单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 661 - 680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2024-08-09 |
Detection of differentially expressed genes in discrete single-cell RNA sequencing data using a hurdle model with correlated random effects
2019-12, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1111/biom.13074
PMID:31009065
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研究论文 | 本文提出了一种新的统计模型，用于高维和零膨胀的单细胞RNA测序（scRNA-seq）计数数据，以识别不同细胞类型中的差异表达（DE）基因 | 本文引入了一种基于初始细胞聚类的相关随机效应模型，以捕捉治疗组内细胞间的变异性，并展示了该模型在检测表达细胞比例和平均表达水平差异方面的优势 | NA | 开发适用于单细胞RNA测序数据的计算方法，以识别差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | hurdle model | 计数数据 | NA |
| 662 | 2024-08-09 |
High-throughput single-cell sequencing of paired TCRα and TCRβ genes for the direct expression-cloning and functional analysis of murine T-cell receptors
2019-08, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.201848030
PMID:31017295
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研究论文 | 本文介绍了一种高通量策略，用于从初级小鼠T细胞中无偏差地扩增和自动序列分析配对的TCRα和TCRβ基因 | 该平台能够在单细胞水平上连接细胞表型和TCR基因序列信息，并通过高效克隆两个基因和生成稳定表达TCR的细胞系，实现直接功能分析 | NA | 确定小鼠T细胞受体库的多样性和质量 | 小鼠T细胞的TCRα和TCRβ基因 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | DNA序列 | 初级小鼠T细胞 |
| 663 | 2024-08-09 |
Single-Cell Lymphocyte Heterogeneity in Advanced Cutaneous T-cell Lymphoma Skin Tumors
2019-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-0148
PMID:31010835
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析探讨了晚期皮肤T细胞淋巴瘤皮肤肿瘤中淋巴细胞的异质性 | 首次通过液滴法单细胞转录组分析揭示了患者特异性的恶性与反应性淋巴细胞在肿瘤局部微环境中的景观，为识别特定标记物提供了基础 | 仅限于5名晚期CTCL患者和4名健康捐赠者的皮肤活检样本 | 探讨皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中T淋巴细胞的异质性，为诊断和治疗提供新的标记物 | 晚期皮肤T细胞淋巴瘤患者的皮肤肿瘤样本 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14,056个CD3+淋巴细胞（448个来自正常样本，13,608个来自CTCL皮肤样本） |
| 664 | 2024-08-09 |
Fifty Shades of Microglia
2019-07, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010
PMID:31005331
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研究论文 | Masuda等人使用单细胞RNA测序技术研究了小鼠大脑中不同解剖部位、发育阶段和病理类型的微胶质细胞，并对多发性硬化症患者的微胶质细胞进行了转录组特征分析 | 首次对多发性硬化症患者的微胶质细胞进行了转录组特征分析，并发现了跨物种保守的微胶质细胞亚群 | NA | 研究大脑发育和疾病中微胶质细胞的空间和时间异质性 | 小鼠和多发性硬化症患者的微胶质细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个小鼠和多发性硬化症患者的样本 |
| 665 | 2024-08-09 |
Droplet-based single cell RNAseq tools: a practical guide
2019-05-14, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/c8lc01239c
PMID:30997473
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review | 本文通过比较三种主要的基于液滴的单细胞RNA测序系统（Drop-seq、inDrop和Chromium 10X）及其衍生系统，提供了一个实用的指南，涵盖了典型的单细胞RNA测序实验的所有步骤 | NA | 讨论了这些系统的局限性及其在基因组细胞计数新兴领域中的应用 | 理解这些系统深入探究生物学的能力 | 基于液滴的单细胞RNA测序系统 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 666 | 2024-08-09 |
A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root
2019-05-06, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2019.04.004
PMID:31004836
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研究论文 | 本研究利用高通量单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥根部细胞转录组的高度异质性，并识别了24个潜在的细胞群及其特异性标记基因 | 本研究首次在单细胞分辨率下揭示了拟南芥根部细胞的高度异质性及其在根细胞分化过程中的中间状态表达特征 | NA | 探索拟南芥根部细胞在动态发育过程中的转录调控 | 拟南芥根部细胞的转录组异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个拟南芥根部细胞 |
| 667 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomes of the regenerating intestine reveal a revival stem cell
2019-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1154-y
PMID:31019301
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了再生小肠中的特定细胞类型，即复苏干细胞（revSC），并探讨了其在肠道再生中的作用 | 首次鉴定出一种新的干细胞类型——复苏干细胞（revSC），并揭示了其在肠道再生中的重要作用 | NA | 研究肠道再生过程中的特定细胞类型及其作用机制 | 小肠再生过程中的细胞类型和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠肠道样本 |
| 668 | 2024-08-09 |
Select sequencing of clonally expanded CD8+ T cells reveals limits to clonal expansion
2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1902649116
PMID:30992377
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研究论文 | 本文开发了一种名为SELECT-seq的方法，用于选择基于RNA表达的稀有细胞，并对其进行深度单细胞RNA测序，以研究抗原特异性T细胞的克隆性 | SELECT-seq方法允许在深度单细胞RNA测序之前选择基于RNA表达的稀有细胞，从而研究抗原特异性T细胞的克隆性 | 文章指出，高度扩增的传统CD8 T细胞下调白细胞介素2受体α（IL2RA，或CD25）蛋白并显示衰老迹象，表明克隆扩增存在固有限制 | 研究抗原特异性T细胞的克隆性及其扩增的限制 | 外周血淋巴细胞中的CD8 T细胞、不变自然杀伤T细胞（iNKT）和黏膜相关不变T细胞（MAIT） | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA表达数据 | 单个外周血淋巴细胞 |
| 669 | 2024-08-09 |
Early alterations in stem-like/resident T cells, innate and myeloid cells in the bone marrow in preneoplastic gammopathy
2019-04-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.127807
PMID:31013254
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研究论文 | 研究分析了健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者骨髓中的免疫细胞，通过质谱流式细胞术和单细胞转录组分析，揭示了在癌前病变中免疫微环境的早期变化 | 首次详细描述了在癌前病变中先天性和适应性免疫的变化，并提出骨髓驻留T细胞库的耗竭可能与骨髓瘤中免疫监视的丧失有关 | 样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现 | 理解宿主对癌前病变的反应如何在恶性转化期间维持和改变，以预防癌症 | 健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者的骨髓免疫细胞 | 数字病理学 | 骨髓瘤 | 质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名健康捐赠者和26名MGUS/骨髓瘤患者 |
| 670 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Analyses of Neural Stem Cell Heterogeneity and Contextual Plasticity in a Zebrafish Brain Model of Amyloid Toxicity
2019-04-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.090
PMID:31018142
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析了斑马鱼脑部模型中神经干细胞的异质性和环境可塑性，特别是在Aβ42诱导的阿尔茨海默病模型中的表现。 | 首次揭示了在阿尔茨海默病条件下，斑马鱼脑部神经干细胞的异质性和空间组织，以及细胞间通讯通过配体-受体对的改变。 | 研究主要集中在斑马鱼模型上，可能与人类神经干细胞的行为存在差异。 | 探索神经干细胞在阿尔茨海默病模型中的分子基础和可塑性，以及其在再生疗法中的潜在应用。 | 斑马鱼脑部的神经干细胞和神经元，特别是在Aβ42诱导的阿尔茨海默病模型中的表现。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及成年斑马鱼脑部的多个细胞样本 |
| 671 | 2024-08-09 |
ChimeraMiner: An Improved Chimeric Read Detection Pipeline and Its Application in Single Cell Sequencing
2019-Apr-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms20081953
PMID:31010074
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研究论文 | 本文构建了ChimeraMiner，一个改进的嵌合读取检测管道，用于分析MDA的测序数据并分类嵌合序列 | ChimeraMiner能够发现先前管道遗漏的6,736,168个新型嵌合体，并在相同的硬件条件下显著减少了处理时间 | NA | 提高嵌合读取检测的效率，减少单细胞研究中的错误阳性结构变异 | MDA方法产生的嵌合读取 | 测序技术 | NA | MDA | NA | 测序数据 | 两个数据集（MDA1和MDA2），分别包含773百万和528百万读取对 |
| 672 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomics based-MacSpectrum reveals novel macrophage activation signatures in diseases
2019-04-16, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.126453
PMID:30990466
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研究论文 | 本文开发了一种名为MacSpectrum的高分辨率算法平台，用于分析单细胞转录组数据，揭示了脂肪组织巨噬细胞在疾病中的新型激活特征。 | 首次开发了MacSpectrum平台，能够高分辨率地映射巨噬细胞的激活状态，并捕捉其在体外和体内的动态变化。 | NA | 旨在填补现有模型无法精确描述巨噬细胞在体内动态调节特征的知识空白。 | 主要研究脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖和糖尿病中的作用。 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了来自骨髓衍生的巨噬细胞的单细胞转录组数据 |
| 673 | 2024-08-09 |
Leveraging Single-Cell RNA Sequencing Experiments to Model Intratumor Heterogeneity
2019-04, JCO clinical cancer informatics
IF:3.3Q2
DOI:10.1200/CCI.18.00074
PMID:30995123
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序实验来模拟肿瘤内异质性，并提出使用广义多样性指数（GDI）来量化多尺度上的异质性，将其与疾病演变联系起来。 | 本文创新性地使用广义多样性指数（GDI）来量化肿瘤内异质性，这一方法在揭示样本间差异和条件变化时比传统的香农多样性指数更为有效。 | NA | 研究目的是通过单细胞RNA测序数据来量化肿瘤内异质性，并探讨其与疾病演变的关系。 | 研究对象包括健康骨髓捐赠者、急性髓系白血病患者以及肺癌患者的单细胞RNA测序数据。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA） | NA | 基因表达数据 | 研究涉及的数据来自两位健康骨髓捐赠者、两位急性髓系白血病患者（移植前后）、四种预分类的谱系样本以及六位多区域采样的肺癌患者。 |
| 674 | 2024-08-09 |
Discovery and characterization of variance QTLs in human induced pluripotent stem cells
2019-04, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1008045
PMID:31002671
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研究论文 | 本文通过全基因组方法识别表达变异数量性状位点（vQTLs），使用来自53名约鲁巴个体的诱导多能干细胞（iPSCs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行研究 | 首次在人类诱导多能干细胞中识别出表达变异数量性状位点（vQTLs），并探讨了分散数量性状位点（dQTLs）对表达变异的影响 | 识别出的vQTLs中，部分可以被解释为对平均表达的影响，且需要大量样本才能检测到最强的dQTLs | 理解基因表达变异的遗传控制 | 人类诱导多能干细胞中的基因表达变异 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 53名约鲁巴个体的5,447个单细胞 |
| 675 | 2024-08-09 |
Stem Cells Heterogeneity
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-030-11096-3_1
PMID:31016591
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review | 本书概述了不同器官在生理和病理条件下干细胞亚型的知识，并讨论了干细胞异质性的可能起源和后果 | 结合荧光和共聚焦显微镜与遗传先进技术，如命运谱系追踪和单细胞RNA测序，显著推进了对干细胞亚群在健康和疾病中多种新功能的发现 | 对干细胞的复杂性和动态性的理解仍然有限 | 深入了解干细胞异质性对组织稳态和疾病的影响 | 不同器官中的干细胞亚型及其在生理和病理条件下的功能 | NA | NA | 荧光显微镜、共聚焦显微镜、命运谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | NA | 超过30个章节 |
| 676 | 2024-08-09 |
Beyond bulk: a review of single cell transcriptomics methodologies and applications
2019-08, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2019.03.001
PMID:30978643
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-seq）的方法学及其在脑和中枢神经系统（CNS）研究中的应用 | scRNA-seq技术作为神经科学、计算生物学和系统生物学之间的桥梁，提供了对脑和CNS细胞组成的全新无偏见理解 | 单细胞分辨率的基因表达数据通常具有噪声大、稀疏性和高维度的特点，给数据的计算分析带来了挑战 | 综述scRNA-seq的基本样本准备和数据分析流程，并提供分析和可视化这些数据的比较视角 | 脑和中枢神经系统（CNS）的单细胞转录组 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 677 | 2024-08-09 |
MYRF haploinsufficiency causes 46,XY and 46,XX disorders of sex development: bioinformatics consideration
2019-07-15, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddz066
PMID:30985895
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研究论文 | 本文通过病例对照外显子测序研究，发现MYRF基因中的罕见杂合截短变异在46,XY和46,XX性发育障碍病例中显著富集，表明MYRF可能是这些疾病的致病基因。 | 首次发现MYRF基因在性发育障碍中的致病作用，并通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序数据分析，揭示了MYRF在细胞增殖和迁移中的潜在调控作用。 | 研究样本量较小，且仅限于特定类型的性发育障碍病例，可能影响结果的普遍性。 | 探究MYRF基因在性发育障碍中的作用及其潜在的生物学机制。 | 46,XY和46,XX性发育障碍病例及其相关基因变异。 | 生物信息学 | 性发育障碍 | 外显子测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 26例性发育障碍病例和2625例对照组 |
| 678 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of T Cells in Crohn's Disease
2019-07, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2018.12.049
PMID:30981784
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 679 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomics coming of age
2019-06, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0129-z
PMID:30980030
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 680 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species
2019-05-21, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.03.009
PMID:30979687
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人及小鼠肺肿瘤中的肿瘤浸润髓系细胞（TIMs），揭示了跨个体和物种的髓系细胞群体的保守性 | 首次在单细胞水平上揭示了人及小鼠肺肿瘤中TIMs的多样性和保守性，为免疫治疗提供了新的潜在靶点 | 研究主要集中在肺肿瘤中的髓系细胞，其他类型的肿瘤或细胞群体未被涉及 | 确定肺肿瘤中TIMs的景观，并探索其作为免疫治疗靶点的潜力 | 人及小鼠的非小细胞肺癌中的肿瘤浸润髓系细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及多个非小细胞肺癌患者及小鼠样本 |