单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-09-07	Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony 2019-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0619-0 PMID:31740819	研究论文	本文介绍了一种名为Harmony的算法，用于快速、灵敏且准确地整合单细胞RNA测序数据	Harmony算法能够将细胞投影到一个共享嵌入空间中，使得细胞按细胞类型分组而非数据集特定的条件，同时考虑了多个实验和生物因素	NA	开发一种高效的方法来整合不同技术测量的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据，包括外周血单核细胞、胰腺胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Harmony算法	RNA测序数据	约10个细胞
22	2024-09-01	Development and Arealization of the Cerebral Cortex 2019-09-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.07.009 PMID:31557462	综述	本文综述了大脑皮层区域多样性的早期发育过程，包括内在和外在机制，并提出了一个整合模型。	引入单细胞转录组学等新兴技术，提供了一个新的视角来理解区域特异性的分子多样性。	NA	探讨大脑皮层区域多样性的发育过程及其在神经发育障碍中的潜在应用。	大脑皮层的发育过程和区域多样性。	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
23	2024-08-21	Transcriptomic and Single-Cell Analysis of the Murine Parotid Gland 2019-12, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/0022034519882355 PMID:31623513	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了小鼠腮腺在不同成熟阶段的转录组特征	首次全面揭示了腮腺在不同成熟阶段的全球基因表达谱，并发现了腮腺特异性的基因特征和细胞异质性	NA	阐明腮腺的分子特性	小鼠腮腺的转录组和单细胞转录组	数字病理学	NA	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同成熟阶段的小鼠腮腺样本
24	2024-08-11	Nonparametric expression analysis using inferential replicate counts 2019-10-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz622 PMID:31372651	研究论文	本文提出了一种使用推断复制计数的非参数模型Swish，用于RNA-seq数据中的差异表达分析，并考虑了推断不确定性	Swish方法在控制假发现率方面表现更好，特别是在具有高推断不确定性的转录本上	NA	旨在改进RNA-seq数据中差异表达基因或转录本的识别，同时控制技术偏差	RNA-seq数据中的差异表达基因或转录本	生物信息学	NA	RNA-seq	非参数模型	RNA-seq数据	涉及单细胞RNA-seq数据集中的亚群细胞
25	2024-08-07	More than one antibody of individual B cells revealed by single-cell immune profiling 2019, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-019-0137-3 PMID:31839985	研究论文	本研究通过单细胞免疫图谱技术，揭示了个体B细胞中存在多种抗体的可能性	发现了单个B细胞中存在多种Ig特异性的现象，挑战了传统的“一个细胞一个抗体”规则和CSR机制	NA	验证和定义单细胞转录组水平上的经典免疫学概念	B细胞及其产生的抗体	免疫学	NA	Chromium单细胞免疫图谱技术和Sanger测序	NA	转录组	数百至数千个单个B细胞
26	2024-08-05	Single-cell transcriptome analyses reveal novel targets modulating cardiac neovascularization by resident endothelial cells following myocardial infarction 2019-08-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehz305 PMID:31162546	研究论文	该文章探讨了心肌梗死后，成体小鼠心脏中内皮细胞在新血管生成中的起源和克隆动态	首次提供了心脏特异性内皮细胞的单细胞基因表达图谱，揭示了内源性血管修复的转录层级	主要基于鼠模型，可能在转化到人类的生物学和临床应用上存在局限性	旨在更好地理解冠状血管再生的调控通路，以支持心脏疾病的治疗策略	成体小鼠心脏中的内皮细胞及其在心肌梗死后的新血管生成	数字病理学	心脏疾病	单细胞转录组分析	多谱系谱系追踪小鼠模型	基因表达数据	包括小鼠和人类心脏样本
27	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals gene expression dynamics of human fetal kidney development 2019-02, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000152 PMID:30789893	研究论文	本研究使用单细胞转录组技术研究人类胎儿肾脏的基因表达动态	首次详细描述了人类胎儿肾脏的22种细胞类型及标记基因，并揭示了肾小管细胞在不同发育阶段的基因表达变化	目前研究尚缺乏对人类肾脏发育的完整理解，可能存在数据不足的情况	阐明人类肾脏发育过程中的基因表达变化	人类胎儿肾脏的单细胞转录组数据	数字病理学	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	细胞数据	近18000个来自五个不同发育阶段的肾细胞
28	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of CD8 + T-cell memory inflation 2019, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.15115.1 PMID:31448339	研究论文	本研究分析了持久病毒引起的CD8 T细胞记忆膨胀的转录组特征	定义了不同部位记忆膨胀的转录机制，并提供了T细胞记忆的转录图谱	未提及具体的局限性	探讨持久病毒和疫苗诱导的CD8 T细胞记忆膨胀的转录机制	MCMV感染小鼠中的病毒特异性CD8 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自MCMV感染小鼠的特定T细胞群体
29	2024-08-05	Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail 2019-05-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav9996 PMID:31097661	研究论文	本文识别了一种在蟾蜍尾部再生中起关键作用的细胞类型。	首次发现再生组织细胞（ROC），其在再生能够的蝌蚪中从表皮移动到截肢面并形成伤口表皮。	研究的对象仅限于蝌蚪，可能无法直接应用于其他物种或更复杂的生物系统。	探索蝌蚪的再生机制和功能细胞的特征。	研究了再生能力不同的蝌蚪，并探讨了ROC的作用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	多个再生能力不同的蝌蚪样本
30	2024-08-05	Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood 2019-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1765-3 PMID:31748747	研究论文	本研究探讨了男性人群中Y染色体马赛克缺失的遗传易感性及其对健康的影响	识别了156个与Y染色体缺失相关的常染色体遗传决定因素，并在不同人群中进行了验证	缺乏对Y染色体缺失的因果机制的深入理解	研究Y染色体缺失对健康的影响以及相关的遗传因素	205,011名男性参与者，及757,114名具有欧洲和日本血统的男性	基因组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	205,011名男性
31	2024-08-05	Single-Cell Profiles of Retinal Ganglion Cells Differing in Resilience to Injury Reveal Neuroprotective Genes 2019-12-18, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.11.006 PMID:31784286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序对小鼠视网膜神经节细胞的选择性抗损伤能力进行了分析	该研究首次建立了一套系统框架，以解析不同类型的细胞对损伤的反应，并揭示了用于干预的分子靶标	研究主要聚焦于小鼠模型，可能无法完全代表其他物种的情况	探讨视网膜神经节细胞对损伤的抗性及相关基因	小鼠视网膜神经节细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	46种视网膜神经节细胞类型的样本
32	2024-08-05	scPred: accurate supervised method for cell-type classification from single-cell RNA-seq data 2019-12-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1862-5 PMID:31829268	研究论文	本文介绍了scPred，一种从单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的准确监督方法	scPred通过无偏特征选择与机器学习概率预测方法的结合，提供了高度准确的单细胞分类	NA	研究单细胞的转录特征，以便进行细胞类型分类	单细胞RNA测序数据，涉及胰腺组织、单核细胞、结肠肿瘤活检和循环树突状细胞	数字病理学	NA	RNA-seq	机器学习	基因表达数据	NA
33	2024-08-05	High-throughput dense reconstruction of cell lineages 2019-12, Open biology IF:4.5Q1 DOI:10.1098/rsob.190229 PMID:31822210	评论	本文汇编了关于高通量细胞谱系重建会议的共识，讨论了新技术的挑战及解决方案	探讨了结合单细胞RNA测序的新工具，允许在单细胞分辨率下重建复杂模型生物的谱系	会议内容仅为共识，并未提供具体实验数据和结果	研究新工具在重建细胞谱系中的应用及其技术挑战	高通量细胞谱系重建的新工具和策略	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
