单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-08	Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783 PMID:31604843	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了生物材料和合成材料植入后巨噬细胞的功能亚群及其在组织修复和纤维化中的作用	发现了CD9IL-36γ巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞在缺乏IL-17受体的小鼠中几乎不存在，表明它们可能参与IL-17依赖的免疫和自身免疫反应	研究主要基于小鼠模型，人类组织样本的验证仍需进一步研究	研究巨噬细胞亚群在生物材料和合成材料植入后的功能及其在组织修复和纤维化中的作用	巨噬细胞亚群	免疫学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠和人类组织样本
2	2025-06-08	Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749 PMID:31604845	research paper	该研究使用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞多样性在组织修复和纤维化中的具体作用	NA	研究巨噬细胞在组织修复和纤维化过程中的作用机制	巨噬细胞	生物医学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
3	2025-06-02	Fifty Shades of Microglia 2019-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010 PMID:31005331	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠不同解剖区域、发育阶段和脑病理类型中的小胶质细胞，并对多发性硬化症患者的小胶质细胞进行了转录组学表征	首次在多发性硬化症患者中进行了小胶质细胞的转录组学表征，并发现了物种间表型保守的小胶质细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本仅涉及多发性硬化症患者	探索小胶质细胞在脑发育和疾病中的时空异质性	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
4	2025-05-01	Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963074	research paper	本文提出了一种利用拓扑数据分析（TDA）方法Mapper来可视化和分析高维单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的新方法	该方法不仅能够捕捉细胞的聚类结构，还能保留细胞的连续基因表达拓扑结构，并通过与基因共表达网络分析结合，揭示基因共表达模块的差异表达模式	NA	开发一种新的scRNA-seq数据可视化方法，以更好地分析细胞异质性和识别细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Mapper（TDA的一种方法）	基因表达数据	NA
5	2025-05-01	Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963075	research paper	本文探讨了在单细胞RNA测序数据降维中，参数调优对深度变分自编码器（VAE）性能的关键影响	揭示了在特定参数配置下，更深的神经网络可能在包含更多观测数据的数据集上表现不佳的反直觉现象，并强调了参数调优对VAE性能的极端敏感性	研究基于模拟数据，可能无法完全反映真实scRNA-seq数据的复杂性	评估变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的性能及其对参数调优的敏感性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	VAE (Tybalt)	gene expression data	模拟数据集（未明确具体样本量）
6	2025-04-26	Elite control of HIV is associated with distinct functional and transcriptional signatures in lymphoid tissue CD8+ T cells 2019-12-18, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aax4077 PMID:31852798	研究论文	该研究通过单细胞方法分析了HIV精英控制者淋巴组织中CD8+ T细胞的功能和转录特征	首次在淋巴组织中鉴定出与HIV精英控制相关的CD8+ T细胞非细胞溶解性抗病毒机制和独特转录特征	研究样本量有限，且仅针对淋巴组织中的特定细胞群体	阐明HIV精英控制者抑制病毒复制的免疫机制	HIV精英控制者和慢性进展者的淋巴组织CD8+ T细胞	免疫学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	HIV精英控制者与慢性进展者的淋巴组织样本
7	2025-03-02	In Vivo Developmental Trajectories of Human Podocyte Inform In Vitro Differentiation of Pluripotent Stem Cell-Derived Podocytes 2019-07-01, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.06.001 PMID:31265809	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胎儿肾脏中足细胞的发育轨迹，并探讨了多能干细胞衍生的足细胞在体外分化中的应用	揭示了人类足细胞发育的内在调控机制，并展示了器官样衍生的足细胞在疾病建模和肾脏功能恢复中的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	理解足细胞的发育和功能，以创建相关的体外足细胞模型	人类胎儿肾脏中的足细胞	生物医学	慢性肾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	人类胎儿肾脏样本
8	2024-08-07	Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2019-Oct-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.08.003 PMID:31647917	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
9	2024-12-12	Single-cell imaging and RNA sequencing reveal patterns of gene expression heterogeneity during fission yeast growth and adaptation 2019-03, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0330-4 PMID:30718845	研究论文	本文通过结合成像、单细胞RNA测序和贝叶斯真实计数恢复，研究了在不同环境条件下超过2000个单个裂殖酵母细胞的转录组，揭示了基因表达异质性在细胞生长和适应过程中的模式	本文创新性地整合了单细胞RNA测序和细胞大小数据，揭示了在细胞生长和分裂过程中调控的基因，包括那些表达不随细胞大小变化的基因，并分析了在适应和急性环境变化响应中的基因表达异质性	NA	研究基因表达异质性在裂殖酵母生长和适应过程中的模式	裂殖酵母细胞在不同环境条件下的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	超过2000个单个裂殖酵母细胞
10	2024-11-26	A comprehensive single cell transcriptional landscape of human hematopoietic progenitors 2019-06-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10291-0 PMID:31160568	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了人类造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期细胞命运决策的关键分支点	本文提供了一个更广泛的骨髓系阴性造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期成人造血结构中的关键缺失分支点，并发现了CD164作为早期HSPC分化的可靠标记	NA	揭示人类造血祖细胞的早期细胞命运决策机制	人类骨髓CD34+细胞和系阴性造血祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
11	2024-11-23	RNase H-dependent PCR-enabled T-cell receptor sequencing for highly specific and efficient targeted sequencing of T-cell receptor mRNA for single-cell and repertoire analysis 2019-08, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-019-0195-x PMID:31341290	研究论文	介绍了一种基于RNase H依赖的PCR技术进行T细胞受体测序的方法，用于单细胞和T细胞受体库分析	该方法通过RNase H依赖的PCR技术实现了T细胞受体的特异性扩增和双索引条码的添加，简化了工作流程，并提高了单细胞T细胞受体配对信息的成功率	与基于液滴的方法相比，该方法的通量较低，适用于分析小规模的排序细胞群体	开发一种高效且特异性的T细胞受体测序方法，用于单细胞和T细胞受体库分析	T细胞受体（TCR）的α/β克隆型和T细胞受体库	基因测序	NA	RNase H依赖的PCR（rhPCR）	NA	RNA	单细胞或批量RNA样本，单细胞分析可处理384孔板中的细胞
12	2024-10-16	Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution 2019-03-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaw1219 PMID:30923225	研究论文	本文介绍了一种名为Slide-seq的技术，用于在空间高分辨率下测量基因组范围内的基因表达	Slide-seq技术通过将RNA从组织切片转移到覆盖有DNA条形码珠子的表面上，实现了高吞吐量、基因组范围的基因表达读取，并能推断RNA的位置	NA	开发一种能够在高空间分辨率下测量基因组范围内基因表达的技术	小鼠小脑和海马体的细胞类型及其在创伤性脑损伤模型中的细胞类型特异性反应	基因组学	NA	Slide-seq	NA	基因表达数据	小鼠小脑和海马体的组织切片
13	2024-10-10	Co-culture of functionally enriched cancer stem-like cells and cancer-associated fibroblasts for single-cell whole transcriptome analysis 2019-12-31, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1093/intbio/zyz029 PMID:31820801	研究论文	开发了一种平台，用于分离单细胞并培养单细胞衍生的球体，以功能性富集癌症干细胞样细胞（CSCs），并研究CSCs与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用	首次通过单细胞转录组测序分析了CSCs与CAFs共培养对癌症干细胞特性和上皮/间充质状态的影响，并发现了与患者生存相关的关键基因	研究仅限于SUM149乳腺癌细胞系，需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	研究CSCs与CAFs的相互作用及其对乳腺癌发展和转移的影响	乳腺癌干细胞样细胞（CSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	SUM149乳腺癌细胞和CAFs共培养的单细胞衍生的球体
14	2024-10-04	Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics 2019-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0537-1 PMID:31471617	研究论文	本文展示了在单细胞转录组学数据中使用迁移学习进行数据去噪的方法	通过结合深度自编码器和贝叶斯模型，SAVER-X能够跨不同实验室、不同条件和不同物种的数据提取可迁移的基因间关系，从而提高新目标数据集的质量	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度自编码器	基因表达数据	NA
15	2024-09-07	Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony 2019-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0619-0 PMID:31740819	研究论文	本文介绍了一种名为Harmony的算法，用于快速、灵敏且准确地整合单细胞RNA测序数据	Harmony算法能够将细胞投影到一个共享嵌入空间中，使得细胞按细胞类型分组而非数据集特定的条件，同时考虑了多个实验和生物因素	NA	开发一种高效的方法来整合不同技术测量的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据，包括外周血单核细胞、胰腺胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Harmony算法	RNA测序数据	约10个细胞
16	2024-09-01	Development and Arealization of the Cerebral Cortex 2019-09-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.07.009 PMID:31557462	综述	本文综述了大脑皮层区域多样性的早期发育过程，包括内在和外在机制，并提出了一个整合模型。	引入单细胞转录组学等新兴技术，提供了一个新的视角来理解区域特异性的分子多样性。	NA	探讨大脑皮层区域多样性的发育过程及其在神经发育障碍中的潜在应用。	大脑皮层的发育过程和区域多样性。	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
17	2024-08-21	Transcriptomic and Single-Cell Analysis of the Murine Parotid Gland 2019-12, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/0022034519882355 PMID:31623513	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了小鼠腮腺在不同成熟阶段的转录组特征	首次全面揭示了腮腺在不同成熟阶段的全球基因表达谱，并发现了腮腺特异性的基因特征和细胞异质性	NA	阐明腮腺的分子特性	小鼠腮腺的转录组和单细胞转录组	数字病理学	NA	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同成熟阶段的小鼠腮腺样本
18	2024-08-11	Nonparametric expression analysis using inferential replicate counts 2019-10-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz622 PMID:31372651	研究论文	本文提出了一种使用推断复制计数的非参数模型Swish，用于RNA-seq数据中的差异表达分析，并考虑了推断不确定性	Swish方法在控制假发现率方面表现更好，特别是在具有高推断不确定性的转录本上	NA	旨在改进RNA-seq数据中差异表达基因或转录本的识别，同时控制技术偏差	RNA-seq数据中的差异表达基因或转录本	生物信息学	NA	RNA-seq	非参数模型	RNA-seq数据	涉及单细胞RNA-seq数据集中的亚群细胞
19	2024-08-07	More than one antibody of individual B cells revealed by single-cell immune profiling 2019, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-019-0137-3 PMID:31839985	研究论文	本研究通过单细胞免疫图谱技术，揭示了个体B细胞中存在多种抗体的可能性	发现了单个B细胞中存在多种Ig特异性的现象，挑战了传统的“一个细胞一个抗体”规则和CSR机制	NA	验证和定义单细胞转录组水平上的经典免疫学概念	B细胞及其产生的抗体	免疫学	NA	Chromium单细胞免疫图谱技术和Sanger测序	NA	转录组	数百至数千个单个B细胞
20	2024-08-05	Single-cell transcriptome analyses reveal novel targets modulating cardiac neovascularization by resident endothelial cells following myocardial infarction 2019-08-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehz305 PMID:31162546	研究论文	该文章探讨了心肌梗死后，成体小鼠心脏中内皮细胞在新血管生成中的起源和克隆动态	首次提供了心脏特异性内皮细胞的单细胞基因表达图谱，揭示了内源性血管修复的转录层级	主要基于鼠模型，可能在转化到人类的生物学和临床应用上存在局限性	旨在更好地理解冠状血管再生的调控通路，以支持心脏疾病的治疗策略	成体小鼠心脏中的内皮细胞及其在心肌梗死后的新血管生成	数字病理学	心脏疾病	单细胞转录组分析	多谱系谱系追踪小鼠模型	基因表达数据	包括小鼠和人类心脏样本