单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-09 |
S100a4 upregulation in Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre-driven mammary tumors promotes metastasis
2019-12-27, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-019-1238-5
PMID:31881983
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研究论文 | 本研究通过生成Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre双突变小鼠乳腺癌模型，探讨了PIK3CA和TP53突变在乳腺肿瘤发生中的协同作用及S100a4在转移中的作用。 | 首次揭示了Pik3caH1047R和Trp53R270H在乳腺肿瘤发生中的协同作用，并发现S100a4在肿瘤转移中的关键作用。 | NA | 研究PIK3CA和TP53突变在乳腺肿瘤发生中的协同作用及S100a4在转移中的作用。 | Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre双突变小鼠乳腺癌模型。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个乳腺肿瘤样本 |
| 202 | 2024-08-09 |
Discovering Rare Genes Contributing to Cancer Stemness and Invasive Potential by GBM Single-Cell Transcriptional Analysis
2019-Dec-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers11122025
PMID:31888172
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研究论文 | 本研究利用公开的单细胞RNA测序数据，发现并全面解析了存在于少数胶质母细胞瘤（GBM）细胞中的稀有基因，并设计了一个框架系统地识别了51个稀有蛋白质编码基因（PCGs）和47个稀有长非编码RNAs（lncRNAs）。 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，深入探索了少数细胞中的分子机制，并发现了与GBM进展和预后相关的稀有基因。 | NA | 探索胶质母细胞瘤（GBM）中稀有基因的作用及其在癌症进展和预后中的潜在影响。 | 胶质母细胞瘤（GBM）细胞中的稀有基因。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 51个稀有蛋白质编码基因和47个稀有长非编码RNAs |
| 203 | 2024-08-09 |
Autoencoder-based cluster ensembles for single-cell RNA-seq data analysis
2019-Dec-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3179-5
PMID:31870278
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研究论文 | 本文提出了一种基于自编码器的聚类集成框架，用于单细胞RNA测序数据分析 | 该框架通过随机子空间投影和自编码器压缩，结合集成聚类方法，显著提高了细胞类型特异性聚类的性能 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 自编码器 | 基因表达数据 | 多个复杂样本或组织中的单个细胞 |
| 204 | 2024-08-09 |
scDC: single cell differential composition analysis
2019-Dec-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3211-9
PMID:31870280
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研究论文 | 本文介绍了scDC方法，用于单细胞差异组成分析，通过bootstrap重采样进行细胞类型组成的差异分析 | scDC方法通过bootstrap重采样捕捉每个受试者细胞类型比例的不确定性，并使用偏差校正和加速的bootstrap置信区间进行估计 | NA | 开发一种方法来估计细胞类型组成中的不确定性 | 单细胞差异组成分析 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | GLM和GLMM模型 | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据集和合成数据集，每个条件有2到5个受试者 |
| 205 | 2024-08-09 |
scReClassify: post hoc cell type classification of single-cell rNA-seq data
2019-Dec-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-6305-x
PMID:31874628
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研究论文 | 本文提出了一种半监督学习框架scReClassify，用于单细胞RNA测序数据的后验细胞类型识别 | scReClassify能够从可能包含错误标签的初始细胞类型注释中，通过PCA降维和半监督学习方法，准确地识别并重新分类错误分类的细胞 | NA | 开发一种工具，用于改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督学习 | 基因表达数据 | 涉及多种组织和生物系统的模拟和真实实验数据 |
| 206 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveal a Correlation between Genome Architecture and Gene Family Evolution in Ciliates
2019-12-24, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.02524-19
PMID:31874915
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了纤毛虫基因组结构与其基因家族进化之间的关系 | 首次针对未培养的纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea进行单细胞转录组学分析，揭示了基因组结构与蛋白质进化模式的相关性 | 研究主要集中在未培养的纤毛虫类群，可能无法完全代表所有纤毛虫的基因组进化情况 | 进一步评估纤毛虫基因家族的进化，并探讨基因组结构与分子进化模式之间的关系 | 纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea的单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 43个单细胞转录组，来自33种纤毛虫，代表10个类别 |
| 207 | 2024-08-09 |
Human Primordial Germ Cells Are Specified from Lineage-Primed Progenitors
2019-12-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.083
PMID:31875561
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研究论文 | 本文研究了人类多能干细胞在体外转化为生殖细胞的过程，特别是原始生殖细胞（PGCs）的形成和特性 | 发现人类原始生殖细胞（hPGC）的形成始于受精后第12天，并通过单细胞RNA测序揭示了hPGC样细胞（hPGCLCs）的形成涉及从多能状态向过渡状态的重置，随后分化为谱系预定的TFAP2A前体细胞 | NA | 探讨人类原始生殖细胞的形成机制及其在体外生殖细胞生成中的作用 | 人类原始生殖细胞（hPGC）及其前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 208 | 2024-08-09 |
Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model
2019-12-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1861-6
PMID:31870412
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研究论文 | 本文针对单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，提出了一种基于多项式模型的特征选择和降维方法 | 本文提出的多项式方法，包括广义主成分分析（GLM-PCA）和基于偏差的特征选择，在下游聚类评估中优于当前实践 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GLM-PCA | 基因表达数据 | NA |
| 209 | 2024-08-09 |
Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression
2019-12-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1874-1
PMID:31870423
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研究论文 | 本文提出了一种基于正则化负二项回归的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和方差稳定化模型框架 | 本文提出的方法通过使用细胞测序深度作为广义线性模型中的协变量，从正则化负二项回归的Pearson残差中成功去除技术特征的影响，同时保留生物异质性 | NA | 解决scRNA-seq数据中技术因素导致的细胞间变异问题，以区分生物异质性和技术效应 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 正则化负二项回归 | 分子计数数据 | NA |
| 210 | 2024-08-09 |
Cell shape determines gene expression: cardiomyocyte morphotypic transcriptomes
2019-12-23, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-019-0765-7
PMID:31872302
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研究论文 | 本研究通过单细胞形态分型策略和单细胞RNA测序，探讨了心肌细胞形态变化对基因表达的影响 | 首次揭示了细胞形态本身对心肌细胞基因表达的影响，并识别了与异常形态相关的特定基因表达变化和信号通路 | NA | 填补关于细胞形态变化是否影响基因表达的知识空白 | 心肌细胞的形态和基因表达 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 个体心肌细胞 |
| 211 | 2024-08-09 |
M3S: a comprehensive model selection for multi-modal single-cell RNA sequencing data
2019-Dec-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3243-1
PMID:31861972
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研究论文 | 本文开发了一个名为M3S的R包，用于多模态单细胞RNA测序数据的最优统计模型选择 | M3S能够从11种常用模型中选择最适合每个基因表达分布的最简约模型，并进行参数估计和差异基因表达测试 | NA | 开发一个工具来确定不同实验设计和平台生成的单细胞RNA测序数据的最合适统计模型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | RNA测序数据 | NA |
| 212 | 2024-08-09 |
scRNA-seq in medulloblastoma shows cellular heterogeneity and lineage expansion support resistance to SHH inhibitor therapy
2019-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13657-6
PMID:31863004
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和谱系追踪技术分析了髓母细胞瘤中的细胞多样性及其对SHH抑制剂治疗的反应 | 首次展示了即使在具有单一通路激活突变的肿瘤中，多样化的机制驱动肿瘤生长，并导致对靶向抑制剂治疗的早期抵抗 | 研究仅在转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨髓母细胞瘤中的细胞异质性及其对SHH抑制剂治疗的抵抗机制 | 髓母细胞瘤中的细胞多样性和对SHH通路抑制剂的反应 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠 |
| 213 | 2024-08-09 |
Genotype-free demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq
2019-12-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1852-7
PMID:31856883
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研究论文 | 介绍了一种无需预先知道样本基因型或标签条形码的单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的样本解复用方法scSplit | scSplit利用scRNA-seq数据本身推断的遗传差异来解复用合并样本，并能将聚类映射回原始样本 | NA | 开发一种新的方法来解复用单细胞RNA测序实验中的合并样本 | scRNA-seq数据中的合并样本 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了模拟、合并和多个体合并的数据集 |
| 214 | 2024-08-09 |
Single-Cell Expression Variability Implies Cell Function
2019-12-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9010014
PMID:31861624
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研究论文 | 本文通过分析来自淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据，研究了基因表达的细胞间变异性（scEV）及其对多细胞生物体的功能意义 | 本文支持“变异即功能”假说，认为scEV对于细胞类型特异性及更高层次的系统功能是必需的 | NA | 探讨单细胞基因表达变异性的功能重要性及其对多细胞生物体的意义 | 淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 分析了来自淋巴母细胞系（465个高变异基因）、肺气道上皮细胞（466个高变异基因）和皮肤成纤维细胞（364个高变异基因）的多个scRNA-seq数据集 |
| 215 | 2024-08-09 |
Discrimination of Dormant and Active Hematopoietic Stem Cells by G0 Marker Reveals Dormancy Regulation by Cytoplasmic Calcium
2019-12-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.061
PMID:31851939
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研究论文 | 本文通过生成一种可视化静息细胞的G标记（GM）小鼠系，区分了静息造血干细胞（HSCs）中的休眠和活跃状态，并揭示了细胞质钙浓度与HSCs休眠状态的关联 | 首次通过GM小鼠系区分休眠和活跃的HSCs，并发现细胞质钙浓度与HSCs休眠状态的关联 | NA | 研究休眠和活跃造血干细胞之间的关系及其调控机制 | 造血干细胞（HSCs）的休眠和活跃状态 | NA | NA | 单细胞RNA测序，高通量小分子筛选 | NA | 基因表达谱 | 小鼠系中的造血干细胞群体 |
| 216 | 2024-08-09 |
Isolation of Region-specific Microglia from One Adult Mouse Brain Hemisphere for Deep Single-cell RNA Sequencing
2019-12-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/60347
PMID:31868174
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研究论文 | 本文提供了一种从成年小鼠大脑半球特定区域快速分离小胶质细胞的详细方案，并展示了如何利用这些分离的小胶质细胞进行基于平板的高深度单细胞RNA测序 | 本文介绍了从特定脑区分离小胶质细胞的方法，并展示了如何利用这些细胞进行高深度单细胞RNA测序，有助于进一步解析小胶质细胞的异质性 | NA | 研究小胶质细胞在不同发育和病理条件下的异质性 | 小胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 单个成年小鼠大脑半球 |
| 217 | 2024-08-09 |
Latent transcriptional variations of individual Plasmodium falciparum uncovered by single-cell RNA-seq and fluorescence imaging
2019-12, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1008506
PMID:31856180
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和荧光成像技术，揭示了单个恶性疟原虫在晚期无性和有性阶段的潜在转录变异 | 首次通过单细胞RNA测序和荧光成像技术，详细描绘了恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异，并发现了一组先前未定义的性别特异性基因 | NA | 探索恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异及其对宿主适应性的影响 | 恶性疟原虫的单细胞转录变异 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞样本 |
| 218 | 2024-08-09 |
Identifying Common Genes, Cell Types and Brain Regions Between Diseases of the Nervous System
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01202
PMID:31850066
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研究论文 | 本研究通过回顾518篇关于20种神经系统疾病的文献，构建了包含1607个突变和365个基因的数据集，分析了疾病间的遗传相似性和细胞类型相似性。 | 首次构建了迄今为止最全面的与20种神经系统疾病相关的基因突变数据集，并发现疾病间的遗传和细胞类型相似性与表型相似性显著相关。 | 疾病相关基因在脑区富集谱的距离与表型相似性无显著相关性。 | 探索神经系统疾病间的共同基因、细胞类型和脑区，以设计共同治疗方案。 | 20种神经系统疾病及其相关基因、细胞类型和脑区。 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 1607个突变，365个基因，25种细胞类型，10个脑区 |
| 219 | 2024-08-09 |
Differential cell-type-expression of CYFIP1 and CYFIP2 in the adult mouse hippocampus
2019, Animal cells and systems
IF:2.5Q1
DOI:10.1080/19768354.2019.1696406
PMID:31853374
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研究论文 | 本研究通过分析小鼠大脑单细胞RNA测序数据库和荧光免疫组织化学技术，探讨了CYFIP1和CYFIP2在成年小鼠海马体中的细胞类型特异性表达 | 发现了CYFIP1和CYFIP2在小鼠大脑中具有不同的细胞类型特异性表达模式，这一发现为理解与这些基因相关的大脑疾病的病理生理学和潜在治疗方法提供了新的见解 | NA | 探讨CYFIP1和CYFIP2在小鼠大脑中的细胞类型特异性表达及其在脑疾病中的作用 | CYFIP1和CYFIP2基因在小鼠海马体中的表达模式 | 分子遗传学 | 脑疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNAseq), 荧光免疫组织化学 | NA | RNA | 成年小鼠海马体样本 |
| 220 | 2024-08-09 |
Comprehensive analysis of a mouse model of spontaneous uveoretinitis using single-cell RNA sequencing
2019-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1915571116
PMID:31843893
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术对自发性葡萄膜视网膜炎的小鼠模型进行全面分析 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面且无偏地定义了与疾病相关的细胞群和基因表达模式 | NA | 研究自发性葡萄膜视网膜炎的疾病机制 | 小鼠的视网膜细胞 | 数字病理学 | 葡萄膜视网膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和自发葡萄膜视网膜炎小鼠的视网膜样本 |