单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-07	Single-Cell Analysis Reveals Heterogeneity of High Endothelial Venules and Different Regulation of Genes Controlling Lymphocyte Entry to Lymph Nodes 2019-03-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.042 PMID:30865898	研究论文	本文通过全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术和免疫组织荧光技术，揭示了成年小鼠外周淋巴结中高内皮微静脉（HEVs）在稳态、抗原刺激和淋巴毒素-β受体（LTβR）信号抑制条件下的异质性	本文首次揭示了HEV内皮细胞在稳态下的激活状态，并识别了区分化HEV表型的特征基因，同时发现LTβR信号调节许多HEV基因和途径，以及免疫刺激诱导HEVs的全球性和暂时性炎症表型	NA	研究HEVs在不同条件下的异质性和基因调控	高内皮微静脉（HEVs）及其在淋巴结中的功能	数字病理学	NA	全长单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、流式细胞术、免疫组织荧光	NA	RNA	成年小鼠外周淋巴结样本
182	2024-08-07	IL22 Inhibits Epithelial Stem Cell Expansion in an Ileal Organoid Model 2019, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2018.06.008 PMID:30364840	研究论文	本文研究了白细胞介素22（IL22）在回肠类器官模型中对上皮干细胞扩张的影响。	首次探讨了IL22对肠道干细胞（ISCs）及其介导的组织修复的影响。	研究主要基于小鼠回肠类器官模型，可能与人类疾病存在差异。	探讨IL22在克罗恩病中对肠道干细胞的影响及其机制。	回肠类器官、肠道干细胞（ISCs）和过渡放大（TA）前体细胞。	数字病理学	炎症性肠病	定量逆转录聚合酶链反应、免疫染色、单细胞RNA测序	NA	类器官、单细胞	使用小鼠回肠类器官和IL22转基因小鼠进行实验。
183	2024-08-08	Scavenger: A pipeline for recovery of unaligned reads utilising similarity with aligned reads 2019, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.19426.2 PMID:32913631	研究论文	本文介绍了一种名为Scavenger的生物信息学管道，用于利用对齐读取与未对齐读取之间的序列相似性来恢复未对齐的读取	Scavenger采用了一种新颖的机制，通过序列相似性发现潜在的对齐位置来恢复未对齐的读取	尽管恢复的读取数量相对于总读取数量较少，但这些恢复的读取对下游分析（尤其是低表达基因的表达和差异表达估计）有影响	解决RNA-seq分析中的假阴性非对齐问题，提高对齐工具的映射敏感性	模拟和真实RNA-seq数据集，包括单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	包括模拟和真实的RNA-seq数据集，具体样本数量未详细说明
184	2024-08-08	Modeling disease progression in Multiple Myeloma with Hopfield networks and single-cell RNA-seq 2019-Nov, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine DOI:10.1109/bibm47256.2019.8983325 PMID:35574240	研究论文	使用Hopfield网络和单细胞RNA测序数据来模拟多发性骨髓瘤（MM）的疾病进展路径	将Hopfield神经网络中的联想记忆映射到基因表达模式，以模拟多发性骨髓瘤的不同进展路径	NA	研究多发性骨髓瘤的疾病进展	多发性骨髓瘤患者以及被诊断为意义未明的单克隆免疫球蛋白病（MGUS）和隐匿性多发性骨髓瘤（SMM）的患者	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	Hopfield网络	基因表达数据	来自多发性骨髓瘤、MGUS和SMM患者的骨髓穿刺样本
185	2024-08-08	When blood development meets single-cell transcriptomics 2019-Aug, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000007 PMID:35402794	综述	本文综述了单细胞转录组学在血液细胞发育中的应用，特别是造血干细胞（HSCs）的生成过程。	结合单细胞转录组学技术，提供了关于血液细胞生成过程中分子演变及其机制的新见解。	NA	探讨单细胞转录组学技术在血液细胞发育研究中的应用及未来展望。	血液细胞的生成过程，特别是造血干细胞（HSCs）。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
186	2024-08-08	Tumor heterogeneity of acute myeloid leukemia: insights from single-cell sequencing 2019-Aug, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000015 PMID:35402804	综述	本文综述了利用单细胞测序技术研究急性髓系白血病异质性的进展	单细胞测序技术为分析个体细胞层面的基因组、转录组、蛋白质组和表观基因组提供了强大工具	讨论了单细胞测序技术在急性髓系白血病预后和治疗中的局限性和未来方向	理解肿瘤在疾病进展和治疗干预选择下的演化	急性髓系白血病的肿瘤异质性	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	基因组、转录组、蛋白质组和表观基因组数据	NA
187	2024-08-08	Jointly Embedding Multiple Single-Cell Omics Measurements 2019-Sep-03, Algorithms in bioinformatics : ... International Workshop, WABI ..., proceedings. WABI (Workshop) DOI:10.4230/LIPIcs.WABI.2019.10 PMID:34632462	研究论文	本文提出了一种无监督流形对齐算法MMD-MA，用于整合来自同一细胞群体的不同测量数据	MMD-MA算法通过优化目标函数，将来自多个领域的单细胞数据点对齐到学习到的潜在空间中，无需任何跨数据模态的对应信息	NA	开发一种算法，能够整合多种单细胞测序技术数据	单细胞基因表达、DNA可及性、染色质组织、甲基化和成像数据	生物信息学	NA	单细胞测序	MMD-MA算法	基因表达数据、甲基化数据	涉及单细胞基因表达和甲基化数据的实际数据集
188	2024-08-09	Yeast Single-cell RNA-seq, Cell by Cell and Step by Step 2019-Sep-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3359 PMID:33654857	研究论文	本文详细描述了一种针对酵母的单细胞RNA测序（yscRNA-seq）协议的实验和计算步骤	yscRNA-seq协议具有成本低、高通量和易于实施的特点，结合了单细胞表型分选和独特的分子标识符，能够以链和异构体特异性的方式数字化计数分子数量	NA	开发和描述一种适用于酵母的单细胞RNA测序协议，以便于在其他实验室中实施并指导新技术的开发	酵母细胞的单细胞RNA测序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
189	2024-08-09	Prediction of cell position using single-cell transcriptomic data: an iterative procedure 2019, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.20715.2 PMID:32399185	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞转录组数据预测细胞位置的迭代方法	通过结合单细胞转录组数据和基因参考图谱，提出了一种迭代方法来预测单个细胞的位置并重建数千个基因的空间表达谱	NA	开发新的算法以预测细胞位置和重建基因的空间表达谱	单细胞转录组数据和基因参考图谱	生物信息学	NA	单细胞测序	迭代方法	转录组数据	小部分基因的参考图谱
190	2024-08-09	A new view of the mammary epithelial hierarchy and its implications for breast cancer initiation and metastasis 2019, Journal of cancer metastasis and treatment IF:1.4Q4 DOI:10.20517/2394-4722.2019.24 PMID:32395618	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，对乳腺上皮细胞的分化层次进行了深入研究，揭示了乳腺上皮细胞层次的新模型及其对乳腺癌发生和转移的影响	利用单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺上皮细胞层次的新模型，打破了传统上对干细胞、祖细胞和分化细胞之间严格界限的认识	NA	研究乳腺上皮细胞的分化层次及其对乳腺癌发生和转移的影响	乳腺上皮干细胞及其下游祖细胞的分化层次	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
191	2024-08-09	Corrigendum: Digitaldlsorter: Deep-Learning on scRNA-Seq to Deconvolute Gene Expression Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01373 PMID:32117421	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
192	2024-08-09	IDOL regulates systemic energy balance through control of neuronal VLDLR expression 2019-11, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0127-7 PMID:32072135	research paper	本文研究了IDOL通过调控神经元中VLDLR表达来调节系统性能量平衡的作用	首次揭示了IDOL在神经元中通过调控VLDLR表达影响能量平衡的新机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究IDOL在系统性能量代谢中的作用及其机制	IDOL、VLDLR及其在能量代谢中的作用	NA	diet-induced obesity	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	组织特异性敲除小鼠
193	2024-08-09	The application of single-cell sequencing technology in the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma 2019-Dec, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm.2019.11.116 PMID:32042806	研究论文	本文综述了单细胞测序技术在肝细胞癌诊断和治疗中的应用	单细胞测序技术能够揭示传统组织学无法检测到的细胞间的遗传异质性	NA	探讨单细胞测序技术在肝细胞癌临床诊断、治疗和预后中的应用	肝细胞癌的肿瘤细胞异质性	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组和表观基因组数据	NA
194	2024-08-09	Reproducibility of Methods to Detect Differentially Expressed Genes from Single-Cell RNA Sequencing 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01331 PMID:32010190	研究论文	本研究评估了9种用于单细胞RNA测序数据差异表达基因检测工具的可重复性	本研究首次系统比较了专为单细胞RNA测序数据设计的工具与传统批量细胞RNA测序方法在单细胞数据上的表现	研究仅使用了三种真实数据集和一种模拟数据集进行比较，可能无法全面反映所有情况下的表现	评估不同方法在单细胞RNA测序数据中检测差异表达基因的可重复性	9种差异表达分析工具在单细胞RNA测序数据中的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种真实数据集和一种模拟数据集
195	2024-08-09	Species-Specific miRNAs in Human Brain Development and Disease 2019, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2019.00559 PMID:31920559	综述	本文综述了物种特异性miRNA在人类大脑发育和疾病中的调控作用及其对人类大脑特征演变和神经系统疾病的贡献	探讨了miRNA表达的分化在塑造物种间基因表达差异中的重要作用，并介绍了单细胞测序方法在解析发育过渡期miRNA-mRNA相互作用中的应用	NA	阐明物种特异性miRNA调控机制，为神经疾病开发新型、全面和有效的治疗方法	人类大脑发育和神经系统疾病	NA	神经精神疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
196	2024-08-09	Revealing Dynamic Mechanisms of Cell Fate Decisions From Single-Cell Transcriptomic Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01280 PMID:31921315	研究论文	开发了一种名为Topographer的新方法，用于从单细胞转录组数据构建定量的Waddington景观，揭示细胞命运决策的动态机制	Topographer方法能够识别复杂的细胞状态转换轨迹，并估计由命运和转换概率表征的复杂细胞类型动态	NA	揭示细胞命运决策的动态机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及人类初级肌细胞的单细胞RNA-seq数据
197	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of the Cardiovascular System: New Looks for Old Diseases 2019, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2019.00173 PMID:31921894	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心血管系统研究中的应用，探讨了其在揭示细胞亚群和转录变异方面的潜力	scRNA-seq技术揭示了新的细胞亚群和转录变异，为心血管疾病的基础科学研究提供了新的见解	NA	探讨scRNA-seq在心血管系统研究中的应用及其对理解心血管系统和病理的潜在价值	心血管系统中的细胞亚群和转录变异	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA表达数据	NA
198	2024-08-09	scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation 2019-12-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1906-x PMID:31892341	研究论文	本研究评估了冷保存对新鲜健康脾脏、食管和肺组织的影响，通过单细胞RNA测序分析了这些组织在72小时内的稳定性。	研究提供了24小时内组织保存的稳健协议，这对Human Cell Atlas或临床研究的样本收集物流大有裨益。	研究观察到72小时后肺T细胞比例下降，线粒体读数百分比增加，以及脾脏中背景环境RNA读数的污染增加，这些是细胞类型特异性的。	评估冷保存对人类脾脏、食管和肺组织稳定性的影响，并为Human Cell Atlas提供高质量的单细胞转录组数据。	新鲜健康的脾脏、食管和肺组织。	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	240,000个高质量单细胞转录组，来自至少5个供体的全基因组序列
199	2024-08-09	Cloud accelerated alignment and assembly of full-length single-cell RNA-seq data using Falco 2019-Dec-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-6341-6 PMID:31888474	研究论文	本文介绍了Falco框架，该框架利用现代云平台的并行和分布式计算环境，加速全长批量RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据的读取对齐和转录本组装	Falco框架引入了两种新模式：仅对齐和转录本组装，能够显著加速全长scRNA-seq数据的对齐和组装过程	NA	开发一个能够扩展并加速全长scRNA-seq数据对齐和组装的云端大数据处理框架	全长批量RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	两个公开的scRNA-seq数据集
200	2024-08-09	Using transfer learning from prior reference knowledge to improve the clustering of single-cell RNA-Seq data 2019-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-56911-z PMID:31889137	研究论文	本文提出了一种利用先验知识从大型参考数据集进行迁移学习以改进单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据聚类的方法	本文首次将迁移学习应用于无监督聚类问题，并通过单细胞RNA测序数据验证了其有效性	NA	改进小规模疾病或组织特异性数据集的聚类效果，特别是罕见细胞类型的识别	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	使用模拟数据和公开可用数据进行验证