单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-05	Helicobacter pylori infection and gastric cancer biology: tempering a double-edged sword 2019-Jul, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-019-03044-1 PMID:30783683	研究论文	本研究探讨了幽门螺杆菌感染与胃癌生物学之间的关系	提出幽门螺杆菌研究可作为微生物相关致癌模型的范例，并探讨其在胃癌中的复杂性	尚未完全阐明幽门螺杆菌感染对胃癌的机制及难以运用于更难处理的器官	研究幽门螺杆菌在胃癌发病机制中的作用	幽门螺杆菌对胃及其他器官的致癌影响	数字病理学	胃癌	单细胞测序	三维类器官模型	分子生物学数据	NA
102	2024-08-05	SCINA: A Semi-Supervised Subtyping Algorithm of Single Cells and Bulk Samples 2019-07-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes10070531 PMID:31336988	研究论文	本研究开发了SCINA，一个半监督模型，用于单细胞和大样本的分类。	SCINA利用期望最大化算法，结合已有的基因特征进行分析，提供了不同于传统方法的新方法论和生物学见解。	本研究在于模型的应用依赖于事先建立的基因特征，可能限制其在某些数据集上的通用性。	解决单细胞RNA测序数据分析中的主观性和准确性问题。	包括小鼠大脑的单细胞RNA测序数据和基因工程小鼠模型中的细胞群体变化。	数字病理学	肾癌	scRNA-Seq，流式细胞术/CyTOF数据	半监督模型	基因表达数据	应用于多种数据集，具体样本数量未提及
103	2024-08-05	Single-Cell Allele-Specific Gene Expression Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_11 PMID:30758826	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞等位基因表达分析的生物信息学框架SCALE	SCALE框架能够在考虑技术偏差等因素的情况下，估计全基因组的等位基因爆发动力学	没有提到具体的局限性	研究等位基因在单细胞RNA测序中的表达特征	小鼠胚泡单细胞数据集	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞数据	NA
104	2024-08-05	Building a Human Thymus: A Pointillist View 2019-11-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.003 PMID:31747579	研究论文	本文利用单细胞RNA测序分析稀有样本，探讨人类胎儿早期的胸腺基质细胞类型及其相关的T淋巴细胞发展	阐明了早期人类胎儿中胸腺基质细胞类型和T淋巴细胞的发育过程	样本稀有，可能限制结果的普遍适用性	研究胸腺基质细胞的来源及早期T淋巴细胞的形成	早期人类胎儿的胸腺相关细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	稀有样本
105	2024-08-05	Agouti-Related Protein 2 Is a New Player in the Teleost Stress Response System 2019-06-17, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2019.05.021 PMID:31178320	研究论文	本文探讨了Agouti相关蛋白2在鱼类应激反应系统中的新作用	本文首次揭示了AgRP2作为神经内分泌因子在斑马鱼应激反应中的调节角色	研究主要集中在斑马鱼模型上，可能不适用于其他物种	研究AgRP2在斑马鱼应激反应系统中的功能	斑马鱼中的AgRP1和AgRP2基因及其表达细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及的样本数量未具体说明
106	2024-08-07	Single cell census of human kidney organoids shows reproducibility and diminished off-target cells after transplantation 2019-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13382-0 PMID:31784515	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了四个人诱导多能干细胞系衍生的肾类器官，共450,118个单细胞，展示了类器官组成和发展与人类胎儿和成人肾脏的相似性，并研究了移植后非目标细胞的减少情况。	首次使用单细胞RNA测序技术评估肾类器官的重复性和质量，并发现移植可以减少非目标细胞的数量。	文章中提到不同iPSC系之间的细胞比例存在变异性，主要由非目标细胞引起。	评估人诱导多能干细胞衍生的肾类器官的重复性和减少非目标细胞的生成。	人诱导多能干细胞衍生的肾类器官及其移植后的细胞组成。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	450,118个单细胞
107	2024-08-07	Coopted temporal patterning governs cellular hierarchy, heterogeneity and metabolism in Drosophila neuroblast tumors 2019-09-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50375 PMID:31566561	研究论文	本文通过单细胞转录组学、克隆分析和数值建模，研究了果蝇神经母细胞瘤中被重新利用的幼虫期时间模式基因网络，揭示了这些基因如何触发肿瘤细胞的层次性分裂模式并诱导可预测的细胞异质性。	首次揭示了时间模式基因在神经母细胞瘤中的重新利用机制，及其对肿瘤细胞层次结构、异质性和生长特性的调控作用。	NA	探究儿童肿瘤进展的驱动因素，特别是神经母细胞瘤中的细胞层次结构和异质性。	果蝇神经母细胞瘤中的时间模式基因及其在肿瘤发展中的作用。	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组学	数值模型	转录组数据	涉及二十个幼虫期时间模式基因
108	2024-08-07	Evaluation of tools for highly variable gene discovery from single-cell RNA-seq data 2019-07-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby011 PMID:29481632	研究论文	本文比较了六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法，以评估其在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	本文首次系统比较了多种HVG方法的重复性和差异性，并提出了相应的建议	文章指出HVG分析需要比差异表达基因（DEG）分析更大的样本量	评估不同软件工具在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	文章未具体说明样本量大小
109	2024-08-07	Molecular and anatomical organization of the dorsal raphe nucleus 2019-08-14, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46464 PMID:31411560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、原位杂交、解剖追踪和空间相关性分析，研究了小鼠背侧缝核的转录和空间细胞特征	揭示了至少18种不同的神经元亚型和5种血清素能神经元亚型，其中包括一种优先支配基底神经节的血清素能神经元亚型	NA	阐明背侧缝核的分子组织结构	小鼠背侧缝核的细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	39,411个单细胞
110	2024-08-07	Cell Type- and Sex-Dependent Transcriptome Profiles of Rat Anterior Pituitary Cells 2019, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2019.00623 PMID:31620083	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，分析了6800多个新鲜分散的前叶垂体细胞的转录组，识别并表征了六种特定的垂体细胞类型。	本文揭示了多种新的遗传标记，这些标记有助于垂体细胞类型的识别、性二态性和功能，并指出了激素产生细胞和滤泡星形细胞之间的关系。	NA	研究前叶垂体细胞的生理和病理机制。	前叶垂体细胞的转录组。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	6800多个前叶垂体细胞
111	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of lung adenocarcinoma reveals heterogeneity of immune response-related genes 2019-02-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121387 PMID:30821712	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌中的免疫反应相关基因的异质性	发现IFN-γ信号通路基因在单个癌细胞中异质表达并与MHC II类基因共同调控，以及肿瘤特异性抗原在单细胞中的表达异质性	尚未完全探索影响临床结果和患者选择的异质性类型	研究肺腺癌中单细胞水平免疫反应相关基因的异质性及其对免疫治疗效果的影响	肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据和细胞系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肺腺癌患者和细胞系的单细胞RNA测序数据
112	2024-08-07	Single-cell RNA-Seq analysis identifies a putative epithelial stem cell population in human primary prostate cells in monolayer and organoid culture conditions 2019, American journal of clinical and experimental urology IF:1.5Q3 PMID:31317052	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在单层和类器官培养条件下的人类原代前列腺上皮细胞中的细胞群体	首次在单层和类器官培养条件下识别出一种潜在的上皮干细胞群体，并验证了其在不同培养条件下的存在	研究仅限于从同一患者获取的样本，且样本数量有限	旨在通过单细胞RNA测序技术识别和比较单层和类器官培养条件下的人类原代前列腺上皮细胞中的细胞群体	人类原代前列腺上皮细胞在单层和类器官培养条件下的细胞群体	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	从同一患者获取的样本，以及来自5名额外患者的前列腺上皮样本
113	2024-08-07	An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development 2019-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0449-3 PMID:31406377	研究论文	本文研究了经典类型1树突状细胞（cDC1s）发育过程中的Irf8增强子切换机制	发现了Nfil3-Zeb2-Id2信号通路在cDC1发育中调控Irf8增强子切换的作用	NA	理解cDC1发育过程中的Irf8增强子切换机制	cDC1树突状细胞的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
114	2024-08-07	Single-cell analysis of fate-mapped macrophages reveals heterogeneity, including stem-like properties, during atherosclerosis progression and regression 2019-02-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124574 PMID:30830865	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传命运图谱技术，首次分析了在小鼠动脉粥样硬化进展和消退过程中，由CX3CR1+前体细胞衍生的斑块细胞的特征	研究揭示了比传统M1和M2极化状态更为复杂的巨噬细胞激活状态，并发现了一个意外的增殖性单核细胞簇，具有类似干细胞的特征	NA	探讨动脉粥样硬化进展和消退过程中巨噬细胞的异质性和特征	小鼠动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
115	2024-08-07	Molecular characterization of foveal versus peripheral human retina by single-cell RNA sequencing 2019-07, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2019.05.001 PMID:31075224	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对来自三个供体的人类视网膜中央凹和周边区域的神经视网膜进行了分子特征分析	首次详细比较了中央凹和周边视网膜细胞的转录组特征，并发现了与年龄相关性黄斑变性相关的转铁蛋白在周边样本中的富集	研究仅限于三个供体的样本，可能限制了结果的普遍性	探索人类视网膜中央凹与周边区域细胞的分子差异	人类视网膜的中央凹和周边区域的神经视网膜细胞	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了8,217个细胞，其中3,578个来自中央凹，4,639个来自周边区域
116	2024-08-07	A conditionally immortalized Gli1-positive kidney mesenchymal cell line models myofibroblast transition 2019-01-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00460.2018 PMID:30303712	研究论文	本文通过遗传策略成功分离并培养了表达Gli1的肾间充质细胞系KGli1，该细胞系能够模拟肌成纤维细胞的转化过程	开发了一种新的条件性永生化Gli1阳性肾间充质细胞系，为研究健康和疾病中的间充质干细胞样前体细胞提供了新工具	NA	研究Gli1阳性肌成纤维细胞前体的激活机制	Gli1阳性肾间充质细胞及其在肌成纤维细胞转化中的作用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
117	2024-08-07	Single-Cell Sequencing of iPSC-Dopamine Neurons Reconstructs Disease Progression and Identifies HDAC4 as a Regulator of Parkinson Cell Phenotypes 2019-01-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.023 PMID:30503143	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析技术，研究了携带GBA-N370S突变的iPSC衍生的多巴胺神经元，揭示了疾病进展的基因表达变化轴，并发现HDAC4作为疾病进展的上游调控因子	首次揭示HDAC4在帕金森病细胞表型中的调控作用，并验证了HDAC4调节化合物对疾病相关细胞表型的纠正作用	NA	探索帕金森病的疾病机制并寻找治疗靶点	iPSC衍生的多巴胺神经元	数字病理学	帕金森病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
118	2024-08-07	A HIERARCHICAL BAYESIAN MODEL FOR SINGLE-CELL CLUSTERING USING RNA-SEQUENCING DATA 2019-Sep, The annals of applied statistics DOI:10.1214/19-aoas1250 PMID:34079613	研究论文	本文提出了一种名为BasClu的贝叶斯分层模型，用于使用RNA测序数据的单细胞聚类	BasClu模型能够更好地表征scRNA-seq数据的重要特征，从而更准确地进行细胞聚类	NA	理解细胞异质性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	贝叶斯分层模型	RNA表达数据	涉及三个真实的scRNA-seq数据集
119	2024-08-07	Characterization of cell fate probabilities in single-cell data with Palantir 2019-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0068-4 PMID:30899105	研究论文	本文介绍了一种名为Palantir的算法，该算法通过将细胞命运视为概率过程并利用熵来测量细胞可塑性，模拟分化细胞的轨迹	Palantir算法能够生成高分辨率的细胞伪时间排序，并为每个细胞状态分配分化为每个终末状态的概率，优于现有算法	NA	研究细胞分化的离散与连续性质，并开发新的算法来模拟这一过程	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类骨髓单细胞RNA测序数据
120	2024-08-07	Visualizing structure and transitions in high-dimensional biological data 2019-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0336-3 PMID:31796933	研究论文	本文介绍了一种名为PHATE的视觉化方法，用于揭示高维生物数据中的结构和模式	PHATE方法能够捕捉数据点之间的信息几何距离，更好地保留数据的局部和全局非线性结构	NA	开发一种新的视觉化工具，以直观地展示高维生物数据中的结构和模式	高维生物数据，包括人工和生物数据集	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	高维数据	包括新产生的单细胞RNA测序数据集