单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 172 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2024-08-09 |
Studying Cancer Heterogeneity by Single-Cell RNA Sequencing
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9151-8_14
PMID:30779041
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研究论文 | 本文介绍了一种名为mcSCRB-seq的高灵敏度和强大的基于平板单细胞RNA测序方法，用于研究癌症细胞的转录组数据 | mcSCRB-seq方法具有高灵敏度、简便的工作流程、低单细胞成本且无需特殊设备 | 该方法在临床样本中的应用仍然具有挑战性 | 通过单细胞RNA测序技术研究癌症异质性 | 癌症细胞的基因表达变异 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 122 | 2024-08-09 |
Quality Control of Single-Cell RNA-seq
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_1
PMID:30758816
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研究论文 | 本文介绍了一种结合基因表达模式和数据质量来检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）样本中技术伪影的协议 | 本文提出了一种新的方法来整合基因表达模式和数据质量，以检测scRNA-seq样本中的技术伪影 | NA | 旨在解决scRNA-seq技术中技术噪声与生物变异性的分离问题 | 单细胞RNA测序样本中的技术伪影 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 123 | 2024-08-09 |
Normalization for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_2
PMID:30758817
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研究论文 | 本文描述了一种针对单细胞RNA测序数据的稳健归一化方法SCnorm | 提出了SCnorm方法，并提供了诊断功能以可视化归一化性能 | NA | 开发和评估单细胞RNA测序数据的归一化方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 124 | 2024-08-09 |
Analysis of Technical and Biological Variability in Single-Cell RNA Sequencing
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_3
PMID:30758818
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研究论文 | 本文描述了一种计算流程，用于检测在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中表现出高于技术噪声预期的高变异基因 | 提出了一个使用scater和scran R/Bioconductor包的计算流程，用于检测和分析单细胞数据中的高变异基因 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序中的技术变异性问题，以正确分析单细胞数据 | 单细胞RNA测序中的高变异基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 包括来自小鼠胚胎干细胞和齿状回细胞的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 125 | 2024-08-09 |
Identification of Cell Types from Single-Cell Transcriptomic Data
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_4
PMID:30758819
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研究论文 | 本文介绍了利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型识别的方法和技术 | 本文提出了一个生物信息学流程，为进入该领域的研究人员提供了一个逐步指导的示例 | 随着数据集的大小和复杂性不断增加，计算挑战也随之增多，需要分析方法具有可扩展性、灵活性和鲁棒性 | 利用scRNA-seq测量数据识别复杂组织中形成的细胞类型 | 单细胞转录组测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 126 | 2024-08-09 |
scMCA: A Tool to Define Mouse Cell Types Based on Single-Cell Digital Expression
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_6
PMID:30758821
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研究论文 | 本文构建了一个基于scRNA-seq数据集的“单细胞小鼠细胞图谱（scMCA）分析”流程，用于定义小鼠细胞类型。 | 提出了基于scRNA-seq数据集的scMCA工具，用于更精确地匹配单细胞数字表达与其最接近的细胞类型。 | NA | 开发一种新的工具来定义小鼠细胞类型。 | 小鼠细胞类型。 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 覆盖所有小鼠细胞类型的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 127 | 2024-08-09 |
Pseudotime Reconstruction Using TSCAN
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_8
PMID:30758823
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研究论文 | 本文介绍了如何使用TSCAN R包对单细胞RNA测序数据进行伪时间分析 | TSCAN提供了一种计算方法来重建细胞的伪时间轨迹，有助于理解基因表达的动态变化 | NA | 探索单细胞RNA测序数据中细胞状态的连续变化过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 128 | 2024-08-09 |
Estimating Differentiation Potency of Single Cells Using Single-Cell Entropy (SCENT)
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_9
PMID:30758824
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研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞熵（SCENT）算法评估单细胞分化潜能的详细协议 | 提出了SCENT算法，通过整合单细胞RNA-Seq数据与交互网络来近似分化潜能，为单细胞研究提供了新的计算方法 | NA | 旨在从单细胞数据中提取生物学知识，特别是在识别新型干细胞或祖细胞样表型方面 | 单细胞的分化潜能 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-Seq | NA | 单细胞RNA-Seq数据 | 人类胚胎干细胞和多潜能祖细胞，代表三个主要胚层 | NA | NA | NA | NA |
| 129 | 2024-08-09 |
Using BRIE to Detect and Analyze Splicing Isoforms in scRNA-Seq Data
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_12
PMID:30758827
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review | 本文回顾了单细胞RNA测序数据中剪接异构体定量的挑战，并讨论了BRIE模型在解决这些问题中的应用 | 提出了BRIE模型，通过学习序列特征的先验分布来解决剪接异构体定量的问题 | 单细胞RNA测序技术在解析RNA加工事件如剪接变异性的应用上存在局限 | 探讨单细胞RNA测序数据中剪接异构体定量的方法 | 单细胞RNA测序数据中的剪接异构体 | natural language processing | NA | scRNA-seq | Bayesian hierarchical model | text | 130个鼠细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 130 | 2024-08-09 |
Antigen Receptor Sequence Reconstruction and Clonality Inference from scRNA-Seq Data
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_15
PMID:30758830
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研究论文 | 本文介绍了用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中重建配对全长抗原受体序列和克隆性推断的计算工具TraCeR和BraCeR | TraCeR通过从每个细胞的读取中提取源自TCR的序列读取并将其组装成长度重组的TCR序列，而BraCeR在此基础上考虑了体细胞超突变（SHM）和同种型转换 | NA | 开发用于从scRNA-seq数据中重建抗原受体序列和推断克隆性的计算工具 | T细胞受体（TCR）序列 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA序列 | 单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 131 | 2024-08-09 |
McImpute: Matrix Completion Based Imputation for Single Cell RNA-seq Data
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00009
PMID:30761179
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于低秩矩阵完成的单细胞RNA测序数据填补技术mcImpute | mcImpute技术显著改善了真实数据集中真零与缺失值的区分、细胞聚类、差异表达分析、细胞类型可分离性、细胞可视化的降维技术性能以及基因分布 | NA | 开发一种新技术来填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 生物信息学 | NA | 低秩矩阵完成 | NA | RNA测序数据 | 多个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 132 | 2024-08-09 |
Stem Cells and Cellular Origins of Mammary Gland: Updates in Rationale, Controversies, and Cancer Relevance
2019, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/2019/4247168
PMID:30728840
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综述 | 本文综述了乳腺干细胞的特征及其在乳腺发育和癌症中的作用 | 介绍了单细胞测序技术对乳腺上皮细胞层次结构和谱系特征的全面理解 | NA | 探讨乳腺干细胞的异质性及其多样化的分化，并阐述乳腺干细胞与乳腺癌干细胞的关系 | 乳腺干细胞及其在乳腺发育和癌症中的作用 | NA | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 133 | 2024-08-09 |
Dissociation of Tissues for Single-Cell Analysis
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9021-4_5
PMID:30742262
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研究论文 | 本文介绍了一种冷活性蛋白酶方法，用于器官和组织的单细胞解离，以更好地保留体内基因表达模式 | 提出了一种新的冷活性蛋白酶方法，用于单细胞解离，以保留细胞的体内基因表达模式 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序技术，以创建人体所有细胞类型的基因表达图谱 | 人体器官和组织的单细胞 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 134 | 2024-08-09 |
A Hybrid Clustering Algorithm for Identifying Cell Types from Single-Cell RNA-Seq Data
2019-01-29, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes10020098
PMID:30700040
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研究论文 | 本文提出了一种结合结构熵和k近邻的混合聚类算法，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞亚群 | 该方法通过最小化结构熵，无需指定聚类数量即可自然形成社区，与现有方法相比具有更好的性能 | 需要克服高维度、聚类结果不稳定和参数调整复杂性等问题 | 开发一种新的聚类算法，以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合聚类算法 | RNA测序数据 | 八个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 135 | 2024-08-09 |
Single-cell profiling identifies myeloid cell subsets with distinct fates during neuroinflammation
2019-01-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aat7554
PMID:30679343
|
研究论文 | 本研究通过结合深度单细胞转录组分析、命运图谱、体内成像、克隆分析和转基因小鼠模型，全面描述了神经炎症期间中枢神经系统（CNS）中未被充分认识的髓系细胞亚群 | 首次全面描述了神经炎症期间CNS中髓系细胞亚群的转录组特征和动态变化，并揭示了CNS组织巨噬细胞在抗原呈递中的冗余性 | NA | 研究神经炎症期间髓系细胞亚群的存在及其在CNS病理学中的转录组特征和动态变化 | 中枢神经系统中的髓系细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 转基因小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 136 | 2024-08-09 |
Correction to: MISC: missing imputation for single-cell RNA sequencing data
2019-Jan-22, BMC systems biology
DOI:10.1186/s12918-019-0681-3
PMID:30670065
|
correction | 更正原始文章中作者姓氏的拼写错误 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2024-08-09 |
Bulk tissue cell type deconvolution with multi-subject single-cell expression reference
2019-01-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-08023-x
PMID:30670690
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MuSiC的方法，利用单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因表达来表征复杂组织中批量RNA测序数据的细胞类型组成 | MuSiC方法通过适当加权显示跨受试者和跨细胞一致性的基因，实现了从一个数据集到另一个数据集的细胞类型特异性基因表达信息的传递 | NA | 旨在通过表征复杂组织的细胞异质性来理解疾病机制 | 胰腺胰岛和全肾表达数据在人类、小鼠和大鼠中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 涉及人类、小鼠和大鼠的胰腺胰岛和全肾组织 | NA | NA | NA | NA |
| 138 | 2024-08-09 |
Comparative analysis of differential gene expression analysis tools for single-cell RNA sequencing data
2019-Jan-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2599-6
PMID:30658573
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研究论文 | 本文对11种用于单细胞RNA测序数据的不同基因表达分析软件工具进行了全面评估 | 探讨了样本量对检测准确性的影响，并分析了当前方法在单细胞RNA测序数据上的表现 | 工具在检测差异表达基因时存在真阳性率与精确度的权衡问题 | 评估和比较单细胞RNA测序数据差异基因表达分析方法的性能 | 11种差异基因表达分析软件工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 使用模拟和真实数据进行评估 | NA | NA | NA | NA |
| 139 | 2024-08-09 |
Barcode identification for single cell genomics
2019-Jan-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2612-0
PMID:30654736
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研究论文 | 本文介绍了一种通过遍历循环化的条形码k-mer的de Bruijn图来识别和错误校正条形码的方法 | 该方法通过循环化条形码序列，即使在k的大小相对于条形码序列长度较大时，也能产生无错误的k-mer，从而提高了单细胞转录组估计的准确性 | NA | 提高单细胞测序实验中条形码识别和错误校正的准确性 | 单细胞测序实验中的条形码 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | de Bruijn图 | DNA条形码 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 140 | 2024-08-09 |
Single-Cell Library Preparation of iPSC-Derived Neural Stem Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9007-8_10
PMID:30656626
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研究论文 | 本文描述了一种用于捕获和处理单细胞转录组以进行RNA测序的协议 | 利用单细胞RNA-seq技术识别异质细胞群，测量随机基因表达并识别高度可变基因 | NA | 识别与发育或疾病进展相关的关键通路 | iPSC衍生的神经干细胞的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |