单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 51 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data
2019-03-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1662-y
PMID:30902100
|
研究论文 | 提出一种新的统计方法EmptyDrops，用于区分液滴单细胞RNA测序数据中的真实细胞与空液滴 | 基于检测与周围溶液表达谱显著偏离的新统计方法，相比现有方法具有更高检测效能且能控制假发现率 | NA | 开发区分液滴单细胞RNA测序数据中真实细胞与空液滴的计算方法 | 液滴单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴单细胞RNA测序 |
| 2 | 2025-10-06 |
Unravelling Intratumoral Heterogeneity through High-Sensitivity Single-Cell Mutational Analysis and Parallel RNA Sequencing
2019-03-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.009
PMID:30765193
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研究论文 | 开发了TARGET-seq方法，用于在单细胞水平同时进行高灵敏度突变检测和全转录组分析 | 开发了TARGET-seq技术，能够在同一单细胞中并行检测基因组和编码DNA的多个突变，同时进行无偏倚的全转录组分析 | NA | 解析肿瘤内异质性，关联遗传突变与转录组特征 | 骨髓增生性肿瘤（MPN）干细胞和祖细胞 | 单细胞多组学 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞RNA测序，突变分析 | NA | 基因组DNA，转录组数据 | 4,559个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | TARGET-seq（作者开发的新方法） |
| 3 | 2025-10-06 |
PAGA: graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells
2019-03-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1663-x
PMID:30890159
|
研究论文 | 提出一种名为PAGA的图抽象方法，用于在单细胞数据分析中协调聚类与轨迹推断 | 通过估计流形分区的连通性，提供可解释的图状数据流形映射，保持数据全局拓扑结构 | NA | 开发单细胞RNA测序数据的拓扑保持可视化与分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图抽象模型 | 基因表达数据 | 四个造血数据集、成年涡虫、斑马鱼胚胎及一百万神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
In Vivo Generation of Post-infarct Human Cardiac Muscle by Laminin-Promoted Cardiovascular Progenitors
2019-03-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.083
PMID:30893597
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研究论文 | 开发了一种基于层粘连蛋白的方法生成心血管祖细胞，用于心肌梗死后的心脏肌肉再生 | 首次鉴定层粘连蛋白-221促进人多能干细胞向心血管谱系分化，建立了化学限定、无动物源成分的分化方案 | 研究仅在心肌梗死小鼠模型中进行验证，尚未进行人体临床试验 | 开发可重复生成临床级心血管祖细胞的方法用于心脏再生 | 人胚胎干细胞、心血管祖细胞、心肌梗死小鼠模型 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 超声心动图, 组织学分析 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 组织学数据 | 多个人胚胎干细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells Using Single-Cell Transcriptomics
2019-03-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.069
PMID:30893600
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序研究性腺体细胞谱系特化和性别命运决定机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示性腺早期祖细胞通过非性别特异性转录程序分化为支持细胞，并发现XX细胞在类固醇生成前体细胞命运获得中存在相对延迟 | 研究仅聚焦于卵巢Nr5a1-GFP体细胞，未涵盖所有性腺细胞类型 | 解析性腺体细胞谱系特化和性别命运决定的分子机制 | 小鼠卵巢Nr5a1-GFP体细胞，包括XX和XY性腺体细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 时间序列单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Single cell RNA-seq identifies the origins of heterogeneity in efficient cell transdifferentiation and reprogramming
2019-03-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.41627
PMID:30860479
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究细胞转分化和重编程过程中异质性的起源 | 发现起始细胞群体中Myc活性的差异可预测重编程效率，揭示了细胞命运转换异质性的起源机制 | 研究主要基于小鼠前B细胞模型，在其他细胞类型中的普适性需进一步验证 | 理解细胞转分化和重编程过程中效率异质性的分子机制 | 小鼠前B细胞的转分化和重编程过程 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算分析模型 | 单细胞基因表达数据 | 小鼠前B细胞单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Endothelial miR-30c suppresses tumor growth via inhibition of TGF-β-induced Serpine1
2019-03-11, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI123106
PMID:30855280
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研究论文 | 本研究揭示内皮细胞miR-30c通过抑制TGF-β诱导的Serpine1表达来抑制肿瘤生长 | 首次发现miR-30c通过调节纤溶酶原激活物抑制剂1(Serpine1/PAI-1)平衡，在肿瘤微环境中发挥抑癌作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究内皮细胞中miR-30c对肿瘤血管生成和生长的调控机制 | Cdh5-CreERT2 Tgfbr2fl/fl转基因小鼠的内皮细胞及肺部和乳腺肿瘤模型 | 肿瘤生物学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, miRNA芯片分析, 纳米颗粒递送技术 | NA | 基因表达数据, miRNA表达数据 | 转基因小鼠模型和肿瘤模型的内皮细胞 | NanoString | 单细胞RNA-seq, miRNA阵列 | NanoString miRNA阵列 | 单细胞RNA测序技术和NanoString miRNA表达分析平台 |
| 8 | 2025-10-06 |
Quiescence Modulates Stem Cell Maintenance and Regenerative Capacity in the Aging Brain
2019-03-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.040
PMID:30827680
|
研究论文 | 本研究揭示了衰老大脑中神经干细胞通过增加静息状态维持干细胞池并影响再生能力的机制 | 发现衰老大脑中神经干细胞数量减少但静息状态增强，并鉴定出炎症信号和sFRP5是诱导静息的关键因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类大脑中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老过程中神经干细胞功能衰退的分子机制 | 衰老小鼠大脑中的神经干细胞 | 干细胞生物学 | 老年性疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Seizing Sequencing Data to Consider Cell and Circuit Complexity
2019 Mar-Apr, Epilepsy currents
IF:5.8Q1
DOI:10.1177/1535759719835658
PMID:30955433
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示海马CA1区抑制性神经元的类别和连续变异模式 | 首次在海马CA1区抑制性神经元中发现连续变异模式与离散类别并存，并识别出新的细胞类别 | 研究仅聚焦海马CA1区，结果可能不适用于其他脑区 | 解析海马CA1区抑制性神经元的多样性分类体系 | 小鼠海马CA1区GABA能抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | 潜在因子分析 | 基因表达数据 | 3663个CA1抑制性细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Single-cell imaging and RNA sequencing reveal patterns of gene expression heterogeneity during fission yeast growth and adaptation
2019-03, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-018-0330-4
PMID:30718845
|
研究论文 | 通过单细胞成像和RNA测序技术研究裂殖酵母在不同环境条件下的基因表达异质性模式 | 结合成像、单细胞RNA测序和贝叶斯真实计数恢复方法，首次在基因组水平系统研究裂殖酵母基因表达异质性 | 研究仅限于裂殖酵母这一单细胞真核生物，结果可能不适用于其他生物系统 | 探索微生物表型变异背后的基因表达异质性机制 | 裂殖酵母单细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 细胞成像, 贝叶斯统计 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据, 图像数据 | 超过2,000个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2024-10-16 |
Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution
2019-03-29, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaw1219
PMID:30923225
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Slide-seq的技术，用于在空间高分辨率下测量基因组范围内的基因表达 | Slide-seq技术通过将RNA从组织切片转移到覆盖有DNA条形码珠子的表面上，实现了高吞吐量、基因组范围的基因表达读取，并能推断RNA的位置 | NA | 开发一种能够在高空间分辨率下测量基因组范围内基因表达的技术 | 小鼠小脑和海马体的细胞类型及其在创伤性脑损伤模型中的细胞类型特异性反应 | 基因组学 | NA | Slide-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠小脑和海马体的组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-05 |
A diffusion-based microfluidic device for single-cell RNA-seq
2019-03-27, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/c8lc00967h
PMID:30815639
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于扩散的微流体设备，用于单细胞RNA测序 | 提出的MID-RNA-seq设备通过扩散试剂交换方案简化了单细胞RNA测序的执行 | NA | 开发一个低输入、高效率的单细胞RNA测序平台 | 单细胞样本的转录组研究 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-05 |
Human beta cells generated from pluripotent stem cells or cellular reprogramming for curing diabetes
2019-Mar, Regenerative engineering and translational medicine
IF:2.2Q3
DOI:10.1007/s40883-018-0082-y
PMID:30984818
|
评论 | 本文探讨了使用人类β细胞治疗和治愈糖尿病的方法 | 提出了通过人类多能干细胞定向分化和细胞重编程生成功能性β细胞的新方法 | 依赖于发现有效的转录因子组合，该过程可能存在挑战 | 研究糖尿病治疗中β细胞的生成 | 人类β细胞及其在糖尿病治疗中的应用 | 干细胞工程 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
Alevin efficiently estimates accurate gene abundances from dscRNA-seq data
2019-03-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1670-y
PMID:30917859
|
research paper | 本文介绍了一种名为alevin的快速端到端管道，用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，执行细胞条形码检测、读取映射、唯一分子标识符（UMI）去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。 | alevin的UMI去重方法考虑了可能产生UMI的分子的转录水平约束，并处理了基因特异性读取和基因间多重映射读取，从而解决了现有工具中因丢弃基因模糊读取而产生的固有偏差，提高了基因丰度估计的准确性。 | NA | 开发一种快速且准确的基因丰度估计方法，用于基于液滴的单细胞RNA测序数据。 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据中的细胞条形码检测、读取映射、UMI去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。 | digital pathology | NA | dscRNA-seq | NA | RNA sequencing data | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
Macrophages in wound healing: activation and plasticity
2019-03, Immunology and cell biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/imcb.12236
PMID:30746824
|
研究论文 | 本文综述了巨噬细胞在伤口愈合中的作用，包括其激活和可塑性 | 介绍了最新的体内和转化伤口模型、巨噬细胞特异性缺失以及区分巨噬细胞亚群的新技术 | NA | 总结伤口愈合中巨噬细胞激活和功能的主要参与者，并探讨其对伤口愈合的影响 | 巨噬细胞在伤口愈合中的作用及其激活和可塑性 | NA | NA | 细胞追踪和单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-07 |
New insights into hematopoietic differentiation landscapes from single-cell RNA sequencing
2019-03-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2018-08-835355
PMID:30728144
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在解析造血分化景观中的应用 | 探讨了单细胞分子 profiling 如何在高分辨率下绘制时间解析的分化轨迹，并挑战了我们对干细胞和祖细胞类型及其组织的先前认知 | 依赖于对转录组景观的推断，并基于某些假设 | 深入理解造血层次结构 | 造血分化过程及其相关细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Dissecting Cellular Heterogeneity Using Single-Cell RNA Sequencing
2019-Mar-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2019.2446
PMID:30764602
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析细胞异质性中的应用 | 介绍了scRNA-seq技术如何通过提供来自数万个单个细胞的全基因组分子轮廓来定量和无偏地表征细胞异质性 | NA | 探讨如何利用scRNA-seq数据解释观察到的细胞间变异性 | 细胞异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数万个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
In situ 10-cell RNA sequencing in tissue and tumor biopsy samples
2019-03-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-41235-9
PMID:30894605
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研究论文 | 本文介绍了一种在组织和肿瘤活检样本中进行原位10细胞RNA测序的方法 | 结合激光捕获技术和改进的预放大程序，实现了对10个微切割细胞的RNA测序，提高了单细胞RNA测序的技术可靠性和灵敏度 | NA | 开发一种新的方法来量化细胞在其原始组织环境中的个体调控状态 | 组织和肿瘤活检样本中的单个细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 10个微切割细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis Reveals Heterogeneity of High Endothelial Venules and Different Regulation of Genes Controlling Lymphocyte Entry to Lymph Nodes
2019-03-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.042
PMID:30865898
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研究论文 | 本文通过全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术和免疫组织荧光技术，揭示了成年小鼠外周淋巴结中高内皮微静脉（HEVs）在稳态、抗原刺激和淋巴毒素-β受体（LTβR）信号抑制条件下的异质性 | 本文首次揭示了HEV内皮细胞在稳态下的激活状态，并识别了区分化HEV表型的特征基因，同时发现LTβR信号调节许多HEV基因和途径，以及免疫刺激诱导HEVs的全球性和暂时性炎症表型 | NA | 研究HEVs在不同条件下的异质性和基因调控 | 高内皮微静脉（HEVs）及其在淋巴结中的功能 | 数字病理学 | NA | 全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术、免疫组织荧光 | NA | RNA | 成年小鼠外周淋巴结样本 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Identification of ERBB Pathway-Activated Cells in Triple-Negative Breast Cancer
2019-Mar, Genomics & informatics
DOI:10.5808/GI.2019.17.1.e3
PMID:30929404
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据，在三阴性乳腺癌中识别出ERBB通路激活的细胞群体 | 本文揭示了ERBB信号通过间接途径激活，并在单细胞水平上改变了分子亚型，为乳腺癌亚型提供了新的视角 | NA | 研究乳腺癌中的肿瘤内异质性及其分子特征，以促进精准医疗 | 三阴性乳腺癌中的ERBB通路激活细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 来自公共资源的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |