单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-09 |
Activation of Skeletal Stem and Progenitor Cells for Bone Regeneration Is Driven by PDGFRβ Signaling
2019-10-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2019.08.013
PMID:31543445
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞转录组分析，结合谱系追踪和条件性小鼠突变，揭示了PDGF-PDGFRβ信号在骨修复过程中对骨骼干细胞和祖细胞（SSPCs）扩展、迁移和血管生成的重要作用。 | 本研究首次确定了PDGF-PDGFRβ信号在骨修复中对SSPCs的激活和招募的关键作用，并揭示了MMP-9和VCAM-1在其下游的机制。 | NA | 探索骨修复过程中骨骼干细胞和祖细胞的激活和招募机制。 | 骨骼干细胞和祖细胞（SSPCs）及其在骨修复中的作用。 | NA | NA | 单细胞转录组分析，谱系映射，细胞追踪，条件性小鼠突变 | NA | 转录组数据 | NA |
| 362 | 2024-08-09 |
Human Germline Cell Development: from the Perspective of Single-Cell Sequencing
2019-10-17, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.08.025
PMID:31563431
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综述 | 本文综述了通过单细胞测序技术分析人类生殖细胞发育的进展 | 利用单细胞转录组和表观基因组测序技术，全面剖析人类生殖细胞发育的组学动态 | NA | 探讨人类生殖细胞发育的分析进展 | 包括植入前和植入胚胎、胎儿生殖细胞（FGCs）以及成年精子发生 | NA | NA | 单细胞转录组和表观基因组测序技术 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 363 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of hESC-Derived 3D Retinal Organoids Reveals Novel Genes Regulating RPC Commitment in Early Human Retinogenesis
2019-10-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.012
PMID:31543471
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了从人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中分离的细胞，揭示了早期人类视网膜发生中视网膜祖细胞（RPC）的时序进展 | 发现了两种具有独特分子特征的RPC亚型，并识别了与Notch和Wnt信号通路以及染色质重塑相关的动态调控基因，特别是CCND1在促进早期视网膜神经发生中的作用 | NA | 揭示早期人类视网膜发生中的关键通路和新基因 | 人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中分离的细胞 |
| 364 | 2024-08-09 |
Transcriptional control of lung alveolar type 1 cell development and maintenance by NK homeobox 2-1
2019-10-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1906663116
PMID:31548395
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研究论文 | 本文通过细胞特异性敲除小鼠模型、基因组分析和3D成像技术，研究了NK homeobox 2-1（NKX2-1）在肺泡I型细胞（AT1细胞）发育和维持中的作用 | 首次揭示了NKX2-1在AT1细胞转录调控网络中的关键作用，并展示了AT1细胞在特定条件下向胃肠道细胞命运转变的惊人可塑性 | NA | 探究NKX2-1在肺泡I型细胞发育和维持中的转录调控作用 | 肺泡I型细胞（AT1细胞） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、3D成像 | NA | 基因组数据 | 细胞特异性敲除小鼠模型 |
| 365 | 2024-08-09 |
Aldh1b1 expression defines progenitor cells in the adult pancreas and is required for Kras-induced pancreatic cancer
2019-10-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1901075116
PMID:31548432
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研究论文 | 本文研究了成年胰腺中Aldh1b1表达的前体细胞，并探讨了其在Kras诱导的胰腺癌中的作用 | 首次证明了Aldh1b1表达的中心腺泡细胞在成年胰腺中的前体细胞特性，并揭示了其在Kras诱导的胰腺癌中的关键作用 | NA | 探讨成年胰腺中前体细胞的存在及其在癌症发展中的潜在作用 | 成年胰腺中的前体细胞及其在胰腺癌中的作用 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 366 | 2024-08-09 |
Revisiting Vascular Remodeling in the Single-Cell Transcriptome Era
2019-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.119.313174
PMID:31553668
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 367 | 2024-08-09 |
Urothelial organoids originating from Cd49fhigh mouse stem cells display Notch-dependent differentiation capacity
2019-09-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12307-1
PMID:31562298
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研究论文 | 本文建立了可长期维持的鼠源尿路上皮类器官，并研究了其分化能力 | 首次建立了可无限期维持的鼠源尿路上皮类器官，并揭示了Notch信号通路在其分化中的作用 | NA | 研究尿路上皮干细胞生物学及其分化机制 | 鼠源尿路上皮干细胞及其类器官 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 五个具有不同基因表达谱的细胞群 |
| 368 | 2024-08-09 |
An Efficient and Flexible Method for Deconvoluting Bulk RNA-Seq Data with Single-Cell RNA-Seq Data
2019-09-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells8101161
PMID:31569701
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research paper | 本文开发了一种名为多组学矩阵分解（MOMF）的计算统计方法，用于利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据估算批量RNA测序（RNA-seq）数据的细胞类型组成 | MOMF方法不仅直接建模基因表达数据的计数性质，还有效考虑了细胞类型特异性平均基因表达水平的不确定性 | NA | 估算复杂疾病的细胞类型组成，以研究疾病的细胞异质性，并可能促进早期疾病诊断和预防 | 胶质母细胞瘤（GBM）、结直肠癌（CRC）和2型糖尿病（T2D）的细胞类型组成 | digital pathology | NA | RNA-seq, scRNA-seq | MOMF | 基因表达数据 | 涉及胶质母细胞瘤、结直肠癌和2型糖尿病的研究数据 |
| 369 | 2024-08-09 |
Ageing affects DNA methylation drift and transcriptional cell-to-cell variability in mouse muscle stem cells
2019-09-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12293-4
PMID:31554804
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研究论文 | 研究探讨了衰老对小鼠肌肉干细胞DNA甲基化漂移和转录细胞间变异性的影响 | 首次结合单细胞转录组和DNA甲基组分析，揭示了衰老过程中干细胞分子多样性的变化 | NA | 探究衰老过程中干细胞的分子多样性变化及其机制 | 小鼠肌肉干细胞的DNA甲基化和转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学 | NA | 转录组和DNA甲基组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 370 | 2024-08-09 |
Cytogenetics and Cytogenomics Evaluation in Cancer
2019-Sep-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms20194711
PMID:31547595
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研究论文 | 本文探讨了细胞遗传学和细胞基因组学技术在癌症检测、分子特征识别以及癌症起始和发展理解中的应用 | 介绍了单细胞测序技术在癌症基因组学中的新应用，如肿瘤内异质性检测、克隆进化图谱绘制等 | 尽管技术进步，但许多候选生物标志物尚未在临床中得到明确的患者益处 | 旨在通过高吞吐量技术进步和多学科努力，提高对人类癌症染色体重排和基因组改变的理解 | 癌症的细胞遗传学和细胞基因组学技术 | 数字病理学 | NA | 下一代测序技术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 371 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Spatial and Temporal Turnover of Keratinocyte Differentiation Regulators
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00775
PMID:31552090
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据，分析了22,338个人类包皮角质形成细胞的转录调控，揭示了角质形成细胞分化调控因子的空间和时间变化 | 识别了在角质形成细胞分化过程中协同表达变化的转录因子组，并展示了这些转录因子在超级增强子中的预测结合富集与分化状态的转变一致 | NA | 研究角质形成细胞分化过程中的动态基因调控 | 人类包皮角质形成细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 22,338个人类包皮角质形成细胞 |
| 372 | 2024-08-09 |
Cross-Species Analysis of Single-Cell Transcriptomic Data
2019, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2019.00175
PMID:31552245
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综述 | 本文综述了跨物种单细胞转录组数据分析的计算方法发展 | 探讨了跨物种单细胞数据比较的新计算方法，有望深入理解细胞层面的进化作用 | 跨物种比较受多种生物和技术因素影响，如批次效应和基因进化关系 | 开发详细的细胞类型系统发育树，描述跨物种细胞类型的进化和发育关系 | 跨物种的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及多个物种和分类群的单细胞 |
| 373 | 2024-08-09 |
Expansion of Hydra actinoporin-like toxin (HALT) gene family: Expression divergence and functional convergence evolved through gene duplication
2019-Dec, Toxicon : official journal of the International Society on Toxinology
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.toxicon.2019.09.007
PMID:31513812
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研究论文 | 研究探讨了Hydra actinoporin-like toxin (HALT)基因家族的扩展，以及通过基因重复导致的表达分歧和功能趋同 | 发现HALT基因家族通过基因重复后表达的亚功能化，使其在不同细胞类型中具有特异性 | HALT-3和HALT-5在单细胞数据集中的信息缺失 | 研究HALT基因家族的功能和表达特异性 | Hydra magnipapillata中的HALT基因及其编码的蛋白质 | NA | NA | ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质, RNA | 涉及六种重组HALT蛋白和单细胞RNA测序数据集 |
| 374 | 2024-08-09 |
Next-generation computational tools for interrogating cancer immunity
2019-12, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0166-7
PMID:31515541
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综述 | 本文综述了用于探究癌症免疫的下一代计算工具，讨论了各种方法的优势和局限性，并提供了方法选择的指导 | 介绍了包括单细胞测序、质谱流式细胞术和多重空间细胞表型分析在内的新兴技术，并探讨了相应的计算方法和软件工具 | 文章主要讨论了现有计算工具的优势和局限性，未深入探讨具体技术的实施细节 | 旨在综述和评估用于处理、分析和可视化癌症免疫多维数据集的计算工具 | 癌症免疫的分子和细胞特征 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序, 质谱流式细胞术, 多重空间细胞表型分析 | NA | 多维数据集 | NA |
| 375 | 2024-08-09 |
Premature mitotic entry induced by ATR inhibition potentiates olaparib inhibition-mediated genomic instability, inflammatory signaling, and cytotoxicity in BRCA2-deficient cancer cells
2019-11, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.12573
PMID:31529615
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研究论文 | 本研究探讨了ATR抑制剂诱导的过早有丝分裂进入如何增强PARP抑制剂奥拉帕尼在BRCA2缺陷癌细胞中的细胞毒性效应 | 发现ATR抑制剂通过加速有丝分裂进入，形成染色质桥和滞后染色体，增强奥拉帕尼处理的BRCA2缺陷细胞的基因组不稳定性 | NA | 揭示PARP抑制剂诱导细胞毒性的机制，并开发增强HR缺陷肿瘤中PARP抑制剂疗效的联合策略 | BRCA2缺陷的癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 使用BRCA2缺陷和Brca2敲除的癌细胞系模型进行实验 |
| 376 | 2024-08-09 |
Valid Post-clustering Differential Analysis for Single-Cell RNA-Seq
2019-10-23, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.07.012
PMID:31521605
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研究论文 | 本文介绍了一种有效的单细胞RNA测序后聚类差异分析框架，旨在解决现有流程中因重复使用同一数据集导致的低p值和假阳性问题 | 提出了一种新的后聚类差异分析框架，纠正了因重复使用同一数据集导致的低p值和假阳性问题 | 未提及 | 改进单细胞RNA测序中的差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类和差异表达分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及 |
| 377 | 2024-08-09 |
Conversion of Sox2-dependent Merkel cell carcinoma to a differentiated neuron-like phenotype by T antigen inhibition
2019-10-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1907154116
PMID:31527246
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研究论文 | 本文研究了通过抑制T抗原来诱导Sox2依赖的Merkel细胞癌向分化型神经元样表型转变的过程 | 首次展示了Merkel细胞癌通过与角质细胞共培养可以发生神经元样分化，并揭示了T抗原和Sox2在这一过程中的关键作用 | 研究主要集中在细胞培养和单细胞RNA测序上，尚未在动物模型或临床试验中验证这些发现 | 探讨Merkel细胞癌向神经元样细胞分化的机制及其潜在的治疗意义 | Merkel细胞癌及其与角质细胞的相互作用 | 数字病理学 | Merkel细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 378 | 2024-08-09 |
Proliferation-competent Tcf1+ CD8 T cells in dysfunctional populations are CD4 T cell help independent
2019-10-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1902701116
PMID:31530725
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研究论文 | 本文探讨了在慢性感染和癌症中，CD4 T细胞辅助对增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代转换和生存的控制作用 | 发现增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体在功能失调的群体中不需要CD4 T细胞辅助，这与传统记忆T细胞需要CD4 T细胞辅助的情况不同 | NA | 研究CD4 T细胞辅助对增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代的影响 | 增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 379 | 2024-08-09 |
Rewiring of the Human Mitochondrial Interactome during Neuronal Reprogramming Reveals Regulators of the Respirasome and Neurogenesis
2019-Sep-27, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2019.08.057
PMID:31536960
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研究论文 | 本研究通过基于质谱的共分离谱和磷酸蛋白质组学，生成了人类多能胚胎癌干细胞和分化神经元样细胞的线粒体相互作用图谱，揭示了神经元分化过程中线粒体相互作用和位点特异性磷酸化的广泛变化。 | 本研究首次展示了神经元分化过程中线粒体相互作用网络的动态重组，并揭示了C20orf24作为呼吸体组装因子的作用，以及神经元源性神经营养因子（NENF）与帕金森病相关蛋白结合促进神经营养活性的机制。 | NA | 研究神经元分化过程中线粒体蛋白组装的变化及其调控机制。 | 人类多能胚胎癌干细胞和分化神经元样细胞的线粒体相互作用网络。 | 生物学 | 帕金森病 | 质谱法，磷酸蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | 600个线粒体蛋白，6442个高质量相互作用 |
| 380 | 2024-08-09 |
Tet inactivation disrupts YY1 binding and long-range chromatin interactions during embryonic heart development
2019-09-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12325-z
PMID:31541101
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研究论文 | 研究探讨了Tet介导的DNA去甲基化在胚胎心脏发育中的作用，特别是在心脏特异性Tet2和Tet3缺失的小鼠模型中，观察到心室非致密化心肌病和胚胎致死现象。 | 首次详细研究了Tet在心脏发育中的功能，揭示了Tet2/3缺失导致的心肌细胞数量减少和转录重编程现象。 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来研究可以扩展到人类胚胎心脏发育的比较分析。 | 探讨Tet在胚胎心脏发育中的生理作用及其对DNA甲基化和染色质组织的影响。 | 研究对象包括人类和小鼠的早期心脏发育过程中的DNA甲基化和羟甲基化动态变化。 | 表观遗传学 | 心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化和羟甲基化数据 | 涉及心脏特异性Tet2和Tet3缺失的小鼠模型 |