单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-07 |
Single T Cell Sequencing Demonstrates the Functional Role of αβ TCR Pairing in Cell Lineage and Antigen Specificity
2019, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2019.01516
PMID:31417541
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研究论文 | 研究通过单细胞测序分析了近10万个独特的CD4和CD8 T细胞的配对TCR序列，探讨了αβ配对在T细胞谱系和抗原特异性中的功能作用 | 首次在谱系水平上分析了αβ TCR配对对T细胞功能的影响，并利用信息论和机器学习工具展示了αβ配对在TCR-MHC相互作用中的协同作用 | NA | 探讨αβ TCR配对在T细胞谱系和抗原特异性中的功能作用 | 近10万个独特的CD4和CD8 T细胞的配对TCR序列 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | 机器学习 | 序列数据 | 近10万个独特的CD4和CD8 T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 242 | 2024-08-07 |
De novo gene signature identification from single-cell RNA-seq with hierarchical Poisson factorization
2019-02-22, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20188557
PMID:30796088
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞层次泊松分解（scHPF）的贝叶斯分解方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中发现连续和离散的表达模式 | scHPF方法不需要预先归一化，并且能更好地捕捉单细胞数据的统计特性 | NA | 开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的基因特征 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 层次泊松分解（HPF） | 基因表达数据 | 高级别胶质瘤的核心和边缘区域的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 243 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing of Visceral Adipose Tissue Leukocytes Reveals that Caloric Restriction Following Obesity Promotes the Accumulation of a Distinct Macrophage Population with Features of Phagocytic Cells
2019, Immunometabolism
DOI:10.20900/immunometab20190008
PMID:31396408
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析内脏脂肪组织中的白细胞，探讨肥胖后热量限制对特定巨噬细胞亚群积累的影响 | 首次揭示了肥胖后热量限制促进具有吞噬细胞特征的特定巨噬细胞亚群的积累 | 研究仅限于短期2周的热量限制效果，长期影响需进一步研究 | 探究肥胖及随后热量限制对内脏脂肪组织中白细胞亚群的影响 | 内脏脂肪组织中的白细胞，特别是巨噬细胞 | 数字病理学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及15种白细胞亚群的转录变化 | NA | NA | NA | NA |
| 244 | 2024-08-07 |
New insights into hematopoietic differentiation landscapes from single-cell RNA sequencing
2019-03-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2018-08-835355
PMID:30728144
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在解析造血分化景观中的应用 | 探讨了单细胞分子 profiling 如何在高分辨率下绘制时间解析的分化轨迹，并挑战了我们对干细胞和祖细胞类型及其组织的先前认知 | 依赖于对转录组景观的推断，并基于某些假设 | 深入理解造血层次结构 | 造血分化过程及其相关细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 245 | 2024-08-07 |
Beyond Fibroblast Heterogeneity: What Single-Cell RNA Sequencing Tells Us
2019-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2019-0120ED
PMID:30978296
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 246 | 2024-08-07 |
Single-nuclei RNA-seq on human retinal tissue provides improved transcriptome profiling
2019-12-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12917-9
PMID:31848347
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序（snRNA-seq）技术对人类视网膜组织进行了转录组分析 | 本研究展示了单核RNA测序在人类冷冻组织中获取单细胞转录组的能力，相较于人类批量RNA测序或动物模型，提供了更深入的见解 | NA | 通过单核RNA测序技术解析复杂组织中的异质性 | 人类视网膜组织及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 6个样本，来自3名健康捐赠者，共5873个单核 | NA | NA | NA | NA |
| 247 | 2024-08-07 |
Single-cell technologies in reproductive immunology
2019-09, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.13157
PMID:31206899
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综述 | 本文综述了单细胞技术在生殖免疫学中的应用，特别是如何通过这些技术来理解母胎界面的复杂免疫环境 | 介绍了单细胞RNA测序与微流控技术结合，以及多色流式细胞术在识别新型细胞类型中的应用 | 生成的数据集具有极高的维度和大小，需要应用新的计算方法进行无偏分析 | 为生殖免疫学界提供关于复杂流式细胞术和RNA测序数据获取及分析的计算工具的概述和简要入门 | 母胎界面的免疫环境及其中的细胞类型 | 生殖免疫学 | NA | 单细胞RNA测序，多色流式细胞术 | tSNE，SPADE，SPICE | 细胞分辨率的数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 248 | 2024-08-07 |
Dissecting Cellular Heterogeneity Using Single-Cell RNA Sequencing
2019-Mar-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2019.2446
PMID:30764602
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析细胞异质性中的应用 | 介绍了scRNA-seq技术如何通过提供来自数万个单个细胞的全基因组分子轮廓来定量和无偏地表征细胞异质性 | NA | 探讨如何利用scRNA-seq数据解释观察到的细胞间变异性 | 细胞异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数万个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 249 | 2024-08-07 |
In situ 10-cell RNA sequencing in tissue and tumor biopsy samples
2019-03-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-41235-9
PMID:30894605
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研究论文 | 本文介绍了一种在组织和肿瘤活检样本中进行原位10细胞RNA测序的方法 | 结合激光捕获技术和改进的预放大程序，实现了对10个微切割细胞的RNA测序，提高了单细胞RNA测序的技术可靠性和灵敏度 | NA | 开发一种新的方法来量化细胞在其原始组织环境中的个体调控状态 | 组织和肿瘤活检样本中的单个细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 10个微切割细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 250 | 2024-08-07 |
Mechanisms of Lymphoma Clearance Induced by High-Dose Alkylating Agents
2019-07, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-18-1393
PMID:31040105
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研究论文 | 本文探讨了高剂量烷化剂在人类双打击淋巴瘤中清除淋巴瘤的机制 | 发现高剂量烷化剂通过诱导内质网应激，促进巨噬细胞依赖的淋巴瘤清除，这是一种新的机制 | NA | 研究高剂量环磷酰胺在人类双打击淋巴瘤中的作用机制 | 人类双打击淋巴瘤 | NA | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2024-08-07 |
Model-based understanding of single-cell CRISPR screening
2019-May-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10216-x
PMID:31110232
|
研究论文 | 本文介绍了MUSIC，一个集成管道，用于基于模型的单细胞CRISPR筛选数据理解 | MUSIC能够准确量化和优先处理单细胞CRISPR筛选数据中的个体基因扰动效应，并能容忍数据分析中存在的显著噪声 | NA | 开发一个集成管道，以基于模型的方法分析单细胞CRISPR筛选数据，从而阐明扰动功能和生物电路 | 单细胞CRISPR筛选数据 | 生物信息学 | NA | CRISPR筛选, 单细胞RNA测序 | 集成管道 | 单细胞数据 | 使用所有公开可用的数据进行综合测试 | NA | NA | NA | NA |
| 252 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing-Based CRISPRi Screening Resolves Molecular Drivers of Early Human Endoderm Development
2019-Apr-16, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.076
PMID:30995470
|
研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和CRISPRi筛选技术，解析了人类内胚层早期发育的分子驱动因素 | 首次将单细胞RNA测序与CRISPRi筛选相结合，全面定义了内胚层发育中基因功能丧失的表型 | NA | 研究人类内胚层发育的分子基础 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPRi | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2024-08-07 |
CRISPR Screening in Single Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_23
PMID:31028650
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研究论文 | 本文描述了在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的当前协议 | 结合单细胞RNA测序和CRISPR技术，可以高效地研究任意数量的基因 | 研究受限于测序能力 | 探索在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的方法 | 单细胞中的基因 | 基因编辑 | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 任意数量的基因，受限于测序能力 | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-08-07 |
Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma
2019-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.10.003
PMID:31675496
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研究论文 | 本研究结合两种单细胞RNA测序技术，分析了肝细胞癌患者五个免疫相关部位的CD45免疫细胞转录组 | 首次揭示了LAMP3树突状细胞在肿瘤与淋巴结间的迁移潜力及其对多种淋巴细胞亚型的调控作用 | NA | 深入了解肝细胞癌的免疫微环境 | 肝细胞癌患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自五个不同部位的肝细胞癌患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals novel gene expression signatures of trastuzumab treatment in HER2+ breast cancer: A pilot study
2019-Jun, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000015872
PMID:31261495
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的基因表达谱变化 | 首次在单细胞水平上研究了曲妥珠单抗治疗患者的转录组特征，揭示了新的基因表达特征及其在乳腺癌和心脏毒性中的作用 | 作为一项试点研究，样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 探索曲妥珠单抗治疗HER2阳性乳腺癌的分子机制及其引起的心脏毒性 | HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的单细胞转录组 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 461个差异表达基因 | NA | NA | NA | NA |
| 256 | 2024-08-07 |
Evaluation of Weng et al.: Leveraging Cell Type Correlations and Single-Cell Bioinformatics to Identify Progenitor Diversity and Lineage
2019-05-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.04.011
PMID:31051125
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评论 | 本文是对Weng等人2019年发表的关于单细胞转录组学研究中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素的同行评审过程的展示 | NA | NA | 展示对Weng等人研究的同行评审过程 | 单细胞转录组学研究的中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素 | 单细胞生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 257 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis Reveals Heterogeneity of High Endothelial Venules and Different Regulation of Genes Controlling Lymphocyte Entry to Lymph Nodes
2019-03-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.042
PMID:30865898
|
研究论文 | 本文通过全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术和免疫组织荧光技术，揭示了成年小鼠外周淋巴结中高内皮微静脉（HEVs）在稳态、抗原刺激和淋巴毒素-β受体（LTβR）信号抑制条件下的异质性 | 本文首次揭示了HEV内皮细胞在稳态下的激活状态，并识别了区分化HEV表型的特征基因，同时发现LTβR信号调节许多HEV基因和途径，以及免疫刺激诱导HEVs的全球性和暂时性炎症表型 | NA | 研究HEVs在不同条件下的异质性和基因调控 | 高内皮微静脉（HEVs）及其在淋巴结中的功能 | 数字病理学 | NA | 全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术、免疫组织荧光 | NA | RNA | 成年小鼠外周淋巴结样本 | NA | NA | NA | NA |
| 258 | 2024-08-07 |
IL22 Inhibits Epithelial Stem Cell Expansion in an Ileal Organoid Model
2019, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2018.06.008
PMID:30364840
|
研究论文 | 本文研究了白细胞介素22（IL22）在回肠类器官模型中对上皮干细胞扩张的影响。 | 首次探讨了IL22对肠道干细胞（ISCs）及其介导的组织修复的影响。 | 研究主要基于小鼠回肠类器官模型，可能与人类疾病存在差异。 | 探讨IL22在克罗恩病中对肠道干细胞的影响及其机制。 | 回肠类器官、肠道干细胞（ISCs）和过渡放大（TA）前体细胞。 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 定量逆转录聚合酶链反应、免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 类器官、单细胞 | 使用小鼠回肠类器官和IL22转基因小鼠进行实验。 | NA | NA | NA | NA |
| 259 | 2024-08-08 |
Scavenger: A pipeline for recovery of unaligned reads utilising similarity with aligned reads
2019, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.19426.2
PMID:32913631
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Scavenger的生物信息学管道，用于利用对齐读取与未对齐读取之间的序列相似性来恢复未对齐的读取 | Scavenger采用了一种新颖的机制，通过序列相似性发现潜在的对齐位置来恢复未对齐的读取 | 尽管恢复的读取数量相对于总读取数量较少，但这些恢复的读取对下游分析（尤其是低表达基因的表达和差异表达估计）有影响 | 解决RNA-seq分析中的假阴性非对齐问题，提高对齐工具的映射敏感性 | 模拟和真实RNA-seq数据集，包括单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 序列数据 | 包括模拟和真实的RNA-seq数据集，具体样本数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 260 | 2024-08-08 |
Modeling disease progression in Multiple Myeloma with Hopfield networks and single-cell RNA-seq
2019-Nov, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
DOI:10.1109/bibm47256.2019.8983325
PMID:35574240
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研究论文 | 使用Hopfield网络和单细胞RNA测序数据来模拟多发性骨髓瘤（MM）的疾病进展路径 | 将Hopfield神经网络中的联想记忆映射到基因表达模式，以模拟多发性骨髓瘤的不同进展路径 | NA | 研究多发性骨髓瘤的疾病进展 | 多发性骨髓瘤患者以及被诊断为意义未明的单克隆免疫球蛋白病（MGUS）和隐匿性多发性骨髓瘤（SMM）的患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | Hopfield网络 | 基因表达数据 | 来自多发性骨髓瘤、MGUS和SMM患者的骨髓穿刺样本 | NA | NA | NA | NA |