单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-12	Single-cell imaging and RNA sequencing reveal patterns of gene expression heterogeneity during fission yeast growth and adaptation 2019-03, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0330-4 PMID:30718845	研究论文	本文通过结合成像、单细胞RNA测序和贝叶斯真实计数恢复，研究了在不同环境条件下超过2000个单个裂殖酵母细胞的转录组，揭示了基因表达异质性在细胞生长和适应过程中的模式	本文创新性地整合了单细胞RNA测序和细胞大小数据，揭示了在细胞生长和分裂过程中调控的基因，包括那些表达不随细胞大小变化的基因，并分析了在适应和急性环境变化响应中的基因表达异质性	NA	研究基因表达异质性在裂殖酵母生长和适应过程中的模式	裂殖酵母细胞在不同环境条件下的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	超过2000个单个裂殖酵母细胞
2	2024-11-26	A comprehensive single cell transcriptional landscape of human hematopoietic progenitors 2019-06-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10291-0 PMID:31160568	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了人类造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期细胞命运决策的关键分支点	本文提供了一个更广泛的骨髓系阴性造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期成人造血结构中的关键缺失分支点，并发现了CD164作为早期HSPC分化的可靠标记	NA	揭示人类造血祖细胞的早期细胞命运决策机制	人类骨髓CD34+细胞和系阴性造血祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3	2024-11-23	RNase H-dependent PCR-enabled T-cell receptor sequencing for highly specific and efficient targeted sequencing of T-cell receptor mRNA for single-cell and repertoire analysis 2019-08, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-019-0195-x PMID:31341290	研究论文	介绍了一种基于RNase H依赖的PCR技术进行T细胞受体测序的方法，用于单细胞和T细胞受体库分析	该方法通过RNase H依赖的PCR技术实现了T细胞受体的特异性扩增和双索引条码的添加，简化了工作流程，并提高了单细胞T细胞受体配对信息的成功率	与基于液滴的方法相比，该方法的通量较低，适用于分析小规模的排序细胞群体	开发一种高效且特异性的T细胞受体测序方法，用于单细胞和T细胞受体库分析	T细胞受体（TCR）的α/β克隆型和T细胞受体库	基因测序	NA	RNase H依赖的PCR（rhPCR）	NA	RNA	单细胞或批量RNA样本，单细胞分析可处理384孔板中的细胞
4	2024-10-16	Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution 2019-03-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaw1219 PMID:30923225	研究论文	本文介绍了一种名为Slide-seq的技术，用于在空间高分辨率下测量基因组范围内的基因表达	Slide-seq技术通过将RNA从组织切片转移到覆盖有DNA条形码珠子的表面上，实现了高吞吐量、基因组范围的基因表达读取，并能推断RNA的位置	NA	开发一种能够在高空间分辨率下测量基因组范围内基因表达的技术	小鼠小脑和海马体的细胞类型及其在创伤性脑损伤模型中的细胞类型特异性反应	基因组学	NA	Slide-seq	NA	基因表达数据	小鼠小脑和海马体的组织切片
5	2024-10-10	Co-culture of functionally enriched cancer stem-like cells and cancer-associated fibroblasts for single-cell whole transcriptome analysis 2019-12-31, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1093/intbio/zyz029 PMID:31820801	研究论文	开发了一种平台，用于分离单细胞并培养单细胞衍生的球体，以功能性富集癌症干细胞样细胞（CSCs），并研究CSCs与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用	首次通过单细胞转录组测序分析了CSCs与CAFs共培养对癌症干细胞特性和上皮/间充质状态的影响，并发现了与患者生存相关的关键基因	研究仅限于SUM149乳腺癌细胞系，需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	研究CSCs与CAFs的相互作用及其对乳腺癌发展和转移的影响	乳腺癌干细胞样细胞（CSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	SUM149乳腺癌细胞和CAFs共培养的单细胞衍生的球体
6	2024-10-04	Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics 2019-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0537-1 PMID:31471617	研究论文	本文展示了在单细胞转录组学数据中使用迁移学习进行数据去噪的方法	通过结合深度自编码器和贝叶斯模型，SAVER-X能够跨不同实验室、不同条件和不同物种的数据提取可迁移的基因间关系，从而提高新目标数据集的质量	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度自编码器	基因表达数据	NA
7	2024-09-07	Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony 2019-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0619-0 PMID:31740819	研究论文	本文介绍了一种名为Harmony的算法，用于快速、灵敏且准确地整合单细胞RNA测序数据	Harmony算法能够将细胞投影到一个共享嵌入空间中，使得细胞按细胞类型分组而非数据集特定的条件，同时考虑了多个实验和生物因素	NA	开发一种高效的方法来整合不同技术测量的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据，包括外周血单核细胞、胰腺胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Harmony算法	RNA测序数据	约10个细胞
8	2024-09-02	Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963075	研究论文	本文评估了一种简单的变分自编码器（VAE）方法Tybalt在模拟单细胞RNA测序数据上的性能	发现深度神经网络在某些参数配置下，当数据集包含更多观测值时可能会遇到困难，并且Tybalt模型在参数调优后优于其他流行的降维方法	方法对参数调优高度敏感，未调优时的性能可能非常差	评估和比较不同降维方法在单细胞RNA测序数据上的性能	模拟的单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	基因表达数据	数千到数十万甚至上百万个细胞
9	2024-09-01	Development and Arealization of the Cerebral Cortex 2019-09-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.07.009 PMID:31557462	综述	本文综述了大脑皮层区域多样性的早期发育过程，包括内在和外在机制，并提出了一个整合模型。	引入单细胞转录组学等新兴技术，提供了一个新的视角来理解区域特异性的分子多样性。	NA	探讨大脑皮层区域多样性的发育过程及其在神经发育障碍中的潜在应用。	大脑皮层的发育过程和区域多样性。	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
10	2024-08-21	Transcriptomic and Single-Cell Analysis of the Murine Parotid Gland 2019-12, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/0022034519882355 PMID:31623513	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了小鼠腮腺在不同成熟阶段的转录组特征	首次全面揭示了腮腺在不同成熟阶段的全球基因表达谱，并发现了腮腺特异性的基因特征和细胞异质性	NA	阐明腮腺的分子特性	小鼠腮腺的转录组和单细胞转录组	数字病理学	NA	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同成熟阶段的小鼠腮腺样本
11	2024-08-11	Nonparametric expression analysis using inferential replicate counts 2019-10-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz622 PMID:31372651	研究论文	本文提出了一种使用推断复制计数的非参数模型Swish，用于RNA-seq数据中的差异表达分析，并考虑了推断不确定性	Swish方法在控制假发现率方面表现更好，特别是在具有高推断不确定性的转录本上	NA	旨在改进RNA-seq数据中差异表达基因或转录本的识别，同时控制技术偏差	RNA-seq数据中的差异表达基因或转录本	生物信息学	NA	RNA-seq	非参数模型	RNA-seq数据	涉及单细胞RNA-seq数据集中的亚群细胞
12	2024-08-07	More than one antibody of individual B cells revealed by single-cell immune profiling 2019, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-019-0137-3 PMID:31839985	研究论文	本研究通过单细胞免疫图谱技术，揭示了个体B细胞中存在多种抗体的可能性	发现了单个B细胞中存在多种Ig特异性的现象，挑战了传统的“一个细胞一个抗体”规则和CSR机制	NA	验证和定义单细胞转录组水平上的经典免疫学概念	B细胞及其产生的抗体	免疫学	NA	Chromium单细胞免疫图谱技术和Sanger测序	NA	转录组	数百至数千个单个B细胞
13	2024-08-07	Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783 PMID:31604843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了生物材料植入后巨噬细胞亚群的功能和表型特征，特别是在尿膀胱基质（UBM）和聚己内酯（PCL）植入后的不同组织反应。	本研究首次识别并表征了在体内生物材料诱导的特定巨噬细胞亚群，这些亚群在不同的组织环境中表现出独特的功能和表型特征。	研究主要集中在小鼠模型上，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于人类。	旨在识别和表征生物材料植入后巨噬细胞的功能亚群，并探讨其在组织修复和病理过程中的作用。	研究对象包括生物材料植入后的巨噬细胞亚群及其在不同组织环境中的功能和表型特征。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	研究涉及从小鼠尿膀胱基质（UBM）和聚己内酯（PCL）中分离的巨噬细胞样本。
14	2024-08-05	Single-cell transcriptome analyses reveal novel targets modulating cardiac neovascularization by resident endothelial cells following myocardial infarction 2019-08-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehz305 PMID:31162546	研究论文	该文章探讨了心肌梗死后，成体小鼠心脏中内皮细胞在新血管生成中的起源和克隆动态	首次提供了心脏特异性内皮细胞的单细胞基因表达图谱，揭示了内源性血管修复的转录层级	主要基于鼠模型，可能在转化到人类的生物学和临床应用上存在局限性	旨在更好地理解冠状血管再生的调控通路，以支持心脏疾病的治疗策略	成体小鼠心脏中的内皮细胞及其在心肌梗死后的新血管生成	数字病理学	心脏疾病	单细胞转录组分析	多谱系谱系追踪小鼠模型	基因表达数据	包括小鼠和人类心脏样本
15	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals gene expression dynamics of human fetal kidney development 2019-02, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000152 PMID:30789893	研究论文	本研究使用单细胞转录组技术研究人类胎儿肾脏的基因表达动态	首次详细描述了人类胎儿肾脏的22种细胞类型及标记基因，并揭示了肾小管细胞在不同发育阶段的基因表达变化	目前研究尚缺乏对人类肾脏发育的完整理解，可能存在数据不足的情况	阐明人类肾脏发育过程中的基因表达变化	人类胎儿肾脏的单细胞转录组数据	数字病理学	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	细胞数据	近18000个来自五个不同发育阶段的肾细胞
16	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of CD8 + T-cell memory inflation 2019, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.15115.1 PMID:31448339	研究论文	本研究分析了持久病毒引起的CD8 T细胞记忆膨胀的转录组特征	定义了不同部位记忆膨胀的转录机制，并提供了T细胞记忆的转录图谱	未提及具体的局限性	探讨持久病毒和疫苗诱导的CD8 T细胞记忆膨胀的转录机制	MCMV感染小鼠中的病毒特异性CD8 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自MCMV感染小鼠的特定T细胞群体
17	2024-08-05	Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail 2019-05-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav9996 PMID:31097661	研究论文	本文识别了一种在蟾蜍尾部再生中起关键作用的细胞类型。	首次发现再生组织细胞（ROC），其在再生能够的蝌蚪中从表皮移动到截肢面并形成伤口表皮。	研究的对象仅限于蝌蚪，可能无法直接应用于其他物种或更复杂的生物系统。	探索蝌蚪的再生机制和功能细胞的特征。	研究了再生能力不同的蝌蚪，并探讨了ROC的作用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	多个再生能力不同的蝌蚪样本
18	2024-08-05	Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood 2019-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1765-3 PMID:31748747	研究论文	本研究探讨了男性人群中Y染色体马赛克缺失的遗传易感性及其对健康的影响	识别了156个与Y染色体缺失相关的常染色体遗传决定因素，并在不同人群中进行了验证	缺乏对Y染色体缺失的因果机制的深入理解	研究Y染色体缺失对健康的影响以及相关的遗传因素	205,011名男性参与者，及757,114名具有欧洲和日本血统的男性	基因组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	205,011名男性
19	2024-08-05	Single-Cell Profiles of Retinal Ganglion Cells Differing in Resilience to Injury Reveal Neuroprotective Genes 2019-12-18, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.11.006 PMID:31784286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序对小鼠视网膜神经节细胞的选择性抗损伤能力进行了分析	该研究首次建立了一套系统框架，以解析不同类型的细胞对损伤的反应，并揭示了用于干预的分子靶标	研究主要聚焦于小鼠模型，可能无法完全代表其他物种的情况	探讨视网膜神经节细胞对损伤的抗性及相关基因	小鼠视网膜神经节细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	46种视网膜神经节细胞类型的样本
20	2024-08-05	scPred: accurate supervised method for cell-type classification from single-cell RNA-seq data 2019-12-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1862-5 PMID:31829268	研究论文	本文介绍了scPred，一种从单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的准确监督方法	scPred通过无偏特征选择与机器学习概率预测方法的结合，提供了高度准确的单细胞分类	NA	研究单细胞的转录特征，以便进行细胞类型分类	单细胞RNA测序数据，涉及胰腺组织、单核细胞、结肠肿瘤活检和循环树突状细胞	数字病理学	NA	RNA-seq	机器学习	基因表达数据	NA