单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-05	Systematic comparative analysis of single-nucleotide variant detection methods from single-cell RNA sequencing data 2019-11-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1863-4 PMID:31744515	研究论文	本研究对七种单核苷酸变异(SNV)检测工具的性能进行了系统比较	本研究首次为scRNA-seq数据评估了不同SNV检测工具的性能	在低读深度和特定基因组环境下，灵敏度显著降低	评估单细胞RNA测序中SNV检测工具的性能	七种SNV检测工具，包括SAMtools、GATK管道等	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	模拟数据和scRNA-seq数据	涉及七种工具的比较
42	2024-08-05	Subsets of mononuclear phagocytes are enriched in the inflamed colons of patients with IBD 2019-11-12, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-019-0322-z PMID:31718550	研究论文	本文分析了炎症性肠病（IBD）患者结肠组织中单核巨噬细胞亚群的富集情况	首次聚焦于炎症性肠病患者结肠中单核巨噬细胞的富集特征及其与疾病严重程度的相关性	未深入探讨这些免疫细胞与其他细胞在肠道微环境中的相互作用	研究单核巨噬细胞在IBD中的作用及其在结肠炎症中的富集情况	IBD患者的结肠活检样本	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	来自不同肠道位置和疾病严重程度的多种样本
43	2024-08-05	Building gene regulatory networks from scATAC-seq and scRNA-seq using Linked Self Organizing Maps 2019-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006555 PMID:31682608	研究论文	本文介绍了一种利用自组织映射（SOM）将scATAC-seq区域与scRNA-seq基因连接的新方法。	提出了一种新的方法克服了现有分析方法在处理高噪声和稀疏数据集时的挑战，并能够生成草图式的调节网络。	该方法可能仍依赖于特定的时间序列分析和细胞类型的多样性。	研究的目的是开发一种新的分析方法，以整合不同单细胞测定的数据。	研究对象为小鼠前B细胞分化过程中的基因表达和染色质数据。	数字病理学	NA	scATAC-seq 和 scRNA-seq	自组织映射（SOM）	基因组数据	NA
44	2024-08-05	LAmbDA: label ambiguous domain adaptation dataset integration reduces batch effects and improves subtype detection 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz295 PMID:31038689	研究论文	本文开发了一种独立于物种和数据集的迁移学习框架LAmbDA，旨在减少批次效应并改善细胞亚型检测	LAmbDA框架能够在多个数据集和物种之间进行模型训练，解决了标记模糊的问题并提高了细胞亚型识别的准确性	研究主要集中在模拟数据和特定组织（如胰腺和大脑）上，可能在其他实际后台数据中的表现尚不明确	研究旨在开发一种新的方法，减少数据集间的系统偏差，并提高细胞亚型的分类精度	研究对象为不同物种和组织的单细胞RNA测序数据集中的细胞亚型	生物计算	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	前馈神经网络（Feedforward Neural Network）	单细胞RNA测序数据	模拟数据集1: n/a; 模拟数据集2: n/a; 胰腺数据集: n/a; 大脑数据集: n/a
45	2024-08-05	Heterogeneity and plasticity in healthy and atherosclerotic vasculature explored by single-cell sequencing 2019-Oct-01, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvz185 PMID:31350876	综述	文章探讨了通过单细胞测序研究健康和动脉粥样硬化血管中的异质性和可塑性。	提出了异质性和可塑性的定义，并通过单细胞测序探讨了血管中的新知识。	当前单细胞测序研究在重复次数、细胞数量和空间信息的丧失方面存在一些局限性。	研究单细胞测序在揭示血管异质性中的应用及其局限性。	研究了健康和动脉粥样硬化血管中的细胞异质性和可塑性。	数字病理学	动脉粥样硬化	单细胞测序（SCS）	NA	RNA序列数据	使用了不同数量的细胞，具体数量不详
46	2024-08-05	Decoding human fetal liver haematopoiesis 2019-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1652-y PMID:31597962	research paper	本文研究了人类胎儿肝脏中的确定性造血过程	通过单细胞转录组分析，揭示了人类发育过程中血液和免疫细胞的谱系	在对人类的理解方面仍然有限，特别是在特定的微环境影响下	探讨胎儿肝脏中的造血干细胞和多能前体的自我更新及分化机制	大约140,000个肝脏细胞和74,000个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	约140,000个肝脏细胞和74,000个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞
47	2024-08-05	Embracing Systems Toxicology at Single-Cell Resolution 2019-Aug, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2019.04.003 PMID:31768481	研究论文	本文探讨了单细胞分辨率下的系统毒理学。	介绍了单细胞RNA测序如何改变系统毒理学研究，能够敏感地检测细胞变化并精确识别受毒物影响的细胞	NA	研究系统毒理学在单细胞解析中的应用	主要集中在通过单细胞技术研究细胞特定的变化和响应轨迹	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
48	2024-08-05	Global prediction of chromatin accessibility using small-cell-number and single-cell RNA-seq 2019-11-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz716 PMID:31428792	研究论文	本文展示了如何使用RNA-seq全球预测染色质可及性并推断调控元件活性	本文提出了一种基于RNA-seq的预测方法，能在样本细胞数量有限的情况下提供比ATAC-seq更高的准确性	虽然RNA-seq在小细胞数量样本中表现良好，但信号的精确性和噪声问题依然存在	研究如何使用RNA-seq实现染色质可及性的预测	涉及30个细胞的样本以及与ATAC-seq和scATAC-seq的比较	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因组数据	30个细胞
49	2024-08-05	IL-2 production by self-reactive CD4 thymocytes scales regulatory T cell generation in the thymus 2019-11-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20190993 PMID:31434685	研究论文	本研究探讨了自反应CD4胸腺细胞产生的IL-2如何调节胸腺中调节性T细胞的生成	提出了IL-2作为关键环境因子，由自反应CD4SP胸腺细胞产生，从而调控胸腺中Treg细胞的生成规模	未提供对不同类型自反应CD4SP胸腺细胞的全面分析	研究IL-2在胸腺中调节性T细胞生成中的作用	主要研究成熟的CD4单阳性胸腺细胞及其产生的IL-2	免疫学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
50	2024-08-05	Cell-type-specific analysis of alternative polyadenylation using single-cell transcriptomics data 2019-11-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz781 PMID:31501864	研究论文	该文章探讨了使用单细胞转录组数据分析细胞特异性的替代多聚腺苷酸化	提出了一种从单细胞RNA测序数据中分析APA调控模式的方法	对APA的理解仍然处于初步阶段	研究替代多聚腺苷酸化在不同细胞类型中的调控	不同组织的多组数据及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个不同组织的数据集
51	2024-08-05	Applications of single cell RNA sequencing to research of stem cells 2019-Oct-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v11.i10.722 PMID:31692946	综述	该文章探讨了单细胞RNA测序技术在干细胞研究中的应用	强调了单细胞RNA测序在揭示干细胞异质性及其子群体方面的重要性	未提及具体的实验数据或研究局限性	旨在深入理解干细胞的异质性及其潜在的治疗应用	主要研究干细胞的不同亚群体及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
52	2024-08-05	Lgr5 and Col22a1 Mark Progenitor Cells in the Lineage toward Juvenile Articular Chondrocytes 2019-10-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.006 PMID:31522976	研究论文	本文通过谱系追踪研究识别了Lgr5标记的细胞群体在关节组织形成中的贡献	揭示了Lgr5细胞在关节前体的谱系分化及其向关节软骨细胞的进展中的重要性	对谱系标记的细胞在整个关节组织形成过程中的具体作用尚不完全了解	探索关节形成过程中前体细胞的谱系规格化	Lgr5和Col22a1标记的前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	NA
53	2024-08-05	MULTI-seq: sample multiplexing for single-cell RNA sequencing using lipid-tagged indices 2019-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0433-8 PMID:31209384	研究论文	本研究开发了MULTI-seq，一种使用脂质标记指标的单细胞RNA测序多重化方法	MULTI-seq提供了一种通用和可扩展的样本条形码策略，能够对任何细胞类型或细胞核进行标记	目前未提及任何具体的局限性	研究的目的是提高单细胞RNA测序的成本效益和数据质量	研究对象包括主要的人类乳腺上皮细胞和来自患者衍生异种移植小鼠模型的多发性肿瘤及转移部位的细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	96个样本及其他来自肿瘤和转移部位的细胞
