疫系统异质性 | NA | 研究病理条件下T细胞群内的克隆扩增 | 肿瘤微环境中的T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing and its promise in reconstructing plant vascular cell lineages
2019-04, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2019.04.002
PMID:31071514
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在重建植物维管细胞谱系中的应用及其潜力 | 介绍了单细胞RNA测序技术如何提高我们对细胞类型分化的分子理解 | 目前植物细胞类型表达谱混杂了多个发育阶段，阻碍了细胞谱系的准确监测 | 探讨单细胞RNA测序技术在植物细胞类型分化研究中的应用 | 以根维管细胞为模型，研究细胞类型分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
A 3D Atlas of Hematopoietic Stem and Progenitor Cell Expansion by Multi-dimensional RNA-Seq Analysis
2019-04-30, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.030
PMID:31042481
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研究论文 | 本文通过多种RNA测序方法，构建了斑马鱼尾部造血组织中造血干细胞和祖细胞扩展的多维转录组图谱 | 首次建立了任何特定造血器官的多维转录组图谱 | NA | 揭示造血干细胞和祖细胞在斑马鱼尾部造血组织中的扩展机制 | 造血干细胞和祖细胞及其邻近支持细胞的转录组 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Performance Assessment and Selection of Normalization Procedures for Single-Cell RNA-Seq
2019-04-24, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.03.010
PMID:31022373
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研究论文 | 本文开发了一个名为“scone”的灵活框架，用于评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）中归一化方法的性能 | 提出了一个基于全面数据驱动指标的灵活框架“scone”，用于评估和选择归一化方法 | NA | 评估和选择单细胞RNA测序分析中的归一化方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Select sequencing of clonally expanded CD8+ T cells reveals limits to clonal expansion
2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1902649116
PMID:30992377
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研究论文 | 本文开发了一种名为SELECT-seq的方法，用于选择基于RNA表达的稀有细胞，并对其进行深度单细胞RNA测序，以研究抗原特异性T细胞的克隆性 | SELECT-seq方法允许在深度单细胞RNA测序之前选择基于RNA表达的稀有细胞，从而研究抗原特异性T细胞的克隆性 | 文章指出，高度扩增的传统CD8 T细胞下调白细胞介素2受体α（IL2RA，或CD25）蛋白并显示衰老迹象，表明克隆扩增存在固有限制 | 研究抗原特异性T细胞的克隆性及其扩增的限制 | 外周血淋巴细胞中的CD8 T细胞、不变自然杀伤T细胞（iNKT）和黏膜相关不变T细胞（MAIT） | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA表达数据 | 单个外周血淋巴细胞 | NA | NA | NA | NA |