单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of lung adenocarcinoma reveals heterogeneity of immune response-related genes 2019-02-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121387 PMID:30821712	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌中的免疫反应相关基因的异质性	发现IFN-γ信号通路基因在单个癌细胞中异质表达并与MHC II类基因共同调控，以及肿瘤特异性抗原在单细胞中的表达异质性	尚未完全探索影响临床结果和患者选择的异质性类型	研究肺腺癌中单细胞水平免疫反应相关基因的异质性及其对免疫治疗效果的影响	肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据和细胞系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肺腺癌患者和细胞系的单细胞RNA测序数据
122	2024-08-07	Single-cell RNA-Seq analysis identifies a putative epithelial stem cell population in human primary prostate cells in monolayer and organoid culture conditions 2019, American journal of clinical and experimental urology IF:1.5Q3 PMID:31317052	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在单层和类器官培养条件下的人类原代前列腺上皮细胞中的细胞群体	首次在单层和类器官培养条件下识别出一种潜在的上皮干细胞群体，并验证了其在不同培养条件下的存在	研究仅限于从同一患者获取的样本，且样本数量有限	旨在通过单细胞RNA测序技术识别和比较单层和类器官培养条件下的人类原代前列腺上皮细胞中的细胞群体	人类原代前列腺上皮细胞在单层和类器官培养条件下的细胞群体	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	从同一患者获取的样本，以及来自5名额外患者的前列腺上皮样本
123	2024-08-07	An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development 2019-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0449-3 PMID:31406377	研究论文	本文研究了经典类型1树突状细胞（cDC1s）发育过程中的Irf8增强子切换机制	发现了Nfil3-Zeb2-Id2信号通路在cDC1发育中调控Irf8增强子切换的作用	NA	理解cDC1发育过程中的Irf8增强子切换机制	cDC1树突状细胞的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
124	2024-08-07	Single-cell analysis of fate-mapped macrophages reveals heterogeneity, including stem-like properties, during atherosclerosis progression and regression 2019-02-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124574 PMID:30830865	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，首次分析了在小鼠动脉粥样硬化进展和消退过程中，由CX3CR1+前体细胞衍生的斑块细胞的特征	研究揭示了比传统M1和M2极化状态更为复杂的巨噬细胞激活状态，并发现了一个意外的增殖性单核细胞簇，具有类似干细胞的特征	NA	探讨动脉粥样硬化进展和消退过程中巨噬细胞的异质性和特征	小鼠动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
125	2024-08-07	Molecular characterization of foveal versus peripheral human retina by single-cell RNA sequencing 2019-07, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2019.05.001 PMID:31075224	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对来自三个供体的人类视网膜中央凹和周边区域的神经视网膜进行了分子特征分析	首次详细比较了中央凹和周边视网膜细胞的转录组特征，并发现了与年龄相关性黄斑变性相关的转铁蛋白在周边样本中的富集	研究仅限于三个供体的样本，可能限制了结果的普遍性	探索人类视网膜中央凹与周边区域细胞的分子差异	人类视网膜的中央凹和周边区域的神经视网膜细胞	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了8,217个细胞，其中3,578个来自中央凹，4,639个来自周边区域
126	2024-08-07	A conditionally immortalized Gli1-positive kidney mesenchymal cell line models myofibroblast transition 2019-01-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00460.2018 PMID:30303712	研究论文	本文通过遗传策略成功分离并培养了表达Gli1的肾间充质细胞系KGli1，该细胞系能够模拟肌成纤维细胞的转化过程	开发了一种新的条件性永生化Gli1阳性肾间充质细胞系，为研究健康和疾病中的间充质干细胞样前体细胞提供了新工具	NA	研究Gli1阳性肌成纤维细胞前体的激活机制	Gli1阳性肾间充质细胞及其在肌成纤维细胞转化中的作用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
127	2024-08-07	Single-Cell Sequencing of iPSC-Dopamine Neurons Reconstructs Disease Progression and Identifies HDAC4 as a Regulator of Parkinson Cell Phenotypes 2019-01-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.023 PMID:30503143	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析技术，研究了携带GBA-N370S突变的iPSC衍生的多巴胺神经元，揭示了疾病进展的基因表达变化轴，并发现HDAC4作为疾病进展的上游调控因子	首次揭示HDAC4在帕金森病细胞表型中的调控作用，并验证了HDAC4调节化合物对疾病相关细胞表型的纠正作用	NA	探索帕金森病的疾病机制并寻找治疗靶点	iPSC衍生的多巴胺神经元	数字病理学	帕金森病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
128	2024-08-07	A HIERARCHICAL BAYESIAN MODEL FOR SINGLE-CELL CLUSTERING USING RNA-SEQUENCING DATA 2019-Sep, The annals of applied statistics DOI:10.1214/19-aoas1250 PMID:34079613	研究论文	本文提出了一种名为BasClu的贝叶斯分层模型，用于使用RNA测序数据的单细胞聚类	BasClu模型能够更好地表征scRNA-seq数据的重要特征，从而更准确地进行细胞聚类	NA	理解细胞异质性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	贝叶斯分层模型	RNA表达数据	涉及三个真实的scRNA-seq数据集
129	2024-08-07	Characterization of cell fate probabilities in single-cell data with Palantir 2019-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0068-4 PMID:30899105	研究论文	本文介绍了一种名为Palantir的算法，该算法通过将细胞命运视为概率过程并利用熵来测量细胞可塑性，模拟分化细胞的轨迹	Palantir算法能够生成高分辨率的细胞伪时间排序，并为每个细胞状态分配分化为每个终末状态的概率，优于现有算法	NA	研究细胞分化的离散与连续性质，并开发新的算法来模拟这一过程	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类骨髓单细胞RNA测序数据
130	2024-08-07	Visualizing structure and transitions in high-dimensional biological data 2019-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0336-3 PMID:31796933	研究论文	本文介绍了一种名为PHATE的视觉化方法，用于揭示高维生物数据中的结构和模式	PHATE方法能够捕捉数据点之间的信息几何距离，更好地保留数据的局部和全局非线性结构	NA	开发一种新的视觉化工具，以直观地展示高维生物数据中的结构和模式	高维生物数据，包括人工和生物数据集	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	高维数据	包括新产生的单细胞RNA测序数据集
131	2024-08-07	Molecular recording of mammalian embryogenesis 2019-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1184-5 PMID:31086336	研究论文	本文介绍了一种灵活、高信息量的多通道分子记录器，并将其应用于小鼠从受精到原肠胚形成的细胞命运图谱构建。	本文提出了一种新的分子记录器，能够进行高分辨率的细胞谱系记录，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了胚胎内外胚层细胞的转录收敛性。	NA	旨在通过分子记录器构建小鼠胚胎发育的细胞命运图谱，并理解发育过程中的细胞谱系和分化关系。	小鼠胚胎发育过程中的细胞谱系和分化关系。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	分子记录数据	NA
132	2024-08-07	Analysis of Single-Cell Gene Pair Coexpression Landscapes by Stochastic Kinetic Modeling Reveals Gene-Pair Interactions in Development 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01387 PMID:32082359	研究论文	本文介绍了一种基于随机基因表达和相互作用动力学生物物理模型的单细胞基因对共表达模式分析方法	开发了一种高通量计算方法来模拟基因对共表达景观，并构建了一个低维的“形状空间”来描述不同的共表达模式类型	将随机基因网络模型与单细胞数据整合仍然具有挑战性	揭示基因对在胚胎发育过程中的复杂共表达动态	单细胞基因对共表达模式及其在胚胎发育中的动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机数学模型	基因表达数据	数万个基因-基因相互作用模型
133	2024-08-07	The brain-placental axis: Therapeutic and pharmacological relevancy to pregnancy 2019-11, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2019.104468 PMID:31600597	综述	本文综述了大脑-胎盘轴的当前知识状态，描述了胎盘与母体和胎儿大脑之间的功能相互作用，并特别强调了胎盘受体对妊娠期间大脑中表达的神经配体的治疗和药理学意义。	本文提出了综合药理基因组学、单细胞测序和芯片上器官系统的应用前景，以促进该研究领域的重要领域。	目前关于妊娠期神经内分泌功能的信息主要局限于下丘脑-垂体-肾上腺/性腺（HPA/HPG）轴的调节，特别是催产素和催乳素系统，而对大脑和胎盘之间系统级功能相互作用的知识存在重大空白。	旨在概述大脑-胎盘轴的当前知识状态，并探讨其在个性化医学和治疗胎盘及胎儿大脑疾病中的应用。	大脑-胎盘轴的功能相互作用及其在治疗和药理学中的相关性。	NA	NA	综合药理基因组学、单细胞测序、芯片上器官系统	NA	NA	NA
134	2024-08-07	Deciphering Brain Complexity Using Single-cell Sequencing 2019-08, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2018.07.007 PMID:31586689	综述	本文综述了单细胞测序技术在解析大脑复杂性方面的进展和应用	介绍了单细胞测序技术在脑研究中的新应用，如细胞类型分类、脑发育和脑疾病机制	讨论了单细胞测序领域面临的挑战和未来发展	旨在概述单细胞测序产生的大数据如何推动神经科学进步，并揭示理解脑功能和疾病的复杂问题	人类大脑中的细胞类型、连接性和功能	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组、基因组和/或表观基因组数据	NA
135	2024-08-07	Spatiotemporal immune zonation of the human kidney 2019-09-27, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aat5031 PMID:31604275	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了人类肾脏的时空免疫拓扑结构	揭示了在成熟和胎儿肾脏中免疫基因的解剖学定义表达模式，以及组织驻留的髓系和淋巴系免疫细胞网络	NA	探讨组织驻留免疫细胞在器官稳态和防御中的作用	人类肾脏的免疫细胞及其与上皮细胞的相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
136	2024-08-07	How to Find a Resident Kidney Macrophage: the Single-Cell Sequencing Solution 2019-May, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2019030245 PMID:30948628	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
137	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics of Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation 2019-02-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.01.001 PMID:30737144	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞，揭示了这些细胞在非淋巴组织中的适应性轨迹	首次详细描述了调节性T细胞在非淋巴组织中的亚群及其在不同组织中的适应性轨迹，并通过体内模型验证了预测的基因动力学	NA	探讨调节性T细胞在非淋巴组织中的表型和发育	小鼠皮肤和结肠中的CD4调节性T细胞和记忆T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	35,000个CD4调节性T细胞和记忆T细胞
138	2024-08-07	Machine learning predicts putative hematopoietic stem cells within large single-cell transcriptomics data sets 2019-10, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2019.08.009 PMID:31513832	研究论文	本文开发了一种名为hscScore的机器学习工具，用于从单细胞转录组数据中快速识别小鼠骨髓中的造血干细胞	hscScore工具能够基于已验证的造血干细胞基因表达谱，对单细胞转录组进行评分，从而在缺乏流式细胞术信息的情况下，有效识别造血干细胞	NA	开发一种新的方法来识别大型单细胞转录组数据集中的潜在造血干细胞	小鼠骨髓中的造血干细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	转录组数据	来自不同实验室的scRNA-seq数据
139	2024-08-07	Subclonal cooperation drives metastasis by modulating local and systemic immune microenvironments 2019-07, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0346-x PMID:31263265	研究论文	本文研究了乳腺癌细胞中的次要亚克隆通过调节局部和系统性免疫微环境促进转移的机制	首次揭示了IL11和FIGF表达的次要亚克隆通过间接合作促进转移性进展的机制	NA	探讨肿瘤异质性对临床结果的影响及其机制	乳腺癌细胞的亚克隆及其在转移中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括原发肿瘤、血液和肺部的CD45细胞群
140	2024-08-07	Unravelling Intratumoral Heterogeneity through High-Sensitivity Single-Cell Mutational Analysis and Parallel RNA Sequencing 2019-03-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.009 PMID:30765193	研究论文	本文开发了一种名为TARGET-seq的高灵敏度单细胞突变分析方法，结合并行RNA测序，用于解析肿瘤内异质性	TARGET-seq方法能够在单细胞水平上同时进行高灵敏度的多重突变检测和无偏差的整个转录组分析	NA	克服单细胞RNA测序在研究癌组织时缺乏关键突变热点覆盖的问题	骨髓增生性肿瘤（MPN）的干细胞和前体细胞	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组和编码DNA	4,559个单细胞