单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 172 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-09 |
Bioinformatics Analysis of Single-Cell RNA-Seq Raw Data from iPSC-Derived Neural Stem Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9007-8_11
PMID:30656627
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研究论文 | 本文描述了一种用于单细胞RNA测序原始数据的基本生物信息学分析流程 | 提供了从原始测序数据开始的质量检查、参考基因组索引创建、序列比对及转录本丰度量化的详细步骤 | NA | 开发和描述单细胞RNA测序数据的基本生物信息学分析方法 | 由iPSC衍生的神经干细胞的单细胞RNA测序原始数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2024-08-09 |
Deterministic column subset selection for single-cell RNA-Seq
2019, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0210571
PMID:30682053
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research paper | 本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据分析中的确定性列子集选择（DCSS）方法，该方法在保留原始矩阵的非负性和稀疏性结构的同时，避免了传统方法如主成分分析（PCA）和阈值方法的缺陷。 | 提出了新的DCSS光谱界限，并展示了其在scRNA-Seq数据分析中的有效性。 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据的分析方法，提高数据可视化和细胞类型识别的准确性。 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达分析。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 确定性列子集选择（DCSS） | 基因表达数据 | 两项scRNA-Seq实验的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 143 | 2024-08-09 |
Hedgehog signaling patterns the oral-aboral axis of the mandibular arch
2019-01-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.40315
PMID:30638444
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序和原位基因表达分析，揭示了刺猬信号通路和Bmp4在鼠胚胎下颌弓的口背轴上的互补激活模式 | 首次详细描述了刺猬信号通路在下颌弓口背轴模式化中的作用，并揭示了其通过Foxf1/2转录因子指定口侧命运的机制 | NA | 探讨脊椎动物下颌发育中口背轴模式化的分子机制 | 鼠胚胎下颌弓中的神经嵴来源的间充质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 原位分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 144 | 2024-08-09 |
Dosage sensitivity of X-linked genes in human embryonic single cells
2019-Jan-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-019-5432-8
PMID:30642250
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研究论文 | 本文通过重新分析基于RNA测序的人类胚胎单细胞转录组数据集，探讨了X连锁基因在人类胚胎单细胞中的剂量敏感性 | 发现X连锁基因在男性细胞中并未两倍上调，而在女性细胞中逐渐减少至两倍，这与Ohno的假设相矛盾 | 研究仅基于RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 验证X连锁基因在人类胚胎单细胞中的剂量敏感性，并探讨Ohno假设的有效性 | 人类胚胎单细胞中的X连锁基因表达 | NA | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个胚胎阶段的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 145 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic analysis of mouse neocortical development
2019-01-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-08079-9
PMID:30635555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠新皮质发育过程中的细胞和分子过程 | 首次在单细胞水平上揭示了小鼠新皮质发育过程中的细胞类型多样性及其在神经发育过程中的作用 | NA | 深入理解哺乳动物大脑皮质发育过程中的细胞和分子机制 | 小鼠新皮质在胚胎期和出生后的细胞类型及其功能状态 | 数字病理学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠新皮质在胚胎期14.5天和出生后的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 146 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of Regional Differences in Adult V-SVZ Neural Stem Cell Lineages
2019-01-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.12.044
PMID:30625322
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研究论文 | 本研究通过大规模单细胞RNA测序，分析了成年小鼠V-SVZ区域神经干细胞谱系的分子图谱，揭示了区域和性别差异以及神经发生和少突胶质发生的倾向性 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了侧壁和隔壁星形胶质细胞在神经发生和少突胶质发生方面的谱系潜能偏倚，并识别了标记神经发生和少突胶质细胞谱系进展关键时间步骤的转录因子共表达模块 | NA | 探讨成年大脑中神经发生和少突胶质发生的功能性空间多样性及其分子相关性 | 成年小鼠V-SVZ区域的神经干细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自雄性和雌性小鼠的V-SVZ区域细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 147 | 2024-08-09 |
Developmental Heterogeneity of Microglia and Brain Myeloid Cells Revealed by Deep Single-Cell RNA Sequencing
2019-01-16, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2018.12.006
PMID:30606613
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研究论文 | 本研究利用深度单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞和脑髓样细胞在不同发育阶段的异质性 | 发现了与增殖区域相关的小胶质细胞（PAM）子集，该子集在发育中的白质中主要存在，并具有与退行性疾病相关小胶质细胞（DAM）相似的基因特征 | NA | 探讨小胶质细胞在不同发育阶段和成年期的功能是否由不同子集执行 | 小胶质细胞和相关髓样细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 胚胎、早期新生和成年小鼠脑的多个区域的小胶质细胞和相关髓样细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2024-08-09 |
A Genome-wide Framework for Mapping Gene Regulation via Cellular Genetic Screens
2019-01-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.11.029
PMID:30612741
|
研究论文 | 本文提出了一种基于表达数量性状位点（eQTL）的框架，通过CRISPR/Cas9介导的扰动和单细胞RNA测序，大规模映射增强子-基因对 | 该研究通过引入随机组合的CRISPR/Cas9扰动，结合单细胞RNA测序技术，成功映射了大量增强子-基因对，为解析人类基因组中的顺式调控景观提供了新方法 | 研究主要集中在常见变异和连锁不平衡的范围内，可能无法涵盖所有类型的基因调控元素 | 旨在开发一种新的方法来大规模映射增强子-基因调控相互作用 | 研究对象包括5,920个候选增强子和254,974个单细胞转录组 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 5,920个候选增强子, 254,974个单细胞转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 149 | 2024-08-09 |
Tissue Resident CCR2- and CCR2+ Cardiac Macrophages Differentially Orchestrate Monocyte Recruitment and Fate Specification Following Myocardial Injury
2019-01-18, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.314028
PMID:30582448
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研究论文 | 本文研究了心肌损伤后组织驻留的CCR2-和CCR2+心脏巨噬细胞如何不同地调控单核细胞的招募和命运指定 | 首次揭示了组织驻留的CCR2+和CCR2-巨噬细胞在心肌损伤后对单核细胞招募和命运指定的不同调控机制 | NA | 测试组织驻留的CCR2-和CCR2+巨噬细胞在心肌损伤后对单核细胞招募和命运指定的不同调控作用的假设 | 组织驻留的CCR2-和CCR2+心脏巨噬细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用多种小鼠模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 150 | 2024-08-09 |
Metabolic heterogeneity underlies reciprocal fates of TH17 cell stemness and plasticity
2019-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0806-7
PMID:30568299
|
研究论文 | 本文研究了T17细胞在自身免疫性疾病模型中的代谢异质性及其对细胞命运的影响 | 首次揭示了T17细胞中存在具有干细胞样特征的亚群和具有高代谢活性的亚群，并阐明了mTORC1信号通路在调控T17细胞命运决策中的关键作用 | NA | 探讨T17细胞在慢性炎症条件下的异质性及其对自身免疫性疾病的贡献 | T17细胞的代谢异质性和细胞命运 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2024-08-09 |
A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction
2019-01, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0254-1
PMID:30573817
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于评估单细胞RNA测序批次效应校正的用户友好、稳健且敏感的k近邻批次效应测试（kBET） | 提出了一个量化批次效应的kBET方法，用于评估批次回归和归一化方法的效果，并区分细胞类型特异性个体间变异与细胞群体相对比例的变化 | NA | 评估单细胞RNA测序中的批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | k近邻批次效应测试（kBET） | 单细胞转录组数据 | 外周血单个核细胞（PBMCs）来自健康捐赠者 | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2024-08-09 |
Network Inference from Single-Cell Transcriptomic Data
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-8882-2_10
PMID:30547403
|
研究论文 | 本文探讨了利用单细胞转录组数据进行网络推断的优势和方法 | 利用单细胞转录组数据可以识别更复杂的非线性基因依赖关系，并推断特定条件下的调控网络 | NA | 研究如何利用单细胞转录组数据增强基因调控网络的推断 | 单细胞转录组数据中的基因依赖关系和调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大量单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 153 | 2024-08-09 |
Better Being Single? Omics Improves Kidney Organoids
2019, Nephron
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000496009
PMID:30554217
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术比较分析了两种肾脏类器官分化协议，并基于这些数据开发了一种新的分化协议以减少非肾脏细胞类型 | 开发了一种新的分化协议，旨在减少非肾脏细胞类型，同时不影响类器官上皮细胞的功能 | 文章指出，现有的分化协议未能产生纯净或全面的肾脏细胞，且存在非肾脏细胞类型的污染 | 比较不同肾脏类器官分化协议，并改进其功能 | 人类肾脏类器官及其分化协议 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及两种肾脏类器官分化协议的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 154 | 2024-08-09 |
Simultaneous multiplexed amplicon sequencing and transcriptome profiling in single cells
2019-01, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0259-9
PMID:30559431
|
研究论文 | 描述了一种名为DART-seq的技术，该技术能够在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析 | DART-seq技术具有多功能性，能够在单细胞中同时进行多重扩增子测序和转录组分析 | NA | 开发和应用DART-seq技术，以在单细胞水平上同时进行多重扩增子测序和转录组分析 | 非A尾的片段dsRNA病毒转录本和感染细胞的转录组，以及B淋巴细胞的天然配对可变区域重链和轻链扩增子和转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2024-08-09 |
Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution
2019-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-018-0290-x
PMID:30559489
|
观点 | 本文探讨了单细胞和单分子表观基因组技术在揭示基因组调控和动态方面的最新进展 | 介绍了这些技术如何用于识别新的基因调控模式，并强调了表观基因组技术在理解细胞多样性和发现基因调控机制中的重要性 | NA | 探讨单细胞和单分子表观基因组技术在基因调控研究中的应用 | 单细胞和单分子表观基因组技术 | 表观基因组学 | NA | 单细胞和单分子表观基因组技术 | NA | 表观基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 156 | 2024-08-09 |
Autocrine regulation of mesenchymal progenitor cell fates orchestrates tooth eruption
2019-01-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1810200115
PMID:30509999
|
研究论文 | 本文研究了牙囊中的间充质祖细胞在牙齿萌发过程中的自分泌调节机制 | 揭示了PTHrP-PPR自分泌信号如何维持牙囊中间充质祖细胞的生理细胞命运，以建立功能性牙周附着装置并协调牙齿萌发 | NA | 探讨牙囊中间充质祖细胞的身份及其如何受PTHrP-PPR信号调控 | 牙囊中的间充质祖细胞及其在牙齿萌发中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了tamoxifen-inducible小鼠进行细胞谱系分析 | NA | NA | NA | NA |
| 157 | 2024-08-09 |
Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis
2019-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018090912
PMID:30510133
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研究论文 | 本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在成年小鼠肾脏中的应用，特别是在纤维化肾脏中的表现 | snRNA-seq在成年肾脏中实现了与scRNA-seq相当的基因检测，同时具有减少分离偏差、兼容冷冻样本、消除分离诱导的转录应激反应等优势 | NA | 探讨单核RNA测序在成年肾脏研究中的优势，特别是在纤维化肾脏中的应用 | 成年小鼠肾脏，特别是纤维化肾脏 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA序列 | 总共生成了11,391个转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-08-09 |
Myelodysplastic syndrome progression to acute myeloid leukemia at the stem cell level
2019-01, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-018-0267-4
PMID:30510255
|
研究论文 | 研究探讨了骨髓增生异常综合征（MDS）向急性髓系白血病（AML）进展过程中干细胞水平的变化 | 通过靶向深度测序结合单细胞测序，揭示了MDS阶段干细胞具有更高的亚克隆复杂性，并含有大量与衰老相关的变异 | NA | 确定MDS向AML进展的细胞起源和机制 | MDS进展至AML患者的纵向样本中的高度分馏干细胞群体 | 数字病理学 | 骨髓增生异常综合征 | 靶向深度测序，单细胞测序 | NA | 细胞 | MDS进展至AML患者的纵向样本 | NA | NA | NA | NA |
| 159 | 2024-08-09 |
Comparative Analysis of Droplet-Based Ultra-High-Throughput Single-Cell RNA-Seq Systems
2019-01-03, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2018.10.020
PMID:30472192
|
研究论文 | 本文对三种广泛使用的基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统（inDrop、Drop-seq和10X Genomics Chromium）进行了系统比较分析 | 首次对这些系统进行了直接比较，揭示了各自的特征和适用场景 | NA | 比较不同超高通量单细胞RNA测序系统的性能和应用 | 基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 同一细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2024-08-09 |
A complex auxiliary: IL-17/Th17 signaling during type 1 diabetes progression
2019-01, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2018.11.007
PMID:30472513
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综述 | 本文综述了IL-17/Th17信号在1型糖尿病进展中的辅助作用 | 通过重新分析最近发表的单细胞测序和排序细胞批量测序数据集中的关键因子，提供了IL-17信号装置在胰岛内分泌细胞中普遍存在的证据 | 需要解决多个问题以评估抗IL-17疗法在治疗1型糖尿病中的潜在适用性 | 探讨IL-17在1型糖尿病进展中的作用及其在糖尿病并发症中的影响 | IL-17/Th17信号在1型糖尿病中的作用及其在远端组织并发症中的影响 | NA | 1型糖尿病 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |