单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 51 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-09 |
ST viewer: a tool for analysis and visualization of spatial transcriptomics datasets
2019-03-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty714
PMID:30875427
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research paper | 本文介绍了一种名为ST Viewer的工具，用于实时交互、分析和可视化空间转录组学数据集 | ST Viewer提供了一个无缝且流畅的用户界面，使得空间转录组学数据集的分析和可视化变得更加便捷 | NA | 开发一种新的工具，以简化空间转录组学数据集的分析和可视化过程 | 空间转录组学数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis identifies distinct cell types and niche signaling in a primary gastric organoid model
2019-03-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-40809-x
PMID:30872643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胃器官模型中的细胞类型和微环境信号 | 首次使用单细胞RNA测序技术在胃器官模型中识别了特定的细胞类型和微环境信号 | NA | 研究胃组织微环境中的细胞类型和信号传导 | 胃器官模型中的细胞类型和微环境信号 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 转录组 | 4,391个单细胞 |
| 23 | 2024-08-09 |
Human genes escaping X-inactivation revealed by single cell expression data
2019-Mar-12, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-5507-6
PMID:30871455
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术检测了体细胞中逃逸X染色体失活的基因 | 首次在单细胞水平上系统地研究了X染色体失活及其逃逸现象，并发现了新的长非编码RNA逃逸基因 | 研究仅使用了有限数量的细胞样本，且主要集中在纤维母细胞和淋巴母细胞两种细胞类型 | 探究X染色体失活及其逃逸现象，并识别新的逃逸基因 | 体细胞中的X染色体失活逃逸基因 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 104个健康纤维母细胞和25个具有测序亲本基因组的克隆淋巴母细胞 |
| 24 | 2024-08-09 |
Dynamic transcriptome profiles within spermatogonial and spermatocyte populations during postnatal testis maturation revealed by single-cell sequencing
2019-03, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1007810
PMID:30893341
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研究论文 | 本研究利用单细胞mRNA测序技术，揭示了在青春期睾丸成熟过程中，精原细胞和精母细胞群体的动态转录组特征 | 本研究首次无偏差地采集了睾丸成熟期间精原细胞和精母细胞的高分辨率单细胞深度数据集，揭示了高度过渡性细胞群体的先前未知的转录动态，并开始揭示发育中的精原细胞和精母细胞在生物途径利用上的关键差异 | NA | 探索睾丸成熟过程中发育细胞阶段的转录组特征 | 精原细胞和精母细胞的转录组特征 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25 | 2024-08-09 |
Microglial Function Is Distinct in Different Anatomical Locations during Retinal Homeostasis and Degeneration
2019-03-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.02.007
PMID:30850344
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研究论文 | 研究探讨了不同解剖位置的视网膜小胶质细胞在稳态和退化过程中的功能差异 | 首次展示了成年视网膜小胶质细胞在不同生态位中的功能差异，并揭示了其在视网膜退化模型中的转录重编程 | NA | 探究不同神经系统区域的小胶质细胞是否具有不同的功能 | 视网膜小胶质细胞及其在不同生态位中的功能 | NA | NA | 谱系追踪、单细胞转录组学、电生理学 | NA | 转录组数据 | 小鼠视网膜样本 |
| 26 | 2024-08-09 |
Single cell RNA-seq identifies the origins of heterogeneity in efficient cell transdifferentiation and reprogramming
2019-03-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.41627
PMID:30860479
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了小鼠前B细胞向巨噬细胞的转分化及其向诱导多能干细胞（iPSCs）的重编程过程中的异质性 | 本文首次揭示了Myc活性在不同体细胞类型中对重编程效率的预测作用 | NA | 理解细胞转分化和重编程过程中的异质性 | 小鼠前B细胞的转分化和重编程 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠前B细胞 |
| 27 | 2024-08-09 |
Insights into the Biology of Hearing and Deafness Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2019-03-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.053
PMID:30865901
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研究论文 | 本文介绍了一种从鼠类耳蜗中分离单个内毛细胞（IHCs）、外毛细胞（OHCs）和Deiters细胞（DCs）的方法，并利用单细胞RNA测序技术分析了这些细胞的转录组特征 | 本文首次成功分离并测序了从出生后15天到228天的鼠类耳蜗中的内毛细胞、外毛细胞和Deiters细胞，揭示了与耳聋相关基因的复杂异构体多样性 | NA | 深入了解听力和耳聋的生物学机制 | 鼠类耳蜗中的内毛细胞、外毛细胞和Deiters细胞 | 数字病理学 | 耳聋 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过200个鼠类内毛细胞、外毛细胞和Deiters细胞 |
| 28 | 2024-08-09 |
Endothelial miR-30c suppresses tumor growth via inhibition of TGF-β-induced Serpine1
2019-03-11, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI123106
PMID:30855280
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研究论文 | 研究报告了在Cdh5-CreERT2 Tgfbr2fl/fl小鼠（Tgfbr2iECKO小鼠）中，通过后生删除Tgfbr2抑制血管内皮细胞（EC）中的TGF-β信号传导，从而抑制纤维蛋白介导的血管生成和肿瘤生长 | 通过使用血管趋向性纳米颗粒传递miR-30c antagomiRs绕过TGF-β信号传导，促进PAI-1依赖的肿瘤生长和增加纤维蛋白丰度，而miR-30c模拟物则抑制肿瘤生长并促进血管定向的纤维蛋白溶解 | NA | 研究miR-30c在肿瘤微环境中通过平衡EC中的Serpine1表达作为肿瘤抑制因子的功能 | 血管内皮细胞（EC）和肿瘤生长 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序，NanoString miRNA阵列 | NA | RNA | Cdh5-CreERT2 Tgfbr2fl/fl小鼠（Tgfbr2iECKO小鼠）的ECs，肺和乳腺肿瘤模型的ECs |
| 29 | 2024-08-09 |
Generation and persistence of human tissue-resident memory T cells in lung transplantation
2019-03-08, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aav5581
PMID:30850393
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研究论文 | 研究了人类肺组织中记忆T细胞的生成、维持及其功能 | 首次在人类肺移植受者中追踪和定位供体和受体T细胞，并揭示了T细胞在肺移植中的持久性和功能 | NA | 探讨人类肺组织中记忆T细胞的生成、维持及其功能 | 人类肺组织中的记忆T细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 从人类白细胞抗原（HLA）不相容的肺移植受者中获取的气道样本 |
| 30 | 2024-08-09 |
Evaluation of Wu et al.: Strengthening Single-Cell Bioinformatic Comparisons for Improving Organoid Differentiation
2019-03-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.02.010
PMID:30849359
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评论 | 本文是对Wu等人的论文《基于单细胞转录组学的人类PSC来源的肾脏类器官分化比较分析与改进》的同行评审过程的示例 | NA | NA | 展示对Wu等人论文的同行评审过程 | Wu等人的论文《基于单细胞转录组学的人类PSC来源的肾脏类器官分化比较分析与改进》 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Cellular Heterogeneity of Pluripotency Transition and X Chromosome Dynamics during Early Mouse Development
2019-03-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.031
PMID:30840884
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠早期胚胎发育过程中EPI细胞的多能性转变和X染色体动态变化 | 首次揭示了EPI细胞在多能性转变过程中的三种细胞状态，并详细描述了X染色体在雌性胚胎中的重新激活和随机失活过程 | NA | 探究小鼠早期胚胎发育过程中EPI细胞的多能性转变和X染色体动态变化的分子机制 | 小鼠早期胚胎发育过程中的EPI细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 1,724个细胞 |
| 32 | 2024-08-09 |
COX-2 mediates tumor-stromal prolactin signaling to initiate tumorigenesis
2019-03-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1819303116
PMID:30819896
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了正位小鼠前列腺癌模型中肿瘤微环境内的肿瘤-基质通讯，发现COX-2介导的催乳素信号传导在肿瘤发生中的作用 | 首次揭示了COX-2通过诱导肺基质细胞分泌催乳素，进而影响肿瘤细胞的微转移过程 | NA | 探究肿瘤微环境中的肿瘤-基质通讯对肿瘤发生和转移的影响 | 小鼠前列腺癌模型中的肿瘤细胞和肺基质细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个小鼠和人类癌症样本 |
| 33 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and Immunity
2019-03-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.031
PMID:30827681
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和基因分型技术，分析了40个骨髓抽吸样本中的38,410个细胞，揭示了急性髓系白血病（AML）的细胞类型层次结构及其与疾病进展和免疫反应的关系 | 首次大规模应用单细胞RNA测序技术于AML研究，揭示了AML细胞类型的多样性和其在疾病进展中的作用 | 研究样本仅包括16名AML患者和5名健康捐赠者，可能影响结果的普遍性 | 探索AML的细胞类型层次结构及其与疾病进展和免疫反应的关系 | 急性髓系白血病（AML）患者的骨髓细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习分类器 | RNA序列 | 38,410个细胞，来自40个骨髓抽吸样本，包括16名AML患者和5名健康捐赠者 |
| 34 | 2024-08-09 |
Quiescence Modulates Stem Cell Maintenance and Regenerative Capacity in the Aging Brain
2019-03-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.040
PMID:30827680
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研究论文 | 本文报道了衰老小鼠大脑中神经干细胞（NSCs）数量显著下降，并发现这种减少的干细胞库通过增加静止状态来保护，使得老年NSCs对再生受伤大脑更具抵抗力。 | 研究首次揭示了静止状态是老年NSCs的关键特征，并发现了通过中和微环境中的炎症信号和Wnt拮抗剂sFRP5来激活NSCs的方法。 | NA | 理解年龄相关疾病中分子基础的下降，并寻找对抗方法。 | 衰老大脑中的神经干细胞（NSCs）及其再生能力。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 35 | 2024-08-09 |
hESC-Derived Thalamic Organoids Form Reciprocal Projections When Fused with Cortical Organoids
2019-03-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.12.015
PMID:30799279
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研究论文 | 本文描述了一种从人胚胎干细胞（hESCs）分化出特定区域的丘脑类器官（hThOs）的方法，并通过融合丘脑和皮质类器官来研究它们之间的相互投射 | 首次探索了人类丘脑的三维（3D）类器官模型，并开发了一种3D系统来创建丘脑和皮质之间的相互投射 | NA | 研究人类丘脑的发育和脑内电路组织的建模及相关疾病 | 人胚胎干细胞分化的丘脑类器官和皮质类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 类器官 | NA |
| 36 | 2024-08-09 |
Revolutionizing immunology with single-cell RNA sequencing
2019-03, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-019-0214-4
PMID:30796351
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综述 | 本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在免疫学中的应用 | scRNA-seq技术能够比传统方法更详细地识别细胞异质性 | 介绍了scRNA-seq技术的优缺点 | 探讨scRNA-seq在免疫学中的潜在应用和未来创新 | 免疫细胞的异质性 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 37 | 2024-08-09 |
The transcription factor Duxbl mediates elimination of pre-T cells that fail β-selection
2019-03-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20181444
PMID:30765463
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研究论文 | 本文研究了转录因子Duxbl在T细胞发育中对未通过β选择的前T细胞的消除作用 | 首次识别出Duxbl在β选择前高重组活性阶段的特异性表达，并揭示了Duxbl通过诱导凋亡来调控β选择 | NA | 探讨T细胞发育中β选择失败的细胞命运及其调控机制 | 前T细胞和转录因子Duxbl | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | Duxbl转基因小鼠 |
| 38 | 2024-08-09 |
Defining Macrophages in the Heart One Cell at a Time
2019-03, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2019.01.010
PMID:30745266
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研究论文 | 本研究通过结合遗传命运图谱和单细胞转录组学技术，揭示了健康心脏和心肌梗死后心脏中不同巨噬细胞群体的扩展和分化情况 | 本研究首次通过单细胞转录组学技术详细分析了心脏巨噬细胞在健康和心肌梗死后的功能和变化 | NA | 探讨心脏巨噬细胞在心肌梗死后的损伤和修复中的双重作用 | 心脏巨噬细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 39 | 2024-08-09 |
MicroRNA-155 coordinates the immunological landscape within murine melanoma and correlates with immunity in human cancers
2019-03-21, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.126543
PMID:30721153
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了在野生型和miR-155 T细胞条件性敲除小鼠中生长的B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤中CD45+免疫细胞群体的动态变化，揭示了miR-155在调节肿瘤内免疫细胞动态中的作用及其在人类癌症中的免疫相关性 | 首次详细分析了miR-155在实验性黑色素瘤肿瘤中免疫细胞类型和基因表达特征的作用，并阐明了其在哺乳动物肿瘤中协调抗肿瘤免疫反应的角色 | NA | 探讨miR-155在肿瘤内免疫细胞动态中的作用及其在人类癌症中的免疫相关性 | B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤中的CD45+免疫细胞群体 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和miR-155 T细胞条件性敲除小鼠的B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤样本，以及TCGA数据库中29种其他人类实体肿瘤的基因表达数据 |
| 40 | 2024-08-09 |
Fast interpolation-based t-SNE for improved visualization of single-cell RNA-seq data
2019-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0308-4
PMID:30742040
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研究论文 | 本文提出了一种基于快速插值的t-SNE方法，用于改进单细胞RNA测序数据的可视化 | 本文显著加速了t-SNE算法，无需数据下采样，从而能够可视化稀有细胞群，并实现了一种基于一维t-SNE的热图样式可视化方法 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的可视化方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | t-SNE | t-SNE | 基因表达数据 | 大量单细胞样本 |