单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-09	Single-Cell Analysis of Regional Differences in Adult V-SVZ Neural Stem Cell Lineages 2019-01-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.12.044 PMID:30625322	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序，分析了成年小鼠V-SVZ区域神经干细胞谱系的分子图谱，揭示了区域和性别差异以及神经发生和少突胶质发生的倾向性	本研究首次在单细胞水平上揭示了侧壁和隔壁星形胶质细胞在神经发生和少突胶质发生方面的谱系潜能偏倚，并识别了标记神经发生和少突胶质细胞谱系进展关键时间步骤的转录因子共表达模块	NA	探讨成年大脑中神经发生和少突胶质发生的功能性空间多样性及其分子相关性	成年小鼠V-SVZ区域的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自雄性和雌性小鼠的V-SVZ区域细胞
142	2024-08-09	Developmental Heterogeneity of Microglia and Brain Myeloid Cells Revealed by Deep Single-Cell RNA Sequencing 2019-01-16, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.12.006 PMID:30606613	研究论文	本研究利用深度单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞和脑髓样细胞在不同发育阶段的异质性	发现了与增殖区域相关的小胶质细胞（PAM）子集，该子集在发育中的白质中主要存在，并具有与退行性疾病相关小胶质细胞（DAM）相似的基因特征	NA	探讨小胶质细胞在不同发育阶段和成年期的功能是否由不同子集执行	小胶质细胞和相关髓样细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	胚胎、早期新生和成年小鼠脑的多个区域的小胶质细胞和相关髓样细胞
143	2024-08-09	A Genome-wide Framework for Mapping Gene Regulation via Cellular Genetic Screens 2019-01-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.029 PMID:30612741	研究论文	本文提出了一种基于表达数量性状位点（eQTL）的框架，通过CRISPR/Cas9介导的扰动和单细胞RNA测序，大规模映射增强子-基因对	该研究通过引入随机组合的CRISPR/Cas9扰动，结合单细胞RNA测序技术，成功映射了大量增强子-基因对，为解析人类基因组中的顺式调控景观提供了新方法	研究主要集中在常见变异和连锁不平衡的范围内，可能无法涵盖所有类型的基因调控元素	旨在开发一种新的方法来大规模映射增强子-基因调控相互作用	研究对象包括5,920个候选增强子和254,974个单细胞转录组	基因组学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因组数据, 转录组数据	5,920个候选增强子, 254,974个单细胞转录组
144	2024-08-09	Genomic encoding of transcriptional burst kinetics 2019-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0836-1 PMID:30602787	研究论文	本文利用等位基因敏感的单细胞RNA测序技术，研究了小鼠和人类基因组中转录爆发的频率和大小，并揭示了增强子和核心启动子元素对转录爆发动力学的影响	首次使用等位基因敏感的单细胞RNA测序技术，全面分析了内源性基因的转录爆发频率和大小，并发现了增强子和核心启动子元素在转录爆发动力学中的协同作用	NA	探究哺乳动物基因表达中的转录爆发动力学，并确定增强子和核心启动子元素在其中的作用	小鼠和人类基因组中的转录爆发频率和大小	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠和人类基因组
145	2024-08-09	Tissue Resident CCR2- and CCR2+ Cardiac Macrophages Differentially Orchestrate Monocyte Recruitment and Fate Specification Following Myocardial Injury 2019-01-18, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.314028 PMID:30582448	研究论文	本文研究了心肌损伤后组织驻留的CCR2-和CCR2+心脏巨噬细胞如何不同地调控单核细胞的招募和命运指定	首次揭示了组织驻留的CCR2+和CCR2-巨噬细胞在心肌损伤后对单核细胞招募和命运指定的不同调控机制	NA	测试组织驻留的CCR2-和CCR2+巨噬细胞在心肌损伤后对单核细胞招募和命运指定的不同调控作用的假设	组织驻留的CCR2-和CCR2+心脏巨噬细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	使用多种小鼠模型进行研究
146	2024-08-09	Identification of Embryonic Neural Plate Border Stem Cells and Their Generation by Direct Reprogramming from Adult Human Blood Cells 2019-01-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.11.015 PMID:30581079	研究论文	本文报道了通过异位表达四个神经转录因子，将成人人类成纤维细胞和血液细胞直接重编程为诱导的神经板边界干细胞（iNBSCs），并探讨了其在再生医学中的应用潜力	首次报道了通过直接重编程技术生成人类iNBSCs，并展示了其在模拟人类疼痛综合症和再生医学中的应用	NA	探索神经发育机制并为再生医学提供神经干细胞来源	成人人类成纤维细胞和血液细胞，以及人类多能干细胞	再生医学	NA	直接重编程技术，单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
147	2024-08-09	Metabolic heterogeneity underlies reciprocal fates of TH17 cell stemness and plasticity 2019-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0806-7 PMID:30568299	研究论文	本文研究了T17细胞在自身免疫性疾病模型中的代谢异质性及其对细胞命运的影响	首次揭示了T17细胞中存在具有干细胞样特征的亚群和具有高代谢活性的亚群，并阐明了mTORC1信号通路在调控T17细胞命运决策中的关键作用	NA	探讨T17细胞在慢性炎症条件下的异质性及其对自身免疫性疾病的贡献	T17细胞的代谢异质性和细胞命运	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
148	2024-08-09	A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction 2019-01, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0254-1 PMID:30573817	研究论文	本文介绍了一种用于评估单细胞RNA测序批次效应校正的用户友好、稳健且敏感的k近邻批次效应测试（kBET）	提出了一个量化批次效应的kBET方法，用于评估批次回归和归一化方法的效果，并区分细胞类型特异性个体间变异与细胞群体相对比例的变化	NA	评估单细胞RNA测序中的批次效应校正方法	单细胞RNA测序数据中的批次效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	k近邻批次效应测试（kBET）	单细胞转录组数据	外周血单个核细胞（PBMCs）来自健康捐赠者
149	2024-08-09	Network Inference from Single-Cell Transcriptomic Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-8882-2_10 PMID:30547403	研究论文	本文探讨了利用单细胞转录组数据进行网络推断的优势和方法	利用单细胞转录组数据可以识别更复杂的非线性基因依赖关系，并推断特定条件下的调控网络	NA	研究如何利用单细胞转录组数据增强基因调控网络的推断	单细胞转录组数据中的基因依赖关系和调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大量单细胞样本
150	2024-08-09	Better Being Single? Omics Improves Kidney Organoids 2019, Nephron IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000496009 PMID:30554217	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术比较分析了两种肾脏类器官分化协议，并基于这些数据开发了一种新的分化协议以减少非肾脏细胞类型	开发了一种新的分化协议，旨在减少非肾脏细胞类型，同时不影响类器官上皮细胞的功能	文章指出，现有的分化协议未能产生纯净或全面的肾脏细胞，且存在非肾脏细胞类型的污染	比较不同肾脏类器官分化协议，并改进其功能	人类肾脏类器官及其分化协议	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及两种肾脏类器官分化协议的数据
151	2024-08-09	Simultaneous multiplexed amplicon sequencing and transcriptome profiling in single cells 2019-01, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0259-9 PMID:30559431	研究论文	描述了一种名为DART-seq的技术，该技术能够在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析	DART-seq技术具有多功能性，能够在单细胞中同时进行多重扩增子测序和转录组分析	NA	开发和应用DART-seq技术，以在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析	非A尾的片段dsRNA病毒转录本和感染细胞的转录组，以及B淋巴细胞的天然配对可变区域重链和轻链扩增子和转录组	基因组学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	单细胞
152	2024-08-09	Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution 2019-01, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-018-0290-x PMID:30559489	观点	本文探讨了单细胞和单分子表观基因组技术在揭示基因组调控和动态方面的最新进展	介绍了这些技术如何用于识别新的基因调控模式，并强调了表观基因组技术在理解细胞多样性和发现基因调控机制中的重要性	NA	探讨单细胞和单分子表观基因组技术在基因调控研究中的应用	单细胞和单分子表观基因组技术	表观基因组学	NA	单细胞和单分子表观基因组技术	NA	表观基因组数据	NA
153	2024-08-09	Autocrine regulation of mesenchymal progenitor cell fates orchestrates tooth eruption 2019-01-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1810200115 PMID:30509999	研究论文	本文研究了牙囊中的间充质祖细胞在牙齿萌发过程中的自分泌调节机制	揭示了PTHrP-PPR自分泌信号如何维持牙囊中间充质祖细胞的生理细胞命运，以建立功能性牙周附着装置并协调牙齿萌发	NA	探讨牙囊中间充质祖细胞的身份及其如何受PTHrP-PPR信号调控	牙囊中的间充质祖细胞及其在牙齿萌发中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了tamoxifen-inducible小鼠进行细胞谱系分析
154	2024-08-09	Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis 2019-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018090912 PMID:30510133	研究论文	本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在成年小鼠肾脏中的应用，特别是在纤维化肾脏中的表现	snRNA-seq在成年肾脏中实现了与scRNA-seq相当的基因检测，同时具有减少分离偏差、兼容冷冻样本、消除分离诱导的转录应激反应等优势	NA	探讨单核RNA测序在成年肾脏研究中的优势，特别是在纤维化肾脏中的应用	成年小鼠肾脏，特别是纤维化肾脏	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA序列	总共生成了11,391个转录组
155	2024-08-09	Myelodysplastic syndrome progression to acute myeloid leukemia at the stem cell level 2019-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0267-4 PMID:30510255	研究论文	研究探讨了骨髓增生异常综合征（MDS）向急性髓系白血病（AML）进展过程中干细胞水平的变化	通过靶向深度测序结合单细胞测序，揭示了MDS阶段干细胞具有更高的亚克隆复杂性，并含有大量与衰老相关的变异	NA	确定MDS向AML进展的细胞起源和机制	MDS进展至AML患者的纵向样本中的高度分馏干细胞群体	数字病理学	骨髓增生异常综合征	靶向深度测序，单细胞测序	NA	细胞	MDS进展至AML患者的纵向样本
156	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Microglia throughout the Mouse Lifespan and in the Injured Brain Reveals Complex Cell-State Changes 2019-01-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.004 PMID:30471926	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠一生中及脑损伤后微胶质细胞的RNA表达模式，揭示了微胶质细胞的复杂细胞状态变化	本研究首次揭示了至少九种转录上不同的微胶质细胞状态，这些状态表达独特的基因集并使用特定标记定位于大脑	NA	旨在更好地理解微胶质细胞的功能，并识别和调控健康和疾病中的特定亚群	小鼠一生中及脑损伤后的微胶质细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	超过76,000个单独的微胶质细胞样本
157	2024-08-09	Comparative Analysis of Droplet-Based Ultra-High-Throughput Single-Cell RNA-Seq Systems 2019-01-03, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2018.10.020 PMID:30472192	研究论文	本文对三种广泛使用的基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统（inDrop、Drop-seq和10X Genomics Chromium）进行了系统比较分析	首次对这些系统进行了直接比较，揭示了各自的特征和适用场景	NA	比较不同超高通量单细胞RNA测序系统的性能和应用	基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	同一细胞系
158	2024-08-09	A complex auxiliary: IL-17/Th17 signaling during type 1 diabetes progression 2019-01, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2018.11.007 PMID:30472513	综述	本文综述了IL-17/Th17信号在1型糖尿病进展中的辅助作用	通过重新分析最近发表的单细胞测序和排序细胞批量测序数据集中的关键因子，提供了IL-17信号装置在胰岛内分泌细胞中普遍存在的证据	需要解决多个问题以评估抗IL-17疗法在治疗1型糖尿病中的潜在适用性	探讨IL-17在1型糖尿病进展中的作用及其在糖尿病并发症中的影响	IL-17/Th17信号在1型糖尿病中的作用及其在远端组织并发症中的影响	NA	1型糖尿病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
159	2024-08-09	A Deep Dive into Immunotherapy Resistance 2019-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-ND2018-010 PMID:30487234	研究论文	通过单细胞RNA测序，两组研究人员揭示了CD8+ T细胞和肿瘤细胞在驱动免疫疗法抗性中的不同作用	研究确定了两种不同的T细胞状态以及肿瘤细胞促进的T细胞排除程序，这些可能影响患者对免疫检查点阻断的反应	NA	探讨免疫疗法抗性的机制	CD8+ T细胞和肿瘤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
160	2024-08-09	Usage of Single-Cell RNA Sequencing to Unveil Immune Lymphoid Cell Precursors 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-8885-3_5 PMID:30465196	研究论文	本文描述了一种基于板式的协议，用于制备骨髓先天淋巴细胞前体的单细胞cDNA文库，以便进行下一代测序基础的转录组分析	利用单细胞RNA测序技术，揭示免疫淋巴细胞前体的新细胞群和细胞异质性	NA	研究免疫细胞的发现和细胞发育轨迹	骨髓先天淋巴细胞前体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA