单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-09	Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963074	研究论文	本文应用拓扑数据分析方法Mapper来可视化和分析高维单细胞RNA测序数据	提出了一种新的方法，结合基因共表达网络分析，能够揭示Mapper可视化中的基因共表达模块的差异表达模式	NA	开发一种新的方法来可视化和分析单细胞RNA测序数据，以揭示细胞类型和基因表达模式的生物学意义	单细胞RNA测序数据	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	Mapper	基因表达数据	NA
102	2024-08-09	Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_1 PMID:30968357	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中分子生物学技术的特点，包括实验室开发的方法	介绍了无需转换为可扩增cDNA的直接从RNA扩增第一链cDNA的技术	讨论了现有策略的优缺点，但未详细说明新技术在实际应用中的局限性	旨在帮助使用单细胞转录组技术的用户理解不同方法的定量性能与其分子特征之间的关系	单细胞RNA测序技术及其分子生物学方法	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
103	2024-08-09	Nx1-Seq (Well Based Single-Cell Analysis System) 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_4 PMID:30968360	研究论文	本文介绍了新开发的基于孔板的单细胞转录组方法	提出了基于孔板的单细胞转录组方法，用于分析细胞分化和细胞异质性的连续变化	NA	研究细胞分化和细胞异质性的层次结构	单个细胞的多样性和组织微环境	生物技术	NA	单细胞基因表达分析	NA	基因表达数据	数百个单细胞
104	2024-08-09	An Informative Approach to Single-Cell Sequencing Analysis 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_6 PMID:30968362	综述	本文综述了单细胞测序分析的多层平台，主要介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并比较了其他单细胞RNA-seq系统，同时描述了处理大型复杂单细胞数据集的计算方法	介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并提供了处理稀疏数据集的信息学方法，如插补、批次效应校正、降维和聚类	由于单细胞RNA-seq数据深度不足，导致低表达基因的转录组信息严重缺乏，数据解释有时较为困难	综述单细胞测序分析的平台和技术，并探讨处理大型复杂单细胞数据集的方法	单细胞测序分析的平台和技术，以及处理单细胞数据集的计算方法	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	数据集	NA
105	2024-08-09	Tanycyte-Independent Control of Hypothalamic Leptin Signaling 2019, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2019.00240 PMID:30941008	研究论文	本研究分析了小鼠中tanycytes中leptin受体的表达及其功能	首次通过单分子荧光原位杂交(smfISH)、RT-qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和tanycytes中特异性删除leptin受体，证明了tanycytes中leptin受体的表达缺失或极低，且tanycytes不直接通过依赖leptin受体的机制调节下丘脑leptin信号	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨tanycytes在调节下丘脑leptin信号中的作用	tanycytes中的leptin受体表达及其对下丘脑leptin信号的影响	NA	NA	单分子荧光原位杂交(smfISH)、RT-qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA	小鼠
106	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of CD34+ Stem Cell-Derived Myeloid Cells Infected With Human Cytomegalovirus 2019, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2019.00577 PMID:30949159	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了人巨细胞病毒（CMV）感染的CD34+造血干细胞衍生的髓系细胞	利用10×基因组学平台对约7000个单细胞进行转录组分析，揭示了病毒复制发生在特定的细胞亚群中，这些细胞与CFU-GEMM多能祖细胞转录相关	NA	揭示人巨细胞病毒感染髓系细胞的机制	CD34+造血干细胞衍生的髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约7000个单细胞
107	2024-08-09	PanglaoDB: a web server for exploration of mouse and human single-cell RNA sequencing data 2019-01-01, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baz046 PMID:30951143	研究论文	本文介绍了PanglaoDB，一个用于探索小鼠和人类单细胞RNA测序数据的在线数据库	PanglaoDB提供了一个用户友好的界面，包含预处理和预计算的分析，涵盖了大多数主要的单细胞平台和协议，并建立了一个社区维护的细胞类型标记目录	NA	开发一个易于访问的在线数据库，以便生物学研究人员探索已发表的小鼠和人类单细胞RNA测序研究	小鼠和人类的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，来自多种组织和器官，涵盖1054个单细胞实验
108	2024-08-09	The Impact of Heterogeneity on Single-Cell Sequencing 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00008 PMID:30881372	研究论文	本文探讨了细胞异质性对单细胞测序数据大规模分析的重要性，特别是在肿瘤学和其他疾病研究中的应用	本文通过整合全基因组分析和成本效益更高的下一代测序技术，揭示了细胞异质性的水平	这些检测可以生成极大的数据量，对数据处理和分析提出了挑战	研究细胞异质性对单细胞测序数据大规模分析的影响	单细胞测序数据中的基因表达和体细胞突变异质性	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）	NA	测序数据	大规模分析
109	2024-08-09	webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00146 PMID:30894872	研究论文	介绍了一个名为webCEMiTool的在线工具，用于自动化执行共表达模块分析，并进行功能分析和网络分析	webCEMiTool是一个独特的在线工具，能够全面自动化地进行模块分析，并整合转录组数据与相互作用组信息	NA	开发一个易于使用的工具，用于共表达模块分析和功能分析	人类细胞中单细胞RNA测序数据，感染了寨卡病毒或登革热病毒	生物信息学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	感染了寨卡病毒或登革热病毒的人类细胞
110	2024-08-09	The Space-Time Continuum of Cortical Dysplasia 2019-01, Epilepsy currents IF:5.8Q1 DOI:10.1177/1535759718822039 PMID:30838928	研究论文	本文探讨了mTOR通路基因突变在皮质发育不良中的作用	通过深度测序和单细胞测序技术，揭示了mTOR激活在皮质发育不良中的具体作用机制	NA	研究mTOR通路基因突变在皮质发育不良中的病理机制	皮质发育不良（FCD）和半巨脑症（HME）患者的大脑组织	神经科学	神经发育异常	深度测序，单细胞测序	NA	基因序列数据	66例FCD/HME患者的大脑组织
111	2024-08-09	20 Years of Secretagogin: Exocytosis and Beyond 2019, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2019.00029 PMID:30853888	综述	本文综述了钙结合蛋白Secretagogin在过去20年的研究进展及其在细胞信号传导中的作用	利用现代蛋白质组学技术，发现了大量Secretagogin的实际和潜在相互作用蛋白，揭示了其在神经细胞发育和成熟中的复杂作用	NA	回顾Secretagogin的最新发现，揭示其在细胞信号传导中的重要作用	钙结合蛋白Secretagogin及其相互作用蛋白	NA	NA	蛋白质组学	NA	蛋白质	NA
112	2024-08-09	Corrigendum: A Single-Cell Sequencing Guide for Immunologists 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.00278 PMID:30863399	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
113	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Oligodendrocyte Lineage Cells from the Mouse Central Nervous System 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9072-6_1 PMID:30820890	研究论文	本文介绍了使用单细胞RNA测序技术研究小鼠中枢神经系统中少突胶质细胞谱系细胞异质性的方法	利用单细胞RNA测序技术揭示复杂组织中不同细胞状态/群体	NA	探索小鼠中枢神经系统中少突胶质细胞谱系细胞的异质性	小鼠中枢神经系统中的少突胶质细胞谱系细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
114	2024-08-09	Expression Cloning of Antibodies from Single Human B Cells 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9151-8_5 PMID:30779032	研究论文	本文描述了一种从单个人类B细胞中克隆抗体的策略	该方法允许在单细胞水平上无偏差地表征人类抗体谱，通过从单个原代人类B细胞生成重组单克隆抗体	NA	研究B细胞受体在淋巴瘤发展或生存中的作用	人类B细胞的抗体反应性	NA	淋巴瘤	RT-PCR	NA	Ig转录本	单个人类B细胞
115	2024-08-09	Studying Cancer Heterogeneity by Single-Cell RNA Sequencing 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9151-8_14 PMID:30779041	研究论文	本文介绍了一种名为mcSCRB-seq的高灵敏度和强大的基于平板单细胞RNA测序方法，用于研究癌症细胞的转录组数据	mcSCRB-seq方法具有高灵敏度、简便的工作流程、低单细胞成本且无需特殊设备	该方法在临床样本中的应用仍然具有挑战性	通过单细胞RNA测序技术研究癌症异质性	癌症细胞的基因表达变异	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
116	2024-08-09	Quality Control of Single-Cell RNA-seq 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_1 PMID:30758816	研究论文	本文介绍了一种结合基因表达模式和数据质量来检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）样本中技术伪影的协议	本文提出了一种新的方法来整合基因表达模式和数据质量，以检测scRNA-seq样本中的技术伪影	NA	旨在解决scRNA-seq技术中技术噪声与生物变异性的分离问题	单细胞RNA测序样本中的技术伪影	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
117	2024-08-09	Normalization for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_2 PMID:30758817	研究论文	本文描述了一种针对单细胞RNA测序数据的稳健归一化方法SCnorm	提出了SCnorm方法，并提供了诊断功能以可视化归一化性能	NA	开发和评估单细胞RNA测序数据的归一化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
118	2024-08-09	Analysis of Technical and Biological Variability in Single-Cell RNA Sequencing 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_3 PMID:30758818	研究论文	本文描述了一种计算流程，用于检测在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中表现出高于技术噪声预期的高变异基因	提出了一个使用scater和scran R/Bioconductor包的计算流程，用于检测和分析单细胞数据中的高变异基因	NA	旨在解决单细胞RNA测序中的技术变异性问题，以正确分析单细胞数据	单细胞RNA测序中的高变异基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括来自小鼠胚胎干细胞和齿状回细胞的样本
119	2024-08-09	Identification of Cell Types from Single-Cell Transcriptomic Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_4 PMID:30758819	研究论文	本文介绍了利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型识别的方法和技术	本文提出了一个生物信息学流程，为进入该领域的研究人员提供了一个逐步指导的示例	随着数据集的大小和复杂性不断增加，计算挑战也随之增多，需要分析方法具有可扩展性、灵活性和鲁棒性	利用scRNA-seq测量数据识别复杂组织中形成的细胞类型	单细胞转录组测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
120	2024-08-09	scMCA: A Tool to Define Mouse Cell Types Based on Single-Cell Digital Expression 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_6 PMID:30758821	研究论文	本文构建了一个基于scRNA-seq数据集的“单细胞小鼠细胞图谱（scMCA）分析”流程，用于定义小鼠细胞类型。	提出了基于scRNA-seq数据集的scMCA工具，用于更精确地匹配单细胞数字表达与其最接近的细胞类型。	NA	开发一种新的工具来定义小鼠细胞类型。	小鼠细胞类型。	单细胞测序	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	覆盖所有小鼠细胞类型的数据集