单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-07	Improved dropClust R package with integrative analysis support for scRNA-seq data 2019-Nov-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz823 PMID:31693086	研究论文	本文介绍了改进的dropClust R包，该包利用局部敏感哈希（LSH）加速大规模单细胞表达数据的聚类，并引入了一种新的批次效应去除算法，支持单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的综合分析	引入了一种新的批次效应去除算法，增强了dropClust的互操作性和资源效率	NA	改进dropClust R包，使其支持单细胞RNA测序数据的综合分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	局部敏感哈希（LSH）	NA	表达数据	大规模单细胞
142	2024-08-07	Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytometry 2019-07, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0378-1 PMID:31061532	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和质谱流式细胞术，定义了类风湿性关节炎关节滑膜组织中的炎症细胞状态	本研究采用单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、批量RNA测序和流式细胞术，结合典型相关分析，识别了18种独特的细胞群体，并揭示了这些细胞在类风湿性关节炎中的特定状态	NA	定义驱动类风湿性关节炎关节炎症的细胞群体	类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织中的T细胞、B细胞、单核细胞和成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、批量RNA测序（RNA-seq）、流式细胞术	NA	转录组数据	51个滑膜组织样本
143	2024-08-07	HBEGF+ macrophages in rheumatoid arthritis induce fibroblast invasiveness 2019-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aau8587 PMID:31068444	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术，在类风湿性关节炎（RA）患者的关节中定义了不同的巨噬细胞亚群，并探讨了它们在疾病中的作用	首次详细描述了HBEGF+巨噬细胞在RA中的特定亚群及其对纤维母细胞侵袭性的影响	研究主要集中在体外和组织层面的实验，可能需要进一步的体内研究来验证结果	深入理解类风湿性关节炎中巨噬细胞的表型及其在疾病进展中的作用	类风湿性关节炎患者的关节巨噬细胞及其与纤维母细胞的相互作用	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及约1%的人口，具体样本数量未详细说明
144	2024-08-07	Non-cell autonomous mechanism of Parkinson's disease pathology caused by G2019S LRRK2 mutation in Ashkenazi Jewish patient: Single cell analysis 2019-11-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2019.146342 PMID:31330122	研究论文	本研究通过从携带G2019S LRRK2突变的阿什肯纳兹犹太患者中提取诱导多能干细胞（iPSCs），分离出自我更新的多能神经干细胞（NSCs），并在体外模拟这种形式的帕金森病，利用单细胞RNA测序转录组分析探讨NSCs中的细胞多样性和疾病病理。	研究首次揭示了G2019S LRRK2突变可能通过非细胞自主机制影响多种细胞类型的帕金森病病理，并展示了无偏见的单细胞转录组学在个性化医学中的潜力。	NA	探讨G2019S LRRK2突变如何导致帕金森病病理。	从携带G2019S LRRK2突变的阿什肯纳兹犹太患者中提取的诱导多能干细胞（iPSCs）及其分离出的神经干细胞（NSCs）。	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组	一个阿什肯纳兹犹太患者
145	2024-08-07	Cell type-specific transcriptional programs in mouse prefrontal cortex during adolescence and addiction 2019-09-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12054-3 PMID:31519873	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，全面分类了小鼠前额叶皮层中的所有独特细胞亚型，并分析了这些细胞亚型在自然适应和诱导条件下的转录动力学。	首次详细描述了小鼠前额叶皮层在青春期和慢性可卡因成瘾期间各神经元亚型的特异性转录程序。	NA	研究小鼠前额叶皮层在青春期和成瘾状态下各神经元亚型的特异性转录程序。	小鼠前额叶皮层的神经元亚型及其在青春期和成瘾状态下的转录动力学。	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	从P21到P60的小鼠前额叶皮层样本
146	2024-08-07	Identifying gene expression programs of cell-type identity and cellular activity with single-cell RNA-Seq 2019-07-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.43803 PMID:31282856	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术，利用共识非负矩阵分解（cNMF）方法，识别细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	提出了一种名为共识非负矩阵分解（cNMF）的方法，能够准确推断细胞身份和活动程序及其在每个细胞中的相对贡献	NA	理解细胞和组织的组织结构，识别细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	基因表达数据	使用了已发表的脑类器官和视觉皮层scRNA-Seq数据集
