单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2024-08-09	Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis 2019-04-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav9776 PMID:30948552	研究论文	研究使用空间转录组学方法，分析了小鼠和ALS患者死后脊髓组织中的基因表达，以揭示ALS中分子病理学的时空动态	首次利用空间转录组学技术，系统地研究了ALS中驱动运动神经元丢失的分子事件的时空顺序	NA	揭示ALS中分子病理学的时空动态	小鼠脊髓组织和ALS患者死后脊髓组织	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠脊髓组织和ALS患者死后脊髓组织样本
702	2024-08-09	A fast and efficient count-based matrix factorization method for detecting cell types from single-cell RNAseq data 2019-04-05, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-019-0699-6 PMID:30953530	研究论文	本文开发了一种快速高效的基于计数的矩阵分解方法scNBMF，用于从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型	scNBMF方法能够直接处理单细胞RNA测序数据的原始计数，并且在处理大量细胞时速度更快	NA	开发一种新的矩阵分解方法，以更有效地从单细胞RNA测序数据中提取细胞类型信息	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达数据	三个公共单细胞RNA测序数据集，包括脑、胚胎干细胞和胰岛细胞
703	2024-08-09	A Subset of TREM2+ Dermal Macrophages Secretes Oncostatin M to Maintain Hair Follicle Stem Cell Quiescence and Inhibit Hair Growth 2019-04-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.01.011 PMID:30930146	研究论文	本文研究了Oncostatin M（OSM）通过JAK-STAT5信号通路维持毛囊干细胞静止状态并抑制毛发生长的机制	首次揭示了TREM2+皮肤巨噬细胞分泌的OSM在维持毛囊干细胞静止和抑制毛发生长中的作用	NA	阐明JAK-STAT信号通路如何主动抑制毛发生长	毛囊干细胞的静止状态和毛发生长	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
704	2024-08-09	Identification of ERBB Pathway-Activated Cells in Triple-Negative Breast Cancer 2019-Mar, Genomics & informatics DOI:10.5808/GI.2019.17.1.e3 PMID:30929404	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据，在三阴性乳腺癌中识别出ERBB通路激活的细胞群体	本文揭示了ERBB信号通过间接途径激活，并在单细胞水平上改变了分子亚型，为乳腺癌亚型提供了新的视角	NA	研究乳腺癌中的肿瘤内异质性及其分子特征，以促进精准医疗	三阴性乳腺癌中的ERBB通路激活细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自公共资源的单细胞RNA测序数据
705	2024-08-09	Functional-genetic approaches to understanding drug response and resistance 2019-02, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2019.03.003 PMID:30951975	综述	本文综述了功能基因工具在理解药物反应和耐药机制中的应用及其局限性	介绍了CRISPR/Cas9、高级RNAi方法和靶向蛋白质降解等新兴技术在寻找治疗靶点和评估药物开发前的应用	讨论了这些功能基因工具在高通量筛选和深入分析候选靶点及现有药物方面的局限性	探讨功能基因工具在药物反应和耐药机制研究中的应用	功能基因工具如CRISPR/Cas9、RNAi方法和靶向蛋白质降解	NA	NA	CRISPR/Cas9, RNAi, 靶向蛋白质降解, 时间分辨和单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
706	2024-08-09	Tanycyte-Independent Control of Hypothalamic Leptin Signaling 2019, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2019.00240 PMID:30941008	研究论文	本研究分析了小鼠中tanycytes中leptin受体的表达及其功能	首次通过单分子荧光原位杂交(smfISH)、RT-qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和tanycytes中特异性删除leptin受体，证明了tanycytes中leptin受体的表达缺失或极低，且tanycytes不直接通过依赖leptin受体的机制调节下丘脑leptin信号	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨tanycytes在调节下丘脑leptin信号中的作用	tanycytes中的leptin受体表达及其对下丘脑leptin信号的影响	NA	NA	单分子荧光原位杂交(smfISH)、RT-qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA	小鼠
707	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of CD34+ Stem Cell-Derived Myeloid Cells Infected With Human Cytomegalovirus 2019, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2019.00577 PMID:30949159	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了人巨细胞病毒（CMV）感染的CD34+造血干细胞衍生的髓系细胞	利用10×基因组学平台对约7000个单细胞进行转录组分析，揭示了病毒复制发生在特定的细胞亚群中，这些细胞与CFU-GEMM多能祖细胞转录相关	NA	揭示人巨细胞病毒感染髓系细胞的机制	CD34+造血干细胞衍生的髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约7000个单细胞
708	2024-08-09	PanglaoDB: a web server for exploration of mouse and human single-cell RNA sequencing data 2019-01-01, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baz046 PMID:30951143	研究论文	本文介绍了PanglaoDB，一个用于探索小鼠和人类单细胞RNA测序数据的在线数据库	PanglaoDB提供了一个用户友好的界面，包含预处理和预计算的分析，涵盖了大多数主要的单细胞平台和协议，并建立了一个社区维护的细胞类型标记目录	NA	开发一个易于访问的在线数据库，以便生物学研究人员探索已发表的小鼠和人类单细胞RNA测序研究	小鼠和人类的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，来自多种组织和器官，涵盖1054个单细胞实验
709	2024-08-09	Cell lineage and communication network inference via optimization for single-cell transcriptomics 2019-06-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz204 PMID:30923815	研究论文	本文介绍了基于相似矩阵优化的单细胞数据分析方法SoptSC，用于推断细胞亚群、伪时间排序、细胞谱系及标记基因，并预测细胞间通信网络	SoptSC方法整合了无监督聚类、伪时间排序、细胞谱系推断和标记基因识别，通过结构化的细胞间相似矩阵实现多任务一致性处理	NA	旨在解决细胞间通信推断的挑战，通过一致性的数学框架实现多任务处理	单细胞转录组数据中的细胞亚群、细胞谱系及细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞转录组学	相似矩阵优化	转录组数据	NA
710	2024-08-09	High-Dimensional Single-Cell Cartography Reveals Novel Skeletal Muscle-Resident Cell Populations 2019-05-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.02.026 PMID:30922843	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的结合方法，精确绘制了成年小鼠肌肉中10种不同的单核细胞类型图谱，并鉴定了每种细胞类型的关键区分标记	本文发现了两个先前研究不足的细胞群体，其中一个表达转录因子scleraxis，能在体外生成tenocytes；另一个表达平滑肌和间充质细胞的标记，具有成肌潜能并促进MuSC植入	NA	揭示骨骼肌组织细胞组成，为研究肌肉疾病提供新见解	成年小鼠骨骼肌中的细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	基因表达数据	成年小鼠肌肉中的10种不同单核细胞类型
711	2024-08-09	Simplified Drop-seq workflow with minimized bead loss using a bead capture and processing microfluidic chip 2019-04-23, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c9lc00014c PMID:30920557	研究论文	本文介绍了一种简化的Drop-seq工作流程，通过使用微流控芯片捕获和处理珠子，减少了珠子损失	重新设计了原始的dropleting设备，使其兼容空气压力系统和注射泵，并设计了一个用于封装后珠子处理的芯片，从而简化了Drop-seq的细胞处理效率	NA	优化和重新设计Drop-seq技术，提高其灵活性和效率	单细胞RNA测序技术中的Drop-seq平台	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	微流控芯片	细胞	数千个细胞
712	2024-08-09	A knowledge-guided kidney cell census-reconciling bulk omics with cellular heterogeneity? 2019-04, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2018.12.016 PMID:30904059	research paper	Clark等人基于对肾脏总质量和分子标记物表达的计算贡献，提出了一份基于知识的43种已知典型肾脏细胞类型的名录	研究展示了如何结合单细胞转录组学与批量测序数据集，以促进肾脏研究中整合组学分析的利用	研究指出了批量转录组学的局限性	旨在调和批量组学与细胞异质性之间的关系	43种已知的典型肾脏细胞类型	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	43种细胞类型
713	2024-08-09	Spatiotemporal Developmental Trajectories in the Arabidopsis Root Revealed Using High-Throughput Single-Cell RNA Sequencing 2019-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.02.022 PMID:30913408	研究论文	本研究利用高通量单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥根部细胞的时空发育轨迹	首次构建了拟南芥根部的高分辨率单细胞RNA测序表达图谱，详细展示了主要细胞类型的表达特征	NA	探索植物根部细胞的发育过程及其调控机制	拟南芥根部细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个独立分析的细胞
714	2024-08-09	Single-Cell Genomics 2019-08, Clinical chemistry IF:7.1Q1 DOI:10.1373/clinchem.2017.283895 PMID:30872376	综述	本文综述了单细胞基因组学的当前状态，并描述了其在临床研究和医学应用中的机会	单细胞基因组学技术的发展提高了可靠性和商业化单细胞分离平台的开发，为临床实验室应用开辟了潜力	NA	探讨单细胞基因组学在细胞异质性和分子特征识别中的应用	单细胞基因组学技术及其在多个生物学领域的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
715	2024-08-09	Growth Plate Borderline Chondrocytes Behave as Transient Mesenchymal Precursor Cells 2019-08, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.3719 PMID:30888720	研究论文	本文研究了生长板边缘软骨细胞在体内作为短暂间充质前体细胞的行为，特别是它们转化为成骨细胞和骨髓基质细胞的过程。	首次揭示了生长板边缘软骨细胞在体内转化为成骨细胞和骨髓基质细胞的命运，并展示了这些细胞在成年后显著减少的现象。	NA	探讨生长板边缘软骨细胞在体内的细胞命运及其在成骨和骨髓基质细胞生成中的作用。	生长板边缘软骨细胞及其在体内的转化过程。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Col2a1-creER标记的新生软骨细胞的亚群
716	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation 2019-05-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz181 PMID:30873540	研究论文	本文介绍了一种使用微毛细管操纵的单细胞数字基因表达（1cell-DGE）方法，用于在保持细胞位置信息的同时，从完整组织中提取单个活细胞的内容物进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），并分析了苔藓Physcomitrella patens叶片细胞在重编程过程中的差异表达基因。	本文创新性地开发了1cell-DGE方法，能够在不分离细胞的情况下，通过微毛细管操纵技术获取单个细胞的转录组信息，并保留细胞的位置信息。	该方法的应用受限于能够从原始组织中分离的细胞类型，且难以在原位获得这些细胞的精确位置信息。	研究目的是开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于分析细胞在重编程过程中的基因表达变化。	研究对象是苔藓Physcomitrella patens的叶片细胞在重编程过程中的基因表达。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	在0小时和24小时后切除的叶片细胞中，识别了6382个差异表达基因
717	2024-08-09	Single-Cell RNA-Sequencing and Optical Electrophysiology of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Reveal Discordance Between Cardiac Subtype-Associated Gene Expression Patterns and Electrophysiological Phenotypes 2019-05-15, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2019.0030 PMID:30892143	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和光学电生理学技术，分析人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞的基因表达模式与电生理表型之间的一致性	发现心肌细胞亚型相关的基因表达模式无法准确分类细胞的电生理功能，但某些基因表达的变化可以影响电生理成熟	单细胞基因表达模式无法区分心肌细胞的亚型，如心房、心室或结节型	评估单细胞基因表达是否足以预测iPSC衍生心肌细胞的电生理特性	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百个hiPSC衍生的心肌细胞
718	2024-08-09	Cell composition analysis of bulk genomics using single-cell data 2019-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0355-5 PMID:30886410	研究论文	本文介绍了一种名为Cell Population Mapping (CPM)的解卷积算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来推断复杂组织中细胞类型和状态的组成	CPM算法能够重建异质组织中细胞状态的连续谱，并揭示了细胞丰度与临床症状之间的关系是细胞状态特异性的	NA	研究细胞类型和状态的组成及其与临床症状的关系	流感病毒感染的小鼠肺部组织	数字病理学	流感	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	解卷积算法	转录组数据	流感病毒感染的小鼠肺部组织样本
719	2024-08-09	Scalable analysis of cell-type composition from single-cell transcriptomics using deep recurrent learning 2019-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0353-7 PMID:30886411	研究论文	本文介绍了scScope方法，该方法利用深度学习技术从大量噪声单细胞基因表达数据中准确快速地识别细胞类型组成	提出了scScope方法，利用深度学习技术处理大规模单细胞RNA测序数据，实现了细胞类型组成的快速准确识别	NA	开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中快速准确识别细胞类型组成的方法	单细胞转录组数据中的细胞类型组成	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	数百万个单细胞
720	2024-08-09	Functional Heterogeneity of Mouse Prostate Stromal Cells Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2019-Mar-29, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.02.032 PMID:30878879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了成年小鼠前列腺基质细胞的表型和功能异质性	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细描述了小鼠前列腺基质细胞的三种主要细胞群体及其功能特性	NA	探究成年小鼠前列腺基质细胞的表型和功能异质性	小鼠前列腺基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA