单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Characterizes Cell Types in the Subventricular Zone and Uncovers Molecular Defects Impairing Adult Neurogenesis 2018-11-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.003 PMID:30485812	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术，对成年小鼠大脑的最大生殖区域——侧脑室下带（SVZ）的细胞类型进行了分子细胞图谱的构建，并揭示了LRP2缺失小鼠中神经发生受损的分子缺陷。	首次全面且无偏倚的单细胞RNA测序，揭示了SVZ中超过20种神经和非神经细胞类型的分子特征，并预测了神经发生的动态变化。	NA	研究成年大脑的可塑性和修复机制，特别是神经干细胞（NSCs）在SVZ中的作用。	成年小鼠大脑的侧脑室下带（SVZ）中的神经干细胞（NSCs）及其相关细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算分析模型	RNA	超过20种神经和非神经细胞类型
22	2024-08-09	Mapping Cellular Reprogramming via Pooled Overexpression Screens with Paired Fitness and Single-Cell RNA-Sequencing Readout 2018-11-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.10.008 PMID:30448000	研究论文	本文通过结合条形码开放阅读框过表达文库与单细胞RNA测序技术，研究了遗传扰动对细胞状态的影响，并构建了遗传共调节网络。	开发了一种名为SEUSS的新技术，通过结合单细胞RNA测序和过表达筛选，实现了对细胞状态和适应性的多维度分析。	NA	研究遗传扰动对细胞状态的影响，并构建遗传共调节网络。	人类多能干细胞（hPSCs）和发育关键的转录因子（TFs）。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个转录因子和基因家族的过表达文库。
23	2024-08-09	Longitudinal single-cell RNA sequencing of patient-derived primary cells reveals drug-induced infidelity in stem cell hierarchy 2018-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07261-3 PMID:30467425	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了肿瘤细胞中化疗抗性的不同模式	揭示了药物选择下肿瘤细胞通过表观遗传机制转分化的新适应方式，并发现JQ1介导的BRD4抑制能逆转药物诱导的适应性	NA	研究化疗抗性的机制及潜在的治疗策略	患者来源的原代细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
24	2024-08-09	Defining human cardiac transcription factor hierarchies using integrated single-cell heterogeneity analysis 2018-11-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07333-4 PMID:30464173	研究论文	本文通过综合单细胞异质性分析，定义了人类心脏转录因子层次结构	应用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合转录组和剪接分析，揭示了hiPSC-CMs中的多个不同单细胞群体及其转录调控因子	NA	研究hiPSC-CMs的异质性来源及其与心脏转录调控因子的关系	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）及其在心脏分化过程中的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CRISPR基因编辑，ChIP-seq	NA	RNA	超过半打的单细胞群体
25	2024-08-09	Machine learning based classification of cells into chronological stages using single-cell transcriptomics 2018-11-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-35218-5 PMID:30464314	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的框架GERAS，用于根据单细胞转录组数据将细胞分类到其时间顺序阶段	GERAS框架能够以超过90%的准确率对斑马鱼和人类胰腺细胞的时间顺序阶段进行分类，并显示出对生物和技术噪声的鲁棒性	NA	开发一种新的技术来确定细胞的年龄，以便预防与年龄相关的疾病	斑马鱼和人类胰腺细胞	机器学习	NA	单细胞转录组学	机器学习框架	转录组数据	斑马鱼和人类胰腺细胞的独立单细胞样本
26	2024-08-09	Seq-ing out the Killers of Mice and Men 2018-11-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.007 PMID:30462994	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠和人类脾脏及血液中的自然杀伤细胞的转录组特征	揭示了组织和物种特异性的转录组特征	NA	探索小鼠和人类自然杀伤细胞的多样性	小鼠和人类的脾脏及血液中的自然杀伤细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
27	2024-08-09	The Molecular Signature of Megakaryocyte-Erythroid Progenitors Reveals a Role for the Cell Cycle in Fate Specification 2018-11-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.084 PMID:30463007	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了人类巨核细胞-红细胞前体（MEPs）的分子特征，揭示了细胞周期在巨核细胞和红细胞分化中的作用	首次揭示了细胞周期调控因子在巨核细胞和红细胞分化中的作用，并通过遗传和药物调控验证了这一发现	NA	探索巨核细胞和红细胞前体分化的分子机制	人类巨核细胞-红细胞前体（MEPs）及其相关前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
28	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Estrogen Signaling Coordinately Augments One-Carbon, Polyamine, and Purine Synthesis in Breast Cancer 2018-11-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.093 PMID:30463022	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了雌激素信号如何协同增强乳腺癌细胞中的一碳代谢、多胺合成和嘌呤合成	首次在单细胞水平上重建了雌激素响应的转录网络，并展示了雌激素刺激下的代谢转换机制	NA	深入理解雌激素受体α在乳腺癌进展中的转录调控机制	雌激素受体α阳性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
29	2024-08-09	[GSA: Genome Sequence Archive] 2018-Nov-20, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.18-178 PMID:30465538	研究论文	介绍了中国新开发的基因组序列存档库（GSA），该库遵循国际核苷酸序列数据库合作（INSDC）标准，支持多种测序平台的数据存储和共享	GSA是一个新的数据存储库，专门用于原始序列读取，支持多种测序技术，并免费为全球科学界提供服务	NA	推广国家生物信息中心的中国计划，专注于组学数据提交、存储和共享	基因组序列数据	生物信息学	NA	测序技术	NA	序列数据	超过500 TB的数据
30	2024-08-09	Single cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of cardiac progenitor cell transition states and lineage settlement 2018-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07307-6 PMID:30451828	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和ATAC-seq技术，全面分析了从E7.5到E9.5标记为Nkx2-5和Isl1表达的小鼠心脏前体细胞（CPCs）的转录组和染色质可及性，揭示了心脏前体细胞命运转变的转录和表观遗传调控机制	研究首次揭示了多能Isl1心脏前体细胞在分化前通过一个吸引态，然后分离成不同的发育分支，而Nkx2-5的延长表达使心脏前体细胞向心肌细胞命运单向发展	NA	研究心脏前体细胞命运转变的基因调控网络和表观遗传变化	小鼠心脏前体细胞（CPCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，ATAC-seq	NA	转录组数据，染色质可及性数据	从E7.5到E9.5的小鼠心脏前体细胞
31	2024-08-09	Publisher Correction: Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific transcriptional signatures at the maternal-foetal interface during pregnancy 2018-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms16219 PMID:30468158	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
32	2024-08-09	Modulation of Drosophila post-feeding physiology and behavior by the neuropeptide leucokinin 2018-11, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007767 PMID:30457986	研究论文	研究探讨了果蝇后进食生理和行为受神经肽亮氨酸激酶（LK）调控的机制	首次详细描绘了LK神经回路，并发现LK信号在Lk和Lk受体（Lkr）突变体中的缺陷影响了多个协调过程，如压力调节、水平衡、进食、运动活动和代谢率	文章中提到的机制和神经回路的具体作用仍需进一步研究	旨在理解神经肽如何协调复杂的竞争行为	果蝇的后进食生理和行为	神经科学	NA	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	涉及果蝇的Lk和Lkr突变体以及特定敲降Lkr的果蝇
33	2024-08-09	Identity Noise and Adipogenic Traits Characterize Dermal Fibroblast Aging 2018-11-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.012 PMID:30415840	研究论文	研究探讨了在小鼠皮肤成纤维细胞在生理老化过程中，不同饮食制度对其的影响	首次揭示了老化过程中成纤维细胞身份的模糊化及其获得脂肪生成特性的现象	NA	探究成纤维细胞在老化过程中的变化及其与系统代谢的关系	小鼠皮肤成纤维细胞	NA	NA	群体和单细胞转录组学，长期谱系追踪	NA	转录组数据	NA
34	2024-08-09	High-Dimensional Single-Cell Analysis Identifies Organ-Specific Signatures and Conserved NK Cell Subsets in Humans and Mice 2018-11-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.009 PMID:30413361	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类和小鼠的NK细胞在不同器官中的异质性	首次在单细胞分辨率下识别出人类和小鼠NK细胞在脾脏和血液中的不同亚群，并揭示了跨器官和物种的NK细胞亚群的相似性	NA	研究NK细胞在不同器官和物种间的异质性	人类和小鼠的NK细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个从脾脏和血液中分离的单个细胞
35	2024-08-09	A web server for comparative analysis of single-cell RNA-seq data 2018-11-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07165-2 PMID:30425249	研究论文	本文开发了一个自动化流程，用于下载、处理和注释公开的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，以实现大规模监督性细胞类型鉴定，并通过一个网络服务器scQuery展示其应用。	本文扩展了监督神经网络，以获得高效且准确的scRNA-seq数据表示，并展示了监督方法在细胞类型识别上优于非监督方法。	目前的细胞特征分析方法主要依赖于少数已知的标记基因，仅限于几种已充分表征的细胞类型。	开发一种自动化流程和网络服务器，用于大规模监督性分析scRNA-seq数据，以提高细胞类型鉴定的准确性。	公开的scRNA-seq数据集及其在健康和疾病状态下的细胞类型分布比较。	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	scRNA-seq数据	超过500个不同研究中的超过300种独特细胞类型
36	2024-08-09	VIPER: variability-preserving imputation for accurate gene expression recovery in single-cell RNA sequencing studies 2018-11-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1575-1 PMID:30419955	research paper	开发了一种名为VIPER的方法，用于在单细胞RNA测序研究中填补零值，以促进单细胞水平上的准确转录组定量	VIPER基于非负稀疏回归模型，能够逐步推断出对感兴趣细胞表达水平最具预测性的稀疏局部邻域细胞集，以进行填补	NA	旨在提高单细胞RNA测序研究中基因表达数据的准确性	单细胞RNA测序中的零值填补	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	nonnegative sparse regression models	gene expression data	NA
37	2024-08-09	Integrative analysis of single-cell expression data reveals distinct regulatory states in bidirectional promoters 2018-11-10, Epigenetics & chromatin IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s13072-018-0236-7 PMID:30414612	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据与批量ChIP-seq及其他表观遗传学数据，揭示了双向启动子中不同的调控状态	本研究首次揭示了双向启动子中先前未被识别的转录状态，并发现了这些状态与基因结构特征、DNA可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和转录因子结合模式之间的关联	本研究主要依赖于批量测序数据，未来可能需要开发新的统计方法来解析使用单细胞RNA测序数据的不同批量表观遗传学实验中掩盖的亚细胞群	研究双向启动子中细胞如何整合不同的表观遗传信息以驱动基因表达	双向启动子中的转录调控状态	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），ChIP-seq	NA	RNA序列，表观遗传学数据	人类单细胞RNA测序数据
38	2024-08-09	T-ALL leukemia stem cell 'stemness' is epigenetically controlled by the master regulator SPI1 2018-11-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.38314 PMID:30412053	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了SPI1作为主调节因子在T-ALL白血病干细胞'干细胞性'中的表观遗传调控作用	首次发现SPI1在T-ALL白血病干细胞中的特异性表达，并揭示了β-catenin-SPI1-HAVCR2调控环路对LSC'干细胞性'的维持作用	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类T-ALL中验证类似的调控机制	探究T-ALL白血病干细胞'干细胞性'的关键决定因素	T-ALL白血病干细胞及其'干细胞性'	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠T-ALL模型
39	2024-08-09	T Helper Cell Cytokines Modulate Intestinal Stem Cell Renewal and Differentiation 2018-11-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.008 PMID:30392957	研究论文	本文研究了辅助T细胞细胞因子如何调节肠道干细胞的更新和分化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了MHC II类分子在Lgr5肠道干细胞中的富集，并展示了这些细胞作为非传统抗原呈递细胞在共培养系统中的作用	NA	探讨免疫细胞在肠道干细胞微环境中的作用及其对干细胞命运的影响	肠道干细胞及其在辅助T细胞影响下的更新和分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及Lgr5肠道干细胞和CD4辅助T细胞的共培养系统
40	2024-08-09	Simulation-based benchmarking of isoform quantification in single-cell RNA-seq 2018-11-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1571-5 PMID:30404663	研究论文	本文通过模拟数据对五种流行的单细胞RNA测序isoform定量工具进行了基准测试	首次对单细胞RNA测序中的isoform定量工具进行了全面的基准测试	主要基于模拟数据进行评估，实际数据的分析较少	评估和比较单细胞RNA测序中isoform定量工具的性能	五种流行的isoform定量工具	RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	模拟数据和真实数据	使用了SMARTer和SMART-seq2数据进行模拟