单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
681	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Uncovers Glial Progenitor Diversity and Cell Fate Determinants during Development and Gliomagenesis 2019-05-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.03.006 PMID:30982771	研究论文	通过应用定向谱系的单细胞转录组学技术，揭示了发育中大脑和胶质瘤发生过程中胶质前体细胞的多样性和细胞命运决定因素	发现了胶质前体细胞池的意外多样性及其在脑肿瘤恶性转化中的作用，并确定了Zfp36l1在调节胶质细胞命运决定和控制胶质瘤发生中的关键作用	NA	解析发育和肿瘤发生过程中常见和差异胶质前体细胞的动态谱系	胶质前体细胞的多样性及其在脑肿瘤恶性转化中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
682	2024-08-09	Evaluating measures of association for single-cell transcriptomics 2019-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0372-4 PMID:30962620	研究论文	本文评估了17种关联度量方法在单细胞转录组学中重建细胞网络、聚类同类型细胞以及将细胞类型特异性转录程序与疾病关联的能力	本文首次大规模评估了多种关联度量方法在单细胞转录组学中的表现，并提供了数据驱动的指导	NA	探讨单细胞转录组学中识别基因-基因和细胞-细胞关系的最佳关联度量方法	单细胞转录组学数据中的基因-基因和细胞-细胞关系	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个细胞
683	2024-08-09	Hypoxia tolerance in the Norrin-deficient retina and the chronically hypoxic brain studied at single-cell resolution 2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1821122116 PMID:30988181	研究论文	研究在Norrin缺乏的视网膜和慢性缺氧的大脑中，单细胞分辨率下的缺氧耐受性	首次系统地描述了哺乳动物中枢神经系统在慢性缺氧下的细胞类型特异性反应，并揭示了视网膜和大脑在慢性缺氧下基因表达的共享和细胞类型特异性变化	NA	探讨Norrin缺乏的视网膜和慢性缺氧大脑在单细胞分辨率下的缺氧耐受性	Norrin KO小鼠的视网膜和慢性缺氧的大脑	数字病理学	家族性渗出性视网膜病变	单细胞RNA测序，非靶向代谢组学，C-葡萄糖代谢物标记	NA	基因表达数据	Norrin KO小鼠和野生型小鼠的视网膜，以及在低氧环境下饲养一周的小鼠的大脑皮层
684	2024-08-09	A Bayesian mixture model for clustering droplet-based single-cell transcriptomic data from population studies 2019-04-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-09639-3 PMID:30967541	研究论文	本文开发了一种贝叶斯混合模型（BAMM-SC）用于聚类来自多个个体的液滴单细胞转录组数据	BAMM-SC模型能够处理数据异质性和批次效应，提高了聚类准确性，特别是在个体间存在异质性的情况下	NA	开发一种适用于大规模人群单细胞转录组研究的聚类方法	液滴单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	贝叶斯混合模型	转录组数据	数万个来自多个个体的单细胞
685	2024-08-09	Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963074	研究论文	本文应用拓扑数据分析方法Mapper来可视化和分析高维单细胞RNA测序数据	提出了一种新的方法，结合基因共表达网络分析，能够揭示Mapper可视化中的基因共表达模块的差异表达模式	NA	开发一种新的方法来可视化和分析单细胞RNA测序数据，以揭示细胞类型和基因表达模式的生物学意义	单细胞RNA测序数据	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	Mapper	基因表达数据	NA
686	2024-08-09	Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_1 PMID:30968357	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中分子生物学技术的特点，包括实验室开发的方法	介绍了无需转换为可扩增cDNA的直接从RNA扩增第一链cDNA的技术	讨论了现有策略的优缺点，但未详细说明新技术在实际应用中的局限性	旨在帮助使用单细胞转录组技术的用户理解不同方法的定量性能与其分子特征之间的关系	单细胞RNA测序技术及其分子生物学方法	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
687	2024-08-09	Nx1-Seq (Well Based Single-Cell Analysis System) 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_4 PMID:30968360	研究论文	本文介绍了新开发的基于孔板的单细胞转录组方法	提出了基于孔板的单细胞转录组方法，用于分析细胞分化和细胞异质性的连续变化	NA	研究细胞分化和细胞异质性的层次结构	单个细胞的多样性和组织微环境	生物技术	NA	单细胞基因表达分析	NA	基因表达数据	数百个单细胞
688	2024-08-09	An Informative Approach to Single-Cell Sequencing Analysis 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_6 PMID:30968362	综述	本文综述了单细胞测序分析的多层平台，主要介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并比较了其他单细胞RNA-seq系统，同时描述了处理大型复杂单细胞数据集的计算方法	介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并提供了处理稀疏数据集的信息学方法，如插补、批次效应校正、降维和聚类	由于单细胞RNA-seq数据深度不足，导致低表达基因的转录组信息严重缺乏，数据解释有时较为困难	综述单细胞测序分析的平台和技术，并探讨处理大型复杂单细胞数据集的方法	单细胞测序分析的平台和技术，以及处理单细胞数据集的计算方法	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	数据集	NA
689	2024-08-09	scRNAss: a single-cell RNA-seq assembler via imputing dropouts and combing junctions 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz240 PMID:30951147	研究论文	本文介绍了一种名为scRNAss的单细胞RNA测序组装方法，该方法通过填补丢失信息和结合接合策略来重建全长转录本	scRNAss通过显式策略填补由丢失事件引起的丢失信息，并采用结合策略来推断转录本，显示出对未知新异构体的恢复能力和计算效率	NA	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的转录本组装方法	单细胞RNA测序数据中的全长转录本重建	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
690	2024-08-09	Functional genomics of CDHR3 confirms its role in HRV-C infection and childhood asthma exacerbations 2019-10, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.01.052 PMID:30930175	研究论文	本研究通过功能基因组学方法，证实了CDHR3蛋白在HRV-C感染和儿童哮喘加重中的作用	使用单细胞转录组学、CRISPR-Cas9基因敲除和基因型特异性供体实验，首次在原代气道上皮细胞中研究CDHR3的功能及其对HRV-C感染的影响	NA	确定CDHR3是否是HRV-C感染原代气道上皮细胞所必需的，并识别CDHR3变异体增加哮喘加重风险的分子机制	CDHR3蛋白及其编码变异体rs6967330在HRV-C感染和儿童哮喘加重中的作用	遗传学	哮喘	单细胞转录组学、CRISPR-Cas9基因敲除	NA	基因表达数据	原代气道上皮细胞
691	2024-08-09	Single-cell Transcriptomics and Solid Organ Transplantation 2019-09, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000002725 PMID:30946217	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在实体器官移植中的应用，探讨了其在移植病理学中的潜力及未来发展方向	scRNA-seq能够识别稀有细胞类型、新的细胞状态和细胞间通信网络，这些在传统的整体转录组分析中可能被掩盖	NA	探讨单细胞测序技术在移植领域的应用及其未来发展	单细胞RNA测序技术及其在实体器官移植中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
692	2024-08-09	Spatial heterogeneity in the mammalian liver 2019-07, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology DOI:10.1038/s41575-019-0134-x PMID:30936469	研究论文	本文探讨了哺乳动物肝脏中肝细胞基因表达的空间异质性及其对肝脏功能的影响	利用单细胞转录组技术构建了小鼠肝细胞基因表达的全局空间图谱，揭示了约50%的肝细胞基因以区域化方式表达	文章未明确提及具体的研究局限	研究肝脏区域化的基因表达模式及其对肝脏功能的影响	肝细胞的基因表达及其在肝脏区域化中的作用	NA	NA	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	小鼠肝细胞
693	2024-08-09	Adventitial Cell Atlas of wt (Wild Type) and ApoE (Apolipoprotein E)-Deficient Mice Defined by Single-Cell RNA Sequencing 2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312399 PMID:30943771	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用	首次通过单细胞RNA测序技术定义了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用	研究仅限于12周龄的C57BL/6J小鼠，且仅在实验室正常饮食条件下进行，可能限制了结果的普遍性	研究动脉粥样硬化早期阶段血管外膜的细胞组成和细胞间相互作用	野生型和ApoE缺陷型小鼠的主动脉外膜细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	12周龄的C57BL/6J小鼠
694	2024-08-09	Preparation of Cells from Embryonic Organs for Single-Cell RNA Sequencing 2019-06, Current protocols in cell biology DOI:10.1002/cpcb.86 PMID:30957983	研究论文	本文介绍了从胚胎器官中制备细胞用于单细胞RNA测序的方法	采用低温解离技术使用冷活性蛋白酶，以及优化细胞活性和保留的过滤和洗涤方法	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量	胚胎器官中的细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
695	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Candidate Renal Resident Macrophage Gene Expression Signatures across Species 2019-05, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018090931 PMID:30948627	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞基因表达特征	首次通过单细胞RNA测序技术定义了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞的细胞表面标记物	目前尚无法在不同物种中识别相同的驻留巨噬细胞类型	确定能跨物种识别驻留巨噬细胞的新标记物	小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织中的CD45+先天免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织样本
696	2024-08-09	Involvement of the myeloid cell compartment in fibrogenesis and systemic sclerosis 2019-05, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-019-0212-z PMID:30953037	综述	本文综述了骨髓细胞在系统性硬化症（SSc）纤维化过程中的作用	探讨了骨髓细胞在SSc纤维化中的关键作用，并提出其作为疾病生物标志物的潜在价值	NA	总结当前关于骨髓细胞在SSc患者纤维化中作用的知识	骨髓细胞在系统性硬化症纤维化中的功能	NA	系统性硬化症	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	NA	NA
697	2024-08-09	DoubletFinder: Doublet Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data Using Artificial Nearest Neighbors 2019-04-24, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.03.003 PMID:30954475	研究论文	本文介绍了一种名为DoubletFinder的计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中检测由技术伪影引起的“双峰”现象	DoubletFinder通过使用基因表达数据，预测每个真实细胞在基因表达空间中与人工双峰的接近程度来识别双峰	NA	开发一种新的计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中准确检测双峰	单细胞RNA测序数据中的双峰现象	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	随机选择的细胞对
698	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies inflammatory tissue T cells in eosinophilic esophagitis 2019-04-08, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI125917 PMID:30958799	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析了过敏性炎症中人体组织CD3+ T细胞的异质性，特别是针对嗜酸性食管炎（EoE）这一特定组织过敏疾病	首次识别出八种不同的组织T细胞亚型（T1-T8），并发现T7和T8在病变组织中富集，揭示了FFAR3在放大EoE局部Th2反应中的潜在作用	NA	解析过敏性炎症中人体组织CD3+ T细胞的异质性，特别是针对嗜酸性食管炎（EoE）	从疾病活动度不同的患者中提取的1088个单个T细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	1088个单个T细胞
699	2024-08-09	Singling out Th2 cells in eosinophilic esophagitis 2019-04-08, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI128479 PMID:30958801	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性食管炎患者组织中T细胞的异质性	首次使用单细胞RNA测序技术识别嗜酸性食管炎中的相关细胞群和机制	NA	探讨嗜酸性食管炎中T细胞的异质性及其在疾病中的作用	嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞和T细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
700	2024-08-09	Defining the developmental program leading to meiosis in maize 2019-04-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav6428 PMID:30948545	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，重建了玉米雄性减数分裂的发展程序	发现了减数分裂前转录组的两步重组过程，并排除了干细胞模型	NA	研究玉米减数分裂的发展程序	玉米雄性减数分裂	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及26.7%的转录本在减数分裂前发生两倍或更多的表达变化