单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-08-29	Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency 2019-Nov-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064 PMID:31733517	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示维生素E缺乏对背根神经节机械敏感性神经元的分子和功能影响	发现维生素E缺乏主要影响机械敏感性神经元而非预期中的本体感受神经元，并揭示了电压门控离子通道上调导致兴奋性降低的新机制	研究基于Ttpa基因敲除小鼠模型，人类AVED疾病可能存在物种差异	探究维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响	背根神经节神经元（DRGNs），特别是酪氨酸羟化酶阳性（TH+）的机械敏感性神经元	生物医学研究	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	Ttpa基因敲除小鼠模型的背根神经节神经元
2	2025-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification 2019-06-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010 PMID:31128945	研究论文	通过单细胞RNA测序分析视网膜发育过程，鉴定NFI转录因子在调控有丝分裂退出和晚期出生细胞命运决定中的作用	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析视网膜神经发生过程中的基因表达变化，并发现NFI转录因子在调控晚期视网膜祖细胞命运决定中的新功能	研究仅关注视网膜发育过程，未验证NFI因子在其他神经发育系统中的功能	揭示视网膜神经发生过程中的基因调控网络	视网膜发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	涵盖视网膜神经发生全过程的10个发育阶段样本
3	2025-08-09	Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species 2019-05-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004 PMID:31121116	研究论文	本文介绍了scCoGAPS和projectR工具，用于通过转移学习在单细胞RNA测序数据中分解和验证细胞状态的潜在空间	提出了scCoGAPS和projectR工具，通过转移学习在不同数据集间验证潜在空间，避免了批次效应和技术特征的影响	潜在空间的解释和验证仍是一个挑战	探索单细胞RNA测序数据的潜在空间表示，以比较和识别细胞	小鼠视网膜、人视网膜发育时间序列、发育中的脑单细胞RNA测序数据集、染色质可及性数据和小鼠细胞类型图谱	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个数据集，包括小鼠和人的视网膜、脑发育数据等
4	2025-07-24	Single-Cell Transcriptomics of Pancreatic Cancer Precursors Demonstrates Epithelial and Microenvironmental Heterogeneity as an Early Event in Neoplastic Progression 2019-Apr-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-1955 PMID:30385653	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究胰腺癌前病变（IPMNs）到胰腺导管腺癌（PDAC）的多步进展过程中上皮和微环境的异质性	首次在单细胞水平上揭示了从非侵袭性IPMNs到侵袭性PDAC的进展过程中上皮和微环境的异质性变化，包括免疫细胞组成和基质成纤维细胞表型的动态变化	样本量较小（仅6个手术切除样本），且仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	阐明胰腺癌前病变向侵袭性癌转变过程中的分子机制	低级别IPMNs（LGD-IPMNs）、高级别IPMNs（HGD-IPMNs）和PDAC组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5,403个细胞（来自2例LGD-IPMNs、2例HGD-IPMNs和2例PDAC手术切除样本）
5	2025-07-20	scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis 2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz830 PMID:31697351	research paper	介绍了一个名为scGEAToolbox的Matlab工具箱，用于单细胞RNA测序数据分析	提供了一个全面的Matlab工具箱，支持单细胞RNA测序数据的多种分析功能，包括数据标准化、特征选择、批次校正等，并配备了图形用户界面	未提及具体的数据处理速度或与其他工具的性能比较	开发一个易于使用的Matlab工具箱，以支持单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
6	2025-07-16	Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease 2019-10-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12464-3 PMID:31624246	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类T细胞在不同组织中的异质性及其功能响应	揭示了黏膜和淋巴组织中T细胞的独特特征，以及跨所有组织的谱系特异性激活状态，包括CD8 T细胞的独特效应状态和CD4 T细胞的干扰素响应状态	研究主要关注健康状态下的T细胞，疾病状态下的T细胞分析相对较少	理解组织部位如何影响T细胞的持久性和功能	人类T细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	超过50,000个静息和激活的T细胞
7	2025-06-08	Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783 PMID:31604843	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了生物材料和合成材料植入后巨噬细胞的功能亚群及其在组织修复和纤维化中的作用	发现了CD9IL-36γ巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞在缺乏IL-17受体的小鼠中几乎不存在，表明它们可能参与IL-17依赖的免疫和自身免疫反应	研究主要基于小鼠模型，人类组织样本的验证仍需进一步研究	研究巨噬细胞亚群在生物材料和合成材料植入后的功能及其在组织修复和纤维化中的作用	巨噬细胞亚群	免疫学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠和人类组织样本
8	2025-06-08	Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749 PMID:31604845	research paper	该研究使用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞多样性在组织修复和纤维化中的具体作用	NA	研究巨噬细胞在组织修复和纤维化过程中的作用机制	巨噬细胞	生物医学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
9	2025-06-02	Fifty Shades of Microglia 2019-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010 PMID:31005331	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠不同解剖区域、发育阶段和脑病理类型中的小胶质细胞，并对多发性硬化症患者的小胶质细胞进行了转录组学表征	首次在多发性硬化症患者中进行了小胶质细胞的转录组学表征，并发现了物种间表型保守的小胶质细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本仅涉及多发性硬化症患者	探索小胶质细胞在脑发育和疾病中的时空异质性	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
10	2025-05-01	Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963074	research paper	本文提出了一种利用拓扑数据分析（TDA）方法Mapper来可视化和分析高维单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的新方法	该方法不仅能够捕捉细胞的聚类结构，还能保留细胞的连续基因表达拓扑结构，并通过与基因共表达网络分析结合，揭示基因共表达模块的差异表达模式	NA	开发一种新的scRNA-seq数据可视化方法，以更好地分析细胞异质性和识别细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Mapper（TDA的一种方法）	基因表达数据	NA
11	2025-05-01	Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963075	research paper	本文探讨了在单细胞RNA测序数据降维中，参数调优对深度变分自编码器（VAE）性能的关键影响	揭示了在特定参数配置下，更深的神经网络可能在包含更多观测数据的数据集上表现不佳的反直觉现象，并强调了参数调优对VAE性能的极端敏感性	研究基于模拟数据，可能无法完全反映真实scRNA-seq数据的复杂性	评估变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的性能及其对参数调优的敏感性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	VAE (Tybalt)	gene expression data	模拟数据集（未明确具体样本量）
12	2025-04-26	Elite control of HIV is associated with distinct functional and transcriptional signatures in lymphoid tissue CD8+ T cells 2019-12-18, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aax4077 PMID:31852798	研究论文	该研究通过单细胞方法分析了HIV精英控制者淋巴组织中CD8+ T细胞的功能和转录特征	首次在淋巴组织中鉴定出与HIV精英控制相关的CD8+ T细胞非细胞溶解性抗病毒机制和独特转录特征	研究样本量有限，且仅针对淋巴组织中的特定细胞群体	阐明HIV精英控制者抑制病毒复制的免疫机制	HIV精英控制者和慢性进展者的淋巴组织CD8+ T细胞	免疫学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	HIV精英控制者与慢性进展者的淋巴组织样本
13	2025-03-02	In Vivo Developmental Trajectories of Human Podocyte Inform In Vitro Differentiation of Pluripotent Stem Cell-Derived Podocytes 2019-07-01, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.06.001 PMID:31265809	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胎儿肾脏中足细胞的发育轨迹，并探讨了多能干细胞衍生的足细胞在体外分化中的应用	揭示了人类足细胞发育的内在调控机制，并展示了器官样衍生的足细胞在疾病建模和肾脏功能恢复中的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	理解足细胞的发育和功能，以创建相关的体外足细胞模型	人类胎儿肾脏中的足细胞	生物医学	慢性肾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	人类胎儿肾脏样本
14	2024-08-07	Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2019-Oct-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.08.003 PMID:31647917	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
15	2024-12-12	Single-cell imaging and RNA sequencing reveal patterns of gene expression heterogeneity during fission yeast growth and adaptation 2019-03, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0330-4 PMID:30718845	研究论文	本文通过结合成像、单细胞RNA测序和贝叶斯真实计数恢复，研究了在不同环境条件下超过2000个单个裂殖酵母细胞的转录组，揭示了基因表达异质性在细胞生长和适应过程中的模式	本文创新性地整合了单细胞RNA测序和细胞大小数据，揭示了在细胞生长和分裂过程中调控的基因，包括那些表达不随细胞大小变化的基因，并分析了在适应和急性环境变化响应中的基因表达异质性	NA	研究基因表达异质性在裂殖酵母生长和适应过程中的模式	裂殖酵母细胞在不同环境条件下的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	超过2000个单个裂殖酵母细胞
16	2024-11-26	A comprehensive single cell transcriptional landscape of human hematopoietic progenitors 2019-06-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10291-0 PMID:31160568	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了人类造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期细胞命运决策的关键分支点	本文提供了一个更广泛的骨髓系阴性造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期成人造血结构中的关键缺失分支点，并发现了CD164作为早期HSPC分化的可靠标记	NA	揭示人类造血祖细胞的早期细胞命运决策机制	人类骨髓CD34+细胞和系阴性造血祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
17	2024-11-23	RNase H-dependent PCR-enabled T-cell receptor sequencing for highly specific and efficient targeted sequencing of T-cell receptor mRNA for single-cell and repertoire analysis 2019-08, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-019-0195-x PMID:31341290	研究论文	介绍了一种基于RNase H依赖的PCR技术进行T细胞受体测序的方法，用于单细胞和T细胞受体库分析	该方法通过RNase H依赖的PCR技术实现了T细胞受体的特异性扩增和双索引条码的添加，简化了工作流程，并提高了单细胞T细胞受体配对信息的成功率	与基于液滴的方法相比，该方法的通量较低，适用于分析小规模的排序细胞群体	开发一种高效且特异性的T细胞受体测序方法，用于单细胞和T细胞受体库分析	T细胞受体（TCR）的α/β克隆型和T细胞受体库	基因测序	NA	RNase H依赖的PCR（rhPCR）	NA	RNA	单细胞或批量RNA样本，单细胞分析可处理384孔板中的细胞
18	2024-10-16	Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution 2019-03-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaw1219 PMID:30923225	研究论文	本文介绍了一种名为Slide-seq的技术，用于在空间高分辨率下测量基因组范围内的基因表达	Slide-seq技术通过将RNA从组织切片转移到覆盖有DNA条形码珠子的表面上，实现了高吞吐量、基因组范围的基因表达读取，并能推断RNA的位置	NA	开发一种能够在高空间分辨率下测量基因组范围内基因表达的技术	小鼠小脑和海马体的细胞类型及其在创伤性脑损伤模型中的细胞类型特异性反应	基因组学	NA	Slide-seq	NA	基因表达数据	小鼠小脑和海马体的组织切片
19	2024-10-10	Co-culture of functionally enriched cancer stem-like cells and cancer-associated fibroblasts for single-cell whole transcriptome analysis 2019-12-31, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1093/intbio/zyz029 PMID:31820801	研究论文	开发了一种平台，用于分离单细胞并培养单细胞衍生的球体，以功能性富集癌症干细胞样细胞（CSCs），并研究CSCs与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用	首次通过单细胞转录组测序分析了CSCs与CAFs共培养对癌症干细胞特性和上皮/间充质状态的影响，并发现了与患者生存相关的关键基因	研究仅限于SUM149乳腺癌细胞系，需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	研究CSCs与CAFs的相互作用及其对乳腺癌发展和转移的影响	乳腺癌干细胞样细胞（CSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	SUM149乳腺癌细胞和CAFs共培养的单细胞衍生的球体
20	2024-10-04	Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics 2019-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0537-1 PMID:31471617	研究论文	本文展示了在单细胞转录组学数据中使用迁移学习进行数据去噪的方法	通过结合深度自编码器和贝叶斯模型，SAVER-X能够跨不同实验室、不同条件和不同物种的数据提取可迁移的基因间关系，从而提高新目标数据集的质量	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度自编码器	基因表达数据	NA