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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-07 |
Jointly Embedding Multiple Single-Cell Omics Measurements
2019-Sep-03, Algorithms in bioinformatics : ... International Workshop, WABI ..., proceedings. WABI (Workshop)
DOI:10.4230/LIPIcs.WABI.2019.10
PMID:34632462
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研究论文 | 提出一种无监督流形对齐算法MMD-MA，用于整合不同单细胞测序技术测量的多个数据集 | MMD-MA无需任何数据模态间的对应信息，即可对齐不同单细胞测量数据，并允许整合异质性数据类型如基因表达、DNA可及性、染色质组织、甲基化和成像数据 | 未提供具体局限性信息 | 开发一种整合不同单细胞测量数据的方法，实现跨模态单细胞分析 | 单细胞基因表达和甲基化数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 无监督流形对齐算法 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-06-01 |
High-definition spatial transcriptomics for in situ tissue profiling
2019-10, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0548-y
PMID:31501547
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研究论文 | 开发了一种高分辨率空间转录组学技术，用于原位组织分析 | 利用密集空间条形码微珠阵列，实现了2微米分辨率下捕获组织切片中的RNA，可同时获取空间位置和分子信息 | 未提及技术局限性 | 开发高分辨率空间转录组学方法，实现对组织切片的空间分子图谱分析 | 小鼠大脑和原发性乳腺癌组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 图像和转录组数据 | 小鼠大脑和原发性乳腺癌组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 高密度空间条形码微珠阵列，2微米分辨率 |
| 3 | 2026-05-31 |
Resolving medulloblastoma cellular architecture by single-cell genomics
2019-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1434-6
PMID:31341285
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研究论文 | 利用单细胞转录组学研究25例髓母细胞瘤的瘤内和瘤间异质性，揭示其细胞结构及亚型特异性生物学 | 首次通过单细胞基因组学解析髓母细胞瘤各分子亚型的细胞组成和发育状态差异，并跨物种定义SHH和Group 4亚型的潜在起源细胞 | 样本量有限（仅25例），可能未涵盖所有亚型的完整细胞多样性；研究主要依赖转录组数据，缺乏蛋白质或表观遗传学层面的验证 | 探究髓母细胞瘤各分子亚型的细胞异质性及其在生物学和临床行为中的作用 | 25例髓母细胞瘤样本，涵盖WNT、SHH、Group 3和Group 4所有分子亚型 | 单细胞基因组学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 25例髓母细胞瘤患者肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 4 | 2026-05-31 |
Single-cell RNA sequencing reveals the impact of chromosomal instability on glioblastoma cancer stem cells
2019-05-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-019-0532-5
PMID:31151460
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示染色体不稳定性对胶质母细胞瘤癌症干细胞基因表达的影响 | 首次证明染色体不稳定性直接导致基因表达变化，并区分了拷贝数依赖和非依赖的差异表达基因，发现一个与肿瘤分级和患者生存预后相关的基因特征 | 使用细胞系而非原代肿瘤样本，可能无法完全反映体内肿瘤异质性；仅分析了单个CSC和NSC细胞系 | 研究染色体不稳定性引起的拷贝数变异如何影响胶质母细胞瘤癌症干细胞的单细胞基因表达 | 染色体不稳定的胶质母细胞瘤癌症干细胞系和正常二倍体神经干细胞系 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq | NA | 文本 | 两个细胞系（胶质母细胞瘤CSC系和正常NSC系） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-05-30 |
Navigating the Depths and Avoiding the Shallows of Pancreatic Islet Cell Transcriptomes
2019-07, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/dbi18-0019
PMID:31221802
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评论 | 评述单细胞RNA测序在解析胰岛β细胞异质性方面的进展与挑战，并对比单细胞与批量测序的应用场景 | 系统评估多个单细胞转录组数据集的一致性，揭示单细胞分辨率下检测限对数据质量的影响 | 主要基于已有数据集的再分析，未提出新实验方法或算法 | 评估单细胞RNA测序对胰岛β细胞异质性的理解，比较其与批量测序的适用性 | 小鼠和人类的α、β、δ胰岛细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据（转录组） | 多个公开的人类和单细胞β细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-01 |
