单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Successful Anti-PD-1 Cancer Immunotherapy Requires T Cell-Dendritic Cell Crosstalk Involving the Cytokines IFN-γ and IL-12 2018-12-18, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.024 PMID:30552023	研究论文	本研究揭示了抗PD-1免疫疗法中T细胞与树突细胞之间的相互作用及其依赖的细胞因子IFN-γ和IL-12	揭示了树突细胞产生IL-12的机制及其在抗肿瘤免疫中的关键作用	本研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	研究抗PD-1免疫疗法在肿瘤内的作用机制	重点研究肿瘤浸润性树突细胞的功能和T细胞的作用	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序和活体实时成像	小鼠模型	细胞和分子水平的数据	特定小鼠模型的树突细胞样本，具体数量未提供
2	2024-08-07	An integrative approach for building personalized gene regulatory networks for precision medicine 2018-12-19, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0608-4 PMID:30567569	研究论文	本文提出了一种综合方法，利用单细胞数据和批量数据的敏感性，重建个性化、细胞类型和上下文特定的基因调控网络	利用RNA速度、同时研究数十万细胞的能力和单细胞测序成本的下降，构建基因调控网络	NA	开发一种综合方法，以实现精准医疗	个性化基因调控网络	精准医疗	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	数十万细胞
3	2024-08-07	Understanding tumor ecosystems by single-cell sequencing: promises and limitations 2018-12-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1593-z PMID:30509292	综述	本文综述了单细胞测序技术在理解肿瘤生态系统中的应用及其局限性	单细胞测序技术揭示了肿瘤内和肿瘤间的细胞异质性，为癌症进化、转移、耐药性和肿瘤微环境研究带来了新发现	单细胞测序技术仍存在局限性，包括技术挑战和潜在应用的限制	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的最新进展和局限性及其潜在应用	肿瘤生态系统和癌症研究	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组、表观基因组、转录组和多组学数据	NA
4	2024-08-07	Dimensionality reduction for visualizing single-cell data using UMAP 2018-Dec-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4314 PMID:30531897	研究论文	本文应用UMAP（一种非线性降维技术）于生物数据分析，通过三个已验证的质谱流式细胞术和单细胞RNA测序数据集，比较UMAP与其他五种工具的性能	UMAP提供了最快的运行时间、最高的可重复性和最有意义的细胞簇组织	NA	改进单细胞数据的可视化和解释	单细胞数据分析	计算机视觉	NA	UMAP	NA	数据	三个已验证的数据集
5	2024-08-09	Genetics of Alzheimer's Disease 2018-Dec, Dementia and neurocognitive disorders DOI:10.12779/dnd.2018.17.4.131 PMID:30906402	研究论文	本文通过先进的遗传技术阐明了与阿尔茨海默病（AD）相关的基因	利用CRISPR-CAS9和单细胞RNA测序等新技术，为遗传学开启了新纪元，并直接将遗传知识与未来治疗联系起来	NA	阐明阿尔茨海默病的遗传基础	阿尔茨海默病相关的基因	遗传学	阿尔茨海默病	CRISPR-CAS9, 单细胞RNA测序	NA	基因数据	NA
6	2024-08-09	Identification of cancer subtypes from single-cell RNA-seq data using a consensus clustering method 2018-Dec-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-018-0433-z PMID:30598115	研究论文	本文介绍了一种共识聚类框架conCluster，用于从单细胞RNA测序数据中识别癌症亚型	conCluster通过集成策略融合多个基本分区以达成共识聚类，能更准确地检测癌症亚型	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序数据识别癌症亚型	人类癌症的细胞异质性及其分子特征	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共识聚类	基因表达数据	涉及多个真实的癌症scRNA-seq数据集
7	2024-08-09	Single-Cell Ssequencing in Cancer: Recent Applications to Immunogenomics and Multi-omics Tools 2018-Dec, Genomics & informatics DOI:10.5808/GI.2018.16.4.e17 PMID:30602078	综述	本文综述了单细胞测序技术在癌症研究中的最新应用，特别是在免疫基因组学和多组学工具方面	单细胞多组学方法的应用突破了传统批量测序方法在数据分辨率上的限制，提供了对肿瘤进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗的更细致理解	NA	探讨单细胞多组学方法在肿瘤研究中的应用及其在免疫治疗领域的最新发现	癌症肿瘤的异质性及其进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据	NA
8	2024-08-09	SCOPE-Seq: a scalable technology for linking live cell imaging and single-cell RNA sequencing 2018-12-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1607-x PMID:30583733	研究论文	本文介绍了一种名为SCOPE-Seq的新技术，通过结合微流控技术和光学可解码珠，实现了活细胞成像与单细胞RNA测序的链接	SCOPE-Seq技术首次实现了活细胞表型分析与单细胞测序的结合，提高了测量的准确性和可扩展性	NA	验证SCOPE-Seq技术在结合活细胞成像与单细胞RNA测序中的准确性和可扩展性	活细胞和单细胞RNA	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	微流控技术	图像和RNA序列	NA
9	2024-08-09	The International Conference on Intelligent Biology and Medicine (ICIBM) 2018: systems biology on diverse data types 2018-12-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0648-9 PMID:30577731	research paper	本文描述了2018年国际智能生物与医学会议(ICIBM 2018)中关于系统生物学的十篇高质量论文	涵盖了多种数据类型的系统生物学进展，包括基因调控、环状RNA表达、单细胞RNA-Seq、染色体间相互作用、代谢组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学	NA	介绍ICIBM 2018会议中关于系统生物学的高质量研究成果	系统生物学领域的多种数据类型	系统生物学	NA	NA	NA	多种数据类型，包括基因调控、环状RNA表达、单细胞RNA-Seq、染色体间相互作用、代谢组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学	NA
10	2024-08-09	scdNet: a computational tool for single-cell differential network analysis 2018-12-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0652-0 PMID:30577836	研究论文	本文介绍了首个基于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）的差异网络分析生物信息学工具scdNet，该工具具有基因-基因相关性的样本大小调整、状态间相关性的比较和差异网络构建等功能	scdNet是首个针对scRNA-Seq数据进行差异网络分析的工具，能够有效处理高度稀疏的数据矩阵，并具有较低的样本大小要求、高计算效率和对测序噪声的容忍度	NA	开发一种新的生物信息学工具，用于分析单细胞RNA测序数据中的差异基因调控网络	单细胞RNA测序数据，特别是循环肿瘤细胞（CTCs）和早期小鼠胚胎的数据	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	适用于小样本大小，具体数量未在摘要中提及
11	2024-08-09	A Cellular Anatomy of the Normal Adult Human Prostate and Prostatic Urethra 2018-12-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.086 PMID:30566875	research paper	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，提供了年轻成人前列腺和前列腺尿道的细胞图谱	使用单细胞RNA测序和流式细胞术，结合免疫组化技术，提供了前列腺和前列腺尿道的详细细胞图谱，并设计了新的细胞类型特异性标记物	NA	解决良性前列腺增生和前列腺癌的细胞起源问题	正常成人人类前列腺和前列腺尿道的细胞结构	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq, flow cytometry, immunohistochemistry	NA	细胞数据	约98,000个细胞
12	2024-08-09	Virus-inclusive single-cell RNA sequencing reveals the molecular signature of progression to severe dengue 2018-12-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1813819115 PMID:30530648	研究论文	本研究利用病毒包含的单细胞RNA测序技术，分析了登革热患者和健康对照者的外周血单个核细胞的转录组，以揭示登革热严重进展的分子特征	首次采用病毒包含的单细胞RNA测序技术，分析了登革热患者外周血单个核细胞中的病毒RNA，并识别了与严重登革热进展相关的特定免疫细胞亚型和基因表达模式	研究样本量较小，仅包括六名登革热患者和四名健康对照者	揭示登革热病毒感染导致严重并发症的分子机制，并寻找预测严重登革热进展的生物标志物	登革热病毒感染的外周血单个核细胞	数字病理学	登革热	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六名登革热患者和四名健康对照者的外周血单个核细胞
13	2024-08-09	High-affinity allergen-specific human antibodies cloned from single IgE B cell transcriptomes 2018-12-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aau2599 PMID:30545888	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了食物过敏个体的单个IgE B细胞的基因表达和剪接模式	发现了IgE抗体在无关个体中经历相同基因重排的趋同进化现象，并获得了对花生过敏原Ara h 2和Ara h 3的高亲和力和意外交叉反应性	NA	揭示IgE B细胞转录组学特性并促进对该抗体类的生化分析	食物过敏个体的单个IgE B细胞	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自食物过敏个体的单个IgE B细胞
14	2024-08-09	MISC: missing imputation for single-cell RNA sequencing data 2018-12-14, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0638-y PMID:30547798	研究论文	本文提出了一种名为MISC的新模型，用于解决单细胞RNA测序数据中高比例缺失值的问题	MISC模型采用混合机器学习方法，通过二分类问题转换和回归模型来恢复缺失数据，提高了细胞类型分类的准确性	NA	旨在准确恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序	混合机器学习模型	RNA-seq表达矩阵	慢性髓性白血病数据、小鼠大脑初级体感皮层和海马CA1区域细胞数据
15	2024-08-09	Heterogeneous Responses of Hematopoietic Stem Cells to Inflammatory Stimuli Are Altered with Age 2018-12-11, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.056 PMID:30540934	研究论文	研究探讨了长期造血干细胞（LT-HSCs）在炎症刺激下对年龄的异质性反应	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）识别了在老年LT-HSCs中普遍存在的一种偏向髓系的LT-HSC亚群（mLT-HSCs），并鉴定了CD61作为mLT-HSCs的标记物	NA	研究LT-HSCs在不同年龄下对炎症刺激的反应差异及其分子机制	长期造血干细胞（LT-HSCs）及其在不同年龄下的功能变化	NA	髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
16	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling of Mouse and hESC-Derived Pancreatic Progenitors 2018-12-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.11.008 PMID:30540962	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了来自Neurog3-Cre; Rosa26胚胎的小鼠胚胎日15.5和18.5的胰腺细胞以及hESC衍生的GFP+细胞，以研究胰腺内分泌前体细胞的特征	本研究首次详细描述了小鼠和hESC衍生的内分泌前体细胞的单细胞转录组特征，并揭示了与前体细胞、内分泌细胞或先前未描述的细胞状态相关的标记物	NA	研究旨在通过深入了解β细胞在胚胎发育过程中的形成机制，以改进hESC分化为功能性β样细胞的协议	研究对象包括小鼠胚胎胰腺细胞和hESC衍生的内分泌前体细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	共分析了6,905个小鼠胚胎日15.5的胰腺细胞、6,626个小鼠胚胎日18.5的胰腺细胞和4,462个hESC衍生的GFP+细胞
17	2024-08-09	An integrated enrichment system to facilitate isolation and molecular characterization of single cancer cells from whole blood 2018-12, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23599 PMID:30549400	研究论文	本文介绍了一种集成富集系统，用于从全血中高效分离和分子表征单个癌细胞	该系统结合了磁性分离器和声学微流控聚焦芯片，实现了与荧光激活细胞分选（FACS™）和单细胞测序的在线富集，提高了癌细胞的回收率和下游分析的兼容性	目前仅在体外实验中验证了该系统的有效性，尚未在临床样本中进行广泛验证	开发一种高效的方法来分离和表征循环肿瘤细胞（CTCs），以支持个性化医疗和癌症诊断	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在全血中的分离和分子表征	数字病理学	前列腺癌	单细胞mRNA测序	NA	细胞	体外实验中使用了掺入的外周血中的前列腺癌细胞
18	2024-08-09	Visualizing and Interpreting Single-Cell Gene Expression Datasets with Similarity Weighted Nonnegative Embedding 2018-12-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.10.015 PMID:30528274	研究论文	本文介绍了一种名为相似性加权非负嵌入（SWNE）的新方法，用于可视化和解释单细胞基因表达数据集	SWNE方法通过非负矩阵分解将基因表达矩阵分解为生物学相关因子，并在2D可视化中嵌入细胞、基因和因子，同时使用相似性矩阵平滑嵌入，从而增强了数据集的解释性	NA	开发一种新的方法来可视化和解释单细胞基因表达数据集，以更好地理解细胞类型和发育轨迹	单细胞基因表达数据集，特别是造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	相似性加权非负嵌入（SWNE）	基因表达数据	造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据
19	2024-08-09	Spatial Analysis of Single Fiber Cells of the Developing Ocular Lens Reveals Regulated Heterogeneity of Gene Expression 2018-Dec-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.11.024 PMID:30508719	研究论文	研究了发育中的眼晶状体中单个纤维细胞的空间转录组学，揭示了基因表达的调控异质性	首次在单细胞水平上研究了17种已知晶体蛋白和77种非晶体蛋白基因在不同分化阶段的表达	NA	探究基因活性与眼晶状体纤维细胞形态之间的关系	眼晶状体中的单个纤维细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	来自三个不同分化状态/区域的单个纤维细胞
20	2024-08-09	Extensive cellular heterogeneity of X inactivation revealed by single-cell allele-specific expression in human fibroblasts 2018-12-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1806811115 PMID:30510006	研究论文	本文通过结合深度单细胞RNA测序和全基因组测序，研究了人类成纤维细胞中X染色体失活（XCI）的单细胞分辨率下的等位基因特异性表达	本文开发了一种新方法来识别和排除细胞双联体，并发现了一种新的XCI细胞异质性，即“失活”细胞和“逃逸”细胞	NA	研究X染色体失活（XCI）在单细胞水平上的细胞异质性	人类成纤维细胞和淋巴母细胞单细胞	NA	NA	单细胞RNA测序，全基因组测序	NA	基因表达数据	935个成纤维细胞和48个淋巴母细胞单细胞，来自五个女性个体