单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-08-09 |
Combined cultivation and single-cell approaches to the phylogenomics of nucleariid amoebae, close relatives of fungi
2019-11-25, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2019.0094
PMID:31587649
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研究论文 | 本文通过传统培养和单细胞基因组（SCG）及单细胞转录组扩增方法，研究了核衣壳阿米巴（Opisthokonta）的系统发育基因组学 | 采用SCG扩增技术识别了可能属于Chlamydiales和Rickettsiales的细菌内共生体，并基于264个保守蛋白质和74个单拷贝蛋白质域的数据集进行了系统发育基因组学分析 | 核衣壳阿米巴的多样性和进化历史仍了解不足 | 旨在克服核衣壳阿米巴多样性和进化历史了解不足的限制 | 核衣壳阿米巴的基因组和转录组数据 | 系统发育学 | NA | 单细胞基因组（SCG）和单细胞转录组扩增方法 | NA | 基因组和转录组数据 | 三个物种的基因组和转录组数据 |
| 342 | 2024-08-09 |
Zebrafish MITF-Low Melanoma Subtype Models Reveal Transcriptional Subclusters and MITF-Independent Residual Disease
2019-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-0037
PMID:31582381
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研究论文 | 本研究利用斑马鱼遗传模型研究了低活性Mitfa（MITF-low）状态对黑色素瘤进展的影响，并揭示了MITF-独立残留疾病的转录亚群。 | 首次建立了斑马鱼MITF-低黑色素瘤亚型模型，并发现了MITF-独立残留疾病的异质性及其与人类治疗抵抗性黑色素瘤的相似性。 | NA | 研究MITF-低黑色素瘤的生物学意义及其对患者预后的影响，并探索潜在的治疗策略。 | 斑马鱼遗传模型中的MITF-低黑色素瘤及其残留疾病。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 343 | 2024-08-09 |
Absence of HIF1A Leads to Glycogen Accumulation and an Inflammatory Response That Enables Pancreatic Tumor Growth
2019-11-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-2994
PMID:31585939
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研究论文 | 研究HIF1A缺失对胰腺肿瘤生长的影响及其机制 | 发现HIF1A缺失的胰腺肿瘤细胞通过积累糖原和分泌炎症细胞因子，启动替代的细胞因子和树突状细胞驱动的血管生成途径 | 研究仅在异种移植小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究验证 | 探讨HIF1A在胰腺肿瘤血管生成中的作用及其替代途径 | HIF1A缺失的胰腺肿瘤细胞及其在肿瘤生长中的作用 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及HIF1A缺失的胰腺肿瘤细胞和小鼠肿瘤基质细胞 |
| 344 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Uniparental Embryos Reveals Parent-of-Origin Effects on Human Preimplantation Development
2019-Nov-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.09.004
PMID:31588047
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，系统地研究了人类双亲和单亲胚胎从1细胞到桑椹胚阶段的转录组特征，揭示了父母基因组对早期胚胎发育的影响 | 首次系统地分析了单亲胚胎的单细胞转录组，并发现了父母特异性表达基因及其在胚胎发育中的作用 | NA | 探究父母基因组对人类早期胚胎发育的贡献 | 人类双亲和单亲胚胎的单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 多个双亲和单亲胚胎样本 |
| 345 | 2024-08-09 |
Locally instructed CXCR4hi neutrophils trigger environment-driven allergic asthma through the release of neutrophil extracellular traps
2019-11, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0496-9
PMID:31591573
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了低剂量脂多糖（LPS）暴露下肺中性粒细胞在过敏性哮喘中的作用 | 首次揭示了低剂量LPS暴露下，肺中性粒细胞通过上调CXCR4表达并释放中性粒细胞外陷阱（NETs），促进过敏性哮喘的发生 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类情况存在差异 | 探讨环境因素如何通过肺中性粒细胞影响过敏性哮喘的发生 | 肺中性粒细胞及其在过敏性哮喘中的作用 | NA | 过敏性哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 346 | 2024-08-09 |
DC3 is a method for deconvolution and coupled clustering from bulk and single-cell genomics data
2019-10-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12547-1
PMID:31601804
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research paper | 本文介绍了一种名为DC3的方法，用于从批量和单细胞基因组数据中进行解卷积和耦合聚类 | DC3方法能够同时识别不同的亚群，将单细胞分配到这些亚群（即聚类），并将批量数据解卷积为亚群特异性数据 | NA | 解决基因组学中在细胞水平上表征和解释异质混合物的重要问题 | 批量和单细胞基因组数据，如HiChIP、RNA-seq和ATAC-seq | genomics | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, scHi-C, HiChIP | NA | bulk and single-cell genomics data | NA |
| 347 | 2024-08-09 |
Cell Type Purification by Single-Cell Transcriptome-Trained Sorting
2019-10-03, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.08.006
PMID:31585086
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研究论文 | 本文提出了一种名为GateID的计算方法，通过结合单细胞转录组学和FACS指数排序，利用细胞的天然属性如细胞大小、粒度和线粒体含量来纯化选择的细胞类型。 | GateID方法无需事先了解细胞类型标记，可以直接利用细胞的天然属性进行细胞类型的纯化。 | NA | 开发一种无需抗体或转基因构建的新方法来纯化细胞类型。 | 细胞类型的纯化方法 | 分子与细胞生物学 | NA | FACS | NA | 转录组 | 多种细胞类型从斑马鱼肾骨髓和人类胰腺中提取 |
| 348 | 2024-08-09 |
Tissue stiffness at the human maternal-fetal interface
2019-10-02, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/dez139
PMID:31579915
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研究论文 | 本研究测量了人类非孕期分泌期子宫内膜、第一孕期基底蜕膜和胎盘的硬度（弹性模量），并探讨了这些组织硬度对胚胎植入和胎盘发育的影响。 | 首次对人类母胎界面组织的硬度进行了直接测量，并发现了基底蜕膜的硬度显著高于其他组织，这可能与侵入性滋养层细胞的存在有关。 | 组织硬度是通过离体新鲜组织块的测量得到的，没有考虑血流的影响。此外，非孕期子宫内膜样本来自接受不孕治疗的妇女，可能无法反映正常生育妇女的子宫内膜硬度。 | 测量人类不同孕期组织的硬度，并探讨其对胚胎植入和胎盘发育的影响。 | 人类非孕期分泌期子宫内膜、第一孕期基底蜕膜、壁蜕膜和胎盘的硬度。 | NA | NA | 原子力显微镜 | NA | 组织样本 | 非孕期分泌期子宫内膜（N=5），第一孕期基底蜕膜（N=6），壁蜕膜（N=5），胎盘（N=5），人工细胞外基质（N=5） |
| 349 | 2024-08-09 |
Contribution of adipogenesis to healthy adipose tissue expansion in obesity
2019-10-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI129191
PMID:31573549
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研究论文 | 本文探讨了脂肪生成在肥胖中健康脂肪组织扩张的作用 | 强调了通过脂肪生成招募新脂肪细胞对健康脂肪组织分布和重塑的重要性，并讨论了单细胞RNA测序分析在识别脂肪组织中组织驻留前体细胞群体方面的最新进展 | NA | 探讨脂肪生成在肥胖中健康脂肪组织扩张的作用，并可能为肥胖与代谢疾病脱钩提供新策略 | 白色脂肪组织（WAT）的扩张和重塑机制 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 350 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Developmental Hierarchy in Langerhans Cell Histiocytosis
2019-Oct, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0820
PMID:31575563
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了朗格汉斯细胞组织细胞增生症中的细胞层次结构 | 研究揭示了跨不同临床范围患者中14种细胞亚群的一致组成，表明这些细胞亚群受关键转录调控因子的共同发育层次驱动 | NA | 探索朗格汉斯细胞组织细胞增生症中的细胞发育层次 | 朗格汉斯细胞组织细胞增生症中的细胞亚群 | 数字病理学 | 朗格汉斯细胞组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个患者的样本 |
| 351 | 2024-08-09 |
X-chromosome upregulation is driven by increased burst frequency
2019-10, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/s41594-019-0306-y
PMID:31582851
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析了小鼠体细胞和胚胎细胞中X染色体上调的转录动力学，证实了X染色体通过提高爆发频率实现上调的现象。 | 首次详细解析了X染色体上调的机制，特别是通过提高爆发频率来实现这一过程。 | NA | 探究X染色体上调的机制，特别是转录动力学方面的细节。 | 小鼠体细胞和胚胎细胞中的X染色体基因表达。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠体细胞和胚胎细胞 |
| 352 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals regulatory mechanism for trophoblast cell-fate divergence in human peri-implantation conceptuses
2019-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000187
PMID:31596842
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研究论文 | 本研究通过体外共培养系统模拟人类胚胎植入前发育，分析了476个滋养层细胞的转录组，揭示了调控滋养层细胞发育的遗传网络 | 首次揭示了T-box转录因子3（TBX3）在调控细胞滋养层（CT）向合体滋养层（ST）分化中的关键作用 | NA | 研究人类胚胎植入前发育过程中滋养层细胞发育和分化的调控机制 | 人类胚胎植入前发育过程中的滋养层细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 476个滋养层细胞 |
| 353 | 2024-08-09 |
[Progress in single-cell analysis of hematopoiesis]
2019, [Rinsho ketsueki] The Japanese journal of clinical hematology
DOI:10.11406/rinketsu.60.1075
PMID:31597830
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research paper | 本文探讨了单细胞分析技术在血液生成机制研究中的进展 | 利用下一代测序技术进行单细胞转录组和表观基因组分析以及基于细胞条形码的谱系追踪，揭示了细胞群体的广泛异质性，并提出了新的连续模型 | NA | 深入理解正常和异常血液生成机制，并开发新的血液疾病治疗方法 | 血液生成过程中的细胞类型和分化阶段 | NA | NA | 下一代测序技术 | NA | 转录组和表观基因组数据 | NA |
| 354 | 2024-08-09 |
Latent cellular analysis robustly reveals subtle diversity in large-scale single-cell RNA-seq data
2019-12-16, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz826
PMID:31566233
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研究论文 | 本研究开发了一种基于机器学习的分析流程——潜在细胞分析（LCA），用于处理大规模单细胞RNA测序数据 | LCA结合了余弦相似度测量和基于图的聚类算法，能够在不进行显性基因过滤的情况下，提供对群体数量推断、降维、特征选择和技术变异控制的启发式解决方案 | NA | 解决单细胞RNA测序数据分析中的挑战，如低信噪比、数据稀疏性、批次效应和可扩展性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 文本 | 数十万细胞 |
| 355 | 2024-08-09 |
Diesel exhaust particles dysregulate multiple immunological pathways in murine macrophages: Lessons from microarray and scRNA-seq technologies
2019-12-15, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2019.108116
PMID:31568751
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研究论文 | 研究柴油废气颗粒（DEP）对小鼠巨噬细胞免疫途径的失调作用，使用微阵列和单细胞RNA测序技术进行分析 | 首次综合使用微阵列和单细胞RNA测序技术，分别在体外和体内研究DEP对巨噬细胞基因表达的影响 | 研究主要集中在巨噬细胞上，未涉及其他细胞类型对DEP的反应 | 探讨柴油废气颗粒如何通过影响巨噬细胞的基因表达，进而影响心血管疾病的发展 | 小鼠的腹膜和肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 微阵列, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 体外实验使用C57BL/6J小鼠的腹膜巨噬细胞，体内实验使用C57BL/6J小鼠的肺泡巨噬细胞 |
| 356 | 2024-08-09 |
