单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 72 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
High-Dimensional Single-Cell Analysis Identifies Organ-Specific Signatures and Conserved NK Cell Subsets in Humans and Mice
2018-11-20, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.009
PMID:30413361
|
研究论文 | 通过高维单细胞分析识别人类和小鼠中器官特异性特征和保守的NK细胞亚群 | 首次在单细胞分辨率下系统比较人类和小鼠不同器官中NK细胞的异质性，发现跨器官和跨物种保守的NK细胞亚群 | 仅分析了脾脏和血液样本，未包含其他组织器官；样本来源相对有限 | 解析自然杀伤细胞在不同器官和物种间的异质性特征 | 人类和小鼠的脾脏和血液中的自然杀伤细胞 | 单细胞生物学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督转录组聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 数千个从脾脏和血液分离的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional analysis reveals ILC-like cells in zebrafish
2018-11-16, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aau5265
PMID:30446505
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼中类先天淋巴样细胞(ILC-like cells)的存在及其免疫功能 | 首次在斑马鱼中发现并表征了类先天淋巴样细胞，揭示了这些细胞在免疫挑战时表达不同类型细胞因子的能力 | 研究主要关注斑马鱼肠道组织，其他组织中ILC样细胞的存在和功能尚不清楚 | 探索斑马鱼中先天淋巴样细胞的存在、特征和免疫功能 | 斑马鱼肠道淋巴细胞，包括野生型和缺乏T、B细胞的缺陷型斑马鱼 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14,080个来自斑马鱼肠道的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Simulation-based benchmarking of isoform quantification in single-cell RNA-seq
2018-11-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1571-5
PMID:30404663
|
研究论文 | 对单细胞RNA测序中五种常用异构体定量工具进行基准测试 | 首次系统评估单细胞RNA-seq中异构体定量工具的性能，并发现单个细胞中基因倾向于仅表达一种或完全不表达异构体 | 基于模拟数据的评估可能无法完全反映真实数据的复杂性 | 评估单细胞RNA测序中异构体定量方法的性能 | 五种异构体定量工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | SMARTer, SMART-seq2 | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells
2018-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4231
PMID:30222169
|
研究论文 | 本研究通过配对细胞测序技术实现了肝脏内皮细胞空间基因表达图谱的构建 | 开发了配对细胞测序新方法，利用附着细胞对的mRNA测序数据，通过一种细胞类型的基因表达来推断配对的组织坐标 | 对于mRNA含量低的小细胞或缺乏高表达标志基因的细胞类型，空间定位仍具挑战性 | 重建非实质细胞在组织中的空间表达图谱 | 小鼠肝细胞和肝脏内皮细胞(LECs) | 空间转录组学 | NA | 配对细胞测序，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据，空间映射数据 | 小鼠肝细胞和肝脏内皮细胞配对样本 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Gene expression variability across cells and species shapes innate immunity
2018-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0657-2
PMID:30356220
|
研究论文 | 本研究通过跨物种和单细胞水平的转录组分析，揭示了先天免疫反应的表达变异模式及其进化机制 | 首次系统性地揭示了先天免疫反应中不同功能基因在物种间和细胞间的表达变异规律，提出了基因表达变异性作为免疫调控精细平衡机制的新观点 | 研究主要基于转录组数据，对蛋白质水平和功能验证的深入分析可能不足 | 探究先天免疫反应在物种进化和细胞异质性层面的表达调控机制 | 成纤维细胞和单核吞噬细胞 | 转录组学 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 转录组数据 | 多个物种的成纤维细胞和单核吞噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Disease-relevant transcriptional signatures identified in individual smooth muscle cells from healthy mouse vessels
2018-11-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06891-x
PMID:30385745
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学结合谱系追踪技术，在健康小鼠血管中识别出与血管疾病相关的转录特征 | 首次在健康血管的单个平滑肌细胞中发现疾病相关转录特征，并鉴定出表达多能祖细胞标志物Sca1的罕见VSMC谱系细胞群 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类血管中验证 | 探究健康小鼠血管中血管平滑肌细胞的异质性及其与血管疾病的关系 | 小鼠血管平滑肌细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-07 |
New insight into GABAergic neurons in the hypothalamic feeding regulation
2018-Nov, The journal of physiological sciences : JPS
DOI:10.1007/s12576-018-0622-8
PMID:30003408
|
综述 | 综述下丘脑GABA能神经元在摄食调节中的研究进展 | 整合光遗传学、在体钙成像和单细胞RNA-seq三大前沿技术揭示GABA能神经元的多样性与摄食调控功能 | NA | 探讨下丘脑不同区域GABA能神经元在摄食调节中的作用机制 | 下丘脑弓状核(ARC)、背内侧下丘脑(DMH)和外侧下丘脑(LH)的GABA能神经元 | 神经科学 | 代谢疾病 | 光遗传学, 化学遗传学, 在体钙成像, 单细胞RNA测序 | NA | 神经活动数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2024-11-22 |
A structural equation model for imaging genetics using spatial transcriptomics
2018-Nov-02, Brain informatics
DOI:10.1186/s40708-018-0091-0
PMID:30390165
|
研究论文 | 本文提出了一种结合遗传标记和影像特征的结构方程模型，利用空间转录组学数据来解释疾病背景下脑体积变化及其与遗传变异的关系 | 本文的创新点在于将空间转录组学数据引入结构方程模型，以减少噪声并提高模型的解释性 | NA | 研究遗传变异与影像变量之间的关系，特别是在疾病背景下的脑体积变化 | 脑体积变化及其与遗传变异的关系 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 结构方程模型 | 结构方程模型 | 影像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
CD49b defines functionally mature Treg cells that survey skin and vascular tissues
2018-11-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20181442
PMID:30355617
|
研究论文 | 本研究识别了一种表达CD49b的功能成熟的Treg细胞亚群。 | 发现了具有独特组织分布和功能的短暂效应Treg细胞亚群。 | 未阐明不同组织来源的Treg细胞之间的关系的全部情况。 | 阐明功能成熟的Treg细胞亚群的身份和发展。 | CD49b Treg细胞亚群及其在外周组织中的作用。 | 免疫学 | 自体免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-05 |
Renal compartment-specific genetic variation analyses identify new pathways in chronic kidney disease
2018-11, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-018-0194-4
PMID:30275566
|
研究论文 | 本文探讨了肾脏慢性疾病的基因变异及相关通路 | 通过建立肾脏不同部分的表达数量性状位点（eQTL）图谱，识别了与慢性肾病相关的新基因 | GWAS结果的生物学基础仍然不够清晰 | 识别与慢性肾病发展相关的新基因和细胞通路 | 人类肾脏的肾小球和肾小管部分 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序、表达数量性状位点图谱 | NA | 基因组数据、RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-05 |
Power in Numbers: Single-Cell RNA-Seq Strategies to Dissect Complex Tissues
2018-11-23, Annual review of genetics
IF:8.7Q1
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序在解析复杂组织中的应用 | 单细胞RNA测序提供了以新的方式测量表型的机会，有助于基因功能的细化和多效性剖析 | NA | 研究单细胞RNA测序在机体解剖和发育动态分析中的潜力 | 复杂组织中的稀有细胞状态和发育轨迹 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-05 |
Linking single-cell measurements of mass, growth rate, and gene expression
2018-11-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1576-0
PMID:30482222
|
研究论文 | 本文介绍了一种微流体平台，可直接测量单细胞质量和生长速率。 | 创新之处在于将单细胞质量和生长速率的测量与高倍单细胞分析技术结合起来 | 未提及特定的局限性 | 研究单细胞生理特征与转录特征之间的关系 | 研究L1210和FL5.12细胞系及激活的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | NA | 微流体平台 | NA | NA | 涉及的细胞系包括L1210、FL5.12和患者来源的胶质母细胞瘤细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-07 |
Using single nucleotide variations in single-cell RNA-seq to identify subpopulations and genotype-phenotype linkage
2018-11-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07170-5
PMID:30459309
|
研究论文 | 本文提出使用单细胞RNA测序中的有效且表达的核苷酸变异（eeSNVs）作为肿瘤亚群识别的替代特征，并开发了SSrGE线性建模框架来关联eeSNVs与基因表达。 | 首次使用eeSNVs作为单细胞RNA测序数据中的特征进行肿瘤亚群识别，并开发了SSrGE框架来整合多组学单细胞技术。 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中亚群识别的准确性，并探索基因型-表型关联。 | 单细胞RNA测序数据中的eeSNVs及其在肿瘤亚群识别和基因型-表型关联中的应用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
Detection of correlated hidden factors from single cell transcriptomes using Iteratively Adjusted-SVA (IA-SVA)
2018-11-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-35365-9
PMID:30451954
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为迭代调整替代变量分析（IA-SVA）的方法，用于从单细胞转录组数据中检测相关隐藏因子 | IA-SVA能够估计隐藏因子，即使这些因子与其他变异源相关，通过迭代方式识别与每个隐藏因子相关的一组基因 | NA | 开发一种新方法来解析单细胞RNA测序数据中多个和相关的变异源 | 单细胞RNA测序数据中的隐藏因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 迭代调整替代变量分析（IA-SVA） | 转录组数据 | 人类细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
Discovery of rare cells from voluminous single cell expression data
2018-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07234-6
PMID:30413715
|
研究论文 | 本文提出了一种名为FiRE的算法，用于从大规模单细胞表达数据中快速发现稀有细胞亚群 | FiRE算法能够在几秒钟内为每个表达谱分配一个稀有度分数，显著提高了处理大规模单细胞数据的效率 | NA | 旨在开发一种高效算法，用于从大规模单细胞表达数据中发现稀有细胞亚群 | 单细胞mRNA测序数据中的稀有细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | FiRE算法 | 表达数据 | 数万个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-07 |
Sox4 Promotes Atoh1-Independent Intestinal Secretory Differentiation Toward Tuft and Enteroendocrine Fates
2018-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2018.07.023
PMID:30055169
|
研究论文 | 本文研究了Sox4在肠道干细胞（ISCs）分化中的作用，特别是其促进绒毛和肠内分泌细胞命运的能力，独立于Atoh1的作用 | 本文发现Sox4能够独立于Atoh1促进绒毛和肠内分泌细胞的分化，挑战了Atoh1作为肠道分泌细胞分化唯一调节因子的传统模型 | NA | 探讨Sox4在肠道干细胞分化中的作用及其对肠道分泌细胞命运的影响 | 肠道干细胞（ISCs）及其分化为绒毛和肠内分泌细胞的过程 | NA | NA | 免疫荧光分析、实时定量聚合酶链反应、RNA测序 | NA | RNA | 实验使用了Sox4条件性敲除小鼠和对照小鼠，以及Atoh1GFP小鼠和Atoh1条件性敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Genome organization and DNA accessibility control antigenic variation in trypanosomes
2018-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0619-8
PMID:30333624
|
研究论文 | 本文研究了布氏锥虫中基因组组织和DNA可及性控制抗原变异的现象 | 首次在布氏锥虫中识别了连接全局基因组结构、局部染色质构象和抗原变异的分子机制，即组蛋白变异体 | 研究受限于抗原基因阵列的高度重复性和杂合性，这阻碍了许多病原体的完整基因组组装 | 探讨基因组结构在抗原变异中的作用 | 布氏锥虫的抗原基因阵列及其基因组结构 | 基因组学 | 寄生虫病 | 长读长测序技术、染色体构象捕获(Hi-C) | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
A cloning and expression system to probe T-cell receptor specificity and assess functional avidity to neoantigens
2018-11-01, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2018-04-843763
PMID:30150207
|
研究论文 | 本文开发了一种简化的方法，通过按需克隆和表达T细胞受体（TCR）并针对候选抗原进行筛选，来匹配TCR序列与相应抗原，以评估发现的TCR的特异性 | 本文提出的系统能够快速评估重建TCR的抗原特异性和功能亲和力，可用于监测抗原特异性T细胞反应，并可能指导基于T细胞的免疫疗法的设计 | NA | 提高对抗原-T细胞受体（TCR）相互作用的理解，以生成强效的抗肿瘤免疫反应 | T细胞受体的特异性和功能亲和力 | 免疫学 | 黑色素瘤，慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞测序技术 | NA | TCR序列 | 来自接受个性化新抗原疫苗治疗的黑色素瘤患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
Large-scale reconstruction of cell lineages using single-cell readout of transcriptomes and CRISPR-Cas9 barcodes by scGESTALT
2018-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-018-0058-x
PMID:30353175
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scGESTALT的方法，该方法结合CRISPR-Cas9的累积编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，用于大规模重建细胞系谱关系。 | scGESTALT技术通过在多个时间点使用Cas9和单导向RNA（sgRNAs）进行编辑，生成条形码阵列的编辑，从而与类似的Cas9系谱追踪方法区分开来。 | 生成转基因线需要6个月，进行条形码编辑和生成单细胞文库需要7天的手动操作时间。 | 提供一个可扩展的平台，用于在任何允许发育、再生或疾病期间进行基因组编辑的系统中映射细胞类型之间的系谱关系。 | 重建发育过程中产生的大量异质细胞类型的系谱关系。 | 基因组学 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 数千个细胞转录组和记录的系谱 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Understanding the Biology and Pathogenesis of the Kidney by Single-Cell Transcriptomic Analysis
2018-Nov, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000492470
PMID:30574498
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的历史、改进及其在肾脏研究领域的应用 | scRNA-seq能够以单细胞分辨率进行基因表达分析，识别组织中的所有细胞类型和亚型，包括新发现的或数量较少的细胞类型 | NA | 探讨scRNA-seq在肾脏研究中的应用及其潜在用途 | 肾脏细胞及其在疾病中的分子动态 | 生物医学研究 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |