单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2024-08-09	A stochastic model of adult neurogenesis coupling cell cycle progression and differentiation 2019-08-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2019.05.014 PMID:31128140	研究论文	本文开发了一个随机模型，研究神经干细胞（NSCs）细胞周期进展与分化之间的耦合对成年脑组织稳态的影响	本文首次提出并验证了神经干细胞细胞周期进展与分化之间的正向耦合关系对维持成年脑组织稳态的重要性	NA	研究神经干细胞细胞周期进展与分化之间的耦合对成年脑组织稳态的影响	神经干细胞（NSCs）及其在成年脑组织稳态中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	随机模型	基因表达数据	NA
582	2024-08-09	Inferring the Evolution and Progression of Small-Cell Lung Cancer by Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells 2019-08-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3571 PMID:31113842	研究论文	本研究通过单细胞测序循环肿瘤细胞（CTC）来推断小细胞肺癌（SCLC）的演变和进展	建立了基于单个CTC的10-CNA评分作为SCLC患者初始化疗结果的分类器，并展示了CTC中单细胞测序在SCLC中的应用潜力	NA	探讨单细胞测序CTC作为推断SCLC演变和进展方法的适用性	小细胞肺癌患者及其循环肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	细胞	48名连续诊断的小细胞肺癌患者
583	2024-08-09	GEPIA2: an enhanced web server for large-scale expression profiling and interactive analysis 2019-07-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz430 PMID:31114875	research paper	本文介绍了GEPIA2，一个基于TCGA和GTEx数据库的肿瘤和正常样本基因表达分析的增强型网络服务器	GEPIA2将基因表达量化从基因水平扩展到转录本水平，支持特定癌症亚型的分析和亚型间的比较，并采用了受单细胞测序研究启发的新的基因签名量化技术	NA	提供更高分辨率和更多功能的基因表达分析	肿瘤和正常样本的基因表达	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	198,619个转录本和84种癌症亚型
584	2024-08-09	cDC1s: New Orchestrators of Tissue Innate Immunity 2019-07, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2019.05.002 PMID:31133464	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了I型常规树突状细胞（cDC1s）在细菌感染皮肤中的作用，发现激活的cDC1s亚群通过产生VEGF-α对中性粒细胞招募至关重要	揭示了cDC1s在抗原呈递之外的关键功能	NA	探讨cDC1s在组织先天免疫中的新作用	I型常规树突状细胞（cDC1s）在细菌感染皮肤中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
585	2024-08-09	A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia 2019-06-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.04.040 PMID:31130381	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术定义了小鼠骨髓基质细胞的分类及其在恶性肿瘤中的扰动	首次详细描述了骨髓基质细胞的十七个亚群，并揭示了急性髓系白血病对这些亚群的影响	NA	研究骨髓基质细胞在正常状态和白血病状态下的分类及其功能变化	骨髓基质细胞及其在白血病中的变化	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠骨髓基质细胞的十七个亚群
586	2024-08-09	Lgr5+ stem and progenitor cells reside at the apex of a heterogeneous embryonic hepatoblast pool 2019-06-12, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.174557 PMID:31142540	研究论文	本研究揭示了在小鼠胚胎发育过程中，肝细胞祖细胞（hepatoblasts）的转录和功能异质性，并发现了一个新的早期胆管细胞命运承诺的亚群，以及表达成人干细胞标记物的双潜能肝祖细胞亚群。	本研究首次展示了hepatoblasts的转录和功能异质性，并发现了新的早期胆管细胞命运承诺的亚群，以及表达成人干细胞标记物的双潜能肝祖细胞亚群。	NA	研究小鼠胚胎发育过程中肝细胞祖细胞的异质性及其功能。	小鼠胚胎发育过程中的肝细胞祖细胞（hepatoblasts）。	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及E9.5-E10.0的肝细胞祖细胞亚群
587	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing unveils the shared and the distinct cytotoxic hallmarks of human TCRVδ1 and TCRVδ2 γδ T lymphocytes 2019-06-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1818488116 PMID:31118283	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类TCRVδ1和TCRVδ2 γδ T淋巴细胞的共同和独特的细胞毒性标志	首次通过高分辨率聚类和基因签名组合在大规模scRNA-seq数据集中特异性检测和识别人类γδ T淋巴细胞及其TCRVδ1和TCRVδ2亚群	NA	研究人类γδ T淋巴细胞的细胞毒性标志及其在不同条件下的特性	人类γδ T淋巴细胞及其TCRVδ1和TCRVδ2亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个来自不同CMV和CMV供体的单个γδ T淋巴细胞
588	2024-08-09	Benchmarking single cell RNA-sequencing analysis pipelines using mixture control experiments 2019-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0425-8 PMID:31133762	研究论文	本文通过混合控制实验生成单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基准数据集，并比较了多种数据分析方法的性能	提出了一个包含单细胞和混合细胞或RNA的现实基准实验，用于系统比较多种scRNA-seq分析方法	NA	为scRNA-seq分析方法提供一个全面的基准框架	单细胞RNA测序数据分析方法的性能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	14个数据集，包含来自多达五个不同癌细胞系的细胞
589	2024-08-09	Molecular Logic of Spinocerebellar Tract Neuron Diversity and Connectivity 2019-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.113 PMID:31141687	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传操作技术，探讨了脊髓小脑束神经元（SCTNs）多样性和连接性的分子逻辑。	首次揭示了Hox基因在SCTN亚型特异性转录程序中的作用，以及这些基因在神经回路组装中的关键角色。	NA	阐明脊髓小脑束神经元多样性和连接性的分子机制。	脊髓小脑束神经元（SCTNs）及其在感觉信息传递中的作用。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
590	2024-08-09	Single-Cell Transcriptional Profiling of Aortic Endothelium Identifies a Hierarchy from Endovascular Progenitors to Differentiated Cells 2019-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.102 PMID:31141696	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了主动脉内皮细胞的异质性及其从内皮祖细胞到分化细胞的层次结构	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了主动脉内皮细胞的亚群及其层次结构，并验证了这些细胞群的异质性	NA	阐明循环系统内皮细胞的细胞和分子特征	主动脉内皮细胞的异质性及其层次结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
591	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Estrogen Signaling Coordinately Augments One-Carbon, Polyamine, and Purine Synthesis in Breast Cancer 2019-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.05.047 PMID:31141700	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
592	2024-08-09	Dissecting lung development and fibrosis at single-cell resolution 2019-05-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-019-0645-7 PMID:31126351	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术，对肺部发育和纤维化过程中的细胞群体进行了高分辨率分析	本文创新性地使用单细胞RNA测序技术，研究了肺部发育和纤维化疾病中免疫细胞与组织成分的相互作用机制	NA	研究肺部发育和纤维化过程中的细胞机制	肺部发育和纤维化过程中的细胞群体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
593	2024-08-09	Systematic expression analysis of ligand-receptor pairs reveals important cell-to-cell interactions inside glioma 2019-05-22, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-019-0363-1 PMID:31118022	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了胶质瘤内部细胞间的相互作用	首次利用单细胞RNA测序数据和TCGA数据，系统地揭示了胶质瘤内部细胞间的相互作用，并构建了预测胶质瘤患者预后的机器学习模型	NA	揭示胶质瘤内部细胞间的相互作用，并发现潜在的预后标志物	胶质瘤细胞及其相互作用	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	6341个胶质瘤细胞
