单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-06 |
Seq-Well: A Sample-Efficient, Portable Picowell Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA Sequencing
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_8
PMID:31028635
|
研究论文 | 介绍Seq-Well这一低成本、便携式皮孔平台，用于大规模并行单细胞RNA测序 | 开发了一种简单便携的皮孔平台，能够从多样化的低输入临床样本中同时分析数千个细胞的转录组 | NA | 开发一种高效、低成本的单细胞RNA测序平台 | 单细胞转录组 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 数千个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | Seq-Well | 使用带有独特条形码的mRNA捕获珠和细胞共限制在皮孔中，通过半透膜密封实现高效细胞裂解和mRNA捕获 |
| 102 | 2025-10-06 |
Genomic encoding of transcriptional burst kinetics
2019-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0836-1
PMID:30602787
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研究论文 | 本研究通过等位基因敏感的单细胞RNA测序揭示了哺乳动物基因转录爆发动力学的基因组编码机制 | 首次在转录组范围内量化内源性基因的爆发频率和大小，发现增强子主要控制爆发频率而核心启动子控制爆发大小的新机制 | 研究主要基于小鼠和人类基因，可能需要在其他物种中验证；单细胞RNA测序技术本身存在技术噪音 | 探究顺式调控序列如何编码转录爆发动力学 | 小鼠和人类内源性基因 | 基因组学 | NA | 等位基因敏感的单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2025-10-06 |
GPseudoRank: a permutation sampler for single cell orderings
2019-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty664
PMID:30052778
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研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序数据排序的置换采样方法GPseudoRank | 能够从复杂多峰分布中采样细胞排序，并估计生物过程中伪时间不确定性的变化 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞排序不确定性的建模问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞排序 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型，MCMC | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 104 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of Microglia throughout the Mouse Lifespan and in the Injured Brain Reveals Complex Cell-State Changes
2019-01-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.004
PMID:30471926
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠生命周期和脑损伤中的小胶质细胞状态变化 | 首次系统揭示小胶质细胞在整个生命周期和脑损伤条件下存在至少9种转录组学不同状态 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探索小胶质细胞在不同生理和病理状态下的分子和功能特征 | 小鼠小胶质细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过76,000个小胶质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-10-06 |
Metabolic regulation of pluripotency and germ cell fate through α-ketoglutarate
2019-01-03, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.201899518
PMID:30257965
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研究论文 | 本研究探讨了α-酮戊二酸通过代谢调控在多能性维持和生殖细胞命运决定中的功能机制 | 揭示了线粒体三羧酸循环活性通过IDH2介导的α-酮戊二酸产生调控表观遗传机制的新途径 | 研究基于小鼠早期胚胎发育模型，在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探索代谢与细胞身份决定之间的分子联系机制 | 小鼠早期胚胎发育过程中的幼稚多能性细胞和原始生殖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 统计建模, 能量代谢调控 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2025-10-07 |
Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data
2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:30963074
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研究论文 | 应用拓扑数据分析方法Mapper可视化单细胞RNA测序数据，同时捕捉细胞聚类结构和连续基因表达拓扑 | 将拓扑数据分析与基因共表达网络分析相结合，在可视化中揭示基因共表达模块的差异表达模式 | NA | 开发能够保留单细胞RNA测序数据内在连续结构的可视化方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Mapper（拓扑数据分析方法） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2025-10-07 |
Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics
2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:30963075
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研究论文 | 本文评估了深度变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的参数调优重要性 | 揭示了参数调优对变分自编码器性能的关键影响，发现未经调优的模型性能可能显著低于传统方法 | 研究基于模拟数据，可能无法完全反映真实scRNA-seq数据的复杂性 | 评估变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的性能表现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE) | 基因表达数据 | 模拟数据集，包含数千至数万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2025-10-07 |
Elite control of HIV is associated with distinct functional and transcriptional signatures in lymphoid tissue CD8+ T cells
2019-12-18, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aax4077
PMID:31852798
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞方法揭示了HIV精英控制者淋巴组织中CD8+ T细胞的功能和转录特征 | 首次在淋巴组织中系统比较精英控制者与慢性进展者的HIV特异性CD8+ T细胞特征，发现非细胞毒性抑制病毒复制的新机制 | 样本量有限，研究仅针对淋巴组织，未涉及其他潜在影响因素 | 探究HIV精英控制者淋巴组织中CD8+ T细胞的功能和分子特征 | HIV精英控制者和慢性进展者的淋巴组织CD8+ T细胞 | 免疫学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | HIV精英控制者和慢性进展者淋巴组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2025-10-07 |
In Vivo Developmental Trajectories of Human Podocyte Inform In Vitro Differentiation of Pluripotent Stem Cell-Derived Podocytes
2019-07-01, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2019.06.001
PMID:31265809
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类胎儿肾脏中足细胞的发育轨迹，并评估多能干细胞来源的足细胞在类器官模型中的分化能力 | 首次系统描绘人类足细胞在体内的发育轨迹，并证明类器官来源的足细胞具有自主分化能力且能招募宿主血管 | 类器官晚期足细胞存在异常基因表达，且移植后仅部分纠正转录谱 | 阐明足细胞发育机制并建立相关的体外足细胞模型 | 人类胎儿肾脏足细胞和多能干细胞来源的足细胞 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类胎儿肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals the progression of human osteoarthritis
2019-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2017-212863
PMID:30026257
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示人类骨关节炎的软骨细胞分子程序和谱系进展模式 | 识别了人类OA软骨中七种分子定义的软骨细胞群体，包括三种新表型；发现了增殖性软骨细胞、前肥大软骨细胞和肥大软骨细胞之间的潜在转变；定义了软骨祖细胞的新标志物 | 样本仅来自10名接受膝关节置换手术的OA患者，样本量相对有限 | 理解人类软骨退化和再生的分子机制，改进骨关节炎治疗策略 | 人类骨关节炎患者的软骨细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 计算分析 | 单细胞转录组数据 | 10名患者中的1464个软骨细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2024-08-07 |
Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data
2019-Oct-23, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.08.003
PMID:31647917
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 112 | 2024-11-26 |
A comprehensive single cell transcriptional landscape of human hematopoietic progenitors
2019-06-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10291-0
PMID:31160568
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了人类造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期细胞命运决策的关键分支点 | 本文提供了一个更广泛的骨髓系阴性造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期成人造血结构中的关键缺失分支点，并发现了CD164作为早期HSPC分化的可靠标记 | NA | 揭示人类造血祖细胞的早期细胞命运决策机制 | 人类骨髓CD34+细胞和系阴性造血祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 113 | 2024-11-23 |
RNase H-dependent PCR-enabled T-cell receptor sequencing for highly specific and efficient targeted sequencing of T-cell receptor mRNA for single-cell and repertoire analysis
2019-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-019-0195-x
PMID:31341290
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研究论文 | 介绍了一种基于RNase H依赖的PCR技术进行T细胞受体测序的方法，用于单细胞和T细胞受体库分析 | 该方法通过RNase H依赖的PCR技术实现了T细胞受体的特异性扩增和双索引条码的添加，简化了工作流程，并提高了单细胞T细胞受体配对信息的成功率 | 与基于液滴的方法相比，该方法的通量较低，适用于分析小规模的排序细胞群体 | 开发一种高效且特异性的T细胞受体测序方法，用于单细胞和T细胞受体库分析 | T细胞受体（TCR）的α/β克隆型和T细胞受体库 | 基因测序 | NA | RNase H依赖的PCR（rhPCR） | NA | RNA | 单细胞或批量RNA样本，单细胞分析可处理384孔板中的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 114 | 2024-10-16 |
Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution
2019-03-29, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaw1219
PMID:30923225
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Slide-seq的技术，用于在空间高分辨率下测量基因组范围内的基因表达 | Slide-seq技术通过将RNA从组织切片转移到覆盖有DNA条形码珠子的表面上，实现了高吞吐量、基因组范围的基因表达读取，并能推断RNA的位置 | NA | 开发一种能够在高空间分辨率下测量基因组范围内基因表达的技术 | 小鼠小脑和海马体的细胞类型及其在创伤性脑损伤模型中的细胞类型特异性反应 | 基因组学 | NA | Slide-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠小脑和海马体的组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 115 | 2024-10-10 |
Co-culture of functionally enriched cancer stem-like cells and cancer-associated fibroblasts for single-cell whole transcriptome analysis
2019-12-31, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
IF:1.5Q4
DOI:10.1093/intbio/zyz029
PMID:31820801
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研究论文 | 开发了一种平台，用于分离单细胞并培养单细胞衍生的球体，以功能性富集癌症干细胞样细胞（CSCs），并研究CSCs与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用 | 首次通过单细胞转录组测序分析了CSCs与CAFs共培养对癌症干细胞特性和上皮/间充质状态的影响，并发现了与患者生存相关的关键基因 | 研究仅限于SUM149乳腺癌细胞系，需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性 | 研究CSCs与CAFs的相互作用及其对乳腺癌发展和转移的影响 | 乳腺癌干细胞样细胞（CSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | SUM149乳腺癌细胞和CAFs共培养的单细胞衍生的球体 | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2024-10-04 |
Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics
2019-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0537-1
PMID:31471617
|
研究论文 | 本文展示了在单细胞转录组学数据中使用迁移学习进行数据去噪的方法 | 通过结合深度自编码器和贝叶斯模型，SAVER-X能够跨不同实验室、不同条件和不同物种的数据提取可迁移的基因间关系，从而提高新目标数据集的质量 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 117 | 2024-09-07 |
Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony
2019-12, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0619-0
PMID:31740819
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Harmony的算法，用于快速、灵敏且准确地整合单细胞RNA测序数据 | Harmony算法能够将细胞投影到一个共享嵌入空间中，使得细胞按细胞类型分组而非数据集特定的条件，同时考虑了多个实验和生物因素 | NA | 开发一种高效的方法来整合不同技术测量的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据，包括外周血单核细胞、胰腺胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Harmony算法 | RNA测序数据 | 约10个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 118 | 2024-09-01 |
Development and Arealization of the Cerebral Cortex
2019-09-25, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.07.009
PMID:31557462
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综述 | 本文综述了大脑皮层区域多样性的早期发育过程，包括内在和外在机制，并提出了一个整合模型。 | 引入单细胞转录组学等新兴技术，提供了一个新的视角来理解区域特异性的分子多样性。 | NA | 探讨大脑皮层区域多样性的发育过程及其在神经发育障碍中的潜在应用。 | 大脑皮层的发育过程和区域多样性。 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 119 | 2024-08-21 |
Transcriptomic and Single-Cell Analysis of the Murine Parotid Gland
2019-12, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/0022034519882355
PMID:31623513
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了小鼠腮腺在不同成熟阶段的转录组特征 | 首次全面揭示了腮腺在不同成熟阶段的全球基因表达谱，并发现了腮腺特异性的基因特征和细胞异质性 | NA | 阐明腮腺的分子特性 | 小鼠腮腺的转录组和单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同成熟阶段的小鼠腮腺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 120 | 2024-08-11 |
Nonparametric expression analysis using inferential replicate counts
2019-10-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz622
PMID:31372651
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研究论文 | 本文提出了一种使用推断复制计数的非参数模型Swish，用于RNA-seq数据中的差异表达分析，并考虑了推断不确定性 | Swish方法在控制假发现率方面表现更好，特别是在具有高推断不确定性的转录本上 | NA | 旨在改进RNA-seq数据中差异表达基因或转录本的识别，同时控制技术偏差 | RNA-seq数据中的差异表达基因或转录本 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 非参数模型 | RNA-seq数据 | 涉及单细胞RNA-seq数据集中的亚群细胞 | NA | NA | NA | NA |