单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-07	In situ 10-cell RNA sequencing in tissue and tumor biopsy samples 2019-03-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-41235-9 PMID:30894605	研究论文	本文介绍了一种在组织和肿瘤活检样本中进行原位10细胞RNA测序的方法	结合激光捕获技术和改进的预放大程序，实现了对10个微切割细胞的RNA测序，提高了单细胞RNA测序的技术可靠性和灵敏度	NA	开发一种新的方法来量化细胞在其原始组织环境中的个体调控状态	组织和肿瘤活检样本中的单个细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	10个微切割细胞
182	2024-08-07	Mechanisms of Lymphoma Clearance Induced by High-Dose Alkylating Agents 2019-07, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-18-1393 PMID:31040105	研究论文	本文探讨了高剂量烷化剂在人类双打击淋巴瘤中清除淋巴瘤的机制	发现高剂量烷化剂通过诱导内质网应激，促进巨噬细胞依赖的淋巴瘤清除，这是一种新的机制	NA	研究高剂量环磷酰胺在人类双打击淋巴瘤中的作用机制	人类双打击淋巴瘤	NA	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
183	2024-08-07	Model-based understanding of single-cell CRISPR screening 2019-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10216-x PMID:31110232	研究论文	本文介绍了MUSIC，一个集成管道，用于基于模型的单细胞CRISPR筛选数据理解	MUSIC能够准确量化和优先处理单细胞CRISPR筛选数据中的个体基因扰动效应，并能容忍数据分析中存在的显著噪声	NA	开发一个集成管道，以基于模型的方法分析单细胞CRISPR筛选数据，从而阐明扰动功能和生物电路	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	CRISPR筛选, 单细胞RNA测序	集成管道	单细胞数据	使用所有公开可用的数据进行综合测试
184	2024-08-07	Single-Cell RNA-Sequencing-Based CRISPRi Screening Resolves Molecular Drivers of Early Human Endoderm Development 2019-Apr-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.076 PMID:30995470	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和CRISPRi筛选技术，解析了人类内胚层早期发育的分子驱动因素	首次将单细胞RNA测序与CRISPRi筛选相结合，全面定义了内胚层发育中基因功能丧失的表型	NA	研究人类内胚层发育的分子基础	人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, CRISPRi	NA	RNA	NA
185	2024-08-07	CRISPR Screening in Single Cells 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_23 PMID:31028650	研究论文	本文描述了在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的当前协议	结合单细胞RNA测序和CRISPR技术，可以高效地研究任意数量的基因	研究受限于测序能力	探索在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的方法	单细胞中的基因	基因编辑	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	NA	测序数据	任意数量的基因，受限于测序能力
186	2024-08-07	Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma 2019-Oct-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.003 PMID:31675496	研究论文	本研究结合两种单细胞RNA测序技术，分析了肝细胞癌患者五个免疫相关部位的CD45免疫细胞转录组	首次揭示了LAMP3树突状细胞在肿瘤与淋巴结间的迁移潜力及其对多种淋巴细胞亚型的调控作用	NA	深入了解肝细胞癌的免疫微环境	肝细胞癌患者的免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自五个不同部位的肝细胞癌患者样本
187	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals novel gene expression signatures of trastuzumab treatment in HER2+ breast cancer: A pilot study 2019-Jun, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000015872 PMID:31261495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的基因表达谱变化	首次在单细胞水平上研究了曲妥珠单抗治疗患者的转录组特征，揭示了新的基因表达特征及其在乳腺癌和心脏毒性中的作用	作为一项试点研究，样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探索曲妥珠单抗治疗HER2阳性乳腺癌的分子机制及其引起的心脏毒性	HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的单细胞转录组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	461个差异表达基因
188	2024-08-07	Evaluation of Weng et al.: Leveraging Cell Type Correlations and Single-Cell Bioinformatics to Identify Progenitor Diversity and Lineage 2019-05-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.04.011 PMID:31051125	评论	本文是对Weng等人2019年发表的关于单细胞转录组学研究中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素的同行评审过程的展示	NA	NA	展示对Weng等人研究的同行评审过程	单细胞转录组学研究的中间胶质前体细胞及细胞命运和胶质瘤发生的关键决定因素	单细胞生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
189	2024-08-07	Single-Cell Analysis Reveals Heterogeneity of High Endothelial Venules and Different Regulation of Genes Controlling Lymphocyte Entry to Lymph Nodes 2019-03-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.042 PMID:30865898	研究论文	本文通过全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术和免疫组织荧光技术，揭示了成年小鼠外周淋巴结中高内皮微静脉（HEVs）在稳态、抗原刺激和淋巴毒素-β受体（LTβR）信号抑制条件下的异质性	本文首次揭示了HEV内皮细胞在稳态下的激活状态，并识别了区分化HEV表型的特征基因，同时发现LTβR信号调节许多HEV基因和途径，以及免疫刺激诱导HEVs的全球性和暂时性炎症表型	NA	研究HEVs在不同条件下的异质性和基因调控	高内皮微静脉（HEVs）及其在淋巴结中的功能	数字病理学	NA	全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术、免疫组织荧光	NA	RNA	成年小鼠外周淋巴结样本
190	2024-08-07	IL22 Inhibits Epithelial Stem Cell Expansion in an Ileal Organoid Model 2019, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2018.06.008 PMID:30364840	研究论文	本文研究了白细胞介素22（IL22）在回肠类器官模型中对上皮干细胞扩张的影响。	首次探讨了IL22对肠道干细胞（ISCs）及其介导的组织修复的影响。	研究主要基于小鼠回肠类器官模型，可能与人类疾病存在差异。	探讨IL22在克罗恩病中对肠道干细胞的影响及其机制。	回肠类器官、肠道干细胞（ISCs）和过渡放大（TA）前体细胞。	数字病理学	炎症性肠病	定量逆转录聚合酶链反应、免疫染色、单细胞RNA测序	NA	类器官、单细胞	使用小鼠回肠类器官和IL22转基因小鼠进行实验。
191	2024-08-08	Scavenger: A pipeline for recovery of unaligned reads utilising similarity with aligned reads 2019, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.19426.2 PMID:32913631	研究论文	本文介绍了一种名为Scavenger的生物信息学管道，用于利用对齐读取与未对齐读取之间的序列相似性来恢复未对齐的读取	Scavenger采用了一种新颖的机制，通过序列相似性发现潜在的对齐位置来恢复未对齐的读取	尽管恢复的读取数量相对于总读取数量较少，但这些恢复的读取对下游分析（尤其是低表达基因的表达和差异表达估计）有影响	解决RNA-seq分析中的假阴性非对齐问题，提高对齐工具的映射敏感性	模拟和真实RNA-seq数据集，包括单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	包括模拟和真实的RNA-seq数据集，具体样本数量未详细说明
192	2024-08-08	Modeling disease progression in Multiple Myeloma with Hopfield networks and single-cell RNA-seq 2019-Nov, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine DOI:10.1109/bibm47256.2019.8983325 PMID:35574240	研究论文	使用Hopfield网络和单细胞RNA测序数据来模拟多发性骨髓瘤（MM）的疾病进展路径	将Hopfield神经网络中的联想记忆映射到基因表达模式，以模拟多发性骨髓瘤的不同进展路径	NA	研究多发性骨髓瘤的疾病进展	多发性骨髓瘤患者以及被诊断为意义未明的单克隆免疫球蛋白病（MGUS）和隐匿性多发性骨髓瘤（SMM）的患者	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	Hopfield网络	基因表达数据	来自多发性骨髓瘤、MGUS和SMM患者的骨髓穿刺样本
193	2024-08-08	When blood development meets single-cell transcriptomics 2019-Aug, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000007 PMID:35402794	综述	本文综述了单细胞转录组学在血液细胞发育中的应用，特别是造血干细胞（HSCs）的生成过程。	结合单细胞转录组学技术，提供了关于血液细胞生成过程中分子演变及其机制的新见解。	NA	探讨单细胞转录组学技术在血液细胞发育研究中的应用及未来展望。	血液细胞的生成过程，特别是造血干细胞（HSCs）。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
194	2024-08-08	Tumor heterogeneity of acute myeloid leukemia: insights from single-cell sequencing 2019-Aug, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000015 PMID:35402804	综述	本文综述了利用单细胞测序技术研究急性髓系白血病异质性的进展	单细胞测序技术为分析个体细胞层面的基因组、转录组、蛋白质组和表观基因组提供了强大工具	讨论了单细胞测序技术在急性髓系白血病预后和治疗中的局限性和未来方向	理解肿瘤在疾病进展和治疗干预选择下的演化	急性髓系白血病的肿瘤异质性	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	基因组、转录组、蛋白质组和表观基因组数据	NA
195	2024-08-08	Jointly Embedding Multiple Single-Cell Omics Measurements 2019-Sep-03, Algorithms in bioinformatics : ... International Workshop, WABI ..., proceedings. WABI (Workshop) DOI:10.4230/LIPIcs.WABI.2019.10 PMID:34632462	研究论文	本文提出了一种无监督流形对齐算法MMD-MA，用于整合来自同一细胞群体的不同测量数据	MMD-MA算法通过优化目标函数，将来自多个领域的单细胞数据点对齐到学习到的潜在空间中，无需任何跨数据模态的对应信息	NA	开发一种算法，能够整合多种单细胞测序技术数据	单细胞基因表达、DNA可及性、染色质组织、甲基化和成像数据	生物信息学	NA	单细胞测序	MMD-MA算法	基因表达数据、甲基化数据	涉及单细胞基因表达和甲基化数据的实际数据集
196	2024-08-09	Yeast Single-cell RNA-seq, Cell by Cell and Step by Step 2019-Sep-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3359 PMID:33654857	研究论文	本文详细描述了一种针对酵母的单细胞RNA测序（yscRNA-seq）协议的实验和计算步骤	yscRNA-seq协议具有成本低、高通量和易于实施的特点，结合了单细胞表型分选和独特的分子标识符，能够以链和异构体特异性的方式数字化计数分子数量	NA	开发和描述一种适用于酵母的单细胞RNA测序协议，以便于在其他实验室中实施并指导新技术的开发	酵母细胞的单细胞RNA测序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
197	2024-08-09	Prediction of cell position using single-cell transcriptomic data: an iterative procedure 2019, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.20715.2 PMID:32399185	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞转录组数据预测细胞位置的迭代方法	通过结合单细胞转录组数据和基因参考图谱，提出了一种迭代方法来预测单个细胞的位置并重建数千个基因的空间表达谱	NA	开发新的算法以预测细胞位置和重建基因的空间表达谱	单细胞转录组数据和基因参考图谱	生物信息学	NA	单细胞测序	迭代方法	转录组数据	小部分基因的参考图谱
198	2024-08-09	A new view of the mammary epithelial hierarchy and its implications for breast cancer initiation and metastasis 2019, Journal of cancer metastasis and treatment IF:1.4Q4 DOI:10.20517/2394-4722.2019.24 PMID:32395618	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，对乳腺上皮细胞的分化层次进行了深入研究，揭示了乳腺上皮细胞层次的新模型及其对乳腺癌发生和转移的影响	利用单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺上皮细胞层次的新模型，打破了传统上对干细胞、祖细胞和分化细胞之间严格界限的认识	NA	研究乳腺上皮细胞的分化层次及其对乳腺癌发生和转移的影响	乳腺上皮干细胞及其下游祖细胞的分化层次	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
199	2024-08-09	Corrigendum: Digitaldlsorter: Deep-Learning on scRNA-Seq to Deconvolute Gene Expression Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01373 PMID:32117421	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
200	2024-08-09	IDOL regulates systemic energy balance through control of neuronal VLDLR expression 2019-11, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0127-7 PMID:32072135	research paper	本文研究了IDOL通过调控神经元中VLDLR表达来调节系统性能量平衡的作用	首次揭示了IDOL在神经元中通过调控VLDLR表达影响能量平衡的新机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究IDOL在系统性能量代谢中的作用及其机制	IDOL、VLDLR及其在能量代谢中的作用	NA	diet-induced obesity	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	组织特异性敲除小鼠