单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals gene expression dynamics of human fetal kidney development 2019-02, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000152 PMID:30789893	研究论文	本研究使用单细胞转录组技术研究人类胎儿肾脏的基因表达动态	首次详细描述了人类胎儿肾脏的22种细胞类型及标记基因，并揭示了肾小管细胞在不同发育阶段的基因表达变化	目前研究尚缺乏对人类肾脏发育的完整理解，可能存在数据不足的情况	阐明人类肾脏发育过程中的基因表达变化	人类胎儿肾脏的单细胞转录组数据	数字病理学	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	细胞数据	近18000个来自五个不同发育阶段的肾细胞
2	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Blood and Ileal T Cells From Patients With Crohn's Disease Reveals Tissue-Specific Characteristics and Drug Targets 2019-02, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2018.10.046 PMID:30391472	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3	2024-08-05	Lineage Tracing: Computational Reconstruction Goes Beyond the Limit of Imaging 2019-Feb-28, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2019.0006 PMID:30764600	综述	本文介绍了计算生物学方法与传统谱系追踪的结合，以克服成像方法的局限性	提出了单细胞RNA测序谱系分析、DNA条形码或遗传伤痕分析等新颖的计算方法	成像基础的谱系追踪方法在可扩展性和缺乏分子信息方面存在限制	探讨细胞谱系追踪在生物过程研究中的应用	细胞及其后代的命运追踪	计算生物学	NA	单细胞RNA测序, DNA条形码	NA	RNA序列数据	涉及多种细胞类型
4	2024-08-05	CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing 2019-02-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1639-x PMID:30744683	研究论文	本文提出了一种用于单细胞RNA测序的新方法CellFishing.jl，用于搜索相似细胞和检测重要基因	CellFishing.jl提供了一种高精度和高通量的细胞搜索方法，且速度明显快于现有最先进的软件	NA	提升单细胞RNA测序数据中细胞搜索的效率和精度	多个单细胞RNA测序数据集中的细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	NA	超过一百万个细胞
5	2024-08-05	IRIS-EDA: An integrated RNA-Seq interpretation system for gene expression data analysis 2019-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006792 PMID:30763315	研究论文	本文介绍了一种名为IRIS-EDA的RNA-Seq数据分析集成工具，旨在简化基因表达数据的分析和解释。	IRIS-EDA首次提供了根据FAIR数据原则加速提交数据和结果到NCBI的基因表达数据库的框架。	NA	开发一个用户友好的平台，以进行RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据的计算分析。	RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据的基因表达分析。	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
6	2024-08-05	A component overlapping attribute clustering (COAC) algorithm for single-cell RNA sequencing data analysis and potential pathobiological implications 2019-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006772 PMID:30779739	研究论文	本研究开发了COAC算法用于分析单细胞RNA测序数据及其潜在的病理生物学意义	提出了一个新的COAC算法，能够从大规模单细胞RNA测序数据中执行局部基因共表达网络分析	尽管COAC算法显示出高准确率，但仍然依赖于数据的质量和完整性，限制了其在其他类型数据中的应用	研究旨在通过分析单细胞RNA测序数据识别功能基因集合及其调控网络与人类疾病之间的联系	研究对象为来自黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	聚类算法	基因表达数据	来自多名黑色素瘤患者的单细胞RNA测序资料
7	2024-08-05	Molecular Classification and Comparative Taxonomics of Foveal and Peripheral Cells in Primate Retina 2019-02-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.004 PMID:30712875	研究论文	本研究通过165,000个单细胞RNA-seq分析了猕猴视网膜中心和周边细胞的分子分类及比较分类学	首次提供了猕猴中心视网膜和周边视网膜的全面细胞分类，并探讨了其在功能上的显著差异	该研究主要基于猕猴视网膜数据，可能无法完全代表其他物种的情况	探讨猕猴视网膜中中心和周边细胞的功能差异及其对人类眼病的关联	猕猴的视网膜细胞，特别是中心的小视网膜区和周边区域	数字病理学	人类视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	165,000个单细胞
8	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of lung adenocarcinoma reveals heterogeneity of immune response-related genes 2019-02-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121387 PMID:30821712	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌中的免疫反应相关基因的异质性	发现IFN-γ信号通路基因在单个癌细胞中异质表达并与MHC II类基因共同调控，以及肿瘤特异性抗原在单细胞中的表达异质性	尚未完全探索影响临床结果和患者选择的异质性类型	研究肺腺癌中单细胞水平免疫反应相关基因的异质性及其对免疫治疗效果的影响	肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据和细胞系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肺腺癌患者和细胞系的单细胞RNA测序数据
9	2024-08-07	Single-cell analysis of fate-mapped macrophages reveals heterogeneity, including stem-like properties, during atherosclerosis progression and regression 2019-02-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124574 PMID:30830865	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，首次分析了在小鼠动脉粥样硬化进展和消退过程中，由CX3CR1+前体细胞衍生的斑块细胞的特征	研究揭示了比传统M1和M2极化状态更为复杂的巨噬细胞激活状态，并发现了一个意外的增殖性单核细胞簇，具有类似干细胞的特征	NA	探讨动脉粥样硬化进展和消退过程中巨噬细胞的异质性和特征	小鼠动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
10	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics of Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation 2019-02-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.01.001 PMID:30737144	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞，揭示了这些细胞在非淋巴组织中的适应性轨迹	首次详细描述了调节性T细胞在非淋巴组织中的亚群及其在不同组织中的适应性轨迹，并通过体内模型验证了预测的基因动力学	NA	探讨调节性T细胞在非淋巴组织中的表型和发育	小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	35,000个CD4调节性T细胞和记忆T细胞
11	2024-08-07	De novo gene signature identification from single-cell RNA-seq with hierarchical Poisson factorization 2019-02-22, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20188557 PMID:30796088	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞层次泊松分解（scHPF）的贝叶斯分解方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中发现连续和离散的表达模式	scHPF方法不需要预先归一化，并且能更好地捕捉单细胞数据的统计特性	NA	开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的基因特征	单细胞RNA测序数据中的基因表达模式	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	层次泊松分解（HPF）	基因表达数据	高级别胶质瘤的核心和边缘区域的单细胞RNA测序数据
12	2024-08-09	Functional-genetic approaches to understanding drug response and resistance 2019-02, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2019.03.003 PMID:30951975	综述	本文综述了功能基因工具在理解药物反应和耐药机制中的应用及其局限性	介绍了CRISPR/Cas9、高级RNAi方法和靶向蛋白质降解等新兴技术在寻找治疗靶点和评估药物开发前的应用	讨论了这些功能基因工具在高通量筛选和深入分析候选靶点及现有药物方面的局限性	探讨功能基因工具在药物反应和耐药机制研究中的应用	功能基因工具如CRISPR/Cas9、RNAi方法和靶向蛋白质降解	NA	NA	CRISPR/Cas9, RNAi, 靶向蛋白质降解, 时间分辨和单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
13	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of cultured human adipose-derived mesenchymal stem cells 2019-02-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2019.31 PMID:30806636	研究论文	本研究对来自三名供体的24,358个培养的人类脂肪源间充质干细胞进行了大规模单细胞转录组测序	提供了高质量的数据集，有助于解析培养的ADSCs的种群内异质性以及在单细胞分辨率下探究任何感兴趣谱系的谱系启动模式	NA	探究脂肪源间充质干细胞的临床应用潜力	培养的人类脂肪源间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	24,358个培养的人类脂肪源间充质干细胞
