单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic atlas of the human retina identifies cell types associated with age-related macular degeneration
2019-10-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12780-8
PMID:31653841
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研究论文 | 本文通过大规模并行单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人类视网膜的首个单细胞转录组图谱，并识别了与年龄相关性黄斑变性（AMD）相关的细胞类型。 | 首次报道了人类视网膜的单细胞转录组图谱，并通过多分辨率网络分析识别了所有主要视网膜细胞类型及其基因表达特征。 | NA | 识别与年龄相关性黄斑变性（AMD）相关的细胞类型。 | 人类视网膜的细胞类型及其基因表达特征。 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 使用两个独立平台进行的人类视网膜样本。 | NA | NA | NA | NA |
| 362 | 2024-08-09 |
Generation and function of progenitor T cells from StemRegenin-1-expanded CD34+ human hematopoietic progenitor cells
2019-10-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2018026575
PMID:31648315
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研究论文 | 研究通过使用StemRegenin-1（SR1）扩增的CD34+人造血祖细胞生成前体T细胞，并探讨其在加速T细胞重建和恢复免疫功能中的作用 | 首次展示了SR1扩增的脐带血可以诱导CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPCs）超过250倍的扩增，并能生成大量前体T细胞，这些细胞在体内显示出有效的胸腺植入和外周T细胞功能 | 研究仅在17名患者中进行了初步的临床试验，需要更大规模的研究来验证其安全性和有效性 | 加速造血干细胞移植（HSCT）后的免疫恢复，减少T细胞免疫缺陷 | 脐带血来源的CD34+造血干细胞和祖细胞，以及由此生成的前体T细胞 | 造血干细胞移植 | NA | StemRegenin-1扩增技术 | NA | 单细胞RNA测序 | 17名接受SR1扩增和未扩增脐带血单位的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 363 | 2024-08-09 |
Phenotypic Switching of Naïve T Cells to Immune-Suppressive Treg-Like Cells by Mutant KRAS
2019-Oct-18, Journal of clinical medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jcm8101726
PMID:31635338
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研究论文 | 本文研究了突变型KRAS如何通过肿瘤源性外泌体、患者血清或小鼠异种移植模型诱导CD4 T细胞向免疫抑制性Treg样细胞的表型转换 | 发现了一种新的细胞外非细胞因子依赖的KRAS在T细胞表型转换中的作用 | NA | 探讨突变型KRAS在T细胞表型转换中的作用及其在非小细胞肺癌治疗中的潜在应用 | CD4 T细胞、突变型KRAS非小细胞肺癌细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | 数学模型 | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 364 | 2024-08-09 |
Combinatorial prediction of marker panels from single-cell transcriptomic data
2019-10, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199005
PMID:31657111
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研究论文 | 本文介绍了一种名为COMET的计算框架，用于从单细胞转录组数据中识别细胞群体的候选标记面板 | COMET框架首次实现了多基因标记面板的相关性排序预测，并展示了其在单基因和多基因水平上的准确性 | NA | 开发一种新的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞群体的标记面板 | 单细胞转录组数据中的细胞群体及其标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 365 | 2024-08-09 |
Clustering methods for single-cell RNA-sequencing expression data: performance evaluation with varying sample sizes and cell compositions
2019-08-14, Statistical applications in genetics and molecular biology
IF:0.8Q3
DOI:10.1515/sagmb-2019-0004
PMID:31646845
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研究论文 | 本文评估了11种单细胞RNA测序（scRNA-seq）聚类方法在不同样本大小和细胞组成条件下的性能 | 首次系统评估了样本大小和细胞组成对scRNA-seq数据聚类方法性能的影响 | 研究仅使用了合成数据集，可能与真实数据存在差异 | 评估不同样本大小和细胞组成对scRNA-seq数据聚类方法性能的影响 | 11种scRNA-seq聚类方法的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 聚类方法 | 表达数据 | 合成数据集，具有不同的样本大小和子群数量 | NA | NA | NA | NA |
| 366 | 2024-08-09 |
Mind the Map: Technology Shapes the Myeloid Cell Space
2019, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2019.02287
PMID:31636632
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研究论文 | 本文探讨了髓系细胞系统中细胞类型分类的挑战，并讨论了多维技术如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序在细胞类型识别中的应用 | 利用多维技术如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序来挑战现有的细胞类型理解，并提出新的分类策略 | 尽管新技术强大，但需要将其结果与数十年来建立的先前知识相结合 | 报告髓系细胞系统中细胞类型分类的早期尝试，讨论当前方法及其优缺点，并提出未来分类策略 | 髓系细胞系统的细胞类型分类 | NA | NA | 质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 367 | 2024-08-09 |
MTGO-SC, A Tool to Explore Gene Modules in Single-Cell RNA Sequencing Data
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00953
PMID:31649730
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MTGO-SC的工具，用于在单细胞RNA测序数据中探索基因模块 | MTGO-SC是专门为单细胞RNA测序数据设计的生物网络模块检测算法的适应版本，能够利用网络拓扑结构和节点（基因）的注释来隔离基因功能模块 | NA | 旨在通过识别基因交互网络中的功能模块来理解生物过程，揭示生物机制、候选生物标志物或药物发现/再定位的潜在目标 | 单细胞RNA测序数据中的基因模块 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | MTGO-SC算法 | 基因网络数据 | 每个细胞簇（通常是细胞类型或状态）组成每个样本的网络 | NA | NA | NA | NA |
| 368 | 2024-08-09 |
Microbiome Big-Data Mining and Applications Using Single-Cell Technologies and Metagenomics Approaches Toward Precision Medicine
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00972
PMID:31649735
|
综述 | 本文综述了利用单细胞测序和宏基因组学方法进行微生物组大数据挖掘的当前分析策略及其在精准医学中的应用 | 提出了多组学方法和单细胞测序的整合，以全面理解微生物组在宏观和微观层面的特性 | NA | 探讨微生物组大数据挖掘在精准医学中的应用 | 微生物组及其与宿主器官和疾病的关系 | 精准医学 | NA | 单细胞测序, 宏基因组学 | NA | 大数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 369 | 2024-08-09 |
Evaluation of methods to assign cell type labels to cell clusters from single-cell RNA-sequencing data
2019, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.18490.3
PMID:31508207
|
研究论文 | 本文评估了五种方法在单细胞RNA测序数据中为细胞簇分配细胞类型标签的性能 | 首次系统比较了多种方法在单细胞RNA测序数据中为细胞簇分配细胞类型标签的性能 | 方法性能受细胞类型签名中基因数量的影响，小签名更可能导致错误结果 | 评估不同方法在单细胞RNA测序数据中自动分配细胞类型标签的能力 | 五种方法在不同单细胞RNA测序数据集中的表现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 涉及五个数据集，细胞数量从约3,700到约68,000不等 | NA | NA | NA | NA |
| 370 | 2024-08-09 |
Many Ways to Build a Polyp
2019-12, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2019.09.003
PMID:31629552
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究淡水刺胞动物Hydra的再生能力，揭示了构建Hydra水螅体的细胞谱系和基因调控网络 | 首次通过转录因子特征直接比较Hydra和水螅体在身体结构上的差异 | NA | 研究Hydra水螅体的构建机制 | Hydra水螅体的细胞谱系和基因调控网络 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 371 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thymic Lymphoid Progenitors and Thymus Organogenesis in Human Embryos
2019-11-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.008
PMID:31604687
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了人类胚胎中前胸腺淋巴祖细胞和胸腺器官发生的空间时间发育过程 | 首次揭示了人类胚胎中前胸腺淋巴祖细胞的类型和特征，并探讨了胸腺上皮细胞发育及细胞间相互作用在胸腺器官发生中的作用 | NA | 阐明调控人类胚胎中T淋巴细胞生成的细胞和分子机制 | 人类胚胎中的淋巴祖细胞和胸腺器官发生 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个胚胎和胎儿阶段的造血和造血干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 372 | 2024-08-09 |
TCF-1-Centered Transcriptional Network Drives an Effector versus Exhausted CD8 T Cell-Fate Decision
2019-11-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.013
PMID:31606264
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和谱系追踪研究了TCF-1在慢性感染早期驱动CD8 T细胞命运分岔中的作用 | 首次揭示了TCF-1在早期命运决定和初始生成耗竭CD8 T细胞中的作用，并发现PD-1稳定了TCF-1耗竭前体细胞池 | NA | 探讨TCF-1在CD8 T细胞命运决定中的作用及其机制 | TCF-1在慢性感染早期对CD8 T细胞命运分岔的影响 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | TCF-1Ly108PD-1 CD8 T细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 373 | 2024-08-09 |
Author Correction: Tubular cell and keratinocyte single-cell transcriptomics applied to lupus nephritis reveal type I IFN and fibrosis relevant pathways
2019-Nov, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0529-4
PMID:31605099
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 374 | 2024-08-09 |
Landscape of Noncoding RNA in Prostate Cancer
2019-11, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2019.08.004
PMID:31623872
|
综述 | 本文综述了前列腺癌中非编码RNA的最新发现，特别是长非编码RNA（lncRNAs）和环状RNA（circRNAs）的生物学特性及其临床应用 | 介绍了非编码RNA在前列腺癌中的新研究方向，如RNA-蛋白质相互作用、RNA二级结构和空间转录组学 | NA | 总结前列腺癌中lncRNAs和circRNAs的最新发现，并讨论其临床应用 | 前列腺癌中的非编码RNA，特别是lncRNAs和circRNAs | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA-蛋白质相互作用、RNA二级结构、空间转录组学 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 375 | 2024-08-09 |
PhISCS: a combinatorial approach for subperfect tumor phylogeny reconstruction via integrative use of single-cell and bulk sequencing data
2019-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.234435.118
PMID:31628256
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PhISCS的方法，通过整合单细胞和批量测序数据，用于亚完美肿瘤系统发育重建 | PhISCS是首个整合单细胞和批量测序数据并考虑违反ISA突变的方法，提供了解决方案的最优性保证 | 单细胞测序技术的局限性，如频繁的等位基因丢失和可变的序列覆盖，可能导致无法构建完美的系统发育树 | 解决单细胞测序数据在肿瘤系统发育重建中的局限性，并提出一种新的组合方法 | 肿瘤系统发育树的重建 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序, 批量测序 | 整数线性规划(ILP), 布尔约束满足问题(CSP) | 单细胞测序数据, 批量测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 376 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Gene Expression Dynamics Leading to Lineage Commitment in Early T Cell Development
2019-10-23, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.09.008
PMID:31629685
|
研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示了早期T细胞发育中导致谱系决定的调控基因表达动态 | 利用单细胞RNA测序和顺序多重单分子荧光原位杂交技术，首次详细定义了T细胞发育中的调控变化顺序 | NA | 揭示早期T细胞发育中的基因表达调控机制 | 早期T细胞发育过程中的基因表达和细胞分化 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），顺序多重单分子荧光原位杂交（seqFISH） | NA | 基因表达数据 | 多个免疫表型定义的早期T细胞前体（ETP）群体 | NA | NA | NA | NA |
| 377 | 2024-08-09 |
DeepImpute: an accurate, fast, and scalable deep neural network method to impute single-cell RNA-seq data
2019-10-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1837-6
PMID:31627739
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于深度神经网络的单细胞RNA测序数据插补方法DeepImpute | DeepImpute利用dropout层和损失函数学习数据模式，实现了比其他六种公开可用方法更高的插补准确性 | NA | 开发一种准确、快速且可扩展的单细胞RNA测序数据插补方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 数万个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 378 | 2024-08-09 |
Multimodal Analysis of Cell Types in a Hypothalamic Node Controlling Social Behavior
2019-10-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.09.020
PMID:31626771
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了控制社会行为的下丘脑腹内侧核（VMHvl）中的细胞类型 | 首次揭示了VMHvl中17种转录组类型（T-types），包括几种性二态性集群，并探讨了它们与轴突投射和行为激活的关系 | 研究发现只有少数VMHvl T-types与行为特异性激活和连接有明确对应关系 | 探究VMHvl中的细胞类型数量及其与连接性和行为功能的关系 | 下丘脑腹内侧核（VMHvl）中的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | CCA（典型相关分析） | RNA序列 | 约4,500个神经元（SMART-seq）和约78,000个神经元（10x） | NA | NA | NA | NA |
| 379 | 2024-08-09 |
Transcriptional Atlas of Intestinal Immune Cells Reveals that Neuropeptide α-CGRP Modulates Group 2 Innate Lymphoid Cell Responses
2019-10-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.004
PMID:31618654
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小肠免疫细胞在稳态和2型炎症反应下的转录图谱，揭示了神经肽α-CGRP对2型先天淋巴细胞反应的调节作用。 | 首次揭示了α-CGRP通过神经信号传导抑制ILC2扩增并维持2型免疫机制的稳态。 | NA | 系统地表征小肠中2型炎症反应的免疫细胞响应。 | 小肠中的免疫细胞，特别是2型先天淋巴细胞（ILC2s）。 | NA | 2型炎症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 58,067个小肠免疫细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 380 | 2024-08-09 |
Transcriptional Networks of Microglia in Alzheimer's Disease and Insights into Pathogenesis
2019-10-12, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes10100798
PMID:31614849
|
综述 | 本文综述了阿尔茨海默病中微胶质细胞的转录网络分析及其在疾病发病机制中的作用 | 介绍了从微阵列到单细胞RNA测序（scRNA-seq）的技术进步，以及这些技术如何帮助揭示微胶质细胞在阿尔茨海默病中的基因表达网络 | NA | 探讨转录网络分析如何为阿尔茨海默病的发病机制和治疗提供新的见解 | 微胶质细胞在阿尔茨海默病中的转录网络 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |