单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 172 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-09-02 |
Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics
2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:30963075
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研究论文 | 本文评估了一种简单的变分自编码器（VAE）方法Tybalt在模拟单细胞RNA测序数据上的性能 | 发现深度神经网络在某些参数配置下，当数据集包含更多观测值时可能会遇到困难，并且Tybalt模型在参数调优后优于其他流行的降维方法 | 方法对参数调优高度敏感，未调优时的性能可能非常差 | 评估和比较不同降维方法在单细胞RNA测序数据上的性能 | 模拟的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 基因表达数据 | 数千到数十万甚至上百万个细胞 |
| 2 | 2024-08-07 |
More than one antibody of individual B cells revealed by single-cell immune profiling
2019, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-019-0137-3
PMID:31839985
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研究论文 | 本研究通过单细胞免疫图谱技术，揭示了个体B细胞中存在多种抗体的可能性 | 发现了单个B细胞中存在多种Ig特异性的现象，挑战了传统的“一个细胞一个抗体”规则和CSR机制 | NA | 验证和定义单细胞转录组水平上的经典免疫学概念 | B细胞及其产生的抗体 | 免疫学 | NA | Chromium单细胞免疫图谱技术和Sanger测序 | NA | 转录组 | 数百至数千个单个B细胞 |
| 3 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis of CD8 + T-cell memory inflation
2019, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.15115.1
PMID:31448339
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研究论文 | 本研究分析了持久病毒引起的CD8 T细胞记忆膨胀的转录组特征 | 定义了不同部位记忆膨胀的转录机制，并提供了T细胞记忆的转录图谱 | 未提及具体的局限性 | 探讨持久病毒和疫苗诱导的CD8 T细胞记忆膨胀的转录机制 | MCMV感染小鼠中的病毒特异性CD8 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自MCMV感染小鼠的特定T细胞群体 |
| 4 | 2024-08-05 |
Benchmark and Parameter Sensitivity Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Clustering Methods
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01253
PMID:31921297
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研究论文 | 本文提供了对单细胞RNA测序聚类方法的基准测试和参数敏感性分析 | 探讨了用户选择的参数设置对模型性能的显著影响，并提供了不同使用模式和数据集特点下方法的评估 | 尚未进行大规模研究以调查不同实验背景下选择的参数对结果的影响 | 旨在提供有关单细胞RNA测序聚类方法优缺点的新见解 | 研究不同聚类方法在多种使用模式和参数设置下的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | 真实和模拟数据集 | 多个数据集，具体样本量不详 |
| 5 | 2024-08-05 |
Pan-Cancer and Single-Cell Modeling of Genomic Alterations Through Gene Expression
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00671
PMID:31379928
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研究论文 | 本研究通过基因表达分析癌症中的基因组改变，提出了一种新的预测模型 | 提出基因聚合作为工具，以提高基因表达预测模型的准确性 | 未提及具体的样本规模和数据来源限制 | 研究基因表达与基因组变化之间的关系以及其在癌症预测中的应用 | 癌症类型中的单体突变和拷贝数变化 | 机器学习 | 癌症 | 基因表达分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA |
| 6 | 2024-08-05 |
Imaging Mass Cytometry and Single-Cell Genomics Reveal Differential Depletion and Repletion of B-Cell Populations Following Ofatumumab Treatment in Cynomolgus Monkeys
2019, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2019.01340
PMID:31281311
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研究论文 | 该研究关注了在猕猴中使用Ofatumumab治疗后淋巴细胞亚群的变化 | 本研究首次揭示了Ofatumumab对B细胞亚群的不同消耗和再补充过程 | 该研究仅在猕猴模型中进行，可能不完全适用于人类 | 旨在研究Ofatumumab治疗对淋巴细胞亚群的影响及其潜在生物标志物 | 研究对象为接受Ofatumumab治疗的猕猴 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 影像质谱细胞测定、流式细胞术、免疫组化、原位杂交、单细胞转录组分析 | NA | 血液样本、淋巴组织样本 | NA |
| 7 | 2024-08-05 |
Self-renewing resident cardiac macrophages limit adverse remodeling following myocardial infarction
2019-01, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-018-0272-2
PMID:30538339
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研究论文 | 本研究表明，常驻心脏巨噬细胞在心肌梗死后的不良重塑中起到重要作用 | 通过命运追踪、联合动物实验和单细胞转录组学展示心脏巨噬细胞自我更新与血单核细胞输入的关系 | 本研究未探讨其他类型巨噬细胞在心脏修复中的潜在角色 | 探讨心脏巨噬细胞在心肌梗死后的功能分化及其自我更新能力 | 研究对象为心脏的常驻巨噬细胞及其与血单核细胞的相互作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | Cx3cr1基础系统 | 细胞 | NA |
| 8 | 2024-08-05 |
The Emergence and Functional Fitness of Memory CD4+ T Cells Require the Transcription Factor Thpok
2019-01-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.12.019
PMID:30638736
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子Thpok在记忆CD4 T细胞产生中的作用 | 首次揭示了转录因子Thpok对记忆CD4 T细胞生成和功能适应性的关键作用 | 未详细探讨Thpok在不同免疫环境中的作用 | 研究记忆CD4 T细胞的产生机制及其功能 | 病毒特异性的CD4 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
Infectious Disease Risk in Dialysis Patients: A Transdisciplinary Approach
2019, Canadian journal of kidney health and disease
IF:1.6Q3
DOI:10.1177/2054358119839080
PMID:31065378
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评论 | 本文探讨了感染性疾病在终末期肾病患者中的风险以及其与单基因病因之间的关系 | 结合全外显子测序和新技术，研究不同单基因原因的慢性肾病/终末期肾病的分子机制 | 这并不是文献的系统综述，观点受到作者个人看法的影响 | 深入了解感染过程与终末期肾病之间的相互作用，帮助开发靶向治疗策略 | 重点研究单基因病因引起的终末期肾病患者的感染性并发症 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 全外显子测序（WES）、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 文献综述 | NA |
| 10 | 2024-08-05 |
scRNA-Seq reveals distinct stem cell populations that drive hair cell regeneration after loss of Fgf and Notch signaling
2019-01-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.44431
PMID:30681411
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研究论文 | 该文章通过scRNA-Seq研究支持细胞如何驱动毛细胞再生 | 揭示了五种不同的支持细胞类型及其在毛细胞分化中的基因调控网络 | 缺乏对哺乳动物毛细胞再生过程中的具体因素的详细探讨 | 研究支持细胞向毛细胞分化的机制 | 斑马鱼的毛细胞及其支持细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-05 |
Dermal Condensate Niche Fate Specification Occurs Prior to Formation and Is Placode Progenitor Dependent
2019-01-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.034
PMID:30595537
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研究论文 | 本文揭示了皮肤凝聚物前体的命运规范在形成之前发生，并且依赖于皮肤板的前体 | 研究确定了皮肤凝聚物的未聚集前体及其分子时序，为皮肤发育提供了新的见解 | 对细胞命运转变具体时序的理解仍然不够全面，可能需要进一步研究y | 研究皮肤凝聚物前体的命运规范及其发育轨迹 | 本文研究了皮肤凝聚物前体及其在发育过程中的角色 | 数字病理学 | NA | 3D和4D显微镜观察，单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-05 |
Single-Cell Analysis Reveals a Hair Follicle Dermal Niche Molecular Differentiation Trajectory that Begins Prior to Morphogenesis
2019-01-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.032
PMID:30595533
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研究论文 | 本文描述了在毛囊发育和再生过程中，毛囊真皮细胞的分子分化轨迹 | 文章通过单细胞RNA测序和体内方法揭示了毛囊真皮细胞在形态发生之前的转录状态序列 | 由于缺乏对没有组织学差异的细胞的定量分子区别的理解，分子和细胞事件的描绘仍然具有挑战性 | 研究毛囊发育过程中的细胞和分子事件 | 关注毛囊真皮凝聚体细胞的转录状态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 13 | 2024-08-05 |
Trans-ethnic association study of blood pressure determinants in over 750,000 individuals
2019-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-018-0303-9
PMID:30578418
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研究论文 | 本研究重新解释了影响血压的遗传结构，识别了血压稳态的基因、组织、表型和药物环境 | 在全基因组关联研究中发现了208个新的常见血压SNP和53个罕见变异 | NA | 识别影响血压的基因及其在不同组织中的表达 | 分析了来自776,078参与者的血压临床表型及其基因组信息 | 数字病理学 | NA | 全基因组关联研究 | NA | 基因组数据 | 776,078名参与者 |
| 14 | 2024-08-05 |
Neurog3-Independent Methylation Is the Earliest Detectable Mark Distinguishing Pancreatic Progenitor Identity
2019-01-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.048
PMID:30620902
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研究论文 | 本文展示了Neurog3独立的甲基化是区分胰腺祖细胞身份的最早可检测标志 | 通过单细胞RNA-seq和轨迹分析，揭示了Myt1与Neurog3的共表达在胰腺细胞命运选择中的作用 | 研究中甲基化状态的变化与能否定义的亚群体之间的关系尚不明确 | 探讨Neurog3细胞在胰腺发育中的细胞命运选择机制 | 胰腺内的Neurog3表达祖细胞及其甲基化状态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq，轨迹分析 | NA | RNA数据 | NA |
| 15 | 2024-08-05 |
Quantitative Clonal Analysis and Single-Cell Transcriptomics Reveal Division Kinetics, Hierarchy, and Fate of Oral Epithelial Progenitor Cells
2019-01-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.10.015
PMID:30472156
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研究论文 | 本文探讨了口腔上皮祖细胞的分裂动力学、层级和命运 | 通过定量克隆分析和单细胞转录组学，揭示了口腔上皮祖细胞的独特分裂特性和细胞组织模型 | 没有提供具体的临床数据支持研究结果 | 了解口腔上皮祖细胞在稳态和疾病中的角色 | 口腔上皮祖细胞（OEPCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA |
| 16 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder
2019-01-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07931-2
PMID:30674886
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研究论文 | 本文提出了一种深度计数自编码器网络用于单细胞RNA测序数据的去噪 | 引入了一种考虑计数分布、过度离散和稀疏性的深度计数自编码器网络，使用负二项噪声模型处理数据 | 本文未提及具体的局限性 | 开发一种可扩展的方法来对单细胞RNA测序数据进行去噪 | 单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 深度计数自编码器 | RNA测序数据 | 数百万个细胞的数据集 |
| 17 | 2024-08-05 |
Single-Cell Allele-Specific Gene Expression Analysis
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_11
PMID:30758826
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞等位基因表达分析的生物信息学框架SCALE | SCALE框架能够在考虑技术偏差等因素的情况下，估计全基因组的等位基因爆发动力学 | 没有提到具体的局限性 | 研究等位基因在单细胞RNA测序中的表达特征 | 小鼠胚泡单细胞数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Cell Type- and Sex-Dependent Transcriptome Profiles of Rat Anterior Pituitary Cells
2019, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2019.00623
PMID:31620083
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，分析了6800多个新鲜分散的前叶垂体细胞的转录组，识别并表征了六种特定的垂体细胞类型。 | 本文揭示了多种新的遗传标记，这些标记有助于垂体细胞类型的识别、性二态性和功能，并指出了激素产生细胞和滤泡星形细胞之间的关系。 | NA | 研究前叶垂体细胞的生理和病理机制。 | 前叶垂体细胞的转录组。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 6800多个前叶垂体细胞 |
| 19 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-Seq analysis identifies a putative epithelial stem cell population in human primary prostate cells in monolayer and organoid culture conditions
2019, American journal of clinical and experimental urology
IF:1.5Q3
PMID:31317052
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在单层和类器官培养条件下的人类原代前列腺上皮细胞中的细胞群体 | 首次在单层和类器官培养条件下识别出一种潜在的上皮干细胞群体，并验证了其在不同培养条件下的存在 | 研究仅限于从同一患者获取的样本，且样本数量有限 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别和比较单层和类器官培养条件下的人类原代前列腺上皮细胞中的细胞群体 | 人类原代前列腺上皮细胞在单层和类器官培养条件下的细胞群体 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 从同一患者获取的样本，以及来自5名额外患者的前列腺上皮样本 |
| 20 | 2024-08-07 |
A conditionally immortalized Gli1-positive kidney mesenchymal cell line models myofibroblast transition
2019-01-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00460.2018
PMID:30303712
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研究论文 | 本文通过遗传策略成功分离并培养了表达Gli1的肾间充质细胞系KGli1，该细胞系能够模拟肌成纤维细胞的转化过程 | 开发了一种新的条件性永生化Gli1阳性肾间充质细胞系，为研究健康和疾病中的间充质干细胞样前体细胞提供了新工具 | NA | 研究Gli1阳性肌成纤维细胞前体的激活机制 | Gli1阳性肾间充质细胞及其在肌成纤维细胞转化中的作用 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |