单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	High-throughput dense reconstruction of cell lineages 2019-12, Open biology IF:4.5Q1 DOI:10.1098/rsob.190229 PMID:31822210	评论	本文汇编了关于高通量细胞谱系重建会议的共识，讨论了新技术的挑战及解决方案	探讨了结合单细胞RNA测序的新工具，允许在单细胞分辨率下重建复杂模型生物的谱系	会议内容仅为共识，并未提供具体实验数据和结果	研究新工具在重建细胞谱系中的应用及其技术挑战	高通量细胞谱系重建的新工具和策略	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
22	2024-08-05	Single-cell connectomic analysis of adult mammalian lungs 2019-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaw3851 PMID:31840053	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了成年哺乳动物肺部细胞间相互作用	揭示了肺泡细胞群体之间的信号传递系统，并确定了各细胞类型在远端肺部的功能角色	研究主要集中于成年哺乳动物，未涉及其他发展阶段或物种的肺部细胞交互	阐明影响组织稳态的细胞间相互作用机制	成年小鼠、大鼠、猪和人类的肺组织	数字病理学	慢性肺病	单细胞RNA测序	NA	组织样本	未明确说明具体样本数量
23	2024-08-05	Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control Feeding 2019-11-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.031 PMID:31730854	研究论文	本文揭示了控制进食的迷走神经感觉神经元的遗传特征	首次通过单细胞RNA测序技术明确识别出影响食物摄入的特定迷走神经元及其信号	推测其功能的实验主要依赖于外周操作与中央记录，尚需进一步验证	探讨迷走神经在调节食物摄入中的具体作用	迷走神经相关的感觉神经元及其对进食的影响	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
24	2024-08-05	Integrative Transcriptomics Reveals Sexually Dimorphic Control of the Cholinergic/Neurokine Interface in Schizophrenia and Bipolar Disorder 2019-10-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.09.017 PMID:31618642	研究论文	本研究揭示了在精神分裂症和双相情感障碍中，胆碱能/神经激素界面的性别差异控制	提出了一种结合大规模转录组元分析与单细胞测序数据的整合方法	RNA测序分析通常限于识别最低p值的转录本，未能解决多基因现象	旨在探讨精神分裂症和双相情感障碍中性别差异的转录组特征	分析精神分裂症和双相情感障碍患者的皮层转录本	数字病理学	精神分裂症, 双相情感障碍	RNA测序, 单细胞测序	NA	转录组数据	来自精神分裂症和双相情感障碍患者的脑组织样本
25	2024-08-05	Benchmark and Parameter Sensitivity Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Clustering Methods 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01253 PMID:31921297	研究论文	本文提供了对单细胞RNA测序聚类方法的基准测试和参数敏感性分析	探讨了用户选择的参数设置对模型性能的显著影响，并提供了不同使用模式和数据集特点下方法的评估	尚未进行大规模研究以调查不同实验背景下选择的参数对结果的影响	旨在提供有关单细胞RNA测序聚类方法优缺点的新见解	研究不同聚类方法在多种使用模式和参数设置下的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	真实和模拟数据集	多个数据集，具体样本量不详
26	2024-08-05	Establishment of a high-resolution 3D modeling system for studying pancreatic epithelial cell biology in vitro 2019-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2019.09.005 PMID:31767167	研究论文	本文建立了一种高分辨率的三维培养系统，用于研究胰腺上皮细胞生物学	本文首次建立了一种简单可重复的基于Matrigel的三维囊泡培养模型，可用于小鼠和人类胰腺前体的研究	尚未提及实验证明该系统在体内应用的有效性	研究胰腺上皮化和内分泌发育的机制	小鼠和人类的胰腺前体细胞	数字病理学	胰腺疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	三维囊泡培养模型	细胞文化数据	NA
27	2024-08-05	Exploratory analysis of transposable elements expression in the C. elegans early embryo 2019-Nov-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3088-7 PMID:31757208	研究论文	本研究分析了转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达情况	开发了一种生物信息学管道，能够特异性量化转座元件的表达，并探讨其与发育基因的相关性	未提及具体的实验验证数据	探讨转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达及其可能的功能	秀丽隐杆线虫早期胚胎中不同细胞类型的转座元件表达	数字病理学	NA	sc-RNAseq	NA	RNA-seq数据	利用公共数据集，涉及多种细胞类型
28	2024-08-05	Single cell transcriptome atlas of the Drosophila larval brain 2019-11-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50354 PMID:31746739	研究论文	本文介绍了果蝇幼虫大脑的单细胞转录组图谱	文章创新性在于建立了单细胞转录组图谱，并揭示了不同细胞类型对饥饿状态下的转录响应差异	研究仅限于果蝇幼虫的第一龄期大脑，可能不适用于其他发育阶段或物种	探索大脑细胞的多样性及其在饥饿情况下的转录变化	果蝇幼虫大脑的细胞类型和转录组	数字病理	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
29	2024-08-05	Systematic comparative analysis of single-nucleotide variant detection methods from single-cell RNA sequencing data 2019-11-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1863-4 PMID:31744515	研究论文	本研究对七种单核苷酸变异(SNV)检测工具的性能进行了系统比较	本研究首次为scRNA-seq数据评估了不同SNV检测工具的性能	在低读深度和特定基因组环境下，灵敏度显著降低	评估单细胞RNA测序中SNV检测工具的性能	七种SNV检测工具，包括SAMtools、GATK管道等	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	模拟数据和scRNA-seq数据	涉及七种工具的比较
30	2024-08-05	Subsets of mononuclear phagocytes are enriched in the inflamed colons of patients with IBD 2019-11-12, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-019-0322-z PMID:31718550	研究论文	本文分析了炎症性肠病（IBD）患者结肠组织中单核巨噬细胞亚群的富集情况	首次聚焦于炎症性肠病患者结肠中单核巨噬细胞的富集特征及其与疾病严重程度的相关性	未深入探讨这些免疫细胞与其他细胞在肠道微环境中的相互作用	研究单核巨噬细胞在IBD中的作用及其在结肠炎症中的富集情况	IBD患者的结肠活检样本	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	来自不同肠道位置和疾病严重程度的多种样本
31	2024-08-05	Building gene regulatory networks from scATAC-seq and scRNA-seq using Linked Self Organizing Maps 2019-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006555 PMID:31682608	研究论文	本文介绍了一种利用自组织映射（SOM）将scATAC-seq区域与scRNA-seq基因连接的新方法。	提出了一种新的方法克服了现有分析方法在处理高噪声和稀疏数据集时的挑战，并能够生成草图式的调节网络。	该方法可能仍依赖于特定的时间序列分析和细胞类型的多样性。	研究的目的是开发一种新的分析方法，以整合不同单细胞测定的数据。	研究对象为小鼠前B细胞分化过程中的基因表达和染色质数据。	数字病理学	NA	scATAC-seq 和 scRNA-seq	自组织映射（SOM）	基因组数据	NA
32	2024-08-05	LAmbDA: label ambiguous domain adaptation dataset integration reduces batch effects and improves subtype detection 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz295 PMID:31038689	研究论文	本文开发了一种独立于物种和数据集的迁移学习框架LAmbDA，旨在减少批次效应并改善细胞亚型检测	LAmbDA框架能够在多个数据集和物种之间进行模型训练，解决了标记模糊的问题并提高了细胞亚型识别的准确性	研究主要集中在模拟数据和特定组织（如胰腺和大脑）上，可能在其他实际后台数据中的表现尚不明确	研究旨在开发一种新的方法，减少数据集间的系统偏差，并提高细胞亚型的分类精度	研究对象为不同物种和组织的单细胞RNA测序数据集中的细胞亚型	生物计算	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	前馈神经网络（Feedforward Neural Network）	单细胞RNA测序数据	模拟数据集1: n/a; 模拟数据集2: n/a; 胰腺数据集: n/a; 大脑数据集: n/a
33	2024-08-05	Heterogeneity and plasticity in healthy and atherosclerotic vasculature explored by single-cell sequencing 2019-Oct-01, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvz185 PMID:31350876	综述	文章探讨了通过单细胞测序研究健康和动脉粥样硬化血管中的异质性和可塑性。	提出了异质性和可塑性的定义，并通过单细胞测序探讨了血管中的新知识。	当前单细胞测序研究在重复次数、细胞数量和空间信息的丧失方面存在一些局限性。	研究单细胞测序在揭示血管异质性中的应用及其局限性。	研究了健康和动脉粥样硬化血管中的细胞异质性和可塑性。	数字病理学	动脉粥样硬化	单细胞测序（SCS）	NA	RNA序列数据	使用了不同数量的细胞，具体数量不详
34	2024-08-05	Decoding human fetal liver haematopoiesis 2019-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1652-y PMID:31597962	research paper	本文研究了人类胎儿肝脏中的确定性造血过程	通过单细胞转录组分析，揭示了人类发育过程中血液和免疫细胞的谱系	在对人类的理解方面仍然有限，特别是在特定的微环境影响下	探讨胎儿肝脏中的造血干细胞和多能前体的自我更新及分化机制	大约140,000个肝脏细胞和74,000个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	约140,000个肝脏细胞和74,000个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞
35	2024-08-05	Embracing Systems Toxicology at Single-Cell Resolution 2019-Aug, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2019.04.003 PMID:31768481	研究论文	本文探讨了单细胞分辨率下的系统毒理学。	介绍了单细胞RNA测序如何改变系统毒理学研究，能够敏感地检测细胞变化并精确识别受毒物影响的细胞	NA	研究系统毒理学在单细胞解析中的应用	主要集中在通过单细胞技术研究细胞特定的变化和响应轨迹	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
36	2024-08-05	Global prediction of chromatin accessibility using small-cell-number and single-cell RNA-seq 2019-11-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz716 PMID:31428792	研究论文	本文展示了如何使用RNA-seq全球预测染色质可及性并推断调控元件活性	本文提出了一种基于RNA-seq的预测方法，能在样本细胞数量有限的情况下提供比ATAC-seq更高的准确性	虽然RNA-seq在小细胞数量样本中表现良好，但信号的精确性和噪声问题依然存在	研究如何使用RNA-seq实现染色质可及性的预测	涉及30个细胞的样本以及与ATAC-seq和scATAC-seq的比较	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因组数据	30个细胞
37	2024-08-05	IL-2 production by self-reactive CD4 thymocytes scales regulatory T cell generation in the thymus 2019-11-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20190993 PMID:31434685	研究论文	本研究探讨了自反应CD4胸腺细胞产生的IL-2如何调节胸腺中调节性T细胞的生成	提出了IL-2作为关键环境因子，由自反应CD4SP胸腺细胞产生，从而调控胸腺中Treg细胞的生成规模	未提供对不同类型自反应CD4SP胸腺细胞的全面分析	研究IL-2在胸腺中调节性T细胞生成中的作用	主要研究成熟的CD4单阳性胸腺细胞及其产生的IL-2	免疫学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
38	2024-08-05	Cell-type-specific analysis of alternative polyadenylation using single-cell transcriptomics data 2019-11-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz781 PMID:31501864	研究论文	该文章探讨了使用单细胞转录组数据分析细胞特异性的替代多聚腺苷酸化	提出了一种从单细胞RNA测序数据中分析APA调控模式的方法	对APA的理解仍然处于初步阶段	研究替代多聚腺苷酸化在不同细胞类型中的调控	不同组织的多组数据及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个不同组织的数据集
39	2024-08-05	Applications of single cell RNA sequencing to research of stem cells 2019-Oct-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v11.i10.722 PMID:31692946	综述	该文章探讨了单细胞RNA测序技术在干细胞研究中的应用	强调了单细胞RNA测序在揭示干细胞异质性及其子群体方面的重要性	未提及具体的实验数据或研究局限性	旨在深入理解干细胞的异质性及其潜在的治疗应用	主要研究干细胞的不同亚群体及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
40	2024-08-05	Lgr5 and Col22a1 Mark Progenitor Cells in the Lineage toward Juvenile Articular Chondrocytes 2019-10-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.006 PMID:31522976	研究论文	本文通过谱系追踪研究识别了Lgr5标记的细胞群体在关节组织形成中的贡献	揭示了Lgr5细胞在关节前体的谱系分化及其向关节软骨细胞的进展中的重要性	对谱系标记的细胞在整个关节组织形成过程中的具体作用尚不完全了解	探索关节形成过程中前体细胞的谱系规格化	Lgr5和Col22a1标记的前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	NA