单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	Single-cell imaging and RNA sequencing reveal patterns of gene expression heterogeneity during fission yeast growth and adaptation 2019-03, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0330-4 PMID:30718845	研究论文	本文通过结合成像、单细胞RNA测序和贝叶斯真实计数恢复，研究了在不同环境条件下超过2000个单个裂殖酵母细胞的转录组，揭示了基因表达异质性在细胞生长和适应过程中的模式	本文创新性地整合了单细胞RNA测序和细胞大小数据，揭示了在细胞生长和分裂过程中调控的基因，包括那些表达不随细胞大小变化的基因，并分析了在适应和急性环境变化响应中的基因表达异质性	NA	研究基因表达异质性在裂殖酵母生长和适应过程中的模式	裂殖酵母细胞在不同环境条件下的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	超过2000个单个裂殖酵母细胞
2	2024-10-16	Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution 2019-03-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaw1219 PMID:30923225	研究论文	本文介绍了一种名为Slide-seq的技术，用于在空间高分辨率下测量基因组范围内的基因表达	Slide-seq技术通过将RNA从组织切片转移到覆盖有DNA条形码珠子的表面上，实现了高吞吐量、基因组范围的基因表达读取，并能推断RNA的位置	NA	开发一种能够在高空间分辨率下测量基因组范围内基因表达的技术	小鼠小脑和海马体的细胞类型及其在创伤性脑损伤模型中的细胞类型特异性反应	基因组学	NA	Slide-seq	NA	基因表达数据	小鼠小脑和海马体的组织切片
3	2024-08-05	A diffusion-based microfluidic device for single-cell RNA-seq 2019-03-27, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc00967h PMID:30815639	研究论文	本文介绍了一种基于扩散的微流体设备，用于单细胞RNA测序	提出的MID-RNA-seq设备通过扩散试剂交换方案简化了单细胞RNA测序的执行	NA	开发一个低输入、高效率的单细胞RNA测序平台	单细胞样本的转录组研究	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
4	2024-08-05	Human beta cells generated from pluripotent stem cells or cellular reprogramming for curing diabetes 2019-Mar, Regenerative engineering and translational medicine IF:2.2Q3 DOI:10.1007/s40883-018-0082-y PMID:30984818	评论	本文探讨了使用人类β细胞治疗和治愈糖尿病的方法	提出了通过人类多能干细胞定向分化和细胞重编程生成功能性β细胞的新方法	依赖于发现有效的转录因子组合，该过程可能存在挑战	研究糖尿病治疗中β细胞的生成	人类β细胞及其在糖尿病治疗中的应用	干细胞工程	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
5	2024-08-07	Unravelling Intratumoral Heterogeneity through High-Sensitivity Single-Cell Mutational Analysis and Parallel RNA Sequencing 2019-03-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.009 PMID:30765193	研究论文	本文开发了一种名为TARGET-seq的高灵敏度单细胞突变分析方法，结合并行RNA测序，用于解析肿瘤内异质性	TARGET-seq方法能够在单细胞水平上同时进行高灵敏度的多重突变检测和无偏差的整个转录组分析	NA	克服单细胞RNA测序在研究癌组织时缺乏关键突变热点覆盖的问题	骨髓增生性肿瘤（MPN）的干细胞和前体细胞	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组和编码DNA	4,559个单细胞
6	2024-08-07	Alevin efficiently estimates accurate gene abundances from dscRNA-seq data 2019-03-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1670-y PMID:30917859	research paper	本文介绍了一种名为alevin的快速端到端管道，用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，执行细胞条形码检测、读取映射、唯一分子标识符（UMI）去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。	alevin的UMI去重方法考虑了可能产生UMI的分子的转录水平约束，并处理了基因特异性读取和基因间多重映射读取，从而解决了现有工具中因丢弃基因模糊读取而产生的固有偏差，提高了基因丰度估计的准确性。	NA	开发一种快速且准确的基因丰度估计方法，用于基于液滴的单细胞RNA测序数据。	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的细胞条形码检测、读取映射、UMI去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。	digital pathology	NA	dscRNA-seq	NA	RNA sequencing data	NA
7	2024-08-07	EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data 2019-03-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1662-y PMID:30902100	研究论文	本文介绍了一种新的统计方法EmptyDrops，用于区分基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	EmptyDrops方法通过检测与环境溶液表达谱显著偏离的液滴，提高了检测真实细胞的能力，并控制了检测细胞中的假发现率	NA	开发一种新的计算方法，用于区分基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计方法	RNA测序数据	NA
8	2024-08-07	Macrophages in wound healing: activation and plasticity 2019-03, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12236 PMID:30746824	研究论文	本文综述了巨噬细胞在伤口愈合中的作用，包括其激活和可塑性	介绍了最新的体内和转化伤口模型、巨噬细胞特异性缺失以及区分巨噬细胞亚群的新技术	NA	总结伤口愈合中巨噬细胞激活和功能的主要参与者，并探讨其对伤口愈合的影响	巨噬细胞在伤口愈合中的作用及其激活和可塑性	NA	NA	细胞追踪和单细胞RNA测序	NA	NA	NA
9	2024-08-07	Seizing Sequencing Data to Consider Cell and Circuit Complexity 2019 Mar-Apr, Epilepsy currents IF:5.8Q1 DOI:10.1177/1535759719835658 PMID:30955433	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析海马CA1区抑制性神经元的类别和连续性变异	揭示了海马CA1区抑制性神经元的10个主要GABA能群体和49个细粒度集群，并发现连续变异在描述这些细胞多样性中的重要性	研究仅限于海马CA1区的抑制性神经元，未涉及其他脑区或神经元类型	理解脑回路中的神经元分类	海马CA1区的抑制性神经元	数字病理学	NA	单细胞转录组学	潜在因子分析	转录组数据	3663个CA1区抑制性细胞
10	2024-08-07	New insights into hematopoietic differentiation landscapes from single-cell RNA sequencing 2019-03-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2018-08-835355 PMID:30728144	综述	本文综述了单细胞转录组学在解析造血分化景观中的应用	探讨了单细胞分子 profiling 如何在高分辨率下绘制时间解析的分化轨迹，并挑战了我们对干细胞和祖细胞类型及其组织的先前认知	依赖于对转录组景观的推断，并基于某些假设	深入理解造血层次结构	造血分化过程及其相关细胞类型	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序	NA	转录组数据	NA
11	2024-08-07	Dissecting Cellular Heterogeneity Using Single-Cell RNA Sequencing 2019-Mar-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2019.2446 PMID:30764602	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析细胞异质性中的应用	介绍了scRNA-seq技术如何通过提供来自数万个单个细胞的全基因组分子轮廓来定量和无偏地表征细胞异质性	NA	探讨如何利用scRNA-seq数据解释观察到的细胞间变异性	细胞异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数万个单个细胞
12	2024-08-07	In situ 10-cell RNA sequencing in tissue and tumor biopsy samples 2019-03-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-41235-9 PMID:30894605	研究论文	本文介绍了一种在组织和肿瘤活检样本中进行原位10细胞RNA测序的方法	结合激光捕获技术和改进的预放大程序，实现了对10个微切割细胞的RNA测序，提高了单细胞RNA测序的技术可靠性和灵敏度	NA	开发一种新的方法来量化细胞在其原始组织环境中的个体调控状态	组织和肿瘤活检样本中的单个细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	10个微切割细胞
13	2024-08-07	Single-Cell Analysis Reveals Heterogeneity of High Endothelial Venules and Different Regulation of Genes Controlling Lymphocyte Entry to Lymph Nodes 2019-03-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.042 PMID:30865898	研究论文	本文通过全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术和免疫组织荧光技术，揭示了成年小鼠外周淋巴结中高内皮微静脉（HEVs）在稳态、抗原刺激和淋巴毒素-β受体（LTβR）信号抑制条件下的异质性	本文首次揭示了HEV内皮细胞在稳态下的激活状态，并识别了区分化HEV表型的特征基因，同时发现LTβR信号调节许多HEV基因和途径，以及免疫刺激诱导HEVs的全球性和暂时性炎症表型	NA	研究HEVs在不同条件下的异质性和基因调控	高内皮微静脉（HEVs）及其在淋巴结中的功能	数字病理学	NA	全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术、免疫组织荧光	NA	RNA	成年小鼠外周淋巴结样本
14	2024-08-09	Identification of ERBB Pathway-Activated Cells in Triple-Negative Breast Cancer 2019-Mar, Genomics & informatics DOI:10.5808/GI.2019.17.1.e3 PMID:30929404	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据，在三阴性乳腺癌中识别出ERBB通路激活的细胞群体	本文揭示了ERBB信号通过间接途径激活，并在单细胞水平上改变了分子亚型，为乳腺癌亚型提供了新的视角	NA	研究乳腺癌中的肿瘤内异质性及其分子特征，以促进精准医疗	三阴性乳腺癌中的ERBB通路激活细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自公共资源的单细胞RNA测序数据
15	2024-08-09	Spatiotemporal Developmental Trajectories in the Arabidopsis Root Revealed Using High-Throughput Single-Cell RNA Sequencing 2019-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.02.022 PMID:30913408	研究论文	本研究利用高通量单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥根部细胞的时空发育轨迹	首次构建了拟南芥根部的高分辨率单细胞RNA测序表达图谱，详细展示了主要细胞类型的表达特征	NA	探索植物根部细胞的发育过程及其调控机制	拟南芥根部细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个独立分析的细胞
16	2024-08-09	Functional Heterogeneity of Mouse Prostate Stromal Cells Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2019-Mar-29, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.02.032 PMID:30878879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了成年小鼠前列腺基质细胞的表型和功能异质性	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细描述了小鼠前列腺基质细胞的三种主要细胞群体及其功能特性	NA	探究成年小鼠前列腺基质细胞的表型和功能异质性	小鼠前列腺基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
17	2024-08-09	PAGA: graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells 2019-03-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1663-x PMID:30890159	研究论文	本文介绍了基于估计数据流形分区连接性的图抽象方法PAGA，用于单细胞RNA-seq数据的解释性图映射	PAGA方法能够保留数据的全局拓扑结构，允许在不同分辨率下分析数据，并显著提高典型探索性数据分析工作流的计算效率	NA	开发一种新的方法来解释单细胞RNA-seq数据中的细胞类型和细胞过渡	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图抽象方法	数据流形	四个造血数据集、成年涡虫和斑马鱼胚胎以及一百万个神经元
18	2024-08-09	Molecular profiling of resident and infiltrating mononuclear phagocytes during rapid adult retinal degeneration using single-cell RNA sequencing 2019-03-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-41141-0 PMID:30890724	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在快速成年视网膜退化过程中，驻留和浸润的单核吞噬细胞的分子特征	本研究揭示了中枢神经系统中细胞自主退化时先天免疫反应的先前无法测量的分子异质性	NA	探讨在神经退化过程中驻留和浸润免疫细胞的具体作用	视网膜中的驻留和浸润单核吞噬细胞	数字病理学	视网膜退化	单细胞RNA测序	NA	RNA	整个CD11bCD45细胞群体
19	2024-08-09	In Vivo Generation of Post-infarct Human Cardiac Muscle by Laminin-Promoted Cardiovascular Progenitors 2019-03-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.083 PMID:30893597	研究论文	本文研究了通过层粘连蛋白促进心血管前体细胞生成后梗死人心脏肌肉的方法	首次识别并生产了人类重组层粘连蛋白-221，并展示了其促进人类胚胎干细胞向心肌细胞分化的能力	NA	探索再生受损人心脏肌肉的新方法	人类胚胎干细胞衍生的心血管前体细胞	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA	使用了来自不同人类胚胎干细胞系的样本
20	2024-08-09	Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells Using Single-Cell Transcriptomics 2019-03-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.069 PMID:30893600	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了卵巢Nr5a1-GFP体细胞在性别决定过程中的细胞谱系特化和性别命运决定	首次通过时间序列单细胞RNA测序，揭示了早期前体细胞如何分化为支持细胞以及性特异性细胞的分子机制	NA	探究哺乳动物性决定过程中分子和细胞的基础	卵巢Nr5a1-GFP体细胞在性别决定过程中的细胞谱系特化和性别命运决定	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	XX和XY体细胞