Mass cytometry-based single-cell analysis of human stem cell reprogramming uncovers differential regulation of specific pluripotency markers
2019-12-06, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA119.009061
PMID:31570522
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研究论文 | 本文利用质谱流式细胞术分析了人类干细胞重编程过程中多能性标志物和细胞周期标志物的表达 | 首次使用质谱流式细胞术研究人类重编程和多能性，揭示了hiPSC重编程过程中的几个中间细胞簇和标志物表达模式 | NA | 研究人类诱导多能干细胞(hiPSCs)的重编程过程 | 人类干细胞重编程过程中的多能性标志物和细胞周期标志物 | 数字病理学 | NA | 质谱流式细胞术 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 |
| 357 | 2024-08-09 |
Centrifugal-Driven Droplet Generation Method with Minimal Waste for Single-Cell Whole Genome Amplification
2019-11-05, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.9b02786
PMID:31571488
|
研究论文 | 本文介绍了一种离心驱动的液滴生成方法，用于快速、方便地从较小体积样本中生成均匀液滴，以实现单细胞全基因组扩增。 | 该方法通过减少扩增偏差和增加基因组覆盖率，解决了传统多重置换扩增（MDA）方法的非均匀扩增问题，并实现了超过98%的样本利用率。 | NA | 开发一种新的液滴生成方法，以提高单细胞全基因组扩增的质量和效率。 | 单细胞全基因组扩增技术。 | 生物医学 | NA | 多重置换扩增（MDA） | NA | 基因组数据 | 5 μL样本 |
| 358 | 2024-08-09 |
Early adaptive immune activation detected in monozygotic twins with prodromal multiple sclerosis
2019-11-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI128475
PMID:31566584
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了多发性硬化症（MS）不一致同卵双胞胎脑脊液细胞的基因表达模式，揭示了早期适应性免疫激活的证据 | 首次在MS和亚临床神经炎症（SCNI）受试者的脑脊液细胞中检测到克隆扩增的CD8+ T细胞、浆母细胞和CD4+ T细胞，并发现这些细胞具有组织驻留记忆T（TRM）细胞的特征 | 样本量较小，仅包括六对同卵双胞胎，可能影响结果的普遍性 | 探究多发性硬化症的早期适应性免疫激活机制 | 多发性硬化症不一致同卵双胞胎的脑脊液细胞 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 2752个脑脊液细胞 |
| 359 | 2024-08-09 |
Diversification and CXCR4-Dependent Establishment of the Bone Marrow B-1a Cell Pool Governs Atheroprotective IgM Production Linked to Human Coronary Atherosclerosis
2019-10-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.315786
PMID:31549940
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研究论文 | 本文研究了骨髓B-1a细胞池的多样化和CXCR4依赖性建立，以及其与人类冠状动脉粥样硬化相关的抗动脉粥样硬化IgM产生的关系。 | 首次报道了骨髓B-1a细胞的独特IgM抗体谱，并确定了CXCR4表达是调控骨髓B-1a细胞定位和氧化特定表位IgM产生的关键因素。 | NA | 研究骨髓B-1a细胞的IgM抗体谱，并确定CXCR4是否调控B-1细胞产生抗动脉粥样硬化IgM。 | 骨髓B-1a细胞、CXCR4、IgM抗体 | 心血管疾病 | 冠状动脉粥样硬化 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 50名人类受试者 |
| 360 | 2024-08-09 |
Novel dynamics of human mucociliary differentiation revealed by single-cell RNA sequencing of nasal epithelial cultures
2019-10-23, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.177428
PMID:31558434
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类鼻上皮细胞培养物中黏膜纤毛分化的动态过程 | 发现了多纤毛细胞的前体亚群——deuterosomal细胞，并鉴定了其特异性标记物；揭示了杯状细胞可以是多纤毛细胞的前体，解释了混合细胞的存在；识别了参与再生过程的一系列分子 | NA | 阐明黏膜纤毛上皮分化的关键驱动因素，以理解正常或病理性再生的发生机制 | 人类鼻上皮细胞的黏膜纤毛分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类、猪和鼠的呼吸道样本 |