单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	PyMINEr Finds Gene and Autocrine-Paracrine Networks from Human Islet scRNA-Seq 2019-02-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.01.063 PMID:30759402	研究论文	本文介绍了一种名为PyMINEr的信息学工具，该工具能够自动化地进行细胞类型识别、细胞类型特异性通路分析、基于图论的基因调控分析以及自分泌-旁分泌信号网络的检测。	PyMINEr工具能够自动化处理scRNA-seq数据，进行细胞类型识别和基因调控网络分析，这在生物信息学领域具有创新性。	NA	开发和验证一种新的信息学工具PyMINEr，用于深入分析scRNA-seq数据。	人类胰腺胰岛的scRNA-seq数据。	生物信息学	NA	scRNA-seq	图论	scRNA-seq数据	七个数据集
22	2024-08-09	Specification of diverse cell types during early neurogenesis of the mouse cerebellum 2019-02-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.42388 PMID:30735127	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胚胎期13.5天的小鼠小脑中约9400个细胞的全基因组表达情况，并通过迭代聚类和伪时间排序重建发育轨迹，揭示了小脑细胞类型和亚群的多样性及其调控机制。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了小脑发育过程中细胞命运指定的新转录程序，并发现了一些先前未知的亚群，这些亚群可能在小脑的形成和功能中起着关键作用。	NA	研究小鼠小脑早期神经发生过程中细胞类型的多样性及其分子调控机制。	小鼠胚胎期13.5天的小脑细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约9400个细胞
23	2024-08-09	Lymphocyte innateness defined by transcriptional states reflects a balance between proliferation and effector functions 2019-02-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08604-4 PMID:30737409	研究论文	本文通过低输入和单细胞RNA测序研究人类淋巴细胞群体，揭示了固有T细胞的转录状态及其效应状态的维持机制	发现了连续的'固有性梯度'和四种广泛的固有状态，揭示了固有性由预形成的效应功能mRNA编码，但细胞增殖受损	NA	探讨固有T细胞如何维持准备好的效应状态	固有T细胞，包括不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞和γδ T细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	人类淋巴细胞群体
24	2024-08-09	Human Spermatogonial Stem Cells Scrutinized under the Single-Cell Magnifying Glass 2019-02-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.01.010 PMID:30735645	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术详细研究了人类精原干细胞（SSCs）的分子特征	利用单细胞RNA测序技术对人类精原干细胞进行详细定义和分子特征分析	NA	研究人类精原干细胞的分子特征	人类精原干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括具有人类SSCs特征的精原子集的多种人类睾丸细胞群体
25	2024-08-09	The Neonatal and Adult Human Testis Defined at the Single-Cell Level 2019-02-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.01.045 PMID:30726734	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了人类新生期和成年期的睾丸细胞	首次在单细胞水平上详细描述了人类新生期和成年期睾丸的细胞组成，并鉴定了原始精原细胞状态的蛋白质标记物	NA	深入理解人类精子发生过程	人类新生期和成年期的睾丸细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个新生期和成年期睾丸样本
26	2024-08-09	Publisher Correction: A general and flexible method for signal extraction from single-cell RNA-seq data 2019-02-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08614-2 PMID:30718493	correction	本文是针对原始文章中的两个方程错误进行的更正	NA	NA	更正原始文章中的数学方程错误	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
27	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals midbrain dopamine neuron diversity emerging during mouse brain development 2019-02-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08453-1 PMID:30718509	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠大脑发育过程中表达转录因子Pitx3的中脑多巴胺神经元的多样性	首次在全基因表达水平上系统地分类了中脑多巴胺神经元的多样性，并发现了七个神经元亚群，其中五个表达多巴胺能标记，两个分别表达谷氨酸能和GABA能标记	NA	揭示中脑多巴胺神经元在哺乳动物大脑中的亚群发育和功能	中脑多巴胺神经元	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠大脑发育过程中的多个阶段的中脑多巴胺神经元
28	2024-08-09	Neutrophils escort circulating tumour cells to enable cell cycle progression 2019-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-0915-y PMID:30728496	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了中性粒细胞与循环肿瘤细胞（CTCs）的相互作用，揭示了中性粒细胞在促进CTCs细胞周期进展和增强转移潜能中的作用	首次详细描述了中性粒细胞与CTCs的相互作用及其对CTCs细胞周期进展的影响，为乳腺癌治疗提供了新的靶点	研究主要基于乳腺癌患者和鼠模型，可能需要进一步验证在其他类型癌症中的普遍性	探究癌症细胞与免疫细胞在癌症扩散过程中的相互作用，为开发新的癌症疗法提供依据	乳腺癌患者和鼠模型中的循环肿瘤细胞及其伴随的中性粒细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	乳腺癌患者和鼠模型的样本
29	2024-08-09	Population and Single-Cell Analysis of Human Cardiogenesis Reveals Unique LGR5 Ventricular Progenitors in Embryonic Outflow Tract 2019-02-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.01.005 PMID:30713072	研究论文	本文通过群体和单细胞RNA测序分析了从多能心脏干细胞/祖细胞到中间及成熟心脏细胞的人类心脏衍生物的全面基因表达谱，并发现了人类特有的LGR5标记的心室祖细胞。	本文首次在人类胚胎心脏的近端流出通道中发现了LGR5标记的独特人类心室祖细胞，这些细胞在胎儿发育的4至5周时出现，并促进心脏发育和排列。	NA	深入理解人类心脏发生过程，揭示某些人类先天性心脏畸形的潜在起源。	人类心脏发生过程中的多能心脏干细胞/祖细胞及其衍生物。	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	使用人类胚胎干细胞衍生的和胚胎/胎儿心脏衍生的心脏细胞进行微解剖。
30	2024-08-09	Optimal-Transport Analysis of Single-Cell Gene Expression Identifies Developmental Trajectories in Reprogramming 2019-02-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.006 PMID:30712874	研究论文	本文介绍了一种名为Waddington-OT的方法，用于分析单细胞基因表达数据，以推断发育时间序列中的祖先-后代命运并模拟其背后的调控程序	该方法揭示了比先前所知更广泛的发育程序，并预测了影响命运的转录因子和旁分泌信号	NA	理解指导发育过程中分化的分子程序	重编程过程中的发育轨迹和调控程序	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	315,000个单细胞样本，采集间隔为半天，持续18天
31	2024-08-09	Optofluidic real-time cell sorter for longitudinal CTC studies in mouse models of cancer 2019-02-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1814102116 PMID:30674677	研究论文	本文介绍了一种光流控实时细胞分选系统，用于在小鼠癌症模型中进行循环肿瘤细胞（CTCs）的纵向研究	该系统能够连续数小时每天从基因工程小鼠模型（GEMM）中收集荧光标记的CTCs，持续多天或数周，并使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析CTCs	NA	揭示CTCs随时间演变的细节，作为药物反应的生物标志物，并促进对CTCs在转移中作用的理解	循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	细胞	从多个小鼠中收集CTCs，持续4天
32	2024-08-09	A discriminative learning approach to differential expression analysis for single-cell RNA-seq 2019-02, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0303-9 PMID:30664774	研究论文	本文提出了一种用于单细胞RNA-seq差异表达分析的判别学习方法	该方法通过伪对齐获得的转录兼容性计数，提供了一种无需量化的3'单细胞RNA-seq分析，能够识别先前无法检测到的标记基因	NA	旨在通过差异分析识别不同条件下细胞类型的转录特征	单细胞RNA-seq数据中的差异表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	判别学习模型	转录兼容性计数	大量细胞
33	2024-08-09	Differential NOVA2-Mediated Splicing in Excitatory and Inhibitory Neurons Regulates Cortical Development and Cerebellar Function 2019-02-20, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.12.019 PMID:30638744	研究论文	研究通过开发NOVA2 cTag-CLIP技术，分析了小鼠大脑中不同神经元群体的RNA结合蛋白（RBP）-RNA图谱，揭示了NOVA2在兴奋性和抑制性神经元中对选择性剪接（AS）的不同调控作用及其对皮质发育和小脑功能的影响	开发了NOVA2 cTag-CLIP技术，用于生成功能性RBP-RNA图谱，并揭示了NOVA2在不同神经元类型中对选择性剪接的差异调控	NA	研究RNA结合蛋白在不同细胞类型中的遗传多样性调控	小鼠大脑中的兴奋性和抑制性神经元	NA	NA	NOVA2 cTag-CLIP, 单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠大脑中的不同神经元群体
34	2024-08-09	Structurally Conserved Primate LncRNAs Are Transiently Expressed during Human Cortical Differentiation and Influence Cell-Type-Specific Genes 2019-02-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.12.006 PMID:30639214	研究论文	本文通过生成来自人类、黑猩猩、猩猩和猕猴的多能干细胞的大脑皮层类器官，并对其转录组进行每周时间点的测序，以比较分析，发现并研究了结构上保守的长非编码RNA（lncRNA）在人类皮层分化中的表达及其对细胞类型特异性基因的影响。	本研究首次系统地比较了多种灵长类动物大脑皮层类器官的转录组，发现了大量结构上保守的lncRNA，并揭示了这些lncRNA在特定细胞类型中的瞬时表达及其对基因调控的影响。	研究主要集中在实验室条件下生成的类器官，可能与真实大脑环境存在差异；此外，研究样本仅限于几种灵长类动物，可能无法完全代表所有灵长类动物的特征。	探索灵长类动物大脑皮层扩张的分子机制，特别是长非编码RNA在其中的作用。	人类、黑猩猩、猩猩和猕猴的大脑皮层类器官及其转录组。	分子生物学	NA	转录组测序	NA	转录组数据	2,975个人类多外显子lncRNA，其中2,472个在至少一个其他物种中结构保守，920个在所有物种中保守。
35	2024-08-09	Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage 2019-02, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-018-0276-y PMID:30643263	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化中的巨噬细胞异质性，并发现了一种与纤维化相关的过渡性巨噬细胞亚群	本文首次在体内研究了特定巨噬细胞亚群在支持纤维化中的作用，并开发了一种新的计算框架SingleR，用于通过参考大量转录组来注释单细胞RNA测序数据	NA	研究肺纤维化中巨噬细胞的异质性及其在纤维化过程中的作用	博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化中的巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠模型及特发性肺纤维化患者样本
36	2024-08-09	Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma 2019-02-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.043 PMID:30595452	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了25名黑色素瘤患者肿瘤内CD4和CD8 T细胞的行为，发现CD8 T细胞从早期效应“过渡”状态持续进展到功能失调状态，并揭示了功能失调的T细胞是肿瘤内主要的增殖性免疫细胞。	首次揭示了CD8 T细胞在人类黑色素瘤中的动态分化和增殖行为，并指出先前被定义为耗竭的CD8 T细胞实际上是一个高度增殖、克隆和动态分化的细胞群体。	研究样本仅限于25名黑色素瘤患者，可能限制了结果的普遍性。	探究人类黑色素瘤中肿瘤免疫细胞的组成及其对免疫疗法反应的影响。	黑色素瘤患者的肿瘤内CD4和CD8 T细胞。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	25名黑色素瘤患者
37	2024-08-09	The genomic organization and expression pattern of the low-affinity Fc gamma receptors (FcγR) in the Göttingen minipig 2019-02, Immunogenetics IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s00251-018-01099-1 PMID:30564855	研究论文	本文研究了Göttingen小型猪中低亲和力Fcγ受体（FcγR）的基因组结构和表达模式	首次在Göttingen小型猪中鉴定出新的FcγRIIa基因，并分析了其在血小板上的表达	文章未提及具体的局限性	探讨Göttingen小型猪中Fcγ受体的基因组结构和表达模式，以促进其在治疗性抗体预临床研究中的应用	Göttingen小型猪的Fcγ受体基因及其表达模式	生物医学研究	NA	基因组分析、测序、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA序列数据	涉及Göttingen小型猪的外周血单核细胞（PBMCs）和全血样本
38	2024-08-09	Tumor Suppressor PTEN Regulates Negatively Sertoli Cell Proliferation, Testis Size, and Sperm Production In Vivo 2019-02-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2018-00892 PMID:30576429	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型，探讨了IGFs在睾丸中的来源及其通过IGF/PTEN/PI3K途径促进未成熟Sertoli细胞增殖的机制	首次揭示了IGFs在睾丸间质类固醇生成前体细胞中的表达，并通过PTEN基因敲除小鼠模型验证了IGF/PTEN/PI3K途径在未成熟Sertoli细胞增殖中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明IGFs在睾丸中的来源及其通过IGF/PTEN/PI3K途径促进未成熟Sertoli细胞增殖的机制	未成熟Sertoli细胞的增殖、睾丸大小和精子产量	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA	小鼠胚胎睾丸细胞
39	2024-08-09	Mesenchymal Precursor Cells in Adult Nerves Contribute to Mammalian Tissue Repair and Regeneration 2019-02-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.024 PMID:30503141	研究论文	本文提供了证据，表明受伤的外周神经提供了间充质前体细胞的储备，这些细胞可以直接参与小鼠指尖再生和皮肤修复	本文首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，识别出在正常和受伤的成年神经中转录上不同的间充质细胞群，包括具有间充质前体细胞特征的神经嵴来源的细胞	NA	研究外周神经在调节组织修复和再生中的作用	间充质前体细胞在成年神经中的作用及其对组织修复和再生的贡献	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
40	2024-08-09	High-throughput single-cell transcriptomics on organoids 2019-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2018.11.002 PMID:30504008	研究论文	本文探讨了在类器官系统中使用高通量单细胞转录组学技术进行高分辨率分析的方法	结合单细胞基因组学和类器官技术，为个性化医疗带来深远影响	NA	分析和操控人类发育，生成疾病特定模型	从人类干细胞培养的三维组织（类器官）	单细胞基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	RNA	涉及大脑、肠道、肝脏和肾脏等组织的类器官细胞