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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-15 |
Molecular determinants of nephron vascular specialization in the kidney
2019-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12872-5
PMID:31836710
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研究论文 | 本研究通过高通量测序技术揭示了肾脏血管区域特化的分子决定因素，并探讨了Tbx3转录因子在肾小球发育和功能中的关键作用 | 首次系统性地鉴定了从胚胎期到成年期肾脏非淋巴管内皮细胞的分子特征，发现了肾小球特化的关键转录因子Tbx3，并证实其缺失会导致肾小球发育不良和纤维化 | 研究主要关注内皮细胞，未全面分析其他血管相关细胞类型；Tbx3缺失的表型仅出现在部分肾小球中，具体机制有待进一步阐明 | 解析肾脏血管异质性的分子基础，为肾脏组织工程和疾病机制研究提供依据 | 小鼠肾脏非淋巴管内皮细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 高通量bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 从胚胎期到成年期的肾脏内皮细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-15 |
Photic generation of 11-cis-retinal in bovine retinal pigment epithelium
2019-12-13, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.RA119.011169
PMID:31694912
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研究论文 | 本文研究了在牛视网膜色素上皮中，通过光照在特定波长下高效生成11-顺式-视黄醛的过程，并揭示了RGR与CRALBP在视觉色素再生中的协同作用 | 首次详细描述了RGR在光照条件下高效生成11-顺式-视黄醛的机制，并证实了CRALBP在防止再异构化中的关键作用 | 研究主要基于牛和人类样本，小鼠模型中RGR在Müller胶质细胞中的表达差异可能限制跨物种普适性推断 | 探究脊椎动物视觉中11-顺式-视黄醛的光照再生机制 | 牛视网膜色素上皮细胞、人类和小鼠视网膜组织 | 视觉科学 | NA | 单细胞RNA测序、异源表达系统、重组蛋白纯化 | NA | 基因表达数据、蛋白质功能数据 | 牛和人类视网膜及RPE组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-03-15 |
Single cell transcriptional signatures of the human placenta in term and preterm parturition
2019-12-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.52004
PMID:31829938
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了足月和早产分娩时人类胎盘中不同区域的细胞类型组成和转录特征 | 首次识别出两种新细胞类型：绒毛膜羊膜中的淋巴内皮蜕膜细胞和胎盘绒毛中的非增殖性间质滋养层细胞，并揭示了分娩过程中基因表达的显著差异 | 样本量相对有限，可能无法完全代表所有人群的胎盘异质性，且研究主要关注转录水平，未深入探讨功能验证 | 探究人类分娩（包括足月和早产）过程中胎盘的分子基础，以理解其细胞组成和转录活动 | 人类胎盘组织，包括绒毛树、基底板和绒毛膜羊膜，来自足月分娩（有或无分娩）和早产分娩的女性 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及足月分娩（有或无分娩）和早产分娩的女性胎盘组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-03-15 |
Characterizing smoking-induced transcriptional heterogeneity in the human bronchial epithelium at single-cell resolution
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3413
PMID:31844660
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率下表征了吸烟诱导的人类支气管上皮转录异质性 | 首次在单细胞水平揭示了吸烟者支气管上皮中一个先前未知的杯状细胞周围上皮亚群，该亚群表达支气管癌前病变标志物 | 样本量较小（仅12名参与者），且为横断面研究，无法确定因果关系 | 阐明吸烟对特定支气管上皮细胞类型和组织构成的精确影响 | 人类支气管上皮细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 12名参与者（6名从不吸烟者，6名当前吸烟者） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-03-15 |
SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments
2019-Nov-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3167-9
PMID:31718533
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCOPIT的交互式网络应用工具，用于计算单细胞测序实验中的样本量需求，基于多项分布评估细胞亚群的采样概率 | 开发了SCOPIT这一交互式网络应用工具，首次将多项分布计算应用于单细胞测序实验的样本量规划，提供快速、直观的前瞻性实验设计或回顾性评估功能 | 工具主要基于理论的多项分布模型，可能未考虑实验中的技术变异或批次效应等实际因素 | 为单细胞DNA和RNA测序实验提供样本量计算和评估方法，确保实验设计能充分采样目标细胞亚群 | 单细胞测序实验中的细胞亚群，包括细胞类型或癌症克隆 | 单细胞测序 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | 多项分布模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞DNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-03-15 |
Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks
2019-11-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.47889
PMID:31710287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠新皮层神经元，揭示了密集的神经肽能调节网络的转录组证据 | 首次发现几乎所有皮层神经元都高度表达一种或多种神经肽前体（NPP）和神经肽选择性G蛋白偶联受体（NP-GPCR）基因，提出了37种特异性神经肽能调节网络的具体预测 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；转录组证据需功能实验确认 | 探索皮层突触网络的稳态、调节和可塑性机制 | 22,439个小鼠新皮层神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 22,439个神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-03-15 |
Integrating multiomics longitudinal data to reconstruct networks underlying lung development
2019-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00554.2018
PMID:31432713
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研究论文 | 本文通过整合多组学纵向数据，重建了调控小鼠和人类肺发育的动态网络模型 | 开发了一个综合交互式模型，结合了mRNA、microRNA、DNA甲基化和蛋白质组学数据，并首次将模型与单细胞RNA-Seq数据交叉验证，识别了细胞类型特异性活跃通路 | 模型基于预设的14个时间点数据，可能未覆盖所有发育阶段；人类数据来源于已有组学数据集，可能受样本来源和技术差异影响 | 揭示调控出生后肺泡肺发育的动态调控网络 | 小鼠肺泡组织（通过激光捕获显微切割分离）和人类肺发育时间序列组学数据 | 生物信息学 | 肺发育相关疾病 | 激光捕获显微切割、mRNA测序、microRNA测序、DNA甲基化测序、蛋白质组学、单细胞RNA-Seq | 网络重建模型 | 多组学纵向数据 | 14个预设时间点的小鼠肺泡样本及人类时间序列组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, DNA甲基化测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-03-15 |
Single-Cell RNA Sequencing of hESC-Derived 3D Retinal Organoids Reveals Novel Genes Regulating RPC Commitment in Early Human Retinogenesis
2019-10-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.012
PMID:31543471
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官，揭示了早期人类视网膜发生中视网膜祖细胞命运决定的新基因调控机制 | 首次在人类3D视网膜类器官中利用单细胞RNA测序技术解析RPC的时间进程，鉴定出两种具有独特分子特征的RPC亚型，并发现CCND1与ASCL1以细胞周期非依赖方式共表达，促进早期视网膜神经发生 | 研究仅关注早期人类视网膜发生阶段，未涵盖整个视网膜发育过程；基于hESC衍生的类器官模型，可能与体内真实发育环境存在差异 | 解析早期人类视网膜发生过程中视网膜祖细胞的命运决定机制 | 人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及hESC衍生的3D视网膜类器官中的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-03-15 |
GDF15 is an epithelial-derived biomarker of idiopathic pulmonary fibrosis
2019-10-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00062.2019
PMID:31432710
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研究论文 | 本研究揭示了生长分化因子15（GDF15）是特发性肺纤维化（IPF）中一种由上皮细胞衍生的生物标志物，与疾病严重程度和预后相关 | 首次通过单细胞RNA测序确定肺上皮细胞是GDF15的主要来源，并在多个独立队列中证实循环GDF15水平与IPF疾病严重程度和生存率显著相关 | 研究主要基于观察性数据，GDF15在IPF发病机制中的具体功能作用仍需进一步实验验证 | 寻找并验证特发性肺纤维化（IPF）的潜在生物标志物 | 小鼠模型中的衰老II型肺泡上皮细胞、特发性肺纤维化（IPF）患者 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | RNA测序数据、蛋白质浓度数据 | 多个独立IPF患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-03-13 |
Ageing affects DNA methylation drift and transcriptional cell-to-cell variability in mouse muscle stem cells
2019-09-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12293-4
PMID:31554804
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析，探讨了小鼠肌肉干细胞在衰老过程中DNA甲基化漂移和转录细胞间变异性的变化 | 首次结合单细胞转录组和DNA甲基化组分析，揭示了衰老干细胞中DNA甲基化异质性与转录异质性之间的关联，并关联到DNA甲基化时钟机制 | 研究仅针对小鼠肌肉干细胞，结果可能不直接适用于其他物种或组织类型，且样本量相对有限 | 探究衰老对干细胞分子多样性的影响，特别是DNA甲基化漂移和转录变异性的关系 | 小鼠肌肉干细胞 | 表观遗传学 | 衰老相关疾病 | 单细胞转录组测序, DNA甲基化测序 | NA | 单细胞转录组数据, DNA甲基化数据 | 未明确指定样本数量，但涉及年轻和衰老小鼠的肌肉干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞甲基化组学 | NA | NA |
| 11 | 2026-03-10 |
De novo prediction of cell-type complexity in single-cell RNA-seq and tumor microenvironments
2019-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.201900443
PMID:31266885
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA-seq数据分析方法，用于预测样本中的细胞类型复杂性，并应用于肿瘤微环境研究 | 结合非负矩阵分解和贝叶斯模型比较，实现了无需经验参数或间接质量度量的细胞类型异质性深度预测 | 方法主要基于模拟和有限真实数据集验证，可能在其他复杂样本中需进一步评估 | 开发一种能准确预测单细胞RNA-seq数据中细胞类型复杂性的算法 | 单细胞RNA-seq数据，包括模拟数据、原代血单核细胞、胰腺细胞和肿瘤样本 | 单细胞转录组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA-seq | 非负矩阵分解，贝叶斯模型比较 | 单细胞RNA计数数据 | 模拟数据、原代血单核细胞、胰腺细胞及多个单细胞肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-10 |
Cell lineage and communication network inference via optimization for single-cell transcriptomics
2019-06-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz204
PMID:30923815
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研究论文 | 本文提出了一种名为SoptSC的基于相似矩阵优化的单细胞转录组数据分析方法，用于同时推断细胞聚类、伪时间排序、谱系关系和细胞间通讯网络 | 首次在统一的数学框架内整合了细胞聚类、伪时间排序、谱系推断和标记基因识别，并在此基础上预测细胞间通讯网络，能够重建包含反馈或前馈相互作用的复杂细胞谱系 | 未明确说明方法在特定数据类型或实验条件下的适用性限制，也未与其他现有工具进行全面的性能比较 | 开发一个统一的计算框架，用于从单细胞转录组数据中同时推断细胞亚群、谱系关系和细胞间通讯网络 | 单细胞转录组数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于相似矩阵的优化模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-03-10 |
The Tcf21 lineage constitutes the lung lipofibroblast population
2019-05-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00254.2018
PMID:30675802
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研究论文 | 本文通过谱系追踪和单细胞转录组分析，揭示了Tcf21在肺间质细胞发育中的作用，特别是其与脂成纤维细胞群体的关联 | 首次利用谱系追踪技术明确了Tcf21在肺脂成纤维细胞群体中的特异性表达，并发现其在脂代谢中的调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且对Tcf21调控脂成纤维细胞功能的具体分子机制探讨有限 | 探究Tcf21表达细胞在肺发育和成年期的谱系命运，以理解其在间质细胞分化中的作用 | 小鼠胚胎及成年肺组织中的Tcf21表达细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析、谱系追踪、基因过表达实验 | NA | 转录组数据、细胞图像 | 小鼠胚胎（如E11.5、E15.5）及成年肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-06 |
Hydro-Seq enables contamination-free high-throughput single-cell RNA-sequencing for circulating tumor cells
2019-05-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10122-2
PMID:31092822
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Hydro-Seq的可扩展流体动力学单细胞RNA测序条形码技术，用于高通量循环肿瘤细胞分析 | Hydro-Seq技术具有高细胞捕获效率和污染去除能力，能够成功对21名乳腺癌患者样本中的666个CTC进行高通量单细胞RNA测序 | NA | 开发一种用于循环肿瘤细胞高通量单细胞RNA测序的技术，以解决CTC稀缺和血细胞大量污染的问题 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 21名乳腺癌患者样本中的666个CTC | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-03-05 |
Building and Regenerating the Lung Cell by Cell
2019-01-01, Physiological reviews
IF:29.9Q1
DOI:10.1152/physrev.00001.2018
PMID:30427276
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综述 | 本文综述了哺乳动物肺的细胞多样性和发育机制，探讨了单细胞RNA测序和高分辨率成像在揭示肺细胞异质性和基因表达中的作用 | 整合了最新的单细胞RNA测序数据和高分辨率成像技术，以揭示肺细胞类型的显著异质性和发育过程中的细胞选择性基因表达 | NA | 理解肺的细胞和分子机制，以揭示急性及慢性肺疾病的发病机制 | 哺乳动物肺的细胞类型和发育过程 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序，高分辨率成像 | NA | RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-03-04 |
M3S: a comprehensive model selection for multi-modal single-cell RNA sequencing data
2019-Dec-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3243-1
PMID:31861972
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研究论文 | 本文介绍了一个名为M3S的R包，用于单细胞RNA测序数据的多模态模型选择和下游分析 | 开发了首个能针对不同实验设计和平台生成的表达数据，从11种常用统计模型中基因水平选择最合适多模态模型的工具 | NA | 为单细胞RNA测序数据提供多模态统计模型选择方法，以改进基因表达分布拟合和差异表达分析 | 单细胞RNA测序表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多模态统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-03-04 |
Insights from deconvolution of cell subtype proportions enhance the interpretation of functional genomic data
2019, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0215987
PMID:31022271
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研究论文 | 本研究探讨了如何通过解卷积细胞亚型比例从功能基因组学数据中获取与表型相关的细胞变化信息 | 展示了细胞亚型比例变化对功能基因组学特性的贡献可能是疾病特异性的，并利用单细胞RNA-seq参考数据集成功估算了缺乏纯化样本参考数据的组织（如小鼠肾脏）中的细胞亚型比例 | 研究仅聚焦于人类血液和小鼠肾脏两种混合细胞群体，且对于大多数缺乏参考数据集的组织，细胞类型预测方法尚不成熟 | 增强功能基因组学数据的解释，通过分析细胞亚型比例变化来理解其与表型的关联 | 人类血液和小鼠肾脏组织样本 | 功能基因组学 | 哮喘和系统性红斑狼疮 | 解卷积分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达和DNA甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-03-03 |
Single-cell connectomic analysis of adult mammalian lungs
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3851
PMID:31840053
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠、大鼠、猪和人类肺组织，以揭示成年哺乳动物肺中保守的细胞间相互作用模式，并构建了肺泡细胞群间信号传导的系统级图谱 | 首次在跨物种（小鼠、大鼠、猪、人类）水平上，利用单细胞RNA测序系统描绘了成年哺乳动物肺中保守的细胞间通讯网络，并发现肺泡I型细胞在组织稳态调控中起主要作用 | 研究主要关注成年健康肺组织的稳态机制，对疾病状态下的细胞互作变化及具体分子通路的实验验证尚待深入 | 揭示哺乳动物肺组织稳态的细胞间相互作用机制，为慢性肺病研究和肺组织再生医学提供基础 | 成年哺乳动物（小鼠、大鼠、猪、人类）的肺组织 | 单细胞组学 | 慢性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 跨四个物种（小鼠、大鼠、猪、人类）的肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-03-02 |
Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony
2019-12, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0619-0
PMID:31740819
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Harmony的算法，用于高效、敏感且准确地整合单细胞RNA-seq数据，以解决不同数据集间的技术和生物差异问题 | Harmony算法能够将细胞投影到共享嵌入空间中，使细胞按细胞类型而非数据集特定条件分组，同时考虑多个实验和生物因素，在计算资源需求较低的情况下实现高性能整合 | NA | 开发一种算法以整合多样化的单细胞RNA-seq数据集，实现跨技术和条件的细胞类型转录特征分析 | 单细胞RNA-seq数据集，包括外周血单个核细胞、胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | Harmony算法 | 单细胞RNA-seq数据 | 约10^6个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2026-03-02 |
Single-Cell Profiling of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Underlying Heterogeneity Associated with Disease Progression
2019-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3309
PMID:30718356
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，揭示了皮肤T细胞淋巴瘤（特别是Sézary综合征）的转录组异质性，并开发了预测疾病阶段的基因特征模型 | 首次在Sézary综合征中应用单细胞RNA测序结合Monocle包的机器学习逆向图嵌入方法，定义了不同的转录组状态，并识别了FOXP3+恶性T细胞在克隆进化中的关键作用 | 研究样本量有限，且主要聚焦于Sézary综合征，可能无法完全代表所有CTCL亚型 | 探究皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）的疾病进展机制，并开发预测疾病阶段的分类模型 | 皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者，特别是Sézary综合征的恶性T细胞 | 单细胞组学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序，机器学习逆向图嵌入 | 增强树分类模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量，但涉及CTCL患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |