单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 172 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of iPSC-Dopamine Neurons Reconstructs Disease Progression and Identifies HDAC4 as a Regulator of Parkinson Cell Phenotypes
2019-01-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.10.023
PMID:30503143
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析技术，研究了携带GBA-N370S突变的iPSC衍生的多巴胺神经元，揭示了疾病进展的基因表达变化轴，并发现HDAC4作为疾病进展的上游调控因子 | 首次揭示HDAC4在帕金森病细胞表型中的调控作用，并验证了HDAC4调节化合物对疾病相关细胞表型的纠正作用 | NA | 探索帕金森病的疾病机制并寻找治疗靶点 | iPSC衍生的多巴胺神经元 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22 | 2024-08-07 |
Analysis of Single-Cell Gene Pair Coexpression Landscapes by Stochastic Kinetic Modeling Reveals Gene-Pair Interactions in Development
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01387
PMID:32082359
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研究论文 | 本文介绍了一种基于随机基因表达和相互作用动力学生物物理模型的单细胞基因对共表达模式分析方法 | 开发了一种高通量计算方法来模拟基因对共表达景观，并构建了一个低维的“形状空间”来描述不同的共表达模式类型 | 将随机基因网络模型与单细胞数据整合仍然具有挑战性 | 揭示基因对在胚胎发育过程中的复杂共表达动态 | 单细胞基因对共表达模式及其在胚胎发育中的动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机数学模型 | 基因表达数据 | 数万个基因-基因相互作用模型 |
| 23 | 2024-08-07 |
Single-cell landscape in mammary epithelium reveals bipotent-like cells associated with breast cancer risk and outcome
2019, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-019-0554-8
PMID:31428694
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研究论文 | 本研究利用无标记算法分析单细胞RNA测序数据，揭示了与乳腺癌风险和预后相关的高潜能细胞状态 | 本研究首次应用无标记算法在单细胞RNA测序数据中识别出一种新的双潜能干细胞样状态，并验证了其在乳腺癌中的临床相关性 | 由于单细胞RNA测序数据的高丢失率，无偏见地识别成人干细胞具有挑战性 | 揭示乳腺上皮中的双潜能干细胞样细胞与乳腺癌风险和预后的关系 | 人类乳腺上皮细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 无标记算法 | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 24 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-sequencing analysis of estrogen- and endocrine-disrupting chemical-induced reorganization of mouse mammary gland
2019, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-019-0618-9
PMID:31701034
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研究论文 | 本研究使用手术绝经（卵巢切除）小鼠模型，分析了17β-雌二醇（E2）和多溴联苯醚（PBDEs）对乳腺组织的影响，并通过单细胞RNA测序（scRNAseq）揭示了E2和PBDEs对乳腺细胞基因表达的调控作用 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了E2和PBDEs对乳腺细胞基因表达的调控作用，并发现了PBDEs促进E2-AREG-EGFR-M2巨噬细胞途径 | NA | 探究绝经后雌激素和内分泌干扰化学物质对小鼠乳腺组织的重组影响 | 小鼠乳腺组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | RNA | 手术绝经（卵巢切除）小鼠模型 |
| 25 | 2024-08-07 |
Single T Cell Sequencing Demonstrates the Functional Role of αβ TCR Pairing in Cell Lineage and Antigen Specificity
2019, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2019.01516
PMID:31417541
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研究论文 | 研究通过单细胞测序分析了近10万个独特的CD4和CD8 T细胞的配对TCR序列，探讨了αβ配对在T细胞谱系和抗原特异性中的功能作用 | 首次在谱系水平上分析了αβ TCR配对对T细胞功能的影响，并利用信息论和机器学习工具展示了αβ配对在TCR-MHC相互作用中的协同作用 | NA | 探讨αβ TCR配对在T细胞谱系和抗原特异性中的功能作用 | 近10万个独特的CD4和CD8 T细胞的配对TCR序列 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | 机器学习 | 序列数据 | 近10万个独特的CD4和CD8 T细胞 |
| 26 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing of Visceral Adipose Tissue Leukocytes Reveals that Caloric Restriction Following Obesity Promotes the Accumulation of a Distinct Macrophage Population with Features of Phagocytic Cells
2019, Immunometabolism
DOI:10.20900/immunometab20190008
PMID:31396408
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析内脏脂肪组织中的白细胞，探讨肥胖后热量限制对特定巨噬细胞亚群积累的影响 | 首次揭示了肥胖后热量限制促进具有吞噬细胞特征的特定巨噬细胞亚群的积累 | 研究仅限于短期2周的热量限制效果，长期影响需进一步研究 | 探究肥胖及随后热量限制对内脏脂肪组织中白细胞亚群的影响 | 内脏脂肪组织中的白细胞，特别是巨噬细胞 | 数字病理学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及15种白细胞亚群的转录变化 |
| 27 | 2024-08-07 |
CRISPR Screening in Single Cells
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_23
PMID:31028650
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研究论文 | 本文描述了在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的当前协议 | 结合单细胞RNA测序和CRISPR技术，可以高效地研究任意数量的基因 | 研究受限于测序能力 | 探索在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的方法 | 单细胞中的基因 | 基因编辑 | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 任意数量的基因，受限于测序能力 |
| 28 | 2024-08-07 |
IL22 Inhibits Epithelial Stem Cell Expansion in an Ileal Organoid Model
2019, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2018.06.008
PMID:30364840
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研究论文 | 本文研究了白细胞介素22（IL22）在回肠类器官模型中对上皮干细胞扩张的影响。 | 首次探讨了IL22对肠道干细胞（ISCs）及其介导的组织修复的影响。 | 研究主要基于小鼠回肠类器官模型，可能与人类疾病存在差异。 | 探讨IL22在克罗恩病中对肠道干细胞的影响及其机制。 | 回肠类器官、肠道干细胞（ISCs）和过渡放大（TA）前体细胞。 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 定量逆转录聚合酶链反应、免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 类器官、单细胞 | 使用小鼠回肠类器官和IL22转基因小鼠进行实验。 |
| 29 | 2024-08-08 |
Scavenger: A pipeline for recovery of unaligned reads utilising similarity with aligned reads
2019, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.19426.2
PMID:32913631
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Scavenger的生物信息学管道，用于利用对齐读取与未对齐读取之间的序列相似性来恢复未对齐的读取 | Scavenger采用了一种新颖的机制，通过序列相似性发现潜在的对齐位置来恢复未对齐的读取 | 尽管恢复的读取数量相对于总读取数量较少，但这些恢复的读取对下游分析（尤其是低表达基因的表达和差异表达估计）有影响 | 解决RNA-seq分析中的假阴性非对齐问题，提高对齐工具的映射敏感性 | 模拟和真实RNA-seq数据集，包括单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 序列数据 | 包括模拟和真实的RNA-seq数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 30 | 2024-08-09 |
Prediction of cell position using single-cell transcriptomic data: an iterative procedure
2019, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.20715.2
PMID:32399185
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研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞转录组数据预测细胞位置的迭代方法 | 通过结合单细胞转录组数据和基因参考图谱，提出了一种迭代方法来预测单个细胞的位置并重建数千个基因的空间表达谱 | NA | 开发新的算法以预测细胞位置和重建基因的空间表达谱 | 单细胞转录组数据和基因参考图谱 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 迭代方法 | 转录组数据 | 小部分基因的参考图谱 |
| 31 | 2024-08-09 |
A new view of the mammary epithelial hierarchy and its implications for breast cancer initiation and metastasis
2019, Journal of cancer metastasis and treatment
IF:1.4Q4
DOI:10.20517/2394-4722.2019.24
PMID:32395618
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，对乳腺上皮细胞的分化层次进行了深入研究，揭示了乳腺上皮细胞层次的新模型及其对乳腺癌发生和转移的影响 | 利用单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺上皮细胞层次的新模型，打破了传统上对干细胞、祖细胞和分化细胞之间严格界限的认识 | NA | 研究乳腺上皮细胞的分化层次及其对乳腺癌发生和转移的影响 | 乳腺上皮干细胞及其下游祖细胞的分化层次 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 32 | 2024-08-09 |
Corrigendum: Digitaldlsorter: Deep-Learning on scRNA-Seq to Deconvolute Gene Expression Data
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01373
PMID:32117421
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-09 |
Reproducibility of Methods to Detect Differentially Expressed Genes from Single-Cell RNA Sequencing
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01331
PMID:32010190
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研究论文 | 本研究评估了9种用于单细胞RNA测序数据差异表达基因检测工具的可重复性 | 本研究首次系统比较了专为单细胞RNA测序数据设计的工具与传统批量细胞RNA测序方法在单细胞数据上的表现 | 研究仅使用了三种真实数据集和一种模拟数据集进行比较，可能无法全面反映所有情况下的表现 | 评估不同方法在单细胞RNA测序数据中检测差异表达基因的可重复性 | 9种差异表达分析工具在单细胞RNA测序数据中的表现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三种真实数据集和一种模拟数据集 |
| 34 | 2024-08-09 |
Species-Specific miRNAs in Human Brain Development and Disease
2019, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2019.00559
PMID:31920559
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综述 | 本文综述了物种特异性miRNA在人类大脑发育和疾病中的调控作用及其对人类大脑特征演变和神经系统疾病的贡献 | 探讨了miRNA表达的分化在塑造物种间基因表达差异中的重要作用，并介绍了单细胞测序方法在解析发育过渡期miRNA-mRNA相互作用中的应用 | NA | 阐明物种特异性miRNA调控机制，为神经疾病开发新型、全面和有效的治疗方法 | 人类大脑发育和神经系统疾病 | NA | 神经精神疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 35 | 2024-08-09 |
Revealing Dynamic Mechanisms of Cell Fate Decisions From Single-Cell Transcriptomic Data
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01280
PMID:31921315
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研究论文 | 开发了一种名为Topographer的新方法，用于从单细胞转录组数据构建定量的Waddington景观，揭示细胞命运决策的动态机制 | Topographer方法能够识别复杂的细胞状态转换轨迹，并估计由命运和转换概率表征的复杂细胞类型动态 | NA | 揭示细胞命运决策的动态机制 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及人类初级肌细胞的单细胞RNA-seq数据 |
| 36 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of the Cardiovascular System: New Looks for Old Diseases
2019, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2019.00173
PMID:31921894
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心血管系统研究中的应用，探讨了其在揭示细胞亚群和转录变异方面的潜力 | scRNA-seq技术揭示了新的细胞亚群和转录变异，为心血管疾病的基础科学研究提供了新的见解 | NA | 探讨scRNA-seq在心血管系统研究中的应用及其对理解心血管系统和病理的潜在价值 | 心血管系统中的细胞亚群和转录变异 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA表达数据 | NA |
| 37 | 2024-08-09 |
Identifying Common Genes, Cell Types and Brain Regions Between Diseases of the Nervous System
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01202
PMID:31850066
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研究论文 | 本研究通过回顾518篇关于20种神经系统疾病的文献，构建了包含1607个突变和365个基因的数据集，分析了疾病间的遗传相似性和细胞类型相似性。 | 首次构建了迄今为止最全面的与20种神经系统疾病相关的基因突变数据集，并发现疾病间的遗传和细胞类型相似性与表型相似性显著相关。 | 疾病相关基因在脑区富集谱的距离与表型相似性无显著相关性。 | 探索神经系统疾病间的共同基因、细胞类型和脑区，以设计共同治疗方案。 | 20种神经系统疾病及其相关基因、细胞类型和脑区。 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 1607个突变，365个基因，25种细胞类型，10个脑区 |
| 38 | 2024-08-09 |
Differential cell-type-expression of CYFIP1 and CYFIP2 in the adult mouse hippocampus
2019, Animal cells and systems
IF:2.5Q1
DOI:10.1080/19768354.2019.1696406
PMID:31853374
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研究论文 | 本研究通过分析小鼠大脑单细胞RNA测序数据库和荧光免疫组织化学技术，探讨了CYFIP1和CYFIP2在成年小鼠海马体中的细胞类型特异性表达 | 发现了CYFIP1和CYFIP2在小鼠大脑中具有不同的细胞类型特异性表达模式，这一发现为理解与这些基因相关的大脑疾病的病理生理学和潜在治疗方法提供了新的见解 | NA | 探讨CYFIP1和CYFIP2在小鼠大脑中的细胞类型特异性表达及其在脑疾病中的作用 | CYFIP1和CYFIP2基因在小鼠海马体中的表达模式 | 分子遗传学 | 脑疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNAseq), 荧光免疫组织化学 | NA | RNA | 成年小鼠海马体样本 |
| 39 | 2024-08-09 |
Siglecs, Novel Immunotherapy Targets, Potentially Enhance The Effectiveness of Existing Immune Checkpoint Inhibitors in Glioma Immunotherapy
2019, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S223406
PMID:31819511
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研究论文 | 本文研究了Siglec家族成员在胶质瘤免疫抑制中的作用，并探讨了它们与现有免疫检查点抑制剂联合使用的可能性 | 首次揭示了Siglec-5、-7、-9和-16在胶质瘤中的免疫抑制作用，并提出了与免疫检查点抑制剂联合使用的新策略 | NA | 研究Siglec家族成员在胶质瘤免疫治疗中的作用 | Siglec家族成员及其在胶质瘤免疫抑制中的作用 | NA | 胶质瘤 | 单细胞测序分析 | NA | 转录组数据 | 1024个胶质瘤样本和1551个胶质瘤单细胞 |
| 40 | 2024-08-09 |
HeLa-CCL2 cell heterogeneity studied by single-cell DNA and RNA sequencing
2019, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0225466
PMID:31790455
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研究论文 | 本研究使用单细胞DNA和RNA测序技术研究HeLa-CCL2细胞的异质性 | 首次在单细胞水平上研究HeLa-CCL2细胞的拷贝数变异和转录组异质性，并分析了基因组与转录组在单细胞水平上的关系 | 单细胞测序技术在研究异质性细胞时需要更谨慎和严格的数据分析 | 探讨HeLa-CCL2细胞在单细胞水平上的基因组和转录组异质性 | HeLa-CCL2细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞DNA和RNA测序 | NA | DNA和RNA数据 | 多个HeLa-CCL2细胞 |