单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 49 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-09 |
Visualizing and Interpreting Single-Cell Gene Expression Datasets with Similarity Weighted Nonnegative Embedding
2018-12-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.10.015
PMID:30528274
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研究论文 | 本文介绍了一种名为相似性加权非负嵌入（SWNE）的新方法，用于可视化和解释单细胞基因表达数据集 | SWNE方法通过非负矩阵分解将基因表达矩阵分解为生物学相关因子，并在2D可视化中嵌入细胞、基因和因子，同时使用相似性矩阵平滑嵌入，从而增强了数据集的解释性 | NA | 开发一种新的方法来可视化和解释单细胞基因表达数据集，以更好地理解细胞类型和发育轨迹 | 单细胞基因表达数据集，特别是造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解 | 相似性加权非负嵌入（SWNE） | 基因表达数据 | 造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-09 |
Spatial Analysis of Single Fiber Cells of the Developing Ocular Lens Reveals Regulated Heterogeneity of Gene Expression
2018-Dec-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2018.11.024
PMID:30508719
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研究论文 | 研究了发育中的眼晶状体中单个纤维细胞的空间转录组学，揭示了基因表达的调控异质性 | 首次在单细胞水平上研究了17种已知晶体蛋白和77种非晶体蛋白基因在不同分化阶段的表达 | NA | 探究基因活性与眼晶状体纤维细胞形态之间的关系 | 眼晶状体中的单个纤维细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 来自三个不同分化状态/区域的单个纤维细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-09 |
Extensive cellular heterogeneity of X inactivation revealed by single-cell allele-specific expression in human fibroblasts
2018-12-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1806811115
PMID:30510006
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研究论文 | 本文通过结合深度单细胞RNA测序和全基因组测序，研究了人类成纤维细胞中X染色体失活（XCI）的单细胞分辨率下的等位基因特异性表达 | 本文开发了一种新方法来识别和排除细胞双联体，并发现了一种新的XCI细胞异质性，即“失活”细胞和“逃逸”细胞 | NA | 研究X染色体失活（XCI）在单细胞水平上的细胞异质性 | 人类成纤维细胞和淋巴母细胞单细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，全基因组测序 | NA | 基因表达数据 | 935个成纤维细胞和48个淋巴母细胞单细胞，来自五个女性个体 | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-09 |
Human Intestinal Organoids Maintain Self-Renewal Capacity and Cellular Diversity in Niche-Inspired Culture Condition
2018-12-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.11.016
PMID:30526881
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研究论文 | 本文研究了在特定培养条件下维持人类肠道类器官自我更新能力和细胞多样性的方法 | 通过结合胰岛素样生长因子1（IGF-1）和成纤维细胞生长因子2（FGF-2），提高了人类肠道干细胞的克隆能力和CRISPR基因编辑效率，并实现了长期培养多种肠道类器官 | NA | 探索维持人类肠道类器官细胞多样性和自我更新能力的培养条件 | 人类肠道类器官及其细胞多样性和自我更新能力 | NA | NA | CRISPR-基因编辑技术，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包括人类和小鼠的小肠类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-09 |
Single-cell mutation identification via phylogenetic inference
2018-12-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07627-7
PMID:30514897
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研究论文 | 本文开发了一种新的方法SCIΦ，通过利用细胞间的进化关系，在单个肿瘤细胞中进行突变检测，并估计这些细胞的肿瘤系统发育 | SCIΦ方法能够联合调用单个细胞中的突变并估计肿瘤系统发育，即使在高丢失率和缺失数据的情况下也能可靠地调用突变 | NA | 重建肿瘤进化是识别适当癌症治疗的关键方面 | 单个肿瘤细胞中的突变检测和肿瘤系统发育估计 | 数字病理学 | 乳腺癌，急性淋巴细胞白血病 | 单细胞测序 | Markov Chain Monte Carlo | 基因组数据 | 包括乳腺癌和急性淋巴细胞白血病的真实世界数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-09 |
Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing
2018-12-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07582-3
PMID:30514914
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）的三个不同亚群，并探讨了它们在肿瘤微环境中的空间分布和功能差异 | 首次通过单细胞RNA测序技术定义了乳腺癌相关成纤维细胞的三个不同亚群，并揭示了它们的不同起源和功能 | 研究主要基于遗传工程小鼠模型和实验模型，需要进一步在人类肿瘤中验证 | 揭示乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其在肿瘤微环境中的作用 | 乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其功能 | digital pathology | breast cancer | single-cell RNA sequencing | NA | RNA | 768个间充质细胞的转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq of Mouse Olfactory Bulb Reveals Cellular Heterogeneity and Activity-Dependent Molecular Census of Adult-Born Neurons
2018-12-04, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.034
PMID:30517858
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序和计算模型研究小鼠嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的活动依赖性分子普查 | 揭示了嗅球中不同神经元和非神经元细胞类型的转录异质性，并分析了成年新生中间神经元成熟过程中的分子变化 | NA | 研究嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的发育 | 小鼠嗅球中的神经元和非神经元细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-09 |
Deep generative modeling for single-cell transcriptomics
2018-12, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0229-2
PMID:30504886
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研究论文 | 介绍了一种用于单细胞转录组学的深度生成模型scVI，该模型利用随机优化和深度神经网络来整合相似细胞和基因的信息，并近似表达值的分布，同时考虑批次效应和有限敏感性 | 引入了单细胞变分推断（scVI）框架，这是一个可扩展的、用于单细胞基因表达概率表示和分析的工具 | NA | 开发一种能够处理单细胞转录组数据中技术噪声和偏差的模型 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-09 |
KDM5 Histone Demethylase Activity Links Cellular Transcriptomic Heterogeneity to Therapeutic Resistance
2018-12-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2018.10.014
PMID:30472020
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research paper | 本文研究了KDM5组蛋白去甲基化酶活性与细胞转录组异质性及治疗抵抗之间的关系 | 揭示了KDM5A/B通过调节雌激素受体信号和减少细胞转录组异质性来增加对雌激素拮抗剂的敏感性 | NA | 探讨KDM5组蛋白去甲基化酶在治疗抵抗中的作用机制 | KDM5A/B去甲基化酶活性及其与乳腺癌内分泌抵抗的关系 | digital pathology | breast cancer | single-cell RNA sequencing | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-09 |
A Population of Navigator Neurons Is Essential for Olfactory Map Formation during the Critical Period
2018-12-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2018.09.051
PMID:30482691
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研究论文 | 本文识别了一组在关键期内对嗅觉图形成至关重要的“导航”神经元，并探讨了其在嗅觉系统中的作用机制 | 首次发现并描述了“导航”神经元在嗅觉图形成中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了其独特的分子特征 | NA | 研究关键期内嗅觉图形成的神经机制 | 导航神经元及其在嗅觉图形成中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-09 |
Genome-wide CRISPR Screens in Primary Human T Cells Reveal Key Regulators of Immune Function
2018-12-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.10.024
PMID:30449619
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研究论文 | 本文开发了一种名为SLICE的新方法，用于在人类T细胞中进行全基因组CRISPR筛选，以识别免疫功能的关键调节因子 | SLICE方法结合了单导RNA（sgRNA）慢病毒感染和Cas9蛋白电穿孔，使得在初级人类细胞中进行大规模CRISPR筛选成为可能 | NA | 旨在通过CRISPR技术发现和表征初级细胞中的功能基因靶点，以优化药物开发和细胞疗法设计 | 人类T细胞 | 基因编辑 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 全基因组范围内的基因 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-09 |
Comparative Analysis and Refinement of Human PSC-Derived Kidney Organoid Differentiation with Single-Cell Transcriptomics
2018-12-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.10.010
PMID:30449713
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学比较分析了两种定向分化协议生成的人类多能干细胞衍生的肾脏类器官，并探讨了其与胎儿和成人肾脏细胞的相似性及改进方法。 | 通过抑制脑源性神经营养因子（BDNF）及其受体NTRK2的信号通路，显著减少了类器官中的神经元数量，同时不影响肾脏分化，从而改进了类器官的形成。 | 类器官衍生的细胞类型尚不成熟，且有10%-20%的细胞不属于肾脏细胞。 | 探讨人类多能干细胞衍生的肾脏类器官与成人肾脏的相似性，并寻找改进类器官分化的方法。 | 人类多能干细胞衍生的肾脏类器官、胎儿和成人肾脏细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 83,130个细胞来自65个类器官以及胎儿和成人肾脏细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-09 |
Tutorial: guidelines for the experimental design of single-cell RNA sequencing studies
2018-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-018-0073-y
PMID:30446749
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教程 | 本文为单细胞RNA测序研究提供了实验设计的指南 | 总结了当前的方法学和分析选项，并讨论了它们在不同研究场景中的适用性 | NA | 促进单细胞RNA测序实验设计中的决策过程 | 单细胞RNA测序实验设计 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-09 |
Immunomodulatory activity of lenvatinib contributes to antitumor activity in the Hepa1-6 hepatocellular carcinoma model
2018-Dec, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.13806