14	2024-08-09	Integration of single-cell RNA-seq data into population models to characterize cancer metabolism 2019-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006733 PMID:30818329	研究论文	本文提出了一种名为单细胞通量平衡分析（scFBA）的计算框架，用于将单细胞转录组数据转化为单细胞代谢通量数据，并通过肺癌和乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据进行验证	首次将单细胞RNA测序数据集成到群体模型中，以表征癌症细胞的代谢特性，揭示细胞间的代谢相互作用	目前的模型主要描述细胞群体的平均行为，掩盖了肿瘤发生和药物抗性中的固有异质性	旨在通过计算模型弥合代谢数据与生物功能之间的差距，并揭示细胞群体中的代谢异质性	肺癌和乳腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌, 乳腺癌	单细胞RNA测序	通量平衡分析（FBA）	转录组数据	肺癌和乳腺癌患者的细胞样本
15	2024-08-09	Dissecting Cell Lineages: From Microscope to Kaleidoscope 2019-02-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.054 PMID:30794779	研究论文	Gehart等人（2019）利用单细胞转录组学与动态双色荧光技术，实时解析成年哺乳动物细胞轨迹，特别是肠道内分泌细胞的分化过程	揭示了新的细胞谱系特征和细胞身份的转变，并在类器官实验中发现了通过该方法鉴定的转录调控因子的特定作用	NA	解析成年哺乳动物细胞轨迹，特别是肠道内分泌细胞的分化过程	成年哺乳动物的细胞谱系和肠道内分泌细胞的分化	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学，动态双色荧光	NA	转录组数据	NA
16	2024-08-09	[Identification and single-cell sequencing analysis of rare tumor cells in malignant pleural effusion of lung cancer patients] 2019-Feb-20, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.18-182 PMID:30803947	研究论文	本研究通过单细胞测序方法分析肺癌患者恶性胸腔积液中的转移性肿瘤细胞	首次采用单细胞测序技术研究肺癌患者恶性胸腔积液中的转移性肿瘤细胞，并分析其拷贝数变异模式	NA	探讨肿瘤异质性及转移机制	肺癌患者恶性胸腔积液中的转移性肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未提及
17	2024-08-09	Single-Cell Analysis of Diverse Pathogen Responses Defines a Molecular Roadmap for Generating Antigen-Specific Immunity 2019-02-27, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.01.001 PMID:30772378	研究论文	本文通过使用荧光病原体结合大规模单细胞RNA测序技术，全面分析了多种病原体感染后48小时内先天免疫反应的特征	发现罕见抗原阳性细胞在免疫接种后24小时即显示出病原体特异性的转录程序，并揭示了NK细胞驱动的IFNγ反应在病原体激活中的作用	NA	揭示先天免疫细胞类型和途径，以指导强健的适应性免疫反应，并可能促进安全有效疫苗的进一步开发	多种病原体感染后的先天免疫反应	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种病原体感染的淋巴结细胞
18	2024-08-09	Resolving Cell Fate Decisions during Somatic Cell Reprogramming by Single-Cell RNA-Seq 2019-02-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.042 PMID:30772174	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了体细胞重编程过程中细胞命运的连续性	开发了SOT方法分析细胞命运连续性，并揭示了细胞在重编程过程中分为重编程潜力（RP）和非重编程（NR）两类的新模型	NA	揭示体细胞重编程过程中细胞命运决策的普遍分叉模型	体细胞重编程过程中的细胞命运连续性	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	超过150,000个单细胞
19	2024-08-09	Human Fetal TNF-α-Cytokine-Producing CD4+ Effector Memory T Cells Promote Intestinal Development and Mediate Inflammation Early in Life 2019-02-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.12.010 PMID:30770246	研究论文	本文研究了人类胎儿肠道中肿瘤坏死因子-α（TNF-α）CD4CD69 T效应记忆（Tem）细胞的作用，发现这些细胞在胎儿肠道发育中起到促进作用，但在早产儿中可能导致炎症。	发现了人类胎儿肠道中一种独特的TNF-α产生CD4 T细胞群体，这些细胞在胎儿肠道黏膜发育中起到促进作用，但也可能在早产儿中引发炎症。	NA	探讨人类胎儿肠道中TNF-α产生CD4 T细胞在肠道发育和早期生命中的炎症作用。	人类胎儿肠道中的TNF-α产生CD4 T细胞及其在肠道发育和炎症中的作用。	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Maps the Developmental Track of the Human Heart 2019-02-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.01.079 PMID:30759401	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了约4000个人类胚胎心脏细胞的基因表达图谱，并确定了四种主要细胞类型：心肌细胞、心脏成纤维细胞、内皮细胞和瓣膜间质细胞	研究揭示了人类心脏发育过程中不同细胞类型的基因表达变化，并比较了人类与小鼠心脏发育的基因表达特征	NA	阐明人类心脏在体发育的机制，并提供理解心脏再生的潜在线索	人类胚胎心脏细胞及其发育过程中的基因表达变化	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约4000个人类胚胎心脏细胞