单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-09 |
HeLa-CCL2 cell heterogeneity studied by single-cell DNA and RNA sequencing
2019, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0225466
PMID:31790455
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研究论文 | 本研究使用单细胞DNA和RNA测序技术研究HeLa-CCL2细胞的异质性 | 首次在单细胞水平上研究HeLa-CCL2细胞的拷贝数变异和转录组异质性，并分析了基因组与转录组在单细胞水平上的关系 | 单细胞测序技术在研究异质性细胞时需要更谨慎和严格的数据分析 | 探讨HeLa-CCL2细胞在单细胞水平上的基因组和转录组异质性 | HeLa-CCL2细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞DNA和RNA测序 | NA | DNA和RNA数据 | 多个HeLa-CCL2细胞 |
| 242 | 2024-08-09 |
Early Transcriptional Landscapes of Chlamydia trachomatis-Infected Epithelial Cells at Single Cell Resolution
2019, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2019.00392
PMID:31803632
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-Seq）分析了衣原体感染的HEp-2细胞的早期转录组景观 | 首次在单细胞水平上研究衣原体感染的早期转录组变化，揭示了感染特定细胞轨迹和差异表达基因 | 研究样本量较小，仅包括200个细胞，可能影响结果的普遍性 | 评估单细胞RNA测序技术在衣原体生物学中的应用，并识别早期宿主细胞的衣原体感染生物标志物 | 衣原体感染的HEp-2细胞和模拟感染的HEp-2细胞 | 数字病理学 | 生殖道疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 264个时间匹配的衣原体感染和模拟感染的HEp-2细胞 |
| 243 | 2024-08-09 |
Refining the adipose progenitor cell landscape in healthy and obese visceral adipose tissue using single-cell gene expression profiling
2019-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.201900561
PMID:31767614
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对健康和肥胖小鼠内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞进行了细胞图谱构建和异质性分析 | 研究首次识别出两种不同的脂肪组织来源干细胞（ASCs）和三种不同的前脂肪细胞（PAs），并发现了新的细胞表面标记物，这些标记物与传统的ASCs和前脂肪细胞标记物结合使用，可以通过流式细胞术区分这些APC亚群 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现 | 旨在深入研究脂肪组织的基本生物学特性，以推动解决肥胖问题的创新解决方案 | 健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞（APCs） | 数字病理学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究涉及健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织样本 |
| 244 | 2024-08-09 |
A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis
2019-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-019-0417-z
PMID:31768046
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，鉴定了一种表达微管聚合促进蛋白家族成员3（Tppp3）的细胞群作为潜在的肌腱干细胞，并探讨了血小板衍生生长因子（PDGF）信号在肌腱再生和纤维化中的共同作用。 | 首次发现Tppp3+Pdgfra+细胞群作为肌腱干细胞，并揭示了PDGF信号在肌腱再生和纤维化中的双重作用。 | 研究主要集中在实验室条件下，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。 | 探讨肌腱损伤后的再生机制及PDGF信号在其中的作用。 | 肌腱干细胞及其在肌腱再生和纤维化中的作用。 | 生物医学 | 肌腱损伤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 245 | 2024-08-09 |
Stalled developmental programs at the root of pediatric brain tumors
2019-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-019-0531-7
PMID:31768071
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研究论文 | 本文通过生成单细胞转录组图谱，研究了儿童脑肿瘤的起源和发展状态 | 首次生成了胚胎期脑桥和前脑的单细胞转录组图谱，并揭示了特定神经前体细胞分化障碍是这些儿童癌症的共同机制 | NA | 识别儿童脑肿瘤的脆弱发展状态 | 儿童脑肿瘤的起源和发展状态 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过65,000个细胞 |
| 246 | 2024-08-09 |
The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics
2019-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13056-x
PMID:31780648
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research paper | 本文描述了如何避免t-SNE在单细胞转录组数据分析中的常见缺陷，并开发了一种更忠实的t-SNE可视化协议 | 提出了包括PCA初始化、高学习率和多尺度相似性核的t-SNE改进协议，并在大规模数据集上使用夸张和基于下采样的初始化 | NA | 改进t-SNE在单细胞转录组数据可视化中的应用 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | t-SNE | t-SNE | RNA-seq数据 | 数千个基因和数百万个细胞 |
| 247 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals compartmental remodeling of tumor-infiltrating immune cells induced by anti-CD47 targeting in pancreatic cancer
2019-11-27, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-019-0822-6
PMID:31771616
