单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals RAD51AP1 as a potent mediator of EGFRvIII in human glioblastomas 2019-09-18, Aging DOI:10.18632/aging.102282 PMID:31532757	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了EGFR野生型和EGFRvIII突变型细胞的转录组，揭示了RAD51AP1在人胶质母细胞瘤中的重要作用	首次揭示了RAD51AP1作为EGFRvIII在胶质母细胞瘤中的潜在介质，并通过单细胞RNA测序技术验证了其在肿瘤发生中的作用	NA	探究EGFRvIII在人胶质母细胞瘤中的作用机制及潜在的生物标志物	EGFR野生型和EGFRvIII突变型细胞的转录组	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	16,128个肿瘤细胞
382	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomes Reveal Characteristic Features of Mouse Hepatocytes with Liver Cholestatic Injury 2019-09-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells8091069 PMID:31514486	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了在小鼠肝胆汁淤积损伤中肝细胞的特征性特征	首次揭示了肝胆汁淤积损伤中肝细胞亚型及其独特功能，并发现了特定的肝细胞群（BDL-6）可能经历上皮-间质转化	NA	研究肝胆汁淤积损伤中肝细胞的异质性和独特功能	小鼠肝细胞及其在肝胆汁淤积损伤中的功能	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
383	2024-08-09	Evaluating stably expressed genes in single cells 2019-09-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giz106 PMID:31531674	研究论文	本研究评估了单细胞水平上稳定表达基因的表达稳定性，并提出了一个计算框架用于单细胞RNA测序数据的标准化和整合	本研究展示了从单细胞中识别的稳定表达基因比传统定义的细胞群体中的管家基因在多种生物系统中更为稳定	NA	评估单细胞水平上稳定表达基因的表达稳定性	单细胞RNA测序数据中的稳定表达基因	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	计算框架	基因表达数据	人类和小鼠早期发育单细胞RNA测序数据集及'小鼠图谱'数据集
384	2024-08-09	Spatial sorting enables comprehensive characterization of liver zonation 2019-09, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0109-9 PMID:31535084	研究论文	本文展示了如何利用分区表面标记物对来自定义肝小叶区域的高空间分辨率肝细胞进行排序，并应用转录组学、miRNA阵列测量和质谱蛋白质组学来重建多个分区特征的空间图谱	本文提出了一种新的方法，通过空间排序技术，能够全面地表征肝脏的分区特征，并重建多个细胞特征的空间图谱	NA	旨在通过空间排序技术全面表征肝脏的分区特征	肝脏的分区特征，包括基因表达、miRNA和蛋白质	NA	NA	转录组学、miRNA阵列测量、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA
385	2024-08-09	Endothelial Cell Development and Its Application to Regenerative Medicine 2019-08-02, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.311405 PMID:31518171	综述	本文综述了内皮细胞的分化和特化过程及其在干细胞生物学和再生医学中的应用	介绍了信号通路和转录调控因子在内皮细胞分化和特化中的作用，以及单细胞测序技术在研究血管异质性和发育中的应用	NA	探讨内皮细胞发育及其在再生医学中的应用	内皮细胞的分化和特化过程，以及其在干细胞生物学和再生医学中的应用	再生医学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
386	2024-08-09	High-Dimensional Immunophenotyping with Fluorescence-Based Cytometry: A Practical Guidebook 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9650-6_1 PMID:31522410	research paper	本文提供了一个关于如何成功设计和执行基于荧光的复杂免疫表型分析面板的实用指南	本文解决了常见的误解和注意事项，并讨论了与这些数据集的质量控制和分析相关的挑战	NA	提供基于荧光的高维度单细胞免疫表型分析的实用指南	基于荧光的流式细胞术在免疫系统复杂性研究中的应用	NA	NA	荧光基流式细胞术	NA	单细胞数据	NA
387	2024-08-09	Dermal adipose tissue has high plasticity and undergoes reversible dedifferentiation in mice 2019-12-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI130239 PMID:31503545	研究论文	本文研究了皮肤脂肪组织（dWAT）的特性及其在不同生理和病理生理条件下的可逆去分化过程	首次详细描述了皮肤脂肪细胞的高可塑性及其在生理和病理生理条件下的去分化和再分化过程	NA	探究皮肤脂肪细胞的特性和其在不同条件下的动态变化	皮肤脂肪细胞及其在生理和病理生理条件下的行为	NA	NA	脉冲追踪谱系示踪和单细胞RNA测序	NA	细胞和分子水平的数据	NA
388	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals the invasive trajectory and molecular cascades underlying glioblastoma progression 2019-12, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.12569 PMID:31487431	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤干细胞向侵袭性细胞转变的分子途径和细胞亚群	首次重建了肿瘤细胞从干细胞样状态到高侵袭性状态的分支轨迹，并识别了控制肿瘤细胞侵袭潜能的关键分子因素	NA	探究胶质母细胞瘤中肿瘤干细胞向侵袭性细胞转变的分子机制	胶质母细胞瘤（GBM）中的肿瘤干细胞（GSCs）及其侵袭性转变	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	异质性原发性GBM肿瘤细胞及独立的单细胞GBM数据集
389	2024-08-09	High-Throughput Single-Cell Sequencing with Linear Amplification 2019-11-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.08.002 PMID:31495564	研究论文	本文介绍了一种名为sci-L3的高通量单细胞测序方法，该方法结合了组合索引和线性扩增技术	sci-L3方法采用三层索引方案，减少了扩增偏差并实现了指数级的通量增加	NA	展示sci-L3方法的通用性，并应用于单细胞全基因组测序、靶向测序以及基因组和转录组的共测定	sci-L3-WGS方法用于分析超过10,000个F1杂交小鼠的精子和精子前体基因组，映射了86,786个交叉点并描述了罕见的染色体错误分离事件	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	超过10,000个精子和精子前体样本
390	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Gene Signatures Associated with T-cell Persistence Following Adoptive Cell Therapy 2019-Nov, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0299 PMID:31484655	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了与T细胞持久性相关的基因特征，这些特征在转移性上皮癌患者的过继细胞治疗后被识别	首次通过单细胞转录组分析，识别了与T细胞持久性相关的特定基因表达谱，为改进过继细胞治疗提供了新的见解	研究仅基于单一患者的数据，结果的普遍性和可重复性有待进一步验证	识别与过继细胞治疗后T细胞持久性相关的基因特征，以改进治疗策略	转移性结直肠癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）及其在过继细胞治疗后的持久性	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	单一患者，涉及472个和528个差异表达基因
391	2024-08-09	Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing 2019-Nov, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-019-0228-6 PMID:31501518	研究论文	使用单细胞RNA测序技术，构建了人类胚胎发育过程中内皮细胞向造血干细胞转变的基因表达全景图	首次在全基因组尺度上构建了人类胚胎发育过程中内皮细胞向造血干细胞转变的基因表达图谱，并通过亚分类技术显著富集了造血内皮细胞	NA	追踪人类胚胎中第一个造血干细胞的产生	人类胚胎中的造血干细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涵盖Carnegie阶段12-14的多个样本
392	2024-08-09	Probabilistic cell-type assignment of single-cell RNA-seq for tumor microenvironment profiling 2019-10, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0529-1 PMID:31501550	研究论文	本文介绍了一种名为CellAssign的概率模型，该模型利用细胞类型标记基因的先验知识，自动将单细胞RNA测序数据注释为预定义或新细胞类型，以分析肿瘤微环境组成。	CellAssign模型能够自动化且高度可扩展地处理大规模数据，同时控制批次和样本效应，避免了手动解释和映射方法的局限性。	NA	开发一种自动化的方法来注释单细胞RNA测序数据，以分析肿瘤微环境中的细胞类型。	单细胞RNA测序数据和肿瘤微环境中的细胞类型。	数字病理学	卵巢癌，淋巴瘤	单细胞RNA测序	概率模型	RNA测序数据	NA
393	2024-08-09	Self-organizing neuruloids model developmental aspects of Huntington's disease in the ectodermal compartment 2019-10, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0237-5 PMID:31501559	研究论文	本文利用微图案技术在大量几乎相同的神经元结构中重现早期人类神经发生过程，并研究亨廷顿病的发展方面。	首次使用神经元结构模型来研究亨廷顿病的发展方面，并展示了突变型亨廷顿蛋白如何影响早期人类发育的特定表型特征。	NA	利用人类胚胎干细胞模拟正常和异常发育的标准化模型，研究亨廷顿病的发展方面。	神经元结构中的神经前体细胞、神经嵴、感觉基板和表皮，以及亨廷顿病的人类胚胎干细胞。	数字病理学	亨廷顿病	微图案技术，单细胞转录组学，深度神经网络分析	深度神经网络	单细胞转录组数据	大量几乎相同的神经元结构
394	2024-08-09	scBFA: modeling detection patterns to mitigate technical noise in large-scale single-cell genomics data 2019-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1806-0 PMID:31500668	研究论文	本文提出了一种新的框架scBFA，通过分析特征检测模式而非定量测量来减少大规模单细胞基因组数据中的技术变异	scBFA框架通过分析特征检测模式而非定量测量，有效减少了技术变异，提高了细胞类型识别和轨迹推断的性能	NA	减少大规模单细胞基因组数据中的技术变异	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	NA	基因表达数据，位点可及性数据	大规模单细胞数据
395	2024-08-09	Non-classical tissue monocytes and two functionally distinct populations of interstitial macrophages populate the mouse lung 2019-09-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11843-0 PMID:31481690	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠肺部中两种功能不同的间质巨噬细胞亚群及其起源	本研究首次描述了小鼠肺部中两种不同的间质巨噬细胞亚群，并揭示了其中一种亚群的发育途径	NA	探究小鼠肺部间质巨噬细胞的复杂性和发育途径	小鼠肺部的间质巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
396	2024-08-09	rCASC: reproducible classification analysis of single-cell sequencing data 2019-09-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giz105 PMID:31494672	研究论文	rCASC是一个模块化工作流程，利用Docker容器化技术提供从计数生成到细胞亚群识别的集成分析环境，以实现数据分析的功能性和计算可重复性	rCASC引入了新的度量标准“细胞稳定性得分”（CSS），用于评估聚类质量，并提供了识别聚类特异性基因标记的工具	NA	开发一个模块化工作流程，帮助研究人员定义细胞亚群并检测亚群特异性标记	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
397	2024-08-09	Heterogeneity of human pancreatic β-cells 2019-09, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2019.06.015 PMID:31500834	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序结合伪时间分析发现的人类胰腺β细胞异质性，表现为动态可互换的功能状态	首次详细讨论了β细胞异质性可能反映的是动态可互换的状态，而非固定的亚群	NA	探讨β细胞异质性的生理意义及其在糖尿病发展和进展中的潜在影响	人类胰腺β细胞的异质性	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	伪时间分析	RNA序列数据	NA
398	2024-08-09	Single-cell sequencing edges into clinical trials 2019-09, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/d41591-019-00017-6 PMID:31501596	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
399	2024-08-09	ascend: R package for analysis of single-cell RNA-seq data 2019-08-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giz087 PMID:31505654	研究论文	ascend是一个R包，旨在简化并加速单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的初步分析	ascend包整合了多种分析方法，提供了灵活的生物信息学工具和R函数集成，同时支持快速并行计算和高效内存管理	NA	开发一个强大、快速且灵活的工具包，用于单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因组数据	大量单细胞样本
400	2024-08-09	Minnow: a principled framework for rapid simulation of dscRNA-seq data at the read level 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz351 PMID:31510649	研究论文	本文介绍了一个名为Minnow的全面序列级液滴单细胞RNA测序（dscRNA-seq）实验模拟框架	Minnow考虑了实验scRNA-seq数据的重要序列级特征，并模拟了聚合酶链反应扩增、细胞条形码（CB）和UMI选择以及序列碎片化和测序等效应	NA	探索常见处理流程从液滴基scRNA-seq数据生成基因-细胞计数矩阵的性能	dscRNA-seq数据的模拟和处理流程评估	数字病理学	NA	dscRNA-seq	NA	序列数据	NA