单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-09	Cell-by-cell deciphering of T cells in allergic inflammation 2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.10.001 PMID:31703761	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究了过敏性炎症患者的组织T细胞，揭示了T细胞的异质性，并提供了未来研究的方向	通过scRNA-seq技术，本文首次详细描述了过敏性炎症组织中T细胞的异质性，并识别出两种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体	NA	探讨过敏性炎症的病理机制，并提供未来单细胞下一代测序平台的研究方向	过敏性炎症患者的组织T细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8种CD3 T细胞群体和2种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体
282	2024-08-09	Quantifying pluripotency landscape of cell differentiation from scRNA-seq data by continuous birth-death process 2019-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007488 PMID:31721764	研究论文	本文提出了一种名为Landscape of Differentiation Dynamics (LDD)的方法，通过连续的出生-死亡过程从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中计算细胞潜能并构建其分化景观	LDD方法能够准确且高效地构建细胞的进化树并量化其分化景观，特别是在量化细胞潜能方面	NA	研究细胞分化过程，并提供一种计算工具来量化细胞潜能或Waddington潜能景观	单细胞RNA测序数据中的细胞分化过程	系统生物学	NA	scRNA-seq	连续出生-死亡过程	scRNA-seq数据	七个基准数据集
283	2024-08-09	Understanding tumor-infiltrating lymphocytes by single cell RNA sequencing 2019, Advances in immunology DOI:10.1016/bs.ai.2019.08.004 PMID:31699218	研究论文	本文通过全长单细胞RNA测序技术研究了三种癌症类型的肿瘤浸润T细胞，并开发了STARTRAC分析框架来量化T细胞亚群的动态特性	本文开发了STARTRAC分析框架，揭示了肿瘤免疫微环境中T细胞亚群的保守性和癌症类型特异性，并提供了详细的分子图谱	NA	提高当前癌症免疫疗法的效果并开发新的治疗选项	肿瘤浸润T细胞及其在肿瘤免疫微环境中的特性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	三种癌症类型的样本
284	2024-08-09	Digitaldlsorter: Deep-Learning on scRNA-Seq to Deconvolute Gene Expression Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00978 PMID:31708961	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法Digitaldlsorter，用于从scRNA-Seq数据中解卷积结直肠癌和乳腺癌的bulk RNA-Seq样本中的免疫浸润	该方法利用深度神经网络模型，不仅能够量化淋巴细胞总体，还能量化特定的CD8+、CD4Tmem、CD4Th和CD4Tregs亚群，以及B细胞和间质内容，并且签名是从肿瘤的scRNA-Seq数据构建的，保留了肿瘤微环境的特定特征	NA	旨在通过深度学习算法从scRNA-Seq数据中解卷积基因表达数据，以更好地理解细胞类型在疾病中的作用	结直肠癌和乳腺癌的bulk RNA-Seq样本中的免疫细胞浸润	机器学习	乳腺癌, 结直肠癌	scRNA-Seq	深度神经网络 (DNN)	RNA-Seq数据	应用到TCGA项目的样本
285	2024-08-09	Photic generation of 11-cis-retinal in bovine retinal pigment epithelium 2019-12-13, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.RA119.011169 PMID:31694912	研究论文	本文描述了在特定波长光照刺激下，牛视网膜色素上皮细胞膜中11-cis-视黄醛的高水平生成过程	研究揭示了RGR与CRALBP协同作用下，在持续光照条件下再生视觉色素的全新机制	NA	探讨生理条件下视黄醛光异构化的机制	牛视网膜色素上皮细胞中的11-cis-视黄醛生成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和牛的视网膜色素上皮组织及Müller胶质细胞
286	2024-08-09	Chronic Stress Induces Activity, Synaptic, and Transcriptional Remodeling of the Lateral Habenula Associated with Deficits in Motivated Behaviors 2019-12-04, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.09.005 PMID:31672263	研究论文	本文研究了慢性压力（CS）对侧缰核（LHb）神经元的活动、突触和转录重塑，以及这些变化与动机行为缺陷的关联	首次揭示了CS诱导的LHb神经元超活动与被动应对（PC）增加的关联，并利用单细胞转录组学识别了一组可作为PC增加小鼠生物标志物的基因	NA	探讨慢性压力对侧缰核神经元的活动、突触和转录重塑及其与动机行为缺陷的关系	侧缰核（LHb）神经元及其与腹侧被盖区（VTA）和背缝核（DR）的神经连接	神经科学	抑郁症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠
287	2024-08-09	Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a microfluidic phase-switch device 2019-Dec-02, The Analyst DOI:10.1039/c9an00823c PMID:31688860	research paper	本文介绍了一种新型微流控相变装置，用于提高单细胞转录组测序的效率，特别适用于细胞数量有限的珍贵样本。	设计了一种集成多个单细胞隔离室的微流控装置，实现了近100%的单细胞捕获率和极低的细胞损失，并采用了一种新的相变方法将单细胞封装到皮升大小的水凝胶液滴中。	NA	提高单细胞转录组测序的效率和可及性。	单细胞转录组测序，特别是细胞数量有限的珍贵样本。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数十个hESCs（H9）
288	2024-08-09	Unravelling fibrosis using single-cell transcriptomics 2019-12, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2019.09.004 PMID:31670054	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示纤维化疾病发病机制中的应用	单细胞转录组学技术使得在纤维化背景下对个体致病细胞群体的研究达到了前所未有的分辨率	NA	探讨单细胞转录组学如何推动对纤维化疾病发病机制的理解	纤维化疾病及其治疗靶点的精确识别	单细胞转录组学	纤维化	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
289	2024-08-09	Preclinical development of T-cell receptor-engineered T-cell therapy targeting the 5T4 tumor antigen on renal cell carcinoma 2019-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-019-02419-4 PMID:31686124	研究论文	本研究开发了一种针对肾细胞癌中5T4肿瘤抗原的T细胞受体工程化T细胞疗法，并通过单细胞RNA测序和功能测试验证了其有效性	首次探索了5T4作为T细胞受体工程化T细胞疗法的目标，并成功开发了针对该抗原的T细胞疗法	NA	开发和验证针对5T4肿瘤抗原的T细胞受体工程化T细胞疗法	5T4肿瘤抗原特异性的T细胞克隆及其功能	免疫疗法	肾细胞癌	单细胞RNA测序	T细胞受体工程化T细胞	RNA	七对独特的TRA-TRB配对
290	2024-08-09	Single-cell sequencing and its applications in head and neck cancer 2019-12, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2019.104441 PMID:31689639	综述	本文综述了单细胞测序技术在头颈癌研究中的应用及其在基因组、转录组和表观基因组层面的技术和计算进展	单细胞测序技术为理解肿瘤生物学中的细微差异提供了新途径，通过识别不同的细胞亚群、解析肿瘤微环境中的信号传导以及描述细胞基因组突变和拷贝数异常	NA	探讨单细胞测序技术在头颈癌研究和临床实践中的应用	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞亚群及其基因组、转录组和表观基因组特征	数字病理学	头颈癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
291	2024-08-09	Bayesian Inference of Allelic Inclusion Rates in the Human T Cell Receptor Repertoire 2019-11-27, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.09.006 PMID:31677971	研究论文	本文开发并实验验证了一种完全贝叶斯推理模型，用于可靠地估计α和β TCR等位基因包含率	提出了一个完全贝叶斯推理模型来估计α和β TCR等位基因包含率，并提供了超过51,000个先前未发表的等位基因包含TCR序列集的数据库	单细胞测序技术的局限性阻碍了对这些双受体T细胞的全面计数	研究人类T细胞受体库中的等位基因包含率	αβ T细胞的等位基因包含现象	NA	NA	单细胞测序	贝叶斯推理模型	序列数据	超过51,000个TCR序列集，来自8名健康个体
292	2024-08-09	Self-renewing endometrial epithelial organoids of the human uterus 2019-11-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1915389116 PMID:31666317	研究论文	本研究使用已建立的器官培养协议，从人类子宫内膜活检中生成并全面分析了三维子宫内膜上皮器官（EEO）培养物	本研究首次详细描述了人类子宫内膜上皮器官的生成及其在激素处理下的基因表达变化	NA	研究子宫内膜在妊娠早期的作用及其生理和病理机制	人类子宫内膜上皮器官（EEO）及其在激素处理下的反应	NA	不孕症	实时定量PCR，批量RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA	来自2个不同供体的子宫内膜样本
293	2024-08-09	Modular transcriptional programs separately define axon and dendrite connectivity 2019-11-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50822 PMID:31687928	研究论文	本文研究了T4/T5神经元的转录调控程序，揭示了不同树突和轴突连接模式的转录程序	本文首次揭示了模块化转录程序在定义神经元连接模式中的独立控制作用	NA	探索神经元连接模式的转录调控机制	T4/T5神经元的树突和轴突连接模式	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	八种T4/T5神经元亚型
294	2024-08-09	DoubletDecon: Deconvoluting Doublets from Single-Cell RNA-Sequencing Data 2019-11-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.09.082 PMID:31693907	研究论文	本文介绍了一种名为DoubletDecon的方法，用于从单细胞RNA测序数据中去除双细胞捕获的技术伪影	DoubletDecon结合了去卷积分析和独特细胞状态基因表达的识别，能够高灵敏度地识别不同类型的双细胞，并避免将有效的混合谱系和过渡细胞状态误判为双细胞	NA	开发一种方法来检测和去除单细胞RNA测序数据中的双细胞	单细胞RNA测序数据中的双细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同细胞复杂度的单细胞RNA测序数据集
295	2024-08-09	Single-cell proteomics reveals changes in expression during hair-cell development 2019-11-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50777 PMID:31682227	研究论文	本文利用单细胞纳米级 shotgun 质谱技术研究了鸡胚胎第15天椭圆囊中分化中的毛细胞的蛋白质表达动态变化	首次使用单细胞质谱技术揭示了毛细胞分化过程中蛋白质表达的变化，并与单细胞转录组数据相结合，提供了细胞发育特征的新见解	NA	探索内耳中感觉毛细胞分化过程中的蛋白质表达动态变化	鸡胚胎第15天椭圆囊中的毛细胞及其前体细胞	蛋白质组学	NA	单细胞 shotgun 质谱技术	NA	蛋白质组和转录组数据	多个单细胞样本
296	2024-08-09	Single-Cell Profiling Reveals Sex, Lineage, and Regional Diversity in the Mouse Kidney 2019-11-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.10.005 PMID:31689386	研究论文	本研究通过解剖引导的单细胞RNA测序结合原位表达研究和细胞系追踪，揭示了成年雄性和雌性小鼠肾脏的细胞多样性、显著的性别差异以及肾单位的组织和细胞组成	研究首次综合了单细胞RNA测序、原位表达研究和细胞系追踪，揭示了小鼠肾脏中的细胞多样性和性别差异，并创建了一个可搜索的数据库Kidney Cell Explorer	NA	增强对哺乳动物肾脏的理解，特别是在细胞多样性和性别差异方面	成年雄性和雌性小鼠的肾脏	数字病理学	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	成年雄性和雌性小鼠的肾脏样本
297	2024-08-09	Stress-Induced Metabolic Disorder in Peripheral CD4+ T Cells Leads to Anxiety-like Behavior 2019-10-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.001 PMID:31675497	研究论文	本研究探讨了外周CD4+ T细胞在应激诱导的焦虑样行为中的病理作用及其调控机制	首次揭示了CD4 T细胞中由应激诱导的白三烯B4触发线粒体裂变，进而导致焦虑、抑郁和社会行为异常的机制	NA	阐明外周CD4+ T细胞在情绪障碍中的病理作用及调控机制	外周CD4+ T细胞在应激诱导的焦虑样行为中的作用	NA	焦虑症	代谢组学分析，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
298	2024-08-09	Single-cell proteomics in complex tissues using microprobe capillary electrophoresis mass spectrometry 2019, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2019.07.001 PMID:31668233	研究论文	本文介绍了一种基于微探针毛细管电泳高分辨率质谱（CE-HRMS）的单细胞蛋白质组学分析方法，能够在不分离或解剖整个细胞的情况下，直接对嵌入复杂组织中的单个细胞进行蛋白质组学分析	该技术利用微尺度样品收集和处理、分离及离子化技术的最新进展，将高分辨率质谱技术扩展到单细胞水平，揭示了胚胎细胞和神经元之间先前未知的蛋白质组学差异	NA	旨在扩展我们对单个细胞产生的蛋白质差异（异质性）及其对正常和受损发育贡献的理解	研究对象包括非洲爪蟾和斑马鱼的早期发育胚胎中的单个细胞，以及小鼠黑质中电生理学识别的单个神经元	蛋白质组学	NA	微探针毛细管电泳高分辨率质谱（CE-HRMS）	NA	蛋白质组学数据	涉及非洲爪蟾、斑马鱼的早期发育胚胎中的单个细胞，以及小鼠黑质中电生理学识别的单个神经元
299	2024-08-09	Recent advances in understanding neocortical development 2019, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.20332.1 PMID:31681469	综述	本文综述了最近在理解新皮质发育方面的突出进展，特别关注背侧前体细胞和兴奋性神经元	强调了神经干细胞在不同类别中的分化及其增殖和神经元产生的过程，以及最近关于神经元迁移的发现	NA	总结新皮质发育的最新进展，并探讨其进化和疾病机制	新皮质发育，特别是背侧前体细胞和兴奋性神经元	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
300	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of Mouse Heart Immune Infiltrate in Pressure Overload-Driven Heart Failure Reveals Extent of Immune Activation 2019-12-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.119.041694 PMID:31661975	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠压力超负荷诱导的心力衰竭模型中心脏免疫浸润的组成和免疫激活情况	揭示了在心力衰竭中，除了已知的巨噬细胞和T淋巴细胞外，中性粒细胞、B细胞、自然杀伤细胞和肥大细胞等多种免疫细胞类型也参与了免疫激活	NA	探究压力超负荷诱导的心力衰竭中的心脏免疫反应	小鼠心脏中的免疫细胞亚群及其在心力衰竭中的变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类样本