Unravelling Intratumoral Heterogeneity through High-Sensitivity Single-Cell Mutational Analysis and Parallel RNA Sequencing
2019-03-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.009
PMID:30765193
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研究论文 | 通过高灵敏度单细胞突变分析和并行RNA测序揭示肿瘤内异质性 | 开发了TARGET-seq方法，实现从同一单细胞同时进行多个突变的高灵敏度检测和全转录组分析，解决了传统单细胞RNA测序在癌症组织中无法覆盖关键突变热点的问题 | 未在摘要中明确提及局限性 | 开发一种方法以在单细胞水平同时解析遗传和转录异质性 | 骨髓增殖性肿瘤（MPN）的干细胞和祖细胞 | 数字病理学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序，TARGET-seq | NA | 单细胞转录组和基因组数据 | 4,559个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-04-25 |
A discriminative learning approach to differential expression analysis for single-cell RNA-seq
2019-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0303-9
PMID:30664774
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq差异表达分析的判别学习方法 | 通过检测大量细胞中的转录动态和基因丰度变化来识别差异表达，并利用伪比对获得的转录本兼容性计数进行无需量化的3'单细胞RNA-seq分析，可识别之前无法检测的标记基因 | 未提及 | 开发一种改进的单细胞RNA-seq差异表达分析方法 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 判别学习模型 | 单细胞转录组数据 | 大量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-04-16 |
IL-2 production by self-reactive CD4 thymocytes scales regulatory T cell generation in the thymus
2019-11-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190993
PMID:31434685
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研究论文 | 本研究揭示了胸腺中调节性T细胞（T reg细胞）生成的关键调控机制，即自身反应性CD4单阳性胸腺细胞通过产生IL-2来调节胸腺T reg细胞的生成规模 | 首次发现胸腺中IL-2的主要来源是成熟的CD4单阳性胸腺细胞，并证明这些自身反应性细胞通过IL-2产生来调节胸腺T reg细胞的生成规模，建立了胸腺T reg细胞池大小与成熟胸腺前体细胞整体自身反应性之间的调控关系 | 研究主要基于小鼠模型，人类胸腺中是否存在相同机制尚需验证；IL-2产生的具体调控机制和信号通路细节有待进一步阐明 | 探究胸腺中调节性T细胞（T reg细胞）生成和维持的调控机制，特别是IL-2在其中的作用 | 小鼠胸腺中的CD4 T细胞亚群，包括调节性T细胞（T reg细胞）及其前体细胞、成熟的CD4单阳性胸腺细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-04-16 |
Genetic and phenotypic difference in CD8+ T cell exhaustion between chronic hepatitis B infection and hepatocellular carcinoma
2019-01, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmedgenet-2018-105267
PMID:29666149
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研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎和肝细胞癌中CD8+ T细胞耗竭的遗传和表型差异 | 首次系统比较了慢性感染与癌症中CD8+ T细胞耗竭的差异，并利用单细胞测序数据进行再分析 | 样本来源有限，仅基于已发表数据集和部分组织样本，未涉及动态过程或治疗干预 | 探究慢性乙型肝炎与肝细胞癌中CD8+ T细胞耗竭的异同 | 从慢性乙型肝炎和肝细胞癌组织中分离的CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞测序数据 | 未明确具体样本数量，但使用了已发表数据集GSE98638 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-03-15 |
Molecular determinants of nephron vascular specialization in the kidney
2019-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12872-5
PMID:31836710
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研究论文 | 本研究通过高通量测序技术揭示了肾脏血管区域特化的分子决定因素，并探讨了Tbx3转录因子在肾小球发育和功能中的关键作用 | 首次系统性地鉴定了从胚胎期到成年期肾脏非淋巴管内皮细胞的分子特征，发现了肾小球特化的关键转录因子Tbx3，并证实其缺失会导致肾小球发育不良和纤维化 | 研究主要关注内皮细胞，未全面分析其他血管相关细胞类型；Tbx3缺失的表型仅出现在部分肾小球中，具体机制有待进一步阐明 | 解析肾脏血管异质性的分子基础，为肾脏组织工程和疾病机制研究提供依据 | 小鼠肾脏非淋巴管内皮细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 高通量bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 从胚胎期到成年期的肾脏内皮细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-03-15 |
Photic generation of 11-cis-retinal in bovine retinal pigment epithelium
2019-12-13, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA119.011169
PMID:31694912
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研究论文 | 本文研究了在牛视网膜色素上皮中，通过光照在特定波长下高效生成11-顺式-视黄醛的过程，并揭示了RGR与CRALBP在视觉色素再生中的协同作用 | 首次详细描述了RGR在光照条件下高效生成11-顺式-视黄醛的机制，并证实了CRALBP在防止再异构化中的关键作用 | 研究主要基于牛和人类样本，小鼠模型中RGR在Müller胶质细胞中的表达差异可能限制跨物种普适性推断 | 探究脊椎动物视觉中11-顺式-视黄醛的光照再生机制 | 牛视网膜色素上皮细胞、人类和小鼠视网膜组织 | 视觉科学 | NA | 单细胞RNA测序、异源表达系统、重组蛋白纯化 | NA | 基因表达数据、蛋白质功能数据 | 牛和人类视网膜及RPE组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-15 |
Single cell transcriptional signatures of the human placenta in term and preterm parturition
2019-12-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.52004
PMID:31829938
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了足月和早产分娩时人类胎盘中不同区域的细胞类型组成和转录特征 | 首次识别出两种新细胞类型：绒毛膜羊膜中的淋巴内皮蜕膜细胞和胎盘绒毛中的非增殖性间质滋养层细胞，并揭示了分娩过程中基因表达的显著差异 | 样本量相对有限，可能无法完全代表所有人群的胎盘异质性，且研究主要关注转录水平，未深入探讨功能验证 | 探究人类分娩（包括足月和早产）过程中胎盘的分子基础，以理解其细胞组成和转录活动 | 人类胎盘组织，包括绒毛树、基底板和绒毛膜羊膜，来自足月分娩（有或无分娩）和早产分娩的女性 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及足月分娩（有或无分娩）和早产分娩的女性胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-03-15 |
Characterizing smoking-induced transcriptional heterogeneity in the human bronchial epithelium at single-cell resolution
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3413
PMID:31844660
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率下表征了吸烟诱导的人类支气管上皮转录异质性 | 首次在单细胞水平揭示了吸烟者支气管上皮中一个先前未知的杯状细胞周围上皮亚群，该亚群表达支气管癌前病变标志物 | 样本量较小（仅12名参与者），且为横断面研究，无法确定因果关系 | 阐明吸烟对特定支气管上皮细胞类型和组织构成的精确影响 | 人类支气管上皮细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 12名参与者（6名从不吸烟者，6名当前吸烟者） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-15 |
SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments
2019-Nov-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3167-9
PMID:31718533
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCOPIT的交互式网络应用工具，用于计算单细胞测序实验中的样本量需求，基于多项分布评估细胞亚群的采样概率 | 开发了SCOPIT这一交互式网络应用工具，首次将多项分布计算应用于单细胞测序实验的样本量规划，提供快速、直观的前瞻性实验设计或回顾性评估功能 | 工具主要基于理论的多项分布模型，可能未考虑实验中的技术变异或批次效应等实际因素 | 为单细胞DNA和RNA测序实验提供样本量计算和评估方法，确保实验设计能充分采样目标细胞亚群 | 单细胞测序实验中的细胞亚群，包括细胞类型或癌症克隆 | 单细胞测序 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | 多项分布模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-03-15 |
Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks
2019-11-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.47889
PMID:31710287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠新皮层神经元，揭示了密集的神经肽能调节网络的转录组证据 | 首次发现几乎所有皮层神经元都高度表达一种或多种神经肽前体（NPP）和神经肽选择性G蛋白偶联受体（NP-GPCR）基因，提出了37种特异性神经肽能调节网络的具体预测 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；转录组证据需功能实验确认 | 探索皮层突触网络的稳态、调节和可塑性机制 | 22,439个小鼠新皮层神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 22,439个神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-03-15 |
Integrating multiomics longitudinal data to reconstruct networks underlying lung development
2019-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00554.2018
PMID:31432713
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研究论文 | 本文通过整合多组学纵向数据，重建了调控小鼠和人类肺发育的动态网络模型 | 开发了一个综合交互式模型，结合了mRNA、microRNA、DNA甲基化和蛋白质组学数据，并首次将模型与单细胞RNA-Seq数据交叉验证，识别了细胞类型特异性活跃通路 | 模型基于预设的14个时间点数据，可能未覆盖所有发育阶段；人类数据来源于已有组学数据集，可能受样本来源和技术差异影响 | 揭示调控出生后肺泡肺发育的动态调控网络 | 小鼠肺泡组织（通过激光捕获显微切割分离）和人类肺发育时间序列组学数据 | 生物信息学 | 肺发育相关疾病 | 激光捕获显微切割、mRNA测序、microRNA测序、DNA甲基化测序、蛋白质组学、单细胞RNA-Seq | 网络重建模型 | 多组学纵向数据 | 14个预设时间点的小鼠肺泡样本及人类时间序列组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, DNA甲基化测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 17 | 2026-03-15 |
Single-Cell RNA Sequencing of hESC-Derived 3D Retinal Organoids Reveals Novel Genes Regulating RPC Commitment in Early Human Retinogenesis
2019-10-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.012
PMID:31543471
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官，揭示了早期人类视网膜发生中视网膜祖细胞命运决定的新基因调控机制 | 首次在人类3D视网膜类器官中利用单细胞RNA测序技术解析RPC的时间进程，鉴定出两种具有独特分子特征的RPC亚型，并发现CCND1与ASCL1以细胞周期非依赖方式共表达，促进早期视网膜神经发生 | 研究仅关注早期人类视网膜发生阶段，未涵盖整个视网膜发育过程；基于hESC衍生的类器官模型，可能与体内真实发育环境存在差异 | 解析早期人类视网膜发生过程中视网膜祖细胞的命运决定机制 | 人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及hESC衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-03-15 |
GDF15 is an epithelial-derived biomarker of idiopathic pulmonary fibrosis
2019-10-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00062.2019
PMID:31432710
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研究论文 | 本研究揭示了生长分化因子15（GDF15）是特发性肺纤维化（IPF）中一种由上皮细胞衍生的生物标志物，与疾病严重程度和预后相关 | 首次通过单细胞RNA测序确定肺上皮细胞是GDF15的主要来源，并在多个独立队列中证实循环GDF15水平与IPF疾病严重程度和生存率显著相关 | 研究主要基于观察性数据，GDF15在IPF发病机制中的具体功能作用仍需进一步实验验证 | 寻找并验证特发性肺纤维化（IPF）的潜在生物标志物 | 小鼠模型中的衰老II型肺泡上皮细胞、特发性肺纤维化（IPF）患者 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | RNA测序数据、蛋白质浓度数据 | 多个独立IPF患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-03-13 |
Ageing affects DNA methylation drift and transcriptional cell-to-cell variability in mouse muscle stem cells
2019-09-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12293-4
PMID:31554804
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析，探讨了小鼠肌肉干细胞在衰老过程中DNA甲基化漂移和转录细胞间变异性的变化 | 首次结合单细胞转录组和DNA甲基化组分析，揭示了衰老干细胞中DNA甲基化异质性与转录异质性之间的关联，并关联到DNA甲基化时钟机制 | 研究仅针对小鼠肌肉干细胞，结果可能不直接适用于其他物种或组织类型，且样本量相对有限 | 探究衰老对干细胞分子多样性的影响，特别是DNA甲基化漂移和转录变异性的关系 | 小鼠肌肉干细胞 | 表观遗传学 | 衰老相关疾病 | 单细胞转录组测序, DNA甲基化测序 | NA | 单细胞转录组数据, DNA甲基化数据 | 未明确指定样本数量，但涉及年轻和衰老小鼠的肌肉干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞甲基化组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-03-10 |
De novo prediction of cell-type complexity in single-cell RNA-seq and tumor microenvironments
2019-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.201900443
PMID:31266885
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA-seq数据分析方法，用于预测样本中的细胞类型复杂性，并应用于肿瘤微环境研究 | 结合非负矩阵分解和贝叶斯模型比较，实现了无需经验参数或间接质量度量的细胞类型异质性深度预测 | 方法主要基于模拟和有限真实数据集验证，可能在其他复杂样本中需进一步评估 | 开发一种能准确预测单细胞RNA-seq数据中细胞类型复杂性的算法 | 单细胞RNA-seq数据，包括模拟数据、原代血单核细胞、胰腺细胞和肿瘤样本 | 单细胞转录组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA-seq | 非负矩阵分解，贝叶斯模型比较 | 单细胞RNA计数数据 | 模拟数据、原代血单核细胞、胰腺细胞及多个单细胞肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |