单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-05	cellHarmony: cell-level matching and holistic comparison of single-cell transcriptomes 2019-12-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz789 PMID:31529053	研究论文	本文介绍了cellHarmony，一个用于单细胞转录组分析和比较的新工具	cellHarmony采用社区聚类和对齐策略有效匹配单细胞转录组，能够揭示细胞特异的基因表达差异	NA	研究目的在于定义疾病相关细胞群体内外的变化，理解人类疾病的分子发病机制	研究对象为正常和疾病状态下的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	潜在涉及数十个细胞群体
102	2024-08-05	Single-Cell Applications of Next-Generation Sequencing 2019-10-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a026898 PMID:30617056	研究论文	本文提供了单细胞测序的概述，并探讨了其在基础和临床研究中的应用	介绍了下一代测序技术在单细胞生物学中的新前沿	未提及具体的技术限制	提供单细胞测序的高级概述	单细胞及其在组织、微生物生态系统和癌症中的功能共存	数字病理学	癌症	下一代测序	NA	RNA和DNA	数百到数百万个细胞
103	2024-08-05	A component overlapping attribute clustering (COAC) algorithm for single-cell RNA sequencing data analysis and potential pathobiological implications 2019-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006772 PMID:30779739	研究论文	本研究开发了COAC算法用于分析单细胞RNA测序数据及其潜在的病理生物学意义	提出了一个新的COAC算法，能够从大规模单细胞RNA测序数据中执行局部基因共表达网络分析	尽管COAC算法显示出高准确率，但仍然依赖于数据的质量和完整性，限制了其在其他类型数据中的应用	研究旨在通过分析单细胞RNA测序数据识别功能基因集合及其调控网络与人类疾病之间的联系	研究对象为来自黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	聚类算法	基因表达数据	来自多名黑色素瘤患者的单细胞RNA测序资料
104	2024-08-07	High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell 2019-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0290-0 PMID:31611697	研究论文	本文介绍了一种名为SNARE-seq的方法，能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性	SNARE-seq方法能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性，实现了转录调控与其输出结果的直接匹配	NA	开发一种能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性的方法	新生和成年小鼠大脑皮层的细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	新生小鼠大脑皮层5,081个细胞，成年小鼠大脑皮层10,309个细胞
105	2024-08-05	Neurog3-Independent Methylation Is the Earliest Detectable Mark Distinguishing Pancreatic Progenitor Identity 2019-01-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.048 PMID:30620902	研究论文	本文展示了Neurog3独立的甲基化是区分胰腺祖细胞身份的最早可检测标志	通过单细胞RNA-seq和轨迹分析，揭示了Myt1与Neurog3的共表达在胰腺细胞命运选择中的作用	研究中甲基化状态的变化与能否定义的亚群体之间的关系尚不明确	探讨Neurog3细胞在胰腺发育中的细胞命运选择机制	胰腺内的Neurog3表达祖细胞及其甲基化状态	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq，轨迹分析	NA	RNA数据	NA
106	2024-08-05	Quantitative Clonal Analysis and Single-Cell Transcriptomics Reveal Division Kinetics, Hierarchy, and Fate of Oral Epithelial Progenitor Cells 2019-01-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.015 PMID:30472156	研究论文	本文探讨了口腔上皮祖细胞的分裂动力学、层级和命运	通过定量克隆分析和单细胞转录组学，揭示了口腔上皮祖细胞的独特分裂特性和细胞组织模型	没有提供具体的临床数据支持研究结果	了解口腔上皮祖细胞在稳态和疾病中的角色	口腔上皮祖细胞（OEPCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
