单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2024-08-09	The immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis 2019-07, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0398-x PMID:31209404	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了狼疮性肾炎患者和健康对照者的肾脏样本，揭示了21种在疾病中活跃的白细胞亚群	首次详细描述了狼疮性肾炎患者肾脏中多种免疫细胞亚群的活性和反应，包括促炎和抗炎反应	NA	开发狼疮性肾炎的疾病机制假设	狼疮性肾炎患者和健康对照者的肾脏样本	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个狼疮性肾炎患者和健康对照者的肾脏样本
542	2024-08-09	Navigating the Depths and Avoiding the Shallows of Pancreatic Islet Cell Transcriptomes 2019-07, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/dbi18-0019 PMID:31221802	观点	本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）在提高我们对β细胞异质性理解方面的能力，并探讨了单细胞分辨率下基因表达检测的局限性及其对单胰岛细胞转录组数据质量的影响	采用单细胞RNA测序技术，揭示了人类和鼠类β细胞的显著异质性	单细胞分辨率下基因表达检测的局限性可能影响单胰岛细胞转录组数据的质量	评估单细胞RNA测序在理解β细胞异质性方面的应用及其局限性	人类β细胞的转录组数据	基因组学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	多个单人类β细胞转录组数据集
543	2024-08-09	Single-cell sequencing of neonatal uterus reveals an Misr2+ endometrial progenitor indispensable for fertility 2019-06-24, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46349 PMID:31232694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Misr2+细胞在新生小鼠子宫中的持久性及其对生育能力的影响	首次揭示了新生小鼠子宫中Misr2+细胞的持久性及其在生育中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，对人类的具体影响尚需进一步研究	探究Misr2+细胞在新生子宫发育中的作用及其对生育能力的影响	新生小鼠和人类的子宫中的Misr2+细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
544	2024-08-09	Integrative inference of subclonal tumour evolution from single-cell and bulk sequencing data 2019-06-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10737-5 PMID:31227714	研究论文	本文介绍了B-SCITE方法，该方法首次从单细胞和批量测序数据中推断肿瘤的亚克隆进化	B-SCITE是首个结合单细胞和批量测序数据来推断肿瘤谱系的方法，其在树重建精度和亚克隆识别方面优于现有方法	NA	理解肿瘤的克隆结构和进化历史，以克服由于耐药细胞群导致的治疗失败	肿瘤的亚克隆进化	数字病理学	NA	单细胞测序和批量测序	NA	单细胞和批量测序数据	数量适中的单细胞样本和受拷贝数变化影响的批量等位基因频率数据
545	2024-08-09	Fcmr regulates mononuclear phagocyte control of anti-tumor immunity 2019-06-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10619-w PMID:31213601	研究论文	本文研究了Fcmr（Toso）在调节髓系细胞对肿瘤免疫控制中的作用	首次展示了Fcmr在调节髓系细胞对肿瘤免疫反应中的作用，并发现Fcmr缺陷增强了抗肿瘤免疫	NA	探究Fcmr在肿瘤微环境中对髓系细胞功能的调节作用	Fcmr在髓系细胞中的作用及其对肿瘤免疫的影响	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
546	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Identifies the Adaptation of Scart1+ Vγ6+ T Cells to Skin Residency as Activated Effector Cells 2019-06-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.05.064 PMID:31216482	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，揭示了IL-17产生型Vγ6 T细胞在皮肤中的组织特异性适应及其作为效应细胞的持久性	首次通过单细胞RNA测序技术，识别出IL-17产生型Vγ6 T细胞在皮肤中的高度同质性Scart1群体，并揭示了其在皮肤中的组织特异性基因表达特征	NA	探讨IL-17产生型γδ T细胞在不同组织间的交换及其组织特异性适应机制	IL-17产生型Vγ6 T细胞及其在皮肤中的适应性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
547	2024-08-09	Multiplex RNA single molecule FISH of inducible mRNAs in single yeast cells 2019-06-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-019-0106-6 PMID:31209217	研究论文	研究使用RNA单分子荧光原位杂交（smFISH）技术，在单个酵母细胞中定量分析STL1和CTT1 mRNA在盐胁迫下的动力学表达。	smFISH技术相比单细胞测序提供了更准确的RNA水平量化，并能直接观察转录本的亚细胞定位。	NA	探索smFISH分析如何生成改进的基因表达模型，并研究转录调控的基本过程。	STL1和CTT1 mRNA在单个酿酒酵母细胞中的动力学表达。	分子生物学	NA	RNA单分子荧光原位杂交（smFISH）	NA	图像	单个酿酒酵母细胞
548	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Precision Medicine 2019, Cancer treatment and research DOI:10.1007/978-3-030-16391-4_9 PMID:31209848	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在精准医学中的应用及其对癌症研究和治疗的影响	单细胞基因组学是一个新兴领域，它增强了我们对癌症复杂生物系统中细胞遗传多样性的理解	NA	探索单细胞测序技术在精准癌症治疗中的应用潜力	癌症细胞的基因表达、DNA变异、表观遗传状态和核结构	数字病理学	癌症	下一代测序	NA	基因组数据	单个细胞
549	2024-08-09	DECENT: differential expression with capture efficiency adjustmeNT for single-cell RNA-seq data 2019-12-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz453 PMID:31197307	研究论文	本文介绍了一种名为DECENT的方法，用于单细胞RNA-seq数据的差异表达分析，该方法明确且准确地模拟了单细胞RNA-seq实验中的分子捕获过程	DECENT方法在差异表达分析中明确地模拟了dropout事件，相较于不明确模拟dropout的现有方法，显示出改进的性能	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA-seq数据差异表达分析的准确性	单细胞RNA-seq数据的差异表达分析	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个公共单细胞RNA-seq数据集
550	2024-08-09	Large scale control and programming of gene expression using CRISPR 2019-12, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2019.05.013 PMID:31181342	综述	本文综述了CRISPR-Cas9技术在大规模基因扰动研究中的应用，包括单基因和多基因敲除、敲低、敲高库及其相关筛选方法，并特别强调了这些方法与单细胞转录组学方法的结合，以及在构建合成回路控制细胞状态中的应用。	CRISPR-Cas9技术因其高特异性、兼容多种生物以及设计灵活性而超越了其他基因调控系统。	NA	探讨CRISPR-Cas9技术在大规模基因表达控制和生物响应重编程中的应用。	CRISPR-Cas9技术及其在基因扰动研究和细胞状态控制中的应用。	基因工程	NA	CRISPR-Cas9	NA	基因表达数据	NA
551	2024-08-09	RNA-based diagnostic and therapeutic strategies for cardiovascular disease 2019-11, Nature reviews. Cardiology DOI:10.1038/s41569-019-0218-x PMID:31186539	综述	本文综述了基于RNA的诊断和治疗策略在心血管疾病中的应用	介绍了下一代测序技术、功能性高通量RNA筛选和单细胞测序技术在筛选心血管疾病诊断和治疗RNA候选物中的应用	许多非编码RNA尚未被功能性注释，限制了潜在RNA诊断和治疗目标的数量	总结和探讨基于RNA的诊断和治疗策略在心血管疾病中的应用和潜力	非编码RNA如microRNAs、长非编码RNA和环状RNA在心血管疾病中的诊断和治疗潜力	NA	心血管疾病	下一代测序技术	NA	RNA	NA
552	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals the landscape of intra-tumoral heterogeneity and stemness-related subpopulations in liver cancer 2019-09-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2019.06.002 PMID:31195060	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肝癌内部异质性和与干细胞特性相关的亚群	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了肝癌内部的异质性，并识别出可能与干细胞特性相关的新亚克隆	研究主要集中在体外和裸鼠模型中，需要进一步的临床验证	探索肝癌内部的异质性及其与干细胞特性相关亚群的关系	肝癌细胞及其亚群	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中明确
553	2024-08-09	Detachable Acoustophoretic System for Fluorescence-Activated Sorting at the Single-Droplet Level 2019-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.9b01708 PMID:31179691	研究论文	本文介绍了一种新型荧光激活液滴分选系统，利用高聚焦表面声波实现单细胞液滴的高精度、高产量分离	该系统采用可拆卸的声波分选技术，通过微柱波导结构将声波局部耦合到微流控通道中，实现了单细胞液滴的快速准确分离，并避免了交叉污染	NA	开发一种能够高效、高精度分离单细胞液滴的新技术，以满足高通量分析的需求	单细胞液滴的分选	微流控技术	NA	表面声波（HFSAW）	NA	液滴	三种不同封装内容的单细胞液滴，分选速率约为1 kHz，纯度高于90%
554	2024-08-09	Cross-Species Single-Cell Analysis of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Reveals Antigen-Presenting Cancer-Associated Fibroblasts 2019-08, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0094 PMID:31197017	研究论文	本文通过跨物种的单细胞RNA测序分析，深入研究了人鼠胰腺导管腺癌中的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）及其在肿瘤微环境中的作用	本文发现并定义了一类新的表达MHC II类分子和CD74的CAF亚型，即抗原呈递CAF，这些细胞能够在模型系统中以抗原特异性的方式激活CD4 T细胞	NA	研究胰腺导管腺癌中肿瘤相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤免疫和进展中的作用	人鼠胰腺导管腺癌中的肿瘤相关成纤维细胞及其亚型	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人和鼠的胰腺导管腺癌肿瘤样本
555	2024-08-09	Single-molecule long-read sequencing reveals the chromatin basis of gene expression 2019-08, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.251116.119 PMID:31201211	研究论文	本文介绍了一种新的实验方法MeSMLR-seq，用于在单分子水平上进行长程核小体和染色质可及性的映射	MeSMLR-seq方法能够直接测量单个DNA分子上的核小体占据和核小体排除区域，这在现有方法中是具有挑战性的	NA	研究染色质可及性与基因转录之间的正相关关系，并探索在转录重编程过程中相邻基因的染色质变化	单细胞水平上的长程核小体和染色质可及性	基因组学	NA	单分子长读序列(MeSMLR-seq)	NA	DNA序列	多达356个核小体的单细胞酵母DNA分子
556	2024-08-09	Learning common and specific patterns from data of multiple interrelated biological scenarios with matrix factorization 2019-07-26, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz488 PMID:31175825	研究论文	本文提出了一种名为CSMF的灵活框架，通过矩阵分解从多个相关生物场景的数据中同时揭示共同和特定模式	CSMF框架将整合和差异分析结合到一个范式中，有效揭示了多模态数据中的组合模式	NA	开发一种新的方法来分析和整合来自多个相关生物场景的高通量生物数据	来自不同细胞系、癌症类型和人类胚胎干细胞分化时间点的ChIP-seq和RNA-seq数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	矩阵分解	基因组数据	包括K562和Huvec细胞系、两种不同癌症的表达谱、三种乳腺癌亚型以及人类胚胎干细胞分化在六个时间点的单细胞RNA-seq数据
557	2024-08-09	Cell-Intrinsic Wnt4 Influences Conventional Dendritic Cell Fate Determination to Suppress Type 2 Immunity 2019-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1900363 PMID:31175162	研究论文	研究探讨了Wnt4在常规树突状细胞（cDC）亚群分化和类型2免疫中的作用	首次揭示了Wnt4在cDC亚群分化和类型2免疫中的新作用	NA	探究Wnt4在常规树突状细胞亚群分化和类型2免疫中的作用	Wnt4在常规树突状细胞亚群分化中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序分析，流式细胞术	NA	RNA	使用了CD11cWnt4小鼠和CD11c对照小鼠的骨髓样本
558	2024-08-09	A Subset of Skin Macrophages Contributes to the Surveillance and Regeneration of Local Nerves 2019-06-18, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.05.009 PMID:31201094	研究论文	本文研究了皮肤中组织巨噬细胞的后天发育及其分化为不同亚群的过程，并探讨了这些巨噬细胞在神经监测和再生中的作用。	通过单细胞转录组学、命运图谱和成像技术，识别出一种在出生前就已种子的皮肤巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞与感觉神经有特定的相互作用，并在神经监测和髓鞘修剪中发挥作用。	NA	研究皮肤中组织巨噬细胞的功能特化和其在神经监测与再生中的作用。	皮肤中的组织巨噬细胞及其在神经监测和再生中的作用。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
559	2024-08-09	Integration of Single-Cell Genomics Datasets 2019-06-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.05.034 PMID:31199914	研究论文	Welch等人与Stuart等人提出了一种新颖的技术，用于整合跨多个平台、个体和物种的单细胞RNA测序数据集，并扩展这些策略以映射具有表观遗传特性和原位转录组分析的RNA测序数据集之间的细胞类型。	该研究开发了新的技术来整合不同来源的单细胞RNA测序数据，并能够将信息在不同数据集和空间方法之间转移。	NA	研究目的是开发和扩展技术，以整合和比较复杂生物系统中的细胞群体。	单细胞RNA测序数据集及其在不同平台、个体和物种间的整合。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
560	2024-08-09	Combining gene ontology with deep neural networks to enhance the clustering of single cell RNA-Seq data 2019-Jun-10, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2769-6 PMID:31182005	研究论文	本文提出了一种结合基因本体论（GO）和深度神经网络的方法，用于增强单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类效果	本文提出了两种新方法：GOAE（基因本体论自编码器）和GONN（基因本体论神经网络），通过将GO与无监督和监督模型结合，提高了维度降低的效果	NA	开发新的计算方法以确保单细胞基因表达数据得到适当解释	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	基因表达数据	大量细胞