147	2024-08-07	Alevin efficiently estimates accurate gene abundances from dscRNA-seq data 2019-03-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1670-y PMID:30917859	research paper	本文介绍了一种名为alevin的快速端到端管道，用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，执行细胞条形码检测、读取映射、唯一分子标识符（UMI）去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。	alevin的UMI去重方法考虑了可能产生UMI的分子的转录水平约束，并处理了基因特异性读取和基因间多重映射读取，从而解决了现有工具中因丢弃基因模糊读取而产生的固有偏差，提高了基因丰度估计的准确性。	NA	开发一种快速且准确的基因丰度估计方法，用于基于液滴的单细胞RNA测序数据。	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的细胞条形码检测、读取映射、UMI去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。	digital pathology	NA	dscRNA-seq	NA	RNA sequencing data	NA
148	2024-08-07	EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data 2019-03-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1662-y PMID:30902100	研究论文	本文介绍了一种新的统计方法EmptyDrops，用于区分基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	EmptyDrops方法通过检测与环境溶液表达谱显著偏离的液滴，提高了检测真实细胞的能力，并控制了检测细胞中的假发现率	NA	开发一种新的计算方法，用于区分基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计方法	RNA测序数据	NA
149	2024-08-07	Postnatal Alveologenesis Depends on FOXF1 Signaling in c-KIT+ Endothelial Progenitor Cells 2019-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201812-2312OC PMID:31233341	研究论文	本文研究了c-KIT+内皮祖细胞中的FOXF1信号传导对产后肺泡形成的影响	首次揭示了c-KIT EC祖细胞在肺泡隔形成中的作用及其治疗潜力	NA	探讨c-KIT EC祖细胞是否促进新生儿肺泡形成	c-KIT+内皮祖细胞在肺泡形成中的作用	NA	儿童肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	新生儿人鼠肺组织样本
150	2024-08-07	SNV identification from single-cell RNA sequencing data 2019-11-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddz207 PMID:31504520	研究论文	本文评估了两种单核苷酸变异（SNV）识别管道（GATK和Monovar）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，以检测细胞类型特异性基因表达变异背后的功能性遗传变异。	本文首次探讨了仅使用scRNA-seq数据进行SNV识别的可行性，并提供了实际应用的参数设置建议。	尽管两种管道在某些情况下能识别高质量的SNV，但它们在单个细胞中识别SNV的准确性仍有限。	旨在通过scRNA-seq数据识别SNV，以最大化现有scRNA-seq研究的价值。	研究对象为scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV）。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未具体说明样本数量
151	2024-08-07	Transcriptome analysis of LRRK2 knock-out microglia cells reveals alterations of inflammatory- and oxidative stress-related pathways upon treatment with α-synuclein fibrils 2019-09, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2019.05.012 PMID:31102768	研究论文	本研究通过RNA测序分析了LRRK2敲除的微胶质细胞在α-突触核蛋白纤维处理后的转录组变化，揭示了炎症和氧化应激相关通路的改变	首次详细探讨了LRRK2敲除微胶质细胞在α-突触核蛋白纤维处理后氧化应激相关通路的改变，并验证了SOD2在mRNA和蛋白质水平上的表达	研究主要集中在体外细胞实验，需要进一步的体内实验验证	探讨LRRK2基因在帕金森病发病机制中通过改变氧化应激信号的作用	LRRK2野生型和敲除的微胶质细胞，以及α-突触核蛋白预形成纤维和脂多糖处理后的细胞	数字病理学	帕金森病	RNA测序	NA	转录组数据	涉及LRRK2野生型和敲除的微胶质细胞样本
152	2024-08-07	A pooled single-cell genetic screen identifies regulatory checkpoints in the continuum of the epithelial-to-mesenchymal transition 2019-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-019-0489-5 PMID:31477929	研究论文	本文通过整合单细胞轨迹分析与聚合遗传筛选，探索了控制上皮-间质转化（EMT）的遗传电路	本文首次将单细胞RNA测序与CRISPR-Cas9筛选相结合，揭示了EMT过程中的连续基因调控波和关键调控点	NA	揭示在发育和疾病中指导细胞决策的遗传结构	上皮-间质转化（EMT）过程中的遗传电路	NA	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9	NA	RNA	NA
153	2024-08-07	A large pool of actively cycling progenitors orchestrates self-renewal and injury repair of an ectodermal appendage 2019-09, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0378-2 PMID:31481792	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、小鼠遗传学和组织损伤方法，揭示了小鼠门齿维持和修复的细胞层次结构和机制	发现了一组活跃分裂的上皮祖细胞在稳态下产生牙釉质产生的成釉细胞和相邻的非成釉细胞层，并在损伤后通过祖细胞增殖和Notch1表达细胞直接转化为成釉细胞来实现组织修复	NA	解析干细胞身份和组织结构，以理解组织更新	小鼠门齿的维持和修复机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
154	2024-08-07	Application of single-cell RNA sequencing methodologies in understanding haematopoiesis and immunology 2019-07-03, Essays in biochemistry IF:5.6Q1 DOI:10.1042/EBC20180072 PMID:31186287	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在理解造血和免疫学中的应用	揭示了造血是一个连续而非阶梯式过程，挑战了传统的造血谱系树模型，并发现了新的免疫细胞类型	讨论了当前的挑战和未来方向	推动对生理和疾病状态下造血和免疫反应过程的理解	血液和免疫系统的细胞多样性	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
155	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Human Lung Provides Insights into the Pathobiology of Pulmonary Fibrosis 2019-06-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201712-2410OC PMID:30554520	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人肺组织，以揭示肺纤维化发病机制中的细胞群体变化	发现了在肺纤维化患者中特有的一类促纤维化肺泡巨噬细胞，并识别出在肺纤维化过程中出现的稀有细胞群体，如气道干细胞和衰老细胞	研究样本量相对较小，且仅限于肺移植捐赠者和接受者以及一例特发性肺纤维化患者的样本	探究单细胞RNA测序是否能揭示肺纤维化患者肺组织中肺泡巨噬细胞、上皮细胞等细胞类型的疾病相关异质性	肺纤维化患者的肺组织细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名肺移植捐赠者、8名肺纤维化接受者及1名特发性肺纤维化患者的肺组织样本
156	2024-08-07	Adaptive Immune Resistance Emerges from Tumor-Initiating Stem Cells 2019-05-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.03.025 PMID:31031009	研究论文	本文通过设计一种皮肤癌模型，研究了肿瘤起始干细胞（tSCs）如何通过适应性免疫抵抗机制克服免疫监视	发现tSCs通过表达CD80并结合CTLA4直接抑制细胞毒性T细胞活性，从而抵抗免疫疗法	NA	探讨肿瘤起始干细胞如何克服免疫监视并形成肿瘤复发的机制	肿瘤起始干细胞（tSCs）及其在皮肤鳞状细胞癌（SCC）中的免疫抵抗机制	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	NA
157	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Human Embryonic Stem Cell Differentiation Delineates Adverse Effects of Nicotine on Embryonic Development 2019-04-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.01.022 PMID:30827876	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了尼古丁对人类胚胎干细胞（hESC）衍生的胚胎体（EB）的影响	首次在单细胞水平上揭示了尼古丁对hESC分化的直接影响，并提供了一种新的方法来评估药物和环境毒素对人类胚胎发育的影响	NA	探讨尼古丁对人类胚胎发育的不良影响及其相关机制	人类胚胎干细胞（hESC）及其衍生的胚胎体（EB）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
158	2024-08-07	Macrophages in wound healing: activation and plasticity 2019-03, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12236 PMID:30746824	研究论文	本文综述了巨噬细胞在伤口愈合中的作用，包括其激活和可塑性	介绍了最新的体内和转化伤口模型、巨噬细胞特异性缺失以及区分巨噬细胞亚群的新技术	NA	总结伤口愈合中巨噬细胞激活和功能的主要参与者，并探讨其对伤口愈合的影响	巨噬细胞在伤口愈合中的作用及其激活和可塑性	NA	NA	细胞追踪和单细胞RNA测序	NA	NA	NA
159	2024-08-07	Seizing Sequencing Data to Consider Cell and Circuit Complexity 2019 Mar-Apr, Epilepsy currents IF:5.8Q1 DOI:10.1177/1535759719835658 PMID:30955433	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析海马CA1区抑制性神经元的类别和连续性变异	揭示了海马CA1区抑制性神经元的10个主要GABA能群体和49个细粒度集群，并发现连续变异在描述这些细胞多样性中的重要性	研究仅限于海马CA1区的抑制性神经元，未涉及其他脑区或神经元类型	理解脑回路中的神经元分类	海马CA1区的抑制性神经元	数字病理学	NA	单细胞转录组学	潜在因子分析	转录组数据	3663个CA1区抑制性细胞
160	2024-08-07	Single T Cell Sequencing Demonstrates the Functional Role of αβ TCR Pairing in Cell Lineage and Antigen Specificity 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.01516 PMID:31417541	研究论文	研究通过单细胞测序分析了近10万个独特的CD4和CD8 T细胞的配对TCR序列，探讨了αβ配对在T细胞谱系和抗原特异性中的功能作用	首次在谱系水平上分析了αβ TCR配对对T细胞功能的影响，并利用信息论和机器学习工具展示了αβ配对在TCR-MHC相互作用中的协同作用	NA	探讨αβ TCR配对在T细胞谱系和抗原特异性中的功能作用	近10万个独特的CD4和CD8 T细胞的配对TCR序列	免疫学	NA	单细胞测序	机器学习	序列数据	近10万个独特的CD4和CD8 T细胞