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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-03-10 |
Cell lineage and communication network inference via optimization for single-cell transcriptomics
2019-06-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz204
PMID:30923815
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SoptSC的基于相似矩阵优化的单细胞转录组数据分析方法，用于同时推断细胞聚类、伪时间排序、谱系关系和细胞间通讯网络 | 首次在统一的数学框架内整合了细胞聚类、伪时间排序、谱系推断和标记基因识别，并在此基础上预测细胞间通讯网络，能够重建包含反馈或前馈相互作用的复杂细胞谱系 | 未明确说明方法在特定数据类型或实验条件下的适用性限制，也未与其他现有工具进行全面的性能比较 | 开发一个统一的计算框架，用于从单细胞转录组数据中同时推断细胞亚群、谱系关系和细胞间通讯网络 | 单细胞转录组数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于相似矩阵的优化模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2026-03-10 |
The Tcf21 lineage constitutes the lung lipofibroblast population
2019-05-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00254.2018
PMID:30675802
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研究论文 | 本文通过谱系追踪和单细胞转录组分析，揭示了Tcf21在肺间质细胞发育中的作用，特别是其与脂成纤维细胞群体的关联 | 首次利用谱系追踪技术明确了Tcf21在肺脂成纤维细胞群体中的特异性表达，并发现其在脂代谢中的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且对Tcf21调控脂成纤维细胞功能的具体分子机制探讨有限 | 探究Tcf21表达细胞在肺发育和成年期的谱系命运，以理解其在间质细胞分化中的作用 | 小鼠胚胎及成年肺组织中的Tcf21表达细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析、谱系追踪、基因过表达实验 | NA | 转录组数据、细胞图像 | 小鼠胚胎（如E11.5、E15.5）及成年肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2026-03-06 |
Hydro-Seq enables contamination-free high-throughput single-cell RNA-sequencing for circulating tumor cells
2019-05-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10122-2
PMID:31092822
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Hydro-Seq的可扩展流体动力学单细胞RNA测序条形码技术，用于高通量循环肿瘤细胞分析 | Hydro-Seq技术具有高细胞捕获效率和污染去除能力，能够成功对21名乳腺癌患者样本中的666个CTC进行高通量单细胞RNA测序 | NA | 开发一种用于循环肿瘤细胞高通量单细胞RNA测序的技术，以解决CTC稀缺和血细胞大量污染的问题 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 21名乳腺癌患者样本中的666个CTC | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-03-05 |
Building and Regenerating the Lung Cell by Cell
2019-01-01, Physiological reviews
IF:29.9Q1
DOI:10.1152/physrev.00001.2018
PMID:30427276
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综述 | 本文综述了哺乳动物肺的细胞多样性和发育机制，探讨了单细胞RNA测序和高分辨率成像在揭示肺细胞异质性和基因表达中的作用 | 整合了最新的单细胞RNA测序数据和高分辨率成像技术，以揭示肺细胞类型的显著异质性和发育过程中的细胞选择性基因表达 | NA | 理解肺的细胞和分子机制，以揭示急性及慢性肺疾病的发病机制 | 哺乳动物肺的细胞类型和发育过程 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序，高分辨率成像 | NA | RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2026-03-04 |
M3S: a comprehensive model selection for multi-modal single-cell RNA sequencing data
2019-Dec-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3243-1
PMID:31861972
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为M3S的R包，用于单细胞RNA测序数据的多模态模型选择和下游分析 | 开发了首个能针对不同实验设计和平台生成的表达数据，从11种常用统计模型中基因水平选择最合适多模态模型的工具 | NA | 为单细胞RNA测序数据提供多模态统计模型选择方法，以改进基因表达分布拟合和差异表达分析 | 单细胞RNA测序表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多模态统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2026-03-04 |
Insights from deconvolution of cell subtype proportions enhance the interpretation of functional genomic data
2019, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0215987
PMID:31022271
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研究论文 | 本研究探讨了如何通过解卷积细胞亚型比例从功能基因组学数据中获取与表型相关的细胞变化信息 | 展示了细胞亚型比例变化对功能基因组学特性的贡献可能是疾病特异性的，并利用单细胞RNA-seq参考数据集成功估算了缺乏纯化样本参考数据的组织（如小鼠肾脏）中的细胞亚型比例 | 研究仅聚焦于人类血液和小鼠肾脏两种混合细胞群体，且对于大多数缺乏参考数据集的组织，细胞类型预测方法尚不成熟 | 增强功能基因组学数据的解释，通过分析细胞亚型比例变化来理解其与表型的关联 | 人类血液和小鼠肾脏组织样本 | 功能基因组学 | 哮喘和系统性红斑狼疮 | 解卷积分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达和DNA甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2026-03-03 |
