单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Human bone marrow assessment by single-cell RNA sequencing, mass cytometry, and flow cytometry 2018-12-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124928 PMID:30518681	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术对人类骨髓细胞进行了综合评估	首次证明了这些单细胞分析技术在多样本人群样本中交叉验证和重复识别生物变异的能力	技术重复性较好，但生物重复性存在变异	评估单细胞分析技术在人类骨髓细胞中的应用	人类骨髓细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术	NA	单细胞RNA数据	20名健康成年捐赠者
22	2024-08-09	Human Intestinal Organoids Maintain Self-Renewal Capacity and Cellular Diversity in Niche-Inspired Culture Condition 2018-12-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.11.016 PMID:30526881	研究论文	本文研究了在特定培养条件下维持人类肠道类器官自我更新能力和细胞多样性的方法	通过结合胰岛素样生长因子1（IGF-1）和成纤维细胞生长因子2（FGF-2），提高了人类肠道干细胞的克隆能力和CRISPR基因编辑效率，并实现了长期培养多种肠道类器官	NA	探索维持人类肠道类器官细胞多样性和自我更新能力的培养条件	人类肠道类器官及其细胞多样性和自我更新能力	NA	NA	CRISPR-基因编辑技术，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包括人类和小鼠的小肠类器官
23	2024-08-09	Single-cell mutation identification via phylogenetic inference 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07627-7 PMID:30514897	研究论文	本文开发了一种新的方法SCIΦ，通过利用细胞间的进化关系，在单个肿瘤细胞中进行突变检测，并估计这些细胞的肿瘤系统发育	SCIΦ方法能够联合调用单个细胞中的突变并估计肿瘤系统发育，即使在高丢失率和缺失数据的情况下也能可靠地调用突变	NA	重建肿瘤进化是识别适当癌症治疗的关键方面	单个肿瘤细胞中的突变检测和肿瘤系统发育估计	数字病理学	乳腺癌，急性淋巴细胞白血病	单细胞测序	Markov Chain Monte Carlo	基因组数据	包括乳腺癌和急性淋巴细胞白血病的真实世界数据集
24	2024-08-09	Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07582-3 PMID:30514914	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）的三个不同亚群，并探讨了它们在肿瘤微环境中的空间分布和功能差异	首次通过单细胞RNA测序技术定义了乳腺癌相关成纤维细胞的三个不同亚群，并揭示了它们的不同起源和功能	研究主要基于遗传工程小鼠模型和实验模型，需要进一步在人类肿瘤中验证	揭示乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其功能	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	768个间充质细胞的转录组
25	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Mouse Olfactory Bulb Reveals Cellular Heterogeneity and Activity-Dependent Molecular Census of Adult-Born Neurons 2018-12-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.034 PMID:30517858	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和计算模型研究小鼠嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的活动依赖性分子普查	揭示了嗅球中不同神经元和非神经元细胞类型的转录异质性，并分析了成年新生中间神经元成熟过程中的分子变化	NA	研究嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的发育	小鼠嗅球中的神经元和非神经元细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	基因表达数据	NA
26	2024-08-09	Deep generative modeling for single-cell transcriptomics 2018-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0229-2 PMID:30504886	研究论文	介绍了一种用于单细胞转录组学的深度生成模型scVI，该模型利用随机优化和深度神经网络来整合相似细胞和基因的信息，并近似表达值的分布，同时考虑批次效应和有限敏感性	引入了单细胞变分推断（scVI）框架，这是一个可扩展的、用于单细胞基因表达概率表示和分析的工具	NA	开发一种能够处理单细胞转录组数据中技术噪声和偏差的模型	单细胞转录组数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度生成模型	基因表达数据	NA
27	2024-08-09	KDM5 Histone Demethylase Activity Links Cellular Transcriptomic Heterogeneity to Therapeutic Resistance 2018-12-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2018.10.014 PMID:30472020	research paper	本文研究了KDM5组蛋白去甲基化酶活性与细胞转录组异质性及治疗抵抗之间的关系	揭示了KDM5A/B通过调节雌激素受体信号和减少细胞转录组异质性来增加对雌激素拮抗剂的敏感性	NA	探讨KDM5组蛋白去甲基化酶在治疗抵抗中的作用机制	KDM5A/B去甲基化酶活性及其与乳腺癌内分泌抵抗的关系	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	NA
28	2024-08-09	A Population of Navigator Neurons Is Essential for Olfactory Map Formation during the Critical Period 2018-12-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.09.051 PMID:30482691	研究论文	本文识别了一组在关键期内对嗅觉图形成至关重要的“导航”神经元，并探讨了其在嗅觉系统中的作用机制	首次发现并描述了“导航”神经元在嗅觉图形成中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了其独特的分子特征	NA	研究关键期内嗅觉图形成的神经机制	导航神经元及其在嗅觉图形成中的作用	神经科学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
29	2024-08-09	foxF-1 Controls Specification of Non-body Wall Muscle and Phagocytic Cells in Planarians 2018-12-03, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2018.10.030 PMID:30471994	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了扁虫（Planarians）中不同肌肉纤维类型的转录调控程序，并确定了foxF-1作为非体壁肌肉的主转录调控因子	首次详细描述了扁虫中不同肌肉纤维类型的转录调控程序，并揭示了foxF-1在调控肌肉细胞和吞噬细胞中的重要作用	NA	研究扁虫中不同肌肉纤维类型的转录调控程序及其在再生过程中的作用	扁虫的背腹肌（DVM）、肠道肌（IM）和咽肌的转录组	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多种肌肉纤维类型
30	2024-08-09	Genome-wide CRISPR Screens in Primary Human T Cells Reveal Key Regulators of Immune Function 2018-12-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.024 PMID:30449619	研究论文	本文开发了一种名为SLICE的新方法，用于在人类T细胞中进行全基因组CRISPR筛选，以识别免疫功能的关键调节因子	SLICE方法结合了单导RNA（sgRNA）慢病毒感染和Cas9蛋白电穿孔，使得在初级人类细胞中进行大规模CRISPR筛选成为可能	NA	旨在通过CRISPR技术发现和表征初级细胞中的功能基因靶点，以优化药物开发和细胞疗法设计	人类T细胞	基因编辑	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	全基因组范围内的基因
31	2024-08-09	Comparative Analysis and Refinement of Human PSC-Derived Kidney Organoid Differentiation with Single-Cell Transcriptomics 2018-12-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.10.010 PMID:30449713	研究论文	本文通过单细胞转录组学比较分析了两种定向分化协议生成的人类多能干细胞衍生的肾脏类器官，并探讨了其与胎儿和成人肾脏细胞的相似性及改进方法。	通过抑制脑源性神经营养因子（BDNF）及其受体NTRK2的信号通路，显著减少了类器官中的神经元数量，同时不影响肾脏分化，从而改进了类器官的形成。	类器官衍生的细胞类型尚不成熟，且有10%-20%的细胞不属于肾脏细胞。	探讨人类多能干细胞衍生的肾脏类器官与成人肾脏的相似性，并寻找改进类器官分化的方法。	人类多能干细胞衍生的肾脏类器官、胎儿和成人肾脏细胞。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	83,130个细胞来自65个类器官以及胎儿和成人肾脏细胞
32	2024-08-09	Tutorial: guidelines for the experimental design of single-cell RNA sequencing studies 2018-12, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0073-y PMID:30446749	教程	本文为单细胞RNA测序研究提供了实验设计的指南	总结了当前的方法学和分析选项，并讨论了它们在不同研究场景中的适用性	NA	促进单细胞RNA测序实验设计中的决策过程	单细胞RNA测序实验设计	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
33	2024-08-09	Immunomodulatory activity of lenvatinib contributes to antitumor activity in the Hepa1-6 hepatocellular carcinoma model 2018-Dec, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.13806 PMID:30447042	研究论文	研究了lenvatinib（一种多靶点酪氨酸激酶抑制剂）及其与抗PD-1抗体联合使用在Hepa1-6小鼠肝细胞癌同基因模型中的抗肿瘤和免疫调节活性	发现lenvatinib在免疫活性小鼠中的抗肿瘤活性比免疫缺陷小鼠更强，并且与抗PD-1抗体联合使用时能进一步提高肿瘤消退率和反应率	需要进一步的临床试验来验证lenvatinib与抗PD-1抗体联合治疗在晚期肝细胞癌中的效果	探讨lenvatinib及其与抗PD-1抗体联合使用在肝细胞癌治疗中的抗肿瘤和免疫调节活性	Hepa1-6小鼠肝细胞癌同基因模型	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	免疫活性小鼠和免疫缺陷小鼠
34	2024-08-09	Molecular Investigation of the Ciliate Spirostomum semivirescens, with First Transcriptome and New Geographical Records 2018-12, Protist IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.protis.2018.08.001 PMID:30447617	研究论文	对纤毛虫Spirostomum semivirescens进行分子研究，首次生成其转录组并更新地理记录	首次对Spirostomum semivirescens进行分子研究，生成其转录组，并发现其可能处于重新分配TGA终止密码子的早期阶段	NA	研究Spirostomum semivirescens的分子特征及其与环境的关系	纤毛虫Spirostomum semivirescens及其内共生藻类	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自英国和瑞典的Spirostomum semivirescens样本
35	2024-08-09	Kidney organoids-a new tool for kidney therapeutic development 2018-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2018.07.029 PMID:30466559	研究论文	本文介绍了利用CRISPR/Cas9技术创建肾脏荧光线粒标记物，以监测肾脏类器官的分化过程，并优化成熟度	结合个性化肾脏类器官、基因编辑和单细胞测序技术，有望提高对疾病的理解、改善人类细胞疾病模型、增强预测毒理学，并可能实现“盘中的临床试验”	NA	开发新的肾脏治疗工具	肾脏类器官的分化过程和成熟度优化	数字病理学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞测序	NA	细胞	NA
36	2024-08-09	Spatial Transcriptomics of C. elegans Males and Hermaphrodites Identifies Sex-Specific Differences in Gene Expression Patterns 2018-12-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.10.016 PMID:30416013	研究论文	本文利用空间转录组学技术生成了C. elegans雄性和雌雄同体的高分辨率前后基因表达图谱，并开发了计算方法来发现区域和组织特异性基因	本文发现了大量性别特异性的基因表达差异，特别是在生殖细胞和精子中，并识别出在雄性生殖道中特异性表达的一组未表征基因，这些基因编码小分泌蛋白，对雄性生育力至关重要	NA	为了深入理解驱动细胞和组织特化的遗传程序，需要全面概述基因表达模式	C. elegans雄性和雌雄同体的基因表达模式	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	C. elegans雄性和雌雄同体
37	2024-08-09	Gene Signature of the Human Pancreatic ε Cell 2018-12-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2018-00833 PMID:30380031	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了从成年非糖尿病供体分离的人胰腺ε细胞的分子特征	本研究扩展了关于ε细胞发育过程中重要基因的先前知识，并为探究这种罕见的人胰岛细胞类型的转录组提供了资源	NA	探索人胰腺ε细胞的分子特征，特别是涉及细胞功能调控的转录因子、细胞表面受体和代谢途径相关基因	人胰腺ε细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从成年非糖尿病供体分离的ε细胞
38	2024-08-09	High-Throughput Single-Cell Sequencing of both TCR-β Alleles 2018-12-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1800774 PMID:30381480	research paper	本研究开发了一种高通量的条形码方法，用于同时分析数百个单细胞中鼠类TCR-β等位基因的VDJ重组状态。	本研究首次采用高通量条形码技术，实现了对单细胞中TCR-β等位基因VDJ重组状态的同步分析。	NA	研究旨在探索B和T淋巴细胞中抗原特异性生成的重要机制——等位基因排除现象。	研究对象为鼠类TCR-β等位基因的VDJ重组状态。	digital pathology	NA	next-generation sequencing	NA	sequencing data	数百个单细胞
39	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis reveals the platinum resistance gene COX7B and the surrogate marker CD63 2018-12, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.1828 PMID:30367559	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，揭示了与铂类化疗耐药相关的基因COX7B和替代标记物CD63	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了COX7B基因与铂类化疗耐药性的关联，并发现了CD63作为替代标记物	研究主要集中在尿膀胱癌样本上，可能需要进一步验证其他类型癌症中的适用性	探索铂类化疗耐药性的分子机制及其潜在的治疗靶点	铂类化疗耐药性的基因和标记物	数字病理学	尿膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个癌症患者的肿瘤样本
40	2024-08-09	Circulating Glioma Cells Exhibit Stem Cell-like Properties 2018-12-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-0650 PMID:30322863	研究论文	本文报道了胶质母细胞瘤（GBM）来源的循环肿瘤细胞（CTC）具有癌症干细胞（CSC）样表型，并通过自我播种过程促进局部肿瘤发生和复发	发现GBM来源的CTC具有CSC样特性，并揭示了Wnt信号通路在CTC中的激活诱导干细胞特性和化学抗性	NA	研究GBM来源的CTC的生物学特性及其在肿瘤复发和治疗抵抗中的作用	胶质母细胞瘤患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括人类GBM患者样本和转基因小鼠模型