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨了抗CD47靶向治疗在胰腺癌中对肿瘤浸润免疫细胞隔室重塑的影响 | 首次展示了抗CD47治疗在胰腺癌中通过增加具有抗肿瘤功能的促炎性巨噬细胞和减少抗炎性巨噬细胞来重塑肿瘤内淋巴细胞和巨噬细胞隔室 | 研究结果在不同胰腺癌细胞系建立的肿瘤模型中显示出差异性反应，表明治疗效果可能受特定细胞系的影响 | 探讨靶向CD47的单克隆抗体是否能通过改变肿瘤微环境增强胰腺癌对免疫检查点抑制剂的反应 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境及CD47靶向治疗对其影响 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 106例PDAC病例及多个小鼠模型 |
| 248 | 2024-08-09 |
Invariant patterns of clonal succession determine specific clinical features of myelodysplastic syndromes
2019-11-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13001-y
PMID:31772163
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研究论文 | 本研究通过分析1809名骨髓增生异常综合症（MDS）患者的单细胞测序数据，推断克隆结构，并评估突变在克隆结构中的位置，以揭示MDS的临床特征 | 本研究识别了37种显著的突变组合，其中12种影响临床表型，5种与不良预后相关，并能预测对去甲基化治疗的反应 | NA | 探究骨髓增生异常综合症的克隆结构及其对临床特征的影响 | 骨髓增生异常综合症患者的克隆结构和突变组合 | NA | 骨髓增生异常综合症 | 单细胞测序 | PyClone生物分析管道 | 基因组数据 | 1809名MDS患者 |
| 249 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of Oligodendrocytes and Their Precursor Cells
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-32-9636-7_5
PMID:31760638
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研究论文 | 本文探讨了少突胶质细胞及其前体细胞的异质性 | 通过单细胞RNA测序分析，识别出成熟的少突胶质细胞中的六个不同群体和OPCs中的一个群体，展示了这些细胞在发育和区域上的不均匀性 | NA | 研究少突胶质细胞及其前体细胞的多样性及其在中枢神经系统中的功能 | 少突胶质细胞及其前体细胞的异质性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 250 | 2024-08-09 |
Gene Expression-Based Identification of Antigen-Responsive CD8+ T Cells on a Single-Cell Level
2019, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2019.02568
PMID:31781096
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研究论文 | 本文研究了如何在未筛选的单细胞基因表达数据中识别人类同源抗原反应性CD8 T细胞及其受体 | 开发了一种基于机器学习的分类器，能够从非选择性群体中敏感且特异地检测病毒反应性CD8 T细胞 | NA | 研究如何识别抗原反应性CD8 T细胞及其受体 | 人类同源抗原反应性CD8 T细胞及其受体 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序和qPCR | 机器学习 | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 251 | 2024-08-09 |
The Tumor Suppressor Role of Zinc Finger Protein 671 (ZNF671) in Multiple Tumors Based on Cancer Single-Cell Sequencing
2019, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2019.01214
PMID:31781507
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据集（scRNA-seq）探讨了锌指蛋白671（ZNF671）在多种肿瘤中的肿瘤抑制作用 | 首次通过单细胞测序技术揭示了ZNF671在多种肿瘤中的肿瘤抑制功能，并探讨了其在异质性癌细胞群体中的作用 | 研究主要基于单细胞测序数据，可能需要进一步的实验验证 | 确定ZNF671在癌症单细胞中的功能状态及其在肿瘤中的作用 | 锌指蛋白671（ZNF671）及其在多种肿瘤中的功能 | 数字病理学 | 多种肿瘤 | 单细胞测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞测序数据 | 涉及14种癌症相关的ZNF671单细胞测序数据集 |
| 252 | 2024-08-09 |
Transcriptomic, epigenetic, and functional analyses implicate neutrophil diversity in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus
2019-12-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1908576116
PMID:31754025
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研究论文 | 本文通过转录组学、表观遗传学和功能分析研究了中性粒细胞在系统性红斑狼疮发病机制中的多样性 | 首次系统地确定了低密度粒细胞（LDGs）的起源、表型、功能和致病性异质性 | NA | 探究中性粒细胞在系统性红斑狼疮中的作用及其多样性 | 系统性红斑狼疮中的低密度粒细胞（LDGs）及其亚群 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | bulk和单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序 | NA | 转录组数据 | 系统性红斑狼疮低密度粒细胞、自体正常密度中性粒细胞和健康对照中性粒细胞 |
| 253 | 2024-08-09 |
TCR sequencing paired with massively parallel 3' RNA-seq reveals clonotypic T cell signatures
2019-12, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0544-5
PMID:31745340
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研究论文 | 本文介绍了一种结合TCR测序和大规模3' RNA-seq的方法，用于分析单细胞RNA测序样本中的TCR序列和相应转录组 | 该方法能够同时分析TCR序列和相应的全转录组，适用于常见的3' scRNA-seq方法，并可适应事后处理的样本 | NA | 研究与共享TCR的T细胞相关的转录组特征，特别是在食物过敏等疾病中，克隆型驱动的反应对理解基础生物学至关重要 | 免疫细胞，特别是T细胞及其抗原受体TCR | 数字病理学 | 食物过敏 | 3'单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列 | 免疫小鼠和食物过敏患者的样本 |
| 254 | 2024-08-09 |
Murine single-cell RNA-seq reveals cell-identity- and tissue-specific trajectories of aging
2019-12, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.253880.119
PMID:31754020
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年小鼠三个组织中超过50,000个细胞，揭示了细胞身份和组织特异性衰老轨迹 | 本研究首次利用单细胞RNA测序技术，结合矩阵分解和最优传输方法，揭示了细胞身份和组织环境对衰老轨迹和幅度的影响 | NA | 探讨细胞身份和组织环境对哺乳动物细胞衰老轨迹的影响 | 小鼠的三个组织中的单个细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 超过50,000个单细胞 |
| 255 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency
2019-Nov-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064
PMID:31733517
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了维生素E缺乏对机械敏感的背根神经节神经元（DRGNs）的深刻影响 | 研究发现维生素E缺乏导致机械敏感的酪氨酸羟化酶阳性（TH+）DRGNs中电压门控Ca和K通道显著上调，这一发现挑战了传统的本体感觉机制 | NA | 探讨维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响 | 背根神经节神经元（DRGNs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Ttpa小鼠的背根神经节神经元 |
| 256 | 2024-08-09 |
A divergent transcriptional landscape underpins the development and functional branching of MAIT cells
2019-11-22, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aay6039
PMID:31757835
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，分析了小鼠和人类中伴随MAIT细胞发育各阶段转录景观的变化。 | 首次详细描述了MAIT细胞发育过程中的转录调控事件，并揭示了成熟MAIT细胞中的不同亚群。 | NA | 研究MAIT细胞发育过程中的转录调控机制。 | MAIT细胞的发育和功能分支。 | 免疫学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 |
| 257 | 2024-08-09 |
Development and validation of a metastasis-associated prognostic signature based on single-cell RNA-seq in clear cell renal cell carcinoma
2019-11-20, Aging
DOI:10.18632/aging.102434
PMID:31747386
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，开发并验证了一种基于透明细胞肾细胞癌的转移相关预后标志物 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出44个转移相关标记基因，并构建了一个包含17个关键转移相关基因的预后模型 | NA | 开发和验证一种新的预后标志物，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的总生存期和无进展生存期 | 透明细胞肾细胞癌的单细胞表达谱和转移相关基因 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 121个细胞样本和626名患者 |
| 258 | 2024-08-09 |
Non-Genetic Intra-Tumor Heterogeneity Is a Major Predictor of Phenotypic Heterogeneity and Ongoing Evolutionary Dynamics in Lung Tumors
2019-11-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.045
PMID:31747591
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研究论文 | 本文分析了肺鳞状细胞癌中的基因和非基因性肿瘤内异质性（ITH），通过多区域批量和单细胞测序，探讨了其在基因组、转录组和肿瘤-免疫相互作用及组织病理学特征层面的影响。 | 研究发现非基因性异质性是影响肺肿瘤组织病理学特征异质性和进化动力学的主要因素。 | NA | 探讨基因和非基因性肿瘤内异质性对肿瘤表型和可演化性的影响。 | 肺鳞状细胞癌的肿瘤内异质性。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 多区域样本 |
| 259 | 2024-08-09 |
Neuronal maturation reduces the type I IFN response to orthobunyavirus infection and leads to increased apoptosis of human neurons
2019-Nov-18, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-019-1614-1
PMID:31739796
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研究论文 | 研究使用人脑类器官（COs）探讨了不同发育阶段的神经元对拉科斯特病毒（LACV）感染的反应，发现神经元成熟度增加会提高对LACV诱导的细胞凋亡的敏感性 | 首次揭示了神经元成熟度与对LACV感染反应之间的关系，以及外源性重组干扰素在保护神经元免受病毒诱导的细胞死亡中的作用 | 研究主要集中在体外模型，未来需要进一步在体内模型中验证这些发现 | 探讨神经元对拉科斯特病毒感染的反应及其与神经元成熟度的关系 | 人脑类器官中的不同发育阶段神经元 | NA | 儿童虫媒脑炎 | 免疫组织化学、流式细胞术、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包含不同发育阶段神经元的人脑类器官 |
| 260 | 2024-08-09 |
Assessment of computational methods for the analysis of single-cell ATAC-seq data
2019-11-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1854-5
PMID:31739806
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研究论文 | 本文介绍了一个基准框架，用于评估10种计算方法在13个合成和真实数据集上的单细胞ATAC-seq数据分析能力 | 首次系统地评估了多种计算方法在单细胞ATAC-seq数据分析中的表现，并提供了最佳实践推荐 | 文章主要集中在计算方法的比较，未深入探讨生物学解释和实际应用场景 | 评估和比较不同的计算方法在单细胞ATAC-seq数据分析中的效果 | 10种计算方法和13个合成及真实数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 超过80,000个细胞的大数据集 |