594	2024-08-09	Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species 2019-05-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004 PMID:31121116	研究论文	本文介绍了scCoGAPS和projectR工具，用于从源单细胞RNA测序数据集定义潜在空间，并通过迁移学习在独立目标数据集中评估这些潜在空间	提出了scCoGAPS和projectR工具，通过迁移学习在不同生物学背景下识别共享的生物学特征，超越了依赖标记基因或整体分子身份的传统方法	NA	探索单细胞RNA测序数据通过潜在空间表示的分析方法	单细胞RNA测序数据集及其在不同组织和物种中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括发育中的小鼠视网膜、成年小鼠视网膜、人类视网膜发育时间序列、发育中的大脑单细胞RNA测序数据集、染色质可及性数据和鼠细胞类型图谱
595	2024-08-09	Wnt Signaling Separates the Progenitor and Endocrine Compartments during Pancreas Development 2019-05-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.083 PMID:31116975	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析人胚胎干细胞在球状聚集体中分化时，Wnt信号通路在胰腺发育中分离祖细胞和内分泌细胞区室的作用	揭示了Wnt信号通路抑制在体外分化过程中对内分泌细胞比例增加的作用，为1型糖尿病治疗提供了新的见解	NA	探索体外分化过程中人胚胎干细胞自主反应，提高分化效率并控制细胞群体的最终组成	人胚胎干细胞在球状聚集体中的分化过程及Wnt信号通路的作用	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
596	2024-08-09	An Atlas of Vagal Sensory Neurons and Their Molecular Specialization 2019-05-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.096 PMID:31116992	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术对神经嵴（颈静脉）和基板（结节）来源的迷走神经节中的神经元类型进行了全面的识别、分类和验证	本文揭示了来自不同胚胎起源的神经元之间的重要差异，并发现了多种先前未预料到的神经元类型	NA	研究迷走神经的感觉功能及其在心血管和胃肠道系统中的作用	迷走神经节中的神经元类型及其分子特化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
597	2024-08-09	Differential microglia and macrophage profiles in human IDH-mutant and -wild type glioblastoma 2019-May-03, Oncotarget DOI:10.18632/oncotarget.26863 PMID:31139325	研究论文	本研究通过流式细胞术、免疫荧光技术和单细胞RNA测序，比较了IDH突变型和野生型胶质母细胞瘤中与肿瘤相关的微胶质细胞和巨噬细胞的差异	首次直接比较了未经治疗的IDH突变型与野生型胶质母细胞瘤中与肿瘤相关的微胶质细胞和巨噬细胞的差异	研究样本仅限于四个未经治疗的IDH突变型胶质母细胞瘤	探讨IDH突变型和野生型胶质母细胞瘤中微胶质细胞和巨噬细胞的差异及其对预后的影响	IDH突变型和野生型胶质母细胞瘤中的微胶质细胞和巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞	四个未经治疗的IDH突变型胶质母细胞瘤
598	2024-08-09	NormExpression: An R Package to Normalize Gene Expression Data Using Evaluated Methods 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00400 PMID:31114611	研究论文	本文介绍了一个名为NormExpression的R包，用于使用评估方法对基因表达数据进行标准化	提出了一种新的评估指标AUCVC，并结合mSCC评估了14种常用标准化方法，确保了指标和数据集的一致性	NA	旨在建立指导标准化方法评估的原则，并提供一个框架帮助研究人员选择最佳标准化方法	基因表达数据的标准化方法及其评估	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	基因表达数据	使用scRNA-seq和bulk RNA-seq数据评估了14种常用标准化方法
599	2024-08-09	Tracking tumor evolution one-cell-at-a-time 2019, Molecular & cellular oncology IF:2.6Q3 DOI:10.1080/23723556.2019.1590089 PMID:31131309	研究论文	本文利用单细胞转录组学研究了口腔鳞状细胞癌中表型性肿瘤内异质性对药物诱导肿瘤演化的影响	采用单细胞转录组学技术，从单细胞层面追踪肿瘤演化	NA	探究肿瘤内异质性对药物治疗反应的影响	口腔鳞状细胞癌中的肿瘤内异质性	数字病理学	口腔癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	来自患者的原代细胞
600	2024-08-09	Aging Human Hematopoietic Stem Cells Manifest Profound Epigenetic Reprogramming of Enhancers That May Predispose to Leukemia 2019-08, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-18-1474 PMID:31085557	研究论文	研究揭示了人类造血干细胞随着年龄增长出现的表观遗传重编程现象，这种重编程可能增加患白血病的风险	首次综合分析了人类正常衰老过程中造血干细胞的表观基因组和转录组变化，特别是单细胞RNA测序的应用	NA	探讨年龄相关的造血干细胞表观遗传重编程及其与白血病风险的关联	人类造血干细胞的表观遗传和转录组变化	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及4,646个活跃增强子、3,091个双价启动子以及多个表观遗传修饰因子和关键造血转录因子