单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-08-09	RNA sequencing: the teenage years 2019-11, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-019-0150-2 PMID:31341269	研究论文	本文综述了RNA测序技术在过去十年中的发展及其在转录组广泛分析中的应用	介绍了RNA测序技术的新应用，如空间转录组学和长读长直接RNA测序技术，以及改进的数据分析工具	NA	探讨RNA测序技术在RNA生物学中的全面应用	RNA测序技术及其在基因表达、剪接、翻译和结构分析中的应用	基因组学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
462	2024-08-09	Differential Variation Analysis Enables Detection of Tumor Heterogeneity Using Single-Cell RNA-Sequencing Data 2019-10-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-3882 PMID:31337651	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，使用差异变异分析算法EVA，量化肿瘤异质性	本研究改编了EVA算法，用于单细胞RNA测序数据的多元统计分析，以检测基因集中的表达差异变异	NA	评估单细胞RNA测序数据中基因表达在通路或基因集内的异质性	肿瘤异质性及其在癌症基因组学中的应用，如免疫原性、转移和癌症亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个公共领域的单细胞RNA测序肿瘤数据集
463	2024-08-09	Epigenomics and Single-Cell Sequencing Define a Developmental Hierarchy in Langerhans Cell Histiocytosis 2019-10, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0138 PMID:31345789	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和表观基因组分析，揭示了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）中的细胞、转录组和表观基因组异质性及其发展层次。	本研究首次结合单细胞转录组学和表观基因组分析，揭示了LCH细胞的广泛异质性和内在发展层次。	NA	探索LCH病理生理学的分子机制及其临床异质性。	LCH病变中的转录组和表观基因组多样性。	数字病理学	朗格汉斯细胞组织细胞增生症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个LCH病变活检样本
464	2024-08-09	Single-cell transcriptomics as a framework and roadmap for understanding the brain 2019-10-01, Journal of neuroscience methods IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.jneumeth.2019.108353 PMID:31351971	research paper	本文讨论了单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术在理解大脑细胞类型特异性空间组织中的应用	本文探讨了新兴的空间转录组技术如何结合两种技术的优势，并将其与大脑结构和功能的高级特征相联系	NA	为神经科学提供一个解释和指导实验检查大脑的框架	大脑的细胞类型特异性空间组织	digital pathology	NA	单细胞RNA测序，单分子荧光原位杂交	NA	基因表达数据	NA
465	2024-08-09	Smooth Muscle Cell Phenotypic Diversity 2019-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312131 PMID:31340668	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（SMC）的表型多样性及其在健康和疾病血管组织中的作用	利用体内命运图谱系统和单细胞RNA测序技术，深入探讨了SMC的表型特征及其在血管疾病中的作用	尚未完全揭示SMC表型转换的机制及其功能相关性	探讨SMC表型多样性及其在血管疾病中的作用，并讨论结合命运图谱和单细胞转录组学技术的机遇与挑战	血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组	NA
466	2024-08-09	Single-cell analysis of cardiogenesis reveals basis for organ-level developmental defects 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1414-x PMID:31341279	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析心脏发育过程中的早期心脏祖细胞，揭示了特定细胞亚群失调如何导致灾难性后果	首次揭示了Hand2在心脏发育中的具体作用，特别是在流出道的指定和右心室的形成中的作用	NA	揭示心脏发育过程中特定细胞亚群失调的分子机制	心脏祖细胞在正常和异常心脏发育过程中的转录变化	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	网络基础计算方法	转录组	NA
467	2024-08-09	Resolving medulloblastoma cellular architecture by single-cell genomics 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1434-6 PMID:31341285	研究论文	本文利用单细胞转录组学研究了25例跨越所有分子亚组的髓母细胞瘤的肿瘤内和肿瘤间异质性	首次通过单细胞转录组学揭示了髓母细胞瘤不同分子亚组间的细胞多样性及其与生物学和临床行为的关联	NA	探究髓母细胞瘤细胞多样性与其生物学和临床行为的关系	髓母细胞瘤的不同分子亚组	数字病理学	儿童脑肿瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	25例髓母细胞瘤样本
468	2024-08-09	Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis 2019-08, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-019-0512-5 PMID:31359001	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面描述了在动脉粥样硬化病变中体内调节的血管平滑肌细胞的转录组表型，并探讨了TCF21基因在冠状动脉疾病风险中的作用。	首次揭示了在动脉粥样硬化中，血管平滑肌细胞转化为独特的纤维母细胞样细胞（称为'纤维肌细胞'），而不是经典的巨噬细胞表型，并证明了TCF21基因在抑制血管平滑肌细胞表型调节中的保护作用。	NA	研究血管平滑肌细胞表型调节及其在动脉粥样硬化中的作用，以及TCF21基因在冠状动脉疾病风险中的影响。	血管平滑肌细胞、TCF21基因、动脉粥样硬化病变、冠状动脉疾病风险。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠和人类的动脉粥样硬化病变样本
469	2024-08-09	A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases 2019-07-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-019-0657-3 PMID:31358043	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，利用网络工具构建多细胞疾病模型，以识别复杂疾病的诊断标志物和治疗靶点	首次系统分析了单细胞RNA测序数据中的通路、潜在标志物和药物靶点，并提出了一种基于网络模型的优先排序策略	NA	识别复杂疾病的诊断标志物和治疗靶点	关节炎的小鼠模型和人类类风湿性关节炎	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	多细胞疾病模型	单细胞RNA测序数据	包括13种不同疾病的患者和关节炎的小鼠模型
470	2024-08-09	Single cell analysis of human foetal liver captures the transcriptional profile of hepatobiliary hybrid progenitors 2019-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11266-x PMID:31350390	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析人类胎儿肝脏，揭示了肝胆混合前体细胞（HHyP）的存在及其独特的转录特征	首次在人类胎儿肝脏中发现肝胆混合前体细胞（HHyP），并证实这些细胞在人类中的存在与小鼠中的发现相似	NA	探讨人类胎儿肝脏中肝胆混合前体细胞的存在及其转录特征	人类胎儿肝脏中的肝胆混合前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
471	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of esophageal squamous cell carcinoma cell line with fractionated irradiation reveals radioresistant gene expression patterns 2019-Jul-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5970-0 PMID:31345182	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞系在分次照射（FIR）后的基因表达模式，揭示了放射抵抗性的相关基因和通路	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了ESCC细胞在分次照射后的基因表达动态变化，并验证了与放射抵抗性相关的关键基因和通路	研究仅限于特定的ESCC细胞系，可能需要进一步的实验来验证这些发现是否适用于其他类型的癌细胞或其他照射条件	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示食管鳞状细胞癌细胞在分次照射后的基因表达差异，并探索与放射抵抗性相关的基因和通路	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞系在分次照射后的基因表达模式	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	共218个单细胞RNA测序文库，来自88个接受12 Gy照射的细胞，89个接受30 Gy照射的细胞，以及41个未接受FIR照射的亲本KYSE-180细胞
472	2024-08-09	Genome-wide analysis of androgen receptor binding and transcriptomic analysis in mesenchymal subsets during prostate development 2019-07-25, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.039297 PMID:31350272	研究论文	本文通过染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）和转录组分析，研究了雄激素受体（AR）在男性和女性间质细胞中的基因组结合情况及其在前列腺发育中的作用	本文首次在单细胞分辨率下研究了AR及其靶基因在男性和女性间质细胞中的分布，并发现了性二态性的AR靶基因	文章中提到的AR结合与靶基因表达之间的弱相关性可能限制了对AR功能全面理解	探讨雄激素受体在前列腺发育中的基因组结合和转录调控作用	雄激素受体在男性和女性间质细胞中的基因组结合及其靶基因	数字病理学	前列腺癌	ChIP-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据, 转录组数据	男性和女性的间质细胞样本
473	2024-08-09	Deep single-cell RNA sequencing data of individual T cells from treatment-naïve colorectal cancer patients 2019-07-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-019-0131-5 PMID:31341169	研究论文	本研究使用Smart-seq2协议生成了一组来自未经治疗的结直肠癌患者的单细胞RNA测序数据，包含11,138个从外周血、邻近正常和肿瘤组织中分离的T细胞。	开发了一个基于网络的应用程序，用于系统性地查询和定制功能，以促进T细胞数据集的数据挖掘。	NA	揭示肿瘤浸润T细胞（TILs）的基本特性，如功能状态、迁移能力和克隆扩增。	来自12名结直肠癌患者的T细胞，包括4名微卫星不稳定性（MSI）患者。	数字病理学	结直肠癌	Smart-seq2	NA	RNA测序数据	11,138个T细胞
474	2024-08-09	Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma progression at single-cell resolution 2019-07-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.129212 PMID:31335328	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对遗传工程小鼠模型中胰腺导管腺癌（PDA）进展不同阶段的细胞异质性进行了全面分析	研究首次系统描述了PDA进展过程中细胞异质性的全景，并揭示了癌细胞和成纤维细胞可能受表观遗传机制动态调控	NA	旨在剖析PDA进展过程中癌细胞和基质细胞的异质性及其表型变化	小鼠胰腺导管腺癌（PDA）进展中的细胞异质性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	遗传工程小鼠模型中不同阶段的PDA样本
475	2024-08-09	DMSO cryopreservation is the method of choice to preserve cells for droplet-based single-cell RNA sequencing 2019-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-46932-z PMID:31337793	研究论文	本文通过对比分析不同细胞保存方法对单细胞RNA测序（scRNA-seq）结果的影响，发现二甲基亚砜（DMSO）冷冻保存法在保持细胞完整性和降低背景RNA方面表现最佳	首次系统比较了DMSO冷冻保存、甲醇固定和CellCover试剂三种细胞保存方法对scRNA-seq结果的影响，证明了DMSO冷冻保存法的优越性	研究仅限于特定的细胞系和免疫细胞，未涵盖所有类型的细胞	评估不同细胞保存方法对单细胞RNA测序结果的影响	不同保存方法下的细胞及其RNA测序结果	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括多种细胞系、单核细胞衍生的巨噬细胞和免疫细胞
476	2024-08-09	Predicting bacterial infection outcomes using single cell RNA-sequencing analysis of human immune cells 2019-07-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11257-y PMID:31332193	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析人类免疫细胞，开发了一种反卷积算法，用于从批量测序数据中推断特定细胞类型的感染反应，并应用于健康个体和结核病患者群体中，揭示了与体外感染表型和临床疾病阶段相关的细胞类型特异性免疫反应。	开发了一种新的反卷积算法，用于从批量RNA测序数据中推断特定细胞类型的感染反应，并揭示了与体外感染表型和临床疾病阶段相关的细胞类型特异性免疫反应。	文章未明确提及局限性。	开发一种新的反卷积算法，用于预测细菌感染的结果。	人类外周血细胞感染沙门氏菌后的免疫反应。	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	反卷积算法	RNA测序数据	包括健康个体和不同疾病阶段的结核病患者。
477	2024-08-09	Unravelling the Role of Trophoblastic-Derived Extracellular Vesicles in Regulatory T Cell Differentiation 2019-Jul-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20143457 PMID:31337116	研究论文	研究揭示滋养层细胞衍生的外泌体在调节T细胞分化中的作用	首次证明HSPE1相关滋养层细胞系衍生的外泌体促进T细胞分化，并使用单细胞转录组分析区分了七种T细胞亚型	NA	探讨滋养层细胞衍生的外泌体在调节T细胞分化中的作用	滋养层细胞衍生的外泌体及其在T细胞分化中的作用	免疫学	NA	CRISPR-Cas9, 下一代测序, 单细胞转录组分析	NA	miRNA, 转录组	NA
478	2024-08-09	The Unmixing Problem: A Guide to Applying Single-Cell RNA Sequencing to Bone 2019-07, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.3802 PMID:31336008	研究论文	本文介绍了如何应用单细胞RNA测序技术来解析骨骼中的细胞混合问题	单细胞测序技术作为理解骨骼代谢和发育的细胞基础的关键补充技术	单细胞测序方法存在细胞分离的转录效应和转录组稀疏采样等重要限制	探讨如何利用单细胞RNA测序技术更好地理解骨骼的细胞基础	骨骼中的细胞类型及其功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
479	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing-Based Computational Analysis to Describe Disease Heterogeneity 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00629 PMID:31354786	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在疾病异质性研究中的应用	介绍了scRNA-seq技术在不同条件下对分子特征识别的稳健性及其在科研和临床应用中的潜力	NA	探讨scRNA-seq技术在疾病异质性研究中的应用及其分析框架的性能稳健性	单细胞RNA测序技术和其分析框架	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
480	2024-08-09	Alterations in Polyamine Metabolism in Patients With Lymphangioleiomyomatosis and Tuberous Sclerosis Complex 2-Deficient Cells 2019-12, Chest IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.chest.2019.05.038 PMID:31299246	研究论文	本研究分析了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者在接受西罗莫司和羟氯喹联合治疗前后的血浆代谢组学特征	首次揭示了西罗莫司和羟氯喹联合治疗通过影响多胺代谢途径，上调5'-甲硫腺苷和精氨酸水平，从而影响LAM患者的代谢	研究仅限于第一阶段临床试验，样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨西罗莫司和羟氯喹联合治疗对LAM患者代谢途径的影响	LAM患者及TSC2缺陷细胞	NA	淋巴管平滑肌瘤病	代谢组学分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，RNA	临床试验涉及的LAM患者数量未明确提及