单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-05 |
scOrange-a tool for hands-on training of concepts from single-cell data analytics
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz348
PMID:31510695
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研究论文 | 本文提出了一种基于scOrange工具的单细胞数据分析培训方法 | 提出了一种手动培训方式，通过探索性数据分析工具支持单细胞数据分析的教学 | 未提及具体的实际应用案例或评估此方法的有效性 | 旨在提高分子生物学家在单细胞数据分析方面的能力 | 分子生物学家及其在单细胞数据分析中的培训需求 | 数据分析 | NA | 数据挖掘框架 | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-08-05 |
A statistical simulator scDesign for rational scRNA-seq experimental design
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz321
PMID:31510652
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研究论文 | 本文介绍了一种灵活且强大的模拟器scDesign，用于优化scRNA-seq实验设计 | scDesign是第一个统计框架，定量评估差异基因表达分析中的scRNA-seq实验设计 | 本研究未提及具体的实验设置和外部验证 | 优化scRNA-seq实验设计以探索转录组信息的深度和广度 | 基于17种细胞类型和6种不同方案的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 合成的scRNA-seq数据集 | 17种细胞类型和6种不同方案 |
| 63 | 2024-08-05 |
Dissecting intratumoral myeloid cell plasticity by single cell RNA-seq
2019-06, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.2113
PMID:31033233
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中髓样细胞的转录动态 | 首次揭示了早期非小细胞肺癌中CD14+ 单核细胞向M2巨噬细胞的分化路径及其转录重编程机制 | 本研究只涉及4名早期非小细胞肺癌患者，样本量有限 | 研究肿瘤微环境中髓样细胞的分化和转录重编程 | 4名早期非小细胞肺癌患者的肿瘤及其相邻正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 4名早期非小细胞肺癌患者的11,485个细胞 |
| 64 | 2024-08-05 |
Single-Cell Profiling of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Underlying Heterogeneity Associated with Disease Progression
2019-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3309
PMID:30718356
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研究论文 | 皮肤T细胞淋巴瘤的单细胞分析揭示了与疾病进展相关的潜在异质性 | 首次使用单细胞RNA测序和机器学习方法定义了Sézary综合症中不同的转录组状态，并建立了能够预测早期与晚期CTCL疾病的基因签名 | 对疾病病理机制的理解仍不完整，这可能限制了治疗方案的开发 | 揭示Sézary综合症的异质性，并提供更好的转录组多样性理解 | Sézary综合症中的恶性T细胞 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | 增强树分类模型 | 基因表达数据 | NA |
| 65 | 2024-08-05 |
Pan-Cancer and Single-Cell Modeling of Genomic Alterations Through Gene Expression
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00671
PMID:31379928
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研究论文 | 本研究通过基因表达分析癌症中的基因组改变，提出了一种新的预测模型 | 提出基因聚合作为工具，以提高基因表达预测模型的准确性 | 未提及具体的样本规模和数据来源限制 | 研究基因表达与基因组变化之间的关系以及其在癌症预测中的应用 | 癌症类型中的单体突变和拷贝数变化 | 机器学习 | 癌症 | 基因表达分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA |
| 66 | 2024-08-05 |
Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell Transcriptomic Landscape
2019-06-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.05.003
PMID:31176620
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研究论文 | 本文介绍了一种通过几何素描来总结单细胞转录组特征的方法 | 提出了一种利用少量细胞数据增强单细胞数据分析的几何素描方法 | 研究中未提及的样本数量和其他细节的数据可能限制了结果的普遍适用性 | 探讨如何加速和增强单细胞转录组数据的分析 | 针对脐带血细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | 涉及脐带血细胞的一个小子集 |
| 67 | 2024-08-05 |
Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial
2019-06-19, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20188746
PMID:31217225
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review | 本文详细介绍了单细胞RNA-seq分析的最佳实践和工作流程 | 提供了独立比较研究的基础上的最佳实践推荐，并整合到工作流程中 | 未提及具体案例的样本大小和类型 | 为单细胞RNA-seq分析领域的新手提供工作流程教程 | 聚焦于单细胞RNA-seq分析的预处理和下游分析步骤 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据集、基因表达数据 | NA |
| 68 | 2024-08-05 |
HSV-1 single-cell analysis reveals the activation of anti-viral and developmental programs in distinct sub-populations
2019-05-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.46339
PMID:31090537
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研究论文 | 本文结合活细胞成像和单细胞 RNA 测序，揭示了 HSV-1 感染中不同亚群的抗病毒和发育程序的激活。 | 揭示了在 HSV-1 感染中，感染细胞的转录异质性并识别出转录上独特的亚群体。 | 研究主要集中在初级人类细胞的感染，可能无法完全适用于其他类型细胞或感染方式。 | 研究 HSV-1 感染过程中的单细胞水平的病毒和宿主转录异质性。 | 主要研究初级人类细胞在 HSV-1 感染下的反应。 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序和活细胞成像 | NA | RNA 数据 | NA |
| 69 | 2024-08-05 |
Imaging Mass Cytometry and Single-Cell Genomics Reveal Differential Depletion and Repletion of B-Cell Populations Following Ofatumumab Treatment in Cynomolgus Monkeys
2019, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2019.01340
PMID:31281311
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研究论文 | 该研究关注了在猕猴中使用Ofatumumab治疗后淋巴细胞亚群的变化 | 本研究首次揭示了Ofatumumab对B细胞亚群的不同消耗和再补充过程 | 该研究仅在猕猴模型中进行，可能不完全适用于人类 | 旨在研究Ofatumumab治疗对淋巴细胞亚群的影响及其潜在生物标志物 | 研究对象为接受Ofatumumab治疗的猕猴 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 影像质谱细胞测定、流式细胞术、免疫组化、原位杂交、单细胞转录组分析 | NA | 血液样本、淋巴组织样本 | NA |
| 70 | 2024-08-05 |
Self-renewing resident cardiac macrophages limit adverse remodeling following myocardial infarction
2019-01, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-018-0272-2
PMID:30538339
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研究论文 | 本研究表明，常驻心脏巨噬细胞在心肌梗死后的不良重塑中起到重要作用 | 通过命运追踪、联合动物实验和单细胞转录组学展示心脏巨噬细胞自我更新与血单核细胞输入的关系 | 本研究未探讨其他类型巨噬细胞在心脏修复中的潜在角色 | 探讨心脏巨噬细胞在心肌梗死后的功能分化及其自我更新能力 | 研究对象为心脏的常驻巨噬细胞及其与血单核细胞的相互作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | Cx3cr1基础系统 | 细胞 | NA |
| 71 | 2024-08-05 |
A single-cell transcriptomic atlas of the developing chicken limb
2019-May-22, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-5802-2
PMID:31117954
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序构建了小鸡肢体发育的转录组图谱 | 首次在细胞分辨率下 catalog 了小鸡环肢的发育组织类型和转录组动态 | 目前的研究主要集中在小鸡肢体的发育阶段，可能不适用于其他物种 | 揭示转录细胞类型特异性程序与形态形成之间动态相互作用 | 研究小鸡发育过程中不同的组织类型及其转录组动态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 共测序了来自小鸡三个人肢发育阶段的17,628个细胞 |
| 72 | 2024-08-05 |
Multiplexed, Sequential Secretion Analysis of the Same Single Cells Reveals Distinct Effector Response Dynamics Dependent on the Initial Basal State
2019-May-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201801361
PMID:31065513
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研究论文 | 该文章展示了一种基于微芯片的多重、序列化的分泌分析方法，用于研究单个免疫细胞的效应器响应动态. | 文章创新性地提出了一种在同一单细胞上进行10重分泌测定的方法，揭示了基于初始基础状态的不同效应器响应动态 | 样本数量和时间点可能限制了对更广泛免疫反应的全面理解 | 研究不同激活模式下单个人类巨噬细胞对特定刺激物的响应动态 | 单个免疫细胞，尤其是人类巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 微芯片基础的分泌分析 | NA | 蛋白质分泌数据和单细胞RNA测序数据 | 大约5000个单细胞，在4个时间点同时测量 |
| 73 | 2024-08-05 |
Endothelial-to-haematopoietic transition: an update on the process of making blood
2019-04-30, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20180320
PMID:30902922
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评论 | 本综述总结了血液生成中内皮细胞向造血细胞转变的最新发现 | 更新了内皮向造血细胞转变（EHT）过程的诸多细节与研究进展 | 未提及具体的实验数据或模型验证 | 总结内皮细胞转变为造血细胞的过程和最新发现 | 胚胎中内皮细胞及其转变过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠、鸡和斑马鱼胚胎 | NA | 多种模型系统，包括小鼠、鸡和斑马鱼胚胎 |
| 74 | 2024-08-05 |
Learning mutational graphs of individual tumour evolution from single-cell and multi-region sequencing data
2019-Apr-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2795-4
PMID:31023236
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研究论文 | 本文介绍了一种新的计算框架TRaIT，用于推断肿瘤进化的突变图 | TRaIT是首个支持单细胞和多区域测序数据的同一统计框架，能够捕获复杂的进化现象 | 文中未提及具体的局限性 | 研究旨在重建个体肿瘤的进化模型 | 研究对象为通过单细胞和多区域测序获取的癌症数据集 | 数字病理学 | 肿瘤 | 测序 | 突变图模型 | 基因组数据 | 涉及多区域和单细胞测序的数据集，具体样本量未说明 |
| 75 | 2024-08-05 |
Ex vivo Dynamics of Human Glioblastoma Cells in a Microvasculature-on-a-Chip System Correlates with Tumor Heterogeneity and Subtypes
2019-Apr-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201801531
PMID:31016107
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研究论文 | 这篇文章评估了来自十名胶质母细胞瘤患者的BTSCs在微血管芯片系统中的动态 | 建立了微血管芯片系统作为PVN模型，揭示了泰BTSCs的运动特征与肿瘤异质性和亚型之间的关系 | 样本数量较小，仅涵盖十名患者，可能限制了研究结果的普适性 | 研究人类胶质母细胞瘤细胞在微血管环境中的动态与肿瘤异质性之间的关系 | 十名胶质母细胞瘤患者的脑肿瘤干细胞(BTSCs) | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞 | 10名患者，合计21,750个单细胞 |
| 76 | 2024-08-05 |
SAFE-clustering: Single-cell Aggregated (from Ensemble) clustering for single-cell RNA-seq data
2019-04-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty793
PMID:30202935
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SAFE-clustering的单细胞RNA-seq数据聚类方法 | SAFE-clustering是一种灵活、准确且稳健的聚类方法，通过集成多种聚类方法的结果构建共识解 | NA | 提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型聚类的准确性 | 多个单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | 聚类算法 | 数据集 | 12个数据集，单细胞数量从49到32,695不等 |
| 77 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome profiling of the Ciona larval brain
2019-04-15, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2018.09.023
PMID:30392840
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研究论文 | 该文章描述了使用单细胞RNA测序对Ciona幼虫大脑的转录组进行了分析 | 首次利用单细胞RNA测序技术对Ciona幼虫大脑的转录组进行全面剖析 | 仅关注特定类型的大脑细胞，可能无法全面代表整个大脑的基因表达特征 | 探索脊椎动物中枢神经系统的发育与连接 | Ciona robusta幼虫的单个脑细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从整个Ciona幼虫大脑中分离的单个细胞 |
| 78 | 2024-08-05 |
Phenotypic Landscape of Schizophrenia-Associated Genes Defines Candidates and Their Shared Functions
2019-04-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.048
PMID:30929901
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research paper | 这篇文章定义了与精神分裂症相关的候选基因及其功能 | 通过突变斑马鱼的同源基因，创建了一幅表型图谱，揭示了与精神分裂症相关基因的相互作用和共享功能 | 研究可能局限于斑马鱼模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证 | 探索与精神分裂症相关的基因及其共同功能 | 132个与精神分裂症相关的人类基因的斑马鱼同源基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 脑活动图谱、脑结构差异、行为异常特征 | NA |
| 79 | 2024-08-05 |
The Emergence and Functional Fitness of Memory CD4+ T Cells Require the Transcription Factor Thpok
2019-01-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.12.019
PMID:30638736
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子Thpok在记忆CD4 T细胞产生中的作用 | 首次揭示了转录因子Thpok对记忆CD4 T细胞生成和功能适应性的关键作用 | 未详细探讨Thpok在不同免疫环境中的作用 | 研究记忆CD4 T细胞的产生机制及其功能 | 病毒特异性的CD4 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 80 | 2024-08-05 |
Infectious Disease Risk in Dialysis Patients: A Transdisciplinary Approach
2019, Canadian journal of kidney health and disease
IF:1.6Q3
DOI:10.1177/2054358119839080
PMID:31065378
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评论 | 本文探讨了感染性疾病在终末期肾病患者中的风险以及其与单基因病因之间的关系 | 结合全外显子测序和新技术，研究不同单基因原因的慢性肾病/终末期肾病的分子机制 | 这并不是文献的系统综述，观点受到作者个人看法的影响 | 深入了解感染过程与终末期肾病之间的相互作用，帮助开发靶向治疗策略 | 重点研究单基因病因引起的终末期肾病患者的感染性并发症 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 全外显子测序（WES）、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 文献综述 | NA |