单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Holo-Seq: single-cell sequencing of holo-transcriptome 2018-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1553-7 PMID:30333049	研究论文	本文介绍了一种名为Holo-Seq的单细胞全转录组测序方法，该方法克服了现有单细胞RNA测序技术的预扩增偏差、丢失链来源信息以及无法同时观察小RNA和mRNA双转录组的问题	Holo-Seq技术具有与批量RNA测序相同的定量准确性和均匀覆盖率，并能同时观察单细胞中的小RNA和mRNA	NA	开发一种新的单细胞测序技术，以克服现有技术的局限性	人类肝细胞癌单细胞的小RNA和mRNA双转录组	基因组学	肝细胞癌	单细胞全转录组测序	NA	转录组数据	32个单细胞
22	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Traced Epidermal and Hair Follicle Stem Cells Reveals Rapid Adaptations during Wound Healing 2018-10-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.059 PMID:30332640	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，追踪并分析了表皮和毛囊干细胞在伤口愈合过程中的转录适应性	首次揭示了Lgr5和Lgr6表达的毛囊和表皮干细胞在伤口愈合中的分子反应和功能适应性	NA	探讨不同干细胞在伤口愈合中的响应和适应机制	表皮和毛囊干细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
23	2024-08-09	RNA Velocity: Molecular Kinetics from Single-Cell RNA-Seq 2018-10-04, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2018.09.026 PMID:30290149	研究论文	本文通过应用RNA转录和剪接的动力学模型，从单细胞RNA测序数据中预测单个细胞的mRNA水平变化	提出了一种新的方法来预测单细胞RNA测序数据中的mRNA水平变化	NA	研究单细胞RNA测序数据中的分子动力学	单细胞的mRNA水平变化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	动力学模型	RNA测序数据	NA
24	2024-08-09	Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration 2018-10-26, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaq0681 PMID:30262634	研究论文	本研究利用Cre-loxP报告基因追踪和单细胞mRNA测序技术，揭示了蝾螈前肢再生过程中连接组织细胞向胚胎肢体芽样表型的多能性转变	首次通过单细胞分析技术揭示了蝾螈前肢再生过程中细胞身份的汇聚和分子程序的多阶段变化	NA	探究蝾螈前肢再生过程中细胞身份的转变及其分子机制	蝾螈前肢再生过程中的细胞类型及其分子变化	发育生物学	NA	单细胞mRNA测序(scRNA-seq)	NA	mRNA序列	NA
25	2024-08-09	PDGFRβ Cells Rapidly Relay Inflammatory Signal from the Circulatory System to Neurons via Chemokine CCL2 2018-10-10, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2018.08.030 PMID:30269986	研究论文	本文研究了PDGFRβ细胞在系统性炎症中通过分泌趋化因子CCL2快速传递信号至神经元的过程	首次揭示了PDGFRβ细胞作为外部刺激的初始感应器，通过分泌CCL2向中枢神经系统传递信号	NA	探讨PDGFRβ细胞在系统性炎症中对神经元兴奋性的影响	PDGFRβ细胞、神经元、趋化因子CCL2	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了Pdgfrb-Cre;Ccl2小鼠模型
26	2024-08-09	Single-Cell Analysis of Quiescent HIV Infection Reveals Host Transcriptional Profiles that Regulate Proviral Latency 2018-10-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.020 PMID:30282021	研究论文	本研究利用单细胞分析方法探讨了HIV潜伏感染的机制及其与宿主转录组的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了HIV下调与特定细胞基因表达的关联，并发现潜伏感染更频繁地发生在表达幼稚和中心记忆T细胞标志物的细胞中	NA	深入理解建立或维持HIV潜伏库的机制，以指导消除持续感染的方法	HIV潜伏感染的细胞模型及其与宿主转录组的关系	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
27	2024-08-09	The origin-of-cell harboring cancer-driving mutations in human glioblastoma 2018-Oct, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:30269745	研究论文	本研究通过多种测序技术在三重匹配样本中识别了神经干细胞（NSCs）在人类胶质母细胞瘤（GBM）中的克隆关系，提供了NSCs作为GBM驱动突变起源细胞的直接证据	首次直接证明了人类SVZ中的神经干细胞（NSCs）是GBM驱动突变的起源细胞	NA	确定人类胶质母细胞瘤（GBM）中驱动突变的起源细胞，以理解GBM的本质并开发有效的治疗靶点	人类胶质母细胞瘤（GBM）及其起源细胞	数字病理学	脑癌	测序技术	NA	组织样本	三重匹配样本（肿瘤-自由SVZ、肿瘤和正常组织）来自人类患者
28	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris 2018-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0590-4 PMID:30283141	研究论文	本文介绍了来自模式生物小鼠的单细胞转录组数据集，包含来自20个器官和组织的超过10万个细胞	这些数据为细胞生物学提供了一个新的资源，揭示了在未充分表征的细胞群体中的基因表达，并允许直接和受控地比较跨组织共享细胞类型的基因表达	NA	构建一个转录组细胞生物学的图谱	小鼠的20个器官和组织的单细胞转录组数据	单细胞测序	NA	微流控液滴3'-端计数和基于荧光激活细胞分选的全长转录本分析	NA	转录组数据	超过10万个细胞
29	2024-08-09	Reproducibility of Molecular Phenotypes after Long-Term Differentiation to Human iPSC-Derived Neurons: A Multi-Site Omics Study 2018-10-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2018.08.013 PMID:30245212	研究论文	本研究通过在五个不同实验室重复相同的长期神经分化协议，评估了人iPSC衍生的神经元的分子表型的可重复性。	本研究揭示了实验室间基因表达差异的低可重复性，并通过因子分析识别了影响可重复性的主要因素，如传代效应和前体储存。	研究发现了实验室间的低可重复性，表明在不同实验环境下实施相同协议时存在系统性偏差。	旨在建立长期神经分化协议的可重复性，并识别影响实验结果一致性的关键因素。	研究对象为两个相同的iPSC细胞系，通过长期神经分化后在不同实验室进行分子和细胞水平的比较。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个iPSC细胞系在五个不同实验室进行重复实验
30	2024-08-09	Regulatory cocktail for dopaminergic neurons in a protovertebrate identified by whole-embryo single-cell transcriptomics 2018-10-01, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.317669.118 PMID:30228204	研究论文	本文通过全胚胎单细胞RNA测序技术，识别了原脊椎动物中多巴胺能神经元的调控混合物	本文首次通过功能操作和单细胞RNA测序技术，识别了特定细胞身份的调控混合物	NA	识别原脊椎动物中多巴胺能神经元的调控机制	原脊椎动物的中枢神经系统中的多巴胺能神经元	NA	NA	RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
31	2024-08-09	Identifying core biological processes distinguishing human eye tissues with precise systems-level gene expression analyses and weighted correlation networks 2018-10-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy239 PMID:30239781	研究论文	本研究整合了公开的健康人眼组织RNA-seq数据集及其他数十种组织数据，通过差异表达、聚类和基因本体论富集工具分析了不同眼组织（角膜、视网膜、视网膜色素上皮-脉络膜复合体）与其他人体组织的生物学过程和泛表达关系，并构建了首个人类加权基因相关网络以突出已知的生物途径和眼基因疾病富集。	首次构建了人类加权基因相关网络，并整合了小鼠视网膜的单细胞RNA-seq数据进行验证和发现。	NA	旨在识别区分人眼组织的核心生物学过程，并通过精确的系统级基因表达分析和加权相关网络进行研究。	人眼组织的基因表达模式及其与其他人体组织的比较。	基因表达分析	NA	RNA-seq	加权基因相关网络	基因表达数据	包含多个健康人眼组织及数十种其他组织的RNA-seq数据集，以及小鼠视网膜的单细胞RNA-seq数据。
32	2024-08-09	Single Cell and Open Chromatin Analysis Reveals Molecular Origin of Epidermal Cells of the Skin 2018-10-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.08.010 PMID:30220568	研究论文	本文研究了转录因子ΔNp63在表皮细胞命运指定过程中对Krt8+前体细胞转录组和开放染色质区域的深刻影响	揭示了ΔNp63依赖和非依赖的程序如何调控表皮细胞系的形成，以及ΔNp63如何通过直接上调Wnt配体、Frizzled受体和转录因子来促进Wnt信号传导	NA	探讨胚胎前体细胞如何协调细胞命运指定并建立转录和信号传导能力	表皮细胞的分子起源	发育生物学	NA	ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	转录组, 开放染色质区域	Krt8+前体细胞
33	2024-08-09	A post-ingestive amino acid sensor promotes food consumption in Drosophila 2018-10, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-018-0084-9 PMID:30209352	研究论文	研究通过定量喂食实验，发现特定氨基酸能快速促进果蝇的食物摄入，并揭示了DH44神经元作为氨基酸感应器通过CG13248转运蛋白增强食物摄入的机制。	首次发现DH44神经元作为氨基酸感应器，并通过CG13248转运蛋白介导氨基酸对食物摄入的促进作用。	NA	探讨动物如何评估潜在蛋白质来源并确保膳食氨基酸摄入，以维持蛋白质稳态。	果蝇Drosophila melanogaster的食物摄入行为及其背后的神经机制。	NA	NA	钙成像	NA	图像	涉及三种氨基酸（L-谷氨酸、L-丙氨酸和L-天冬氨酸）及其D-对映体和其他17种天然L-氨基酸的组合。
34	2024-08-09	A novel role for Lyl1 in primitive erythropoiesis 2018-10-11, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.162990 PMID:30185409	研究论文	本研究探讨了Lyl1在原始红细胞生成中的作用	首次证明Lyl1在维持原始红细胞生成中的功能	NA	确定Lyl1是否能在原始红细胞生成中发挥作用	Lyl1基因敲除小鼠和表达Cre重组酶的小鼠	NA	NA	单细胞RNA测序, ChIP-seq	NA	基因表达数据	胚胎样本, 人类红白血病细胞系
35	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Sequential Cell Fate Transition during Human Spermatogenesis 2018-10-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.08.007 PMID:30174296	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了人类精子发生过程中的细胞命运转换顺序	首次建立了人类精子发生过程中细胞分化的层次模型，并鉴定了多个阶段特异性的标记基因	NA	揭示人类精子发生过程中的细胞发育景观	人类睾丸细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	层次模型	RNA测序数据	2,854个正常精子发生供体的睾丸细胞和174个非阻塞性无精子症（NOA）供体的睾丸细胞
36	2024-08-09	Resident Breast T Cells: The Troops Are Already There 2018-10, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2018.07.006 PMID:30077643	research paper	研究了组织驻留记忆T细胞在乳腺癌进展中的作用，并通过单细胞RNA测序技术在三阴性乳腺癌患者中识别T细胞，展示了其预测生存的预后价值	首次通过单细胞RNA测序技术在三阴性乳腺癌患者中识别T细胞，并证明了其在预测生存中的预后价值	NA	探讨组织驻留记忆T细胞在乳腺癌进展中的作用及其预后价值	组织驻留记忆T细胞在三阴性乳腺癌患者中的作用	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	NA
37	2024-08-09	Publisher Correction: Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing 2018-Oct, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0167-7 PMID:30093729	correction	更正文章中关于非小细胞肺癌中单细胞测序的T细胞全球特征分析的错误	NA	NA	更正先前发表文章中的统计错误和标签错误	非小细胞肺癌中的T细胞	NA	lung cancer	single-cell sequencing	NA	NA	NA
38	2024-08-09	Exploring parasite heterogeneity using single-cell RNA-seq reveals a gene signature among sexual stage Plasmodium falciparum parasites 2018-10-01, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2018.08.003 PMID:30096287	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对165个受感染的红细胞进行转录组分析，揭示了恶性疟原虫在性阶段特有的基因特征	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，成功区分了恶性疟原虫的有性和无性阶段，并验证了五个先前未定义的配子体阶段特异性基因	研究样本量较小，仅包括165个受感染的红细胞	探索疟原虫在不同生命周期阶段的基因表达和调控	恶性疟原虫在红细胞内发育周期的单个受感染红细胞	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	165个受感染的红细胞
39	2024-08-09	Atherosclerosis in the single-cell era 2018-10, Current opinion in lipidology IF:3.8Q1 DOI:10.1097/MOL.0000000000000537 PMID:30020199	综述	本文综述了在单细胞时代下，利用高参数技术如质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序（scRNAseq）分析免疫细胞在动脉粥样硬化发展中的作用	介绍了通过CyTOF和scRNAseq技术发现的新免疫细胞亚群及其潜在功能	酶消化导致的细胞死亡和scRNAseq转录组深度的限制	探讨免疫细胞在动脉粥样硬化中的作用及新技术在其中的应用	动脉粥样硬化的小鼠动脉壁中的免疫细胞	NA	心血管疾病	质谱流式细胞术（CyTOF）, 单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	细胞	10-30种免疫细胞亚群
40	2024-08-09	Analyzing Circulating Tumor Cells One at a Time 2018-10, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2018.05.004 PMID:29891227	综述	本文综述了单细胞测序技术在揭示循环肿瘤细胞（CTCs）分子特性方面的应用	介绍了单细胞测序技术在癌症研究中的新进展，特别是对罕见细胞如CTCs的研究	每种单细胞测序技术都有其需要克服的缺点	探讨单细胞测序技术在癌症研究中的应用	循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	NA