单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 47 篇文献，本页显示第 41 - 47 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-09 |
CONICS integrates scRNA-seq with DNA sequencing to map gene expression to tumor sub-clones
2018-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty316
PMID:29897414
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CONICS的软件工具，该工具能够将单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基因表达数据与肿瘤克隆的基因组突变数据相结合，以映射基因表达至肿瘤亚克隆。 | CONICS工具的创新之处在于它能够量化scRNA-seq中的拷贝数变异，并能从肿瘤浸润性基质中稳健地分离出肿瘤细胞，进行克隆间差异表达分析和克隆内共表达分析。 | NA | 开发一种能够整合单细胞RNA测序数据与基因组突变数据的算法，以应用于临床癌症样本的研究。 | 单细胞RNA测序数据与肿瘤克隆的基因组突变数据。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 42 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Profiling of Protozoan and Metazoan Parasites
2018-09, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2018.04.009
PMID:29807759
|
research paper | 本文通过单细胞RNA测序技术（scRNAseq）探讨了原生动物和后生动物寄生虫的转录组特征 | 利用scRNAseq技术无偏差地表征细胞群组成 | NA | 探讨scRNAseq技术在寄生虫学中的应用潜力 | 原生动物和后生动物寄生虫的单细胞转录组 | digital pathology | NA | scRNAseq | NA | 转录组数据 | NA |
| 43 | 2024-08-09 |
In silico analysis of single-cell RNA sequencing data from 3 and 7 days old mouse spermatogonial stem cells to identify their differentially expressed genes and transcriptional regulators
2018-09, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.27066
PMID:29749669
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研究论文 | 本研究通过分析3天和7天龄小鼠精原干细胞的单细胞RNA测序数据，识别差异表达基因及其转录调控因子 | 本研究发现了68个上调基因和203个下调基因，并识别了这些基因的主要转录调控因子，这些因子可能在精原干细胞的发育过程中起关键作用 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序数据分析，识别不同发育阶段小鼠精原干细胞的差异表达基因及其调控因子 | 3天和7天龄小鼠精原干细胞 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 3天和7天龄小鼠精原干细胞 |
| 44 | 2024-08-09 |
TRUmiCount: correctly counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers
2018-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty283
PMID:29672674
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研究论文 | 本文介绍了TRUmiCount算法，用于校正使用下一代测序（NGS）计数分子时由于PCR扩增偏差和测序过程中分子丢失导致的错误 | TRUmiCount算法基于PCR扩增和测序的机制模型，能够校正分子计数中的低估和高估错误，无需校准实验或内参 | NA | 提高基于NGS的实验方法（如RNA-Seq）中分子计数的准确性 | PCR扩增偏差和测序过程中分子丢失导致的分子计数错误 | 生物信息学 | NA | NGS, RNA-Seq | NA | 序列数据 | NA |
| 45 | 2024-08-09 |
DEsingle for detecting three types of differential expression in single-cell RNA-seq data
2018-09-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty332
PMID:29688277
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研究论文 | 本文开发了一个名为DEsingle的R包，用于在单细胞RNA测序数据中检测三种类型的差异表达基因 | DEsingle采用零膨胀负二项模型来估计真实零和丢失零的比例，并定义和检测三种类型的差异表达基因，提高了检测的准确性 | NA | 开发一种新的方法来区分单细胞RNA测序数据中的真实零和丢失零，并准确检测差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项模型 | RNA测序数据 | NA |
| 46 | 2024-08-09 |
visnormsc: A Graphical User Interface to Normalize Single-cell RNA Sequencing Data
2018-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-017-0277-9
PMID:29280088
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研究论文 | 本文介绍了一个名为 visnormsc 的图形用户界面，用于标准化单细胞 RNA 测序数据 | 提供了一个用户友好的替代方案，使得不具备 R 编程能力的生物学家也能轻松使用 | NA | 简化单细胞 RNA 测序数据的标准化过程 | 单细胞 RNA 测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 47 | 2024-08-09 |
DNA copy number profiling using single-cell sequencing
2018-09-28, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbx004
PMID:28159966
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研究论文 | 本文介绍了一种新的工具包SCNV，用于从单细胞DNA测序数据中检测拷贝数变异并构建全基因组拷贝数图谱 | SCNV采用了一种高效的无需分箱的分割方法，提供了最高分辨率的断点检测和随后的拷贝数调用 | NA | 开发用于单细胞DNA测序数据中拷贝数变异检测和全基因组拷贝数图谱构建的软件工具 | 单细胞DNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 一组来自同一批次的正常细胞 |