单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveal a Correlation between Genome Architecture and Gene Family Evolution in Ciliates
2019-12-24, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.02524-19
PMID:31874915
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了纤毛虫基因组结构与其基因家族进化之间的关系 | 首次针对未培养的纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea进行单细胞转录组学分析，揭示了基因组结构与蛋白质进化模式的相关性 | 研究主要集中在未培养的纤毛虫类群，可能无法完全代表所有纤毛虫的基因组进化情况 | 进一步评估纤毛虫基因家族的进化，并探讨基因组结构与分子进化模式之间的关系 | 纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea的单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 43个单细胞转录组，来自33种纤毛虫，代表10个类别 | NA | NA | NA | NA |
| 282 | 2024-08-09 |
Human Primordial Germ Cells Are Specified from Lineage-Primed Progenitors
2019-12-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.083
PMID:31875561
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研究论文 | 本文研究了人类多能干细胞在体外转化为生殖细胞的过程，特别是原始生殖细胞（PGCs）的形成和特性 | 发现人类原始生殖细胞（hPGC）的形成始于受精后第12天，并通过单细胞RNA测序揭示了hPGC样细胞（hPGCLCs）的形成涉及从多能状态向过渡状态的重置，随后分化为谱系预定的TFAP2A前体细胞 | NA | 探讨人类原始生殖细胞的形成机制及其在体外生殖细胞生成中的作用 | 人类原始生殖细胞（hPGC）及其前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2024-08-09 |
Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model
2019-12-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1861-6
PMID:31870412
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研究论文 | 本文针对单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，提出了一种基于多项式模型的特征选择和降维方法 | 本文提出的多项式方法，包括广义主成分分析（GLM-PCA）和基于偏差的特征选择，在下游聚类评估中优于当前实践 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GLM-PCA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 284 | 2024-08-09 |
Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression
2019-12-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1874-1
PMID:31870423
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研究论文 | 本文提出了一种基于正则化负二项回归的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和方差稳定化模型框架 | 本文提出的方法通过使用细胞测序深度作为广义线性模型中的协变量，从正则化负二项回归的Pearson残差中成功去除技术特征的影响，同时保留生物异质性 | NA | 解决scRNA-seq数据中技术因素导致的细胞间变异问题，以区分生物异质性和技术效应 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 正则化负二项回归 | 分子计数数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-08-09 |
Cell shape determines gene expression: cardiomyocyte morphotypic transcriptomes
2019-12-23, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-019-0765-7
PMID:31872302
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研究论文 | 本研究通过单细胞形态分型策略和单细胞RNA测序，探讨了心肌细胞形态变化对基因表达的影响 | 首次揭示了细胞形态本身对心肌细胞基因表达的影响，并识别了与异常形态相关的特定基因表达变化和信号通路 | NA | 填补关于细胞形态变化是否影响基因表达的知识空白 | 心肌细胞的形态和基因表达 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 个体心肌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-08-09 |
scRNA-seq in medulloblastoma shows cellular heterogeneity and lineage expansion support resistance to SHH inhibitor therapy
2019-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13657-6
PMID:31863004
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和谱系追踪技术分析了髓母细胞瘤中的细胞多样性及其对SHH抑制剂治疗的反应 | 首次展示了即使在具有单一通路激活突变的肿瘤中，多样化的机制驱动肿瘤生长，并导致对靶向抑制剂治疗的早期抵抗 | 研究仅在转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨髓母细胞瘤中的细胞异质性及其对SHH抑制剂治疗的抵抗机制 | 髓母细胞瘤中的细胞多样性和对SHH通路抑制剂的反应 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-08-09 |
Genotype-free demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq
2019-12-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1852-7
PMID:31856883
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研究论文 | 介绍了一种无需预先知道样本基因型或标签条形码的单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的样本解复用方法scSplit | scSplit利用scRNA-seq数据本身推断的遗传差异来解复用合并样本，并能将聚类映射回原始样本 | NA | 开发一种新的方法来解复用单细胞RNA测序实验中的合并样本 | scRNA-seq数据中的合并样本 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了模拟、合并和多个体合并的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2024-08-09 |
Single-Cell Expression Variability Implies Cell Function
2019-12-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9010014
PMID:31861624
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研究论文 | 本文通过分析来自淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据，研究了基因表达的细胞间变异性（scEV）及其对多细胞生物体的功能意义 | 本文支持“变异即功能”假说，认为scEV对于细胞类型特异性及更高层次的系统功能是必需的 | NA | 探讨单细胞基因表达变异性的功能重要性及其对多细胞生物体的意义 | 淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 分析了来自淋巴母细胞系（465个高变异基因）、肺气道上皮细胞（466个高变异基因）和皮肤成纤维细胞（364个高变异基因）的多个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-08-09 |
Isolation of Region-specific Microglia from One Adult Mouse Brain Hemisphere for Deep Single-cell RNA Sequencing
2019-12-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/60347
PMID:31868174
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研究论文 | 本文提供了一种从成年小鼠大脑半球特定区域快速分离小胶质细胞的详细方案，并展示了如何利用这些分离的小胶质细胞进行基于平板的高深度单细胞RNA测序 | 本文介绍了从特定脑区分离小胶质细胞的方法，并展示了如何利用这些细胞进行高深度单细胞RNA测序，有助于进一步解析小胶质细胞的异质性 | NA | 研究小胶质细胞在不同发育和病理条件下的异质性 | 小胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 单个成年小鼠大脑半球 | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-08-09 |
Latent transcriptional variations of individual Plasmodium falciparum uncovered by single-cell RNA-seq and fluorescence imaging
2019-12, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1008506
PMID:31856180
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和荧光成像技术，揭示了单个恶性疟原虫在晚期无性和有性阶段的潜在转录变异 | 首次通过单细胞RNA测序和荧光成像技术，详细描绘了恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异，并发现了一组先前未定义的性别特异性基因 | NA | 探索恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异及其对宿主适应性的影响 | 恶性疟原虫的单细胞转录变异 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-08-09 |
Identifying Common Genes, Cell Types and Brain Regions Between Diseases of the Nervous System
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01202
PMID:31850066
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研究论文 | 本研究通过回顾518篇关于20种神经系统疾病的文献，构建了包含1607个突变和365个基因的数据集，分析了疾病间的遗传相似性和细胞类型相似性。 | 首次构建了迄今为止最全面的与20种神经系统疾病相关的基因突变数据集，并发现疾病间的遗传和细胞类型相似性与表型相似性显著相关。 | 疾病相关基因在脑区富集谱的距离与表型相似性无显著相关性。 | 探索神经系统疾病间的共同基因、细胞类型和脑区，以设计共同治疗方案。 | 20种神经系统疾病及其相关基因、细胞类型和脑区。 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 1607个突变，365个基因，25种细胞类型，10个脑区 | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-08-09 |
Differential cell-type-expression of CYFIP1 and CYFIP2 in the adult mouse hippocampus
2019, Animal cells and systems
IF:2.5Q1
DOI:10.1080/19768354.2019.1696406
PMID:31853374
|
研究论文 | 本研究通过分析小鼠大脑单细胞RNA测序数据库和荧光免疫组织化学技术，探讨了CYFIP1和CYFIP2在成年小鼠海马体中的细胞类型特异性表达 | 发现了CYFIP1和CYFIP2在小鼠大脑中具有不同的细胞类型特异性表达模式，这一发现为理解与这些基因相关的大脑疾病的病理生理学和潜在治疗方法提供了新的见解 | NA | 探讨CYFIP1和CYFIP2在小鼠大脑中的细胞类型特异性表达及其在脑疾病中的作用 | CYFIP1和CYFIP2基因在小鼠海马体中的表达模式 | 分子遗传学 | 脑疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNAseq), 荧光免疫组织化学 | NA | RNA | 成年小鼠海马体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-08-09 |
Comprehensive analysis of a mouse model of spontaneous uveoretinitis using single-cell RNA sequencing
2019-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1915571116
PMID:31843893
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术对自发性葡萄膜视网膜炎的小鼠模型进行全面分析 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面且无偏地定义了与疾病相关的细胞群和基因表达模式 | NA | 研究自发性葡萄膜视网膜炎的疾病机制 | 小鼠的视网膜细胞 | 数字病理学 | 葡萄膜视网膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和自发葡萄膜视网膜炎小鼠的视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-08-09 |
Enteroendocrine and tuft cells support Lgr5 stem cells on Paneth cell depletion
2019-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1801888117
PMID:31843916
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研究论文 | 本研究探讨了在小鼠肠道中，当潘氏细胞被消除后，Lgr5干细胞的维持机制 | 发现潘氏细胞的消除并不影响Lgr5干细胞的维持，而是由肠内分泌细胞和绒毛细胞替代其位置，提供必要的Notch信号 | NA | 探究潘氏细胞消除后Lgr5干细胞的维持机制 | 小鼠肠道中的Lgr5干细胞及其在潘氏细胞消除后的维持情况 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞测序，组织学分析 | NA | 细胞 | 小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-08-09 |
Kidney Cells Regeneration: Dedifferentiation of Tubular Epithelium, Resident Stem Cells and Possible Niches for Renal Progenitors
2019-Dec-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms20246326
PMID:31847447
|
综述 | 本文综述了肾脏再生的主要机制，包括上皮细胞的去分化和祖细胞的激活，特别关注肾脏祖细胞的可能生态位 | 探讨了转基因动物、单细胞转录组学等现代方法在解决去分化细胞和驻留祖细胞区分问题中的潜力 | 缺乏区分去分化细胞和驻留祖细胞的特定方法 | 探讨肾脏细胞再生的机制及其潜在的祖细胞生态位 | 肾脏细胞的再生能力及其机制 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-08-09 |
Vireo: Bayesian demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq data without genotype reference
2019-12-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1865-2
PMID:31836005
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研究论文 | 本文介绍了Vireo，一种用于无基因型参考的池化单细胞RNA测序数据贝叶斯解复用的计算高效模型 | Vireo模型可以在只有部分或没有基因型信息的情况下应用，这是其独特之处 | NA | 解决现有解复用策略依赖完整基因型数据的局限性 | 池化单细胞RNA测序数据的解复用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-08-09 |
GCN2 drives macrophage and MDSC function and immunosuppression in the tumor microenvironment
2019-12-13, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aax8189
PMID:31836669
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研究论文 | 研究探讨了GCN2在肿瘤微环境中对巨噬细胞和髓源抑制细胞（MDSCs）功能及免疫抑制作用的影响 | 揭示了GCN2在肿瘤免疫反应中的新作用，即通过调控巨噬细胞和MDSCs的表型促进抗肿瘤免疫 | NA | 探究GCN2在肿瘤免疫反应中的作用及其机制 | GCN2在肿瘤微环境中对巨噬细胞和髓源抑制细胞（MDSCs）的影响 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 质谱流式细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-08-09 |
Exploring inflammatory signatures in arthritic joint biopsies with Spatial Transcriptomics
2019-12-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-55441-y
PMID:31831833
|
研究论文 | 本研究使用空间转录组学技术分析类风湿关节炎和脊柱关节炎患者的滑膜活检，以探索炎症部位的无偏 mRNA 研究 | 利用空间转录组学技术，结合高分辨率组织学图像，实现对特定细胞类型的数字化描绘，从而深入理解慢性炎症疾病中的细胞机制和多样性 | NA | 探索慢性炎症疾病中炎症部位的转录组特征 | 类风湿关节炎和脊柱关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 脊柱关节炎 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | 受影响的关节滑膜组织活检 | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-08-09 |
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart
2019-Dec-12, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.11.025
PMID:31835037
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研究论文 | 本文通过分子方法揭示了胚胎心脏在三个发育阶段中细胞类型的全面转录景观，并将细胞类型特异性基因表达映射到特定的解剖域 | 本文利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，首次详细描绘了人类胚胎心脏发育过程中的基因表达和细胞类型分布 | NA | 深入探索人类心脏形态发生过程中器官范围的基因表达协调 | 人类胚胎心脏在三个发育阶段的细胞类型及其基因表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 三个发育阶段的人类胚胎心脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-08-09 |
Accuracy, robustness and scalability of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis
2019-12-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1898-6
PMID:31823809
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research paper | 本文比较了18种常用的降维方法在30个公开的单细胞RNA测序数据集上的性能 | 本文填补了单细胞RNA测序降维方法比较研究的空白 | NA | 评估不同降维方法在单细胞RNA测序数据分析中的有效性 | 18种降维方法在30个单细胞RNA测序数据集上的性能 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | 30个公开的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |