单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	Alternative polyadenylation of single cells delineates cell types and serves as a prognostic marker in early stage breast cancer 2019, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0217196 PMID:31100099	研究论文	本研究探讨了单个癌细胞和肿瘤微环境细胞中的选择性多聚腺苷酸化（APA）现象，并分析了其在不同细胞类型中的生理意义及其作为早期乳腺癌预后标志物的潜力	首次在单细胞水平上研究了APA模式，并发现其在不同细胞类型中的差异表达，特别是在乳腺癌中的免疫特异性APA特征	研究样本量相对较小，仅包括11名乳腺癌患者和3名胶质母细胞瘤及1名肾细胞癌患者	理解APA在不同细胞类型中的生理意义，并探索其作为早期乳腺癌预后标志物的可能性	单个癌细胞和肿瘤微环境细胞中的APA现象	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	515个单细胞样本来自11名乳腺癌患者，以及来自3名胶质母细胞瘤和1名肾细胞癌患者的scRNA-seq数据
82	2024-08-09	Investigating Cell Fate Decisions with ICGS Analysis of Single Cells 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9224-9_12 PMID:31062314	研究论文	本文探讨了使用迭代聚类和指导基因选择（ICGS）分析方法来定义单细胞RNA-Seq数据中多样化的干细胞和多能前体细胞群体的异质性	介绍了ICGS工具，该工具能够揭示新的承诺、过渡和亚稳态前体细胞状态	NA	探索新的分析工具在单细胞转录组分析中的应用，以深入了解细胞状态的调控生物学	干细胞和多能前体细胞的异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	ICGS	RNA-Seq数据	涉及造血和胚胎肾前体细胞数据集
83	2024-08-09	Lineage Inference and Stem Cell Identity Prediction Using Single-Cell RNA-Sequencing Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9224-9_13 PMID:31062315	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA测序数据进行谱系推断和干细胞身份预测的先进分析流程	开发了适用于多种生物过程的谱系树构建和干细胞身份预测方法	NA	解决单细胞RNA测序数据分析中的技术挑战，开发稳健的统计和计算方法	单细胞RNA测序数据中的罕见细胞类型发现、细胞异质性表征、干细胞识别和谱系树构建	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
84	2024-08-09	Epigenetic Regulation of IL-17-Induced Chemokines in Lung Epithelial Cells 2019, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/2019/9050965 PMID:31080358	research paper	研究探讨了IL-17通过表观遗传机制在肺上皮细胞中诱导CXCR2配体产生的机制	首次展示了IL-17诱导的CXCR2配体产生依赖于组蛋白乙酰化，特别是通过抑制HDAC5，并且这一过程严格依赖于BET家族	NA	揭示IL-17在肺上皮细胞中通过表观遗传调控CXCR2配体产生的机制	人原代支气管上皮细胞和永生化的人及小鼠上皮细胞系	digital pathology	lung disease	single-cell RNA-seq	NA	RNA	涉及人原代支气管上皮细胞和永生化的人及小鼠上皮细胞系
85	2024-08-09	High-Order Correlation Integration for Single-Cell or Bulk RNA-seq Data Analysis 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00371 PMID:31080457	研究论文	本文提出了一种名为HCI的高阶相关性集成框架，用于单细胞或批量RNA-seq数据分析，通过高阶相关矩阵与模式融合分析（PFA）实现高维数据特征提取	HCI利用高阶Pearson相关系数突出噪声输入数据集下的潜在模式，提高样本聚类的准确性和鲁棒性；PFA能从不同输入矩阵中有效识别内在样本模式	NA	提高样本类型量化或标记的质量，理解复杂疾病的关键步骤	单细胞和批量RNA-seq数据	生物信息学	结直肠癌	RNA-seq	高阶相关矩阵	RNA-seq数据	四组单细胞RNA-seq数据集，TCGA和GEO数据集
86	2024-08-09	Insights from deconvolution of cell subtype proportions enhance the interpretation of functional genomic data 2019, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0215987 PMID:31022271	研究论文	本文展示了如何从功能基因组数据中提取细胞亚型比例信息，以深入理解与表型相关的细胞变化	本文开发了新的工具来分析混合细胞样本，并展示了细胞亚型比例变化对功能基因组特性的疾病特异性贡献	本文主要集中在人类血液和老鼠肾脏两种混合细胞群体，其他组织的参考数据集不足	研究细胞亚型比例变化对功能基因组特性的影响	人类血液和老鼠肾脏的混合细胞群体	功能基因组学	哮喘和系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及两种疾病（哮喘和系统性红斑狼疮）和两种敲除小鼠模型
87	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00317 PMID:31024627	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其相关计算数据分析方法	介绍了多种scRNA-seq协议及其独特的特点，以及针对scRNA-seq数据分析的新算法需求	scRNA-seq数据比批量RNA-seq数据更嘈杂和复杂，需要更精确和可重复的分析方法	探讨scRNA-seq技术的当前发展及其在数据分析中的应用	单细胞RNA测序技术和相关数据分析方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
88	2024-08-09	Setting Up a Single-Cell Genomic Laboratory 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_1 PMID:31028628	research paper	本文介绍了如何建立一个适合单细胞基因组学研究的实验室环境	本文提供了关于如何设置适合单细胞RNA测序的实验室环境的建议	NA	旨在指导建立适合单细胞RNA测序的实验室环境	单细胞RNA测序的实验室环境设置	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	NA
89	2024-08-09	Tissue Handling and Dissociation for Single-Cell RNA-Seq 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_2 PMID:31028629	研究论文	本文描述了从淋巴组织和非淋巴组织中分离人免疫细胞的组织解离协议，这些细胞随后用于单细胞方法的输入	NA	NA	探讨影响单细胞数据最终质量的主要因素，特别是可能影响其解释的压力信号	人免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
90	2024-08-09	Full-Length Single-Cell RNA Sequencing with Smart-seq2 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_3 PMID:31028630	研究论文	本文介绍了如何使用Smart-seq2技术进行全长单细胞RNA测序，并提供了生成高质量数据的方法和解决方案	Smart-seq2被认为是全长转录本表征的“黄金标准”，因其高灵敏度、精确度、较低成本、可扩展性以及易于在自动化平台上设置	NA	探讨单细胞RNA测序技术在转录水平上研究细胞异质性的应用	单细胞RNA测序技术及其在细胞类型鉴定和基因表达随机性分析中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
91	2024-08-09	CEL-Seq2-Single-Cell RNA Sequencing by Multiplexed Linear Amplification 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_4 PMID:31028631	研究论文	本文描述了使用CEL-Seq2方法进行单细胞RNA测序的协议	CEL-Seq2是首个使用线性RNA扩增的方法，具有灵敏度高、成本效益好且操作简便的特点	NA	介绍和优化单细胞RNA测序技术	单细胞RNA测序	基因组学	NA	CEL-Seq2	NA	RNA序列	排序的细胞
92	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq by Multiple Annealing and Tailing-Based Quantitative Single-Cell RNA-Seq (MATQ-Seq) 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_5 PMID:31028632	研究论文	本文介绍了一种名为MATQ-Seq的单细胞RNA测序技术，该技术基于多次退火和dC尾部的单细胞RNA测序，具有约90%的捕获效率，并能检测非多聚腺苷酸化的转录本。	MATQ-Seq技术提高了单细胞RNA测序的准确性和敏感性，并能检测非多聚腺苷酸化的转录本。	NA	开发和评估一种新的单细胞RNA测序技术，以提高转录组细微异质性的检测能力。	单细胞RNA测序技术及其在生物过程中的应用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
93	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing with Drop-Seq 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_6 PMID:31028633	研究论文	本文介绍了一种名为Drop-Seq的低成本、高通量平台，用于通过将细胞封装到单个液滴中来分析数千个细胞的转录组	Drop-Seq技术通过微流控设备将带有独特条形码的mRNA捕获微粒与细胞共同限制在液滴中，实现了单细胞转录组的高通量分析	NA	开发一种新的单细胞RNA测序技术	单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个单细胞
94	2024-08-09	Single-Cell Tagged Reverse Transcription (STRT-Seq) 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_9 PMID:31028636	研究论文	本文描述了基于微流控技术的单细胞标记反转录测序（STRT-C1）方法及其步骤	STRT-C1方法允许在单细胞水平上进行准确的、敏感的分子计数	NA	介绍和详细说明STRT-C1方法	单细胞RNA测序	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	96个细胞
95	2024-08-09	Seq-Well: A Sample-Efficient, Portable Picowell Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA Sequencing 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_8 PMID:31028635	研究论文	Seq-Well是一种低成本的微型井平台，可用于同时分析来自不同临床样本的数千个细胞的转录组	Seq-Well通过独特的条形码mRNA捕获珠和细胞共同限制在微型井中，使用半透膜密封，实现高效的细胞裂解和mRNA捕获	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序平台	单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	数千个细胞
96	2024-08-09	Targeted TCR Amplification from Single-Cell cDNA Libraries 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_13 PMID:31028640	研究论文	本文描述了一种从单细胞全长cDNA文库中针对TCR CDR3区域进行靶向扩增的敏感协议	利用RNase H依赖的PCR（rhPCR）的特异性，实现TCR等位基因的扩增和细胞条形码的添加在一个PCR步骤中完成	NA	开发一种新的方法来确定T细胞的特异性	TCR CDR3区域	基因组学	NA	RNase H依赖的PCR（rhPCR）	NA	cDNA	单细胞
97	2024-08-09	Simultaneous Profiling of mRNA Transcriptome and DNA Methylome from a Single Cell 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_21 PMID:31028648	研究论文	本文介绍了一种名为scMT-seq的新方法，能够从单个细胞中同时分析DNA甲基化和RNA转录组	scMT-seq方法能够从单个细胞中同时测量DNA甲基化和RNA转录水平，这在技术上是一个重大突破	NA	揭示单个细胞中DNA甲基化和转录水平之间的调控关系	单个细胞中的DNA甲基化和RNA转录组	数字病理学	NA	scMT-seq	NA	DNA甲基化和RNA转录数据	从单个细胞中测量了0.5-1百万个CpG位点的DNA甲基化状态和10,000个基因的mRNA水平
98	2024-08-09	Differential Expression Analysis in Single-Cell Transcriptomics 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_25 PMID:31028652	研究论文	本文探讨了在单细胞转录组学中使用edgeR工具进行差异表达分析的方法	比较了不同工具在单细胞数据差异表达分析中的表现，发现edgeR与准似然F检验（QLF）优于其他方法	NA	研究单细胞转录组数据中差异表达分析的方法	单细胞转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	两组或多组单细胞样本
99	2024-08-09	A Bioinformatic Toolkit for Single-Cell mRNA Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_26 PMID:31028653	研究论文	本文介绍了一个用于单细胞mRNA分析的生物信息学工具包，涵盖了从实验设计到数据处理的各个步骤	本文提供了一个通用的分析流程概述，并介绍了一系列现有的工具	NA	介绍和评估用于单细胞RNA-Seq分析的计算工具	单细胞RNA-Seq数据分析的各个步骤	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	多达一百万个单细胞
100	2024-08-09	Stem Cells Heterogeneity 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-030-11096-3_1 PMID:31016591	review	本书概述了不同器官在生理和病理条件下干细胞亚型的知识，并讨论了干细胞异质性的可能起源和后果	结合荧光和共聚焦显微镜与遗传先进技术，如命运谱系追踪和单细胞RNA测序，显著推进了对干细胞亚群在健康和疾病中多种新功能的发现	对干细胞的复杂性和动态性的理解仍然有限	深入了解干细胞异质性对组织稳态和疾病的影响	不同器官中的干细胞亚型及其在生理和病理条件下的功能	NA	NA	荧光显微镜、共聚焦显微镜、命运谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	NA	超过30个章节