单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	CDC20B is required for deuterosome-mediated centriole production in multiciliated cells 2018-11-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06768-z PMID:30405130	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类双体阶段的多纤毛细胞（MCCs）中细胞周期相关基因的表达特征，并探讨了CDC20B基因在MCCs中对中心粒释放和纤毛生产的作用。	首次揭示了CDC20B蛋白与双体结构的关联，并证明了CDC20B在中心粒释放和纤毛生产中的必要性，以及通过过表达Separase可以挽救CDC20B缺陷的MCCs中的中心粒分离和纤毛生产。	NA	研究CDC20B在多纤毛细胞中对中心粒生产和纤毛形成的作用。	人类和鼠类多纤毛细胞中的CDC20B基因及其功能。	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
42	2024-08-09	Analysis of Single-Cell RNA-Seq Identifies Cell-Cell Communication Associated with Tumor Characteristics 2018-11-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.047 PMID:30404002	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤微环境中细胞间的配体-受体相互作用，并探讨了这些相互作用与肿瘤特征的关系	提出了一种新的方法来表征肿瘤微环境中所有细胞类型的配体-受体相互作用，并应用于六种同基因小鼠肿瘤模型中	对于哪些相互作用在肿瘤中发生以及这些相互作用如何影响结果的知识仍然有限	研究细胞间相互作用，其在不同肿瘤中的变异性及其与结果的关系	肿瘤微环境中的细胞间配体-受体相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	六种同基因小鼠肿瘤模型及一个公开的人类黑色素瘤数据集
43	2024-08-09	The Mammalian Spermatogenesis Single-Cell Transcriptome, from Spermatogonial Stem Cells to Spermatids 2018-11-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.026 PMID:30404016	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，分析了从小鼠和人类中获取的超过62,000个生精细胞的转录组数据，揭示了从精原干细胞到精子细胞的基因表达模式。	首次全面展示了从精原干细胞到精子细胞的单细胞转录组图谱，为男性生殖相关疾病的研究和避孕方法的开发提供了丰富的信息资源。	NA	研究精原干细胞到精子细胞的基因表达变化，以及这些变化在男性生殖和相关疾病中的应用。	小鼠和人类的生精细胞。	数字病理学	男性不育	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过62,000个生精细胞
44	2024-08-09	AutoImpute: Autoencoder based imputation of single-cell RNA-seq data 2018-11-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-34688-x PMID:30397240	研究论文	本文介绍了一种基于自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法AutoImpute	AutoImpute能够学习输入scRNA-seq数据的固有分布，并根据此分布插补缺失值，同时对生物学上静默的基因进行最小程度的修改	NA	开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据中由于RNA量不足导致的零计数问题	单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达矩阵	NA
45	2024-08-09	Combination cancer immunotherapy targeting PD-1 and GITR can rescue CD8+ T cell dysfunction and maintain memory phenotype 2018-11-02, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aat7061 PMID:30389797	研究论文	本文研究了联合癌症免疫疗法，通过靶向PD-1和GITR来恢复CD8+ T细胞功能并维持记忆表型	本文通过单细胞RNA测序发现，联合使用PD-1和GITR抗体可以协同增强CD8 T细胞的效应功能，通过恢复关键稳态调节因子CD226和TIGIT的平衡，从而显著提高生存效益	NA	研究如何通过激活共刺激途径来提高检查点抑制的疗效，并促进持久的免疫T细胞记忆	肿瘤浸润的CD8 T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过2000个肿瘤浸润的CD8 T细胞
46	2024-08-09	Spatial organization of the somatosensory cortex revealed by osmFISH 2018-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0175-z PMID:30377364	研究论文	本文介绍了一种循环单分子荧光原位杂交方法，并定义了体感皮层的细胞组织结构	开发了一种新的循环单分子荧光原位杂交技术，能够在大面积组织区域上同时映射大量细胞类型特异性标记	缺乏空间信息	创建脑的分子普查，通过单细胞转录组学产生大量分子定义的细胞类型目录	体感皮层的细胞组织	NA	NA	osmFISH	NA	分子数据	大面积组织区域
47	2024-08-09	Shared and distinct transcriptomic cell types across neocortical areas 2018-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0654-5 PMID:30382198	研究论文	本研究通过深度单细胞RNA测序分析了来自小鼠新皮质两个远端区域的23,822个细胞，定义了133种转录组细胞类型	研究结合单细胞RNA测序和逆行标记，将兴奋性神经元的转录组类型与其长距离投射特异性相匹配，建立了结合转录组和投射的皮质细胞类型分类	NA	探索小鼠新皮质中跨功能不同区域的细胞类型多样性	小鼠新皮质中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	23,822个细胞
48	2024-08-09	Single-cell sequencing paints diverse pictures of the brain 2018-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/d41586-018-07027-3 PMID:30382219	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
49	2024-08-09	Disease-relevant transcriptional signatures identified in individual smooth muscle cells from healthy mouse vessels 2018-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06891-x PMID:30385745	研究论文	本文通过结合单细胞转录组学和谱系追踪技术，研究了健康小鼠血管中血管平滑肌细胞（VSMCs）的异质性	发现了与疾病相关的转录特征，这些特征反映了VSMCs的区域特异性发育历史及其在炎症、粘附和迁移相关基因中的异质性表达	NA	探讨血管平滑肌细胞在健康血管中的异质性及其与疾病的关系	健康小鼠血管中的单个血管平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个健康小鼠血管中的单个血管平滑肌细胞
50	2024-08-09	Tissue Unit-ed: Lung Cells Team up to Drive Alveolar Macrophage Development 2018-11-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.031 PMID:30388447	研究论文	Cohen等人利用单细胞RNA测序技术研究发育中的肺部免疫和非免疫细胞，绘制了在肺泡巨噬细胞发育过程中候选细胞间相互作用的地图	揭示了上皮细胞、ILC2s、嗜碱性粒细胞与发育中的巨噬细胞之间的潜在交叉对话，并在体外和体内进行了验证	NA	研究肺泡巨噬细胞发育过程中的细胞间相互作用	发育中的肺部免疫和非免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
51	2024-08-09	A Cancer Cell Program Promotes T Cell Exclusion and Resistance to Checkpoint Blockade 2018-11-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.09.006 PMID:30388455	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和计算分析方法，探讨了促进免疫逃避的恶性细胞状态，并发现了一种与T细胞排除和免疫逃避相关的抗性程序。	本研究首次识别出一种在免疫治疗前表达的抗性程序，该程序在体内外模型中与CDK4/6抑制剂联合使用时能减少黑色素瘤肿瘤的生长。	NA	旨在揭示免疫检查点抑制剂抵抗的分子基础，并探索新的治疗策略以克服免疫治疗抵抗。	黑色素瘤肿瘤中的恶性细胞状态及其对免疫治疗的影响。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	33个黑色素瘤肿瘤样本和112名黑色素瘤患者
52	2024-08-09	Chromium sequencing: the doors open for genomics of obligate plant pathogens 2018-11, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/btn-2018-0019 PMID:30394132	研究论文	本文使用Chromium 10X技术成功测序并组装了1.2吉碱基的专性植物病原菌Austropuccinia psidii的基因组	首次将Chromium 10X技术应用于专性植物病原菌的基因组测序，提供了更优的组装结果，且所需DNA量更少，成本更低	NA	探索Chromium 10X技术在专性植物病原菌基因组测序中的应用	Austropuccinia psidii的基因组	基因组学	植物病害	Chromium 10X	NA	基因组数据	一个Austropuccinia psidii样本
53	2024-08-09	Electrical Lysis and RNA Extraction from Single Cells Fixed by Dithiobis(succinimidyl propionate) 2018-11-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.8b02338 PMID:30350601	research paper	本文介绍了一种微流控方法，用于从单个固定细胞中进行电击穿和RNA提取，利用可逆交联剂二硫双(琥珀酰亚胺基丙酸酯)(DSP)	提出了一种新的微流控系统，该系统能够在芯片上完成单个DSP固定细胞的捕获、DSP分子的反向交联、质膜的电击穿以及利用等速电泳辅助的核酸提取进行细胞质RNA的提取	NA	开发一种高效的微流控方法，用于从单个固定细胞中进行电击穿和RNA提取	K562白血病细胞	digital pathology	白血病	微流控技术	NA	RNA	单个细胞
54	2024-08-09	Antigen discovery and specification of immunodominance hierarchies for MHCII-restricted epitopes 2018-11, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0203-7 PMID:30349087	研究论文	本文开发了一种定量蛋白质组学方法，用于无偏倚地识别主要组织相容性复合体II类（MHCII）相关的肽表位及其抗原性的生化特征，并基于此数据训练了一个深度神经网络模型，用于大规模预测免疫优势MHCII限制性表位。	开发了一种新的定量蛋白质组学方法和深度神经网络模型（BOTA预测器），用于准确预测免疫优势CD4 T细胞表位。	NA	解决在传染病、自身免疫和免疫肿瘤学背景下识别免疫优势T细胞表位的挑战。	MHCII限制性表位及其免疫优势层次。	免疫学	NA	定量蛋白质组学	深度神经网络	DNA编码的肽-MHCII库	NA
55	2024-08-09	Somatic mosaicism and neurodevelopmental disease 2018-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-018-0257-3 PMID:30349109	研究论文	本文探讨了体细胞嵌合现象及其在神经发育疾病中的作用	文章强调了体细胞新突变在神经发育疾病中的重要性，并利用新一代测序和单细胞测序技术展示了体细胞突变对正常和异常人类大脑发育的贡献	NA	研究体细胞突变在神经发育疾病中的作用及其对诊断和治疗的意义	体细胞突变及其在神经发育疾病中的影响	遗传学	神经发育疾病	下一代测序, 单细胞测序	NA	基因数据	NA
56	2024-08-09	Barcoded solid-phase RNA capture for Spatial Transcriptomics profiling in mammalian tissue sections 2018-11, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0045-2 PMID:30353172	研究论文	本文介绍了一种结合组织学染色和空间分辨RNA测序数据的技术，用于在哺乳动物组织切片中进行空间转录组分析	该方法结合了传统空间分辨技术的优势和RNA测序的高通量特性，无需特殊仪器，适用于任何具备冷冻切片机、显微镜和下一代测序设备的实验室	数据处理时间取决于测序深度，可能需要几个小时	开发一种新的空间转录组技术，以提高基因表达分析的通量和空间分辨率	哺乳动物组织切片中的基因表达	分子生物学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	具体样本数量未提及
57	2024-08-09	Preparation of plant tissue to enable Spatial Transcriptomics profiling using barcoded microarrays 2018-11, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0046-1 PMID:30353173	研究论文	本文介绍了一种使用条形码寡核苷酸dT微阵列进行空间转录组学分析的植物组织准备方法	该方法是对现有哺乳动物组织空间全局基因表达分析协议的适应性调整，使其适用于植物材料	该协议主要关注植物组织的准备和处理，后续阶段的处理未包含在内	旨在阐明植物生长过程中涉及的复杂过程的空间基因表达模式	研究对象包括拟南芥的花序、杨树的发育和休眠叶芽以及云杉的雌性球果	空间转录组学	NA	条形码寡核苷酸dT微阵列	NA	基因表达数据	涉及拟南芥、杨树和云杉等多种植物组织类型
58	2024-08-09	Lung Single-Cell Signaling Interaction Map Reveals Basophil Role in Macrophage Imprinting 2018-11-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.09.009 PMID:30318149	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肺发育过程中的细胞组成和分子特征，并揭示了嗜碱性粒细胞在巨噬细胞印迹中的作用	首次通过单细胞层面的全组织信号交互图谱揭示了嗜碱性粒细胞在肺部特定功能中的作用	NA	探索肺发育和功能中细胞类型和谱系间的相互作用	肺部细胞的组成及其分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	818对配体-受体相互作用
59	2024-08-09	High-Dimensional Analysis Delineates Myeloid and Lymphoid Compartment Remodeling during Successful Immune-Checkpoint Cancer Therapy 2018-11-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.09.030 PMID:30343900	研究论文	本文通过高维分析方法，研究了免疫检查点癌症治疗期间骨髓和淋巴细胞隔室的重组情况	本文首次通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，揭示了免疫检查点治疗期间肿瘤浸润细胞的基因表达变化和细胞蛋白质表达的纵向评估	NA	研究免疫检查点治疗期间肿瘤微环境的重组情况	骨髓和淋巴细胞隔室的重组情况	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq），质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	同基因小鼠肿瘤样本
60	2024-08-09	Role of phospholipid synthesis in the development and differentiation of malaria parasites in the blood 2018-11-09, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.R118.003213 PMID:30287688	综述	本文综述了磷脂合成在疟原虫血液阶段发育和分化中的作用，特别关注了两种磷脂生物合成酶PfPMT和PfPSD的功能及其作为抗疟药物靶点的潜力。	利用遗传工程、单细胞RNA-Seq分析和药物筛选等新技术，提供了关于这些酶在寄生虫发育和性分化中重要性的新视角，并识别了新的抗疟药物开发靶点。	NA	探讨磷脂合成酶在疟原虫发育和分化中的作用，并评估其作为抗疟药物靶点的可行性。	疟原虫的磷脂合成酶PfPMT和PfPSD。	生物化学	疟疾	单细胞RNA-Seq分析	NA	RNA	NA