PMID:30447042
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研究论文 | 研究了lenvatinib（一种多靶点酪氨酸激酶抑制剂）及其与抗PD-1抗体联合使用在Hepa1-6小鼠肝细胞癌同基因模型中的抗肿瘤和免疫调节活性 | 发现lenvatinib在免疫活性小鼠中的抗肿瘤活性比免疫缺陷小鼠更强，并且与抗PD-1抗体联合使用时能进一步提高肿瘤消退率和反应率 | 需要进一步的临床试验来验证lenvatinib与抗PD-1抗体联合治疗在晚期肝细胞癌中的效果 | 探讨lenvatinib及其与抗PD-1抗体联合使用在肝细胞癌治疗中的抗肿瘤和免疫调节活性 | Hepa1-6小鼠肝细胞癌同基因模型 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 免疫活性小鼠和免疫缺陷小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-09 |
Molecular Investigation of the Ciliate Spirostomum semivirescens, with First Transcriptome and New Geographical Records
2018-12, Protist
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.protis.2018.08.001
PMID:30447617
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研究论文 | 对纤毛虫Spirostomum semivirescens进行分子研究，首次生成其转录组并更新地理记录 | 首次对Spirostomum semivirescens进行分子研究，生成其转录组，并发现其可能处于重新分配TGA终止密码子的早期阶段 | NA | 研究Spirostomum semivirescens的分子特征及其与环境的关系 | 纤毛虫Spirostomum semivirescens及其内共生藻类 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自英国和瑞典的Spirostomum semivirescens样本 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-09 |
Kidney organoids-a new tool for kidney therapeutic development
2018-12, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2018.07.029
PMID:30466559
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研究论文 | 本文介绍了利用CRISPR/Cas9技术创建肾脏荧光线粒标记物，以监测肾脏类器官的分化过程，并优化成熟度 | 结合个性化肾脏类器官、基因编辑和单细胞测序技术，有望提高对疾病的理解、改善人类细胞疾病模型、增强预测毒理学，并可能实现“盘中的临床试验” | NA | 开发新的肾脏治疗工具 | 肾脏类器官的分化过程和成熟度优化 | 数字病理学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-09 |
Spatial Transcriptomics of C. elegans Males and Hermaphrodites Identifies Sex-Specific Differences in Gene Expression Patterns
2018-12-17, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.10.016
PMID:30416013
|
研究论文 | 本文利用空间转录组学技术生成了C. elegans雄性和雌雄同体的高分辨率前后基因表达图谱，并开发了计算方法来发现区域和组织特异性基因 | 本文发现了大量性别特异性的基因表达差异，特别是在生殖细胞和精子中，并识别出在雄性生殖道中特异性表达的一组未表征基因，这些基因编码小分泌蛋白，对雄性生育力至关重要 | NA | 为了深入理解驱动细胞和组织特化的遗传程序，需要全面概述基因表达模式 | C. elegans雄性和雌雄同体的基因表达模式 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | C. elegans雄性和雌雄同体 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-09 |
Gene Signature of the Human Pancreatic ε Cell
2018-12-01, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/en.2018-00833
PMID:30380031
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了从成年非糖尿病供体分离的人胰腺ε细胞的分子特征 | 本研究扩展了关于ε细胞发育过程中重要基因的先前知识，并为探究这种罕见的人胰岛细胞类型的转录组提供了资源 | NA | 探索人胰腺ε细胞的分子特征，特别是涉及细胞功能调控的转录因子、细胞表面受体和代谢途径相关基因 | 人胰腺ε细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从成年非糖尿病供体分离的ε细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-09 |
High-Throughput Single-Cell Sequencing of both TCR-β Alleles
2018-12-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.1800774
PMID:30381480
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research paper | 本研究开发了一种高通量的条形码方法，用于同时分析数百个单细胞中鼠类TCR-β等位基因的VDJ重组状态。 | 本研究首次采用高通量条形码技术，实现了对单细胞中TCR-β等位基因VDJ重组状态的同步分析。 | NA | 研究旨在探索B和T淋巴细胞中抗原特异性生成的重要机制——等位基因排除现象。 | 研究对象为鼠类TCR-β等位基因的VDJ重组状态。 | digital pathology | NA | next-generation sequencing | NA | sequencing data | 数百个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals the platinum resistance gene COX7B and the surrogate marker CD63
2018-12, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.1828
PMID:30367559
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了与铂类化疗耐药相关的基因COX7B和替代标记物CD63 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了COX7B基因与铂类化疗耐药性的关联，并发现了CD63作为替代标记物 | 研究主要集中在尿膀胱癌样本上，可能需要进一步验证其他类型癌症中的适用性 | 探索铂类化疗耐药性的分子机制及其潜在的治疗靶点 | 铂类化疗耐药性的基因和标记物 | 数字病理学 | 尿膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个癌症患者的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |