单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 861 - 880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2024-08-09 |
A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction
2019-01, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0254-1
PMID:30573817
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研究论文 | 本文介绍了一种用于评估单细胞RNA测序批次效应校正的用户友好、稳健且敏感的k近邻批次效应测试（kBET） | 提出了一个量化批次效应的kBET方法，用于评估批次回归和归一化方法的效果，并区分细胞类型特异性个体间变异与细胞群体相对比例的变化 | NA | 评估单细胞RNA测序中的批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | k近邻批次效应测试（kBET） | 单细胞转录组数据 | 外周血单个核细胞（PBMCs）来自健康捐赠者 |
| 862 | 2024-08-09 |
Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC)-a gene filtering algorithm for single-cell RNA-seq data
2019-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty1016
PMID:30535000
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研究论文 | 本文提出了一种名为Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC)的新算法，用于构建基于基因表达水平和相应方差的阈值曲线，以有效减少单细胞RNA-seq数据中的技术噪声 | OGFSC算法通过构建基于基因表达水平和方差的阈值曲线，避免了传统固定阈值方法导致的过度严格或不足严格错误 | NA | 旨在提高单细胞RNA-seq数据中差异表达基因和细胞群的精确识别 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个模拟和已发表的实验数据集 |
| 863 | 2024-08-09 |
DensityPath: an algorithm to visualize and reconstruct cell state-transition path on density landscape for single-cell RNA sequencing data
2019-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty1009
PMID:30535348
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研究论文 | 提出了一种名为DensityPath的算法，用于在单细胞RNA测序数据的密度景观上可视化和重建细胞状态转换路径 | DensityPath算法通过采用弹性嵌入的非线性降维方法，揭示数据内在结构，并从单细胞多模态密度景观中提取高密度水平集簇的拓扑特征，重建细胞状态转换的最优路径 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中细胞发育轨迹的可视化和重建问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 弹性嵌入 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 864 | 2024-08-09 |
Hypermutagenesis in untreated adult gliomas due to inherited mismatch mutations
2019-06-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.32054
PMID:30536544
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研究论文 | 研究未治疗的成人胶质瘤中由于遗传性错配修复突变导致的超突变现象 | 首次识别出未经治疗成人胶质瘤中存在的新生超突变表型，并探讨了自发和治疗诱导的超突变进化 | NA | 揭示未治疗成人胶质瘤中超突变过程的新理解，并为胶质瘤治疗的免疫疗法提供临床意义 | 未经治疗和治疗后的超突变胶质瘤 | 数字病理学 | 脑瘤 | 全外显子测序（WES），全转录组测序（WTS），单细胞测序（SCS） | NA | 基因组数据 | 涉及未经治疗和治疗后的超突变胶质瘤样本 |
| 865 | 2024-08-09 |
Deconstructing Retinal Organoids: Single Cell RNA-Seq Reveals the Cellular Components of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Retina
2019-05, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.2963
PMID:30548510
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了从人类胚胎干细胞衍生的视网膜类器官在三个分化时间点的细胞组成 | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示了视网膜类器官中关键细胞类型的有序生成过程 | NA | 探究视网膜类器官的细胞生物学特性及其相互作用 | 人类胚胎干细胞衍生的视网膜类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个时间点的视网膜类器官样本 |
| 866 | 2024-08-09 |
Network Inference from Single-Cell Transcriptomic Data
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-8882-2_10
PMID:30547403
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞转录组数据进行网络推断的优势和方法 | 利用单细胞转录组数据可以识别更复杂的非线性基因依赖关系，并推断特定条件下的调控网络 | NA | 研究如何利用单细胞转录组数据增强基因调控网络的推断 | 单细胞转录组数据中的基因依赖关系和调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大量单细胞样本 |
| 867 | 2024-08-09 |
Better Being Single? Omics Improves Kidney Organoids
2019, Nephron
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000496009
PMID:30554217
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术比较分析了两种肾脏类器官分化协议，并基于这些数据开发了一种新的分化协议以减少非肾脏细胞类型 | 开发了一种新的分化协议，旨在减少非肾脏细胞类型，同时不影响类器官上皮细胞的功能 | 文章指出，现有的分化协议未能产生纯净或全面的肾脏细胞，且存在非肾脏细胞类型的污染 | 比较不同肾脏类器官分化协议，并改进其功能 | 人类肾脏类器官及其分化协议 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及两种肾脏类器官分化协议的数据 |
| 868 | 2024-08-09 |
Simultaneous multiplexed amplicon sequencing and transcriptome profiling in single cells
2019-01, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0259-9
PMID:30559431
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研究论文 | 描述了一种名为DART-seq的技术，该技术能够在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析 | DART-seq技术具有多功能性，能够在单细胞中同时进行多重扩增子测序和转录组分析 | NA | 开发和应用DART-seq技术，以在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析 | 非A尾的片段dsRNA病毒转录本和感染细胞的转录组，以及B淋巴细胞的天然配对可变区域重链和轻链扩增子和转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 单细胞 |
| 869 | 2024-08-09 |
Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution
2019-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-018-0290-x
PMID:30559489
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观点 | 本文探讨了单细胞和单分子表观基因组技术在揭示基因组调控和动态方面的最新进展 | 介绍了这些技术如何用于识别新的基因调控模式，并强调了表观基因组技术在理解细胞多样性和发现基因调控机制中的重要性 | NA | 探讨单细胞和单分子表观基因组技术在基因调控研究中的应用 | 单细胞和单分子表观基因组技术 | 表观基因组学 | NA | 单细胞和单分子表观基因组技术 | NA | 表观基因组数据 | NA |
| 870 | 2024-08-09 |
Insights Into Local Orbital Immunity: Evidence for the Involvement of the Th17 Cell Pathway in Thyroid-Associated Ophthalmopathy
2019-05-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/jc.2018-01626
PMID:30517642
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研究论文 | 本研究探讨了甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联，并发现Th17细胞途径在TAO中的重要作用。 | 首次揭示了TAO眼眶微环境中Th17和Th2细胞反应的增加，以及CD34+眼眶成纤维细胞在促进Th17细胞表型中的作用。 | NA | 研究甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联。 | TAO和对照组的眼眶结缔组织。 | NA | 甲状腺相关眼病 | 单细胞测序、多色流式细胞术、共培养实验和western blotting | NA | 细胞 | TAO和对照组的眼眶结缔组织样本 |
| 871 | 2024-08-09 |
GABA promotes β-cell proliferation, but does not overcome impaired glucose homeostasis associated with diet-induced obesity
2019-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.201801397R
PMID:30509117
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研究论文 | 本研究探讨了γ-氨基丁酸（GABA）对健康和糖耐量受损/肥胖小鼠β细胞的影响，发现GABA能增加β细胞数量，但对高脂饮食诱导的胰岛素抵抗和糖耐量受损无改善作用。 | 本研究首次揭示了GABA在单细胞水平上对β细胞增殖的影响，并发现GABA处理后β细胞中特定基因表达的变化。 | 研究未探讨GABA对β细胞功能长期影响的机制，且样本量较小。 | 探讨GABA对β细胞增殖及糖代谢的影响。 | 健康和糖耐量受损/肥胖小鼠的β细胞。 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 872 | 2024-08-09 |
Mesenchymal Precursor Cells in Adult Nerves Contribute to Mammalian Tissue Repair and Regeneration
2019-02-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.10.024
PMID:30503141
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研究论文 | 本文提供了证据，表明受伤的外周神经提供了间充质前体细胞的储备，这些细胞可以直接参与小鼠指尖再生和皮肤修复 | 本文首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，识别出在正常和受伤的成年神经中转录上不同的间充质细胞群，包括具有间充质前体细胞特征的神经嵴来源的细胞 | NA | 研究外周神经在调节组织修复和再生中的作用 | 间充质前体细胞在成年神经中的作用及其对组织修复和再生的贡献 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 873 | 2024-08-09 |
High-throughput single-cell transcriptomics on organoids
2019-02, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2018.11.002
PMID:30504008
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研究论文 | 本文探讨了在类器官系统中使用高通量单细胞转录组学技术进行高分辨率分析的方法 | 结合单细胞基因组学和类器官技术，为个性化医疗带来深远影响 | NA | 分析和操控人类发育，生成疾病特定模型 | 从人类干细胞培养的三维组织（类器官） | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | RNA | 涉及大脑、肠道、肝脏和肾脏等组织的类器官细胞 |
| 874 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing in ovarian cancer: a new frontier in precision medicine
2019-02, Current opinion in obstetrics & gynecology
IF:2.2Q2
DOI:10.1097/GCO.0000000000000516
PMID:30507625
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研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序数据在指导卵巢癌治疗决策中的进展、应用和挑战 | 单细胞测序技术提供了表征卵巢癌肿瘤组织异质性的手段，并有机会确定影响临床结果的关键分子特性 | 大多数研究使用的是批量样本，导致数据代表所有细胞的平均值 | 提高对肿瘤细胞异质性的理解，以指导个性化癌症治疗 | 卵巢癌的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 875 | 2024-08-09 |
Autocrine regulation of mesenchymal progenitor cell fates orchestrates tooth eruption
2019-01-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1810200115
PMID:30509999
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研究论文 | 本文研究了牙囊中的间充质祖细胞在牙齿萌发过程中的自分泌调节机制 | 揭示了PTHrP-PPR自分泌信号如何维持牙囊中间充质祖细胞的生理细胞命运，以建立功能性牙周附着装置并协调牙齿萌发 | NA | 探讨牙囊中间充质祖细胞的身份及其如何受PTHrP-PPR信号调控 | 牙囊中的间充质祖细胞及其在牙齿萌发中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了tamoxifen-inducible小鼠进行细胞谱系分析 |
| 876 | 2024-08-09 |
Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis
2019-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018090912
PMID:30510133
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研究论文 | 本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在成年小鼠肾脏中的应用，特别是在纤维化肾脏中的表现 | snRNA-seq在成年肾脏中实现了与scRNA-seq相当的基因检测，同时具有减少分离偏差、兼容冷冻样本、消除分离诱导的转录应激反应等优势 | NA | 探讨单核RNA测序在成年肾脏研究中的优势，特别是在纤维化肾脏中的应用 | 成年小鼠肾脏，特别是纤维化肾脏 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA序列 | 总共生成了11,391个转录组 |
| 877 | 2024-08-09 |
Myelodysplastic syndrome progression to acute myeloid leukemia at the stem cell level
2019-01, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-018-0267-4
PMID:30510255
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研究论文 | 研究探讨了骨髓增生异常综合征（MDS）向急性髓系白血病（AML）进展过程中干细胞水平的变化 | 通过靶向深度测序结合单细胞测序，揭示了MDS阶段干细胞具有更高的亚克隆复杂性，并含有大量与衰老相关的变异 | NA | 确定MDS向AML进展的细胞起源和机制 | MDS进展至AML患者的纵向样本中的高度分馏干细胞群体 | 数字病理学 | 骨髓增生异常综合征 | 靶向深度测序，单细胞测序 | NA | 细胞 | MDS进展至AML患者的纵向样本 |
| 878 | 2024-08-09 |
Hypothalamic cell diversity: non-neuronal codes for long-distance volume transmission by neuropeptides
2019-06, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2018.10.012
PMID:30471413
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研究论文 | 本文探讨了下丘脑神经肽通过非神经细胞进行长距离体积传输的机制 | 利用单细胞RNA测序数据发现tanycytes和室管膜作为神经活性物质的替代来源，以及通过神经元-室管膜耦合介导的相位体积传输 | NA | 研究下丘脑神经肽的长距离体积传输及其在神经精神疾病中的作用 | 下丘脑细胞多样性及神经肽的体积传输机制 | 神经科学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 879 | 2024-08-09 |
Recovery and analysis of transcriptome subsets from pooled single-cell RNA-seq libraries
2019-02-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky1204
PMID:30496484
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研究论文 | 本文开发了一种策略，通过物理方法恢复池化单细胞RNA测序库中的转录组子集，以提取更集中的基因表达信息 | 本文提出的方法通过物理恢复DNA分子，使隔离的分子能够通过另一轮DNA测序进行更深入的分析 | NA | 提高单细胞RNA测序库中基因表达信息的提取效率 | 单细胞RNA测序库中的转录组子集 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | DNA序列 | 从复杂的淋巴细胞混合物中重新采样了罕见的单个巨核细胞转录组，并进行了第二轮DNA测序 |
| 880 | 2024-08-09 |
Human Wharton's Jelly Mesenchymal Stem Cells Show Unique Gene Expression Compared with Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells Using Single-Cell RNA-Sequencing
2019-02-01, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2018.0132
PMID:30484393
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术比较了人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞的基因表达差异 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞在基因表达上的显著差异 | 研究仅限于基因表达层面的比较，未涉及细胞功能的具体实验验证 | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞的基因表达差异，以探索其在临床应用中的优势 | 人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 436个显著差异表达基因 |