单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-22	A structural equation model for imaging genetics using spatial transcriptomics 2018-Nov-02, Brain informatics DOI:10.1186/s40708-018-0091-0 PMID:30390165	研究论文	本文提出了一种结合遗传标记和影像特征的结构方程模型，利用空间转录组学数据来解释疾病背景下脑体积变化及其与遗传变异的关系	本文的创新点在于将空间转录组学数据引入结构方程模型，以减少噪声并提高模型的解释性	NA	研究遗传变异与影像变量之间的关系，特别是在疾病背景下的脑体积变化	脑体积变化及其与遗传变异的关系	数字病理学	阿尔茨海默病	结构方程模型	结构方程模型	影像数据	NA
2	2024-08-05	CD49b defines functionally mature Treg cells that survey skin and vascular tissues 2018-11-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20181442 PMID:30355617	研究论文	本研究识别了一种表达CD49b的功能成熟的Treg细胞亚群。	发现了具有独特组织分布和功能的短暂效应Treg细胞亚群。	未阐明不同组织来源的Treg细胞之间的关系的全部情况。	阐明功能成熟的Treg细胞亚群的身份和发展。	CD49b Treg细胞亚群及其在外周组织中的作用。	免疫学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
3	2024-08-05	Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells 2018-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4231 PMID:30222169	研究论文	本研究通过配对细胞测序技术实现肝脏内皮细胞的空间基因表达映射	首创性地结合配对细胞测序与空间基因表达映射，适用于低mRNA含量细胞的区域性分析	主要集中于肝脏内皮细胞，其他非实质性细胞的应用尚待验证	研究肝脏内皮细胞的空间基因表达模式	重点研究小鼠肝细胞与肝脏内皮细胞的配对	数字病理学	NA	配对细胞测序	NA	单细胞RNA测序	小鼠的肝细胞和肝脏内皮细胞对
4	2024-08-05	Single-cell transcriptional analysis reveals ILC-like cells in zebrafish 2018-11-16, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aau5265 PMID:30446505	研究论文	这篇文章利用单细胞RNA测序生成了斑马鱼淋巴细胞的全面图谱	发现了斑马鱼中存在ILC样细胞，并识别了新的免疫型受体和标记	对其他脊椎动物ILCs的存在和功能了解较少	研究斑马鱼中ILCs的存在及其在组织稳态和免疫应答中的功能	斑马鱼的淋巴细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	14,080个细胞
5	2024-08-05	Renal compartment-specific genetic variation analyses identify new pathways in chronic kidney disease 2018-11, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0194-4 PMID:30275566	研究论文	本文探讨了肾脏慢性疾病的基因变异及相关通路	通过建立肾脏不同部分的表达数量性状位点（eQTL）图谱，识别了与慢性肾病相关的新基因	GWAS结果的生物学基础仍然不够清晰	识别与慢性肾病发展相关的新基因和细胞通路	人类肾脏的肾小球和肾小管部分	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序、表达数量性状位点图谱	NA	基因组数据、RNA序列数据	NA
6	2024-08-05	Gene expression variability across cells and species shapes innate immunity 2018-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0657-2 PMID:30356220	研究论文	该文章探讨了不同物种和细胞之间先天免疫反应的转录差异及表达变异	文章揭示了先天免疫反应的转录性差异及细胞间的表达可变性，尤其是在细胞因子和趋化因子编码基因方面的发现	论文未详细描述在不同物种间的基因表达调控机制的具体过程	研究不同物种和细胞中先天免疫反应的转录特征	研究对象为不同物种中的成纤维细胞和单核吞噬细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	不同物种的成纤维细胞和单核吞噬细胞样本，具体数量未说明
7	2024-08-05	Power in Numbers: Single-Cell RNA-Seq Strategies to Dissect Complex Tissues 2018-11-23, Annual review of genetics IF:8.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genet-120417-031247 PMID:30192636	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序在解析复杂组织中的应用	单细胞RNA测序提供了以新的方式测量表型的机会，有助于基因功能的细化和多效性剖析	NA	研究单细胞RNA测序在机体解剖和发育动态分析中的潜力	复杂组织中的稀有细胞状态和发育轨迹	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
8	2024-08-05	Linking single-cell measurements of mass, growth rate, and gene expression 2018-11-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1576-0 PMID:30482222	研究论文	本文介绍了一种微流体平台，可直接测量单细胞质量和生长速率。	创新之处在于将单细胞质量和生长速率的测量与高倍单细胞分析技术结合起来	未提及特定的局限性	研究单细胞生理特征与转录特征之间的关系	研究L1210和FL5.12细胞系及激活的CD8+ T细胞	数字病理学	NA	微流体平台	NA	NA	涉及的细胞系包括L1210、FL5.12和患者来源的胶质母细胞瘤细胞系
9	2024-08-07	Using single nucleotide variations in single-cell RNA-seq to identify subpopulations and genotype-phenotype linkage 2018-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07170-5 PMID:30459309	研究论文	本文提出使用单细胞RNA测序中的有效且表达的核苷酸变异（eeSNVs）作为肿瘤亚群识别的替代特征，并开发了SSrGE线性建模框架来关联eeSNVs与基因表达。	首次使用eeSNVs作为单细胞RNA测序数据中的特征进行肿瘤亚群识别，并开发了SSrGE框架来整合多组学单细胞技术。	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据中亚群识别的准确性，并探索基因型-表型关联。	单细胞RNA测序数据中的eeSNVs及其在肿瘤亚群识别和基因型-表型关联中的应用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	线性模型	RNA测序数据	NA
10	2024-08-07	Detection of correlated hidden factors from single cell transcriptomes using Iteratively Adjusted-SVA (IA-SVA) 2018-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-35365-9 PMID:30451954	研究论文	本文介绍了一种名为迭代调整替代变量分析（IA-SVA）的方法，用于从单细胞转录组数据中检测相关隐藏因子	IA-SVA能够估计隐藏因子，即使这些因子与其他变异源相关，通过迭代方式识别与每个隐藏因子相关的一组基因	NA	开发一种新方法来解析单细胞RNA测序数据中多个和相关的变异源	单细胞RNA测序数据中的隐藏因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	迭代调整替代变量分析（IA-SVA）	转录组数据	人类细胞的单细胞RNA测序数据
11	2024-08-07	Discovery of rare cells from voluminous single cell expression data 2018-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07234-6 PMID:30413715	研究论文	本文提出了一种名为FiRE的算法，用于从大规模单细胞表达数据中快速发现稀有细胞亚群	FiRE算法能够在几秒钟内为每个表达谱分配一个稀有度分数，显著提高了处理大规模单细胞数据的效率	NA	旨在开发一种高效算法，用于从大规模单细胞表达数据中发现稀有细胞亚群	单细胞mRNA测序数据中的稀有细胞亚群	生物信息学	NA	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	FiRE算法	表达数据	数万个单细胞
12	2024-08-07	Sox4 Promotes Atoh1-Independent Intestinal Secretory Differentiation Toward Tuft and Enteroendocrine Fates 2018-11, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2018.07.023 PMID:30055169	研究论文	本文研究了Sox4在肠道干细胞（ISCs）分化中的作用，特别是其促进绒毛和肠内分泌细胞命运的能力，独立于Atoh1的作用	本文发现Sox4能够独立于Atoh1促进绒毛和肠内分泌细胞的分化，挑战了Atoh1作为肠道分泌细胞分化唯一调节因子的传统模型	NA	探讨Sox4在肠道干细胞分化中的作用及其对肠道分泌细胞命运的影响	肠道干细胞（ISCs）及其分化为绒毛和肠内分泌细胞的过程	NA	NA	免疫荧光分析、实时定量聚合酶链反应、RNA测序	NA	RNA	实验使用了Sox4条件性敲除小鼠和对照小鼠，以及Atoh1GFP小鼠和Atoh1条件性敲除小鼠
13	2024-08-07	Genome organization and DNA accessibility control antigenic variation in trypanosomes 2018-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0619-8 PMID:30333624	研究论文	本文研究了布氏锥虫中基因组组织和DNA可及性控制抗原变异的现象	首次在布氏锥虫中识别了连接全局基因组结构、局部染色质构象和抗原变异的分子机制，即组蛋白变异体	研究受限于抗原基因阵列的高度重复性和杂合性，这阻碍了许多病原体的完整基因组组装	探讨基因组结构在抗原变异中的作用	布氏锥虫的抗原基因阵列及其基因组结构	基因组学	寄生虫病	长读长测序技术、染色体构象捕获(Hi-C)	NA	基因组数据	NA
14	2024-08-07	A cloning and expression system to probe T-cell receptor specificity and assess functional avidity to neoantigens 2018-11-01, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2018-04-843763 PMID:30150207	研究论文	本文开发了一种简化的方法，通过按需克隆和表达T细胞受体（TCR）并针对候选抗原进行筛选，来匹配TCR序列与相应抗原，以评估发现的TCR的特异性	本文提出的系统能够快速评估重建TCR的抗原特异性和功能亲和力，可用于监测抗原特异性T细胞反应，并可能指导基于T细胞的免疫疗法的设计	NA	提高对抗原-T细胞受体（TCR）相互作用的理解，以生成强效的抗肿瘤免疫反应	T细胞受体的特异性和功能亲和力	免疫学	黑色素瘤，慢性淋巴细胞白血病	单细胞测序技术	NA	TCR序列	来自接受个性化新抗原疫苗治疗的黑色素瘤患者的样本
15	2024-08-07	Large-scale reconstruction of cell lineages using single-cell readout of transcriptomes and CRISPR-Cas9 barcodes by scGESTALT 2018-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0058-x PMID:30353175	研究论文	本文介绍了一种名为scGESTALT的方法，该方法结合CRISPR-Cas9的累积编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，用于大规模重建细胞系谱关系。	scGESTALT技术通过在多个时间点使用Cas9和单导向RNA（sgRNAs）进行编辑，生成条形码阵列的编辑，从而与类似的Cas9系谱追踪方法区分开来。	生成转基因线需要6个月，进行条形码编辑和生成单细胞文库需要7天的手动操作时间。	提供一个可扩展的平台，用于在任何允许发育、再生或疾病期间进行基因组编辑的系统中映射细胞类型之间的系谱关系。	重建发育过程中产生的大量异质细胞类型的系谱关系。	基因组学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	数千个细胞转录组和记录的系谱
16	2024-08-07	New insight into GABAergic neurons in the hypothalamic feeding regulation 2018-Nov, The journal of physiological sciences : JPS DOI:10.1007/s12576-018-0622-8 PMID:30003408	综述	本文综述了下丘脑GABA能神经元在食欲调节中的研究进展	采用了光遗传学、化学遗传学、活体钙成像和单细胞RNA测序等先进技术，揭示了GABA能神经元的多样性和亚群在食欲调节中的作用	NA	探讨下丘脑GABA能神经元在食欲调节中的作用	下丘脑中的GABA能神经元	NA	NA	光遗传学、化学遗传学、活体钙成像、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
17	2024-08-09	Understanding the Biology and Pathogenesis of the Kidney by Single-Cell Transcriptomic Analysis 2018-Nov, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000492470 PMID:30574498	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的历史、改进及其在肾脏研究领域的应用	scRNA-seq能够以单细胞分辨率进行基因表达分析，识别组织中的所有细胞类型和亚型，包括新发现的或数量较少的细胞类型	NA	探讨scRNA-seq在肾脏研究中的应用及其潜在用途	肾脏细胞及其在疾病中的分子动态	生物医学研究	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
18	2024-08-09	Inflammatory Cytokine TNFα Promotes the Long-Term Expansion of Primary Hepatocytes in 3D Culture 2018-11-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.012 PMID:30500539	研究论文	本文研究了炎症细胞因子TNFα在3D培养中促进原代肝细胞长期扩增的作用	首次展示了TNFα在体外3D培养中促进肝细胞长期扩增的能力，并实现了对受伤肝脏的显著再殖	NA	探究炎症细胞因子TNFα在3D培养中对肝细胞扩增的影响	原代肝细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
19	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing unveils an IL-10-producing helper subset that sustains humoral immunity during persistent infection 2018-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07492-4 PMID:30487586	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了在持续感染期间，IL-10产生辅助子集在维持体液免疫中的关键作用	发现了在慢性病毒感染期间，IL-10和IL-21共产生的Tfh细胞在维持体液免疫中的新作用	NA	探究慢性病毒感染期间CD4 T细胞的转录变化及其在体液免疫中的作用	IL-10表达的CD4 T细胞及其在慢性感染中的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用IL-10和IL-21双报告小鼠进行研究
20	2024-08-09	Single cell RNA-sequencing identifies a metabolic aspect of apoptosis in Rbf mutant 2018-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07540-z PMID:30479347	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了Rbf突变在果蝇眼发育中的影响，并发现了一种与细胞凋亡相关的代谢变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了Rbf突变引起的细胞内酸化及其对细胞凋亡的影响	NA	探究Rbf突变在果蝇眼发育中的细胞类型特异性影响	Rbf突变在果蝇眼发育中的影响及其对细胞凋亡的敏感性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	11,500个野生型眼盘细胞