34	2024-08-05	Single-cell connectomic analysis of adult mammalian lungs 2019-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaw3851 PMID:31840053	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了成年哺乳动物肺部细胞间相互作用	揭示了肺泡细胞群体之间的信号传递系统，并确定了各细胞类型在远端肺部的功能角色	研究主要集中于成年哺乳动物，未涉及其他发展阶段或物种的肺部细胞交互	阐明影响组织稳态的细胞间相互作用机制	成年小鼠、大鼠、猪和人类的肺组织	数字病理学	慢性肺病	单细胞RNA测序	NA	组织样本	未明确说明具体样本数量
35	2024-08-05	Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control Feeding 2019-11-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.031 PMID:31730854	研究论文	本文揭示了控制进食的迷走神经感觉神经元的遗传特征	首次通过单细胞RNA测序技术明确识别出影响食物摄入的特定迷走神经元及其信号	推测其功能的实验主要依赖于外周操作与中央记录，尚需进一步验证	探讨迷走神经在调节食物摄入中的具体作用	迷走神经相关的感觉神经元及其对进食的影响	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
36	2024-08-05	Integrative Transcriptomics Reveals Sexually Dimorphic Control of the Cholinergic/Neurokine Interface in Schizophrenia and Bipolar Disorder 2019-10-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.09.017 PMID:31618642	研究论文	本研究揭示了在精神分裂症和双相情感障碍中，胆碱能/神经激素界面的性别差异控制	提出了一种结合大规模转录组元分析与单细胞测序数据的整合方法	RNA测序分析通常限于识别最低p值的转录本，未能解决多基因现象	旨在探讨精神分裂症和双相情感障碍中性别差异的转录组特征	分析精神分裂症和双相情感障碍患者的皮层转录本	数字病理学	精神分裂症, 双相情感障碍	RNA测序, 单细胞测序	NA	转录组数据	来自精神分裂症和双相情感障碍患者的脑组织样本
37	2024-08-05	Benchmark and Parameter Sensitivity Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Clustering Methods 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01253 PMID:31921297	研究论文	本文提供了对单细胞RNA测序聚类方法的基准测试和参数敏感性分析	探讨了用户选择的参数设置对模型性能的显著影响，并提供了不同使用模式和数据集特点下方法的评估	尚未进行大规模研究以调查不同实验背景下选择的参数对结果的影响	旨在提供有关单细胞RNA测序聚类方法优缺点的新见解	研究不同聚类方法在多种使用模式和参数设置下的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	真实和模拟数据集	多个数据集，具体样本量不详
38	2024-08-05	Establishment of a high-resolution 3D modeling system for studying pancreatic epithelial cell biology in vitro 2019-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2019.09.005 PMID:31767167	研究论文	本文建立了一种高分辨率的三维培养系统，用于研究胰腺上皮细胞生物学	本文首次建立了一种简单可重复的基于Matrigel的三维囊泡培养模型，可用于小鼠和人类胰腺前体的研究	尚未提及实验证明该系统在体内应用的有效性	研究胰腺上皮化和内分泌发育的机制	小鼠和人类的胰腺前体细胞	数字病理学	胰腺疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	三维囊泡培养模型	细胞文化数据	NA
39	2024-08-05	Exploratory analysis of transposable elements expression in the C. elegans early embryo 2019-Nov-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3088-7 PMID:31757208	研究论文	本研究分析了转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达情况	开发了一种生物信息学管道，能够特异性量化转座元件的表达，并探讨其与发育基因的相关性	未提及具体的实验验证数据	探讨转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达及其可能的功能	秀丽隐杆线虫早期胚胎中不同细胞类型的转座元件表达	数字病理学	NA	sc-RNAseq	NA	RNA-seq数据	利用公共数据集，涉及多种细胞类型
40	2024-08-05	Single cell transcriptome atlas of the Drosophila larval brain 2019-11-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50354 PMID:31746739	研究论文	本文介绍了果蝇幼虫大脑的单细胞转录组图谱	文章创新性在于建立了单细胞转录组图谱，并揭示了不同细胞类型对饥饿状态下的转录响应差异	研究仅限于果蝇幼虫的第一龄期大脑，可能不适用于其他发育阶段或物种	探索大脑细胞的多样性及其在饥饿情况下的转录变化	果蝇幼虫大脑的细胞类型和转录组	数字病理	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA