单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 913 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency
2019-Nov-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064
PMID:31733517
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示维生素E缺乏对背根神经节机械敏感性神经元的分子特征和功能特性的深刻影响 | 发现维生素E缺乏主要影响机械敏感性TH+神经元而非预期的本体感觉神经元，揭示了电压门控钙钾通道上调的新机制 | 研究使用Ttpa基因敲除小鼠模型，在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 研究维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响 | 背根神经节神经元，特别是酪氨酸羟化酶阳性(TH+)的机械敏感性神经元 | 单细胞测序 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Ttpa基因敲除小鼠的背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Integrating multiomics longitudinal data to reconstruct networks underlying lung development
2019-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00554.2018
PMID:31432713
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研究论文 | 本研究通过整合多组学纵向数据重建了肺发育调控网络 | 开发了首个结合mRNA、microRNA、DNA甲基化和蛋白质组学的肺泡发育动态调控网络模型，并首次将模型与单细胞RNA-Seq数据交叉验证 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 揭示出生后肺泡肺发育的动态调控机制 | 小鼠和人类肺泡组织 | 生物信息学 | 肺发育相关疾病 | 激光捕获显微切割, mRNA测序, microRNA测序, DNA甲基化测序, 蛋白质组学, 单细胞RNA-Seq | 网络重建模型 | 多组学数据, 时间序列数据 | 14个预定时间点的小鼠肺泡样本和人类时间序列组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification
2019-06-19, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010
PMID:31128945
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析视网膜发育过程，发现NFI转录因子调控有丝分裂退出和晚生细胞特化 | 首次在视网膜发育过程中系统鉴定NFI转录因子对双极中间神经元和Müller胶质细胞命运特化的调控作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏直接的功能验证实验 | 揭示神经元前体细胞中基因表达的精确时序调控机制 | 视网膜发育过程中的神经元前体细胞和各类视网膜细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10个发育阶段的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species
2019-05-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004
PMID:31121116
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研究论文 | 开发了scCoGAPS和projectR工具，通过潜在空间表示和迁移学习实现跨细胞测量、平台、组织和物种的细胞身份分析 | 提出基于潜在空间分解的细胞身份分析方法，能够避免批次效应和技术特征干扰，实现跨数据集和物种的生物学特征比较 | 方法依赖于源数据集的质量和代表性，潜在空间的解释仍需进一步验证 | 开发单细胞RNA测序数据的探索性分析工具，实现跨数据集和物种的细胞身份比较 | 小鼠视网膜发育数据、成年小鼠视网膜、人类视网膜发育时间序列、发育中大脑scRNA-seq数据、染色质可及性数据和小鼠细胞类型图谱 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 潜在空间模型, 迁移学习 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 多个单细胞RNA测序数据集，包括小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression
2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955
PMID:30385653
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析胰腺癌前病变的异质性特征 | 首次在单细胞水平揭示胰腺癌前病变中上皮细胞和肿瘤微环境的异质性变化 | 样本量较小（仅6个样本），仅包含手术切除标本 | 阐明胰腺导管腺癌前病变向浸润性癌进展过程中的分子变化 | 胰腺导管腺癌前病变（IPMNs）和胰腺导管腺癌组织 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5,403个细胞，来自2个低级别IPMN、2个高级别IPMN和2个PDAC样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞测序技术 |
| 6 | 2025-10-06 |
scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis
2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz830
PMID:31697351
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱 | 提供了全面的单细胞RNA测序数据分析功能，包含图形用户界面，支持第三方工具集成 | 未在摘要中明确说明 | 开发单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease
2019-10-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12464-3
PMID:31624246
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示人类T细胞在健康和疾病状态下的组织特异性特征和活化特征 | 首次建立人类T细胞在多个组织部位的高维参考图谱，揭示组织特异性T细胞特征和谱系特异性活化状态 | 样本来源仅限于肺部、淋巴结、骨髓和血液组织，未涵盖所有人体组织 | 研究组织部位对人类T细胞持久性和功能的影响 | 人类T细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过50,000个静息和活化T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis
2019-10-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783
PMID:31604843
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鉴定生物材料诱导的功能性巨噬细胞亚群及其在组织修复和纤维化中的作用 | 首次发现CD9IL-36γ巨噬细胞亚群驱动IL-17介导的纤维化过程 | 体内功能性巨噬细胞亚群的鉴定和表型特征描述仍有限 | 研究生物材料诱导的巨噬细胞亚群在免疫反应和组织修复中的功能 | 小鼠和人类组织样本中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 无偏聚类和伪时间分析 | 单细胞RNA测序数据 | 从小鼠生物基质和合成生物材料中分选的巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis
2019-10-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749
PMID:31604845
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞在组织修复和纤维化过程中的多样性作用 | 首次通过单细胞RNA测序系统解析巨噬细胞在组织修复与纤维化中的异质性功能 | NA | 阐明巨噬细胞在组织再生和纤维化过程中的作用机制 | 巨噬细胞 | 单细胞组学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Fifty Shades of Microglia
2019-07, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010
PMID:31005331
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评论 | 本文通过评述Masuda等人的单细胞RNA测序研究，探讨小胶质细胞在不同脑区、发育阶段和病理状态下的异质性 | 整合跨物种比较分析，首次在多发性硬化症患者中发现表型保守的小胶质细胞亚群 | NA | 解析小胶质细胞在脑发育和疾病过程中的时空异质性 | 小鼠和人类的小胶质细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation
2019-12-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1906-x
PMID:31892341
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研究论文 | 评估冷保存对人体肺、脾和食管组织稳定性的单细胞RNA测序研究 | 首次系统评估多种人体器官在冷保存条件下单细胞RNA测序数据的稳定性，为样本收集提供时间窗口指导 | 仅评估了三种器官组织，样本量相对有限（≥5名供体），未涵盖所有人体组织类型 | 研究冷保存时间对单细胞RNA测序数据质量的影响，优化样本处理流程 | 健康人体肺组织、脾组织和食管组织 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | 单细胞转录组数据,基因组序列数据 | ≥5名供体的肺、脾和食管组织，共240,000个高质量单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Discrimination of Dormant and Active Hematopoietic Stem Cells by G0 Marker Reveals Dormancy Regulation by Cytoplasmic Calcium
2019-12-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.061
PMID:31851939
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研究论文 | 本研究通过建立G0标记小鼠系区分休眠和活跃的造血干细胞，并揭示细胞质钙浓度对干细胞休眠的调控机制 | 开发了能够可视化静息细胞的G0标记小鼠系，首次在传统静息造血干细胞群中识别出活跃与休眠亚群，发现细胞质钙浓度调控干细胞休眠的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，在人类造血干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探究休眠与活跃造血干细胞的区分标志及其调控机制 | 小鼠造血干细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序，高通量小分子筛选 | NA | 基因表达数据，细胞成像数据 | 小鼠造血干细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
IL-33 Signaling Alters Regulatory T Cell Diversity in Support of Tumor Development
2019-12-03, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.120
PMID:31801068
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示IL-33信号通过调控调节性T细胞多样性促进肿瘤发展的机制 | 首次纵向追踪肺腺癌模型中调节性T细胞的动态变化，发现ST2受体在晚期疾病中主导效应表型形成 | 研究基于基因工程小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究调节性T细胞在肿瘤发展过程中的动态变化及其免疫抑制机制 | 肺腺癌基因工程小鼠模型中的调节性T细胞 | 免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Characterizing smoking-induced transcriptional heterogeneity in the human bronchial epithelium at single-cell resolution
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3413
PMID:31844660
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析吸烟对人类支气管上皮细胞转录异质性的影响 | 首次在单细胞分辨率下识别出吸烟者支气管上皮中表达支气管癌前病变标志物的新型杯状细胞周围亚群 | 样本量较小（仅12名参与者），未包含戒烟者群体 | 表征吸烟诱导的人类支气管上皮转录异质性 | 人类支气管上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 12名参与者（6名从不吸烟者，6名当前吸烟者） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Transcriptomic, epigenetic, and functional analyses implicate neutrophil diversity in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus
2019-12-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1908576116
PMID:31754025
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研究论文 | 本研究通过转录组学、表观遗传学和功能分析揭示了系统性红斑狼疮中中性粒细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | 首次系统性地识别了狼疮低密度粒细胞的两个亚群（中间成熟和未成熟中性粒细胞），并揭示了它们在染色质可及性、转录因子基序和功能特征上的差异 | 研究样本量未明确说明，且主要关注中性粒细胞亚群，可能未完全涵盖其他免疫细胞在疾病中的作用 | 阐明系统性红斑狼疮中中性粒细胞异质性及其在疾病发病机制中的具体作用 | 系统性红斑狼疮患者的低密度粒细胞、自体正常密度中性粒细胞和健康对照中性粒细胞 | 生物医学研究 | 系统性红斑狼疮 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, ATAC-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Ontogenic Changes in Hematopoietic Hierarchy Determine Pediatric Specificity and Disease Phenotype in Fusion Oncogene-Driven Myeloid Leukemia
2019-12, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-18-1463
PMID:31662298
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研究论文 | 本研究揭示了融合癌基因驱动的儿童急性髓系白血病中造血层次结构的个体发育变化决定了疾病表型和儿科特异性 | 首次证明融合癌基因在不同发育阶段的造血干细胞中具有不同的致白血病潜能，并发现表型由关键转录因子活性的可逆改变维持 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探究融合癌基因驱动髓系白血病中年龄与表型特异性的关联机制 | 胎儿和成年小鼠造血干细胞、白血病细胞 | 血液肿瘤学 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组分析、染色质可及性分析、可诱导转基因小鼠模型 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Next-generation computational tools for interrogating cancer immunity
2019-12, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0166-7
PMID:31515541
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综述 | 本文综述了用于解析癌症免疫机制的计算工具，讨论了各种方法的优缺点并提供了方法选择指南 | 系统梳理了新兴计算工具在癌症免疫研究中的应用，为多维数据分析提供方法选择指导 | 作为综述文章，未提出新的计算方法，主要基于现有工具进行评述 | 评述用于解析癌症免疫机制的计算工具和方法选择 | 癌症免疫研究中的计算分析工具 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序,质谱流式细胞术,多重空间细胞表型分析 | NA | 多维分子和细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
High-Throughput Single-Cell Sequencing with Linear Amplification
2019-11-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.08.002
PMID:31495564
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研究论文 | 本文介绍了一种结合组合索引和线性扩增的高通量单细胞测序方法sci-L3 | 开发了采用3级索引方案的单细胞测序方法，在最小化扩增偏差的同时实现通量的指数级增长 | NA | 开发高通量、高覆盖度的单细胞测序技术 | 小鼠精子和精子前体细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞全基因组测序, 靶向测序, 基因组与转录组共检测 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | >10,000个小鼠精子和精子前体细胞 | NA | 单细胞全基因组测序, 单细胞靶向测序, 单细胞多组学 | sci-L3 | sci-L3-WGS（单细胞全基因组测序）, sci-L3-target-seq（单细胞靶向测序）, sci-L3-RNA/DNA（基因组与转录组共检测） |
| 19 | 2025-10-06 |
Zebrafish MITF-Low Melanoma Subtype Models Reveal Transcriptional Subclusters and MITF-Independent Residual Disease
2019-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-0037
PMID:31582381
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研究论文 | 利用斑马鱼MITF-low黑色素瘤模型研究MITF低表达状态对黑色素瘤进展的影响及MITF非依赖性残留疾病特征 | 首次建立斑马鱼MITF-low黑色素瘤模型，揭示MITF低表达状态直接导致黑色素瘤进展，并发现MITF非依赖性残留细胞亚群 | 动物模型研究，需要进一步验证在人类临床样本中的适用性 | 研究MITF-low黑色素瘤的生物学意义和进展机制 | 斑马鱼黑色素瘤模型 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | 斑马鱼遗传模型 | 基因表达数据，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control Feeding
2019-11-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.10.031
PMID:31730854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了控制进食的迷走神经感觉神经元，并发现肠道机械感受器在调节摄食行为中起关键作用 | 首次采用靶向特异性单细胞RNA测序方法绘制胃肠道迷走神经细胞类型图谱，并发现肠道机械感受器而非营养激活的粘膜传入神经对摄食行为具有关键调控作用 | 研究主要关注迷走神经感觉神经元，可能未完全涵盖其他神经通路在能量稳态中的作用 | 识别调控食物摄入的关键感觉神经元及其信号机制 | 迷走神经感觉神经元及其对胃肠道的神经支配 | 神经科学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |