单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 881 - 900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of Microglia throughout the Mouse Lifespan and in the Injured Brain Reveals Complex Cell-State Changes
2019-01-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.004
PMID:30471926
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠一生中及脑损伤后微胶质细胞的RNA表达模式，揭示了微胶质细胞的复杂细胞状态变化 | 本研究首次揭示了至少九种转录上不同的微胶质细胞状态，这些状态表达独特的基因集并使用特定标记定位于大脑 | NA | 旨在更好地理解微胶质细胞的功能，并识别和调控健康和疾病中的特定亚群 | 小鼠一生中及脑损伤后的微胶质细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 超过76,000个单独的微胶质细胞样本 |
| 882 | 2024-08-09 |
Comparative Analysis of Droplet-Based Ultra-High-Throughput Single-Cell RNA-Seq Systems
2019-01-03, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2018.10.020
PMID:30472192
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研究论文 | 本文对三种广泛使用的基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统（inDrop、Drop-seq和10X Genomics Chromium）进行了系统比较分析 | 首次对这些系统进行了直接比较，揭示了各自的特征和适用场景 | NA | 比较不同超高通量单细胞RNA测序系统的性能和应用 | 基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 同一细胞系 |
| 883 | 2024-08-09 |
A complex auxiliary: IL-17/Th17 signaling during type 1 diabetes progression
2019-01, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2018.11.007
PMID:30472513
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综述 | 本文综述了IL-17/Th17信号在1型糖尿病进展中的辅助作用 | 通过重新分析最近发表的单细胞测序和排序细胞批量测序数据集中的关键因子，提供了IL-17信号装置在胰岛内分泌细胞中普遍存在的证据 | 需要解决多个问题以评估抗IL-17疗法在治疗1型糖尿病中的潜在适用性 | 探讨IL-17在1型糖尿病进展中的作用及其在糖尿病并发症中的影响 | IL-17/Th17信号在1型糖尿病中的作用及其在远端组织并发症中的影响 | NA | 1型糖尿病 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 884 | 2024-08-09 |
A Deep Dive into Immunotherapy Resistance
2019-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-ND2018-010
PMID:30487234
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序，两组研究人员揭示了CD8+ T细胞和肿瘤细胞在驱动免疫疗法抗性中的不同作用 | 研究确定了两种不同的T细胞状态以及肿瘤细胞促进的T细胞排除程序，这些可能影响患者对免疫检查点阻断的反应 | NA | 探讨免疫疗法抗性的机制 | CD8+ T细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 885 | 2024-08-09 |
pyNVR: investigating factors affecting feature selection from scRNA-seq data for lineage reconstruction
2019-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty950
PMID:30445607
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研究论文 | 本文介绍了pyNVR工具，用于从scRNA-seq数据中选择特征以进行谱系重建，并比较了其与多种无监督算法的性能差异 | 开发了基于邻域方差比（NVR）的特征选择方法，并将其作为Python包实现，显著提高了性能 | NA | 研究影响scRNA-seq数据特征选择的因素，并评估不同算法在特征选择上的表现 | scRNA-seq数据中的特征选择算法及其性能 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | NA |
| 886 | 2024-08-09 |
GRNBoost2 and Arboreto: efficient and scalable inference of gene regulatory networks
2019-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty916
PMID:30445495
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research paper | 本文介绍了GRNBoost2和Arboreto框架，用于从大规模基因表达数据中高效推断基因调控网络 | 提出了GRNBoost2算法和Arboreto框架，能够高效处理因高通量基因分析技术（如单细胞RNA-seq）产生的日益增长的数据量 | NA | 开发工具集以从大型表达数据集中推断基因调控网络 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 梯度提升 | 基因表达数据 | NA |
| 887 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing in facioscapulohumeral muscular dystrophy disease etiology and development
2019-04-01, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddy400
PMID:30445587
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序结合伪时间轨迹建模，研究了面肩肱型肌营养不良症（FSHD）的病因和细胞进展 | 本文首次在单细胞水平上揭示了FSHD特异性细胞群，并发现了与DUX4去抑制相关的新基因，同时构建了FSHD细胞进展模型 | 本文主要集中在单细胞RNA测序数据的分析，未涉及临床治疗效果的验证 | 旨在揭示FSHD疾病的病因和细胞进展，为治疗提供新的生物标志物和靶点 | 面肩肱型肌营养不良症（FSHD）的病因和细胞进展 | 数字病理学 | 面肩肱型肌营养不良症 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹建模 | RNA | 所有测试的患者来源的培养物中均鉴定出少量FSHD特异性细胞群 |
| 888 | 2024-08-09 |
scFTD-seq: freeze-thaw lysis based, portable approach toward highly distributed single-cell 3' mRNA profiling
2019-02-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky1173
PMID:30462277
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scFTD-seq的微芯片平台，用于直接进行单细胞冷冻-解冻裂解的3' mRNA测序 | scFTD-seq平台简化了工作流程，减少了准备步骤和操作时间，同时保持了与最先进的scRNA-seq平台相匹配的数据质量和成本 | NA | 开发一种新的单细胞3' mRNA测序方法，以简化流程并提高可移植性 | 循环滤泡辅助T细胞，这些细胞与系统性红斑狼疮的发病机制有关 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 3' mRNA测序 | NA | mRNA | NA |
| 889 | 2024-08-09 |
Evaluation and application of RNA-Seq by MinION
2019-Feb-01, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/dnares/dsy038
PMID:30462165
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研究论文 | 本文评估并应用了使用MinION纳米孔测序仪进行的全长cDNA测序方法 | 利用MinION的长读取特性，能够识别剪接模式及其组合，并提供融合基因转录本的全长cDNA信息，以及用于SNP分型的全长度cDNA信息 | 测序准确性仍有限，仅为92.3% | 评估并应用MinION RNA-Seq技术在全长cDNA测序中的性能 | 全长cDNA测序技术及其在不同应用中的效果 | 基因组学 | NA | RNA-Seq, MinION | NA | cDNA | 两个特定个体的七个主要器官 |
| 890 | 2024-08-09 |
Usage of Single-Cell RNA Sequencing to Unveil Immune Lymphoid Cell Precursors
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-8885-3_5
PMID:30465196
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研究论文 | 本文描述了一种基于板式的协议，用于制备骨髓先天淋巴细胞前体的单细胞cDNA文库，以便进行下一代测序基础的转录组分析 | 利用单细胞RNA测序技术，揭示免疫淋巴细胞前体的新细胞群和细胞异质性 | NA | 研究免疫细胞的发现和细胞发育轨迹 | 骨髓先天淋巴细胞前体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 891 | 2024-08-09 |
Single-cell analyses identify distinct and intermediate states of zebrafish pancreatic islet development
2019-06-01, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjy064
PMID:30407522
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了转基因斑马鱼胰腺胰岛在四个胚胎发育阶段的动态变化 | 本文首次详细描述了胰腺胰岛发育过程中的不同状态和分子特征，并识别了具有不同细胞周期阶段的增殖性内分泌前体细胞 | NA | 定义胰腺胰岛发育过程中的特征和分化过程 | 胰腺胰岛细胞的发育轨迹及其调控网络 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从TgBAC(neurod1:EGFP)转基因斑马鱼中分离的单个胰岛细胞 |
| 892 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing defines genetic heterogeneity in pancreatic cancer precursor lesions
2019-03, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.5194
PMID:30430578
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术，分析了胰腺癌前病变——导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs）的遗传异质性 | 首次在单细胞水平上揭示了IPMNs中同一驱动基因内不同突变的频繁共存现象，并提出了多克隆起源或未知的初始事件的可能性 | 研究样本量较小，仅涉及十个IPMNs组织 | 旨在阐明IPMNs在单细胞层面的遗传异质性 | 导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 下一代测序 | NA | 基因组数据 | 十个IPMNs组织中的单细胞 |
| 893 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Mesenchymal Stem Cells Reveal Age-Related Cellular Subpopulation Depletion and Impaired Regenerative Function
2019-02, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.2934
PMID:30412645
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了人骨髓间充质干细胞在年龄相关性细胞亚群耗竭和再生功能受损中的分子机制 | 发现了年轻供体骨髓间充质干细胞中存在一种独特的静止亚群，该亚群仅在年轻细胞中存在，且与更高的组织再生基因表达相关 | NA | 探究年龄对骨髓间充质干细胞功能的影响及其分子机制 | 人骨髓间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 894 | 2024-08-09 |
Building and Regenerating the Lung Cell by Cell
2019-01-01, Physiological reviews
IF:29.9Q1
DOI:10.1152/physrev.00001.2018
PMID:30427276
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研究论文 | 本文探讨了哺乳动物肺部细胞和分子机制在肺形态发生中的作用 | 利用单细胞RNA测序数据和高分辨率成像技术，揭示了肺部细胞类型的显著异质性及其在肺发育中的基因表达 | NA | 研究肺部细胞多样性、肺形成和功能以及肺器官发生中的细胞和分子途径 | 肺部细胞的多样性、肺形成和功能以及肺器官发生中的细胞和分子途径 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA |
| 895 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression
2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955
PMID:30385653
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术分析了胰腺癌前病变在从非侵袭性病变到侵袭性癌症进展过程中的上皮和微环境异质性变化 | 通过单细胞转录组学技术，首次详细揭示了胰腺癌前病变在早期癌变过程中的上皮和微环境异质性变化 | NA | 旨在早期检测胰腺导管腺癌（PDAC）并阐明其前病变分子相关性 | 胰腺导管腺癌的前病变，特别是导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 5,403个细胞，来自2个低级别IPMNs、2个高级别IPMNs和2个PDACs |
| 896 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq analysis identifies a noncoding interleukin 4 (IL-4) RNA that post-transcriptionally up-regulates IL-4 production in T helper cells
2019-01-04, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA118.004111
PMID:30404921
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠2型辅助T细胞的转录组复杂性，发现了一种非编码的IL-4 RNA，该RNA通过后转录机制上调IL-4的产生 | 首次在单细胞水平上发现了一种非编码的IL-4 RNA，该RNA通过后转录机制调控IL-4蛋白的产生 | NA | 揭示非典型转录本如何通过后转录机制调控其对应典型基因的表达 | 小鼠2型辅助T细胞的转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 897 | 2024-08-09 |
ArrayExpress update - from bulk to single-cell expression data
2019-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky964
PMID:30357387
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研究论文 | 本文更新了ArrayExpress数据库，从批量表达数据扩展到单细胞表达数据 | 引入了新的提交工具Annotare，收集必要的元数据以解释实验，并开发了BioStudies数据库以整合不同检测模式的多组学实验数据 | NA | 更新和扩展ArrayExpress数据库，以适应基于测序技术特别是RNA-seq实验的增加以及单细胞研究的显著增长 | 功能基因组学数据，特别是基于RNA-seq的单细胞表达数据 | 功能基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 898 | 2024-08-09 |
CancerSEA: a cancer single-cell state atlas
2019-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky939
PMID:30329142
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研究论文 | 开发了CancerSEA数据库，这是一个专注于探索癌症单细胞水平上不同功能状态的首个专用数据库 | CancerSEA是首个专注于癌症单细胞功能状态的数据库，提供了14种功能状态的详细信息，并允许用户查询特定基因或基因列表在不同癌症中的功能状态关联 | NA | 构建一个专用资源以解码癌症单细胞的功能状态 | 41,900个来自25种癌症类型的单细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 41,900个癌症单细胞 |
| 899 | 2024-08-09 |
CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse
2019-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky900
PMID:30289549
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research paper | 本文开发了CellMarker数据库，旨在为人类和小鼠组织中各种细胞类型提供全面准确的细胞标记资源 | 通过手动整理超过10万篇已发表的论文，收集并记录了4124条包含细胞标记信息、组织类型、细胞类型、癌症信息和来源的条目 | NA | 提供一个全面且准确的细胞标记资源，以帮助精确识别和表征细胞，特别是在单细胞水平 | 人类和小鼠组织中的各种细胞类型 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 文本 | 收集了13605个细胞标记，涵盖467种细胞类型在158个人类组织/亚组织中；以及9148个细胞标记，涵盖389种细胞类型在81个小鼠组织/亚组织中 |
| 900 | 2024-08-09 |
Targeting individual cells by barcode in pooled sequence libraries
2019-01-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky856
PMID:30256981
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研究论文 | 本文介绍了一种多重PCR方法，用于从混合单细胞序列库中选择性测序特定细胞 | 提出了一种分子富集方法，结合FACS技术，有效针对超稀有细胞类型，如AXL+SIGLEC6+树突状细胞子集，减少了单细胞测序所需的努力 | NA | 开发一种方法，从混合单细胞序列库中选择性测序特定细胞 | 人类血液细胞中的多种细胞类型 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 序列数据 | 数千个单细胞 |