单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-05	Single-Cell Profiling of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Underlying Heterogeneity Associated with Disease Progression 2019-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3309 PMID:30718356	研究论文	皮肤T细胞淋巴瘤的单细胞分析揭示了与疾病进展相关的潜在异质性	首次使用单细胞RNA测序和机器学习方法定义了Sézary综合症中不同的转录组状态，并建立了能够预测早期与晚期CTCL疾病的基因签名	对疾病病理机制的理解仍不完整，这可能限制了治疗方案的开发	揭示Sézary综合症的异质性，并提供更好的转录组多样性理解	Sézary综合症中的恶性T细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	增强树分类模型	基因表达数据	NA
62	2024-08-05	Pan-Cancer and Single-Cell Modeling of Genomic Alterations Through Gene Expression 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00671 PMID:31379928	研究论文	本研究通过基因表达分析癌症中的基因组改变，提出了一种新的预测模型	提出基因聚合作为工具，以提高基因表达预测模型的准确性	未提及具体的样本规模和数据来源限制	研究基因表达与基因组变化之间的关系以及其在癌症预测中的应用	癌症类型中的单体突变和拷贝数变化	机器学习	癌症	基因表达分析	机器学习模型	基因表达数据	NA
63	2024-08-05	Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell Transcriptomic Landscape 2019-06-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.05.003 PMID:31176620	研究论文	本文介绍了一种通过几何素描来总结单细胞转录组特征的方法	提出了一种利用少量细胞数据增强单细胞数据分析的几何素描方法	研究中未提及的样本数量和其他细节的数据可能限制了结果的普遍适用性	探讨如何加速和增强单细胞转录组数据的分析	针对脐带血细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	涉及脐带血细胞的一个小子集
64	2024-08-05	Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial 2019-06-19, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20188746 PMID:31217225	review	本文详细介绍了单细胞RNA-seq分析的最佳实践和工作流程	提供了独立比较研究的基础上的最佳实践推荐，并整合到工作流程中	未提及具体案例的样本大小和类型	为单细胞RNA-seq分析领域的新手提供工作流程教程	聚焦于单细胞RNA-seq分析的预处理和下游分析步骤	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	数据集、基因表达数据	NA
65	2024-08-05	HSV-1 single-cell analysis reveals the activation of anti-viral and developmental programs in distinct sub-populations 2019-05-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46339 PMID:31090537	研究论文	本文结合活细胞成像和单细胞 RNA 测序，揭示了 HSV-1 感染中不同亚群的抗病毒和发育程序的激活。	揭示了在 HSV-1 感染中，感染细胞的转录异质性并识别出转录上独特的亚群体。	研究主要集中在初级人类细胞的感染，可能无法完全适用于其他类型细胞或感染方式。	研究 HSV-1 感染过程中的单细胞水平的病毒和宿主转录异质性。	主要研究初级人类细胞在 HSV-1 感染下的反应。	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序和活细胞成像	NA	RNA 数据	NA
66	2024-08-05	Imaging Mass Cytometry and Single-Cell Genomics Reveal Differential Depletion and Repletion of B-Cell Populations Following Ofatumumab Treatment in Cynomolgus Monkeys 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.01340 PMID:31281311	研究论文	该研究关注了在猕猴中使用Ofatumumab治疗后淋巴细胞亚群的变化	本研究首次揭示了Ofatumumab对B细胞亚群的不同消耗和再补充过程	该研究仅在猕猴模型中进行，可能不完全适用于人类	旨在研究Ofatumumab治疗对淋巴细胞亚群的影响及其潜在生物标志物	研究对象为接受Ofatumumab治疗的猕猴	数字病理学	多发性硬化症	影像质谱细胞测定、流式细胞术、免疫组化、原位杂交、单细胞转录组分析	NA	血液样本、淋巴组织样本	NA
67	2024-08-05	Self-renewing resident cardiac macrophages limit adverse remodeling following myocardial infarction 2019-01, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-018-0272-2 PMID:30538339	研究论文	本研究表明，常驻心脏巨噬细胞在心肌梗死后的不良重塑中起到重要作用	通过命运追踪、联合动物实验和单细胞转录组学展示心脏巨噬细胞自我更新与血单核细胞输入的关系	本研究未探讨其他类型巨噬细胞在心脏修复中的潜在角色	探讨心脏巨噬细胞在心肌梗死后的功能分化及其自我更新能力	研究对象为心脏的常驻巨噬细胞及其与血单核细胞的相互作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	Cx3cr1基础系统	细胞	NA
68	2024-08-05	A single-cell transcriptomic atlas of the developing chicken limb 2019-May-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5802-2 PMID:31117954	研究论文	本文利用单细胞RNA测序构建了小鸡肢体发育的转录组图谱	首次在细胞分辨率下 catalog 了小鸡环肢的发育组织类型和转录组动态	目前的研究主要集中在小鸡肢体的发育阶段，可能不适用于其他物种	揭示转录细胞类型特异性程序与形态形成之间动态相互作用	研究小鸡发育过程中不同的组织类型及其转录组动态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	共测序了来自小鸡三个人肢发育阶段的17,628个细胞
69	2024-08-05	Multiplexed, Sequential Secretion Analysis of the Same Single Cells Reveals Distinct Effector Response Dynamics Dependent on the Initial Basal State 2019-May-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.201801361 PMID:31065513	研究论文	该文章展示了一种基于微芯片的多重、序列化的分泌分析方法，用于研究单个免疫细胞的效应器响应动态.	文章创新性地提出了一种在同一单细胞上进行10重分泌测定的方法，揭示了基于初始基础状态的不同效应器响应动态	样本数量和时间点可能限制了对更广泛免疫反应的全面理解	研究不同激活模式下单个人类巨噬细胞对特定刺激物的响应动态	单个免疫细胞，尤其是人类巨噬细胞	数字病理学	NA	微芯片基础的分泌分析	NA	蛋白质分泌数据和单细胞RNA测序数据	大约5000个单细胞，在4个时间点同时测量
70	2024-08-05	Endothelial-to-haematopoietic transition: an update on the process of making blood 2019-04-30, Biochemical Society transactions IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BST20180320 PMID:30902922	评论	本综述总结了血液生成中内皮细胞向造血细胞转变的最新发现	更新了内皮向造血细胞转变（EHT）过程的诸多细节与研究进展	未提及具体的实验数据或模型验证	总结内皮细胞转变为造血细胞的过程和最新发现	胚胎中内皮细胞及其转变过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠、鸡和斑马鱼胚胎	NA	多种模型系统，包括小鼠、鸡和斑马鱼胚胎
71	2024-08-05	Learning mutational graphs of individual tumour evolution from single-cell and multi-region sequencing data 2019-Apr-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2795-4 PMID:31023236	研究论文	本文介绍了一种新的计算框架TRaIT，用于推断肿瘤进化的突变图	TRaIT是首个支持单细胞和多区域测序数据的同一统计框架，能够捕获复杂的进化现象	文中未提及具体的局限性	研究旨在重建个体肿瘤的进化模型	研究对象为通过单细胞和多区域测序获取的癌症数据集	数字病理学	肿瘤	测序	突变图模型	基因组数据	涉及多区域和单细胞测序的数据集，具体样本量未说明
72	2024-08-05	Ex vivo Dynamics of Human Glioblastoma Cells in a Microvasculature-on-a-Chip System Correlates with Tumor Heterogeneity and Subtypes 2019-Apr-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.201801531 PMID:31016107	研究论文	这篇文章评估了来自十名胶质母细胞瘤患者的BTSCs在微血管芯片系统中的动态	建立了微血管芯片系统作为PVN模型，揭示了泰BTSCs的运动特征与肿瘤异质性和亚型之间的关系	样本数量较小，仅涵盖十名患者，可能限制了研究结果的普适性	研究人类胶质母细胞瘤细胞在微血管环境中的动态与肿瘤异质性之间的关系	十名胶质母细胞瘤患者的脑肿瘤干细胞(BTSCs)	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组测序	NA	细胞	10名患者，合计21,750个单细胞
73	2024-08-05	SAFE-clustering: Single-cell Aggregated (from Ensemble) clustering for single-cell RNA-seq data 2019-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty793 PMID:30202935	研究论文	本文介绍了一种名为SAFE-clustering的单细胞RNA-seq数据聚类方法	SAFE-clustering是一种灵活、准确且稳健的聚类方法，通过集成多种聚类方法的结果构建共识解	NA	提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型聚类的准确性	多个单细胞RNA-seq数据集	数字病理学	NA	scRNA-Seq	聚类算法	数据集	12个数据集，单细胞数量从49到32,695不等
74	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling of the Ciona larval brain 2019-04-15, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2018.09.023 PMID:30392840	研究论文	该文章描述了使用单细胞RNA测序对Ciona幼虫大脑的转录组进行了分析	首次利用单细胞RNA测序技术对Ciona幼虫大脑的转录组进行全面剖析	仅关注特定类型的大脑细胞，可能无法全面代表整个大脑的基因表达特征	探索脊椎动物中枢神经系统的发育与连接	Ciona robusta幼虫的单个脑细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从整个Ciona幼虫大脑中分离的单个细胞
75	2024-08-05	Phenotypic Landscape of Schizophrenia-Associated Genes Defines Candidates and Their Shared Functions 2019-04-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.048 PMID:30929901	research paper	这篇文章定义了与精神分裂症相关的候选基因及其功能	通过突变斑马鱼的同源基因，创建了一幅表型图谱，揭示了与精神分裂症相关基因的相互作用和共享功能	研究可能局限于斑马鱼模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索与精神分裂症相关的基因及其共同功能	132个与精神分裂症相关的人类基因的斑马鱼同源基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	脑活动图谱、脑结构差异、行为异常特征	NA
76	2024-08-05	The Emergence and Functional Fitness of Memory CD4+ T Cells Require the Transcription Factor Thpok 2019-01-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.12.019 PMID:30638736	研究论文	本研究探讨了转录因子Thpok在记忆CD4 T细胞产生中的作用	首次揭示了转录因子Thpok对记忆CD4 T细胞生成和功能适应性的关键作用	未详细探讨Thpok在不同免疫环境中的作用	研究记忆CD4 T细胞的产生机制及其功能	病毒特异性的CD4 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
77	2024-08-05	Infectious Disease Risk in Dialysis Patients: A Transdisciplinary Approach 2019, Canadian journal of kidney health and disease IF:1.6Q3 DOI:10.1177/2054358119839080 PMID:31065378	评论	本文探讨了感染性疾病在终末期肾病患者中的风险以及其与单基因病因之间的关系	结合全外显子测序和新技术，研究不同单基因原因的慢性肾病/终末期肾病的分子机制	这并不是文献的系统综述，观点受到作者个人看法的影响	深入了解感染过程与终末期肾病之间的相互作用，帮助开发靶向治疗策略	重点研究单基因病因引起的终末期肾病患者的感染性并发症	数字病理学	肾脏疾病	全外显子测序（WES）、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	文献综述	NA
78	2024-08-05	TSEE: an elastic embedding method to visualize the dynamic gene expression patterns of time series single-cell RNA sequencing data 2019-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5477-8 PMID:30967106	研究论文	提出了一种利用弹性嵌入方法可视化时间序列单细胞RNA测序数据的算法	开发了时间序列弹性嵌入(TSEE)算法，通过整合实验时间信息来增强对时间序列scRNA-seq数据的可视化	NA	旨在开发一种算法以可视化时间序列单细胞RNA测序数据	时间序列单细胞RNA测序数据，主要用于人类和斑马鱼的发育过程	数字病理学	NA	RNA-seq	弹性嵌入(EE)	时间序列数据	NA
79	2024-08-05	Cerebral organoids at the air-liquid interface generate diverse nerve tracts with functional output 2019-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-019-0350-2 PMID:30886407	研究论文	本文探讨了大脑类器官在气液界面培养条件下的神经轨迹形成及其功能输出	通过气液界面培养，显著提高了神经元存活率和轴突生长，显示出不同的神经轨迹形态及功能	研究未提及样本数量的限制或长期功能观察	旨在改善对人脑发育和神经疾病的理解	研究对象为大脑类器官及其形成的神经网络	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	类器官模型	组织样本	NA
80	2024-08-05	A diffusion-based microfluidic device for single-cell RNA-seq 2019-03-27, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc00967h PMID:30815639	研究论文	本文介绍了一种基于扩散的微流体设备，用于单细胞RNA测序	提出的MID-RNA-seq设备通过扩散试剂交换方案简化了单细胞RNA测序的执行	NA	开发一个低输入、高效率的单细胞RNA测序平台	单细胞样本的转录组研究	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA