单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 47 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-10-11 |
Terminal exon characterization with TECtool reveals an abundance of cell-specific isoforms
2018-10, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0114-z
PMID:30202060
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研究论文 | 本文开发了TEC工具，用于鉴定和表征细胞特异性终端外显子 | 发现了数百种先前未知的同工型和细胞类型特异性终端外显子，并通过单细胞测序数据验证了这些新同工型的表达 | NA | 开发和应用TEC工具以鉴定细胞特异性终端外显子 | 人类细胞中的终端外显子和同工型 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 单细胞测序数据 |
| 2 | 2024-08-05 |
The subiculum is a patchwork of discrete subregions
2018-10-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.37701
PMID:30375971
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研究论文 | 这篇文章探讨了小鼠次皮质中锥体细胞的异质性及其组织原则 | 本研究发现次皮质的锥体细胞可以分解为八个独立的亚类，并呈现出复杂的层级和柱状组织 | 本文主要基于小鼠模型，结果可能不适用于其他物种或不同的生理条件 | 研究小鼠次皮质内锥体细胞的异质性及其组织结构 | 小鼠的次皮质锥体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3 | 2024-08-05 |
Transcriptional Programming of Normal and Inflamed Human Epidermis at Single-Cell Resolution
2018-10-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.006
PMID:30355494
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研究论文 | 本文报告了正常和发炎人类表皮的单细胞转录组编程 | 首次在单细胞分辨率下定义了表皮细胞转录程序的全球范围和组织 | 未提及具体的局限性 | 研究表皮分化的转录程序与皮肤病理之间的关系 | 92,889个人表皮细胞的转录组数据，来自9个正常和3个发炎的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 92,889个细胞，来自9个正常与3个发炎的皮肤样本 |
| 4 | 2024-08-05 |
LC3-Associated Phagocytosis in Myeloid Cells Promotes Tumor Immune Tolerance
2018-10-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.08.061
PMID:30245008
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研究论文 | 本文展示了髓系细胞中的LC3相关吞噬作用在肿瘤免疫耐受中的作用 | 研究指出LAP在髓系细胞中影响肿瘤生长，而不仅仅是经典自噬 | 本文未探讨不同类型肿瘤对LAP的影响 | 探讨自噬在肿瘤微环境中的不同功能及其对免疫反应的影响 | 研究重点为肿瘤相关巨噬细胞及其对肿瘤细胞的吞噬作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 5 | 2024-08-07 |
Missing data and technical variability in single-cell RNA-sequencing experiments
2018-10-01, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxx053
PMID:29121214
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研究论文 | 本文通过评估实验分析了已发表研究中的单细胞RNA测序数据，揭示了系统误差对细胞间表达变异性的影响 | 本文首次详细探讨了单细胞RNA测序中技术变异导致的零表达问题，并展示了这种技术变异如何与新的生物学结果混淆 | 本文主要关注技术变异对单细胞RNA测序数据的影响，未深入探讨生物学变异的作用 | 研究单细胞RNA测序实验中的数据缺失和技术变异性问题 | 单细胞RNA测序数据中的零表达和技术变异性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个已发表研究的数据 |
| 6 | 2024-08-07 |
Identification of spatially associated subpopulations by combining scRNAseq and sequential fluorescence in situ hybridization data
2018-Oct-29, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4260
PMID:30371680
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研究论文 | 本文开发了一种方法，通过整合基于测序和成像的单细胞转录组数据，结合跨平台细胞类型映射和隐马尔可夫随机场模型，来区分内在和外在因素对全局基因表达的影响 | 本文首次通过结合scRNAseq和荧光原位杂交数据，识别了与空间相关且细胞类型独立的特征，并发现了先前未知的与空间相关的亚群 | NA | 研究内在基因调控网络如何与细胞的空间环境相互作用以定义其身份 | 小鼠视觉皮层区域的细胞类型和空间域相关异质性 | 数字病理学 | NA | scRNAseq, 荧光原位杂交 | 隐马尔可夫随机场模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠视觉皮层区域的细胞 |
| 7 | 2024-08-07 |
Spatially Resolved Transcriptomics Enables Dissection of Genetic Heterogeneity in Stage III Cutaneous Malignant Melanoma
2018-10-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-0747
PMID:30154148
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研究论文 | 本文采用空间转录组学技术（ST）对皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检样本进行转录组测序，成功测序了超过2,200个组织域的转录组，并通过去卷积和传统降维方法揭示了肿瘤内部的复杂转录景观。 | 本文首次将空间转录组学技术应用于皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检，揭示了肿瘤内部的复杂空间转录组构成，这一发现对于理解肿瘤进展和治疗反应具有重要意义。 | NA | 旨在通过空间转录组学技术揭示皮肤恶性黑色素瘤的遗传异质性和肿瘤微环境交互作用，以深入理解肿瘤进展和治疗反应。 | 皮肤恶性黑色素瘤淋巴结活检样本 | 数字病理学 | 皮肤恶性黑色素瘤 | 空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | 超过2,200个组织域 |
| 8 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics in embryology: implications for cardiovascular science
2018-10-01, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvy193
PMID:31346599
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-09 |
VASC: Dimension Reduction and Visualization of Single-cell RNA-seq Data by Deep Variational Autoencoder
2018-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2018.08.003
PMID:30576740
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度变分自编码器的单细胞RNA测序数据降维和可视化方法（VASC） | VASC能够显式建模dropout事件，并找到原始数据的非线性层次特征表示 | NA | 研究单细胞RNA测序数据的降维和可视化 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | RNA测序数据 | 超过20个数据集 |
| 10 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA Sequencing of Fluorescently Labeled Mouse Neurons Using Manual Sorting and Double In Vitro Transcription with Absolute Counts Sequencing (DIVA-Seq)
2018-10-26, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/58690
PMID:30417879
|
研究论文 | 本文介绍了一种手动收集稀疏荧光标记的单个神经元的方法，并结合体外转录扩增协议，使用独特的分子标识符（UMIs）生成单个mRNA计数，以进行单细胞RNA测序。 | 提出了一种手动收集稀疏荧光标记单个神经元的新方法，并结合体外转录扩增协议，使用UMIs生成单个mRNA计数，提高了单细胞基因检测的效率。 | 该方法需要手动收集神经元，可能不适用于大规模样本的处理。 | 开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于分析稀疏标记的神经元群体。 | 稀疏荧光标记的单个神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 从新鲜分离的小鼠脑组织中收集的稀疏荧光标记的单个神经元 |
| 11 | 2024-08-09 |
A Combinatorial Single-cell Approach to Characterize the Molecular and Immunophenotypic Heterogeneity of Human Stem and Progenitor Populations
2018-10-25, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/57831
PMID:30417863
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研究论文 | 本文描述了一种结合单细胞逆转录定量PCR（RT-qPCR）和FACS指数排序的方法，用于同时表征细胞群体中的分子和免疫表型异质性 | 该方法通过直接指数排序单细胞到裂解缓冲液中，允许cDNA合成和特定目标预扩增在一步骤中进行，并能将随后获得的分子特征与细胞表面标记表达相关联 | NA | 研究目的是开发一种方法，用于敏感测量预选基因的mRNA表达，并有可能开发后续前瞻性分离分子上不同亚群的协议 | 人类干细胞和祖细胞群体的分子和免疫表型异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞逆转录定量PCR（RT-qPCR），FACS指数排序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12 | 2024-08-09 |
A single-cell survey of the human first-trimester placenta and decidua
2018-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aau4788
PMID:30402542
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人类孕早期胎盘绒毛和蜕膜组织的细胞类型和功能 | 发现了许多已知和一些先前未知的胎盘绒毛和蜕膜细胞亚型，并揭示了细胞增殖亚群、细胞类型特异性转录因子的富集以及潜在的细胞间通讯 | NA | 进一步理解这些细胞在维持早期妊娠和妊娠相关疾病发病机制中的作用 | 人类孕早期胎盘绒毛和蜕膜组织 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14,341个胎盘绒毛细胞和6,754个蜕膜细胞 |
| 13 | 2024-08-09 |
Following hearts, one cell at a time: recent applications of single-cell RNA sequencing to the understanding of heart disease
2018-10-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06894-8
PMID:30375391
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评论 | 本文探讨了单细胞转录组学方法如何揭示心脏疾病中复杂的细胞机制和基因共表达网络 | 利用单细胞RNA测序技术揭示心脏疾病中的细胞异质性和基因调控网络 | NA | 探索单细胞转录组学在理解心脏疾病中的应用 | 心脏疾病中的细胞类型和基因调控网络 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 14 | 2024-08-09 |
Transcriptome Analysis Reveals Nonfoamy Rather Than Foamy Plaque Macrophages Are Proinflammatory in Atherosclerotic Murine Models
2018-10-26, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.312804
PMID:30359200
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了在动脉粥样硬化小鼠模型中，非泡沫斑块巨噬细胞比泡沫斑块巨噬细胞更具促炎性 | 开发了一种基于脂质染色的流式细胞术方法，用于分析动脉粥样硬化主动脉中的脂质负荷泡沫细胞 | NA | 旨在研究动脉粥样硬化内膜中泡沫和非泡沫巨噬细胞的转录组特征 | 动脉粥样硬化内膜中的泡沫和非泡沫巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自动脉粥样硬化小鼠主动脉的CD45+白细胞 |
| 15 | 2024-08-09 |
More Than the Sum of Its Parts: Single-Cell Transcriptomics Reveals Epidermal Cell States
2018-10-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.041
PMID:30355488
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research paper | 本文通过大规模的单细胞转录组学分析，揭示了人类表皮细胞状态及其异质性 | 利用单细胞转录组学技术，对92,889个来自正常和炎症皮肤的表皮细胞进行分析，提供了对人类表皮细胞状态和分化的深入理解 | NA | 研究人类表皮细胞状态及其分化 | 人类表皮细胞 | digital pathology | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 92,889个单细胞 |
| 16 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations
2018-10-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06318-7
PMID:30348985
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术绘制了人类肝脏的细胞景观图，并识别了多种肝内细胞类型 | 首次提供了人类肝脏中8444个实质和非实质细胞的转录组图谱，并详细描述了肝内单核细胞/巨噬细胞的特定亚群 | NA | 揭示人类肝脏的细胞组成及其免疫微环境 | 人类肝脏中的细胞类型及其转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 五个新鲜的人类肝脏组织样本 |
| 17 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing of the Mammalian Heart
2018-10-12, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.313531
PMID:30355162
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing
2018-10-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/58413
PMID:30371670
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research paper | 本文介绍了一种高通量协议，用于快速分离脊髓样本中的细胞核，以便进行下游的单核RNA测序（snRNA-Seq） | 提出了一种单核RNA测序方法，该方法可以准确识别细胞类型，允许研究冷冻或难以分离的组织，并减少因分离引起的转录变化 | NA | 开发一种新的方法来研究脊髓组织的转录组，特别是在异质性组织中 | 成人脊髓样本中的细胞核 | digital pathology | NA | 单核RNA测序（snRNA-Seq） | NA | RNA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Quantitative assessment of cell population diversity in single-cell landscapes
2018-10, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.2006687
PMID:30346945
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研究论文 | 本文介绍了一种名为sc-UniFrac的框架，用于在单细胞转录组景观中统计量化细胞群体的组成多样性 | sc-UniFrac框架能够敏感且稳健地量化模拟和实验数据集中的细胞群体身份和数量 | NA | 开发一种方法来定量和统计地定义跨数据集的细胞群体结构的比例变化 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体多样性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Single-molecule DNA-mapping and whole-genome sequencing of individual cells
2018-10-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1804194115
PMID:30322920
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研究论文 | 本文开发了一种低成本、可大规模生产的微/纳米流体芯片，用于从单个细胞中提取DNA，并进行基因组结构直接映射和全基因组测序 | 本文引入了一种新的微/纳米流体芯片技术，能够直接从单个分子进行解链-复链（D-R）光学映射，揭示单细胞基因组的结构变异 | D-R映射在检测复杂区域和不同染色体间序列同源性较高的区域时存在挑战 | 阐明组织和肿瘤中的细胞多样性和克隆进化 | 单细胞基因组的异质性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 解链-复链（D-R）光学映射 | NA | 基因组数据 | 17个片段覆盖19.8 Mb的基因组 |