Single-cell connectomic analysis of adult mammalian lungs
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3851
PMID:31840053
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠、大鼠、猪和人类肺组织，以揭示成年哺乳动物肺中保守的细胞间相互作用模式，并构建了肺泡细胞群间信号传导的系统级图谱 | 首次在跨物种（小鼠、大鼠、猪、人类）水平上，利用单细胞RNA测序系统描绘了成年哺乳动物肺中保守的细胞间通讯网络，并发现肺泡I型细胞在组织稳态调控中起主要作用 | 研究主要关注成年健康肺组织的稳态机制，对疾病状态下的细胞互作变化及具体分子通路的实验验证尚待深入 | 揭示哺乳动物肺组织稳态的细胞间相互作用机制，为慢性肺病研究和肺组织再生医学提供基础 | 成年哺乳动物（小鼠、大鼠、猪、人类）的肺组织 | 单细胞组学 | 慢性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 跨四个物种（小鼠、大鼠、猪、人类）的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-03-02 |
Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony
2019-12, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0619-0
PMID:31740819
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Harmony的算法，用于高效、敏感且准确地整合单细胞RNA-seq数据，以解决不同数据集间的技术和生物差异问题 | Harmony算法能够将细胞投影到共享嵌入空间中，使细胞按细胞类型而非数据集特定条件分组，同时考虑多个实验和生物因素，在计算资源需求较低的情况下实现高性能整合 | NA | 开发一种算法以整合多样化的单细胞RNA-seq数据集，实现跨技术和条件的细胞类型转录特征分析 | 单细胞RNA-seq数据集，包括外周血单个核细胞、胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | Harmony算法 | 单细胞RNA-seq数据 | 约10^6个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2026-03-02 |
Single-Cell Profiling of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Underlying Heterogeneity Associated with Disease Progression
2019-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3309
PMID:30718356
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，揭示了皮肤T细胞淋巴瘤（特别是Sézary综合征）的转录组异质性，并开发了预测疾病阶段的基因特征模型 | 首次在Sézary综合征中应用单细胞RNA测序结合Monocle包的机器学习逆向图嵌入方法，定义了不同的转录组状态，并识别了FOXP3+恶性T细胞在克隆进化中的关键作用 | 研究样本量有限，且主要聚焦于Sézary综合征，可能无法完全代表所有CTCL亚型 | 探究皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）的疾病进展机制，并开发预测疾病阶段的分类模型 | 皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者，特别是Sézary综合征的恶性T细胞 | 单细胞组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，机器学习逆向图嵌入 | 增强树分类模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量，但涉及CTCL患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-02-28 |
A conditionally immortalized Gli1-positive kidney mesenchymal cell line models myofibroblast transition
2019-01-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00460.2018
PMID:30303712
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研究论文 | 本研究通过遗传策略分离出一种条件性永生的Gli1阳性肾脏间充质细胞系（KGli1），用于模拟肌成纤维细胞转化过程 | 开发了首个能够维持间充质干细胞样特性、响应hedgehog通路激活并展示TGF-β诱导肌成纤维细胞分化的Gli1阳性肾脏细胞系 | 研究主要基于体外细胞模型，体内验证仍需进一步实验 | 研究肾脏纤维化中Gli1阳性间充质干细胞样细胞向肌成纤维细胞转化的机制 | 条件性永生的Gli1阳性肾脏间充质细胞系（KGli1） | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency
2019-Nov-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064
PMID:31733517
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示维生素E缺乏对背根神经节机械敏感性神经元的分子特征和功能特性的深刻影响 | 发现维生素E缺乏主要影响机械敏感性TH+神经元而非预期的本体感觉神经元，揭示了电压门控钙钾通道上调的新机制 | 研究使用Ttpa基因敲除小鼠模型，在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 研究维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响 | 背根神经节神经元，特别是酪氨酸羟化酶阳性(TH+)的机械敏感性神经元 | 单细胞测序 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Ttpa基因敲除小鼠的背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification
2019-06-19, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010
PMID:31128945
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析视网膜发育过程，发现NFI转录因子调控有丝分裂退出和晚生细胞特化 | 首次在视网膜发育过程中系统鉴定NFI转录因子对双极中间神经元和Müller胶质细胞命运特化的调控作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏直接的功能验证实验 | 揭示神经元前体细胞中基因表达的精确时序调控机制 | 视网膜发育过程中的神经元前体细胞和各类视网膜细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10个发育阶段的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species
2019-05-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004
PMID:31121116
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研究论文 | 开发了scCoGAPS和projectR工具，通过潜在空间表示和迁移学习实现跨细胞测量、平台、组织和物种的细胞身份分析 | 提出基于潜在空间分解的细胞身份分析方法，能够避免批次效应和技术特征干扰，实现跨数据集和物种的生物学特征比较 | 方法依赖于源数据集的质量和代表性，潜在空间的解释仍需进一步验证 | 开发单细胞RNA测序数据的探索性分析工具，实现跨数据集和物种的细胞身份比较 | 小鼠视网膜发育数据、成年小鼠视网膜、人类视网膜发育时间序列、发育中大脑scRNA-seq数据、染色质可及性数据和小鼠细胞类型图谱 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 潜在空间模型, 迁移学习 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 多个单细胞RNA测序数据集，包括小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression
2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955
PMID:30385653
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析胰腺癌前病变的异质性特征 | 首次在单细胞水平揭示胰腺癌前病变中上皮细胞和肿瘤微环境的异质性变化 | 样本量较小（仅6个样本），仅包含手术切除标本 | 阐明胰腺导管腺癌前病变向浸润性癌进展过程中的分子变化 | 胰腺导管腺癌前病变（IPMNs）和胰腺导管腺癌组织 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5,403个细胞，来自2个低级别IPMN、2个高级别IPMN和2个PDAC样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞测序技术 |
| 35 | 2025-10-06 |
scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis
2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz830
PMID:31697351
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱 | 提供了全面的单细胞RNA测序数据分析功能，包含图形用户界面，支持第三方工具集成 | 未在摘要中明确说明 | 开发单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease
2019-10-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12464-3
PMID:31624246
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示人类T细胞在健康和疾病状态下的组织特异性特征和活化特征 | 首次建立人类T细胞在多个组织部位的高维参考图谱，揭示组织特异性T细胞特征和谱系特异性活化状态 | 样本来源仅限于肺部、淋巴结、骨髓和血液组织，未涵盖所有人体组织 | 研究组织部位对人类T细胞持久性和功能的影响 | 人类T细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过50,000个静息和活化T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis
2019-10-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783
PMID:31604843
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鉴定生物材料诱导的功能性巨噬细胞亚群及其在组织修复和纤维化中的作用 | 首次发现CD9IL-36γ巨噬细胞亚群驱动IL-17介导的纤维化过程 | 体内功能性巨噬细胞亚群的鉴定和表型特征描述仍有限 | 研究生物材料诱导的巨噬细胞亚群在免疫反应和组织修复中的功能 | 小鼠和人类组织样本中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 无偏聚类和伪时间分析 | 单细胞RNA测序数据 | 从小鼠生物基质和合成生物材料中分选的巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis
2019-10-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749
PMID:31604845
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞在组织修复和纤维化过程中的多样性作用 | 首次通过单细胞RNA测序系统解析巨噬细胞在组织修复与纤维化中的异质性功能 | NA | 阐明巨噬细胞在组织再生和纤维化过程中的作用机制 | 巨噬细胞 | 单细胞组学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-06 |
Fifty Shades of Microglia
2019-07, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010
PMID:31005331
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评论 | 本文通过评述Masuda等人的单细胞RNA测序研究，探讨小胶质细胞在不同脑区、发育阶段和病理状态下的异质性 | 整合跨物种比较分析，首次在多发性硬化症患者中发现表型保守的小胶质细胞亚群 | NA | 解析小胶质细胞在脑发育和疾病过程中的时空异质性 | 小鼠和人类的小胶质细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation
2019-12-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1906-x
PMID:31892341
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研究论文 | 评估冷保存对人体肺、脾和食管组织稳定性的单细胞RNA测序研究 | 首次系统评估多种人体器官在冷保存条件下单细胞RNA测序数据的稳定性，为样本收集提供时间窗口指导 | 仅评估了三种器官组织，样本量相对有限（≥5名供体），未涵盖所有人体组织类型 | 研究冷保存时间对单细胞RNA测序数据质量的影响，优化样本处理流程 | 健康人体肺组织、脾组织和食管组织 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | 单细胞转录组数据,基因组序列数据 | ≥5名供体的肺、脾和食管组织，共240,000个高质量单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |