单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 48 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Diverse Pathogen Responses Defines a Molecular Roadmap for Generating Antigen-Specific Immunity
2019-02-27, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.01.001
PMID:30772378
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析不同病原体免疫反应的早期事件，揭示抗原特异性免疫生成的分子路线图 | 首次结合荧光标记病原体与大规模平行单细胞RNA测序，系统表征先天免疫应答早期阶段的细胞类型和通路 | 仅观察免疫后48小时内的早期事件，未追踪长期适应性免疫应答 | 阐明指导稳健适应性免疫应答的先天免疫细胞类型和通路 | 淋巴结细胞、抗原阳性细胞、NK细胞、单核细胞 | 系统免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma
2019-02-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.11.043
PMID:30595452
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现人类黑色素瘤中存在一个增殖活跃、动态分化的功能失调CD8 T细胞亚群 | 揭示了传统认为'耗竭'的CD8 T细胞实际上是肿瘤微环境中高度增殖、克隆性且动态分化的细胞群体 | 样本量相对有限（25例患者），且仅针对黑色素瘤这一特定癌症类型 | 深入表征人类癌症病灶中免疫浸润细胞的异质性和动态变化 | 黑色素瘤患者的肿瘤浸润CD4和CD8 T细胞 | 单细胞生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 25例黑色素瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
A component overlapping attribute clustering (COAC) algorithm for single-cell RNA sequencing data analysis and potential pathobiological implications
2019-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006772
PMID:30779739
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研究论文 | 本研究开发了一种用于单细胞RNA测序数据分析的组件重叠属性聚类算法 | 提出COAC算法进行局部基因共表达网络分析，能够从单细胞RNA测序数据中识别特定基因共表达模式的子网络 | 未明确说明算法在特定数据类型或规模下的性能限制 | 开发新的计算方法分析单细胞RNA测序数据，识别与疾病相关的功能基因集和调控网络 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | COAC算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
GPseudoRank: a permutation sampler for single cell orderings
2019-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty664
PMID:30052778
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研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序数据排序的置换采样方法GPseudoRank | 能够从复杂多峰分布中采样细胞排序，并估计生物过程中伪时间不确定性的变化 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞排序不确定性的建模问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞排序 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型，MCMC | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals gene expression dynamics of human fetal kidney development
2019-02, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000152
PMID:30789893
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组技术研究人类胎儿肾脏的基因表达动态 | 首次详细描述了人类胎儿肾脏的22种细胞类型及标记基因，并揭示了肾小管细胞在不同发育阶段的基因表达变化 | 目前研究尚缺乏对人类肾脏发育的完整理解，可能存在数据不足的情况 | 阐明人类肾脏发育过程中的基因表达变化 | 人类胎儿肾脏的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞数据 | 近18000个来自五个不同发育阶段的肾细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing of Blood and Ileal T Cells From Patients With Crohn's Disease Reveals Tissue-Specific Characteristics and Drug Targets
2019-02, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2018.10.046
PMID:30391472
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2024-08-05 |
Lineage Tracing: Computational Reconstruction Goes Beyond the Limit of Imaging
2019-Feb-28, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2019.0006
PMID:30764600
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综述 | 本文介绍了计算生物学方法与传统谱系追踪的结合，以克服成像方法的局限性 | 提出了单细胞RNA测序谱系分析、DNA条形码或遗传伤痕分析等新颖的计算方法 | 成像基础的谱系追踪方法在可扩展性和缺乏分子信息方面存在限制 | 探讨细胞谱系追踪在生物过程研究中的应用 | 细胞及其后代的命运追踪 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, DNA条形码 | NA | RNA序列数据 | 涉及多种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-08-05 |
CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing
2019-02-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1639-x
PMID:30744683
|
研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序的新方法CellFishing.jl，用于搜索相似细胞和检测重要基因 | CellFishing.jl提供了一种高精度和高通量的细胞搜索方法，且速度明显快于现有最先进的软件 | NA | 提升单细胞RNA测序数据中细胞搜索的效率和精度 | 多个单细胞RNA测序数据集中的细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | NA | 超过一百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
IRIS-EDA: An integrated RNA-Seq interpretation system for gene expression data analysis
2019-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006792
PMID:30763315
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IRIS-EDA的RNA-Seq数据分析集成工具，旨在简化基因表达数据的分析和解释。 | IRIS-EDA首次提供了根据FAIR数据原则加速提交数据和结果到NCBI的基因表达数据库的框架。 | NA | 开发一个用户友好的平台，以进行RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据的计算分析。 | RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据的基因表达分析。 | 数字病理学 | NA | RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-05 |
Molecular Classification and Comparative Taxonomics of Foveal and Peripheral Cells in Primate Retina
2019-02-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.004
PMID:30712875
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研究论文 | 本研究通过165,000个单细胞RNA-seq分析了猕猴视网膜中心和周边细胞的分子分类及比较分类学 | 首次提供了猕猴中心视网膜和周边视网膜的全面细胞分类，并探讨了其在功能上的显著差异 | 该研究主要基于猕猴视网膜数据，可能无法完全代表其他物种的情况 | 探讨猕猴视网膜中中心和周边细胞的功能差异及其对人类眼病的关联 | 猕猴的视网膜细胞，特别是中心的小视网膜区和周边区域 | 数字病理学 | 人类视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 165,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of lung adenocarcinoma reveals heterogeneity of immune response-related genes
2019-02-21, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.121387
PMID:30821712
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌中的免疫反应相关基因的异质性 | 发现IFN-γ信号通路基因在单个癌细胞中异质表达并与MHC II类基因共同调控，以及肿瘤特异性抗原在单细胞中的表达异质性 | 尚未完全探索影响临床结果和患者选择的异质性类型 | 研究肺腺癌中单细胞水平免疫反应相关基因的异质性及其对免疫治疗效果的影响 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据和细胞系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及肺腺癌患者和细胞系的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of fate-mapped macrophages reveals heterogeneity, including stem-like properties, during atherosclerosis progression and regression
2019-02-21, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.124574
PMID:30830865
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，首次分析了在小鼠动脉粥样硬化进展和消退过程中，由CX3CR1+前体细胞衍生的斑块细胞的特征 | 研究揭示了比传统M1和M2极化状态更为复杂的巨噬细胞激活状态，并发现了一个意外的增殖性单核细胞簇，具有类似干细胞的特征 | NA | 探讨动脉粥样硬化进展和消退过程中巨噬细胞的异质性和特征 | 小鼠动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics of Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation
2019-02-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.01.001
PMID:30737144
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞，揭示了这些细胞在非淋巴组织中的适应性轨迹 | 首次详细描述了调节性T细胞在非淋巴组织中的亚群及其在不同组织中的适应性轨迹，并通过体内模型验证了预测的基因动力学 | NA | 探讨调节性T细胞在非淋巴组织中的表型和发育 | 小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 35,000个CD4调节性T细胞和记忆T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
De novo gene signature identification from single-cell RNA-seq with hierarchical Poisson factorization
2019-02-22, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20188557
PMID:30796088
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞层次泊松分解（scHPF）的贝叶斯分解方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中发现连续和离散的表达模式 | scHPF方法不需要预先归一化，并且能更好地捕捉单细胞数据的统计特性 | NA | 开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的基因特征 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 层次泊松分解（HPF） | 基因表达数据 | 高级别胶质瘤的核心和边缘区域的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-09 |
Functional-genetic approaches to understanding drug response and resistance
2019-02, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2019.03.003
PMID:30951975
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综述 | 本文综述了功能基因工具在理解药物反应和耐药机制中的应用及其局限性 | 介绍了CRISPR/Cas9、高级RNAi方法和靶向蛋白质降解等新兴技术在寻找治疗靶点和评估药物开发前的应用 | 讨论了这些功能基因工具在高通量筛选和深入分析候选靶点及现有药物方面的局限性 | 探讨功能基因工具在药物反应和耐药机制研究中的应用 | 功能基因工具如CRISPR/Cas9、RNAi方法和靶向蛋白质降解 | NA | NA | CRISPR/Cas9, RNAi, 靶向蛋白质降解, 时间分辨和单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq of cultured human adipose-derived mesenchymal stem cells
2019-02-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/sdata.2019.31
PMID:30806636
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研究论文 | 本研究对来自三名供体的24,358个培养的人类脂肪源间充质干细胞进行了大规模单细胞转录组测序 | 提供了高质量的数据集，有助于解析培养的ADSCs的种群内异质性以及在单细胞分辨率下探究任何感兴趣谱系的谱系启动模式 | NA | 探究脂肪源间充质干细胞的临床应用潜力 | 培养的人类脂肪源间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 24,358个培养的人类脂肪源间充质干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
Integration of single-cell RNA-seq data into population models to characterize cancer metabolism
2019-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006733
PMID:30818329
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研究论文 | 本文提出了一种名为单细胞通量平衡分析（scFBA）的计算框架，用于将单细胞转录组数据转化为单细胞代谢通量数据，并通过肺癌和乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据进行验证 | 首次将单细胞RNA测序数据集成到群体模型中，以表征癌症细胞的代谢特性，揭示细胞间的代谢相互作用 | 目前的模型主要描述细胞群体的平均行为，掩盖了肿瘤发生和药物抗性中的固有异质性 | 旨在通过计算模型弥合代谢数据与生物功能之间的差距，并揭示细胞群体中的代谢异质性 | 肺癌和乳腺癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌, 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 通量平衡分析（FBA） | 转录组数据 | 肺癌和乳腺癌患者的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Dissecting Cell Lineages: From Microscope to Kaleidoscope
2019-02-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.054
PMID:30794779
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研究论文 | Gehart等人（2019）利用单细胞转录组学与动态双色荧光技术，实时解析成年哺乳动物细胞轨迹，特别是肠道内分泌细胞的分化过程 | 揭示了新的细胞谱系特征和细胞身份的转变，并在类器官实验中发现了通过该方法鉴定的转录调控因子的特定作用 | NA | 解析成年哺乳动物细胞轨迹，特别是肠道内分泌细胞的分化过程 | 成年哺乳动物的细胞谱系和肠道内分泌细胞的分化 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学，动态双色荧光 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
[Identification and single-cell sequencing analysis of rare tumor cells in malignant pleural effusion of lung cancer patients]
2019-Feb-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.18-182
PMID:30803947
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序方法分析肺癌患者恶性胸腔积液中的转移性肿瘤细胞 | 首次采用单细胞测序技术研究肺癌患者恶性胸腔积液中的转移性肿瘤细胞，并分析其拷贝数变异模式 | NA | 探讨肿瘤异质性及转移机制 | 肺癌患者恶性胸腔积液中的转移性肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Resolving Cell Fate Decisions during Somatic Cell Reprogramming by Single-Cell RNA-Seq
2019-02-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.042
PMID:30772174
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了体细胞重编程过程中细胞命运的连续性 | 开发了SOT方法分析细胞命运连续性，并揭示了细胞在重编程过程中分为重编程潜力（RP）和非重编程（NR）两类的新模型 | NA | 揭示体细胞重编程过程中细胞命运决策的普遍分叉模型 | 体细胞重编程过程中的细胞命运连续性 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 超过150,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |