单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-08-09	Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data 2019-Jul-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2952-9 PMID:31286861	研究论文	本文介绍了一种通过专门训练的自动编码器从单细胞mRNA测序数据中解卷积生物调控模块的方法	该方法不仅能够泛化数据，还能分离出生物学上有意义的模块，这些模块编码在网络的表示层中	NA	探索通过自动编码器从单细胞mRNA测序数据中提取生物学上有意义的模块	单细胞mRNA测序数据中的生物调控模块	机器学习	NA	scRNA-seq	自动编码器	mRNA测序数据	NA
502	2024-08-09	Accurate estimation of cell-type composition from gene expression data 2019-07-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10802-z PMID:31278265	研究论文	本文开发了一种新算法，用于从单细胞RNA测序衍生的细胞类型特征中估计批量数据的细胞类型组成	该方法比现有方法更准确和全面，特别是在估计稀有细胞类型方面，并能检测外部扰动下的细胞类型组成变化	NA	开发一种有效的方法从批量RNA测序数据中提取信息，以利用单细胞方法获得的新知识	批量RNA测序数据的细胞类型组成	基因表达	NA	RNA测序	算法	基因表达数据	使用多种真实的RNA测序数据集进行比较
503	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of a European and an African lymphoblastoid cell line 2019-07-04, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-019-0116-4 PMID:31273215	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了来自欧洲和非洲血统女性的淋巴母细胞系GM12878和GM18502的基因表达	提供了高度均一细胞群体中单细胞基因表达的宝贵信息，并有助于开发数据标准化和批次效应校正的统计方法	NA	研究遗传变异对人类基因表达的影响	欧洲和非洲血统女性的淋巴母细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共包含7,045个GM12878细胞，5,189个GM18502细胞和5,820个混合细胞
504	2024-08-09	An optimised tissue disaggregation and data processing pipeline for characterising fibroblast phenotypes using single-cell RNA sequencing 2019-07-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-45842-4 PMID:31270426	研究论文	本文描述了一种优化的人类肺组织成纤维细胞分离方法，并展示了其在使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）表征基质细胞表型中的潜力	提出了一种优化的组织解离和数据处理流程，以改善成纤维细胞在scRNA-Seq数据集中的表征和聚类质量	NA	优化成纤维细胞的分离和数据处理，以更好地表征其在多细胞生态系统中的作用	成纤维细胞及其在人类肺组织中的表型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	人类肺组织样本
505	2024-08-09	Single-cell RNA-seq variant analysis for exploration of genetic heterogeneity in cancer 2019-07-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-45934-1 PMID:31267007	研究论文	本文开发了一种方法，从单细胞RNA测序数据中提取和分析影响细胞生物学的遗传异质性信息	该方法能够基于单核苷酸变异的遗传变异对细胞进行比较和聚类，揭示了由基于基因表达的方法证实的细胞亚群	同时分析同一细胞中的DNA和RNA仍处于起步阶段	探索癌症中的遗传异质性	单细胞RNA测序数据中的遗传变异	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及淋巴结转移和胶质母细胞瘤患者的细胞样本
506	2024-08-09	Dissecting the transcriptome landscape of the human fetal neural retina and retinal pigment epithelium by single-cell RNA-seq analysis 2019-07, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000365 PMID:31269016	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析人类胎儿神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的转录组景观	揭示了人类神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的时空基因表达网络，并识别了关键的转录因子和疾病相关基因	NA	阐明人类神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的发育分子机制及其相互作用	人类胎儿神经视网膜和视网膜色素上皮细胞	数字病理学	遗传性视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2,421个单细胞
507	2024-08-09	Single-cell analysis reveals T cell infiltration in old neurogenic niches 2019-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1362-5 PMID:31270459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠神经发生微环境中的细胞变化	首次揭示了老年神经发生微环境中T细胞的浸润及其对神经干细胞增殖的抑制作用	NA	探究衰老过程中神经发生微环境的变化及其机制	小鼠的年轻和老年神经发生微环境	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	14,685个单细胞
508	2024-08-09	Somatic mutations and cell identity linked by Genotyping of Transcriptomes 2019-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1367-0 PMID:31270458	研究论文	本文开发了一种名为Genotyping of Transcriptomes (GoT)的方法，结合基因分型与高通量液滴单细胞RNA测序，用于研究体细胞突变如何影响人类造血过程	GoT方法的创新之处在于能够将基因分型与单细胞RNA测序相结合，从而在缺乏表面标记的情况下定义恶性细胞的转录组身份	NA	研究体细胞突变如何影响人类造血过程	来自CALR突变骨髓增生性肿瘤患者的38,290个CD34细胞	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	38,290个CD34细胞
509	2024-08-09	scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells 2019-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1369-y PMID:31292545	研究论文	本文介绍了scSLAM-seq技术，该技术结合代谢RNA标记、生物化学核苷酸转换和单细胞RNA测序，能够区分单个细胞中数千个基因的新旧RNA，从而直接记录转录活性	scSLAM-seq技术能够区分新旧RNA，揭示单细胞转录动力学的真实时间和随机性特征	传统的单细胞RNA测序方法只能提供基因表达的快照，且每个细胞的RNA只能分析一次	研究单细胞转录动力学的核心特征，并解释细胞间转录组异质性的原因	单细胞转录活性、细胞周期状态、感染剂量以及宿主基因表达的'开-关'切换和转录爆发动力学	单细胞RNA测序	NA	scSLAM-seq	NA	RNA	单个细胞中数千个基因
510	2024-08-09	Comprehensive single-cell transcriptome lineages of a proto-vertebrate 2019-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1385-y PMID:31292549	研究论文	本文研究了原脊椎动物Ciona intestinalis的单细胞转录组谱系，涵盖从原肠胚形成到游泳蝌蚪的整个发育过程	首次为Ciona intestinalis的90,000多个细胞确定了单细胞转录组，并构建了虚拟细胞谱系图和临时基因网络	NA	探索原脊椎动物发育中的细胞谱系及其在进化上的起源	Ciona intestinalis的单细胞转录组及其发育过程中的细胞谱系	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	90,000多个细胞
511	2024-08-09	Proteomics and single-cell RNA analysis of Akap4-knockout mice model confirm indispensable role of Akap4 in spermatogenesis 2019-10-15, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2019.06.017 PMID:31255637	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9系统生成Akap4敲除小鼠模型，并利用蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，证实了Akap4在精子发生中的不可或缺的作用	首次通过蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，全面分析了Akap4敲除小鼠的精子形态、运动能力和生育能力的变化	NA	验证Akap4在精子发生中的作用	Akap4敲除小鼠的精子形态、运动能力和生育能力	NA	NA	CRISPR-Cas9系统，蛋白质组学，单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据，单细胞RNA测序数据	Akap4敲除小鼠和野生型小鼠
512	2024-08-09	Matrix-metalloproteinase expression and gelatinase activity in the avian retina and their influence on Müller glia proliferation 2019-10, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2019.112984 PMID:31251936	研究论文	本研究探讨了兴奋性毒性损伤后鸟类视网膜中明胶酶活性的动态变化及其对Müller胶质细胞前体细胞形成的影响	首次揭示了MMP2在Müller胶质细胞向Müller胶质细胞前体细胞重编程中的作用	NA	研究明胶酶在视网膜再生中的作用	鸟类视网膜中的明胶酶活性和Müller胶质细胞前体细胞的形成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及鸟类视网膜中的多种细胞类型，包括少突胶质细胞、非星形内视网膜胶质细胞（NIRG）、小胶质细胞、Müller胶质细胞（MG）等
513	2024-08-09	CD166 Engagement Augments Mouse and Human Hematopoietic Progenitor Function via Activation of Stemness and Cell Cycle Pathways 2019-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.3053 PMID:31260147	研究论文	本文研究了CD166在鼠和人类造血祖细胞功能中的增强作用，通过激活干细胞和细胞周期通路	首次展示了CD166同型相互作用在体外增强鼠和人类造血祖细胞生成的能力，并通过单细胞RNA测序分析揭示了CD166参与激活多种信号通路	NA	探讨CD166在维持干细胞/祖细胞功能中的作用	鼠和人类的造血干细胞和祖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了来自野生型和CD166敲除小鼠的LSK细胞以及人脐带血CD34细胞
514	2024-08-09	Nondestructive Identification and Accurate Isolation of Single Cells through a Chip with Raman Optical Tweezers 2019-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.9b01604 PMID:31251569	研究论文	本文设计了一种利用拉曼光学镊子（ROT）的芯片，用于非破坏性地识别和精确隔离特定单个细胞	该平台能够进一步结合其他单细胞技术，如单细胞测序，成为一种多角度的单细胞分析方法	NA	开发一种新的芯片技术，用于单细胞的识别和隔离	胃癌细胞BGC823、红细胞、淋巴细胞等不同类型的细胞	生物技术	胃癌	拉曼光学镊子（ROT）	NA	细胞	四种不同类型的细胞，包括胃癌细胞BGC823、红细胞、淋巴细胞等
515	2024-08-09	De novo prediction of cell-type complexity in single-cell RNA-seq and tumor microenvironments 2019-08, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.201900443 PMID:31266885	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析方法，用于无监督预测细胞类型复杂度和肿瘤微环境中的异质性深度	本文引入了一种结合非负矩阵分解和贝叶斯模型比较的方法，无需使用经验参数或间接质量指标即可直接评估样本中子群的数量	NA	开发一种新的算法，用于准确预测单细胞RNA测序数据中的细胞类型复杂度和肿瘤微环境中的异质性	单细胞RNA测序数据和肿瘤微环境中的细胞类型异质性	生物信息学	肿瘤学	非负矩阵分解	贝叶斯模型比较	单细胞RNA测序数据	包括模拟数据、初级血液单核细胞和胰腺细胞数据以及一系列单细胞肿瘤样本
516	2024-08-09	Neutrophils Driving Unconventional T Cells Mediate Resistance against Murine Sarcomas and Selected Human Tumors 2019-07-11, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.05.047 PMID:31257026	研究论文	本文通过遗传学方法和细胞转移技术，发现中性粒细胞在抵抗3-甲基胆蒽诱导的致癌作用中起关键作用，并与非典型αβ T细胞（UTC）的极化和I型免疫反应有关。	首次揭示了中性粒细胞在抵抗肿瘤中的关键作用，并通过批量和单细胞RNA测序分析了UTC的先天性特征和多样性。	NA	研究中性粒细胞在抵抗肿瘤中的作用及其机制。	中性粒细胞、非典型αβ T细胞（UTC）、3-甲基胆蒽诱导的致癌作用及选择性人类肿瘤。	NA	肿瘤	RNA测序	NA	RNA	NA
517	2024-08-09	Identification of Genes With Enriched Expression in Early Developing Mouse Cone Photoreceptors 2019-07-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.19-26951 PMID:31260032	研究论文	本文研究了小鼠早期发育的视锥光感受器中富集表达的基因	通过单细胞RNA测序技术，识别了在小鼠早期发育的视锥光感受器中富集表达的新基因	NA	旨在识别在小鼠胚胎视锥光感受器中差异表达的基因，以了解视锥和视杆光感受器的分化过程	小鼠早期发育的视锥光感受器中的基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和鸡的视网膜样本
518	2024-08-09	Polled Digital Cell Sorter (p-DCS): Automatic identification of hematological cell types from single cell RNA-sequencing clusters 2019-Jul-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2951-x PMID:31262249	研究论文	本文介绍了一种名为Polled Digital Cell Sorter (p-DCS)的计算工具，用于自动识别单细胞RNA测序簇中的血液细胞类型	该工具使用投票算法自动识别细胞类型，无需专家手动解读，并能处理多个scRNA-seq数据集	NA	开发一种自动化的方法来识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型	单细胞RNA测序数据中的血液细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	投票算法	基因表达数据	8个骨髓样本
519	2024-08-09	Recharacterizing Tumor-Infiltrating Lymphocytes by Single-Cell RNA Sequencing 2019-07, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-18-0658 PMID:31262773	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术重新表征肿瘤浸润淋巴细胞（TIL），特别是T细胞的异质性、克隆扩增、迁移和功能状态转换等基本特性	利用单细胞测序技术深入分析肿瘤内免疫细胞，特别是T细胞亚群的详细特性，并探讨了新的T细胞标志物在治疗或预后中的潜力	NA	深入理解肿瘤浸润淋巴细胞的异质性和功能状态转换	肿瘤浸润淋巴细胞，特别是T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
520	2024-08-09	In Vivo Developmental Trajectories of Human Podocyte Inform In Vitro Differentiation of Pluripotent Stem Cell-Derived Podocytes 2019-07-01, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.06.001 PMID:31265809	研究论文	本文通过scRNA-seq技术分析人类胎儿肾脏中的足细胞发育轨迹，并探讨了体外多能干细胞衍生的足细胞模型的应用	首次揭示了足细胞发育过程中的转录特征，并展示了体外培养的足细胞在移植后能够招募宿主血管并部分纠正转录谱	体外培养的足细胞在基因表达上存在异常，尤其是在晚期足细胞中	深入理解足细胞的发育和功能，以创建相关的体外足细胞模型	人类足细胞的发育轨迹及其在体外多能干细胞中的分化	NA	慢性疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	人类胎儿肾脏样本