107	2024-08-05	Cell-Type-Specific Complement Expression in the Healthy and Diseased Retina 2019-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.084 PMID:31775049	研究论文	该文章探讨了健康和病态视网膜中细胞类型特异性的补体表达。	首次通过单细胞RNA测序揭示了小鼠视网膜中11种细胞类型的补体表达特征。	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类视网膜的情况。	揭示视网膜中不同细胞类型的补体表达及其在视网膜疾病中的作用。	小鼠视网膜细胞，特别是11种细胞类型的补体表达。	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	约92,000个小鼠视网膜细胞
108	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveal polyclonal memory T-cell responses in skin with positive abacavir patch test results 2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.09.013 PMID:31574267	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
109	2024-08-05	Molecular Classification and Comparative Taxonomics of Foveal and Peripheral Cells in Primate Retina 2019-02-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.004 PMID:30712875	研究论文	本研究通过165,000个单细胞RNA-seq分析了猕猴视网膜中心和周边细胞的分子分类及比较分类学	首次提供了猕猴中心视网膜和周边视网膜的全面细胞分类，并探讨了其在功能上的显著差异	该研究主要基于猕猴视网膜数据，可能无法完全代表其他物种的情况	探讨猕猴视网膜中中心和周边细胞的功能差异及其对人类眼病的关联	猕猴的视网膜细胞，特别是中心的小视网膜区和周边区域	数字病理学	人类视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	165,000个单细胞
110	2024-08-05	Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder 2019-01-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07931-2 PMID:30674886	研究论文	本文提出了一种深度计数自编码器网络用于单细胞RNA测序数据的去噪	引入了一种考虑计数分布、过度离散和稀疏性的深度计数自编码器网络，使用负二项噪声模型处理数据	本文未提及具体的局限性	开发一种可扩展的方法来对单细胞RNA测序数据进行去噪	单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	深度学习	深度计数自编码器	RNA测序数据	数百万个细胞的数据集
111	2024-08-05	Helicobacter pylori infection and gastric cancer biology: tempering a double-edged sword 2019-Jul, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-019-03044-1 PMID:30783683	研究论文	本研究探讨了幽门螺杆菌感染与胃癌生物学之间的关系	提出幽门螺杆菌研究可作为微生物相关致癌模型的范例，并探讨其在胃癌中的复杂性	尚未完全阐明幽门螺杆菌感染对胃癌的机制及难以运用于更难处理的器官	研究幽门螺杆菌在胃癌发病机制中的作用	幽门螺杆菌对胃及其他器官的致癌影响	数字病理学	胃癌	单细胞测序	三维类器官模型	分子生物学数据	NA
112	2024-08-05	SCINA: A Semi-Supervised Subtyping Algorithm of Single Cells and Bulk Samples 2019-07-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes10070531 PMID:31336988	研究论文	本研究开发了SCINA，一个半监督模型，用于单细胞和大样本的分类。	SCINA利用期望最大化算法，结合已有的基因特征进行分析，提供了不同于传统方法的新方法论和生物学见解。	本研究在于模型的应用依赖于事先建立的基因特征，可能限制其在某些数据集上的通用性。	解决单细胞RNA测序数据分析中的主观性和准确性问题。	包括小鼠大脑的单细胞RNA测序数据和基因工程小鼠模型中的细胞群体变化。	数字病理学	肾癌	scRNA-Seq，流式细胞术/CyTOF数据	半监督模型	基因表达数据	应用于多种数据集，具体样本数量未提及
113	2024-08-05	Single-Cell Allele-Specific Gene Expression Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_11 PMID:30758826	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞等位基因表达分析的生物信息学框架SCALE	SCALE框架能够在考虑技术偏差等因素的情况下，估计全基因组的等位基因爆发动力学	没有提到具体的局限性	研究等位基因在单细胞RNA测序中的表达特征	小鼠胚泡单细胞数据集	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞数据	NA
114	2024-08-05	Building a Human Thymus: A Pointillist View 2019-11-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.003 PMID:31747579	研究论文	本文利用单细胞RNA测序分析稀有样本，探讨人类胎儿早期的胸腺基质细胞类型及其相关的T淋巴细胞发展	阐明了早期人类胎儿中胸腺基质细胞类型和T淋巴细胞的发育过程	样本稀有，可能限制结果的普遍适用性	研究胸腺基质细胞的来源及早期T淋巴细胞的形成	早期人类胎儿的胸腺相关细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	稀有样本
115	2024-08-05	Agouti-Related Protein 2 Is a New Player in the Teleost Stress Response System 2019-06-17, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2019.05.021 PMID:31178320	研究论文	本文探讨了Agouti相关蛋白2在鱼类应激反应系统中的新作用	本文首次揭示了AgRP2作为神经内分泌因子在斑马鱼应激反应中的调节角色	研究主要集中在斑马鱼模型上，可能不适用于其他物种	研究AgRP2在斑马鱼应激反应系统中的功能	斑马鱼中的AgRP1和AgRP2基因及其表达细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及的样本数量未具体说明
116	2024-08-07	Single cell census of human kidney organoids shows reproducibility and diminished off-target cells after transplantation 2019-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13382-0 PMID:31784515	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了四个人诱导多能干细胞系衍生的肾类器官，共450,118个单细胞，展示了类器官组成和发展与人类胎儿和成人肾脏的相似性，并研究了移植后非目标细胞的减少情况。	首次使用单细胞RNA测序技术评估肾类器官的重复性和质量，并发现移植可以减少非目标细胞的数量。	文章中提到不同iPSC系之间的细胞比例存在变异性，主要由非目标细胞引起。	评估人诱导多能干细胞衍生的肾类器官的重复性和减少非目标细胞的生成。	人诱导多能干细胞衍生的肾类器官及其移植后的细胞组成。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	450,118个单细胞
117	2024-08-07	Coopted temporal patterning governs cellular hierarchy, heterogeneity and metabolism in Drosophila neuroblast tumors 2019-09-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50375 PMID:31566561	研究论文	本文通过单细胞转录组学、克隆分析和数值建模，研究了果蝇神经母细胞瘤中被重新利用的幼虫期时间模式基因网络，揭示了这些基因如何触发肿瘤细胞的层次性分裂模式并诱导可预测的细胞异质性。	首次揭示了时间模式基因在神经母细胞瘤中的重新利用机制，及其对肿瘤细胞层次结构、异质性和生长特性的调控作用。	NA	探究儿童肿瘤进展的驱动因素，特别是神经母细胞瘤中的细胞层次结构和异质性。	果蝇神经母细胞瘤中的时间模式基因及其在肿瘤发展中的作用。	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组学	数值模型	转录组数据	涉及二十个幼虫期时间模式基因
118	2024-08-07	Evaluation of tools for highly variable gene discovery from single-cell RNA-seq data 2019-07-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby011 PMID:29481632	研究论文	本文比较了六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法，以评估其在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	本文首次系统比较了多种HVG方法的重复性和差异性，并提出了相应的建议	文章指出HVG分析需要比差异表达基因（DEG）分析更大的样本量	评估不同软件工具在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	文章未具体说明样本量大小
119	2024-08-07	Molecular and anatomical organization of the dorsal raphe nucleus 2019-08-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46464 PMID:31411560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、原位杂交、解剖追踪和空间相关性分析，研究了小鼠背侧缝核的转录和空间细胞特征	揭示了至少18种不同的神经元亚型和5种血清素能神经元亚型，其中包括一种优先支配基底神经节的血清素能神经元亚型	NA	阐明背侧缝核的分子组织结构	小鼠背侧缝核的细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	39,411个单细胞
120	2024-08-07	Cell Type- and Sex-Dependent Transcriptome Profiles of Rat Anterior Pituitary Cells 2019, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2019.00623 PMID:31620083	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，分析了6800多个新鲜分散的前叶垂体细胞的转录组，识别并表征了六种特定的垂体细胞类型。	本文揭示了多种新的遗传标记，这些标记有助于垂体细胞类型的识别、性二态性和功能，并指出了激素产生细胞和滤泡星形细胞之间的关系。	NA	研究前叶垂体细胞的生理和病理机制。	前叶垂体细胞的转录组。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	6800多个前叶垂体细胞