单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 621 - 640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2024-08-09 |
YAP, but Not RSPO-LGR4/5, Signaling in Biliary Epithelial Cells Promotes a Ductular Reaction in Response to Liver Injury
2019-07-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.04.005
PMID:31080135
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研究论文 | 研究探讨了胆道上皮细胞在肝脏损伤后形成管状反应的信号通路 | 发现胆道上皮细胞在管状反应中不需要LGR4/5介导的WNT/β-catenin信号，而YAP和mTORC1信号在此过程中是必需的 | NA | 阐明胆道上皮细胞在肝脏损伤后形成管状反应的信号通路及其作用 | 胆道上皮细胞及其在肝脏损伤后的反应 | NA | NA | CRISPR-based loss-of-function screen, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 胆道上皮细胞样类器官 |
| 622 | 2024-08-09 |
Efficient integration of heterogeneous single-cell transcriptomes using Scanorama
2019-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0113-3
PMID:31061482
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Scanorama的算法，用于有效整合来自多个实验、实验室和技术的异质性单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | Scanorama算法能够识别并合并所有数据集中共享的细胞类型，准确整合异质性scRNA-seq数据集 | NA | 开发一种新的算法以克服现有scRNA-seq数据整合方法的限制，实现跨多个实验和技术的数据整合 | scRNA-seq数据集，特别是来自不同实验、实验室和技术的数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Scanorama算法 | 转录组数据 | 105,476个细胞来自26个不同的scRNA-seq实验，代表9种不同技术 |
| 623 | 2024-08-09 |
Prosurvival kinase PIM2 is a therapeutic target for eradication of chronic myeloid leukemia stem cells
2019-05-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1903550116
PMID:31068472
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研究论文 | 本文研究了慢性髓性白血病（CML）干细胞对药物伊马替尼（IM）的内在抗性，并发现生存促进激酶PIM2是选择性消除CML干细胞的治疗靶点 | 通过单细胞RNA测序技术，从同一患者分离的CML干细胞和正常造血干细胞中鉴定出PIM2基因，并发现其通过磷酸化抑制促凋亡蛋白BAD来维持CML干细胞对IM的抗性 | 实验主要在CML小鼠模型中进行，需要在更多临床样本中验证 | 探索CML干细胞对IM的抗性机制，并寻找新的治疗靶点 | 慢性髓性白血病干细胞和正常造血干细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自同一患者的CML干细胞和正常造血干细胞 |
| 624 | 2024-08-09 |
Temporal patterning of apical progenitors and their daughter neurons in the developing neocortex
2019-05-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aav2522
PMID:31073041
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术，追踪小鼠胚胎中连续几代顶端前体细胞（APs）及其子代神经元的分子身份 | 发现了驱动APs从内部驱动状态向更多外部感知状态转变的核心进化保守的、时间模式化的基因集，并揭示了Polycomb抑制复合物2（PRC2）在表观遗传上调控AP时间进程的作用 | NA | 探究皮质发生过程中顶端前体细胞及其子代神经元在分子水平上的时间模式化机制 | 小鼠胚胎中的顶端前体细胞（APs）及其子代神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 625 | 2024-08-09 |
scNPF: an integrative framework assisted by network propagation and network fusion for preprocessing of single-cell RNA-seq data
2019-May-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-5747-5
PMID:31068142
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研究论文 | 本文介绍了scNPF框架，该框架利用网络传播和网络融合技术进行单细胞RNA测序数据预处理 | scNPF框架结合了先验交互网络的全局拓扑结构和单细胞RNA测序数据中的特定上下文信息，以数据驱动的方式增强基因间关系 | NA | 开发一种用于单细胞RNA测序数据预处理的综合框架 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 网络传播和网络融合 | 基因表达矩阵 | 多种单细胞RNA测序数据集 |
| 626 | 2024-08-09 |
Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying Gastric Premalignant Lesions and Early Gastric Cancer
2019-05-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.052
PMID:31067475
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研究论文 | 本研究构建了一个包含32,332个高质量细胞的单细胞图谱，这些细胞来自涵盖胃癌前病变和早期胃癌（EGC）患者的胃窦黏膜活检样本，并利用单细胞RNA测序技术构建了胃上皮细胞在不同病变中的细胞和分子特征的单细胞网络。 | 发现了腺体黏液细胞在肠化生过程中倾向于获得类似肠干细胞表型，并鉴定了OR51E1作为早期恶性病变中独特内分泌细胞的标记物。此外，发现HES6可能标记前杯状细胞簇，有助于早期识别肠化生。 | NA | 探索胃癌前病变和早期胃癌中单细胞转录组网络的特征。 | 胃癌前病变和早期胃癌患者的胃窦黏膜细胞。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 32,332个高质量细胞 |
| 627 | 2024-08-09 |
SCRABBLE: single-cell RNA-seq imputation constrained by bulk RNA-seq data
2019-05-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1681-8
PMID:31060596
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCRABBLE的算法，用于解决单细胞RNA测序数据中大量零表达基因的问题 | SCRABBLE算法利用批量RNA测序数据作为约束，减少了在插补过程中对表达基因的不必要偏差 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中零表达基因的问题 | 单细胞RNA测序数据中的零表达基因 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 628 | 2024-08-09 |
Distinct immunocyte-promoting and adipocyte-generating stromal components coordinate adipose tissue immune and metabolic tenors
2019-05-03, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aaw3658
PMID:31053654
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，识别了内脏脂肪组织（VAT）中主要的IL-33产生细胞，并探讨了这些细胞在生理和病理状态下的调节机制。 | 首次识别了VAT中特定的间充质基质细胞亚型作为主要的IL-33产生细胞，并揭示了它们在肥胖等病理状态下的重塑机制。 | NA | 研究内脏脂肪组织中免疫和代谢调控的关键细胞类型及其在病理状态下的变化。 | 内脏脂肪组织中的间充质基质细胞和调节性T细胞。 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 629 | 2024-08-09 |
Generalized gene co-expression analysis via subspace clustering using low-rank representation
2019-May-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2733-5
PMID:31074376
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研究论文 | 本文提出了一种通过子空间聚类和低秩表示进行广义基因共表达分析的新算法 | 该方法不依赖于相关性作为基因间相似度的度量，而是利用子空间聚类来构建基因共表达网络，能够识别出非高度相关的生物学意义基因模块 | NA | 旨在开发一种新的基因共表达网络分析方法，以发现具有潜在生物学功能的基因模块 | 基因共表达模块 | 生物信息学 | NA | 低秩表示 | 子空间聚类 | 微阵列数据，单细胞RNA测序数据 | 三个大型微阵列数据集和一个单细胞RNA测序数据集 |
| 630 | 2024-08-09 |
VPAC: Variational projection for accurate clustering of single-cell transcriptomic data
2019-May-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2742-4
PMID:31074382
|
研究论文 | 本文提出了一种名为VPAC的新型基于模型的算法，用于通过变分投影对单细胞转录组数据进行准确聚类 | VPAC算法假设单细胞样本在潜在空间中遵循高斯混合分布，并通过综合验证实验证明其不仅适用于离散计数和归一化连续数据，还能适应不同的数据维度、数据集大小和数据稀疏性 | NA | 开发一种新的计算方法，以应对从单细胞RNA测序数据中识别潜在细胞类型的挑战 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯混合模型 | 转录组数据 | 不同数据集大小 |
| 631 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing and its promise in reconstructing plant vascular cell lineages
2019-04, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2019.04.002
PMID:31071514
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在重建植物维管细胞谱系中的应用及其潜力 | 介绍了单细胞RNA测序技术如何提高我们对细胞类型分化的分子理解 | 目前植物细胞类型表达谱混杂了多个发育阶段，阻碍了细胞谱系的准确监测 | 探讨单细胞RNA测序技术在植物细胞类型分化研究中的应用 | 以根维管细胞为模型，研究细胞类型分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 632 | 2024-08-09 |
Investigating Cell Fate Decisions with ICGS Analysis of Single Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9224-9_12
PMID:31062314
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研究论文 | 本文探讨了使用迭代聚类和指导基因选择（ICGS）分析方法来定义单细胞RNA-Seq数据中多样化的干细胞和多能前体细胞群体的异质性 | 介绍了ICGS工具，该工具能够揭示新的承诺、过渡和亚稳态前体细胞状态 | NA | 探索新的分析工具在单细胞转录组分析中的应用，以深入了解细胞状态的调控生物学 | 干细胞和多能前体细胞的异质性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | ICGS | RNA-Seq数据 | 涉及造血和胚胎肾前体细胞数据集 |
| 633 | 2024-08-09 |
Lineage Inference and Stem Cell Identity Prediction Using Single-Cell RNA-Sequencing Data
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9224-9_13
PMID:31062315
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研究论文 | 本文介绍了一种使用单细胞RNA测序数据进行谱系推断和干细胞身份预测的先进分析流程 | 开发了适用于多种生物过程的谱系树构建和干细胞身份预测方法 | NA | 解决单细胞RNA测序数据分析中的技术挑战，开发稳健的统计和计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的罕见细胞类型发现、细胞异质性表征、干细胞识别和谱系树构建 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA |
| 634 | 2024-08-09 |
Epigenetic Regulation of IL-17-Induced Chemokines in Lung Epithelial Cells
2019, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/2019/9050965
PMID:31080358
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research paper | 研究探讨了IL-17通过表观遗传机制在肺上皮细胞中诱导CXCR2配体产生的机制 | 首次展示了IL-17诱导的CXCR2配体产生依赖于组蛋白乙酰化，特别是通过抑制HDAC5，并且这一过程严格依赖于BET家族 | NA | 揭示IL-17在肺上皮细胞中通过表观遗传调控CXCR2配体产生的机制 | 人原代支气管上皮细胞和永生化的人及小鼠上皮细胞系 | digital pathology | lung disease | single-cell RNA-seq | NA | RNA | 涉及人原代支气管上皮细胞和永生化的人及小鼠上皮细胞系 |
| 635 | 2024-08-09 |
High-Order Correlation Integration for Single-Cell or Bulk RNA-seq Data Analysis
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00371
PMID:31080457
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研究论文 | 本文提出了一种名为HCI的高阶相关性集成框架，用于单细胞或批量RNA-seq数据分析，通过高阶相关矩阵与模式融合分析（PFA）实现高维数据特征提取 | HCI利用高阶Pearson相关系数突出噪声输入数据集下的潜在模式，提高样本聚类的准确性和鲁棒性；PFA能从不同输入矩阵中有效识别内在样本模式 | NA | 提高样本类型量化或标记的质量，理解复杂疾病的关键步骤 | 单细胞和批量RNA-seq数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | RNA-seq | 高阶相关矩阵 | RNA-seq数据 | 四组单细胞RNA-seq数据集，TCGA和GEO数据集 |
| 636 | 2024-08-09 |
scMatch: a single-cell gene expression profile annotation tool using reference datasets
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz292
PMID:31028376
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研究论文 | 介绍了一种名为scMatch的单细胞基因表达谱注释工具，通过识别大型参考数据集中最接近的匹配来直接注释单个细胞 | scMatch能够快速且稳健地注释单细胞，且处理大型参考数据集的能力更强 | NA | 开发一种新的单细胞基因表达谱注释工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 数千个细胞 |
| 637 | 2024-08-09 |
Cell-level somatic mutation detection from single-cell RNA sequencing
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz288
PMID:31028395
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研究论文 | 本文开发了一种名为SCmut的新型统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别携带突变的特定细胞 | SCmut方法通过2D局部错误发现率控制假阳性，提高了单细胞RNA测序数据中突变检测的准确性 | NA | 探索从单细胞RNA测序数据中发现细胞水平突变信息的新方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞水平突变 | 生物信息学 | 乳腺癌，胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 统计方法 | RNA测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 638 | 2024-08-09 |
Continuous-state HMMs for modeling time-series single-cell RNA-Seq data
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz296
PMID:31038684
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研究论文 | 本文开发了一种基于连续状态隐马尔可夫模型（CSHMMs）的新方法，用于表示和建模时间序列单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据 | 提出了基于CSHMMs的方法，能够准确推断分支拓扑结构并连续地分配细胞到路径上，改善了先前方法的性能 | NA | 重建时间序列单细胞RNA测序数据的发展轨迹 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 连续状态隐马尔可夫模型（CSHMMs） | 时间序列数据 | 多个发育单细胞数据集 |
| 639 | 2024-08-09 |
Childhood cerebellar tumours mirror conserved fetal transcriptional programs
2019-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1158-7
PMID:31043743
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析了超过60,000个来自发育中鼠小脑的细胞，发现不同分子亚型的儿童小脑肿瘤与特定时间限制的小脑谱系细胞的转录模式相似 | 首次通过单细胞转录组学揭示了儿童小脑肿瘤与胎儿小脑细胞转录程序的相似性 | NA | 探讨小脑肿瘤的起源和发展机制 | 小脑肿瘤及其与胎儿小脑细胞的关系 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过60,000个细胞 |
| 640 | 2024-08-09 |
Neocortical Projection Neurons Instruct Inhibitory Interneuron Circuit Development in a Lineage-Dependent Manner
2019-06-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.03.036
PMID:31027966
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研究论文 | 本文研究了新皮质投射神经元如何以谱系依赖的方式指导抑制性中间神经元电路的发育 | 通过敲除转录因子Satb2，诱导内丘脑间质型投射神经元转变为锥体束型身份，观察到这种转变对来自尾侧神经节隆起（CGE）的中间神经元的层化和电路整合的特异性影响 | NA | 探讨投射神经元亚型身份对抑制性中间神经元发育的影响 | 新皮质投射神经元和抑制性中间神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 控制组和实验组小鼠 |