单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-09	Landscape of Noncoding RNA in Prostate Cancer 2019-11, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2019.08.004 PMID:31623872	综述	本文综述了前列腺癌中非编码RNA的最新发现，特别是长非编码RNA（lncRNAs）和环状RNA（circRNAs）的生物学特性及其临床应用	介绍了非编码RNA在前列腺癌中的新研究方向，如RNA-蛋白质相互作用、RNA二级结构和空间转录组学	NA	总结前列腺癌中lncRNAs和circRNAs的最新发现，并讨论其临床应用	前列腺癌中的非编码RNA，特别是lncRNAs和circRNAs	数字病理学	前列腺癌	RNA-蛋白质相互作用、RNA二级结构、空间转录组学	NA	RNA	NA
322	2024-08-09	PhISCS: a combinatorial approach for subperfect tumor phylogeny reconstruction via integrative use of single-cell and bulk sequencing data 2019-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.234435.118 PMID:31628256	研究论文	本文介绍了一种名为PhISCS的方法，通过整合单细胞和批量测序数据，用于亚完美肿瘤系统发育重建	PhISCS是首个整合单细胞和批量测序数据并考虑违反ISA突变的方法，提供了解决方案的最优性保证	单细胞测序技术的局限性，如频繁的等位基因丢失和可变的序列覆盖，可能导致无法构建完美的系统发育树	解决单细胞测序数据在肿瘤系统发育重建中的局限性，并提出一种新的组合方法	肿瘤系统发育树的重建	生物信息学	肿瘤	单细胞测序, 批量测序	整数线性规划(ILP), 布尔约束满足问题(CSP)	单细胞测序数据, 批量测序数据	NA
323	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Gene Expression Dynamics Leading to Lineage Commitment in Early T Cell Development 2019-10-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.09.008 PMID:31629685	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了早期T细胞发育中导致谱系决定的调控基因表达动态	利用单细胞RNA测序和顺序多重单分子荧光原位杂交技术，首次详细定义了T细胞发育中的调控变化顺序	NA	揭示早期T细胞发育中的基因表达调控机制	早期T细胞发育过程中的基因表达和细胞分化	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），顺序多重单分子荧光原位杂交（seqFISH）	NA	基因表达数据	多个免疫表型定义的早期T细胞前体（ETP）群体
324	2024-08-09	DeepImpute: an accurate, fast, and scalable deep neural network method to impute single-cell RNA-seq data 2019-10-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1837-6 PMID:31627739	研究论文	本文介绍了一种基于深度神经网络的单细胞RNA测序数据插补方法DeepImpute	DeepImpute利用dropout层和损失函数学习数据模式，实现了比其他六种公开可用方法更高的插补准确性	NA	开发一种准确、快速且可扩展的单细胞RNA测序数据插补方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	基因表达数据	数万个单细胞
325	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease 2019-10-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12464-3 PMID:31624246	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了从肺、淋巴结、骨髓和血液中分离的人类T细胞的异质性及其在刺激后的功能反应	揭示了黏膜和淋巴组织中T细胞的组织特异性特征，以及不同组织中特定谱系的激活状态	NA	研究组织部位如何影响T细胞的持久性和功能	人类T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过50,000个静息和激活的T细胞
326	2024-08-09	Multimodal Analysis of Cell Types in a Hypothalamic Node Controlling Social Behavior 2019-10-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.09.020 PMID:31626771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了控制社会行为的下丘脑腹内侧核（VMHvl）中的细胞类型	首次揭示了VMHvl中17种转录组类型（T-types），包括几种性二态性集群，并探讨了它们与轴突投射和行为激活的关系	研究发现只有少数VMHvl T-types与行为特异性激活和连接有明确对应关系	探究VMHvl中的细胞类型数量及其与连接性和行为功能的关系	下丘脑腹内侧核（VMHvl）中的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	CCA（典型相关分析）	RNA序列	约4,500个神经元（SMART-seq）和约78,000个神经元（10x）
327	2024-08-09	Transcriptional Atlas of Intestinal Immune Cells Reveals that Neuropeptide α-CGRP Modulates Group 2 Innate Lymphoid Cell Responses 2019-10-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.004 PMID:31618654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小肠免疫细胞在稳态和2型炎症反应下的转录图谱，揭示了神经肽α-CGRP对2型先天淋巴细胞反应的调节作用。	首次揭示了α-CGRP通过神经信号传导抑制ILC2扩增并维持2型免疫机制的稳态。	NA	系统地表征小肠中2型炎症反应的免疫细胞响应。	小肠中的免疫细胞，特别是2型先天淋巴细胞（ILC2s）。	NA	2型炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	58,067个小肠免疫细胞样本
328	2024-08-09	Transcriptional Networks of Microglia in Alzheimer's Disease and Insights into Pathogenesis 2019-10-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes10100798 PMID:31614849	综述	本文综述了阿尔茨海默病中微胶质细胞的转录网络分析及其在疾病发病机制中的作用	介绍了从微阵列到单细胞RNA测序（scRNA-seq）的技术进步，以及这些技术如何帮助揭示微胶质细胞在阿尔茨海默病中的基因表达网络	NA	探讨转录网络分析如何为阿尔茨海默病的发病机制和治疗提供新的见解	微胶质细胞在阿尔茨海默病中的转录网络	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
329	2024-08-09	MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions 2019-10-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1812-2 PMID:31604482	研究论文	本文介绍了一种基于K-nn图划分的方法，用于将单细胞RNA测序数据集分割成互不相交且同质的元细胞组	与传统的聚类分析不同，该算法专注于获取粒度更细而非最大化的组	NA	旨在从生物学变异中分离出采样效应，以进行稳健的单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	K-nn图划分算法	RNA测序数据	NA
330	2024-08-09	Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749 PMID:31604845	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术深入研究巨噬细胞在组织再生和纤维化中的多样性和功能	NA	探讨巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	巨噬细胞及其在组织再生和纤维化中的多样性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
331	2024-08-09	A systematic evaluation of single cell RNA-seq analysis pipelines 2019-10-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12266-7 PMID:31604912	研究论文	本文通过模拟实验评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析流程中的多种方法	首次系统评估了多种scRNA-seq分析流程，并探讨了不同步骤间的相互作用	NA	评估不同scRNA-seq分析流程的性能，并确定影响分析结果的关键因素	scRNA-seq分析流程中的映射、插补、归一化和差异表达测试方法	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列	基于五种scRNA-seq文库协议和九种差异表达设置进行了约3000个流程的评估
332	2024-08-09	Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development 2019-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1654-9 PMID:31619793	研究论文	本文通过单细胞转录组学和可及染色质分析研究了干细胞衍生的脑类器官，揭示了人类大脑发育的特定基因调控变化。	首次分析了人类、黑猩猩和猕猴脑类器官的细胞组成和分化轨迹，发现了人类神经发育的独特基因表达和染色质可及性变化。	NA	探究人类大脑发育的基因调控变化及其与黑猩猩和猕猴的差异。	人类、黑猩猩和猕猴的脑类器官。	数字病理学	NA	单细胞转录组学、可及染色质分析、单核RNA测序	NA	基因表达数据	多个个体的人类、黑猩猩和猕猴脑类器官
333	2024-08-09	Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Single-Cell Gene Expression Analysis 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00864 PMID:31608111	研究论文	本研究采用基于张量分解的无监督特征提取方法，用于整合人和小鼠中脑发育的单细胞RNA测序表达谱	提出了一种基于张量分解的无监督特征提取方法，能够选择不仅在人和小鼠之间一致的基因，还包括生物学上可靠的基因	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的解释性，通过无监督特征提取方法提高基因选择的准确性和生物学可靠性	人和小鼠中脑发育的单细胞RNA测序表达谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	张量分解	基因表达数据	NA
334	2024-08-09	SCDevDB: A Database for Insights Into Single-Cell Gene Expression Profiles During Human Developmental Processes 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00903 PMID:31611909	研究论文	本文开发了一个名为SCDevDB的数据库，用于研究人类发育过程中单细胞基因表达谱	SCDevDB数据库不仅提供搜索和可视化功能，还考虑了收集的细胞群的生物学关系，并构建了24种不同的发育途径	NA	开发一个数据库，以深入研究人类发育过程中单细胞基因表达谱	人类发育过程中的单细胞基因表达谱	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	收集了10个人类单细胞RNA测序数据集，分为176个发育细胞群
335	2024-08-09	Complement in Human Pre-implantation Embryos: Attack and Defense 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.02234 PMID:31620138	研究论文	本文首次全面分析了人类胚胎植入前阶段补体分子的表达和沉积情况	揭示了补体激活在人类胚胎植入前阶段的发生，并展示了胚胎细胞自身表达和激活C3和C5的能力	NA	探讨补体系统在人类胚胎植入前阶段的免疫调节作用及其对妊娠结果的影响	人类胚胎植入前阶段的补体分子	NA	妊娠并发症	共聚焦显微镜，单细胞RNA测序	NA	图像，RNA	NA
336	2024-08-09	Spatially resolved transcriptomics reveals plant host responses to pathogens 2019, Plant methods IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s13007-019-0498-5 PMID:31624491	研究论文	本文介绍了一种名为GaST-seq的微尺度空间转录组测序工作流程，用于研究植物组织小区域的表达谱，并比较了该方法与广泛使用的Illumina TruSeq方法的性能。	GaST-seq方法成本较低，易于采用，并能在空间实验中识别植物器官间的表达差异。	NA	研究植物对病原体的宿主反应	植物组织的空间转录组响应	数字病理学	NA	空间转录组测序	NA	转录组数据	涉及拟南芥叶片和白粉菌感染的样本
337	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Reveals the Relationship between Phenotypes and Genotypes of Klinefelter Syndrome 2019, Cytogenetic and genome research IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000503737 PMID:31630146	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了克氏综合征（KS）患者与正常男性和女性对照组在外周血单个核细胞（PBMCs）中的基因表达差异	首次在单细胞水平上揭示了克氏综合征患者PBMCs中细胞类型的分子特征及其与临床表型的关联	研究样本仅限于一名中国男性克氏综合征患者，可能限制了结果的普遍性	探讨克氏综合征的基因型与表型之间的关系	克氏综合征患者的外周血单个核细胞	数字病理学	男性不育症	单细胞测序	NA	基因表达数据	共分析了24,439个细胞，分为5种免疫细胞类型
338	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis of Mesp1-induced skeletal myogenic development 2019-12-03, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2019.09.140 PMID:31590918	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和其他策略分析了Mesp1诱导的骨骼肌发育过程	揭示了Mesp1+衍生物在多能性和中胚层到间充质和骨骼肌发育过程中的异质性	NA	探究头和躯干/四肢肌肉发育过程的差异	Mesp1+骨骼肌衍生物	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了多西环素诱导的Mesp1表达的胚胎干细胞系
339	2024-08-09	Using single-cell transcriptomics to understand functional states and interactions in microbial eukaryotes 2019-11-25, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences DOI:10.1098/rstb.2019.0098 PMID:31587645	研究论文	本文讨论了如何通过单细胞转录组学分析来揭示原生生物的生物学特性	利用单细胞转录组学技术深入研究微生物真核生物的功能状态和相互作用	NA	探讨单细胞转录组学在理解微生物真核生物生物学特性中的应用	微生物真核生物的功能状态、生理状态及与其他生物的相互作用	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
340	2024-08-09	Uncovering microbial inter-domain interactions in complex communities 2019-11-25, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences DOI:10.1098/rstb.2019.0087 PMID:31587646	research paper	本文讨论了epicPCR技术在揭示复杂微生物群落中真核生物和细菌间相互作用的应用	epicPCR技术能够以单细胞分辨率恢复给定环境中完整的相互作用网络	文章指出epicPCR在操作的微观尺度、高吞吐量和探索性质方面存在挑战和局限	揭示微生物群落中的跨域相互作用	真核生物和细菌的相互作用	NA	NA	epicPCR	NA	DNA	NA