单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 721 - 740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2024-08-09 |
PAGA: graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells
2019-03-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1663-x
PMID:30890159
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研究论文 | 本文介绍了基于估计数据流形分区连接性的图抽象方法PAGA，用于单细胞RNA-seq数据的解释性图映射 | PAGA方法能够保留数据的全局拓扑结构，允许在不同分辨率下分析数据，并显著提高典型探索性数据分析工作流的计算效率 | NA | 开发一种新的方法来解释单细胞RNA-seq数据中的细胞类型和细胞过渡 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图抽象方法 | 数据流形 | 四个造血数据集、成年涡虫和斑马鱼胚胎以及一百万个神经元 |
| 722 | 2024-08-09 |
Molecular profiling of resident and infiltrating mononuclear phagocytes during rapid adult retinal degeneration using single-cell RNA sequencing
2019-03-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-41141-0
PMID:30890724
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在快速成年视网膜退化过程中，驻留和浸润的单核吞噬细胞的分子特征 | 本研究揭示了中枢神经系统中细胞自主退化时先天免疫反应的先前无法测量的分子异质性 | NA | 探讨在神经退化过程中驻留和浸润免疫细胞的具体作用 | 视网膜中的驻留和浸润单核吞噬细胞 | 数字病理学 | 视网膜退化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 整个CD11bCD45细胞群体 |
| 723 | 2024-08-09 |
In Vivo Generation of Post-infarct Human Cardiac Muscle by Laminin-Promoted Cardiovascular Progenitors
2019-03-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.083
PMID:30893597
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研究论文 | 本文研究了通过层粘连蛋白促进心血管前体细胞生成后梗死人心脏肌肉的方法 | 首次识别并生产了人类重组层粘连蛋白-221，并展示了其促进人类胚胎干细胞向心肌细胞分化的能力 | NA | 探索再生受损人心脏肌肉的新方法 | 人类胚胎干细胞衍生的心血管前体细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | RNA | 使用了来自不同人类胚胎干细胞系的样本 |
| 724 | 2024-08-09 |
Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells Using Single-Cell Transcriptomics
2019-03-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.069
PMID:30893600
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了卵巢Nr5a1-GFP体细胞在性别决定过程中的细胞谱系特化和性别命运决定 | 首次通过时间序列单细胞RNA测序，揭示了早期前体细胞如何分化为支持细胞以及性特异性细胞的分子机制 | NA | 探究哺乳动物性决定过程中分子和细胞的基础 | 卵巢Nr5a1-GFP体细胞在性别决定过程中的细胞谱系特化和性别命运决定 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | XX和XY体细胞 |
| 725 | 2024-08-09 |
ST viewer: a tool for analysis and visualization of spatial transcriptomics datasets
2019-03-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty714
PMID:30875427
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research paper | 本文介绍了一种名为ST Viewer的工具，用于实时交互、分析和可视化空间转录组学数据集 | ST Viewer提供了一个无缝且流畅的用户界面，使得空间转录组学数据集的分析和可视化变得更加便捷 | NA | 开发一种新的工具，以简化空间转录组学数据集的分析和可视化过程 | 空间转录组学数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 726 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis identifies distinct cell types and niche signaling in a primary gastric organoid model
2019-03-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-40809-x
PMID:30872643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胃器官模型中的细胞类型和微环境信号 | 首次使用单细胞RNA测序技术在胃器官模型中识别了特定的细胞类型和微环境信号 | NA | 研究胃组织微环境中的细胞类型和信号传导 | 胃器官模型中的细胞类型和微环境信号 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 转录组 | 4,391个单细胞 |
| 727 | 2024-08-09 |
Human genes escaping X-inactivation revealed by single cell expression data
2019-Mar-12, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-5507-6
PMID:30871455
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术检测了体细胞中逃逸X染色体失活的基因 | 首次在单细胞水平上系统地研究了X染色体失活及其逃逸现象，并发现了新的长非编码RNA逃逸基因 | 研究仅使用了有限数量的细胞样本，且主要集中在纤维母细胞和淋巴母细胞两种细胞类型 | 探究X染色体失活及其逃逸现象，并识别新的逃逸基因 | 体细胞中的X染色体失活逃逸基因 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 104个健康纤维母细胞和25个具有测序亲本基因组的克隆淋巴母细胞 |
| 728 | 2024-08-09 |
Dynamic transcriptome profiles within spermatogonial and spermatocyte populations during postnatal testis maturation revealed by single-cell sequencing
2019-03, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1007810
PMID:30893341
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研究论文 | 本研究利用单细胞mRNA测序技术，揭示了在青春期睾丸成熟过程中，精原细胞和精母细胞群体的动态转录组特征 | 本研究首次无偏差地采集了睾丸成熟期间精原细胞和精母细胞的高分辨率单细胞深度数据集，揭示了高度过渡性细胞群体的先前未知的转录动态，并开始揭示发育中的精原细胞和精母细胞在生物途径利用上的关键差异 | NA | 探索睾丸成熟过程中发育细胞阶段的转录组特征 | 精原细胞和精母细胞的转录组特征 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 729 | 2024-08-09 |
The Impact of Heterogeneity on Single-Cell Sequencing
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00008
PMID:30881372
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研究论文 | 本文探讨了细胞异质性对单细胞测序数据大规模分析的重要性，特别是在肿瘤学和其他疾病研究中的应用 | 本文通过整合全基因组分析和成本效益更高的下一代测序技术，揭示了细胞异质性的水平 | 这些检测可以生成极大的数据量，对数据处理和分析提出了挑战 | 研究细胞异质性对单细胞测序数据大规模分析的影响 | 单细胞测序数据中的基因表达和体细胞突变异质性 | 数字病理学 | NA | 下一代测序（NGS） | NA | 测序数据 | 大规模分析 |
| 730 | 2024-08-09 |
webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00146
PMID:30894872
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研究论文 | 介绍了一个名为webCEMiTool的在线工具，用于自动化执行共表达模块分析，并进行功能分析和网络分析 | webCEMiTool是一个独特的在线工具，能够全面自动化地进行模块分析，并整合转录组数据与相互作用组信息 | NA | 开发一个易于使用的工具，用于共表达模块分析和功能分析 | 人类细胞中单细胞RNA测序数据，感染了寨卡病毒或登革热病毒 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 感染了寨卡病毒或登革热病毒的人类细胞 |
| 731 | 2024-08-09 |
Probabilistic count matrix factorization for single cell expression data analysis
2019-10-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz177
PMID:30865271
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研究论文 | 本文提出了一种概率计数矩阵分解（pCMF）方法，用于单细胞表达数据分析，该方法基于稀疏Gamma-Poisson因子模型，并使用变分EM算法进行推断 | pCMF方法能够同时构建细胞和基因的低维表示，适用于单细胞数据的可视化和聚类 | NA | 探索高吞吐量单细胞测序技术在细胞转录组群体多样性研究中的应用 | 单细胞表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | Gamma-Poisson因子模型 | 表达数据 | NA |
| 732 | 2024-08-09 |
Defining the Activated Fibroblast Population in Lung Fibrosis Using Single-Cell Sequencing
2019-07, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2018-0313OC
PMID:30848683
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序分析了博莱霉素诱导的肺纤维化模型，以表征纤维化损伤的分子反应 | 通过单细胞RNA测序技术，识别并定义了一个激活的成纤维细胞亚群，并生成了一个49基因的特征签名 | 所识别的基因并非特定于激活的细胞或疾病环境，表明激活的成纤维细胞并非独特定义，而是表现出与对照细胞相似但放大的基因表达模式 | 旨在深入理解特发性肺纤维化中成纤维细胞群体的特征 | 特发性肺纤维化中的成纤维细胞群体 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 肺细胞样本在第11天采集 |
| 733 | 2024-08-09 |
Cell-specific network constructed by single-cell RNA sequencing data
2019-06-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz172
PMID:30864667
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法，利用单细胞RNA测序数据为每个单细胞构建细胞特异性网络（CSN） | 首次能够在单细胞分辨率水平上识别基因关联/网络，并将数据从‘不稳定’的基因表达形式转换为‘稳定’的基因关联形式 | 传统的网络方法局限于分组细胞，而不是每个单细胞，因此会消除单细胞的异质性 | 开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据，以揭示单细胞水平的基因关联 | 单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 细胞特异性网络（CSN） | 基因表达数据 | 大量单细胞 |
| 734 | 2024-08-09 |
The myriad possibility of kidney organoids
2019-05, Current opinion in nephrology and hypertension
IF:2.2Q2
DOI:10.1097/MNH.0000000000000498
PMID:30865165
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综述 | 本文综述了近年来在人多能干细胞衍生的肾脏类器官领域的最新进展，包括分化协议、分析工具及其应用 | 肾脏类器官作为一种新的体外系统，能够覆盖早期肾发生的窗口，并具有疾病建模的能力。通过全局分析工具如RNA测序和蛋白质组学，为肾脏类器官的研究提供了新的和意外的见解 | 尽管存在一些限制，但人多能干细胞衍生的肾脏类器官是研究肾脏发育和疾病的真实且实用的模型 | 旨在总结肾脏类器官的最新进展，并探讨其在组织再生、药物筛选和疾病建模方面的应用 | 人多能干细胞衍生的肾脏类器官 | NA | NA | RNA测序、蛋白质组学 | NA | 细胞 | NA |
| 735 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Profiling of Glomerular Cells Shows Dynamic Changes in Experimental Diabetic Kidney Disease
2019-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018090896
PMID:30846559
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了糖尿病肾病中肾小球细胞的基因表达变化 | 首次详细揭示了糖尿病肾病中肾小球细胞特异性基因表达的动态变化 | 研究仅限于特定的eNOS-/-小鼠模型，可能不适用于所有糖尿病肾病情况 | 阐明糖尿病肾病中肾小球细胞特异性基因表达的变化 | 糖尿病肾病中的肾小球细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自糖尿病eNOS-/-小鼠和对照eNOS-/-小鼠的肾小球细胞 |
| 736 | 2024-08-09 |
Altered neuronal migratory trajectories in human cerebral organoids derived from individuals with neuronal heterotopia
2019-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-019-0371-0
PMID:30858616
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研究论文 | 研究通过分析来自DCHS1和FAT4基因突变患者的诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的脑类器官，探讨了脑皮质异位症（PH）的分子和细胞机制 | 首次使用人脑类器官模型来再现与PH相关的皮质异位症，并揭示了DCHS1和FAT4基因突变对神经元迁移动力学的影响 | 研究仅限于DCHS1和FAT4基因突变的患者，可能无法完全代表所有PH病例 | 理解导致人类皮质畸形，特别是脑皮质异位症的分子和细胞机制 | 来自DCHS1和FAT4基因突变患者的iPSCs衍生的脑类器官 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 来自DCHS1和FAT4基因突变患者的iPSCs及同基因敲除（KO）细胞系 |
| 737 | 2024-08-09 |
Complementary Roles for Single-Nucleus and Single-Cell RNA Sequencing in Kidney Disease Research
2019-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2019020112
PMID:30867246
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 738 | 2024-08-09 |
Microglial Function Is Distinct in Different Anatomical Locations during Retinal Homeostasis and Degeneration
2019-03-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.02.007
PMID:30850344
|
研究论文 | 研究探讨了不同解剖位置的视网膜小胶质细胞在稳态和退化过程中的功能差异 | 首次展示了成年视网膜小胶质细胞在不同生态位中的功能差异，并揭示了其在视网膜退化模型中的转录重编程 | NA | 探究不同神经系统区域的小胶质细胞是否具有不同的功能 | 视网膜小胶质细胞及其在不同生态位中的功能 | NA | NA | 谱系追踪、单细胞转录组学、电生理学 | NA | 转录组数据 | 小鼠视网膜样本 |
| 739 | 2024-08-09 |
Single cell RNA-seq identifies the origins of heterogeneity in efficient cell transdifferentiation and reprogramming
2019-03-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.41627
PMID:30860479
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了小鼠前B细胞向巨噬细胞的转分化及其向诱导多能干细胞（iPSCs）的重编程过程中的异质性 | 本文首次揭示了Myc活性在不同体细胞类型中对重编程效率的预测作用 | NA | 理解细胞转分化和重编程过程中的异质性 | 小鼠前B细胞的转分化和重编程 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠前B细胞 |
| 740 | 2024-08-09 |
Insights into the Biology of Hearing and Deafness Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2019-03-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.053
PMID:30865901
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研究论文 | 本文介绍了一种从鼠类耳蜗中分离单个内毛细胞（IHCs）、外毛细胞（OHCs）和Deiters细胞（DCs）的方法，并利用单细胞RNA测序技术分析了这些细胞的转录组特征 | 本文首次成功分离并测序了从出生后15天到228天的鼠类耳蜗中的内毛细胞、外毛细胞和Deiters细胞，揭示了与耳聋相关基因的复杂异构体多样性 | NA | 深入了解听力和耳聋的生物学机制 | 鼠类耳蜗中的内毛细胞、外毛细胞和Deiters细胞 | 数字病理学 | 耳聋 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过200个鼠类内毛细胞、外毛细胞和Deiters细胞 |