54	2024-08-05	The CRISPR-Cas13a Gene-Editing System Induces Collateral Cleavage of RNA in Glioma Cells 2019-Oct-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.201901299 PMID:31637166	研究论文	这篇文章探讨了CRISPR-Cas13a基因编辑系统在胶质瘤细胞中对RNA的附带切割效应。	文章的创新点在于证明了CRISPR-Cas13a系统在EGFRvIII过表达的胶质瘤细胞中诱导了细胞死亡及其附带效应。	文章未提及具体的局限性。	研究CRISPR-Cas13a系统在癌细胞上的潜在应用和机制。	研究对象为EGFRvIII过表达的胶质瘤细胞。	数字病理学	胶质瘤	CRISPR-Cas13a	NA	RNA测序	U87-Cas13a-EGFRvIII细胞，具体样本数量未说明
55	2024-08-05	LTMG: a novel statistical modeling of transcriptional expression states in single-cell RNA-Seq data 2019-10-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz655 PMID:31372654	研究论文	该文章开发了LTMG模型以捕捉单细胞RNA-seq数据中的基因表达状态的多样性	LTMG模型通过处理低表达和零表达的数据，提供了对单细胞基因表达状态的多重模式的推断	NA	研究单细胞RNA-seq数据中基因表达状态的建模	单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	混合高斯模型	基因表达数据	大量scRNA-seq数据
56	2024-08-05	High-definition spatial transcriptomics for in situ tissue profiling 2019-10, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0548-y PMID:31501547	research paper	开发了一种高分辨率空间转录组技术，用于组织分析	提出了一种高分辨率的空间转录组学方法，能够同时捕捉空间和分子特征	在摘要中未提及具体的局限性	实现组织的高分辨率空间分析	鼠脑和原发性乳腺癌的组织样本	数字病理学	乳腺癌	高分辨率空间转录组学	NA	RNA	数十万条转录组相关空间条形码
57	2024-08-05	A single-cell transcriptome atlas of the adult human retina 2019-09-16, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2018100811 PMID:31436334	研究论文	这篇文章创建了一个成人人类视网膜的单细胞转录组图谱	文章识别了18种转录上不同的细胞群体，并提出了MALAT1在视网膜感光细胞退化中的新角色	未提及具体的局限性	全面剖析人类视网膜的分子特征	研究了来自三名捐赠者的20,009个细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	20,009个细胞
58	2024-08-05	Self-assembling manifolds in single-cell RNA sequencing data 2019-09-16, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.48994 PMID:31524596	研究论文	该文章提出了一种自组装流形算法，用于改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维。	自组装流形算法（SAM）是一种迭代软特征选择策略，能够量化基因相关性并改善降维效果。	在细胞之间生物相关差异细微的情况下，识别相关基因仍然具有挑战性	研究单细胞RNA测序数据中的基因选择和降维技术	不同细胞类型的基因表达数据	数字病理学	NA	NA	NA	RNA测序数据	56个数据集
59	2024-08-05	A comparison of automatic cell identification methods for single-cell RNA sequencing data 2019-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1795-z PMID:31500660	研究论文	本文对22种自动细胞识别方法在单细胞RNA测序数据中的性能进行了比较评估	创新点在于比较了多种分类方法在不同数据集上的表现，并提供了代码和工作流以支持新方法的扩展	在处理复杂数据集时，某些分类器的准确性有所下降	研究自动细胞识别的方法，以提高单细胞转录组学分析的效率和 reproducibility	22种分类方法及其在27个单细胞RNA测序数据集上的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	支持向量机	RNA测序数据	27个公开可用单细胞RNA测序数据集
60	2024-08-05	Redefining the Etiologic Landscape of Cerebellar Malformations 2019-09-05, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2019.07.019 PMID:31474318	研究论文	本研究系统地分析小脑畸形的遗传和非遗传病因.	首次通过大范围外显子测序研究小脑畸形的遗传基础，并揭示了遗传缺陷对特定小脑细胞类型的影响.	虽然确认了遗传因素，但只有少数案例涉及多个个体，且非遗传因素在小脑异常中占有重大比例.	阐明小脑畸形的病因，特别是Dandy-Walker畸形和小脑发育不良的遗传背景.	涉及282名来自100个家庭的个体，主要针对Dandy-Walker畸形和小脑发育不良进行分析.	数字病理学	NA	外显子测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	282名个体